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28S rDNA PCR-RFLP分析在侧耳属系统发育研究中的应用 被引量:31
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作者 马富英 罗信昌 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期201-205,共5页
对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最... 对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最高 ,AluⅠ对侧耳属无酶切多态性。聚类分析结果表明 ,菌株间的相似系数为 0 .5 6 9~ 1.0 0 0 ,在 92 %相似水平可将侧耳分为 5大类 :Ⅰ .红平菇和桃红侧耳 ;Ⅱ .鲍鱼菇和囊盖侧耳 ;Ⅲ .具核侧耳 ;Ⅳ .金顶侧耳 ;Ⅴ . 展开更多
关键词 28S RDNA pcr-rflp分析 侧耳属 系统发育 应用 食用菌 大亚基核糖体DNA 聚合酶链式反应 限制性酶切分析
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三江源地区不同植被土壤固氮微生物的群落结构研究 被引量:30
2
作者 张于光 王慧敏 +2 位作者 李迪强 肖启明 刘学端 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期420-425,共6页
利用PCR_RFLP和测序分析法对位于青藏高原腹地三江源自然保护区的高寒草甸、高寒草原和高山森林等不同植被类型的土壤固氮微生物的群落组成进行了探讨。经过PCR_RFLP分析固氮基因nifH ,在3个样品中共得到2 33个克隆和99个可操作分类单元... 利用PCR_RFLP和测序分析法对位于青藏高原腹地三江源自然保护区的高寒草甸、高寒草原和高山森林等不同植被类型的土壤固氮微生物的群落组成进行了探讨。经过PCR_RFLP分析固氮基因nifH ,在3个样品中共得到2 33个克隆和99个可操作分类单元(OTUs) ,NQ_1样地具有最多的克隆数和OTUs,多样性为4 9 74 % ,在所有样品中分别具有1~2个明显的优势种群(占总克隆数>15 % ) ,并且具有4个共同的OTUs。选取了2 6个克隆进行基因测序分析,通过DNAMAN比较表明,这些序列间具有6 6 %~98%的相似性,并且在GenBank数据库中没有发现完全匹配的序列,因此这些序列可能代表着新的固氮生物株系。最后利用ClustalW与Mega软件构建了系统发育树,结果发现,这些序列被分为4个不同的簇,部分序列与属于蛋白细菌(Proteobacteria)的已知细菌具有近的亲缘关系,但是更多的序列与已知细菌具有较远的亲缘关系。 展开更多
关键词 NIFH基因 植被类型 群落 pcr-rflp分析
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三叶草、猪屎豆和含羞草植物根瘤菌16S rDNA PCR-RFLP分析和数值分类研究 被引量:22
3
作者 刘晓云 陈文新 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期1-6,共6页
采用 16SrDNAPCR -RFLP分析和表型数值分类 ,对分离自三叶草 (Trifolium)、猪屎豆 (Crotalaria)和含羞草(Mimosa) 3属植物的根瘤菌进行了分类研究。 16SrDNAPCR -RFLP分析表明 ,在 80 %的相似性水平上 ,6 7株待测菌株和 18株参比菌株归... 采用 16SrDNAPCR -RFLP分析和表型数值分类 ,对分离自三叶草 (Trifolium)、猪屎豆 (Crotalaria)和含羞草(Mimosa) 3属植物的根瘤菌进行了分类研究。 16SrDNAPCR -RFLP分析表明 ,在 80 %的相似性水平上 ,6 7株待测菌株和 18株参比菌株归属到慢生根瘤菌属 (Bradyrhizobium)、中慢生根瘤菌属 (Mesorhizobium)、土壤杆菌属 (Agrobac terium)和根瘤菌属 (Rhizobium)与中华根瘤菌属 (Sinorhizobium) 4个系统发育分支。进一步对其中 5 6株待测菌株和14株参比菌株进行表型性状数值分类研究 ,在 84 %的相似性水平上 ,得到 6个独立的类群 :群Ⅰ、Ⅳ和Ⅵ为新群 ,没有与参比菌株聚在一起 ;群Ⅱ包含慢生大豆根瘤菌 (Bradyrhizobiumjaponicum) ;群Ⅲ含根瘤菌属 (Rhizobium) 2个已知的代表菌株 ;群Ⅴ含土壤杆菌属 (Agrobacterium) 2个已知种的代表菌株。以上结果表明 ,分离自这 3属植物的根瘤菌菌株具有表型和遗传型多样性 ,同时新发现分离自三叶草的根瘤菌的慢生和中慢生菌株 ;分离自含羞草的根瘤菌的慢生菌株和分离自猪屎豆的根瘤菌的快生菌株 。 展开更多
关键词 三叶草 猪屎豆 含羞草 植物根瘤菌 16SrDNA pcr-rflp分析 数值分类 遗传型多样性
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三种鳖线粒体DNA细胞色素b基因序列的比较分析 被引量:20
4
作者 陈合格 刘文彬 +1 位作者 李建中 张轩杰 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期380-385,共6页
对中华鳖、砂鳖和山瑞鳖线粒体DNA细胞色素b基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCR-PFLP(Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)分析。研究结果表明中华鳖、砂鳖与山瑞鳖线粒体DNACytb基因的序列... 对中华鳖、砂鳖和山瑞鳖线粒体DNA细胞色素b基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCR-PFLP(Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)分析。研究结果表明中华鳖、砂鳖与山瑞鳖线粒体DNACytb基因的序列全长相同,均为1140bp,其A、C、G、T含量相似,分别为378个(33.2%)、322个(28.2%)1、22个(10.7%)、318个(27.9%)、373个(32.7%)、324个(28.4%)、124个(10.9%)、319个(28.0%)、380个(33.3%)3、30个(28.9%)、127个(11.1%)、303个(26.7%)。同源性及序列差异率分析表明:中华鳖与砂鳖b基因序列的同源性为92.3%,中华鳖、山瑞鳖的为85.0%,砂鳖、山瑞鳖的为84.1%;中华鳖与砂鳖b基因核苷酸序列间的差异率为7.7%,中华鳖、山瑞鳖间的序列差异率为15.0%,砂鳖、山瑞鳖间的序列差异率为15.9%,而中华鳖、砂鳖、山瑞鳖各自个体间的序列差异率分别为2.37%、0.88%和0.18%,种间差异显著。用内切酶酶切分析其扩增产物,结果表明:用内切酶NdeⅠ可准确鉴别砂鳖,而用内切酶BamHⅠ则可准确鉴别山瑞鳖。内切酶NdeⅠ和BamHⅠ的联用分析,可使这三种鳖在分子水平都得到明确的鉴定。从三种鳖线粒体DNACytb基因核苷酸序列的显著差异和酶切位点的变化,可以进一步证明砂鳖是不同于中华鳖的鳖属一新种。 展开更多
关键词 中华鳖 砂鳖 山瑞鳖 细胞色素B pcr-rflp分析 分子鉴定标记
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奶牛乳铁蛋白基因启动子区PCR-RFLP分析与乳房炎的相关性 被引量:12
5
作者 张利军 蔡亚非 +3 位作者 刘庆华 宋维龙 李莲 王根林 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2005年第1期87-91,共5页
采用CMT方法检测奶牛的乳房炎发病情况.筛选 90头分别设为对照组(健康奶牛)、隐性乳房炎组 (试验组Ⅰ )和临床乳房炎组(试验组Ⅱ),每组 30头.检测每头奶牛的NAGase活性,并用限制性片段长度多态性 (RFLP)分析技术,检测乳铁蛋白(Lf)基因... 采用CMT方法检测奶牛的乳房炎发病情况.筛选 90头分别设为对照组(健康奶牛)、隐性乳房炎组 (试验组Ⅰ )和临床乳房炎组(试验组Ⅱ),每组 30头.检测每头奶牛的NAGase活性,并用限制性片段长度多态性 (RFLP)分析技术,检测乳铁蛋白(Lf)基因启动子区域的RFLP多态性.结果表明:不同组别的奶牛之间NAGase活性差异显著 (P<0. 01),且Lf基因启动子区域存在RFLP多态性,说明该多态性与乳房炎存在一定关系,可能是奶牛乳房炎的一个分子标记. 展开更多
关键词 奶牛乳房炎 隐性乳房炎 F基因 pcr-rflp分析 分子标记 多态性 乳铁蛋白 NAG 基因启动子区 相关性
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鲤鱼3个亚种线粒体DNA ND5/6区段的PCR-RFLP分析及亚种间分子标记的确立 被引量:10
6
作者 周建峰 王忠卫 吴清江 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第2期167-170,共4页
从鲤鱼3个亚种(Cyprinus carpio carpio,Cyprinus carpio haematopterus和Cyprinus carpiorubrofuscus)中选出具代表性的品系共10个,运用PCR方法,扩增出2.4 kb的mtDNA ND5/6区段.共用9种限制性内切酶进行酶切分析,结果表明,每个亚种拥... 从鲤鱼3个亚种(Cyprinus carpio carpio,Cyprinus carpio haematopterus和Cyprinus carpiorubrofuscus)中选出具代表性的品系共10个,运用PCR方法,扩增出2.4 kb的mtDNA ND5/6区段.共用9种限制性内切酶进行酶切分析,结果表明,每个亚种拥有一种单倍型,有4种限制性内切酶(Dde I,Hae III,Taq I和Mbo I)酶切后产生了能将3个亚种区分开来的诊断性限制性酶切位点.可利用其作为鉴定3个亚种的遗传标记和遗传育种的辅助手段. 展开更多
关键词 鲤鱼 亚种 线粒体DNA 限制性内切酶 ND5/6区段 pcr-rflp分析 分子遗传标记 淡水养殖
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中华鳖与砂鳖线粒体DNA 12S rRNA基因序列的比较分析和分子鉴定标记 被引量:15
7
作者 陈合格 刘文彬 张轩杰 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期318-322,共5页
对中华鳖和砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCRRFLP分析。研究结果表明:中华鳖、砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因片段的碱基序列长度相同,均为562bp,其A、T、C、G含量相似,分别为209个(37.2%)、121个(21.5%)、14... 对中华鳖和砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCRRFLP分析。研究结果表明:中华鳖、砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因片段的碱基序列长度相同,均为562bp,其A、T、C、G含量相似,分别为209个(37.2%)、121个(21.5%)、145个(25.8%)、87个(15.5%)和207个(36.8%)、120个(21.4%)、145个(25.8%)、90个(16%)。两序列间共有13处碱基不同,序列差异率为2.31%,中华鳖与砂鳖各自个体间的平均核苷酸序列差异率分别为0.53%和0.36%,种间差异显著;用内切酶MspI酶切两种鳖的12SrRNA基因片段,在砂鳖中可得到大小为519bp和43bp两个片段,而中华鳖无此酶切位点,这可作为准确鉴别中华鳖和砂鳖的分子鉴定标记。从两种鳖线粒体DNA12SrRNA基因片段碱基的显著差异和MspI酶切位点的变化,可以进一步证明砂鳖是不同于中华鳖的鳖属一新种。 展开更多
关键词 中华鳖 砂鳖 12S RRNA基因 pcr-rflp分析 分子鉴定标记
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猕猴桃属植物叶绿体基因PCR-RFLP分析 被引量:10
8
作者 李健仔 李思光 +1 位作者 罗玉萍 陈少风 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期328-333,共6页
分别用 2个不同限制性内切酶对猕猴桃属 2 7个种和 1 5个栽培品种的叶绿体基因 (rbcL基因和 psbA基因 )的PCR扩增产物进行酶切分析 ,共得到 2 5个限制性位点 ,其中 2 4个具有多态性。确立了该属植物的单元型分布 ,对该属植物的系统发育... 分别用 2个不同限制性内切酶对猕猴桃属 2 7个种和 1 5个栽培品种的叶绿体基因 (rbcL基因和 psbA基因 )的PCR扩增产物进行酶切分析 ,共得到 2 5个限制性位点 ,其中 2 4个具有多态性。确立了该属植物的单元型分布 ,对该属植物的系统发育方式和部分重要种类的亲缘关系进行了探讨 ,拓展了可用于该属植物分子系统学研究的遗传信息。 展开更多
关键词 猕猴桃属 植物 叶绿体基因 pcrrflp分析 系统发育
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西安荷斯坦奶牛群5个基因座位遗传多态性的PCR-RFLP分析 被引量:12
9
作者 张润锋 陈宏 +4 位作者 蓝贤勇 田燚 潘传英 胡沈荣 苏利红 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期545-549,共5页
应用PCR RFLP方法对西安荷斯坦牛的κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、CSN1S2、IGFBP 3 共5 个基因座位进行了多态性分析。结果表明,在西安荷斯坦牛群中,没有发现携带CSN1S2F 等位基因的个体,其多态信息含量为0。κcn基因座位呈现低度多态(PI... 应用PCR RFLP方法对西安荷斯坦牛的κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、CSN1S2、IGFBP 3 共5 个基因座位进行了多态性分析。结果表明,在西安荷斯坦牛群中,没有发现携带CSN1S2F 等位基因的个体,其多态信息含量为0。κcn基因座位呈现低度多态(PIC=0 236 6),βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 基因座位的多态信息含量分别为0 316 8、0 368 9、0 443 9,均呈现中度多态。κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3、CSN1S2 基因座位的杂合度和DNA多态度分别为0 274 2、0 394 7、0 487 9、0 489 1、0和0 025 5、0 011 6、0 033 3、0 011 2、0。而且,在西安荷斯坦牛群中,κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 共4 个基因座位均处于Hardy Weinberg平衡状态,CSN1S2 基因座位处于纯合状态。 展开更多
关键词 pcr-rflp分析 基因座位 遗传多态性 西安 奶牛群 多态信息含量 多态性分析 DNA多态 荷斯坦牛 等位基因 平衡状态 杂合度 纯合
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免耕水稻土固定CO2自养微生物多样性 被引量:13
10
作者 钱明媚 肖永良 +1 位作者 彭文涛 曹慧 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第12期3754-3761,共8页
使用^(13)CO_2为标记物,采用稳定性同位素核酸探针(DNA-SIP)技术和微宇宙模拟的方法,对两种南方免耕水稻土中的固定CO_2自养微生物群落结构和多样性进行了研究.实验结果表明,经80d的培养后,从^(13)CO_2标记处理的士样提取的DNA经氯化铯... 使用^(13)CO_2为标记物,采用稳定性同位素核酸探针(DNA-SIP)技术和微宇宙模拟的方法,对两种南方免耕水稻土中的固定CO_2自养微生物群落结构和多样性进行了研究.实验结果表明,经80d的培养后,从^(13)CO_2标记处理的士样提取的DNA经氯化铯密度梯度离心后其浮力密度显著区分于^(12)CO_2对照组表明土壤样品中的固定CO_2自养微生物对CO_2具有同化利用.RT-PCR结果表明两种标记土样DNA密度梯度离心分层的cbbLR基因的拷贝数最高分别为1.36×10~5拷贝/g干土和2.21×10~5拷贝/g干土.克隆文库分析和系统发育分析表明两种土壤中的固定CO_2自养微生物群落结构具有一定差异Bradyrhizobium和Rubriviv二是为FG土壤中的主要类群,占全部克隆数的60.40%和13.86%.而TF土壤的主要类群是Rhodopseudomonas,Rhodospirillum,Methylibium和Variovorax,分别占全部克隆数的20.90%、11.94%,16.42%和10.45%.两种^(13)CO_2标记土样的cbbLR基因文库OTU类型、多样性指数均高于^(12)CO_2对照文库,其群落结构也有明显的变化.因此,免耕水稻土存在高度多样性的二氧化碳固定自养微生物,在农田土壤碳素循环方面具有重要作用. 展开更多
关键词 固碳微生物 免耕水稻土 CBB LR基因 DNA-SIP pcr-rflp分析
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鸭疫里默氏菌16SrDNA基因的PCR-RFLP分析 被引量:6
11
作者 曲丰发 张大丙 +1 位作者 郑献进 郭玉璞 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2005年第10期11-14,共4页
关键词 鸭疫里默氏菌 16SrDNA基因 pcr-rflp分析 培养特性 形态染色反应 生理生化特征 化学组成
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南美白对虾养殖底泥中氨氧化细菌与氨氧化古菌多态性分析 被引量:11
12
作者 高利海 林炜铁 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期75-82,共8页
【目的】本研究皆在了解虾养殖底泥中氨氧化细菌与氨氧化古菌群落多态性。【方法】以功能基因为基础,构建氨氧化细菌(AOB)与氨氧化古菌(AOA)的氨单加氧酶α亚基基因(amoA)克隆文库。利用限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Leng... 【目的】本研究皆在了解虾养殖底泥中氨氧化细菌与氨氧化古菌群落多态性。【方法】以功能基因为基础,构建氨氧化细菌(AOB)与氨氧化古菌(AOA)的氨单加氧酶α亚基基因(amoA)克隆文库。利用限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)技术将克隆文库阳性克隆子进行归类分析分成若干个可操作分类单元(Operational Taxa Units,OTUs)。【结果】通过序列多态性分析,表明AOB amoA基因克隆文库中所有序列都属于变形杆菌门β亚纲(β-Proteobacteria)中的亚硝化单细胞菌属(Nitrosomonas)及Nitrosomonas-like,未发现亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira)。AOA amoA基因克隆文库中只有一个OTU序列属于未分类的古菌(Unclassified-Archaea),其余序列都属于泉古菌门(Crenarchaeote)。AOA群落结构单一且存在一个绝对优势类群OTU3,其克隆子数目占克隆文库的57.45%。AOB和AOA amoA基因克隆文库分别包括13个OTUs和9个OTUs,其文库覆盖率分别为73.47%和90.43%。AOB amoA基因克隆文库的Shannon-Wiener指数、Evenness指数、Simpson指数、Richness指数均高于AOA。【结论】虾养殖塘底泥中存在氨氧化古菌的amoA基因,且多态性低于氨氧化细菌,表明氨氧化古菌在虾养殖塘底泥的氮循环中可能具有重要的作用。 展开更多
关键词 氨氧化细菌(AOB) 氨氧化古菌(AOA) AMOA基因 pcr-rflp分析
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福建省脊髓灰质炎Ⅱ型疫苗重组株病毒特性与分析 被引量:11
13
作者 潘伟毅 郑金凤 +4 位作者 侯晓辉 郑红 方勇 蔡志坤 杨秀惠 《中国计划免疫》 2002年第3期126-128,共3页
对福建省脊髓灰质炎 (脊灰 )Ⅱ型病毒基因的VP1区和 3D区进行PCR -RFLP分析 ,结果有 5株为脊灰Ⅱ型疫苗重组株病毒 ,均表现为VP1区为Ⅱ型疫苗株 ,3D区为Ⅲ型疫苗株 ,有 4株在VP1区出现不同于标准脊灰Ⅱ型疫苗株病毒的变异。流行病学资... 对福建省脊髓灰质炎 (脊灰 )Ⅱ型病毒基因的VP1区和 3D区进行PCR -RFLP分析 ,结果有 5株为脊灰Ⅱ型疫苗重组株病毒 ,均表现为VP1区为Ⅱ型疫苗株 ,3D区为Ⅲ型疫苗株 ,有 4株在VP1区出现不同于标准脊灰Ⅱ型疫苗株病毒的变异。流行病学资料揭示 ,分离出脊灰Ⅱ型重组株病毒的急性弛缓性麻痹 (AFP)病例大多具有脊灰的症状 ,且发病表现出明显的季节性 ;而从“零”剂次免疫儿童或近 6个月从未服过脊灰疫苗儿童的粪便标本中 ,只分离到此病毒。这表明福建省自然环境中存在脊灰Ⅱ型疫苗重组株病毒循环 ,此病毒可能是这类AFP病例的致病因子。在我国保持无脊灰状态下如何控制脊灰Ⅱ型重组株病毒的致病 ,适时采取相应对策对今后的工作提出了新的挑战。 展开更多
关键词 福建 脊髓灰质炎Ⅱ型疫苗重组株病毒 脊髓灰质炎病毒 流行病学 pcr-rflp分析 脊髓灰质炎疫苗
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猪mtDNA多态性的研究与应用 被引量:7
14
作者 宋成义 经荣斌 +1 位作者 王学峰 高波 《家畜生态》 2002年第1期75-77,共3页
本文介绍了猪 mt DNA的结构 ,以及 mt DNA多态性的研究方法 ;综述了猪mt
关键词 线粒体DNA 多态性 应用 直接测序法 pcr-rflp分析
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应用PCR-RFLP技术分析橡胶林土壤真菌种群动态变化 被引量:7
15
作者 宋风雅 梁鹏 +4 位作者 何其光 高青 宋洁 缪卫国 郑服丛 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期2469-2477,共9页
采用PCR-RFLP技术分析一年内不同深度橡胶林土壤真菌区系的变化。结果表明,随着时间和土壤深度的变化,真菌18S r DNA的PCR-RFLP图谱存在着一定的差异。相同时间不同取样深度的土壤样品酶切产生的强亮带略有差异,同时,随土壤深度的增加,... 采用PCR-RFLP技术分析一年内不同深度橡胶林土壤真菌区系的变化。结果表明,随着时间和土壤深度的变化,真菌18S r DNA的PCR-RFLP图谱存在着一定的差异。相同时间不同取样深度的土壤样品酶切产生的强亮带略有差异,同时,随土壤深度的增加,橡胶土样酶切条带相似性整体增大,说明自然状态下橡胶林土壤的真菌多样性受到土壤垂直分布的影响,优势真菌种群随土壤深度的变化略有差异。而对于不同时间相同取样深度的橡胶林土壤,土壤样品酶切后产生的强亮带有所变化,但3种取样深度下的变化趋势基本相同,1-12月份橡胶土样酶切条带相似性各不相同,表明在自然状态下,橡胶林土壤中真菌多样性会随着时间变化而变化。一些优势真菌类群和非优势真菌类群在不同时间会存在交替,可能和物候有着直接的联系。PCR-RFLP技术能准确反映土壤微生物的动态变化,为进一步研究橡胶林土壤微生物群落结构和分类,生物多样性和生态系统功能的影响提供基础资料。 展开更多
关键词 橡胶林 土壤 pcr-rflp分析 18S RDNA
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长期保护性耕作对纤维素降解基因cbh Ⅰ多样性的影响 被引量:5
16
作者 陈坤 李传海 +3 位作者 朱安宁 彭文涛 钱明媚 曹慧 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期406-414,共9页
研究了免耕秸秆覆盖(CntWntS)、耕作秸秆覆盖(CntWtS)、免耕秸秆不覆盖(CntWnt)和耕作秸秆不覆盖(CntWt)四种保护性耕作措施对黄淮海平原典型潮土中纤维素降解菌多样性的影响。采用PCRRFLP技术分别对纤维素降解菌cbh I基因进行... 研究了免耕秸秆覆盖(CntWntS)、耕作秸秆覆盖(CntWtS)、免耕秸秆不覆盖(CntWnt)和耕作秸秆不覆盖(CntWt)四种保护性耕作措施对黄淮海平原典型潮土中纤维素降解菌多样性的影响。采用PCRRFLP技术分别对纤维素降解菌cbh I基因进行多样性分析。结果表明,CntWntS与CntWnt相比,纤维素降解菌的数量增加了148%,而CntWtS与CntWt相比,纤维素降解菌的数量也增加了130%。纤维素降解菌cbh I基因分型在四个处理小区比较丰富,共有44个OTUs,其中CntWntS、CntWtS、CntWnt、CntWt处理中分别有35、34、30、30个OTUs。多样性指数分析显示,Shannon-Wiener指数的数值范围为3.09~3.36。系统发育分析表明,文库中的纤维素降解菌分别属于Basidiomycota(担子菌门)和Ascomycota(子囊菌门),同时发现土壤中存在大量的未培养纤维素降解菌。因此,免耕和秸秆覆盖等保护性耕作能够明显提高土壤中纤维素降解菌数量和cbh I基因多样性。 展开更多
关键词 保护性耕作 纤维素降解菌 cbh Ⅰ基因多样性 pcr-rflp分析
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东太平洋海隆深海热液区沉积物古菌多样性分析 被引量:6
17
作者 刘青 谢运标 +1 位作者 陈逍遥 周梅先 《应用海洋学学报》 CAS CSCD 2014年第4期516-524,共9页
采用PCR-RFLP方法对东太平洋海隆深海热液区3个站位沉积物中的古菌多样性进行了初步研究.结果显示,从古菌16S rRNA基因文库中随机挑取的296个阳性克隆分属奇古菌门(Thaumarchaeota,47.64%)、广古菌门(Euryarchaeota,44.93%)、泉古菌门(C... 采用PCR-RFLP方法对东太平洋海隆深海热液区3个站位沉积物中的古菌多样性进行了初步研究.结果显示,从古菌16S rRNA基因文库中随机挑取的296个阳性克隆分属奇古菌门(Thaumarchaeota,47.64%)、广古菌门(Euryarchaeota,44.93%)、泉古菌门(Crenarchaeota,6.77%)和未分类古菌(0.68%),其中优势菌群为奇古菌门的亚硝化侏儒菌属(Nitrosopumilus,35.47%)和广古菌门的热原体纲(Thermoplasmata,27.03%),DHVE3、DHVE5、DHVE6、MBGB和MBGE类群在沉积物样品中也均有发现.另外,3个站位沉积物中古菌类群组成存在差异,S5-TVG1站位样品文库的97个古菌克隆分属奇古菌门(49.48%)、广古菌门(49.48%)和泉古菌门(1.03%),S14-TVG10站位样品文库的103个古菌克隆由奇古菌门(84.47%)和广古菌门(15.53%)组成,S16-TVG12站位样品文库的96个古菌克隆包括广古菌门(71.88%)、泉古菌门(19.79%)、奇古菌门(6.25%)和未分类古菌(2.08%).研究结果表明,东太平洋海隆深海热液区沉积物中古菌多样性丰富,存在着许多新的古菌菌群;不同站位古菌菌群结构以及多样性存在差异,这与其所处环境的热液活动密切相关. 展开更多
关键词 海洋生物学 东太平洋海隆 深海热液区 沉积物 古菌多样性 pcr-rflp分析
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甘肃酒泉等地区豆科植物根瘤菌的遗传多样性和系统发育分析 被引量:3
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作者 李正 单辉辉 +2 位作者 齐雅琳 刘磊 韩素贞 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期188-195,共8页
采用16S rDNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析技术对采集自甘肃酒泉、嘉峪关等8个地区的豌豆、菜豆等几个不同豆科植物根瘤中分离的53株供试菌株和9株参比菌株进行了遗传和系统发育分析。16S rDNA PCR-RFLP结果表明,在77.5%的相似性水平... 采用16S rDNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析技术对采集自甘肃酒泉、嘉峪关等8个地区的豌豆、菜豆等几个不同豆科植物根瘤中分离的53株供试菌株和9株参比菌株进行了遗传和系统发育分析。16S rDNA PCR-RFLP结果表明,在77.5%的相似性水平上全部供试菌株聚成5个分支。分支I为Sinorhizhobium-Rhizobium分支,分支II为Agrorhizobium-Bradyrhizobium分支,分支III是未知供试菌组成的分支,分支IV为Mesorhizobium分支,分支V为2株未知供试菌组成的分支。在89.8%的相似性水平上,分支I包括2个亚分支:亚分支1由CNU1008等14株供试菌组成,与Sinorhizobium meliloti LISPA1002T菌株聚在一起;亚分支2包括6株未知菌,与Rhizobium leguminosarum USDA 2370T聚在一起。分支II包括3个亚分支:亚分支1包括CNU 1041等4株菌,与2株Agrobacterium tumefaciens IAM 13129T和IAM 13569T聚在一起;亚分支2包括5株菌,与Bradyrhizobium japonicum USDA 6T菌株聚在一起;亚分支3包括3株未知菌。选取各分支和亚分支的代表菌株进行16S rDNA测序,结果表明,两种分析方法在结果上具有较好的一致性。处于分支I的Sinorhizobium亚分支的菌株,与S.fredii和S.meliloti的相似性达到99%,该亚分支菌株的确切系统发育地位有待于DNA-DNA杂交来确定。处于分支I的Rhizobium亚分支的菌株,与R.giardinii的相似性达到99%,与R.etli的相似性为98%。同样,该亚分支的确切地位有待于DNA-DNA杂交来确定。处于分支II Agrobaterium亚分支的菌株与A.rubi的相似性达到99%。处于分支II Bradyrhizobium亚分支的菌株,与B.liaoningense的相似性达到99%。 展开更多
关键词 根瘤菌 16SrDNA pcr-rflp分析 16SrDNA全序列分析
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22种丝状异型胞固氮蓝细菌的16S rDNA的PCR-RFLP分析 被引量:1
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作者 陈坚 吴忠兴 郑伟文 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期664-668,共5页
用 1对引物CYA10 6F及 781R(a)从 2 3种蓝细菌的DNA中扩增出一条 6 0 0bp的 16SrDNA PCR片段 .对该片段进行的限制性酶切长度多态性 (RFLP)分析表明 :可将其中 2 1种自生或共生的丝状异型胞固氮蓝细菌的样品分为 2个类群组 ,基本上对应... 用 1对引物CYA10 6F及 781R(a)从 2 3种蓝细菌的DNA中扩增出一条 6 0 0bp的 16SrDNA PCR片段 .对该片段进行的限制性酶切长度多态性 (RFLP)分析表明 :可将其中 2 1种自生或共生的丝状异型胞固氮蓝细菌的样品分为 2个类群组 ,基本上对应于形态分类上的Anabaena及Nostoc属 .但有 1种被认为是Anabaena的蓝细菌以及作为对照的 1种聚球藻 (Synechococcus)蓝细菌样品被明显区分出来 ,并发现Anabaena属的蓝细菌也可同被子植物根乃拉草 (Gunnera) 展开更多
关键词 丝状异型胞 固氮蓝细菌 16SrDNA pcr-rflp分析 蓝藻 念珠藻目 形态分类 聚球藻
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苏云金杆菌新菌株WZ-7的PCR-RFLP分析及生物活性研究 被引量:2
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作者 王永 王勤英 +2 位作者 檀建新 陆秀君 李国勋 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期82-85,共4页
利用PCR -RFLP技术分析了自河北省土壤中分离的苏云金杆菌新菌株WZ - 7,结果表明该菌株含有cry1、cry2Ab、cry1Ia1型基因 ,其中cry1型基因的酶切片段类型不同于已发表的基因类型 ,有可能含有新的基因。SDS -PAGE分析结果出现 1 30、79... 利用PCR -RFLP技术分析了自河北省土壤中分离的苏云金杆菌新菌株WZ - 7,结果表明该菌株含有cry1、cry2Ab、cry1Ia1型基因 ,其中cry1型基因的酶切片段类型不同于已发表的基因类型 ,有可能含有新的基因。SDS -PAGE分析结果出现 1 30、79、73、66、60、58kD左右的 6种晶体蛋白 ,毒素蛋白类型属于II型。室内生测结果显示 ,该菌株对重要的农业害虫棉铃虫、甜菜夜蛾、小菜蛾、菜青虫、玉米螟等均有较高的杀虫毒力。 展开更多
关键词 苏云金杆菌 新菌株 WZ-7 pcrrflp分析 生物活性 农业害虫 毒杀作用
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