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基于18S rRNA和HSP70基因序列的隐孢子虫种系发育分析 被引量：14
1
作者 王进产 菅复春 +5 位作者 张龙现 宁长申 闫文朝 孙铭飞 仇书兴 卢庆斌 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期947-953,共7页
为阐明河南区域隐孢子虫分子流行病学特点,用PCR技术扩增分离虫株的18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列,并对扩增片段进行测序。用PAUP 4.0和TREEPUZZLE 4.1构建进化树,试图从分子水平证明河南省不同地区不同宿主来源隐孢子虫的遗传特征... 为阐明河南区域隐孢子虫分子流行病学特点,用PCR技术扩增分离虫株的18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列,并对扩增片段进行测序。用PAUP 4.0和TREEPUZZLE 4.1构建进化树,试图从分子水平证明河南省不同地区不同宿主来源隐孢子虫的遗传特征,以阐明隐孢子虫病的分子流行病学特点。通过18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列分析,其结果:河南人源隐孢子虫分离株为Cryptosporidium parvum鼠基因型;河南鹿源隐孢子虫分离株为C. parvum鹿基因型;河南猪源隐孢子虫的2个分离株均为C. parvum猪基因I型,即C. suis;河南鹌鹑源的隐孢子虫2个分离株分别为C. baileyi和C. meleagridis;河南乌鸡源隐孢子虫和鸵鸟源隐孢子虫分离株均为C. baileyi;河南牛源隐孢子虫分离株为C.andersoni。 展开更多
关键词 隐孢子虫 HSP70 18S RRNA 种系发育
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猪源大肠杆菌耐药性及超广谱β-内酰胺酶流行性分析 被引量：17
2
作者 杨守深 曾雪花 +6 位作者 林敏 王佳慧 曾晓菲 邱敏华 许慧婷 谢隐华 杨小燕 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期45-50,共6页
目的对福建地区分离的猪源大场杆菌进行耐药性测定以及对ESBLs流行性进行分析,以期为临床合理用药科学提供依据。方法采用琼脂稀释法测定373株菌大肠杆菌对12种抗菌药物的敏感性,并用PCR方法检测ESBLs耐药基因的携带情况以及分析CTX-M... 目的对福建地区分离的猪源大场杆菌进行耐药性测定以及对ESBLs流行性进行分析,以期为临床合理用药科学提供依据。方法采用琼脂稀释法测定373株菌大肠杆菌对12种抗菌药物的敏感性,并用PCR方法检测ESBLs耐药基因的携带情况以及分析CTX-M阳性菌的种系发育关系。结果分离株对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑、萘啶酸、氟苯尼考及氨苄西林耐药率较高,分别为93.8%、82.8%、73.7%和70.0%;对恩诺沙星、四环素、庆大霉素、多西环素、环丙沙星、卡那霉素、头孢噻呋和头孢噻肟的耐药率依次为54.4%、53.1%、52.0%、46.6%、44.0%、41.0%、35.9%和30.8%。在373株大肠杆菌中,共有122株菌携带有ESBLs耐药基因,检出率为32.7%,其中CTX-M、TEM及OXA的检出率分别是18.0%(67)、12.1%(45)和7.5%(28),其中CTX-M的阳性菌中以CTX-M-14最为流行,其次是CTX-M-65和CTX-M-55;其种系发育显示分离株主要分布在A群。结论福建地区猪大肠杆菌对抗菌药表现出较强的耐药性,ESBLs在猪源大肠杆菌中广泛流行,CTX-M是其主要流行的基因型,并且多数菌以共生型大肠杆菌为主。 展开更多
关键词 药物敏感性 耐药基因 流行特征 种系发育
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合肥地区奶牛源隐孢子虫的分离与鉴定 被引量：12
3
作者 孙涛 刘维 +3 位作者 王菊花 薛秀恒 赵长城 李培英 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期447-452,共6页
目的分离合肥地区奶牛源隐孢子虫,并鉴定其种类。方法采集安徽省合肥市某奶牛场285头成年母牛粪样,采用饱和蔗糖溶液漂浮法和改良抗酸染色法检测牛粪中隐孢子虫卵囊,并分离纯化隐孢子虫阳性粪样中的卵囊,抽提其基因组DNA作为模板,根据... 目的分离合肥地区奶牛源隐孢子虫,并鉴定其种类。方法采集安徽省合肥市某奶牛场285头成年母牛粪样,采用饱和蔗糖溶液漂浮法和改良抗酸染色法检测牛粪中隐孢子虫卵囊,并分离纯化隐孢子虫阳性粪样中的卵囊,抽提其基因组DNA作为模板,根据隐孢子虫18S rRNA和HSP70基因设计引物,用PCR和巢式PCR方法扩增目的片段,对巢式PCR产物进行克隆、测序,并运用DNAStar软件对序列进行同源性比对,构建系统进化树。结果两种方法检测均为阳性的粪样有5份,感染率为1.8%(5/285)。隐孢子虫卵囊呈椭圆或卵圆形,饱和蔗糖溶液漂浮法分离的隐孢子虫卵囊大小为7.37μm×6.13μm,形状指数(长/宽)为1.20;改良抗酸染色法检获的隐孢子虫卵囊大小为7.58μm×6.20μm,形状指数为1.22。巢式PCR扩增出的18S rRNA和HSP70基因片段分别为250 bp和325 bp。合肥奶牛源隐孢子虫5株分离株18S rRNA基因与安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)DQ989573序列一致性最高,两者在系统进化树上为同一分支。这5株分离株的HSP70基因序列与安氏隐孢子虫AY954892和DQ989576序列一致性最高,且在系统进化树上为同一分支。结论合肥市某奶牛场分离的奶牛源隐孢子虫为安氏隐孢子虫。 展开更多
关键词 安氏隐孢子虫 奶牛 种类鉴定 种系发育
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nov基因在不同种属动物脊髓中的表达 被引量：7
4
作者 苏炳银 蔡文琴 +1 位作者 张成岗 PerbalB 《中国神经科学杂志》 CSCD 1998年第4期237-241,共5页
用地高辛标记的cRNA探针原位杂交方法研究了鲢、青蛙、蛇、鸡、牛、犬和猫脊髓中肾母细胞瘤过度表达基因（nov）mRNA阳性神经元的种系发育。结果显示，低等脊椎动物鲢、青蛙和蛇脊髓中仅有少量novmRNA阳性神经元，分布于灰质腹角。鸡脊... 用地高辛标记的cRNA探针原位杂交方法研究了鲢、青蛙、蛇、鸡、牛、犬和猫脊髓中肾母细胞瘤过度表达基因（nov）mRNA阳性神经元的种系发育。结果显示，低等脊椎动物鲢、青蛙和蛇脊髓中仅有少量novmRNA阳性神经元，分布于灰质腹角。鸡脊髓中阳性神经元除主要分布于脊髓腹角外，中央灰质也有少量分布。哺乳动物牛、大和猫脊髓灰质中novmRNA阳性神经元分布广泛，背腹角、中央灰质及中央核区都检测到很强的杂交信号。以上结果表明，nov基因在从低等脊椎动物到高等脊椎动物的进化过程中非常保守，这种保守性提示nov基因在脊髓神经元发育、分化及正常生理功能中可能具有重要作用。 展开更多
关键词 肾母细胞瘤 过度表达 基因 脊髓 种系发育
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片形吸虫线粒体nad1基因的序列分析及种系发育 被引量：7
5
作者 宋慧群 艾琳 +4 位作者 莫伊梦 周嘉琦 林瑞庆 袁子国 朱兴全 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期487-491,共5页
为阐明来自中国、尼日尔、法国和美国的片形吸虫分离株在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并以pnad1序列进行种系发育研究,利用PCR扩增了中国、尼日尔、法国和美国片形吸虫分离... 为阐明来自中国、尼日尔、法国和美国的片形吸虫分离株在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并以pnad1序列进行种系发育研究,利用PCR扩增了中国、尼日尔、法国和美国片形吸虫分离株的pnad1序列并与GenBankTM中片形吸虫相应序列进行了比较,进行了种系发育分析。结果显示,所有片形吸虫样品的pnad1序列长度均为446 bp,中国、尼日尔、法国和美国肝片吸虫分离株与GenBankTM公布的肝片吸虫相应序列的种内变异为0.2%～0.7%,0.2%～0.9%,0.9%～2.0%,0.2%～0.9%;中国及尼日尔大片吸虫分离株与已报道的大片吸虫相应序列的种内变异为1.8%～2.7%,1.8%～3.4%;中国中间型虫株与中国及尼日尔大片吸虫分离株以及网上报道的大片吸虫的序列差异为5.6%～6.3%,5.6%～7.8%,5.7%～8.1%。中间型片形吸虫在遗传学上介于大片吸虫与肝片吸虫之间,但与大片吸虫的遗传关系更近。表明,片形吸虫pnad1序列可作为种间鉴定及种内遗传变异研究的标记;在中国的确存在中间型片形吸虫。 展开更多
关键词 片形吸虫 线粒体DNA nad1基因 序列分析 种系发育
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猪囊尾蚴西昌分离株线粒体Cytb和nad4基因的序列测定与种系发育分析 被引量：6
6
作者 郝桂英 《动物医学进展》 北大核心 2015年第5期59-63,共5页
利用PCR技术对2个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素b(Cytb)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)进行扩增,分析其遗传变异,并用MEGA 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系... 利用PCR技术对2个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素b(Cytb)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)进行扩增,分析其遗传变异,并用MEGA 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,2个猪囊尾蚴分离株的Cytb基因全序列长度均为1 068bp,nad4基因部分序列长度均为815bp,核苷酸序列同源性均为99.8%。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株形成一个分支,2个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,Cytb和nad4基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定基础。 展开更多
关键词 猪囊尾蚴 CYTB基因 nad4基因 种系发育
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湖南省怀化市鸡蛔虫流行情况调查及其遗传多样性与种系发育关系研究
7
作者 向书涵 胡辉 李中波 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第15期55-61,共7页
为调查湖南省怀化市鸡蛔虫的流行情况,探究其遗传多样性,阐述其种系发育关系,试验以采自湖南省怀化市不同地区的430份鸡粪便,用饱和盐水漂浮法检测虫卵,利用IBM SPSS Statistics 22软件统计、分析数据,并用χ^(2)法检验各地区、各类型... 为调查湖南省怀化市鸡蛔虫的流行情况,探究其遗传多样性,阐述其种系发育关系,试验以采自湖南省怀化市不同地区的430份鸡粪便,用饱和盐水漂浮法检测虫卵,利用IBM SPSS Statistics 22软件统计、分析数据,并用χ^(2)法检验各地区、各类型鸡感染鸡蛔虫的差异性;PCR扩增其cox1与nad4基因的部分序列并测序;运用Clustal X、DNAStar软件分析基因的碱基组成与遗传多样性;运用Clustal X、PhyML 3.0软件分析鸡蛔虫的种系发育关系。结果表明:湖南省怀化市鸡蛔虫的总感染率为56.98%,其中圈养鸡的感染率为9.07%,放养鸡的感染率为47.91%,各地区、各类型鸡对鸡蛔虫的感染存在一定程度的差异;鸡蛔虫cox1基因序列的长度为953 bp,A、T、G、C碱基含量分别为19.0%~19.3%、45.9%~46.5%、23.0%~23.2%、11.3%~12.0%,A+T及G+C含量分别为64.9%~65.8%和34.3%~35.2%,种内差异为0~2.1%,种间差异为13.12%~14.48%;nad4基因序列的长度为876 bp,A、T、G、C碱基含量分别为19.1%~19.4%、52.4%~52.9%、19.9%~20.2%、7.9%~8.3%,A+T及G+C含量分别为71.5%~72.3%和27.8%~28.5%,种内差异为0~2.0%,种间差异为26.37%~27.40%;来自于湖南省怀化市的鸡蛔虫均处于发育树的一个分支上。说明湖南省怀化市鸡蛔虫的流行情况较严重,其cox1、nad4基因序列均呈AT偏好,均具有种内差异小而种间差异大的特征,是一类良好的遗传标记,且其个体之间虽存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 鸡蛔虫 流行情况 cox1 nad4 遗传多样性 种系发育
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鸡蛔虫凉山州分离株线粒体ATP6基因的序列测定和种系发育分析 被引量：6
8
作者 郝桂英 何学谦 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1341-1345,共5页
利用PCR技术，对分离自四川省凉山州17个鸡蛔虫分离株的线粒体ATP合成酶FO亚单位6基因（ATP6）的全序列进行扩增和分析。测序结果显示，所获得的鸡蛔虫ATP6全序列长度均为597bp，有25个变异位点，共检测到11个单倍型，种内变异为0．0～2... 利用PCR技术，对分离自四川省凉山州17个鸡蛔虫分离株的线粒体ATP合成酶FO亚单位6基因（ATP6）的全序列进行扩增和分析。测序结果显示，所获得的鸡蛔虫ATP6全序列长度均为597bp，有25个变异位点，共检测到11个单倍型，种内变异为0．0～2．4％。种系发育树显示，所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支，能与其他蛔虫相鉴别。结果表明，鸡蛔虫的ATP6基因序列种内变异小，种间差异大，故可作为分子标记用于鸡蛔虫的种间鉴定；鸡蛔虫凉山州分离株存在一定的遗传变异和遗传多样性。本研究结果为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定了基础。 展开更多
关键词 鸡蛔虫 线粒体ATP6基因 种系发育 遗传多样性
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人源隐孢子虫分离株种类鉴定与种系发育关系分析 被引量：5
9
作者 王进产 张龙现 +2 位作者 宁长申 菅复春 孙铭飞 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期997-1000,共4页
目的确定郑州某医院分离到1株隐孢子虫(PRHN)所属种/基因型。方法用PCR对该分离株18S rRNA、HSP70、Cpn60和AOX进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序,扩增序列经用DNAstar和ClustalX与GenBank参考序列比对,用PAUP4.0构建种系发育进化树,以... 目的确定郑州某医院分离到1株隐孢子虫(PRHN)所属种/基因型。方法用PCR对该分离株18S rRNA、HSP70、Cpn60和AOX进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序,扩增序列经用DNAstar和ClustalX与GenBank参考序列比对,用PAUP4.0构建种系发育进化树,以确定该分离株与其他隐孢子虫虫种之间的亲缘关系。结果通过18S rRNA、HSP70基因分析该分离株与Cryptosporidium parvum(C.parvum)鼠基因型同源性最高,分别为99.9%和99.2%,在种系发育树上,PRHN均与C.parvum鼠基因型亲缘关系最近;对Chaperponin 60(Cpn60)和Alternative oxidase(AOX)进行序列分析时,该分离株与本实验室分离到的猪隐孢子虫(C.suis)亲缘关系最近。结论该分离株为C.parvum鼠基因型。 展开更多
关键词 隐孢子虫 种类鉴定 种系发育
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福建地区猪源大肠杆菌耐药基因oqxAB流行性分析 被引量：1
10
作者 杨守深 范潇悦 +7 位作者 江妤丹 林欣 张雅红 涂小梅 杨光庭 王娟 郭荣荣 黄翠琴 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期185-191,199,共8页
目的调查福建地区猪源大肠杆菌耐药基因oqxAB流行性及阳性菌中其重要耐药基因的流行情况,以期为本地区抗菌药的合理应用提供依据。方法采集腹泻仔猪肛门拭子分离大肠杆菌,通过琼脂二倍稀释法测定分离株的药物敏感性,并用PCR法检测PMQR(... 目的调查福建地区猪源大肠杆菌耐药基因oqxAB流行性及阳性菌中其重要耐药基因的流行情况,以期为本地区抗菌药的合理应用提供依据。方法采集腹泻仔猪肛门拭子分离大肠杆菌,通过琼脂二倍稀释法测定分离株的药物敏感性,并用PCR法检测PMQR(包括oqxAB)、ESBLs及其他耐药基因;对oqxAB阳性菌进行接合转移试验,测定接合子的药物敏感性变化;对阳性菌的种系发育及毒力基因分布进行测定。结果本研究共分离鉴定大肠杆菌133株,分离株对磺胺甲噁唑/甲氧苄啶的耐药率最高(90.2%),对多粘菌素的耐药率最低(24.8%),其余药物的耐药率在26.3%~85.7%;耐药基因检测结果显示,oqxAB基因检出率为29.3%(39/133),在oqxAB阳性菌中还检测出floR(76.9%)、qnrS(71.8%)、CTX-M-1G(59.0%)、mcr-1(56.4%)、fosA3(28.2%)和acc(6′)-Ib-cr(23.1%)等耐药基因,其中59.0%携带6种以上耐药基因,以oqxA+oqxB+qnrS+CTX-M-1G+mcr-1+floR基因型最为流行(38.5%);种系发育显示分离株主要分布在A组(46.2%),毒力基因主要分布在B2和D组,其毒力基因平均个数分别为3.43和2.64。69.2%(27/39)oqxAB阳性菌成功将耐药质粒传给受体菌(C600),其接合子的MIC值较受体菌均有不同程度的提高。结论福建地区猪源大肠杆菌中oqxAB耐药基因携带率较高,在oqxAB阳性菌中携带多种耐药基因,种系发育主要分布在共生型(A组),毒力基因主要分布在B2和D群;携带oqxAB基因的阳性质粒可通过接合转移的方式进行水平传播。 展开更多
关键词 药物敏感性 毒力基因 水平传播 种系发育
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湘西地区吕氏泰勒虫的单倍型多样性及种系发育关系分析 被引量：3
11
作者 李中波 侯强红 +1 位作者 李晖 舒鸣 《河南农业科学》 北大核心 2022年第4期130-137,共8页
为探究湘西地区吕氏泰勒虫的单倍型多样性及其种系发育关系,以采自于湘西地区的16株羊源吕氏泰勒虫为研究对象,PCR扩增其核糖体18S rRNA、线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因序列,并分析其单倍型多态性及种系发育关系。结果表明,湘... 为探究湘西地区吕氏泰勒虫的单倍型多样性及其种系发育关系,以采自于湘西地区的16株羊源吕氏泰勒虫为研究对象,PCR扩增其核糖体18S rRNA、线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因序列,并分析其单倍型多态性及种系发育关系。结果表明,湘西地区吕氏泰勒虫核糖体18S rRNA基因序列的长度为384 bp,含9个变异位点、7个单倍型(A1—A7),单倍型多样性Hd为0.775;cox1基因序列的长度为1 092 bp,存在2个变异位点、4个单倍型(B1—B4),单倍型多样性Hd为0.625;在18S rRNA+cox1重组的基因序列中,共含有11个变异位点、10个单倍型(C1—C10),单倍型多样性Hd为0.925;其中,A1、A4、B1、B3、B4、C1、C8与C9均为古老单倍型。系统发育分析结果显示,供试的16株羊源吕氏泰勒虫均处于系统发育树的同一分支上。这说明来自于湘西地区的16株羊源吕氏泰勒虫之间尽管存在一定程度的基因变异现象和单倍型多样性,但它们之间存在共同古老的单倍型,表明其个体之间和单倍型之间均具有较近的亲缘关系,未出现遗传分化。 展开更多
关键词 吕氏泰勒虫 18S rRNA cox1基因 基因变异 单倍型多样性 种系发育 湘西地区
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甘肃省迭部县犬利什曼原虫种型鉴定及种系发育分析 被引量：3
12
作者 余大为 李凡 +5 位作者 冯宇 杨成明 杨俊克 尕让东主 张永福 王成 《中华地方病学杂志》 CAS 北大核心 2022年第5期351-355,共5页
目的了解甘肃省迭部县犬利什曼原虫虫种类型和种系发育关系,为探索犬源型内脏利什曼病防控新方法提供依据。方法提取8份甘肃省迭部县洛大行政村无症状感染利什曼原虫犬血液样本DNA,采用PCR法扩增分离核糖体内转录间隔区1(ITS-1)基因片段... 目的了解甘肃省迭部县犬利什曼原虫虫种类型和种系发育关系,为探索犬源型内脏利什曼病防控新方法提供依据。方法提取8份甘肃省迭部县洛大行政村无症状感染利什曼原虫犬血液样本DNA,采用PCR法扩增分离核糖体内转录间隔区1(ITS-1)基因片段,对扩增的目的片段进行基因测序;采用MEGA 7.0软件进行多序列比对,并经邻接法构建系统发育树,分析甘肃省迭部县犬利什曼原虫种系发育关系。结果8份无症状感染利什曼原虫犬血液样本均扩增出约320 bp的片段,与目标序列ITS-1大小一致。ITS-1序列比对显示,8份样本与婴儿利什曼原虫MG969403、MN648755虫株序列同源性为99.1%~100.0%;系统发育树显示,8份样本均与婴儿利什曼原虫聚为一支。结论甘肃省迭部县8份无症状感染利什曼原虫犬血液样本的原虫种型均为婴儿利什曼原虫。 展开更多
关键词 犬科 利什曼原虫 内转录间隔区1 种系发育
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羊毛尾线虫凉山州分离株的线粒体cox1和Cyt b基因的序列测定及种系发育分析 被引量：4
13
作者 郝桂英 王赵伟 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期2327-2333,共7页
应用PCR技术对分离自四川省凉山州12个山羊源羊毛尾线虫分离株的线粒体cox1基因部分序列(pcox1)和Cyt b基因部分序列(pCyt b)进行扩增和分析。结果显示,所获得的羊毛尾线虫pcox1和pCyt b序列长度分别为843bp和909bp,种内变异分别为0.0%~... 应用PCR技术对分离自四川省凉山州12个山羊源羊毛尾线虫分离株的线粒体cox1基因部分序列(pcox1)和Cyt b基因部分序列(pCyt b)进行扩增和分析。结果显示,所获得的羊毛尾线虫pcox1和pCyt b序列长度分别为843bp和909bp,种内变异分别为0.0%~0.5%(7个变异位点)和0.0%~0.1%(1个变异位点),分别检测到7个单倍型和2个单倍型,平均单倍型多样性分别为0.773和0.409,核苷酸多样性分别为0.001 74和0.000 45。构建的种系发育树均显示,12个山羊源羊毛尾线虫凉山州分离株聚在同一小分支,能与其他毛尾线虫相鉴别;不同宿主来源的羊毛尾线虫中国株均聚在同一分支,而羊毛尾线虫西班牙株单独聚为一支,推测不同地方羊毛尾线虫分离株可能存在隐藏种或不同的基因型。结果表明,羊毛尾线虫cox1和Cyt b基因序列种内变异小,种间差异较大,故可作为分子标记用于羊毛尾线虫的种间鉴定;羊毛尾线虫凉山州分离株存在一定的遗传变异和遗传多样性,且cox1基因的多样性水平高于Cyt b基因。本研究结果为羊毛尾线虫的分子分类、群体遗传结构和分子流行病学调查等的进一步研究奠定基础。 展开更多
关键词 羊毛尾线虫 cox1基因 CYT B基因 种系发育 遗传多样性
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青海田鼠源鼠突线虫的分子鉴定与进化分析
14
作者 师正合 付永 +6 位作者 张学勇 曹杰 孟茹 别文海 顾玉姣 靳燕婴 王宏宾 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2023年第4期197-201,共5页
为鉴定青海田鼠源线虫种类,通过PCR方法扩增该线虫样本的线粒体COI基因序列,对扩增产物进行测序和序列比对,并进行系统发育分析。结果表明,获得的青海田鼠源线虫分离株与鼠突线虫Mastophorus muris一致,同源性可达98.6%;种系发育进化树... 为鉴定青海田鼠源线虫种类,通过PCR方法扩增该线虫样本的线粒体COI基因序列,对扩增产物进行测序和序列比对,并进行系统发育分析。结果表明,获得的青海田鼠源线虫分离株与鼠突线虫Mastophorus muris一致,同源性可达98.6%;种系发育进化树表明,该分离株与GenBank中已公布的其他线虫类所属分支相距较远,而与M.muris(MK8674)处于同一分支并且亲缘关系最近,属于胃寄生线虫的鼠突线虫。本研究首次从分子水平上鉴定出青海田鼠源鼠突线虫,可进一步为青藏高原鼠突线虫流行病学调查提供科学依据。 展开更多
关键词 青海田鼠 鼠突线虫 分子鉴定 种系发育
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热休克蛋白70(hsp70)基因对利什曼原虫中国分离株的系统发育分析 被引量：4
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作者 张春莹 黄玉霞 +2 位作者 袁余 胡孝素 马莹 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期163-168,190,共7页
目的选用hsp70基因探讨我国各疫区不同宿主利什曼原虫的种系发育关系。方法采用PCR方法扩增分离自中国各疫区不同宿主的利什曼原虫之热休克蛋白70(hsp70)基因,将扩增的目的片段纯化后测序。使用MEGA 5.0软件对测序产物进行多序列比对并... 目的选用hsp70基因探讨我国各疫区不同宿主利什曼原虫的种系发育关系。方法采用PCR方法扩增分离自中国各疫区不同宿主的利什曼原虫之热休克蛋白70(hsp70)基因,将扩增的目的片段纯化后测序。使用MEGA 5.0软件对测序产物进行多序列比对并构建系统发育树,同时与国外利什曼原虫分离株的hsp70序列共同分析,观察利什曼原虫中国分离株在世界范围利什曼原虫的系统发育和分子进化中的地位。结果中国各流行疫区利什曼原虫均获得约1 300bp长度的hsp70基因片段,存在丰富的多态位点。中国23株利什曼原虫经hsp70基因分型聚集为四群,其中人来源的原虫分离株均在A群,为杜氏利什曼原虫(L.donovani),并分为杜氏利什曼原虫指名亚种(L.donovani)和杜氏利什曼原虫婴儿亚种(L.infantum)两个亚支;分离自新疆沙鼠或白蛉的6株利什曼原虫聚在B群,为都兰利什曼原虫(L.turanica);分离自新疆白蛉和内蒙古沙鼠的两株利什曼原虫为C群沙鼠利什曼原虫(L.gerbilli);分离自内蒙古蜥蜴和新疆白蛉的两株原虫为D群蜥蜴利什曼原虫(Sauroleishmania)。结论利什曼原虫中国分离株属于利什曼原虫亚属的不同种和蜥蜴利什曼原虫亚属,我国利什曼原虫分离株的种系发育复杂多样。 展开更多
关键词 利什曼原虫 种系发育 热休克蛋白70(hsp70)基因
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陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA与ITS-2序列分析及种系发育关系研究
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作者 崔巍山 李中波 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2023年第10期86-92,共7页
为了探究陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA、ITS-2基因序列特征及其种系发育关系,试验以采集于该地区的28条鸡蛔虫为样品,PCR扩增其18S rRNA、ITS-2基因的部分序列,测序后分别对鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的碱基组成进行分析,计... 为了探究陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA、ITS-2基因序列特征及其种系发育关系,试验以采集于该地区的28条鸡蛔虫为样品,PCR扩增其18S rRNA、ITS-2基因的部分序列,测序后分别对鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的碱基组成进行分析,计算A、T、G和C的含量,并对这两个基因的遗传多样性进行分析,比较其种内、种间差异,构建种系发育树。结果表明:测序所获得的鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的长度分别为637,350 bp;其中18S rRNA基因序列的A、T、G和C的含量分别为24.5%~25.2%、26.1%~26.4%、28.3%~28.7%和20.3%~20.9%,A+T含量为50.6%~51.6%,G+C含量为48.6%~49.6%,种内差异为0~1.6%;与猪蛔虫(MF358962)、人蛔虫(LC422643)、犬弓首蛔虫(FJ418788)及狮弓蛔虫(JF837179)种间差异为5.18%~61.38%;ITS-2基因序列中的A、T、G和C的含量分别为28.9%~29.1%、38.0%~38.6%、19.1%~19.7%与12.9%~13.7%,A+T含量为66.9%~67.7%,G+C含量为32.0%~33.4%,种内差异为0~2.3%,与猪蛔虫(MF358962)、人蛔虫(LC422643)、犬弓首蛔虫(FJ418788)及狮弓蛔虫(JF837179)种间差异为55.95%~58.42%。此外,所构建的两个种系发育树具有类似的拓扑结构,均显示来自于陕西省榆林地区的28条鸡蛔虫共同聚为一个分支。说明来自于陕西省榆林地区鸡蛔虫的ITS-2序列呈AT偏好,其18S rRNA、ITS-2基因序列均具有种内差异小而种间差异大的特点,且个体之间存在一定程度的遗传差异,但它们之间的亲缘关系较近。 展开更多
关键词 鸡蛔虫 18S rRNA ITS-2 遗传多样性 种系发育
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滇金丝猴尖尾食道口线虫的鉴定
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作者 陈越 谢昕言 +4 位作者 张誉方 杨建发 贺君君 王昂 王荣琼 《动物医学进展》 北大核心 2023年第2期137-140,共4页
云南某动物园发现滇金丝猴肠道线虫感染严重,为进一步确诊感染虫种,通过形态学和PCR方法对其线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列进行扩增、测序和分析,并利用MEGA6.0软件构建遗传系统进化树,分析其种系发育关系。结果显示,... 云南某动物园发现滇金丝猴肠道线虫感染严重,为进一步确诊感染虫种,通过形态学和PCR方法对其线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列进行扩增、测序和分析,并利用MEGA6.0软件构建遗传系统进化树,分析其种系发育关系。结果显示,该滇金丝猴虫体样本形态学鉴定结果为食道口线虫,扩增所获得的线虫分离株其cox 1序列长度为442 bp,与尖尾食道口线虫(Oesophagostomum aculeatum)相似度高达99.74%,表明滇金丝猴体内分离的线虫样本为尖尾食道口线虫。 展开更多
关键词 滇金丝猴 尖尾食道口线虫 线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基基因 种系发育
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基于线粒体基因组序列对羊蛔虫的种系发育分析 被引量：3
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作者 牛美容 王会宝 +3 位作者 刘婷丽 范现成 宋军科 赵光辉 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期154-159,共6页
为了明确羊蛔虫的分类学地位，本研究首先对羊蛔虫的线粒体基因组全序列进行测定和分析，并基于其蛋白编码基因序列构建了种系发育关系。结果表明，羊蛔虫的线粒体基因组序列全长14288bp，编码36个基因，包括12个蛋白质编码基因（coxl-3... 为了明确羊蛔虫的分类学地位，本研究首先对羊蛔虫的线粒体基因组全序列进行测定和分析，并基于其蛋白编码基因序列构建了种系发育关系。结果表明，羊蛔虫的线粒体基因组序列全长14288bp，编码36个基因，包括12个蛋白质编码基因（coxl-3、nadl-6、nad4L、atp6和cytb）、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码区，其与人蛔虫和猪蛔虫的线粒体基因组核苷酸序列的相似性分别为98．7％和98．2％，种系发育树显示，羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫位于同一进化支，亲缘关系很近。这些研究结果提示羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫可能属于同一物种。本研究为羊蛔虫在分类、演化、分子流行病学和控制等方面的基础研究提供了基本数据。 展开更多
关键词 羊蛔虫 线粒体基因组 种系发育
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藏羊肖氏隐孢子虫的分离鉴定 被引量：3
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作者 王方园 刘学涵 +9 位作者 彭广能 钟志军 邓家波 周潇潇 陈维刚 廖飞 石锦江 陈英 杨平 李兵 《四川动物》 CSCD 北大核心 2014年第3期425-429,共5页
为了解隐孢子虫在藏羊中的感染情况,采用饱和蔗糖漂浮法检查34份藏羊新鲜粪便。通过巢式PCR扩增阳性分离株的18S rRNA、HSP70和CpA135位点基因,并采用限制性内切酶Ssp I和Vsp I对18S rRNA产物进行酶切分析。同时构建系统发育树,分析藏... 为了解隐孢子虫在藏羊中的感染情况,采用饱和蔗糖漂浮法检查34份藏羊新鲜粪便。通过巢式PCR扩增阳性分离株的18S rRNA、HSP70和CpA135位点基因,并采用限制性内切酶Ssp I和Vsp I对18S rRNA产物进行酶切分析。同时构建系统发育树,分析藏羊感染隐孢子虫类别。结果显示仅1只藏羊感染隐孢子虫,18S rRNA与Cryptosporidium xiaoi山羊分离株(GU553016)相似率为99.9%;HSP70与C.xiaoi绵羊分离株(FJ896041)相似率为98.7%;CpA135与C.ubiquitum人源分离株(HM358023)相似率为99.3%。18S rRNA产物经Ssp I酶切后获得3条条带493 bp、262 bp和103 bp,经Vsp I酶切后获得3条条带508 bp、181 bp和104 bp,与C.bovis酶切条带相似。基于18S rRNA和HSP70的系统发育分析显示,该分离株与C.xiaoi亲缘性最近。这是首次在藏羊体内发现肖氏隐孢子虫。 展开更多
关键词 隐孢子虫 藏羊 CRYPTOSPORIDIUM xiaoi 18S RRNA HSP70 PCR-RFLP 种系发育
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湖南湘西地区鸡蛔虫遗传多样性及种系发育关系研究 被引量：2
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作者 宋金秋 李晖 李中波 《中国家禽》 北大核心 2022年第8期116-120,共5页
为研究湖南省湘西地区鸡蛔虫的遗传多样性及种系发育关系,试验以采集于湖南省湘西自治州20条鸡蛔虫为研究对象,采用PCR扩增其线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅲ(Cytochrome c oxidase subunit Ⅲ,cox3)和核糖体18S rRNA的部分序列。结果显示:... 为研究湖南省湘西地区鸡蛔虫的遗传多样性及种系发育关系,试验以采集于湖南省湘西自治州20条鸡蛔虫为研究对象,采用PCR扩增其线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅲ(Cytochrome c oxidase subunit Ⅲ,cox3)和核糖体18S rRNA的部分序列。结果显示:PCR扩增获得的鸡蛔虫cox3、18S rRNA基因序列的长度分别为399 bp、637 bp,种内差异分别为0~1.5%、0~1.6%,种间差异分别为13.0%~40.1%、5.18%~61.38%;构建了基于cox3、18S rRNA基因序列的种系发育树,来自于湖南省湘西地区的鸡蛔虫均处于发育树的同一分支上。研究表明来自于湖南湘西地区的鸡蛔虫间尽管存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但它们之间的亲缘关系较近。 展开更多
关键词 鸡蛔虫 cox3 18S rRNA 遗传多样性 种系发育
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