北京黑猪全基因组ROH检测和选择信号分析

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作者 田晶晶 王晓庆 +5 位作者 李棉燕 王海玲 吴启钿 王立贤 张龙超 赵福平 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期3833-3842,共10页

旨在基于长纯合片段(ROH)和选择信号iHS分析北京黑猪群体的遗传结构,挖掘与经济性状相关的候选基因。本研究的对象为北京黑猪群体,平均日龄为210 d。对729头北京黑猪的illumina Porcine 50K芯片数据进行质控和填充后,进行ROH和iHS的分... 旨在基于长纯合片段(ROH)和选择信号iHS分析北京黑猪群体的遗传结构,挖掘与经济性状相关的候选基因。本研究的对象为北京黑猪群体,平均日龄为210 d。对729头北京黑猪的illumina Porcine 50K芯片数据进行质控和填充后,进行ROH和iHS的分析。本研究选择参与组成ROHs的前1%的SNPs作为ROH岛的阈值,将超过此阈值的区域称为ROH岛。保留标准化的iHS值中排在前1%的所有SNPs位点,将位点上下游各延伸200 kb作为选择信号iHS得到的强受选择区域。将选择信号的强受选择区域与ROH岛重叠的区段定为本研究的候选区域。本研究最终保留724个体和45585个SNPs,通过ROH分析共识别到10个ROH岛,这些岛内包含449个SNPs。iHS分析的结果显示,保留得分排在前1%的位点后,共有376个强受选择位点。最终,在iHS的强受选择区域与ROH岛的5个重叠区域内注释到18个基因,其中包括一些已知的影响猪肉质和生长发育过程的基因。本研究分析了北京黑猪群体ROH的分布,并结合选择信号,揭示了北京黑猪受选择的位点和候选基因,该研究结果为深入探讨北京黑猪的群体特性及经济性状的遗传机制提供重要参考。 展开更多

关键词 北京黑猪 芯片数据 ROH IHS

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基于芯片和填充测序数据的肉鸡屠宰性状基因组选择准确性评估 被引量：1

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作者 尹畅 朱墨 +3 位作者 陈艳茹 童世锋 赵桂苹 刘杨 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第15期3032-3039,共8页

【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大,随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降,基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上,标记密度更高可获得更高准... 【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大,随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降,基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上,标记密度更高可获得更高准确性的估计育种值。因为影响目标性状的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)至少与覆盖全基因组范围的高密度标记中的一个标记处于连锁不平衡状态。所以,较高密度的标记水平,理论上标记与QTL之间的紧密连锁更好,从而保证了较高的预测准确性。但也有研究表明,填充测序数据与芯片数据相比,基因组预测的准确性提升并不明显。【目的】利用GBLUP方法,通过比较填充测序数据和芯片数据在肉鸡屠宰性状的基因组选择准确性,为肉鸡基因组选择育种的基因分型策略提供理论依据。【方法】依据芯片数据和填充测序(whole-genome sequence,WGS)数据,利用GBLUP方法,针对白羽肉鸡胸肌重、屠体重和腿肌重性状进行基因组预测,对其在基因组预测的准确性进行比较。首先,使用“京芯一号”鸡55 K SNP芯片对3362只鸡进行基因分型,并从第7世代的第9批次中随机选取230只鸡进行全基因组重测序,然后利用Beagle 5.1软件将55 K SNP芯片数据填充至重测序数据水平。为避免染色体大小对填充准确性的影响,将选择鸡较大的3号染色体和较小的14号染色体来进行计算等位基因准确率(allele correct rate,CR)和基因型相关系数(correlation,Cor),并以此判断填充准确性。利用填充测序数据对3个屠宰性状的基因组育种值进行预测,并采用5-折交叉验证的方法评价预测结果的准确性、秩相关和无偏性。【结果】两条染色体的平均等位基因准确率为0.924,平均基因型相关系数为0.885,填充准确率较高,可以用于后期基因组预测研究。SNP芯片数据基因组育种值的� 展开更多

关键词 白羽肉鸡 屠宰性状 基因组育种值预测 填充测序数据 芯片数据 评估

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基于Pearson系数的芯片数据预处理方法 被引量：1

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作者 王修竹 刘自伟 +1 位作者 齐阳 鲍竞 《计算机时代》 2006年第11期37-38,共2页

数据预处理可以大大降低数据挖掘算法的成本和提高数据挖掘的效率,尤其对于海量和高维的基因表达数据更为重要。针对K-means算法对数据预处理手段敏感的问题,文章提出了一种以管家基因法初始化数据、Pearson系数度量芯片数据相似性的预... 数据预处理可以大大降低数据挖掘算法的成本和提高数据挖掘的效率,尤其对于海量和高维的基因表达数据更为重要。针对K-means算法对数据预处理手段敏感的问题,文章提出了一种以管家基因法初始化数据、Pearson系数度量芯片数据相似性的预处理方法。具体的实验数据证明了该方法能很好地解决上述问题并有效地提高k-means算法的收敛速度。 展开更多

关键词 管家基因法 Pearson相关系数 K.均值聚类 芯片数据

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元征X-431 GⅢ实测:大众奥迪MQB平台发动机ECU更换功能操作说明

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《汽车维修与保养》 2021年第6期50-51,共2页

元征X-431 GⅢ适用于汽车电子行业、维修厂等专业用户,可用于读写汽车钥匙芯片数据,包括EEPROM读写、车载MCU读写、奔驰红外钥匙读写、宝马发动机INS码读取、宝马CAS4+/FEM芯片读写以及生成专用钥匙等。实测车型更换MQB发动机ECU。优势... 元征X-431 GⅢ适用于汽车电子行业、维修厂等专业用户,可用于读写汽车钥匙芯片数据,包括EEPROM读写、车载MCU读写、奔驰红外钥匙读写、宝马发动机INS码读取、宝马CAS4+/FEM芯片读写以及生成专用钥匙等。实测车型更换MQB发动机ECU。优势如下:1.原车发动机完全损坏也能更换操作,不需要从原车发动机ECU读取;2.对于被第三方设备修改了数据导致无法使用专检做在线更换功能的汽车,X431 GⅢ也可更换操作。 展开更多

关键词 汽车钥匙 完全损坏 在线更换 功能操作 芯片数据 大众奥迪

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浅谈芯片数据提取在手机取证中的应用

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作者 肖劲华 《黑龙江科技信息》 2016年第14期150-151,共2页

移动终端设备已经成为人们日常生活、工作、学习和娱乐一个必备的工具,同时也成为部分不法分子的犯罪工具,因此对保存有大量个人信息和隐私数据涉案移动终端设备进行电子数据检验,成为案件侦查过程中办案人员查找嫌疑人犯罪线索或固定... 移动终端设备已经成为人们日常生活、工作、学习和娱乐一个必备的工具,同时也成为部分不法分子的犯罪工具,因此对保存有大量个人信息和隐私数据涉案移动终端设备进行电子数据检验,成为案件侦查过程中办案人员查找嫌疑人犯罪线索或固定犯罪证据的重要手段。JTAG技术、ISP技术能有效解决取证工作人员在手机取证中的特殊需求。 展开更多

关键词 芯片数据 手机取证 JTAG技术 ISP技术

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科技

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《中国畜牧业》 2021年第16期12-13,共2页

牧医所揭示不同尾型中国绵羊品种群体遗传差异近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所利用高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片数据对我国不同尾型的地方绵羊品种进行了有效群体大小估计、全基因组长纯合片段... 牧医所揭示不同尾型中国绵羊品种群体遗传差异近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所利用高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片数据对我国不同尾型的地方绵羊品种进行了有效群体大小估计、全基因组长纯合片段(ROH)扫描及高频ROH基因组区段鉴定,检测出不同群体特有和共有的ROH基因组区段,为保护和开发利用我国地方绵羊品种、深度挖掘功能基因提供了重要参考。相关成果发表在《畜牧与生物技术杂志(Journal of Animal Science and Biotechnology)》(IF=5.032)上。 展开更多

关键词 绵羊品种 有效群体大小 单核苷酸多态性 功能基因 纯合 芯片数据 尾型

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基于芯片数据的肺动脉高压特征基因分析

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作者 缪冉 冷冬 +1 位作者 梁燕 王颖 《临床和实验医学杂志》 2017年第7期629-632,共4页

目的分析肺动脉高压(PAH)肺组织来源的表达谱基因芯片数据,研究差异表达基因。方法检索基因表达谱汇编数据库中GSE15197数据。用非监督性聚类、监督性分类、主成分分析的方法得到可以将PAH肺组织样本与正常对照区分开的显著差异的特征... 目的分析肺动脉高压(PAH)肺组织来源的表达谱基因芯片数据,研究差异表达基因。方法检索基因表达谱汇编数据库中GSE15197数据。用非监督性聚类、监督性分类、主成分分析的方法得到可以将PAH肺组织样本与正常对照区分开的显著差异的特征基因。用基因功能注释分析和蛋白间关联分析方法描述PAH特征基因的功能及涉及的相关信号通路。结果与正常对照相比,PAH肺组织表达显著差异特征基因有167个,功能上主要涉及蛋白的乙酰化、磷酸化等生物学术语,且存在着相互关联作用。结论 PAH差异表达特征基因及其功能注释不仅为深入研究疾病发生发展机制提供重要线索,也为有效诊断和治疗疾病提供必要理论基础。 展开更多

关键词 肺动脉高压 差异表达基因 芯片数据

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类风湿关节炎差异表达基因的免疫浸润机制及潜在中药治疗预测 被引量：16

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作者 沈浮 邝高艳 +5 位作者 杨卓 文猛 朱恺民 余桂枝 徐无忌 邓博 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第14期2183-2191,共9页

背景:类风湿关节炎的发病机制目前尚不完全明确,免疫失衡是类风湿关节炎发病的重要环节,而免疫浸润在类风湿关节炎中的相关调控机制的研究较少。目的:利用GEO基因芯片数据库,对类风湿关节炎基因探针芯片数据进行通路富集和免疫浸润分析... 背景:类风湿关节炎的发病机制目前尚不完全明确,免疫失衡是类风湿关节炎发病的重要环节,而免疫浸润在类风湿关节炎中的相关调控机制的研究较少。目的:利用GEO基因芯片数据库,对类风湿关节炎基因探针芯片数据进行通路富集和免疫浸润分析,并对类风湿关节炎免疫调节相关生物学过程进行中药预测,为深入了解类风湿关节炎的免疫相关机制及中药干预免疫调节提供理论依据。方法:检索类风湿关节炎滑膜组织相关基因探针的GEO基因芯片数据库,并以正常滑膜组织作为对照,利用STRING数据库对差异基因进行蛋白网络互作分析,并筛选出核心靶基因;运用R语言及相关安装包程序对类风湿关节炎差异基因进行基因本体论(GO)及基因通路富集分析(KEGG);通过CIBERSORT反卷法对22类免疫细胞在类风湿关节炎组及对照组的含量及比例进行分析;利用COREMINE数据库对显著富集的免疫相关的生物学过程及核心靶基因进行预测。结果与结论:①类风湿关节炎相关的蛋白网络互作核心靶基因涉及CDC20,GNB3,QSOX1和与趋化因子相关的12个基因;②基因本体论分析显示上调的基因与免疫炎症关系更为密切;③基因通路富集分析显示类风湿关节炎免疫调节与趋化因子信号通路、白细胞介素17相关通路以及核转录因子κB通路密切相关;④对免疫细胞的浸润矩阵分析结果表明,浆细胞、记忆B细胞和M0巨噬细胞在类风湿关节炎组的比例显著增高,而M2巨噬细胞及静息肥大细胞在类风湿关节炎滑膜组织显著减少;⑤在免疫细胞间相关性分析中类风湿关节炎的未活化的自然杀伤细胞与中性粒细胞呈强烈正相关,活化的CD4~+记忆性T细胞与活化的自然杀伤细胞负相关性最强;⑥通过COREMINE预测发现,桑叶、鱼脑石和山药与类风湿关节炎相关免疫途径及核心靶基因的关系最为密切,其机制可能与作用于CCR5,CX 展开更多

关键词 类风湿关节炎 免疫浸润 GEO基因芯片数据库 生物信息学 CIBERSORT反卷法 中药预测 信号通路 机制研究

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家蚕普通气味结合蛋白基因的表达及分子进化研究 被引量：7

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作者 张升祥 徐世清 +3 位作者 王更先 周晓玲 王桂花 崔为正 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期610-618,共9页

昆虫的普通气味结合蛋白(general odorant binding protein,GOBP)是气味结合蛋白(odorant binding protein,OBP)家族中的重要成员,与昆虫感受低特异性气味分子刺激相关,在觅食、求偶等生理行为过程中发挥重要的作用。基于家蚕5龄第3天... 昆虫的普通气味结合蛋白(general odorant binding protein,GOBP)是气味结合蛋白(odorant binding protein,OBP)家族中的重要成员,与昆虫感受低特异性气味分子刺激相关,在觅食、求偶等生理行为过程中发挥重要的作用。基于家蚕5龄第3天幼虫的基因芯片和蛹期、成虫期的RT-PCR表达谱分析发现,家蚕的GOBP1蛋白基因(gobp1)主要在幼虫的头部及蛹和成虫的触角中表达,在幼虫的睾丸以及成虫的胸足、体壁、脂肪体等非感受器官中也有表达,而GOBP2蛋白基因(gobp2)的表达谱和gobp1相比明显较窄。该结果表明家蚕gobp1以感受气味分子刺激的功能为主,同时还可能具有其他尚未被发现的生理功能;而家蚕gobp2可能具有对气味感受更高、更专一的功能特点。对家蚕及其他12种鳞翅目昆虫的GOBP蛋白序列比对发现,各物种间的GOBP蛋白序列相似性很高,蛋白二级结构元件也高度相似,具有的昆虫OBP典型结构中的半胱氨酸(C)位点非常保守。基于非同义突变与同义突变比值(Ka/Ks)的分子进化分析显示,13种鳞翅目昆虫的GOBP蛋白基因仅有棉铃虫gobp1在分化中受到正向选择作用,揭示不同昆虫的GOBP蛋白基因可能具有相似的生理功能。 展开更多

关键词 家蚕 普通气味结合蛋白 基因表达 分子进化 基因芯片数据

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基于小波低频系数基因芯片数据的特征提取 被引量：7

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作者 刘玉杰 刘毅慧 《生物信息学》 2011年第3期255-258,262,共5页

特征提取和分类是模式识别中的关键问题。结合小波分析理论和支持向量机理论,构造分类器模型,将前列腺癌基因芯片数据分成癌症和正常两种。提取小波低频系数表征原始数据并送入支持向量机分类器分类,实验证明:提取db1小波4层分解下的低... 特征提取和分类是模式识别中的关键问题。结合小波分析理论和支持向量机理论,构造分类器模型,将前列腺癌基因芯片数据分成癌症和正常两种。提取小波低频系数表征原始数据并送入支持向量机分类器分类,实验证明:提取db1小波4层分解下的低频系数,送入分类器分类后正确分类率达到93.53%。Haar小波的正确率是92.94%。可见提取不同小波低频系数,得到的分类效果相差不大。 展开更多

关键词 小波分析 支持向量机 前列腺癌基因芯片数据 交叉验证 小波低频系数

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基于基因芯片数据的肾乳头状细胞癌生物信息学分析

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作者 谢留磊 王璜 +1 位作者 马丁 任瑞民 《现代泌尿生殖肿瘤杂志》 2024年第3期175-176,192,共3页

肾癌(renal cell carcinoma, RCC)是全球第13种常见的恶性肿瘤,而且发病率正在逐年上升,约占所有成人恶性肿瘤的2%~3%[1-2],其中,肾乳头状细胞癌(papillary renal cell carcinoma, PRCC)是仅次于肾透明细胞癌的第二大常见类型,占肾细胞... 肾癌(renal cell carcinoma, RCC)是全球第13种常见的恶性肿瘤,而且发病率正在逐年上升,约占所有成人恶性肿瘤的2%~3%[1-2],其中,肾乳头状细胞癌(papillary renal cell carcinoma, PRCC)是仅次于肾透明细胞癌的第二大常见类型,占肾细胞癌的10~15%,且预后比较差[3-4]。 展开更多

关键词 肾透明细胞癌 肾细胞癌 肾乳头状细胞癌 成人恶性肿瘤 肾癌 基因芯片数据 生物信息学分析 常见类型

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减体积肝移植模型大鼠肝脏组织miRNAs表达谱变化 被引量：5

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作者 高红强 李志强 +4 位作者 王海富 薛国友 刘静 陈刚 李立 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2016年第5期712-717,共6页

背景:活体肝移植后肝脏再生是影响肝移植预后的关键因素,目前尚未见调控活体肝移植术后肝脏再生的特异性微小RNA(miRNA)的报道。目的:分析miRNAs在大鼠减体积肝移植后各时间点表达谱的变化,挑选并验证目的 miRNAs,为大鼠减体积肝移植后... 背景:活体肝移植后肝脏再生是影响肝移植预后的关键因素,目前尚未见调控活体肝移植术后肝脏再生的特异性微小RNA(miRNA)的报道。目的:分析miRNAs在大鼠减体积肝移植后各时间点表达谱的变化,挑选并验证目的 miRNAs,为大鼠减体积肝移植后肝脏再生干预策略提供靶标miRNAs,为临床活体肝移植后肝脏再生研究提供理论依据。方法:分别建立大鼠减体积肝移植模型和假手术模型,利用miRNAs基因芯片技术检测miRNAs表达谱的差异。在差异表达的miRNAs中挑选出目的 miRNAs进行实时定量PCR检测,验证芯片结果的可信性。结果与结论:与假手术组大鼠肝组织相比,大鼠减体积肝移植肝脏组织中表达上调的miRNAs有11个,分别为let-7b-5p,let-7c-5p,miR-101a-3p,miR-103-3p,miR-130a-3p,miR-142-5p,miR-186-5p,miR-199a-3p,miR-21-5p,221-3p,miR-34a-5p;表达下调的miRNAs有4个miR-26b-5p,miR-150-5p,miR-19a-3p,rno-miR-146-5p。将挑选出的目的 miRNAs进行PCR验证发现,miR-221-3p,miR-199a-3p在24 h,48 h,1周表达量与所对应的芯片结果近似,各自变化趋势与芯片结果一致,说明miRNA芯片结果可信。结果证实,大鼠减体积肝移植后伴有miRNAs表达谱的变化,实验挑选并验证了目的 miRNAs。 展开更多

关键词 组织工程 肝移植 芯片 实验动物 移植动物模型 大鼠减体积肝移植 消化系统损伤模型 肝脏 微小RNA MIRNAS MICROARRAY PCR 反转录 miRNAs表达谱 miRNAs芯片数据分析

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线性判别分析和降维方法应用于基因芯片数据分析 被引量：4

13

作者 胡煜 《甘肃联合大学学报（自然科学版）》 2008年第1期29-33,共5页

主要采用偏最小二乘法和线性判别分析(LDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析.PCA,PLS是一种提取海量数据有效特征的有效方法,而且可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果.比较PCA降维和PLS降维对LD... 主要采用偏最小二乘法和线性判别分析(LDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析.PCA,PLS是一种提取海量数据有效特征的有效方法,而且可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果.比较PCA降维和PLS降维对LDA统计判别分类的效果.得出的结论可为工业应用提供科学依据. 展开更多

关键词 基因芯片数据分析 偏最小二乘法(PLS) 主分量分析(PCA) 线性判别分析(LDA)

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基于生物信息学分析对儿童克罗恩病核心发病基因预测及诊治意义

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作者 王睿孜 薛福敏 +1 位作者 于志丹 李小芹 《现代医药卫生》 2023年第11期1801-1808,共8页

目的应用生物信息学方法筛选出儿童克罗恩病(PCD)的差异基因(DEGs),探讨PCD的致病机制,为PCD的诊疗提供潜在靶点。方法从基因表达数据库(GEO)中获得健康对照和PCD患儿结肠组织的芯片数据库GSE126124,通过基因分析表达工具(GEO2R)筛选出D... 目的应用生物信息学方法筛选出儿童克罗恩病(PCD)的差异基因(DEGs),探讨PCD的致病机制,为PCD的诊疗提供潜在靶点。方法从基因表达数据库(GEO)中获得健康对照和PCD患儿结肠组织的芯片数据库GSE126124,通过基因分析表达工具(GEO2R)筛选出DEGs。然后利用DAVID数据库对PCD的DEGs进行基因本体(GO)分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。应用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络(PPI),并通过Cytoscape3.9.1软件识别出前24个核心基因。最后在GSE3365基因芯片数据库中对核心基因进行表达量验证。结果从GSE126124芯片数据库中发现共有141个DEGs,其中39个上调,102个下调。这些DEGs参与免疫调节、肠道适应性改变、肠道黏膜屏障功能变化等多种细胞活动和机体调节。PPI共筛选出24个潜在核心基因,在验证数据库中均有明显的表达差异,其中兔CXC趋化因子配体2(CXCL2)、白细胞介素(IL)-1β差异最为显著。结论核心基因如CXCL2、IL-1β等很可能是PCD致病的关键基因,可能会成为PCD诊治的潜在靶点。 展开更多

关键词 儿童克罗恩病 克罗恩病核心基因 GEO芯片数据库 生物信息学

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基于生物信息学方法挖掘胃癌相关lncRNA

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作者 童蕾 丁显廷 《锦州医科大学学报》 CAS 2023年第4期39-46,共8页

目的本研究对4对胃癌患者癌组织及癌旁组织的lncRNA和mRNA进行表达谱定量分析,通过生物信息学方法挖掘到潜在胃癌相关的靶标分子。方法利用基因技术筛选样品得到差异lncRNA和mRNA,对差异lncRNA和mRNA构建共表达网络图,对候选lncRNA利用U... 目的本研究对4对胃癌患者癌组织及癌旁组织的lncRNA和mRNA进行表达谱定量分析,通过生物信息学方法挖掘到潜在胃癌相关的靶标分子。方法利用基因技术筛选样品得到差异lncRNA和mRNA,对差异lncRNA和mRNA构建共表达网络图,对候选lncRNA利用UCSC重新注释,预测lncRNA结合TF和蛋白,利用GO和KEGG数据库富集分析lncRNA共表达基因和结合蛋白从而推测lncRNA参与功能。结果共筛选出了543个差异lncRNA以及2705个mRNA,GO功能分析显示lncRNA共表达基因参与transferase activity、immune system process、regulation of cell differentiation、immune response、cell differentiation,KEGG通路富集分析显示lncRNA共表达基因参与transferase activity、cell differentiation、p53 signaling pathway、TGF-beta signaling pathway通路。ENST00000444102是一个保守lncRNA,胃癌中显著上调参与肿瘤通路过程。结论ENST00000444102这条lncRNA参与多种肿瘤相关通路,可能成为潜在的胃癌预后、诊断和治疗的治疗靶点。lncRNA参与多种肿瘤相关通路ENST00000444102,可能成为潜在的胃癌预后、诊断和治疗的治疗靶点。 展开更多

关键词 胃癌 基因芯片数据分析 lncRNA分子 生物信息学

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基于GEO数据库生物信息学方法分析子宫内膜癌相关基因和候选通路 被引量：4

16

作者 王治 洪莉 +1 位作者 李素廷 曾婉玲 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期804-809,I0006,共7页

目的:通过生物信息学方法分析与子宫内膜癌(EC)发生发展相关的关键基因和候选通路,探讨EC的发病机制和治疗靶点。方法:自公共基因芯片数据库(GEO)下载EC芯片数据集GSE17025和GSE63678,使用GEO2R在线分析工具和R软件筛选EC癌组织与癌旁... 目的:通过生物信息学方法分析与子宫内膜癌(EC)发生发展相关的关键基因和候选通路,探讨EC的发病机制和治疗靶点。方法:自公共基因芯片数据库(GEO)下载EC芯片数据集GSE17025和GSE63678,使用GEO2R在线分析工具和R软件筛选EC癌组织与癌旁组织的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,采用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作网络(PPI)分析,最后采用Cytoscape软件对PPI网络进行可视化并进行模块分析。结果:对芯片数据集GSE17025和GSE63678进行DEGs分析后共获取100个共同上调基因和106个共同下调基因。GO富集分析DEGs主要富集于有丝分裂染色体分离、核分裂和细胞器分裂等生物学过程;KEGG信号通路分析DEGs主要富集于细胞周期、miRNA、p53信号通路和2型糖尿病等信号通路。通过Cytoscape软件分析,PPI网络中细胞分裂周期基因20(CDC20)、极光激酶A(AURKA)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)、泛素E3连接酶(DTL)、中心体相关蛋白55(CEP55)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、驱动蛋白家族成员11(KIF11)、母体胚胎亮氨酸拉链激酶(MELK)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)和苯并咪唑出芽抑制解除同源物蛋白1(BUB1)被筛选为关键基因。结论:细胞周期相关基因与通路调控网络的失调可能是EC发病的主要机制。 展开更多

关键词 生物信息学 子宫内膜癌 差异基因 基因表达汇编芯片数据集

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基于元分析的差异表达基因识别 被引量：3

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作者 吴佳楠 周春光 +3 位作者 刘桂霞 沈薇 郑明 周柚 《吉林大学学报（工学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1262-1266,共5页

针对传统差异表达基因识别方法不能处理异质性数据集以及分析结果偏差较大的问题,提出了一个基于元分析及标准差过滤技术的差异表达基因识别算法标准差排序分析(RS-DM)。对来自于不同实验平台的数据进行整合分析,过滤掉伪差异表达基因PD... 针对传统差异表达基因识别方法不能处理异质性数据集以及分析结果偏差较大的问题,提出了一个基于元分析及标准差过滤技术的差异表达基因识别算法标准差排序分析(RS-DM)。对来自于不同实验平台的数据进行整合分析,过滤掉伪差异表达基因PDEGs,并找出遗失的真正的差异表达基因TDEGs。经实验验证,算法简单有效。 展开更多

关键词 计算机应用 生物信息学 元分析 差异表达基因识别 基因芯片数据 标准差

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微阵列芯片分析miR-125b-5p在胃癌中的表达及临床意义 被引量：3

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作者 张烜烽 陈正威 +1 位作者 章安伟 步雪峰 《江苏大学学报（医学版）》 CAS 2019年第3期253-257,263,共6页

目的:运用生物信息学技术分析胃癌中microRNA表达特征。方法:使用R语言软件包分析GEO芯片数据集的两个子集中的miRNA表达量的差异;采用qRT-PCR技术检测本院60例胃癌患者癌组织及20例胃癌手术患者癌旁组织中miR-125b-5p的表达量,统计分... 目的:运用生物信息学技术分析胃癌中microRNA表达特征。方法:使用R语言软件包分析GEO芯片数据集的两个子集中的miRNA表达量的差异;采用qRT-PCR技术检测本院60例胃癌患者癌组织及20例胃癌手术患者癌旁组织中miR-125b-5p的表达量,统计分析其表达特征与分化程度、TNM分期、性别、年龄、家族史及肿瘤直径之间的关系。结果:miR-125b-5p在GSE93415和GSE99415中的表达均上调,且其在胃癌组织与癌旁胃组织表达量差异具有统计学意义(P<0.05)。使用qRT-PCR验证了miR-125b-5p在胃癌组织中的表达高于癌旁组织的趋势,miR-125b-5p表达量与TNM分期和浸润程度有关(P<0.05),与年龄、性别、家族史、肿瘤直径和分化程度均无关(P>0.05);高表达miR-125b-5p的胃癌患者生存期明显缩短。结论:胃癌组织miR-125b-5p高表达,且与胃癌TNM分期、浸润程度及总生存率有关。 展开更多

关键词 miR-125b-5p 胃癌 生物信息学 GEO芯片数据集

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主分量分析方法和二次判别分析方法应用于基因芯片数据分析 被引量：3

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作者 胡煜 《广东技术师范学院学报》 2007年第10期25-27,24,共4页

本文主要采用主分量分析方法和二次判别分析(QDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析。PCA是一种提取海量的数据有效特征的有效方法。可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果。实验表明采用PCA方法... 本文主要采用主分量分析方法和二次判别分析(QDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析。PCA是一种提取海量的数据有效特征的有效方法。可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果。实验表明采用PCA方法事先对数据处理不可以提高基因芯片数据分析的准确性。得出结论可为工业应用提供科学依据。 展开更多

关键词 基因芯片数据分析 主分量分析 二次判别分析(QDA)

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基于小波高频系数基因芯片数据的特征提取 被引量：3

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作者 刘玉杰 刘毅慧 《生物信息学》 2011年第4期339-343,共5页

结合小波分析理论与支持向量机理论,构造分类器模型,将前列腺癌基因芯片数据分成癌症和正常两种。本文着重研究小波高频系数基因芯片数据的特征提取,并通过实验对比小波高频系数和低频系数特征提取对分类器性能的影响。其中haar小波3层... 结合小波分析理论与支持向量机理论,构造分类器模型,将前列腺癌基因芯片数据分成癌症和正常两种。本文着重研究小波高频系数基因芯片数据的特征提取,并通过实验对比小波高频系数和低频系数特征提取对分类器性能的影响。其中haar小波3层分解提取高频系数,送入分类器分类后,得到的正确分类率为93.31%。db1小波4层分解提取低频系数,送入分类器分类后,得到的正确分类率为93.53%。小波低频系数特征提取分类效果总体上好于高频系数,分类器性能稳定。 展开更多

关键词 小波分析 支持向量机 前列腺癌基因芯片数据 低频系数 高频系数

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