大豆是优质的植物蛋白资源,但同时也是八大食物过敏原之一。大豆蛋白中Gly m Bd 28K,Gly m Bd 30K(P34)和β-伴大豆球蛋白的α亚基Gly m Bd 60K被普遍认为是大豆中的主要致敏原。本文综述了大豆蛋白主要过敏原的结构、功能及其过敏原表...大豆是优质的植物蛋白资源,但同时也是八大食物过敏原之一。大豆蛋白中Gly m Bd 28K,Gly m Bd 30K(P34)和β-伴大豆球蛋白的α亚基Gly m Bd 60K被普遍认为是大豆中的主要致敏原。本文综述了大豆蛋白主要过敏原的结构、功能及其过敏原表位的研究进展。展开更多
目的分析牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构及其B、T细胞表位,为探索基于抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法从Uniprot数据库中获得牡蛎过敏原Cra g 1的氨基酸序列,通过DNA Star Protean软件,采用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法分析其...目的分析牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构及其B、T细胞表位,为探索基于抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法从Uniprot数据库中获得牡蛎过敏原Cra g 1的氨基酸序列,通过DNA Star Protean软件,采用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法分析其二级结构;采用Kyte-Doolittle法、Karplus-Schulz法、Emini法、Jameson-Wolf法综合分析Cra g 1主要的B细胞抗原表位。使用SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ在线网站分析T细胞抗原表位。结果牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构主要为α-螺旋,其B细胞表位接近覆盖Cra g 1氨基酸全序列;而T细胞优势表位位于第89～103、108～122、129～143位肽段。结论本研究分析牡蛎过敏原Cra g 1的B、T细胞优势表位,为日后Cra g 1的基础免疫学研究,如疫苗的研制、诊断试剂的制备和其抗原性改造等提供了理论依据。展开更多
[Objective] To predict the secondary structure and B cell epitopes of the rice major allergen RAG1. [Method] The amino acid sequence of rice allergen RAG1 was acquired from Expasy protein database. The secondary struc...[Objective] To predict the secondary structure and B cell epitopes of the rice major allergen RAG1. [Method] The amino acid sequence of rice allergen RAG1 was acquired from Expasy protein database. The secondary structure of RAG1 was predicted by DNAStar Protean software with Gamier-Robson program, Chou-Fasman program and Karplus-Schulz program; the B cell epitopes of RAG1 was predicted with the Kyte Doolittle hydrophilic program, Emini surface accessibility program and Jameson-Wolf antigenic index program. [Result] The predictions on secondary structure and B cell epitopes showed that the regions of 33-44, 119-129, 155-163 were the dominant B cell epitopes. [Conclusion] This study predicted the potential dominant B cell epitopes in rice allergen RAG1 by comprehensive use of multi-methods and multi-parameters, and provided a theoretical basis for further researches on identification, antigen modification and epitope vaccine design of RAG1 B cell epitopes.展开更多
目的:了解美洲大蠊变应原Per a 2的分子生物学特征。方法:从Genbank中获得Per a 2的核酸序列,用ExPaSy、EBI和NCBI网站的在线软件推导出编码氨基酸序列及其理化性质、空间结构、功能位点,并在Blastp比对后选择不同物种同源序列计算相似...目的:了解美洲大蠊变应原Per a 2的分子生物学特征。方法:从Genbank中获得Per a 2的核酸序列,用ExPaSy、EBI和NCBI网站的在线软件推导出编码氨基酸序列及其理化性质、空间结构、功能位点,并在Blastp比对后选择不同物种同源序列计算相似率、构建分子进化树。结果:Pera2由351个氨基酸细戍,分子量为38119Da、等电点为4.90、分子式为C1217H1825N285O297S18,为细胞外疏水性蛋白、属于肽酶a家族,信号肽位于1～20氨基酸处,三个跨膜螺旋区域依次位于1～19aa、51～78aa、282～300aa处;二级结构由α-螺旋(9.4%)、β延伸(28.49%)、随机线圈(62.11%)组成;美洲大蠊和德国小蠊相似率为55%、与马德拉蜚蠊相似率为51%,三者在Pera2与不同物种的同源序列构建的分子进化树中聚成一簇。结论:通过对Per a 2的生物信息学分析获得了该变应原分子特征,为进一步研究奠定基础。展开更多
目的:克隆表达腐食酪螨过敏原第5组分(Tyr p 5),并了解其分子特征。方法:采用TaKaRa MiniBEST Universal RNA Extraction Kit试剂盒提取腐食酪螨总RNA,根据GenBank已公布的Tyr p 5核酸序列设计引物,用RT-PCR合成Tyr p 5编码基因并与pET-...目的:克隆表达腐食酪螨过敏原第5组分(Tyr p 5),并了解其分子特征。方法:采用TaKaRa MiniBEST Universal RNA Extraction Kit试剂盒提取腐食酪螨总RNA,根据GenBank已公布的Tyr p 5核酸序列设计引物,用RT-PCR合成Tyr p 5编码基因并与pET-28a(+)载体连接后转入大肠杆菌E.coli BL21诱导表达,通过Ni柱亲和层析纯化得到蛋白。运用生物信息学方法预测分析Tyr p 5蛋白的结构和功能。结果:从腐食酪螨cDNA中扩增获得Tyr p 5基因片段,成功构建了表达质粒pET-28a(+)-Tyr p 5,Western blot结果显示原核表达获得成功。获得的Tyr p 5基因与参考序列同源性(GenBank AY800360)达99.8%,含有一个完整的开放阅读框,由158个氨基酸组成,信号肽位于1~36AA、跨膜区域为23~33AA,为细胞外亲水蛋白。Tyr p 5蛋白的二级结构由75.32%的α螺旋、1.9%的β转角和22.78%的无规则卷曲构成。α螺旋为Tyr p 5蛋白的主要折叠形式。其氨基酸序列与棉兰皱皮螨过敏原第5组分相似率为52.68%,分子进化树中腐食酪螨与棉兰皱皮螨聚成一簇,并与现行的形态学分类系统一致符合。结论:成功克隆、表达、纯化腐食酪螨Tyr p 5蛋白,并初步预测其分子特征。展开更多
目的:通过应用生物信息学软件模拟、分析预测扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构、性质及B细胞抗原表位,为探索基于扁豆过敏原Len c 3抗原表位的改造提供依据。方法:从Uniprot蛋白质数据库中得到扁豆过敏原Len c 3的氨基酸序列,通过生物信息...目的:通过应用生物信息学软件模拟、分析预测扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构、性质及B细胞抗原表位,为探索基于扁豆过敏原Len c 3抗原表位的改造提供依据。方法:从Uniprot蛋白质数据库中得到扁豆过敏原Len c 3的氨基酸序列,通过生物信息学软件Swiss-Model及Swiss-PdbViewer 4.0模拟和分析扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构,使用DNAStar软件对其B细胞抗原表位进行模拟、分析预测。结果:扁豆过敏原Len c 3蛋白为疏水性蛋白,在氨基酸残基第7-26位有一跨膜区,Ramachandran图评估扁豆过敏原Len c 3蛋白的三维结构显示其空间构象稳定,Len c 3蛋白潜在的B细胞抗原表位为35-36,48-50,66-71,87-90。结论:本研究通过对扁豆过敏原Len c 3蛋白进行生物信息学分析获得了该过敏原的结构、性质及潜在的B细胞抗原表位,为进一步了解和掌握扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构功能以及抗原性改造、单克隆抗体制备、表位疫苗设计等提供重要的线索。展开更多
文摘目的分析牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构及其B、T细胞表位,为探索基于抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法从Uniprot数据库中获得牡蛎过敏原Cra g 1的氨基酸序列,通过DNA Star Protean软件,采用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法分析其二级结构;采用Kyte-Doolittle法、Karplus-Schulz法、Emini法、Jameson-Wolf法综合分析Cra g 1主要的B细胞抗原表位。使用SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ在线网站分析T细胞抗原表位。结果牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构主要为α-螺旋,其B细胞表位接近覆盖Cra g 1氨基酸全序列;而T细胞优势表位位于第89～103、108～122、129～143位肽段。结论本研究分析牡蛎过敏原Cra g 1的B、T细胞优势表位,为日后Cra g 1的基础免疫学研究,如疫苗的研制、诊断试剂的制备和其抗原性改造等提供了理论依据。
基金Supported by the National Natural Science Foundation of China(30771240)the Academic Team for Scientific Research Innovation of Guangzhou Education System(B94118)~~
文摘[Objective] To predict the secondary structure and B cell epitopes of the rice major allergen RAG1. [Method] The amino acid sequence of rice allergen RAG1 was acquired from Expasy protein database. The secondary structure of RAG1 was predicted by DNAStar Protean software with Gamier-Robson program, Chou-Fasman program and Karplus-Schulz program; the B cell epitopes of RAG1 was predicted with the Kyte Doolittle hydrophilic program, Emini surface accessibility program and Jameson-Wolf antigenic index program. [Result] The predictions on secondary structure and B cell epitopes showed that the regions of 33-44, 119-129, 155-163 were the dominant B cell epitopes. [Conclusion] This study predicted the potential dominant B cell epitopes in rice allergen RAG1 by comprehensive use of multi-methods and multi-parameters, and provided a theoretical basis for further researches on identification, antigen modification and epitope vaccine design of RAG1 B cell epitopes.
文摘目的:了解美洲大蠊变应原Per a 2的分子生物学特征。方法:从Genbank中获得Per a 2的核酸序列,用ExPaSy、EBI和NCBI网站的在线软件推导出编码氨基酸序列及其理化性质、空间结构、功能位点,并在Blastp比对后选择不同物种同源序列计算相似率、构建分子进化树。结果:Pera2由351个氨基酸细戍,分子量为38119Da、等电点为4.90、分子式为C1217H1825N285O297S18,为细胞外疏水性蛋白、属于肽酶a家族,信号肽位于1～20氨基酸处,三个跨膜螺旋区域依次位于1～19aa、51～78aa、282～300aa处;二级结构由α-螺旋(9.4%)、β延伸(28.49%)、随机线圈(62.11%)组成;美洲大蠊和德国小蠊相似率为55%、与马德拉蜚蠊相似率为51%,三者在Pera2与不同物种的同源序列构建的分子进化树中聚成一簇。结论:通过对Per a 2的生物信息学分析获得了该变应原分子特征,为进一步研究奠定基础。
文摘目的:克隆表达腐食酪螨过敏原第5组分(Tyr p 5),并了解其分子特征。方法:采用TaKaRa MiniBEST Universal RNA Extraction Kit试剂盒提取腐食酪螨总RNA,根据GenBank已公布的Tyr p 5核酸序列设计引物,用RT-PCR合成Tyr p 5编码基因并与pET-28a(+)载体连接后转入大肠杆菌E.coli BL21诱导表达,通过Ni柱亲和层析纯化得到蛋白。运用生物信息学方法预测分析Tyr p 5蛋白的结构和功能。结果:从腐食酪螨cDNA中扩增获得Tyr p 5基因片段,成功构建了表达质粒pET-28a(+)-Tyr p 5,Western blot结果显示原核表达获得成功。获得的Tyr p 5基因与参考序列同源性(GenBank AY800360)达99.8%,含有一个完整的开放阅读框,由158个氨基酸组成,信号肽位于1~36AA、跨膜区域为23~33AA,为细胞外亲水蛋白。Tyr p 5蛋白的二级结构由75.32%的α螺旋、1.9%的β转角和22.78%的无规则卷曲构成。α螺旋为Tyr p 5蛋白的主要折叠形式。其氨基酸序列与棉兰皱皮螨过敏原第5组分相似率为52.68%,分子进化树中腐食酪螨与棉兰皱皮螨聚成一簇,并与现行的形态学分类系统一致符合。结论:成功克隆、表达、纯化腐食酪螨Tyr p 5蛋白,并初步预测其分子特征。
文摘目的:通过应用生物信息学软件模拟、分析预测扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构、性质及B细胞抗原表位,为探索基于扁豆过敏原Len c 3抗原表位的改造提供依据。方法:从Uniprot蛋白质数据库中得到扁豆过敏原Len c 3的氨基酸序列,通过生物信息学软件Swiss-Model及Swiss-PdbViewer 4.0模拟和分析扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构,使用DNAStar软件对其B细胞抗原表位进行模拟、分析预测。结果:扁豆过敏原Len c 3蛋白为疏水性蛋白,在氨基酸残基第7-26位有一跨膜区,Ramachandran图评估扁豆过敏原Len c 3蛋白的三维结构显示其空间构象稳定,Len c 3蛋白潜在的B细胞抗原表位为35-36,48-50,66-71,87-90。结论:本研究通过对扁豆过敏原Len c 3蛋白进行生物信息学分析获得了该过敏原的结构、性质及潜在的B细胞抗原表位,为进一步了解和掌握扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构功能以及抗原性改造、单克隆抗体制备、表位疫苗设计等提供重要的线索。
