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土壤类型对花生根际土壤细菌群落多样性和产量的影响 被引量:13
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作者 徐扬 张冠初 +3 位作者 丁红 秦斐斐 张智猛 戴良香 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期221-234,共14页
为了解不同土壤类型花生根际土壤细菌菌群多样性差异与产量的关系,明确不同土壤类型花生生产特性的区域优势,以6个花生主产区代表性土壤为研究对象,采用盆栽实验利用高通量测序技术研究不同土类花生根际土与非根际土细菌群落结构和变化... 为了解不同土壤类型花生根际土壤细菌菌群多样性差异与产量的关系,明确不同土壤类型花生生产特性的区域优势,以6个花生主产区代表性土壤为研究对象,采用盆栽实验利用高通量测序技术研究不同土类花生根际土与非根际土细菌群落结构和变化特征。对6个土壤样品细菌菌群丰富度和多样性分析显示,湖南邵阳红壤细菌丰富度和多样性均较低,河北滦县褐土细菌丰富度和多样性均较高。放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)及芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)等为共有优势菌门,但在不同土壤类型样本中的菌群丰度存在明显差异,其中湖南邵阳红壤中绿弯菌门优势最明显,其他土壤类型放线菌门和变形菌门优势较明显。根际土与非根际土细菌门丰度间有差异,湖南邵阳红壤根际土与非根际土各细菌门(包括放线菌门、变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门以及厚壁菌门)丰度变化程度较其它地区大。冗余分析表明,土壤酸碱度(pH)、有机质(ORM)、碱解氮(N),速效磷(P)和速效钾(K)等土壤理化因子对细菌菌群组成和物种丰度均有影响,但影响程度和正负相关性因土壤类型而异,河南焦作潮褐土细菌菌群与所有土壤理化因子均为锐角,呈显著正相关;而湖南邵阳红壤细菌菌群与所有因子间均为钝角,呈显著负相关。统计学分析显示,吉林公主岭黑土、新疆石河子棕钙土和山东沂南褐土荚果产量较高,湖南邵阳红壤荚果产量较低。优势菌门变形菌门在吉林公主岭黑土、新疆石河子棕钙土和山东沂南褐土中相对丰度高于湖南邵阳红壤,属水平鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)相对丰度在山东沂南褐土和吉林公主岭黑土也较高,推测变形菌门和鞘氨醇单胞菌属在花生生长发育和荚果产量提高方面是有利的。不同土壤类型花生根际 展开更多
关键词 花生 根际 花生主产区 土壤类型 细菌多样性 16S rRNA
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基于高通量测序技术分析天津高温大曲微生物菌群多样性 被引量:4
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作者 孙羊羊 尹亚格 +6 位作者 吴雨甍 李继齐 李昂 杨珍 杜子平 王华威 杜丽平 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第5期28-34,共7页
以贵州高温大曲为对照,基于高通量测序技术对天津高温大曲微生物多样性进行分析。结果表明,与贵州高温大曲相比,天津高温大曲的细菌群落物种丰富度较大且多样性更高,而真菌群落相反。两个高温大曲样品的共有优势细菌属为海洋芽孢杆菌属(... 以贵州高温大曲为对照,基于高通量测序技术对天津高温大曲微生物多样性进行分析。结果表明,与贵州高温大曲相比,天津高温大曲的细菌群落物种丰富度较大且多样性更高,而真菌群落相反。两个高温大曲样品的共有优势细菌属为海洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus)、克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)、枝芽孢杆菌属(Virgibacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora),共有优势真菌属为热子囊菌属(Thermoascus)、嗜热真菌属(Thermomyces)、红曲霉属(Monascus)、曲霉属(Aspergillus)、丝衣霉属(Byssochlamys)。而天津高温大曲还含有葡萄球菌属(Staphylococcus)、链霉菌属(Streptomyces)两个特有优势细菌属,以及毕赤酵母属(Pichia)和根霉属(Rhizopus)两个特有优势真菌属。本研究结果初步揭示了天津高温大曲的微生物菌群结构,为后续天津高温大曲研究奠定基础。 展开更多
关键词 高通量测序 天津高温大曲 细菌多样性 多样性
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基于16S rDNA序列的柑桔木虱体内共生菌多样性研究 被引量:8
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作者 殷幼平 刘婷婷 +3 位作者 田圣超 胡修峰 吴东 王中康 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期664-674,共11页
昆虫消化道内是一个复杂的微生态系统,有大量的微生物存在。这些微生物对寄主发育、营养吸收和防御方面都起着重要的作用。本文利用基于16S rRNA基因的PCR-RFLP指纹图谱法和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,D... 昆虫消化道内是一个复杂的微生态系统,有大量的微生物存在。这些微生物对寄主发育、营养吸收和防御方面都起着重要的作用。本文利用基于16S rRNA基因的PCR-RFLP指纹图谱法和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)的方法对柑桔黄龙病虫-媒柑桔木虱Diaphorina citri体内细菌菌群多样性进行了研究。经PCR-RFLP分析显示31条序列与变形菌门的假单胞菌科、肠杆菌科、黄单胞菌科、伯克氏菌科、立克次氏菌科和根瘤菌科细菌具有较高同源性。柑桔木虱内共生细菌的优势菌群依次为合胞体共生菌(syncytium endosymbiont)(同源性99%,5条序列,分离频率31%)、Candidatus Carsonella ruddii和Mycetocyte内共生菌(同源性98%,5条序列,分离频率31%)以及亚洲韧皮杆菌(Candidatus Liberibacter asiaticus)和内共生菌Wolbachia。对柑桔木虱内生细菌16S rDNA V3区序列的PCR-DGGE分析,条带相似性的UPMAGA聚类分析表明,采自九里香Murraya paniculata的柑桔木虱内生细菌大多聚为一支,而来自柑桔的聚在另一支,说明寄主差异对柑桔木虱内生细菌菌群构成的影响大于地理位置的影响。将PCR-DGGE条带测序,序列经GenBank序列比对发现柑桔木虱内生细菌主要属于变形菌门假单胞菌科、立克次氏菌科、肠杆菌科、黄单胞菌科以及厚壁菌门链球菌科和芽孢杆菌科。合胞体共生菌(条带3-4)因其稳定存在于木虱体内且不随柑桔木虱寄主和地理位置的改变而变化,可能是柑桔木虱体内的优势共生菌;内共生细菌Wolbachia也在柑桔木虱内稳定存在,表明我国柑桔木虱感染Wolbachia是普遍现象。PCR-RFLP和PCR-DGGE两种方法相结合较好地反映了柑桔木虱内生细菌菌群的多样性,而且均显示出柑桔木虱内的合胞体共生菌是主要的优势菌群。 展开更多
关键词 柑桔木虱 共生 16SrDNA 细菌多样性 变性梯度凝胶电泳(DGGE) RFLP分析
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丹江镇辣椒红酸汤细菌菌群多样性分析及抗食源性致病菌乳酸菌筛选 被引量:5
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作者 宫路路 赵志敏 +2 位作者 杨颜 王若曦 李洁 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第9期93-98,共6页
以贵州丹江镇传统辣椒红酸汤为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术进行细菌菌群多样性分析,结合微生物纯培养技术和双层平板法从中分离优势乳酸菌,通过分子生物学技术对其进行菌种鉴定,并筛选抗食源性致病菌乳酸菌。结果表明,... 以贵州丹江镇传统辣椒红酸汤为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术进行细菌菌群多样性分析,结合微生物纯培养技术和双层平板法从中分离优势乳酸菌,通过分子生物学技术对其进行菌种鉴定,并筛选抗食源性致病菌乳酸菌。结果表明,辣椒红酸汤样品中的优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)。从辣椒红酸汤样品中共分离得到17株乳酸菌,经鉴定,11株为干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、3株为副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)、1株为副干酪乳杆菌亚种(Lactobacillus paracasei subsp.)、1株为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、1株为乳酸杆菌(Lactobacillus sp.),其中4株乳酸菌具有较好的产酸和抑菌性能,且干酪乳杆菌ST7-14的抑菌能力最好,对蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)ST2-1和阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)ST2-6的抑菌圈直径分别为37.0 mm和31.5 mm。 展开更多
关键词 辣椒红酸汤 高通量测序 细菌多样性 乳酸
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河套地区中温大曲细菌菌群多样性解析及其风味品质评价 被引量:1
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作者 邹铨 张敏 +2 位作者 李擎 郭壮 王玉荣 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第10期73-79,共7页
为解析内蒙古河套地区中温大曲细菌类群及风味品质,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自该地区的5份中温大曲细菌菌群结构及功能进行解析,同时采用电子鼻技术检测大曲风味品质,并通过纯培养技术对大曲中可培养芽孢杆菌(Baci... 为解析内蒙古河套地区中温大曲细菌类群及风味品质,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自该地区的5份中温大曲细菌菌群结构及功能进行解析,同时采用电子鼻技术检测大曲风味品质,并通过纯培养技术对大曲中可培养芽孢杆菌(Bacillus)进行分离鉴定。结果表明,大曲中优势细菌属包括高温放线菌属(Thermoactinomyces)、乳杆菌属(Lactobacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、魏斯氏菌属(Weissella)、水杆菌属(Aquabacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、嗜糖假单胞菌属(Pelomonas)、明串珠球菌属(Leuconostoc)、片球菌属(Pediococcus)和青枯菌属(Ralstonia),累积平均相对含量为89.31%。其中Bacillus与有机硫化物、萜类物质、氮氧化物和芳香类物质之间存在显著正相关性(P<0.05),Saccharopolyspora与有机硫化物呈显著正相关(P<0.05)。基因功能预测显示,大曲细菌菌群基因在氨基酸运输与代谢、碳水化合物运输与代谢和能源生产与转换功能上有较高丰度。从样品中共分离得到30株芽孢杆菌,其中枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)相对含量较高,分别占总分离株的36.67%和26.67%。 展开更多
关键词 中温大曲 细菌多样性 风味 基因功能预测 芽孢杆 分离 鉴定
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内蒙古传统发酵沙芥细菌菌群多样性分析 被引量:1
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作者 白乌日力嘎 乌云达来 +3 位作者 王莉梅 康连和 李星云 闫小杰 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第8期117-121,共5页
为探究添加乳清和未添加乳清内蒙古传统发酵沙芥中细菌菌群的分布情况,以内蒙古农户自制的传统发酵沙芥为材料,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其细菌群落多样性进行分析。结果表明,从4个发酵沙芥样品中细菌菌群共获得693078条有效... 为探究添加乳清和未添加乳清内蒙古传统发酵沙芥中细菌菌群的分布情况,以内蒙古农户自制的传统发酵沙芥为材料,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其细菌群落多样性进行分析。结果表明,从4个发酵沙芥样品中细菌菌群共获得693078条有效序列,共注释到93个操作分类单元(OTUs),隶属于6个门、8个纲、21个目、37个科、52个属、68个种。YZ1、YZ2、RQ1、RQ2样品中相对丰度最高的细菌门均为厚壁菌门(Firmicutes),相对丰度分别为90.89%、83.61%、65.30%、52.71%。而各样品中细菌属相对丰度各有差异,YZ1、YZ2、RQ1、RQ2样品中相对丰度最高的细菌属分别为乳酸杆菌属(Lactobacillus)(58.87%)、葡萄球菌属(Staphylococcus)(40.50%)、葡萄球菌属(Staphylococcus)(29.50%)、海洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus)(29.01%)。4种发酵沙芥样品细菌群落组成具有明显差异,含有16种差异性细菌属。与未添加乳清发酵沙芥样品(YZ1、YZ2)相比,添加乳清发酵沙芥样品(RQ1、RQ2)的细菌菌群多样性及特有物种数较高,且变形菌门(Proteobacteria)相对丰度较高,但厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度较小。 展开更多
关键词 发酵沙芥 高通量测序 细菌多样性
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基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性 被引量:3
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作者 郭淑文 石晶红 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第12期86-90,共5页
该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元(OTU);... 该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元(OTU);3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),共有优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、魏斯氏菌属(Weissella)和芽孢杆菌属(Bacillus),不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。 展开更多
关键词 高通量测序 传统酸面团 细菌多样性 功能预测
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重庆东部地区鲊广椒乳酸菌分离鉴定及细菌菌群多样性分析
8
作者 程驰新笑 易宗伟 +3 位作者 王玉荣 崔梦君 赵慧君 郭壮 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第9期49-54,共6页
为明确重庆东部地区鲊广椒中乳酸菌多样性和细菌群落多样性,该研究以采集自重庆东部5个地区的鲊广椒为研究对象,采用微生物纯培养技术对其蕴含的乳酸菌菌株进行分离鉴定,并进一步采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其细菌菌群多样性进... 为明确重庆东部地区鲊广椒中乳酸菌多样性和细菌群落多样性,该研究以采集自重庆东部5个地区的鲊广椒为研究对象,采用微生物纯培养技术对其蕴含的乳酸菌菌株进行分离鉴定,并进一步采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其细菌菌群多样性进行了解析。结果表明,采用纯培技术共从鲊广椒样品中分离得到122株乳酸菌,鉴定为同一个门5个属下的22个种,其中戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus)、消化乳杆菌(Lactobacillus alimentarius)和植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)为鲊广椒中的优势细菌,分别占乳酸菌总分离株的26.23%、20.49%和18.85%。高通量测序结果表明重庆东部地区鲊广椒样品以厚壁菌门(Firmicute)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)为主,且在属水平上平均相对丰度大于1.0%的细菌属有7个,包括乳酸杆菌属(Lactobacillus)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、魏斯氏菌属(Weissella)、乳球菌属(Lactococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)和肠杆菌属(Enterobacter),其中乳酸杆菌属平均相对丰度为63.96%。由此可见重庆东部地区鲊广椒中蕴含了丰富的乳酸菌资源,并且具有较高的多样性。 展开更多
关键词 鲊广椒 乳酸 高通量测序 细菌多样性
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巴彦淖尔酸粥细菌菌群多样性分析及其与风味的相关性
9
作者 熊子康 张青 +3 位作者 邹铨 孔祥聪 马佳佳 王玉荣 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第9期62-67,共6页
为解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中细菌类群及其风味品质特征,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对巴彦淖尔酸粥样品的细菌菌群多样性进行分析,利用电子鼻和电子舌技术对其气味和滋味品质进行检测,并对优势细菌属与风味品质之... 为解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中细菌类群及其风味品质特征,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对巴彦淖尔酸粥样品的细菌菌群多样性进行分析,利用电子鼻和电子舌技术对其气味和滋味品质进行检测,并对优势细菌属与风味品质之间的相关性进行研究。结果表明,酸粥样品中优势细菌门分别为厚壁菌门(Firmicutes)(88.71%)和变形菌门(Proteobacteria)(9.97%),优势细菌属分别为乳杆菌属(Lactobacillus)(85.45%)、魏斯氏菌属(Weissella)(9.81%)和醋酸杆菌属(Acetobacter)(1.60%),所有样品中包含7个核心操作分类单元(OTU),且Lactobacillus和Acetobacter为核心细菌属。酸粥气味特征主要体现在氮氧化合物、甲烷和萜类化合物上,滋味特征主要体现在酸味上。相关性分析表明,Acetobacter与芳香型化合物的生成呈极显著正相关(P<0.01),Lactobacillus与氮氧化合物的生成呈显著正相关(P<0.05),Weissella与酸粥样品的涩味呈显著负相关(P<0.05),可见Acetobacter和Weissella在巴彦淖尔酸粥风味品质形成方面具有积极作用。 展开更多
关键词 酸粥 高通量测序技术 细菌多样性 气味 滋味 相关性
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张家界和湘西地区鲊广椒细菌菌群多样性比较分析
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作者 陈邵德罡 柯悦 +2 位作者 郭壮 赵慧君 王玉荣 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第9期68-72,共5页
该研究采用MiSeq测序技术对采集自湖南张家界地区的18个鲊广椒样品进行高通量测序,同时从MGRAST数据库中下载12个湖南湘西地区鲊广椒的高通量测序数据,在将数据合并分析的基础上,通过多种数据方法对张家界和湘西2个地区鲊广椒菌群结构... 该研究采用MiSeq测序技术对采集自湖南张家界地区的18个鲊广椒样品进行高通量测序,同时从MGRAST数据库中下载12个湖南湘西地区鲊广椒的高通量测序数据,在将数据合并分析的基础上,通过多种数据方法对张家界和湘西2个地区鲊广椒菌群结构进行比较分析,探究不同地区鲊广椒细菌群落结构的异同。结果表明,2个地区鲊广椒中细菌类群丰度和多样性均无显著差异(P>0.05),但其细菌类群结构存在显著差异(P<0.05)。Mann-Whitney检验发现,张家界地区鲊广椒中乳酸杆菌(Lactobacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas)相对含量分别为93.04%和1.78%,较之湘西地区显著偏高(P<0.05),而醋酸杆菌(Acetobacter)相对含量仅为0.03%,较之湘西地区显著偏低(P<0.05)。线性判别分析(LDA)结果表明,乳酸杆菌(Lactobacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas)可作为张家界地区鲊广椒中的生物标志物,醋酸杆菌(Acetobacter)为湘西地区鲊广椒中的生物标志物。PICRUSt分析发现,代谢途径E(氨基酸转运与代谢)和K(转录)在张家界地区鲊广椒细菌类群中显著高表达(P<0.05)。由此可见,2个地区鲊广椒细菌类群和功能存在明显差异。 展开更多
关键词 鲊广椒 细菌多样性 高通量测序 代谢通路预测
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KCl替代NaCl对东北酸菜细菌菌群多样性的影响
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作者 解双瑜 孙波 +2 位作者 李智 柳凯 赵子伟 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第2期58-62,共5页
该研究采用KCl替代NaCl自然发酵制备东北酸菜,采用高通量测序技术对酸菜样品的细菌菌群多样性进行分析,同时采用9分制评分法进行感官品质评价,考察不同KCl替代量(0、25%、50%、75%、100%)对东北酸菜细菌菌群多样性及感官品质的影响。结... 该研究采用KCl替代NaCl自然发酵制备东北酸菜,采用高通量测序技术对酸菜样品的细菌菌群多样性进行分析,同时采用9分制评分法进行感官品质评价,考察不同KCl替代量(0、25%、50%、75%、100%)对东北酸菜细菌菌群多样性及感官品质的影响。结果表明,在所有酸菜样品中共检出454个菌属,其中,KCl替代量为50%时菌属种类最少(222),KCl替代量为100%时菌属种类最多(252)。KCl替代量对于酸菜的细菌菌群种类与相对丰度均有显著影响。KCl替代量为0与100%的样品与其他样品之间的物种差异性较大,KCl替代量在25%~75%之间的样品物种差异性较小。当KCl替代量为50%时,酸菜的苦味、整体评价发生显著变化。综上,KCl替代NaCl对酸菜中的细菌多样性会产生显著影响,当替代量>50%时会对酸菜的感官品质产生不利的影响。 展开更多
关键词 KCL 东北酸菜 细菌多样性 感官品质
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安康鲊广椒细菌菌群多样性、功能及相关性分析
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作者 陈佩 翟彩宁 党辉 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第4期157-162,共6页
为探究安康鲊广椒细菌群落结构并发掘其中的乳酸菌,采用纯培养方法及高通量测序技术分析其细菌菌群多样性、功能及相关性。结果表明,鲊广椒中细菌隶属于9个门的106个属,其中乳酸杆菌属(Lactobacillus)占绝对优势。共分离鉴定出25株菌,... 为探究安康鲊广椒细菌群落结构并发掘其中的乳酸菌,采用纯培养方法及高通量测序技术分析其细菌菌群多样性、功能及相关性。结果表明,鲊广椒中细菌隶属于9个门的106个属,其中乳酸杆菌属(Lactobacillus)占绝对优势。共分离鉴定出25株菌,包括植物乳杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)8株,弯曲广泛乳杆菌(Latilactobacillus curvatus)4株,短促生乳杆菌(Levilactobacillus brevis)和清酒广泛乳杆菌(Latilactobacillus sakei)各3株,消化伴生乳杆菌(Companilactobacillus alimentarius)2株及酸鱼联合乳杆菌(Ligilactobacillus acidipiscis)、布氏迟缓乳杆菌(Lentilactobacillus buchneri)、斯比氏促生乳杆菌(Levilactobacillus spicheri)、类肠膜魏斯氏菌(Weissella paramesenteroides)和肠膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides)各1株。功能分析结果显示,具有氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输、代谢及翻译、核糖体结构与生物发生功能的序列均占总序列数的8.0%以上。关联分析结果显示,各细菌属间多为正相关,而乳酸杆菌属和片球菌属与多个细菌属间呈显著负相关(P<0.05)。 展开更多
关键词 鲊广椒 细菌多样性 乳酸 分离鉴定 功能分析 相关性分析
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