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基于不同算法的Motif预测比较分析与优化 被引量：6
1
作者 张斐 谭军 谢竞博 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2009年第22期94-96,99,共4页
研究转录因子结合位点(TFBs)的主要预测模型及其预测的算法,通过基于调控元件预测的3种代表性的算法MEME、Gibbs采样和Weeder预测拟南芥基因组。比较结果表明,Gibbs采样算法和Weeder算法预测长、短motif效率较高。重点分析MEME算法,提... 研究转录因子结合位点(TFBs)的主要预测模型及其预测的算法,通过基于调控元件预测的3种代表性的算法MEME、Gibbs采样和Weeder预测拟南芥基因组。比较结果表明,Gibbs采样算法和Weeder算法预测长、短motif效率较高。重点分析MEME算法,提出结合不同算法查找motif的优化方法,并以实验验证该方法能有效提高预测效率。 展开更多
关键词 转录因子结合位点 motif预测 算法比较
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肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建 被引量：5
2
作者 廖之君 马文丽 +3 位作者 梁爽 孟伟 商涛 郑文岭 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1582-1585,共4页
目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些... 目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络。结果获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFs,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关。调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2R1B基因与网络中DUSP10基因部分功能相似。结论LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与JUN的调控。 展开更多
关键词 组织选择性 肝 转录因子 转录因子结合位点 转录调控网络
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基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点 被引量：3
3
作者 杨科利 许强 《生命科学研究》 CAS CSCD 2008年第2期115-120,共6页
基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validat... 基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81%,明显高于单碱基位置权重矩阵,同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52,优于现有预测方法. 展开更多
关键词 转录因子结合位点(tfbs) 位置权重矩阵(PWM) 碱基保守性
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肝组织选择性转录因子调控网络的构建 被引量：1
4
作者 廖之君 马文丽 +1 位作者 梁爽 郑文岭 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第S1期7-10,共4页
目的:构建肝脏组织选择性转录因子的调控网络。方法:按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性转录因子(liver-selective transcription factor,LSTF)基因进行研究。收集各基因上游的50... 目的:构建肝脏组织选择性转录因子的调控网络。方法:按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性转录因子(liver-selective transcription factor,LSTF)基因进行研究。收集各基因上游的500个核苷酸启动子序列,再预测这些基因对应的转录因(transcription factors,TFs)以及转录因子结合位点(transcription factor binding sites,TFBS),并构建LSTF的转录调控网络(transcriptional regulatory network)。结果:获得4个LSTF基因,利用两款软件预测得到4个相同TFs,每个LSTF基因上游存在多个TFs的结合位点,根据3款蛋白质相互作用软件和相关文献作出的转录因子调控网络(包含LSTF、预测的TFs和与其密切相关的其它几个基因),显示各个基因受到复杂的调控,其中肝组织选择性转录因子ID2和PROX1处于网络的显著位置。结论:结合文献分析,ID2和PROX1参与调节肝细胞生长分化等过程,在LSTF的转录网络中可能发挥重要的调控功能。 展开更多
关键词 组织选择性 肝 转录因子 转录因子结合位点 转录调控网络
原文传递
羊驼皮肤基因转录因子及其结合位点分析 被引量：1
5
作者 张俊珍 范瑞文 +1 位作者 白俊明 董常生 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2013年第6期7-9,13,共4页
哺乳动物皮肤具有多种功能,这些功能是由基因决定的,而基因的表达要受到转录因子的调节。本研究通过参照人皮肤基因的转录因子分析羊驼皮肤的EST库,发现了8个转录因子和6个转录因子结合位点,它们调控着羊驼生活适应性、皮肤生理特征以... 哺乳动物皮肤具有多种功能,这些功能是由基因决定的,而基因的表达要受到转录因子的调节。本研究通过参照人皮肤基因的转录因子分析羊驼皮肤的EST库,发现了8个转录因子和6个转录因子结合位点,它们调控着羊驼生活适应性、皮肤生理特征以及皮肤衍生物的生理特性等,其中重要的有调控羊驼黑色素细胞内决定其毛色的转录因子microphthal-mia-associated transcription factor(MITF)及其结合位点cyclic adenosine monophosphate response element-binding 1(CREB-1),用实时荧光定量PCR法检测发现二者在不同羊驼毛色皮肤中的表达在转录水平存在显著差异,它们的生物学特点对研究羊驼皮肤中决定羊驼皮肤生理功能和羊驼毛色的分子机理提供了重要的理论基础。 展开更多
关键词 羊驼皮肤 毛色 转录因子 转录因子结合位点
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基于序列预测转录因子的相互作用
6
作者 李百成 《中山大学研究生学刊（自然科学与医学版）》 2008年第1期94-107,共14页
转录因子(TF)对真核生物的转录调控有着举足轻重的作用,而这些转录调控大多不是一个转录因子可以独立完成的,还需要其他转录因子的帮助来共同完成对基因的转录控制。我们提出了一种新的基于序列的方法来预测转录因子的相互作用,利用了... 转录因子(TF)对真核生物的转录调控有着举足轻重的作用,而这些转录调控大多不是一个转录因子可以独立完成的,还需要其他转录因子的帮助来共同完成对基因的转录控制。我们提出了一种新的基于序列的方法来预测转录因子的相互作用,利用了转录因子结合位点(TFBS)的距离,方向和相位等信息,利用酵母菌的芯片数据来实现这一思想,获得了165对统计上有相互作用的转录因子,通过与SGD数据库中的蛋白质-蛋白质相互作用的数据进行比较,可以达到约95.5%的正确率。最后我们还利用预测的结果讨论了相互作用的转录因子对在基因组上存在的一些特征,例如,他们对距离,方向,相位的倾向性。希望我们的预测有助于更好的理解真核生物的转录控制网络。 展开更多
关键词 转录因子 相互作用 保守序列
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电离辐射影响成纤维细胞基因调控网络的初步研究
7
作者 廖之君 马文丽 +4 位作者 梁爽 陈霞 商涛 董云巧 郑文岭 《热带医学杂志》 CAS 2008年第4期291-294,共4页
目的探讨电离辐射影响人成纤维细胞基因表达的转录调控机制,并构建基因与相应转录因子的调控网络。方法先对前期研究已经获得的差异表达基因进行功能注释,选择结合功能类基因(数量最多)进入研究;再用MaxLAPS,TFME和SCOPE3种软件预测这... 目的探讨电离辐射影响人成纤维细胞基因表达的转录调控机制,并构建基因与相应转录因子的调控网络。方法先对前期研究已经获得的差异表达基因进行功能注释,选择结合功能类基因(数量最多)进入研究;再用MaxLAPS,TFME和SCOPE3种软件预测这些基因的转录因子和转录因子结合位点;利用Bibliosphere软件构建转录因子与基因的转录调控网络。结果获得25条GeneSymbols,基因本体功能注释集中于结合功能(共19条),2种程序预测得到14个相同的转录因子,得分最高的6个转录因子结合位点对应的转录因子与预测的基本一致,按照最高水平标准构建的转录调控网络,显示CASPASE-3位于网络的核心。结论电离辐射很可能经转录因子TP53介导CASPASE-3激活而致人成纤维细胞凋亡。 展开更多
关键词 电离辐射 细胞凋亡 转录因子 转录因子结合位点 转录调控网络
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一种基于信息容量的模体比较非比对度量算法
8
作者 郭丽娟 张少强 花季伟 《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2014年第4期32-36,共5页
为了有效度量2个模体的相似度,提出一种带有信息容量的用于模体比较的非比对度量算法ICBSM.该算法通过将一个模体的位置频率矩阵在另一个模体的带有信息容量的位置赋权矩阵上滑动,计算出2个模体间的相似度,算法依赖参数少,计算效率高.... 为了有效度量2个模体的相似度,提出一种带有信息容量的用于模体比较的非比对度量算法ICBSM.该算法通过将一个模体的位置频率矩阵在另一个模体的带有信息容量的位置赋权矩阵上滑动,计算出2个模体间的相似度,算法依赖参数少,计算效率高.与其他7种度量法进行比较分析,结果表明:ICBSM可以在数据库查找中更准确地匹配模体,并且能够更有效地聚类相似模体,区分出不相关的模体,为找回模体和分组密切相关模体等方面的研究工作提供有效的计算工具. 展开更多
关键词 信息容量 转录因子结合位点 模体 非比对 相似度度量算法
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