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基于网络药理学的熟地黄干预骨质疏松症分子机制研究 被引量:32
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作者 冯蓬 甘东浩 +1 位作者 王卫国 陈德强 《山东中医杂志》 2020年第2期177-184,共8页
目的:运用网络药理学方法分析熟地黄干预骨质疏松症(osteoporosis,OP)的分子机制。方法:运用网络药理学方法,采用药代动力学参数(ADME)筛选标准,通过靶基因预测技术、网络构建、网络结构拓扑分析技术、GO富集分析和KEGG通路分析技术,研... 目的:运用网络药理学方法分析熟地黄干预骨质疏松症(osteoporosis,OP)的分子机制。方法:运用网络药理学方法,采用药代动力学参数(ADME)筛选标准,通过靶基因预测技术、网络构建、网络结构拓扑分析技术、GO富集分析和KEGG通路分析技术,研究熟地黄干预OP的分子机制。结果:在中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中检索到熟地黄中化合物76种,通过ADME筛选和PubMed验证、补充,最终获得熟地黄活性成分14种,利用靶基因预测技术获得靶基因128个。通过疾病数据库获取与OP相关的靶基因336个。利用网络构建软件和STRING数据库分别构建蛋白质相互作用网络。将两个网络相互映射,并经过网络拓扑分析,获得熟地黄干预OP的关键靶基因47个。基因富集结果显示,熟地黄干预OP主要通过RAS信号通路、RAP1信号通路、PI3K-AKT信号通路,同时还包括雌激素信号通路、低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、甲状腺激素信号通路、催产素信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、性腺激素信号通路、cGMP-PKG信号通路、钙信号通路、胰岛素信号通路。结论:熟地黄干预OP具有多组分、多靶点、协同作用的特点,其通过以RAS、RAP1、PI3K-AKT为主的众多信号通路下的关键靶基因对骨代谢产生双向调控作用,促进成骨作用;同时激活大量间接靶点,通过调节人体内分泌、改变离子通道状态、影响骨周围组织代谢等途径对骨代谢产生综合影响。 展开更多
关键词 熟地黄 骨质疏松症 网络药理学 分子机制 信号通路 基因富集分析
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川芎抗动脉粥样硬化作用机制的网络药理学与分子对接技术研究 被引量:23
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作者 孟天伟 姜楠 +5 位作者 杨欣欣 李呈佳 周亚滨 刘影哲 王贺 常虹 《中国动脉硬化杂志》 CAS 2021年第9期761-769,共9页
目的使用网络药理学与分子对接技术探究川芎抗动脉粥样硬化的作用机制。方法运用中药系统药理(TCMSP)数据库筛选川芎的活性成分及质控成分,通过Swiss Target Prediction预测药物靶点。在DrugBank和DisGeNET数据库筛选出动脉粥样硬化的... 目的使用网络药理学与分子对接技术探究川芎抗动脉粥样硬化的作用机制。方法运用中药系统药理(TCMSP)数据库筛选川芎的活性成分及质控成分,通过Swiss Target Prediction预测药物靶点。在DrugBank和DisGeNET数据库筛选出动脉粥样硬化的相关靶点。通过STRING构建靶点蛋白互作网络,运用Cytoscape绘制网络并进行拓扑学分析。使用Omicshare对相关靶点进行GO富集分析与KEGG富集分析。运用DockThor进行分子对接。结果获得川芎抗动脉粥样硬化的167个相关治疗靶点,通过网络拓扑分析发现钙敏感受体、丝裂原活化蛋白激酶3等46个靶点为核心靶点。GO富集分析发现川芎在生物过程、分子功能、细胞组成多方面影响动脉粥样硬化的发生发展。KEGG通路富集分析发现,川芎可能通过调节神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等多条代谢通路来发挥抗动脉粥样硬化的作用。结论运用网络药理学的方法证实了川芎抗动脉粥样硬化具有多途径、多靶点作用的特点。预测了川芎抗动脉粥样硬化的可能机制,为其后续基础研究提供了参考和理论依据。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 川芎 动脉粥样硬化 作用机制 靶点 通路 富集分析
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天麻-钩藤药对治疗帕金森病的网络药理学研究 被引量:10
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作者 李浩然 吴宏赟 彭伟 《山东中医杂志》 2020年第12期1344-1352,共9页
目的:采用网络药理学方法,筛选天麻-钩藤药对治疗帕金森病(PD)的关键靶点及其作用机制。方法:通过TCMSP、TCMID、NPASS、ETCM数据库挖掘其有效成分及关键靶点。经DisGeNET数据库收集PD相关基因。采用Cytoscape软件绘制成分-靶点-疾病可... 目的:采用网络药理学方法,筛选天麻-钩藤药对治疗帕金森病(PD)的关键靶点及其作用机制。方法:通过TCMSP、TCMID、NPASS、ETCM数据库挖掘其有效成分及关键靶点。经DisGeNET数据库收集PD相关基因。采用Cytoscape软件绘制成分-靶点-疾病可视化网络图。利用STRING数据库进行构建蛋白互作网络图,并进一步对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:天麻-钩藤药对中对PD有治疗作用的58种有效成分,作用于丝氨基酸/苏氨基酸激酶1(AKT1)、胱冬酶3(CASP3)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、白细胞介素-6(IL-6)、雌激素受体1(ESR1)等81个靶点。KEGG富集分析结果显示主要涉及到细胞凋亡、自噬、炎症等相关信号通路。结论:天麻-钩藤药对治疗PD具有多靶点、多途径的特点。对关键靶点及其相关通路的初步分析显示,本病与病毒性脑炎、动脉粥样硬化、癌症具有密切的联系,为今后PD病因、发病机制的研究和临床药物的开发提供了思路。 展开更多
关键词 帕金森病 天麻 钩藤 药对 网络药理学 信号通路 富集分析
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基于网络药理学探讨通窍活血汤治疗颅脑损伤的作用机制 被引量:10
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作者 杜勇 张淑敏 +6 位作者 王雷 王文鑫 东潇博 刘佳霖 蔡旭 陈嘉琪 王革生 《世界中医药》 CAS 2021年第15期2282-2288,2292,共8页
目的:基于网络药理学探讨通窍活血汤治疗颅脑损伤(TBI)的作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选出通窍活血汤潜在活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得颅脑损伤疾病靶点,得到通窍活血汤的中... 目的:基于网络药理学探讨通窍活血汤治疗颅脑损伤(TBI)的作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选出通窍活血汤潜在活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得颅脑损伤疾病靶点,得到通窍活血汤的中药与TBI的交集靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件绘制活性成分靶点疾病交互网络图。采用String数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果:筛选后收集得所有中药成分127个,收集疾病靶点1811个,疾病与药物交集靶点共62个。PPI网络提示核心靶点为ALB、IL6、CASP3、EGFR、VEGFA等;GO功能注释得到73条富集结果,包括DNA结合转录激活剂活性,RNA聚合酶Ⅱ特异性等,富集得到PI3K-AKT等75条核心的KEGG通路。结论:通窍活血汤治疗颅脑损伤具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点。 展开更多
关键词 通窍活血汤 颅脑损伤 网络药理学 靶点 蛋白互作网络 信号通路 富集分析 作用机制
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基于网络药理学探析补中益气汤治疗变应性鼻炎的作用机制 被引量:10
5
作者 戚媛媛 韩秀丽 +2 位作者 王旗旗 杨祺 王玉明 《世界中医药》 CAS 2021年第20期2987-2991,2998,共6页
目的:基于网络药理学探析补中益气汤治疗变应性鼻炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到补中益气汤的化学成分和作用靶点,同时利用GeneCards数据库获得与变应性鼻炎治疗相关的靶基因,利用Cytoscape3.7.... 目的:基于网络药理学探析补中益气汤治疗变应性鼻炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到补中益气汤的化学成分和作用靶点,同时利用GeneCards数据库获得与变应性鼻炎治疗相关的靶基因,利用Cytoscape3.7.1软件将所获得数据进行“药物-成分-疾病-靶点”网络可视化模型构建,使用STRING数据库构建共有靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,最后采用R软件以P<0.05、Q<0.05进行关键靶基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析。结果:筛选出补中益气汤有效活性成分172个,其治疗变应性鼻炎的机制可能与IL6、VEGFA、JUN、MMP9、MMP2等核心靶蛋白密切相关,推测其主要通过参与IL-17、TNF、HIF-1、Toll样受体、PI3K-AKT、核因子κB、MAPK、Th1和Th2细胞分化、JAK-STAT等信号通路干预调控变应性鼻炎。结论:本研究揭示了补中益气汤治疗变应性鼻炎多基因、多靶点、多通路的网络调节机制,从整体角度阐述了中医药有效的作用机制,为下一步实验研究提供分子层面的思路。 展开更多
关键词 补中益气汤 变应性鼻炎 网络药理学 药物活性成分 靶点 网络可视化模型 蛋白质-蛋白质相互作用网络 通路富集分析
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基于网络药理学从系统层面探讨黄芩苷治疗肺纤维化的效应机制研究 被引量:9
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作者 张沂 穆杰 +7 位作者 高伟华 金译涵 张迪 贾海女 张亚楠 李金桐 柴立民 晏军 《世界中医药》 CAS 2020年第10期1373-1380,共8页
目的:基于网络药理学的方法,从系统层面探讨黄芩苷对肺纤维化的潜在作用机制。方法:通过NCBI pubchem、ZINC和TCMSP获取黄芩苷的化合物信息,在NCBI数据库、Pharmmapper数据库获取黄芩苷作用靶点,在DiseaseGene Network和DrugBank获取肺... 目的:基于网络药理学的方法,从系统层面探讨黄芩苷对肺纤维化的潜在作用机制。方法:通过NCBI pubchem、ZINC和TCMSP获取黄芩苷的化合物信息,在NCBI数据库、Pharmmapper数据库获取黄芩苷作用靶点,在DiseaseGene Network和DrugBank获取肺纤维化的靶点,通过基因映射预测黄芩苷治疗肺纤维化的潜在作用靶点,在STRING数据库建立黄芩苷治疗肺纤维化的高置信度PPI网络,采用拓扑分析和富集分析,获得拓扑重要性靶点及核心通路。结果:获得黄芩苷作用靶点332个,肺纤维化靶点431个,黄芩苷潜在作用靶点45个,建立了1个45个节点、191条边的高置信度PPI网络,得到黄芩苷治疗肺纤维化的拓扑重要性靶点21个,3条核心作用通路,及其涉及的20个生物过程(BP),4个细胞成分(CC),4个分子功能(MF)。结论:从网络药理学看黄芩苷治疗肺纤维化的机制涉及多个靶点和信号通路,这些靶点与通路主要通过调节炎性反应、凋亡以及其他与治疗肺纤维化作用有关的生理病理过程有关,为未来中药研究提供了一个网络药理学框架。 展开更多
关键词 黄芩苷 肺纤维化 网络药理学 炎性反应 凋亡 信号通路 拓扑分析 富集分析
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基于KEGG通路和基因网络对慢性萎缩性胃炎靶点基因的筛选 被引量:9
7
作者 王佳慧 郑洋 +1 位作者 王嘉孺 李卫民 《中国医药导报》 CAS 2019年第2期159-163,173,共6页
目的运用DAVID数据库得到通路和基因的相关信息,分析出重要基因的功能和分布,筛选出与慢性萎缩性胃炎(CAG)相关的靶点基因,促进对CAG发病机制的研究以及新药的开发。方法 2018年6月以"chronic atrophic gastritis"为关键词在N... 目的运用DAVID数据库得到通路和基因的相关信息,分析出重要基因的功能和分布,筛选出与慢性萎缩性胃炎(CAG)相关的靶点基因,促进对CAG发病机制的研究以及新药的开发。方法 2018年6月以"chronic atrophic gastritis"为关键词在NCBI数据库中检索CAG的相关基因,将得到的基因数据导入DAVID数据库,得到基因富集的通路数据。15个非冗余基因富集在20条KEGG通路上进行了分析,将15个基因输入String数据库做相互作用的网络图,将富集在通路上的关键基因也做网络图,并且将这两个网络图进行比较。结果在两张网络图中,FASLG、FAS、ICAM1、IL1B、AKT1、STAT3、TGFβ1、IL4R、IL11、IL23A是位于关系度排名靠前的基因。结论STAT3、ICAM1、IL1B、TGFβ1和AKT1五个基因与CAG相关,需要进一步深入研究,通过分析与疾病相关基因的所在通路和基因之间互作的网络图,有利于了解疾病的发病机制,并为新药研发提供可靠的靶点。 展开更多
关键词 慢性萎缩性胃炎 基因互作网络 KEGG通路 富集分析
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基于网络药理学探讨固本止崩汤对功能失调性子宫出血的机制研究 被引量:7
8
作者 曹一鸣 王悦竹 +2 位作者 史亚婷 宫玮珩 刘雁峰 《世界中医药》 CAS 2022年第7期947-952,共6页
目的:运用网络药理学的方法探讨固本止崩汤对功能失调性子宫出血的可能性机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台筛选固本止崩汤的活性成分并预测其潜在作用靶点,将获得靶点导入UNIPROT数据库进行基因的标准化处理;在GeneCards和O... 目的:运用网络药理学的方法探讨固本止崩汤对功能失调性子宫出血的可能性机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台筛选固本止崩汤的活性成分并预测其潜在作用靶点,将获得靶点导入UNIPROT数据库进行基因的标准化处理;在GeneCards和OMIM数据库查找功能失调性子宫出血的相关靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图,将二者交集靶点运用STRING平台分析蛋白间的相互作用关系。用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)生物功能和富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并以图表形式展示。结果:以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)2个筛选标准得到固本止崩汤中有效活性成分58个,得到靶点135个;在GeneCards和OMIM查找功能失调性子宫出血靶点共2164个,韦恩图获得药物与疾病的交集靶点共85个,关键靶点涉及IL6、VEGFA、TP53、TNF、EGF等。以P富集分析得到GO条目135条,其中生物过程38条、分子功能36条、细胞组分61条,主要涉及对缺氧的反应、一氧化氮生物过程的正向调节、细胞外空间、细胞外区域、酶结合、类固醇结合等;KEGG富集分析得到25条通路(P<0.05,FDR<0,05),靶基因主要富集在癌症信号通路等信号通路中。结论:固本止崩汤治疗功能失调性子宫出血具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制较为复杂,为后续的实验验证提供物质基础和理论依据。 展开更多
关键词 网络药理学 中医 固本止崩汤 功能失调性子宫出血 靶点 分子机制 信号通路 富集分析
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眼睑基底细胞癌差异基因的筛选和分析 被引量:1
9
作者 杨俭伟 宋丽华 +5 位作者 王娟 张璐璐 肖丽 张宏彬 刘立民 刘延东 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2024年第6期454-457,共4页
目的采用RNA测序技术对眼睑基底细胞癌差异基因进行筛选和分析。方法选取2021年7月至11月因眼睑基底细胞癌就诊于河北省眼科医院并行扩大切除及一期眼睑重建的患者6例,分别取切除的部分癌组织及修复缺损时修剪的癌旁正常组织各一块进行... 目的采用RNA测序技术对眼睑基底细胞癌差异基因进行筛选和分析。方法选取2021年7月至11月因眼睑基底细胞癌就诊于河北省眼科医院并行扩大切除及一期眼睑重建的患者6例,分别取切除的部分癌组织及修复缺损时修剪的癌旁正常组织各一块进行研究。通过RNA测序技术进行建库测序。使用DESeq2软件设定P<0.05及|log 2(foldchange)|>1为显著差异表达的阈值。鉴定出差异表达的基因。采用clusterProfiler软件对差异基因集进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,进一步分析这些特异性基因的生物学意义。结果使用DESeq2软件进行癌组织和癌旁组织之间的差异表达分析,共筛选出1317个差异基因,其中在6例癌组织中表达上调的基因有906个,表达下调的基因有411个。GO富集分析结果中上调最显著的前30个差异基因主要富集于体液免疫反应、免疫球蛋白复合物、B细胞受体信号通路、细胞外基质、抗原结合、受体调节剂活性等方面。下调基因前10位在生物过程、细胞组成、分子功能层面主要与表皮发展相关。KEGG通路富集主要集中在黑色素生成通路及WNT信号通路、免疫相关信号通路等,相关基因通路有8个。根据基因上调的显著性由大到小,最终确定核心基因包括FZD2、PTCH1、WNT7B、TCF3、MMP-9、TEAD2。结论基底细胞癌的发生与各种通路相互影响和共同作用密切相关,各种高表达基因中,FZD2、PTCH1、WNT7B、TCF3、MMP-9、TEAD2在眼睑基底细胞癌患者组织中表达升高最显著,与眼睑基底细胞癌的发生和发展有密切关系。 展开更多
关键词 基底细胞癌 差异基因 信号通路 富集分析 生物信息学
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基于网络药理学的复方苁蓉益智胶囊治疗血管性痴呆的分子机制研究 被引量:3
10
作者 刘少姣 刘雪梅 +7 位作者 傅晨 梁晓 曾子修 徐榛敏 杜琬晴 吴艺帆 罗超琴 张允岭 《世界中医药》 CAS 2023年第8期1057-1063,1071,共8页
目的:对复方苁蓉益智胶囊(Compound Desert Cistanche Intelligence-improving Capsule)治疗血管性痴呆(VaD)的药理作用机制进行探讨。方法:基于网络药理学和分子对接的方法,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取复方苁蓉益... 目的:对复方苁蓉益智胶囊(Compound Desert Cistanche Intelligence-improving Capsule)治疗血管性痴呆(VaD)的药理作用机制进行探讨。方法:基于网络药理学和分子对接的方法,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取复方苁蓉益智胶囊中各药物的活性成分,并通过SwissTarget Prediction数据库预测药物活性成分的作用靶点;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank数据库获取血管性痴呆的疾病靶点。通过STRING 11.0数据库和Cytoscape 3.8.2构建蛋白质相互作用(PPI)网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块及核心网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用Cytoscape 3.8.2构建“药物-活性成分-靶点-通路”网络图,采用分子对接技术对PPI网络及“药物-活性成分-靶点-通路”网络图结果进行验证。结果:筛选出35个主要活性成分,涉及134个靶点,其中主要活性成分包括亚美罂粟碱(Armepavine)、甘草素(DFV)、异鼠李素(Isorhamnetin)等;关键靶点包括淀粉样前体蛋白(APP)、磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚单位α(PIK3CA)、酪氨酸蛋白激酶SRC(SRC)、磷脂酰肌醇3-激酶调控亚基1(PIK3R1)、促分裂原活化的蛋白激酶1(MAPK1)、肿瘤蛋白53(TP53)、促分裂原活化的蛋白激酶3(MAPK3)、原癌基因c-Jun(JUN)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子受体(EGFR)、凝血酶F2(F2)等;复方苁蓉益智胶囊治疗血管性痴呆的生物学通路主要作用在癌症信号通路、Rap1信号通路、PI3K-AKT信号通路、黏着斑、Ras信号通路、神经活性配体-受体相互作用等。分子对接结果验证提示主要活性成分与靶点之间具有较好的结合能力。结论:本研究初步揭示了复方苁蓉益智胶囊治疗血管性痴呆的机制可能是通过多组分、多靶点、多途径协同发挥作用,为接下来 展开更多
关键词 复方苁蓉益智胶囊 血管性痴呆 网络药理学 分子对接 作用机制 信号通路 靶点 富集分析
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芍药苷对烫伤大鼠的治疗作用及基于网络药理学的机制探讨
11
作者 程兴 胡仁超 +3 位作者 罗锦花 廖文强 薛永茂 詹剑华 《世界中医药》 CAS 北大核心 2024年第16期2371-2377,共7页
目的:研究芍药苷对烫伤大鼠的治疗作用,并基于网络药理学和分子对接技术探讨芍药苷治疗烧伤的作用机制。方法:建立大鼠深Ⅱ度烫伤模型,通过观察芍药苷对大鼠创面外观、计算创面愈合率,创面组织病理学变化;并运用Pubchem、Pahrmmapper、G... 目的:研究芍药苷对烫伤大鼠的治疗作用,并基于网络药理学和分子对接技术探讨芍药苷治疗烧伤的作用机制。方法:建立大鼠深Ⅱ度烫伤模型,通过观察芍药苷对大鼠创面外观、计算创面愈合率,创面组织病理学变化;并运用Pubchem、Pahrmmapper、GeneCards等数据库获取芍药苷及烧伤相关靶点,利用STRING数据库和Cytoscape软件,构建并可视化中药(化合物)-靶点-疾病多层次分子网络,通过MCODE分析进行核心基因的筛选,并进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后,利用AutoDock Vina进行分子对接验证。结果:芍药苷能明显促进烫伤大鼠的创面愈合,并促进血管生成及新生上皮形成,减少局部炎症细胞浸润;进一步筛选出芍药苷潜在化学靶点337个,芍药苷与烧伤疾病之间共有靶点138个,主要包括基质金属蛋白酶1(MMP1),肿瘤坏死因子(TNF)等。富集分析结果显示,芍药苷治疗烧伤的核心靶点主要通过PI3K/AKT信号通路、MAPK信号通路等,分子对接计算结果表明,芍药苷与蛋白激酶B1(AKT1)、白蛋白(ALB)、白细胞介素-1β(IL-1β)、TNF、血管内皮生长因子A(VEGFA)等核心靶点有着较好的结合活性。结论:芍药苷通过抑制炎症反应、调控早期微循环、促进血管生成来达到治疗烧伤的目的。本研究证实了芍药苷对烧伤的治疗作用,并揭示相关分子机制。 展开更多
关键词 芍药苷 烧伤 网络药理学 分子对接 作用机制 动物实验 信号通路 富集分析
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Spock1参与Adipogenesis通路在肥大型与扩张型心肌病中的机制探讨
12
作者 朱荣利 刘颖 +4 位作者 柳明 易玮珏 吴凤敏 侯秀阳 封瑞 《解剖科学进展》 CAS 2024年第2期113-116,共4页
目的探讨SPARC(骨素)、cwcv和Kazal样结构域蛋白多糖1(Spock1)在肥大型与扩张型心肌病发生中的作用与分子机制。方法基于CNKI数据库明确Spock1在机体各组织中的表达情况,并获得Spock1参与信号通路的关联基因,对此关联基因进行GO和KEGG... 目的探讨SPARC(骨素)、cwcv和Kazal样结构域蛋白多糖1(Spock1)在肥大型与扩张型心肌病发生中的作用与分子机制。方法基于CNKI数据库明确Spock1在机体各组织中的表达情况,并获得Spock1参与信号通路的关联基因,对此关联基因进行GO和KEGG富集分析,对比同类基因与心脏疾病的关系,从而分析获得Spock1参与肥大型与扩张型心肌病的具体关联信息。结果Spock1在心脏中较高表达,并且其可能通过Adipogenesis信号通路参与肥大型心肌病(HCM)和扩张型心肌病(DCM)的发生与发展。结论Spock1可能与肥大型和扩张型心肌病等相关心血管疾病的发生密切相关,并可能成为心脏疾病发生发展的生物标记物,甚至可成为治疗心脏疾病的新靶点基因。 展开更多
关键词 Spock1 信号通路 心脏疾病 富集分析
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基于脂质组学技术研究急性缺血性脑卒中临床诊断标志物 被引量:5
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作者 齐飚 杨晨 +2 位作者 吴剑 费国强 李秋平 《现代生物医学进展》 CAS 2019年第17期3289-3292,3296,共5页
目的:急性缺血性脑卒中(Acute ischemic stroke, AIS)是由于血流减少导致的脑功能突然丧失。由于AIS发病机制是异质性和多因素的,我们建立全面的脂质组学方法来阐明AIS进程相关的脂质变化和复杂的脂质代谢网络。方法:选取26例AIS患者血... 目的:急性缺血性脑卒中(Acute ischemic stroke, AIS)是由于血流减少导致的脑功能突然丧失。由于AIS发病机制是异质性和多因素的,我们建立全面的脂质组学方法来阐明AIS进程相关的脂质变化和复杂的脂质代谢网络。方法:选取26例AIS患者血液标本和27例健康志愿者血清作为研究对象,进行总脂抽提,通过基于LC-MS策略的非靶向脂质组学方法进行规模性、整体性的脂质组学分析。结果:对AIS患者和健康志愿者血浆进行大规模脂质定性定量分析,通过Progenesis~? QI软件分析Xevo~? G2-XS QTOF质谱系统MSE采集的子离子数据,精确定量到1054个脂质特征差异,准确定性得到368个脂质分子,多变量统计分析中差异脂质组成能将AIS患者和健康志愿者区分开来,通路富集分析图显示差异脂质主要参与甘油磷脂代谢的紊乱。结论:AIS患者血浆脂质组成与健康志愿者存在显著差异,差异表达的脂质可能与AIS发生有关。这些发现有助于开发新的诊断标志物和AIS治疗靶点。 展开更多
关键词 急性缺血性脑卒中 非靶向脂质组学 多元变量统计分析 通路富集分析 甘油磷脂代谢
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葛根芩连汤治疗肺动脉高压的作用机制研究 被引量:5
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作者 李松林 韩雪 +2 位作者 李文娣 姜山 王旭 《哈尔滨商业大学学报(自然科学版)》 CAS 2021年第2期131-138,共8页
通过网络药理学技术预测葛根芩连汤治疗肺动脉高压的关键活性成分及其可能的作用靶点,探讨其作用机制.通过TCMSP平台收集葛根芩连汤中四味中药的活性成分及相关靶标,借助Genecards数据库获得肺动脉高压疾病基因,使用Cytoscape软件将药... 通过网络药理学技术预测葛根芩连汤治疗肺动脉高压的关键活性成分及其可能的作用靶点,探讨其作用机制.通过TCMSP平台收集葛根芩连汤中四味中药的活性成分及相关靶标,借助Genecards数据库获得肺动脉高压疾病基因,使用Cytoscape软件将药物靶点和疾病基因映射,并对交集靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.运用AutoDock Vina软件将核心靶点与活性成分进行分子对接,并使用PyMol软件绘制图片.经TCMSP平台及相关文献得到146个活性成分,共获得112个葛根芩连汤治疗肺动脉高压的相关靶点,其中,GO富集分析功能结果显示参与的条目共160个(P<0.05),其中有115个条目参与了生物学过程(BP),有21个条目参与了细胞组成(CC),还有24个条目与分子功能(MF)有关.此外,KEGG通路富集分析结果显示有103条信号通路参与其中(P<0.05),主要参与的通路包括了HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路等.通过网络药理学研究揭示了葛根芩连汤可通过多个靶点、多个信号通路来治疗肺动脉高压,且关键药效分子与核心靶点均能稳定结合,此研究为进一步探究其作用机制提供了理论基础. 展开更多
关键词 葛根芩连汤 肺动脉高压 网络药理学 分子对接 信号通路 富集分析
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基于网络药理学探讨丹七片治疗急性心肌梗死的作用机制 被引量:1
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作者 荣婉琦 孟天伟 周亚滨 《中国中医药图书情报杂志》 2023年第6期65-70,共6页
目的 利用网络药理学方法探讨丹七片治疗急性心肌梗死的物质基础及作用机制。方法 检索TCMSP获得丹七片组方药物的活性成分和作用靶点。通过SwissTargetPrediction数据库检索丹七片药物靶点。利用UniProt数据库对药物靶点进行规范化处... 目的 利用网络药理学方法探讨丹七片治疗急性心肌梗死的物质基础及作用机制。方法 检索TCMSP获得丹七片组方药物的活性成分和作用靶点。通过SwissTargetPrediction数据库检索丹七片药物靶点。利用UniProt数据库对药物靶点进行规范化处理。在DrugBank、DisGeNET数据库筛选急性心肌梗死相关靶点。通过STRING数据库进行靶点蛋白相互作用关系分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对疾病和药物的交集靶点进行GO功能富集分析,利用KEGG Mapper平台进行KEGG通路富集分析,运用Cytoscape3.8.0进行可视化处理和网络拓扑结构分析。结果 获得丹七片42个活性成分,核心成分包括丹参酮、木犀草素、槲皮素等,获得急性心肌梗死166个靶点,获得丹七片治疗急性心肌梗死的核心靶点23个,包括CES1、MMP9、MMP2、PTGS2等。GO功能富集结果显示,丹七片在生物过程、分子功能、细胞组分等多方面影响急性心肌梗死的发生和发展。KEGG通路富集主要涉及血管直径的调节通路、蜕膜化通路、血管内皮生长因子刺激的细胞反应等通路。结论 丹七片可能通过多成分、多靶点和多通路协同作用,发挥降低心肌内皮细胞炎性反应、减轻缺血再灌注损伤等作用,从而治疗急性心肌梗死。 展开更多
关键词 网络药理学 丹七片 急性心肌梗死 作用机制 靶点 通路 富集分析
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二仙汤治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学分析 被引量:3
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作者 李敏 郭淼 +2 位作者 孙建华 翟凤霞 李娜 《世界中医药》 CAS 2022年第12期1654-1657,1665,共5页
目的:基于网络药理学探讨二仙汤治疗早发性卵巢功能不全(POI)的作用靶基因和信号通路。方法:首先,通过公共数据库筛选当归芍药散的有效成分及作用靶点和疾病的疾病靶点;其次,确定二仙汤治疗POI的作用靶基因,并在STRING数据库中收集作用... 目的:基于网络药理学探讨二仙汤治疗早发性卵巢功能不全(POI)的作用靶基因和信号通路。方法:首先,通过公共数据库筛选当归芍药散的有效成分及作用靶点和疾病的疾病靶点;其次,确定二仙汤治疗POI的作用靶基因,并在STRING数据库中收集作用靶基因之间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)信息,同时建立药物活性成分与作用靶基因网络;最后,借助ClusterProfiler R软件完成基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。结果:筛选得到二仙汤有效成分共92个,作用靶基因205个,确定疾病基因3425个,有效化合物-作用靶点网络总共包括239个节点和1153条相互作用关系,关键活性化合物有槲皮苷、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素等,通过PPI网络得到173个核心蛋白;GO富集分析主要涉及共获得生物过程(BP)1939个,细胞组分(CC)72个,分子功能(MF)141个;KEGG通路富集筛选得到164条信号通路,主要包括为磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。结论:本研究发现二仙汤中槲皮苷、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素等活性成分可通过PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路作用于MAPK1、AKT1、JUN、RELA等靶点进行综合调控,从而发挥治疗POI的作用。结论:本研究初步明确了二仙汤治疗POI的作用靶基因和通路,为之后的研究准备了条件。 展开更多
关键词 二仙汤 早发性卵巢功能不全 网络药理学 靶点 有效成分 信号通路 富集分析 作用机制
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皂荚与野皂荚刺中次生代谢物的差异 被引量:3
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作者 耿瑜欣 李红姣 +4 位作者 郑建伟 张芹 于丽娜 李佳秋 李保会 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期82-94,共13页
【目的】皂刺中的许多次生代谢物是药用活性成分。本文旨在探究皂荚与野皂荚刺的差异次生代谢物及进行差异代谢途径富集分析,为皂刺功能性化合物分离鉴定以及研究开发提供理论依据。【方法】以皂荚和野皂荚的1年生棘刺为材料,用UPLC-MS... 【目的】皂刺中的许多次生代谢物是药用活性成分。本文旨在探究皂荚与野皂荚刺的差异次生代谢物及进行差异代谢途径富集分析,为皂刺功能性化合物分离鉴定以及研究开发提供理论依据。【方法】以皂荚和野皂荚的1年生棘刺为材料,用UPLC-MS/MS检测平台和自建数据库MWDB4.0进行代谢组分析。【结果】1)2个种的皂刺中共检测到457种次生代谢物,分为酚酸、生物碱、萜类、黄酮、木脂素、香豆素、鞣质类、其他8大类,酚酸和黄酮占比较大;2)野皂荚刺与皂荚刺相比,共有213种显著差异代谢物,其中121种物质在野皂荚刺中含量较高,包括55种酚酸,54种黄酮,5种木脂素和香豆素,4种生物碱,2种萜类,1种其他;92种物质在皂荚刺中含量较高,包括21种酚酸,19种黄酮,14种鞣质,14种生物碱,8种木脂素和香豆素,16种其他。3)皂荚刺中特有的代谢物有22种,异牡荆素-2″-O-鼠李糖苷、N,N′-二阿魏酰腐胺、香叶木素-8-C-(2″-O-鼠李糖基)葡萄糖苷、紫檀芪、原花青素C2相对含量较高,野皂荚刺中特有的代谢物有27种,松柏苷、5-O-咖啡酰莽草酸、槲皮素-3-O-(2″-对香豆酰)葡萄糖苷的相对含量较高。4)差异代谢物的代谢途径分析表明“茋类、二芳基庚烷类和姜酚的生物合成”途径中显著差异代谢物富集显著,苯丙烷生物合成和类黄酮代谢的差异代谢物富集较多。【结论】皂荚和野皂荚刺中共检测到457种次生代谢物;差异代谢物质主要是黄酮和酚酸类;茋类、二芳基庚烷类和姜酚的生物合成的差异代谢物显著富集(P<0.05),苯丙烷生物合成和黄酮类生物合成的差异代谢物富集较多。 展开更多
关键词 皂荚 野皂荚 皂刺 代谢组 差异代谢物 通路富集分析
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干燥综合征相关差异表达基因的筛选 被引量:4
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作者 赵文甲 刘维 吴沅皞 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2018年第9期916-920,共5页
目的干燥综合征(SS)被认为是仅次于类风湿关节炎的常见风湿免疫病。文章利用基因表达谱数据,筛选SS相关基因,以进一步探讨SS的发病机制,寻找治疗SS的潜在药物治疗靶点。方法采用Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0Array平台,疾病组... 目的干燥综合征(SS)被认为是仅次于类风湿关节炎的常见风湿免疫病。文章利用基因表达谱数据,筛选SS相关基因,以进一步探讨SS的发病机制,寻找治疗SS的潜在药物治疗靶点。方法采用Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0Array平台,疾病组织类型为人类腮腺组织,包括符合2002年美欧共识小组诊断标准的SS样本24份及非SS样本25份。从GEO数据库中获取SS样本腮腺组织细胞表达谱。GEO2R在线工具筛选差异表达基因,DAVID工具富集基因功能和通路。STRING数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,将数据导入Cytoscape软件,计算网络拓扑特性,筛选核心基因。结果 SS样本中分别筛选到24个上调基因和147个下调差异基因,差异基因涉及细胞黏附分子、肠道免疫网络Ig A分泌、病毒性心肌炎、类风湿关节炎及白细胞跨内皮迁移信号通路。PTPRC、CD86、STAT1、FYN、LCP2为关键基因。结论通过生物信息学方法可筛选出SS相关生物通路以及关键基因,为进一步揭示SS发病机制提供参考。 展开更多
关键词 干燥综合征 通路富集分析 基因 差异表达
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基于网络药理学探讨止嗽散治疗喉源性咳嗽的作用机制 被引量:3
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作者 王旗旗 韩秀丽 王玉明 《世界中医药》 CAS 2022年第5期678-686,共9页
目的:利用网络药理学探讨止嗽散治疗喉源性咳嗽的作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对止嗽散的主要成分及作用靶点进行筛选和挖掘;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以GeneCards平台挖掘喉源... 目的:利用网络药理学探讨止嗽散治疗喉源性咳嗽的作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对止嗽散的主要成分及作用靶点进行筛选和挖掘;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以GeneCards平台挖掘喉源性咳嗽的相关靶点;运用STRING数据库构建止嗽散治疗喉源性咳嗽的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;进行拓扑分析并筛选出止嗽散治疗喉源性咳嗽的核心靶点;利用David数据库对药物、疾病交集靶点进行富集分析。结果:止嗽散药物-成分-靶点-疾病网络图包含152个有效成分,相对应靶点155个;喉源性咳嗽相关靶点1176个。其中β-谷甾醇、槲皮素、木犀草素、豆甾醇、山柰酚等可能是止嗽散治疗喉源性咳嗽的关键成分,涉及TP53、VEGFA、IL6、MAPK、JUN、TNF、EGF等14个核心靶点。基因本体(GO)生物过程分析涉及一氧化氮生物合成过程的正调控、细胞外间隙、基因表达的正调控、细胞外区、脂多糖介导的信号通路等。京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析提示这些靶点参与TNF信号通路、NOD样受体信号通路、FoxO信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路等。结论:本研究揭示止嗽散治疗喉源性咳嗽多成分、多靶点、多通路的网络调节机制,从整体上阐述止嗽散治疗喉源性咳嗽的有效作用机制,为下一步实验研究提供分子层面思考。 展开更多
关键词 止嗽散 喉源性咳嗽 网络药理学 成分 靶点 通路 富集分析 作用机制
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新型合成大麻素ADB-BUTINACA在不同时间段斑马鱼体内的代谢组学分析
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作者 接昭玮 张文芳 +4 位作者 王继芬 覃仕扬 徐多麒 秦歌 徐鹏 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期568-576,共9页
采用液相色谱-高分辨质谱技术对不同时间段斑马鱼体内ADB-BUTINACA的21种代谢产物进行分析。首先采用正交信号变换的偏最小二乘判别分析和层次聚类分析方法筛选出7种具有显著性差异的组间代谢物,以7种差异代谢物为特征建立Stacking集成... 采用液相色谱-高分辨质谱技术对不同时间段斑马鱼体内ADB-BUTINACA的21种代谢产物进行分析。首先采用正交信号变换的偏最小二乘判别分析和层次聚类分析方法筛选出7种具有显著性差异的组间代谢物,以7种差异代谢物为特征建立Stacking集成学习模型,对4组不同时间段的斑马鱼体内样本进行分类预测。结果显示,模型预测准确率高达98%,表明筛选的潜在差异代谢物能够有效反映不同时间段原药在斑马鱼体内的变化情况;对7种潜在差异代谢物在4类样本体内的含量变化进行富集分析,结果表明差异代谢物的总体含量随着染毒时间的增加而降低,各类代谢物的含量分布由最初的不均衡趋向于均衡分布。此外,实验发现大部分差异代谢物的代谢路径与羟基化反应密切相关,推测原药在生物体内发生羟基化反应与给药时间推断方面具有一定关联性。实验结果可为药物服用时间推断等相关领域分析提供依据。 展开更多
关键词 ADB-BUTINACA 差异代谢物 Stacking集成学习 代谢路径 富集分析 液相色谱-高分辨质谱
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