目的:分析鉴定大鼠口服五子衍宗丸后的血中移行成分,并初步探讨其治疗少弱精子症的网络药理机制。方法:建立UPLC-ESI-LTQ-Orbitrap方法,分析五子衍宗丸的体内成分,鉴定其血中移行成分。随后利用Stitch、DrugBank、OMIM数据库分别获得药...目的:分析鉴定大鼠口服五子衍宗丸后的血中移行成分,并初步探讨其治疗少弱精子症的网络药理机制。方法:建立UPLC-ESI-LTQ-Orbitrap方法,分析五子衍宗丸的体内成分,鉴定其血中移行成分。随后利用Stitch、DrugBank、OMIM数据库分别获得药物入血成分靶标及与少弱精子症相关的靶标信息。采用String数据库和Cytoscape软件构建五子衍宗丸入血成分-入血成分靶标-少弱精子症靶标网络,再根据网络拓扑结构特征值筛选核心靶标并明确其对应的入血成分并通过Systems Dock Web Site对预测结果进行分子对接验证。最后借助DAVID数据库对核心靶标进行生物学功能和KEGG通路富集分析。结果:鉴定了五子衍宗丸大鼠血中移行成分42个,网络药理分析共筛选到五子衍宗丸入血成分20个,核心靶标78个。其治疗少弱精子症可能主要涉及信号转导、分子功能、催化活性、内环境稳态、生物合成及代谢等生物学过程和神经活性配体-受体相互作用、钙信号、甾体激素生物合成、甘氨酸、丝氨酸及苏氨酸代谢等信号通路。结论:本研究初步阐明了五子衍宗丸的潜在药效物质基础,探讨了五子衍宗丸治疗少弱精子症的作用机制,为更进一步深入研究其药效物质及其药理机制提供了有益参考。展开更多
目的 运用网络药理学方法探索中药威灵仙治疗癌性疼痛“药物成分-作用靶点-信号通路”的作用网络及其潜在调控机制。方法 采用中药系统药理学数据库网络平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis ...目的 运用网络药理学方法探索中药威灵仙治疗癌性疼痛“药物成分-作用靶点-信号通路”的作用网络及其潜在调控机制。方法 采用中药系统药理学数据库网络平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)并结合研究报道筛选威灵仙的药物活性成分及作用靶点,通过人类基因信息网站(GeneCards)与在线数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)筛选出癌性疼痛的疾病靶点,对药物成分与疾病靶点进行匹配并构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。构建靶蛋白互作网络,利用R语言绘制柱状图找出关键基因,进行基因Symbol与基因ID转换,并对“成分-疾病”的交集基因进行GO及KEGG通路富集分析。结果 本次研究筛选到威灵仙28种潜在有效成分,33个潜在作用靶点。通过生物信息学分析,主要通过胆碱能突触通路、神经活性受体配体相互作用通路、“细胞凋亡-多物种”通路等信号通路发挥治疗癌性疼痛的作用。结论 威灵仙中皂苷类、甾醇类、黄酮及多元酚类可能是治疗癌性疼痛的物质基础,具有“多成分-多靶点”的调控作用,主要作用于中枢镇痛相关通路以及细胞凋亡等相关通路等。展开更多
Chinese medicine(CM) is usually prescribed as CM formula to treat disease. The lack of effective research approach makes it difficult to elucidate the molecular mechanisms of CM formula owing to its complicated chemic...Chinese medicine(CM) is usually prescribed as CM formula to treat disease. The lack of effective research approach makes it difficult to elucidate the molecular mechanisms of CM formula owing to its complicated chemical compounds. Network pharmacology is increasingly applied in CM formula research in recent years, which is identified suitable for the study of CM formula. In this review, we summarized the methodology of network pharmacology, including network construction, network analysis and network verification. The aim of constructing a network is to achieve the interaction between the bioactive compounds and targets and the interaction between various targets, and then find out and validate the key nodes via network analysis and network verification. Besides, we reviewed the application in CM formula research, mainly including targets discovery, bioactive compounds screening, toxicity evaluation, mechanism research and quality control research. Finally, we proposed prospective in the future and limitations of network pharmacology, expecting to provide new strategy and thinking on study for CM formula.展开更多
目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和C...目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,通过Systems Dock Web Site对成分与靶点进行分子对接验证。借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路-疾病网络。结果筛选得到黄芪25个活性成分,涉及47个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及氧化应激、足细胞凋亡和脂质代谢等生物过程,通过调节Ras、Rap1、MAPK、PI3K-Akt和AGE-RAGE等信号通路来发挥治疗NS的作用。结论黄芪中黄酮类、皂苷类等活性成分可能是其治疗NS的物质基础,其作用机制涉及抗细胞凋亡、抗氧化应激和调节脂质代谢等。展开更多
目的应用网络药理学方法探究川芎-当归药对的主要活性成分、靶点和药理作用机制。方法研究时间为2020年9—12月。首先以“川芎”“当归”为关键词,在TCMSP 2.3数据库中检索药材的成分、靶点和对应疾病数据,构建“药物-成分靶点-疾病”网...目的应用网络药理学方法探究川芎-当归药对的主要活性成分、靶点和药理作用机制。方法研究时间为2020年9—12月。首先以“川芎”“当归”为关键词,在TCMSP 2.3数据库中检索药材的成分、靶点和对应疾病数据,构建“药物-成分靶点-疾病”网络,进行基因本体(gene ontology,GO)分类富集分析、京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,探究“川芎-当归”药对作用机制。结果“药物-成分-靶点-疾病”网络包含2个药物、10个活性成分,71个作用靶点,191种疾病。关键靶点涉及环氧化酶2(PTGS2)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、雌激素受体(ESR1)、β2肾上腺素能受体(ADRB2)、周期蛋白依赖激酶2(CDK2)、热休克蛋白90(HSP90)、促分裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、胆碱能受体2(CHRM2)、5羟色胺受体2A(HTR2A)、凝血因子Ⅱ受体(F2R)、盐皮质激素受体(NR3C2)、内皮型一氧化氮合酶(NOS3)等,关键疾病涉及疼痛、心血管疾病、乳腺癌、阿尔茨海默病、炎症、癌症、焦虑症、精神分裂症、前列腺癌、实体肿瘤、脑损伤等。GO富集分析得到237个条目,包括生物过程178个,分子功能26个,细胞组成33个。通路富集分析包含66条通路,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、钙离子信号通道、癌症通路、5-羟色胺能突触、大肠癌、雌激素信号通路、心肌细胞的肾上腺素能信号、甲状腺激素信号通路、cAMP信号通路、血管内皮生长因子信号通路等。结论“川芎-当归”药对中多个成分作用于多个靶点和通路,对疼痛、心血管疾病、乳腺癌、阿尔茨海默病、炎症、癌症等多种疾病均一定的治疗作用。展开更多
文摘目的:分析鉴定大鼠口服五子衍宗丸后的血中移行成分,并初步探讨其治疗少弱精子症的网络药理机制。方法:建立UPLC-ESI-LTQ-Orbitrap方法,分析五子衍宗丸的体内成分,鉴定其血中移行成分。随后利用Stitch、DrugBank、OMIM数据库分别获得药物入血成分靶标及与少弱精子症相关的靶标信息。采用String数据库和Cytoscape软件构建五子衍宗丸入血成分-入血成分靶标-少弱精子症靶标网络,再根据网络拓扑结构特征值筛选核心靶标并明确其对应的入血成分并通过Systems Dock Web Site对预测结果进行分子对接验证。最后借助DAVID数据库对核心靶标进行生物学功能和KEGG通路富集分析。结果:鉴定了五子衍宗丸大鼠血中移行成分42个,网络药理分析共筛选到五子衍宗丸入血成分20个,核心靶标78个。其治疗少弱精子症可能主要涉及信号转导、分子功能、催化活性、内环境稳态、生物合成及代谢等生物学过程和神经活性配体-受体相互作用、钙信号、甾体激素生物合成、甘氨酸、丝氨酸及苏氨酸代谢等信号通路。结论:本研究初步阐明了五子衍宗丸的潜在药效物质基础,探讨了五子衍宗丸治疗少弱精子症的作用机制,为更进一步深入研究其药效物质及其药理机制提供了有益参考。
文摘目的 运用网络药理学方法探索中药威灵仙治疗癌性疼痛“药物成分-作用靶点-信号通路”的作用网络及其潜在调控机制。方法 采用中药系统药理学数据库网络平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)并结合研究报道筛选威灵仙的药物活性成分及作用靶点,通过人类基因信息网站(GeneCards)与在线数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)筛选出癌性疼痛的疾病靶点,对药物成分与疾病靶点进行匹配并构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。构建靶蛋白互作网络,利用R语言绘制柱状图找出关键基因,进行基因Symbol与基因ID转换,并对“成分-疾病”的交集基因进行GO及KEGG通路富集分析。结果 本次研究筛选到威灵仙28种潜在有效成分,33个潜在作用靶点。通过生物信息学分析,主要通过胆碱能突触通路、神经活性受体配体相互作用通路、“细胞凋亡-多物种”通路等信号通路发挥治疗癌性疼痛的作用。结论 威灵仙中皂苷类、甾醇类、黄酮及多元酚类可能是治疗癌性疼痛的物质基础,具有“多成分-多靶点”的调控作用,主要作用于中枢镇痛相关通路以及细胞凋亡等相关通路等。
基金Supported by the National Natural Science Foundation of China(No.81530102)Guangdong Provincial Science and Technology Agency Special Funds(No.2017B050504005)Guangzhou City Science and Technology Agency Special Funds(No.201803010069)
文摘Chinese medicine(CM) is usually prescribed as CM formula to treat disease. The lack of effective research approach makes it difficult to elucidate the molecular mechanisms of CM formula owing to its complicated chemical compounds. Network pharmacology is increasingly applied in CM formula research in recent years, which is identified suitable for the study of CM formula. In this review, we summarized the methodology of network pharmacology, including network construction, network analysis and network verification. The aim of constructing a network is to achieve the interaction between the bioactive compounds and targets and the interaction between various targets, and then find out and validate the key nodes via network analysis and network verification. Besides, we reviewed the application in CM formula research, mainly including targets discovery, bioactive compounds screening, toxicity evaluation, mechanism research and quality control research. Finally, we proposed prospective in the future and limitations of network pharmacology, expecting to provide new strategy and thinking on study for CM formula.
文摘目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,通过Systems Dock Web Site对成分与靶点进行分子对接验证。借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路-疾病网络。结果筛选得到黄芪25个活性成分,涉及47个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及氧化应激、足细胞凋亡和脂质代谢等生物过程,通过调节Ras、Rap1、MAPK、PI3K-Akt和AGE-RAGE等信号通路来发挥治疗NS的作用。结论黄芪中黄酮类、皂苷类等活性成分可能是其治疗NS的物质基础,其作用机制涉及抗细胞凋亡、抗氧化应激和调节脂质代谢等。
文摘目的应用网络药理学方法探究川芎-当归药对的主要活性成分、靶点和药理作用机制。方法研究时间为2020年9—12月。首先以“川芎”“当归”为关键词,在TCMSP 2.3数据库中检索药材的成分、靶点和对应疾病数据,构建“药物-成分靶点-疾病”网络,进行基因本体(gene ontology,GO)分类富集分析、京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,探究“川芎-当归”药对作用机制。结果“药物-成分-靶点-疾病”网络包含2个药物、10个活性成分,71个作用靶点,191种疾病。关键靶点涉及环氧化酶2(PTGS2)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、雌激素受体(ESR1)、β2肾上腺素能受体(ADRB2)、周期蛋白依赖激酶2(CDK2)、热休克蛋白90(HSP90)、促分裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、胆碱能受体2(CHRM2)、5羟色胺受体2A(HTR2A)、凝血因子Ⅱ受体(F2R)、盐皮质激素受体(NR3C2)、内皮型一氧化氮合酶(NOS3)等,关键疾病涉及疼痛、心血管疾病、乳腺癌、阿尔茨海默病、炎症、癌症、焦虑症、精神分裂症、前列腺癌、实体肿瘤、脑损伤等。GO富集分析得到237个条目,包括生物过程178个,分子功能26个,细胞组成33个。通路富集分析包含66条通路,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、钙离子信号通道、癌症通路、5-羟色胺能突触、大肠癌、雌激素信号通路、心肌细胞的肾上腺素能信号、甲状腺激素信号通路、cAMP信号通路、血管内皮生长因子信号通路等。结论“川芎-当归”药对中多个成分作用于多个靶点和通路,对疼痛、心血管疾病、乳腺癌、阿尔茨海默病、炎症、癌症等多种疾病均一定的治疗作用。
