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武夷山自然保护区蚊虫种类调查与重要蚊种种群遗传结构分析
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作者 王明 谢静文 +7 位作者 杜雨彤 王刚 尹紫鸽 蔡京虹 刘庆 张恒端 赵彤言 史丽 《中国热带医学》 CAS 北大核心 2024年第5期499-505,共7页
目的了解武夷山自然保护区蚊虫种类分布特征和重要蚊种的种群遗传多样性,为该地区蚊媒传染病防制提供科学依据。方法2022—2023年在武夷山自然保护区内选择16个采样点,幼虫采集使用吸管法、成蚊采集使用诱蚊灯法。利用形态特征和基于细... 目的了解武夷山自然保护区蚊虫种类分布特征和重要蚊种的种群遗传多样性,为该地区蚊媒传染病防制提供科学依据。方法2022—2023年在武夷山自然保护区内选择16个采样点,幼虫采集使用吸管法、成蚊采集使用诱蚊灯法。利用形态特征和基于细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)和细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(cytochrome c oxidase subunitⅡ,COⅡ)的分子鉴定技术相结合鉴定蚊种。利用ClustalX、DnaSP 5.0、Network 4.6.1.0等软件进行日本伊蚊(Ae.japonicus)、白纹伊蚊(Ae.albopoctus)、骚扰阿蚊(Ar.subalbatus)种群遗传分化程度和基因流的分析。结果经鉴定,本研究在武夷山自然保护区采集的蚊虫隶属于蚊科8属30种。其中伊蚊属10种,库蚊属13种,阿蚊属1种,直角蚊属1种,蓝带蚊属1种,杵蚊亚属1种,按蚊属1种,巨蚊属2种。3种重要蚊虫种群遗传结构分析结果表明,日本伊蚊单倍体多样性指数为0.9947,种群间普遍达到中等分化程度,种群6与种群12之间遗传分化程度较高;白纹伊蚊单倍体多样性指数为0.6340,种群1和2与各种群之间遗传分化程度较大;骚扰阿蚊单倍体多样性指数为0.7033,种群2与种群3、种群4、种群6、种群7之间遗传分化程度较大,基因流较小。结论武夷山自然保护区蚊虫物种丰富。本研究对蚊种组成、分布开展了较为全面的调查,分析了日本伊蚊、白纹伊蚊、骚扰阿蚊重要蚊种的种群遗传结构特征,为当地蚊媒生态研究和蚊媒疾病防控等方面提供了科学数据参考。 展开更多
关键词 武夷山 细胞色素氧化酶亚基 细胞色素氧化酶亚基 物种鉴定 种群遗传结构
原文传递
胆固醇损伤内皮细胞差异表达基因的生物信息学分析 被引量:3
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作者 彭瑾瑜 朱勋 +6 位作者 唐蔚青 王抒 黎健 王仁 郭芳 刘俊文 杨向东 《中国动脉硬化杂志》 CAS CSCD 2005年第3期259-262,共4页
目的利用差异表达基因克隆方法(抑制消减杂交)获得大量的动脉粥样硬化相关候选基因和表达序列标签后,探讨如何进行后续基因表达及功能的研究。方法利用Internet网络上的数据库及生物学分析软件对胆固醇损伤内皮细胞后获得的差异表达基... 目的利用差异表达基因克隆方法(抑制消减杂交)获得大量的动脉粥样硬化相关候选基因和表达序列标签后,探讨如何进行后续基因表达及功能的研究。方法利用Internet网络上的数据库及生物学分析软件对胆固醇损伤内皮细胞后获得的差异表达基因进行核酸序列和蛋白质序列分析,探索差异表达基因克隆后的研究方法和思路。结果通过电子延伸得到一个684bp的全长cDNA序列;通过核酸序列分析,该序列定位在线粒体基因组的7587位~8270位,含有一个完整的开放阅读框,编码与氧化磷酸化相关的9个亚基。对其中一个亚基细胞色素氧化酶Ⅱ(COX2)分析得知,细胞色素氧化酶Ⅱ基因编码一段25.6kDa的弱酸性的信号锚蛋白,细胞色素氧化酶Ⅱ蛋白的三维结构是一个典型的椅式结构,它含有一段疏水区域,一个跨膜结构域和一个胞质结构域。运用蛋白的进化分析,得知细胞色素氧化酶Ⅱ蛋白胞质结构域的氨基酸序列在进化过程中高度保守。结论生物信息学技术是一种高效的获取疾病相关基因信息的方法,利用生物信息学方法对细胞色素氧化酶Ⅱ基因进行分析,获得了基因及其编码蛋白的相关信息,该蛋白参与电子传递,可能与细胞的氧化应激有关。 展开更多
关键词 病理学与病理生理学 胆固醇损伤内皮细胞差异表达基因的分析 生物信息学分析 动脉粥样硬化 内皮细胞 胆固醇 细胞色素氧化酶亚基
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郑州地区4种尸食性苍蝇线粒体DNA中细胞色素氧化酶亚基基因序列检测
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作者 闫红涛 王旭东 +3 位作者 朱运良 曾昭书 郭克民 张广政 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2008年第5期930-932,共3页
目的:通过检测尸食性苍蝇线粒体DNA(mtDNA)中细胞色素氧化酶亚基(COⅠ)中305bp基因序列,鉴定尸食性苍蝇的种类,解决依据形态学不能鉴定苍蝇幼虫种类的难题。方法:随机采集郑州市区、郊区等不同放置地点的实验动物尸体上的2科4种共17个... 目的:通过检测尸食性苍蝇线粒体DNA(mtDNA)中细胞色素氧化酶亚基(COⅠ)中305bp基因序列,鉴定尸食性苍蝇的种类,解决依据形态学不能鉴定苍蝇幼虫种类的难题。方法:随机采集郑州市区、郊区等不同放置地点的实验动物尸体上的2科4种共17个苍蝇的成虫、蛹、卵为样本,提取上述样本的mtDNA进行PCR扩增,产物检测与纯化、正反双向测序,并使用相关软件进行序列拼接、比对及进化距离分析,并构建种内和种间的系统发育树。结果:种内进化分歧均数小于1%,种间进化分歧均数大于1%,具有统计学意义。结论:尸食性苍蝇mtD-NA中COⅠ序列分析能有效地对尸食性苍蝇的种类进行鉴定,该方法简便、快捷、准确,可作为法医鉴别尸食性苍蝇种类的可靠依据。 展开更多
关键词 尸食性苍蝇 线粒体DNA 细胞色素氧化酶亚基 郑州地区
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中国东南沿海青蟹线粒体COI基因部分序列分析 被引量:44
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作者 马凌波 张凤英 +2 位作者 乔振国 何利军 马春艳 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期463-468,共6页
对我国东南沿海5个地区的72个青蟹个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列序列进行了测定和分析。获得的72个细胞色素氧化酶亚基I(COI)序列可分为12个单倍型,与GenBank中已知的Scylla partmmmosain COI序列的相似性达到98... 对我国东南沿海5个地区的72个青蟹个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列序列进行了测定和分析。获得的72个细胞色素氧化酶亚基I(COI)序列可分为12个单倍型,与GenBank中已知的Scylla partmmmosain COI序列的相似性达到98%以上,与其它3种青蟹的差异为7.36%~15.54%。这些序列与S.paramamosain的遗传距离仅为0.00783,但是与S.serrata、S.olivacea和S.tranquebarica的遗传距离却分别达到0.11659、0.17812和0.08423。序列特征、遗传距离和系统进化等分析结果都表明本文研究的青蟹为S.paramamosain。结果提示,在进行青蟹属相关研究应当仔细鉴别采集样本的种类。 展开更多
关键词 青蟹 细胞色素氧化酶亚基I 种类鉴别
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我国五大淡水湖日本沼虾线粒体COI基因部分片段序列比较 被引量:42
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作者 冯建彬 孙悦娜 +1 位作者 程熙 李家乐 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期517-525,共9页
对我国五大淡水湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得578bp核苷酸片段,发现49个变异位点,得到35个单倍型,包括7个共享单倍型,各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性,... 对我国五大淡水湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得578bp核苷酸片段,发现49个变异位点,得到35个单倍型,包括7个共享单倍型,各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性,其中鄱阳湖群体遗传多样性相对最高。AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.3187(P<0.05),群体间具有较高的遗传分化。MEGA3.1软件计算五群体的Kimura2-paramter遗传距离,洞庭湖群体和巢湖群体之间的遗传距离最远为0.0191,巢湖群体和洪泽湖群体之间的遗传距离最近为0.0051。以同属胖掌沼虾(Macrobrachium inflatum)为外群分别构建了NJ和UPGMA系统树,结果显示洞庭湖和鄱阳湖为一族群,太湖、巢湖和洪泽湖为一族群。 展开更多
关键词 日本沼虾 细胞色素氧化酶亚基 遗传多样性 中国五大淡水湖
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蓖麻蚕线粒体基因组细胞色素氧化酶亚基Ⅲ的序列及其分子进化分析 被引量:29
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作者 魏兆军 赵巧玲 +3 位作者 张志芳 肖庆利 王章娥 何家禄 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期193-197,共5页
测定了蓖麻蚕Samiacynthiaricini线粒体基因组 (mtDNA)含完整的细胞色素氧化酶亚基Ⅲ (COX3)、tRNA Gly和部分的NADH亚基Ⅲ (ND3)基因的DNA片段序列。COX3基因编码框包含 789个核苷酸 ,编码 2 6 2个氨基酸的蛋白质。通过同源性比较 ,发... 测定了蓖麻蚕Samiacynthiaricini线粒体基因组 (mtDNA)含完整的细胞色素氧化酶亚基Ⅲ (COX3)、tRNA Gly和部分的NADH亚基Ⅲ (ND3)基因的DNA片段序列。COX3基因编码框包含 789个核苷酸 ,编码 2 6 2个氨基酸的蛋白质。通过同源性比较 ,发现COX3基因的 3′端比 5′端要保守 ,其编码的蛋白在C端有两个保守序列存在。COX3的下游为 6 6bp的tRNA Gly基因。蓖麻蚕的COX3与家蚕COX3同源性最高 ,核苷酸和氨基酸序列同源性分别是 80 2 %和 85 6 %。根据COX3氨基酸序列进行了 12种无脊椎动物的分子进化树分析 ,认为在采用线粒体基因序列进行分子进化分析时 ,应该综合考虑物种的繁殖模式及生态特点。 展开更多
关键词 蓖麻蚕 线粒体基因组 细胞色素氧化酶亚基 序列 COX3基因 分子进化
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成都地区四种食尸性蝇类mtDNA中COⅠ基因序列检测 被引量:13
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作者 蔡继峰 刘敏 +7 位作者 应斌武 董建国 邓振华 陶涛 潘洪富 张红霞 闫红涛 廖志钢 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期101-106,共6页
通过检测食尸性苍蝇线粒体DNA(mtDNA)上细胞色素氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ )中 2 78bp基因序列 ,鉴定食尸性苍蝇的种类 ,解决依据形态学方法不能鉴定苍蝇卵的种类、很难鉴定幼虫种类的难题 ,作为法医鉴别食尸性苍蝇及其幼虫、卵种类依据。随... 通过检测食尸性苍蝇线粒体DNA(mtDNA)上细胞色素氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ )中 2 78bp基因序列 ,鉴定食尸性苍蝇的种类 ,解决依据形态学方法不能鉴定苍蝇卵的种类、很难鉴定幼虫种类的难题 ,作为法医鉴别食尸性苍蝇及其幼虫、卵种类依据。随机采集放置在成都地区室外草地兔尸体上的 4种 15个食尸性苍蝇。利用改进的小型昆虫DNA匀浆方法提取上述苍蝇mtDNA ;通过Perkin Elmer 96 0 0扩增仪进行PCR扩增 ;聚丙烯酰胺非变性凝胶连续缓冲体系垂直电泳和银染显色技术进行扩增结果检测 ;PCR胶回收试剂盒纯化 ;ABI 377测序仪测序 ;MEGA2 1软件包进行序列分析和构建系统发育树。在双翅目食尸性苍蝇的种内进化分歧均数小于 1% ,种间进化分歧均数大于 7%。mtDNA上COⅠ序列分析能有效地对主要的食尸性苍蝇进行种类鉴定。该检测方法快速、简便和精确 ,能作为法医鉴别食尸性苍蝇种类的可靠依据。 展开更多
关键词 成都市 食尸性蝇类 MTDNA CoⅠ基因 序列分析 细胞色素氧化酶亚基I 法医鉴定学
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利用线粒体DNA标记分析中国东南沿海拟穴青蟹种群遗传结构 被引量:20
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作者 路心平 马凌波 +2 位作者 乔振国 张凤英 马春艳 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期15-23,共9页
为研究我国东南沿海拟穴青蟹(Scylla paramamosain)的种群遗传结构,对10个地理种群130只拟穴青蟹的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因片段序列进行分析。522 bp的DNA片段共发现17个变异位点,定义了21种... 为研究我国东南沿海拟穴青蟹(Scylla paramamosain)的种群遗传结构,对10个地理种群130只拟穴青蟹的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因片段序列进行分析。522 bp的DNA片段共发现17个变异位点,定义了21种单倍型,其中单倍型2为10个地方种群的共享单倍型,占个体总数的56.15%,而大部分单倍型为稀有单倍型,只在少数种群的个别个体中出现。10个种群的单倍型多样性水平为h=0.6738,核苷酸多样性水平为π=0.1987%,基本呈由南到北递减的趋势。10个种群的总体遗传分化程度较低(FST≈0.05),但是极为显著(P<0.005)。基于单倍型频率和序列遗传距离法分析的共同结果,广西北海种群与大多数种群的遗传分化显著,而海南三亚种群分别与海南红树林和广东台山种群遗传分化显著。Mantel检验显示种群间的遗传分化程度与地理距离没有显著的相关性。分子进化中性检验结果表明,自然选择在分子进化过程中起了重要作用,并暗示该物种在最近经历了一个快速的种群爆发及扩张事件。 展开更多
关键词 拟穴青蟹 细胞色素氧化酶亚基 单倍型 种群遗传结构
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利用线粒体COI和微卫星标记分析文蛤7个地理群体的遗传变异 被引量:15
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作者 李宏俊 张晶晶 +4 位作者 袁秀堂 张安国 柳圭泽 邵魁双 王立俊 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期499-507,共9页
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)和微卫星标记分析了文蛤7个地理群体(朝鲜新义州,辽宁丹东、蛤蜊岗和盘山,山东东营,江苏如东和启东)的遗传多样性和群体分化。PCR扩增获得142条602 bp的COI核苷酸片段,比对到13个变异位点,包括11个... 利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)和微卫星标记分析了文蛤7个地理群体(朝鲜新义州,辽宁丹东、蛤蜊岗和盘山,山东东营,江苏如东和启东)的遗传多样性和群体分化。PCR扩增获得142条602 bp的COI核苷酸片段,比对到13个变异位点,包括11个转换和2个颠换,定义了22个单倍型,共享单倍型12个,新义州、丹东和启东群体分别拥有特有单倍型。单倍型多样性最高的是如东群体(h=0.900),最低的是东营群体(h=0.600);核苷酸多样性最高的是丹东群体(π=0.00350),最低的是蛤蜊岗群体(π=0.00115)。基于COI数据的Fu's Fs中性检验和核苷酸不配对分析揭示文蛤种群历史上曾经历过群体扩张事件。分子变异分析(AMOVA)表明,群体内遗传变异占71.64%,群体间遗传变异占28.36%,群体间发生显著的遗传分化(P<0.05)。7个微卫星标记扩增280个个体共获得54个等位基因,平均等位基因数为7.7个,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.3878和0.7996。江苏群体具有较高的遗传多样性,但7个群体间遗传多样性不存在显著差异(Kruskal-Wallis检验,P>0.05)。Hardy-Weinberg平衡检验结果显示49个群体-位点组合中有18个偏离平衡(P<0.05),表现为杂合子缺失。单倍型邻接(NJ)树显示聚类未展示地域性特色,但某几个同一或者相近地理群体的单倍型具有聚类现象(如东和启东部分单倍型出现地理聚类)。依据群体间遗传距离以Kimura 2-parameter为模型建立UPGMA系统发育树,显示丹东群体和江苏的如东和启东群体聚为一支,暗示江苏苗种的异地养殖已经污染丹东文蛤的遗传背景。 展开更多
关键词 文蛤 群体遗传变异 细胞色素氧化酶亚基I 微卫星 增殖放流
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美洲斑潜蝇SS-PCR检测技术研究 被引量:15
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作者 张桂芬 刘万学 +3 位作者 郭建英 吕志创 万方浩 申香菊 《生物安全学报》 2012年第1期74-78,共5页
【背景】美洲斑潜蝇是一种严重威胁瓜果蔬菜、烟草、棉花等经济作物和花卉生产的入侵性害虫。由于潜叶蝇类害虫体型较小、生活方式隐蔽、形态相似,本文针对其难以快速准确地进行形态鉴别的问题,以美洲斑潜蝇为研究对象,以菜田常见的4种... 【背景】美洲斑潜蝇是一种严重威胁瓜果蔬菜、烟草、棉花等经济作物和花卉生产的入侵性害虫。由于潜叶蝇类害虫体型较小、生活方式隐蔽、形态相似,本文针对其难以快速准确地进行形态鉴别的问题,以美洲斑潜蝇为研究对象,以菜田常见的4种潜叶蝇类害虫为参照,采用种特异性PCR方法(species-specific PCR,SS-PCR),研究其快速分子检测鉴定技术。【方法】调用GenBank中一段936bp的美洲斑潜蝇线粒体DNA(mtDNA)细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)的序列(Gen-Bank登录号为EU219613),并根据此基因片段的碱基序列设计引物1对,其扩增片段大小为294bp。【结果】种特异性检验结果显示,该引物只对美洲斑潜蝇的COⅠ基因具有扩增能力,对其他种类如南美斑潜蝇、三叶斑潜蝇、葱斑潜蝇、豌豆潜叶蝇等没有扩增能力。该引物不仅对成虫具有良好的扩增效果,对蛹、幼虫以及单粒卵也具有同样的扩增效果,其最低检出阈值为1/3840头成虫。【结论与意义】SS-PCR技术体系可用于美洲斑潜蝇的鉴定识别与检测监测,对阻止其进一步扩散蔓延具有重要意义。 展开更多
关键词 美洲斑潜蝇 线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因 快速鉴定 种特异性引物 分子检测
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中国沿海7个长蛸(Octopus variabilis)群体COI基因的遗传变异研究 被引量:13
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作者 常抗美 李焕 +1 位作者 吕振明 迟长凤 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期307-314,共8页
采用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列测定技术分析了中国沿海重要经济头足类长蛸7个野生群体的种群遗传结构及其变异。结果表明,我国长蛸资源存在相对丰富的遗传多样性,635bp长度的核苷酸片段共检测到74个多态位点,多态位点... 采用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列测定技术分析了中国沿海重要经济头足类长蛸7个野生群体的种群遗传结构及其变异。结果表明,我国长蛸资源存在相对丰富的遗传多样性,635bp长度的核苷酸片段共检测到74个多态位点,多态位点比例达11.7%,检测的108个个体中共获25个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.342—0.934,平均核苷酸多样性指数(Pi)达0.0008—0.0055,高于多数海洋头足类的遗传变异。对7个群体的遗传结构进行检测表明,我国的长蛸群体间存在显著的遗传分化(P<0.05),遗传结构基本符合脚踏石模型。7个群体可明显聚类为3个类群,类群间分化系数Fst达0.8858(P<0.01),基因流大大小于1;AMOVA检测和单倍型网络关系图也证实了上述类群的分化。遗传距离分析表明,由厦门群体组成的类群与其它2类群间的遗传距离达到0.086—0.098,可能达到了亚种的分化。 展开更多
关键词 长蛸 细胞色素氧化酶亚基I 遗传变异
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洪泽湖野生河蚬(Corbiculafluminea)线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析 被引量:12
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作者 李大命 张彤晴 +2 位作者 唐晟凯 钟立强 刘小维 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2015年第5期81-86,共6页
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,... 利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002-0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。 展开更多
关键词 河蚬 细胞色素氧化酶亚基 遗传多样性 洪泽湖
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利用线粒体COI序列分析4水系中华绒螯蟹群体遗传学特征 被引量:11
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作者 葛家春 许志强 +4 位作者 李晓晖 李跃华 柏如发 朱清顺 潘建林 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期16-22,共7页
研究了长江、辽河、瓯江水系野生中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)及其莱茵河水系F1共4个群体71个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列,比对长度包括628个位点,其中变异位点112个,简约信息位点36个。基因序列G+C(%)含量较低,... 研究了长江、辽河、瓯江水系野生中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)及其莱茵河水系F1共4个群体71个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列,比对长度包括628个位点,其中变异位点112个,简约信息位点36个。基因序列G+C(%)含量较低,表现出较为明显的碱基组成偏倚性。71个个体共含17种单倍型,单倍型H13出现次数最多,为莱茵河水系F1、长江以及瓯江群体共享;单倍型H15、H16和H17为瓯江群体特有。样本总体遗传多样性指数较高,其单倍型多样性指数(H)为0.862,核苷酸多样性指数(π)为0.016 9。各水系野生群体遗传多样性分析表明,长江群体单倍型多样性指数最高(0.838 0),莱茵河水系F1群体最低(0.725 0);长江群体与辽河群体间遗传距离最小(0.002 44),推测长江与辽河2群体间基因交流较多;长江群体内遗传距离(0.017 38)大于除瓯江外的其他水系群体内遗传距离,揭示长江群体内遗传变异较大、种质混杂较严重。本研究中各群体间的基因流(Nm)均高于1,其中长江群体与辽河及莱茵河F1群体间的基因流分别为8.27和9.72,表明长江群体与这2个群体间曾经有较为频繁的基因交流。分子变异分析(AMOVA)结果显示,4个群体总的遗传分化指数为0.268 5(P<0.001),其中90.77%遗传变异存在于各群体内部,9.23%变异存在于群体间。最小跨度网络图和系统发育分析均没有显示出单倍型与地理位置的对应关系,已不能形成明显的地理群体结构,证明当前各水系中华绒螯蟹种质混杂确实存在。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 细胞色素氧化酶亚基I 不同水系 遗传特征
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云南省华宁县荒川库蠓形态和遗传多态性研究 被引量:11
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作者 王静林 李顺祥 +3 位作者 叶绍飞 李楠 何于雯 李华春 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2018年第1期16-20,共5页
目的了解云南省荒川库蠓形态多样性及遗传多态性。方法 2015年7月在云南省华宁县采集库蠓样本,制备压片进行形态学鉴定,同时提取基因组DNA,用细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因和间隔区-1(ITS-1)基因特异引物进行PCR扩增和序列测定,采用Cl... 目的了解云南省荒川库蠓形态多样性及遗传多态性。方法 2015年7月在云南省华宁县采集库蠓样本,制备压片进行形态学鉴定,同时提取基因组DNA,用细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因和间隔区-1(ITS-1)基因特异引物进行PCR扩增和序列测定,采用Clustal X、DNAStar和Mega 6.1等软件进行核苷酸同源性和遗传进化分析。结果共采集到库蠓955只,其中12只库蠓在R1和R2室下端多出1个淡斑,翅面共有15个淡斑;另外943只库蠓翅面有14个淡斑。对12只翅面有15个淡斑的库蠓(A组)和14只翅面有14个淡斑的库蠓(B组)进行形态学和分子生物学鉴定,26只库蠓均具有两复眼分离、小眼面间无柔毛、触角第15节无嗅觉器、1个大梨形受精囊、翅面有小圆形淡斑的形态学特征。两组库蠓的HR和TR2值差异有统计学意义(P<0.05),而AR、PR、CR和TR1、TR3值的差异均无统计学意义(P>0.05)。COⅠ基因和ITS-1基因遗传进化分析显示26只库蠓与荒川库蠓亲缘关系最近;但是在COⅠ基因进化树上26只库蠓分为明显的两个进化簇,其中14只库蠓(B组)形成1个单独的进化簇,与另一进化簇核苷酸同源性在94%以下。结论云南省华宁县除了荒川库蠓外,还存在1种翅面有形态差异的变种库蠓以及COⅠ基因序列差异较大的荒川库蠓,提示该地区荒川库蠓的形态学和遗传学具有多态性。 展开更多
关键词 荒川库蠓 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因 间隔区-1基因 分子鉴定 多态性
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基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用 被引量:11
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作者 齐兴柱 骆剑 +4 位作者 刘志亮 胡静 朱晓平 彭艳辉 尹绍武 《热带生物学报》 2010年第4期321-326,共6页
为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的... 为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明:(1)504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异(37.1%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;(3)细斑裸胸鳝(Gymnothorax fimbriatus)与黑斑裸胸鳝(G.favagineus)之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;(4)在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。 展开更多
关键词 裸胸鳝属 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因 DNA条形码 系统树
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淮河水系日本沼虾群体遗传结构和系统演化的线粒体COI序列分析 被引量:10
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作者 姜虎成 冯建彬 +2 位作者 丁怀宇 汪桂玲 李家乐 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期73-84,共12页
测定了淮河水系17个日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生群体共248个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列,获得623 bp核苷酸片段,包括48个变异位点,定义了31个单倍型,共享单倍型有12个,整体单倍型多样性和平均核苷酸多样... 测定了淮河水系17个日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生群体共248个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列,获得623 bp核苷酸片段,包括48个变异位点,定义了31个单倍型,共享单倍型有12个,整体单倍型多样性和平均核苷酸多样性均处于中间水平。AMOVA分析表明,17个群体间的遗传分化系数Fst=0.041 3(P<0.05),群体间遗传分化较小。Kimura 2-paramter遗传距离在五河与焦岗湖、花家湖及瓦埠湖群体间最大,为0.014,在高邮和邵伯湖群体之间最小,为0.003。MP系统树与单倍型进化网络关系图具有较高的一致性,31个单倍型被分为3个进化枝,其中一个进化枝主要以下游群体为主,另外2个进化枝主要以中游群体为主。群体中性检验、错配分析表明,淮河日本沼虾近期曾经历过种群扩张。 展开更多
关键词 日本沼虾 细胞色素氧化酶亚基I 遗传结构 系统演化 淮河
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基于COⅠ基因的中国沿海青蚶野生群体遗传结构及种群动态研究 被引量:8
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作者 王玲 李琪 +1 位作者 孔令锋 于红 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期87-95,共9页
本研究利用形态学方法和基于线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的遗传学方法分析了中国沿海青蚶(Barbatia virescens)6个地理群体的形态差异、遗传多样性、遗传结构及其种群历史动态。单因素方差分析(ANOVA)和Tukey检验表明,青蚶不同地... 本研究利用形态学方法和基于线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的遗传学方法分析了中国沿海青蚶(Barbatia virescens)6个地理群体的形态差异、遗传多样性、遗传结构及其种群历史动态。单因素方差分析(ANOVA)和Tukey检验表明,青蚶不同地理种群间表现出显著形态差异(P<0.05)。经PCR扩增测序获得长度为587bp的COⅠ基因片段,112个个体共检测到18个多态性位点、17个单倍型,每个群体均有特有单倍型。青蚶群体的遗传多样性水平较低,总群体的平均单倍型多样度为0.5472,平均核苷酸多样度为0.000974。AMOVA分析表明,群体内个体间的遗传分化是青蚶群体遗传变异的主要原因,占87.40%。阳江群体与其他群体之间存在显著的低程度的遗传分化,而其他群体间的遗传分化不显著。单倍型网络关系图呈典型的星状拓扑结构,没有表现出显著的地理谱系结构。单倍型邻接树结果也没有明显分支,未呈现出地域性差异。中性检验和核苷酸不配对分析结果揭示青蚶种群历史上经历了群体扩事件,扩张时间约为26万年前。研究结果为青蚶资源的保护和可持续利用提供了基础资料。 展开更多
关键词 青蚶 细胞色素氧化酶亚基 遗传多样性 遗传结构 种群历史动态
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DNA条形码在马鞍列岛海域皮氏叫姑鱼胃含物鉴定中的应用 被引量:7
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作者 席晓晴 鲍宝龙 章守宇 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1533-1541,共9页
采用分子生物学手段与传统观测手段相结合的方法,对2014年夏季在马鞍列岛海域捕获的201尾皮氏叫姑鱼进行了胃含物分析。解剖后发现其空胃率较高,传统的观测方法仅获得口虾蛄、日本鼓虾、沙蚕、日本蟳幼体4种胃含物,所获得的胃含物中存... 采用分子生物学手段与传统观测手段相结合的方法,对2014年夏季在马鞍列岛海域捕获的201尾皮氏叫姑鱼进行了胃含物分析。解剖后发现其空胃率较高,传统的观测方法仅获得口虾蛄、日本鼓虾、沙蚕、日本蟳幼体4种胃含物,所获得的胃含物中存在大量不可辨认的虾类、蟹类。针对不可辨认的食物糜提取组织DNA,选用线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mitochondrial cytochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)作为分子标记,在Gen Bank中进行比对分析,并利用MEGA 6.0构建NJ系统进化树,结果鉴定出中华管鞭虾、鲜明鼓虾、巨指长臂虾、日本鼓虾、中国毛虾、褐菖鲉、日本鳀等10种胃含物种类,实验中所获得的基因序列在Gen Bank中的相似度达到97%以上。通过对不可辨认糜的鉴定,在较大程度上解决了对食物团中不可辨认成分鉴定的困惑;同时,发现了新的摄食对象,了解到更加多样的皮氏叫姑鱼的摄食种类信息。因此,DNA条形码技术在不可辨认饵料生物鉴定中的应用价值应得到重视。 展开更多
关键词 皮氏叫姑鱼 胃含物鉴定 线粒体细胞色素氧化酶亚基 DNA条形码 种类鉴定 摄食生态
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深圳市白纹伊蚊细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因多态性分析 被引量:6
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作者 阳帆 张仁利 +5 位作者 刘阳 张韶华 黄达娜 吴春利 李玥 唐屹君 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2015年第4期337-340,共4页
目的研究深圳市白纹伊蚊线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mt DNA-COⅠ)基因多态性,探讨其遗传特征。方法在深圳市不同区域现场采集8个点的白纹伊蚊幼虫,实验室饲养,收集羽化成蚊,75%乙醇-20℃保存。单蚊抽提白纹伊蚊基因组DNA,PCR特异性扩增... 目的研究深圳市白纹伊蚊线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mt DNA-COⅠ)基因多态性,探讨其遗传特征。方法在深圳市不同区域现场采集8个点的白纹伊蚊幼虫,实验室饲养,收集羽化成蚊,75%乙醇-20℃保存。单蚊抽提白纹伊蚊基因组DNA,PCR特异性扩增mt DNA-COⅠ基因,并从网上下载部分白纹伊蚊mt DNA-COⅠ进行序列分析和比对,用生物信息系统进行mt DNA-COⅠ基因多态性分析。结果 PCR特异扩增后获得白纹伊蚊mt DNA-COⅠ基因1433 bp,序列分析深圳市8个不同地理区域的白纹伊蚊mt DNA-COⅠ的同一性为99%,其mt DNA-COⅠ基因单核苷酸存在转换、颠换,共出现24个变异位点,变异率为1.67%。而同一地理环境的5只白纹伊蚊mt DNA-COⅠ基因序列无差异。结论深圳地区不同采样点白纹伊蚊在mt DNA-COⅠ基因有高度的保守性,不同个体也表现了单核苷酸的多态性,其形成原因有待进一步研究。 展开更多
关键词 白纹伊蚊 遗传特征 线粒体细胞色素氧化酶亚基 基因多态性
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中国秆野螟属昆虫线粒体COⅠ基因遗传多样性及其分子系统学研究(鳞翅目:草螟科) 被引量:6
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作者 杨瑞生 王振营 +2 位作者 何康来 白树雄 姜义仁 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期73-80,共8页
以mtDNA-COⅠ基因作为分子标记,研究了中国分布秆野螟属(Ostrinia)8种螟虫的分子系统学和系统进化。结果表明:秆野螟属昆虫COⅠ基因全长1 545 bp,编码514个氨基酸,COⅠ基因全部核苷酸位点中多态性位点占6.08%,氨基酸突变率为3.11%。碱... 以mtDNA-COⅠ基因作为分子标记,研究了中国分布秆野螟属(Ostrinia)8种螟虫的分子系统学和系统进化。结果表明:秆野螟属昆虫COⅠ基因全长1 545 bp,编码514个氨基酸,COⅠ基因全部核苷酸位点中多态性位点占6.08%,氨基酸突变率为3.11%。碱基转换数(Ts)明显高于颠换数(Tv)。总体上,秆野螟属COⅠ基因序列相似度较高,种内差异明显小于种间差异,种内不同地理种群遗传距离在0.000 6~0.005 2之间,种间遗传距离为0.007 1~0.050 5。分别采用UPGMA法、NJ法和MP法构建秆野螟属分子系统树,结果显示,物种间进化关系基本一致:8种螟虫明显分为2个大群,即虎杖螟(O.latipennis(Warren))与其他种亲缘关系最远,单独形成一个大群,亚洲玉米螟(O.furnacalis(Guenée))等7个物种聚在一起形成另外一个大群。在第2大群中,刺菜螟(O.zealis(Guenée))与其他种类亲缘关系最远,单独形成一支,为一亚群,而亚洲玉米螟等6个种聚在一起形成一大丛,为另一亚群。在第2亚群中,亚洲玉米螟不同地理种群首先聚在一起形成一亚亚群;而欧洲玉米螟(O.nubilalis(Hüber))等5个种聚在一起形成另外一亚亚群,其中麻螟(O.narynensis(Mutuura&Munroe))与酒花螟(O.kurentzovi(Mutuura&Munroe))亲缘关系最近聚在一起,二者与欧洲玉米螟、苍耳螟(O.orientalis(Mutuura&Munroe))、豆秆野螟(O.scapulalis(Walker))聚在一起。这些分子系统进化关系与形态学结果基本一致,是对传统形态系统学研究的有力支持。 展开更多
关键词 秆野螟属 线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因 分子系统学 分子系统树
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