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10株鸭源新城疫病毒的分离鉴定及F基因遗传进化分析 被引量:24
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作者 孙杰 刁有祥 +4 位作者 李建侠 吴焕荣 颜贇 杨建朋 李瑶瑶 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1054-1060,共7页
为调查山东省鸭群中新城疫病毒(NDV)的流行情况,对2007—2009年山东不同地区发病鸭群进行了NDV的分离鉴定,并对分离的10株鸭源NDV进行了生物学特性和遗传特性研究。结果显示:10株鸭源NDV的致病指数MDT和ICPI测定结果分别为50.4~60.0和1... 为调查山东省鸭群中新城疫病毒(NDV)的流行情况,对2007—2009年山东不同地区发病鸭群进行了NDV的分离鉴定,并对分离的10株鸭源NDV进行了生物学特性和遗传特性研究。结果显示:10株鸭源NDV的致病指数MDT和ICPI测定结果分别为50.4~60.0和1.66~1.78,表明10株分离株均属强毒株。致病性试验显示,3株代表毒株对不同日龄雏鸭均具有较强的致病性,发病率和死亡率分别达70%~100%和20%~70%。对F基因序列分析表明,相对于基因Ⅰ~Ⅵ型NDV,10株鸭源NDVF蛋白存在较大变异,这些变异主要集中在1—30、101—124、479—494和509—516 aa处,且在52、71、176、272、314、402和489位出现了与近几年流行毒株一致的氨基酸替代。核苷酸同源性分析结果表明,10株鸭源NDV之间同源性在95.8%~99.9%,与2000年以来国内外分离的基因Ⅶ型NDV同源性较高,在95.7%~99.8%,与传统LaSota、F48E9同源性较低,为83.8%~90.9%。遗传进化分析结果显示分离毒株均属于基因Ⅶd型。此外,10株鸭源NDV还具有大多数鹅源NDV所特有的973位和1 249位RsaⅠ位点。上述结果表明基因Ⅶd型NDV是造成我国鸭群近年来发生新城疫的主要病原,鸭源NDV很可能源于早期的鹅源NDV。 展开更多
关键词 新城疫 F基因 遗传特性
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海水养殖种类种质退化原因及对策 被引量:8
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作者 竺俊全 钱伟平 《宁波大学学报(理工版)》 CAS 2000年第2期87-91,共5页
指出了某些海水养殖种类种质退化的表现特征,诸如抗病力下降、成熟个体小型化、品质下降、对环境的适应性和抗逆性降低等;分析了种质衰退的原因在于自然群体种质资源的衰退、有效繁育群体过小、繁育亲本质量差、不良养殖环境的负选择... 指出了某些海水养殖种类种质退化的表现特征,诸如抗病力下降、成熟个体小型化、品质下降、对环境的适应性和抗逆性降低等;分析了种质衰退的原因在于自然群体种质资源的衰退、有效繁育群体过小、繁育亲本质量差、不良养殖环境的负选择及养殖方式的不合理等因素;提出了防止种质退化的若干对策. 展开更多
关键词 海水养殖 种质退化 对策
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中国2006~2008年流行性腮腺炎病毒的基因特征分析 被引量:45
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作者 崔爱利 朱贞 +9 位作者 王常银 王艳 周剑惠 吴宏伟 王爽 常新 檀晓娟 张燕 毛乃颖 许文波 《中国疫苗和免疫》 CAS 2009年第1期8-13,共6页
目的分析中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2006~2008年流行性腮腺炎(腮腺炎)病毒(Mumps Virus,MuV)的基因特征。方法针对中国2007~2008年分离到的7株MuV小疏水蛋白(Small Hydro-phobic Protein,SH)基因316个核苷酸片... 目的分析中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2006~2008年流行性腮腺炎(腮腺炎)病毒(Mumps Virus,MuV)的基因特征。方法针对中国2007~2008年分离到的7株MuV小疏水蛋白(Small Hydro-phobic Protein,SH)基因316个核苷酸片段进行逆转录-聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)扩增,并对该PCR产物进行序列测定,结合从基因库下载的7株2006年中国MuV毒株序列以及世界卫生组织(WHO)MuV基因型参考株一起进行分子流行病学研究。结果通过比较核苷酸和氨基酸同源性和构建亲缘关系树发现,中国2006~2008年14株MuV分离株同属F基因型,但序列相互间存在差异。不同省份、不同年代的MuV毒株在亲缘关系树上呈分散交叉分布,无明显的时间和地理分布倾向。此外,通过分析2006~2008年MuV的组内和组间遗传距离发现,2006~2008年的MuV毒株序列无明显规律性变化。与序列同源性和亲缘关系树分析结果一致。结论中国2006~2008年流行的MuV同属F基因型,是由F基因型MuV的多个传播链引起的。并且1995年和2006~2008年的MuV毒株间序列差异较大,说明1995~2008年中国流行的MuV发生了一定程度的变异。另外,还发现F基因型MuV在SH基因上存在着特异性突变(CNt65、CNt105、GNt137、CNt192、CNt239),而其它基因型MuV在这些位点上均未发生改变。 展开更多
关键词 流行性腮腺炎病毒 基因特征 基因型
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2003-2007年中国风疹病毒基因特征分析 被引量:39
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作者 朱贞 许文波 +17 位作者 毛乃颖 蒋小泓 许松涛 何吉兰 孙莉 凌华 张珍英 李聪勇 巴卓玛 詹军 陈慧 王飞霞 周淑洁 陈霞 郑蕾 戴德芳 张红 梁勇 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期7-16,共10页
本研究用Vero细胞或Vero/SLAM细胞从我国10个省(直辖市、自治区,下同)2003~2007年风疹暴发和散发病例的咽拭子标本中分离到57株风疹病毒,用RT-PCR方法扩增了57株风疹病毒E1基因1107个核苷酸的片段,并对该PCR产物进行序列测定和分析。... 本研究用Vero细胞或Vero/SLAM细胞从我国10个省(直辖市、自治区,下同)2003~2007年风疹暴发和散发病例的咽拭子标本中分离到57株风疹病毒,用RT-PCR方法扩增了57株风疹病毒E1基因1107个核苷酸的片段,并对该PCR产物进行序列测定和分析。结果提示,在基于WHO基因定型靶序列739个核苷酸片段构建的基因亲缘关系树上,其中55株风疹病毒株属于1E基因型,相对于其他国家的1E基因型,形成一个独立分支;另外2株风疹病毒属于2B基因型。57株风疹病毒大部分核苷酸的突变为无义突变,氨基酸序列高度保守,除了2株风疹病毒在E1蛋白血凝抑制和中和位点区域第212位氨基酸由Thr变为Ser,其他病毒株均无重要抗原位点的改变;所有我国已分离到的1E基因型风疹病毒在E1蛋白第338位氨基酸共享突变位点(Leu338→Phe338),而其他基因型以及其他国家的1E基因型风疹病毒在该位点均未发生突变,提示该氨基酸(Phe338)可能是我国1E基因型风疹病毒所特有。2003~2007年在我国10个省均分离到1E基因型,而2B基因型只在2006年从四川省的越南输入病例中分离到,提示1E为绝对优势基因型,2B基因型为输入基因型。与1979~1984年和1999~2002年我国流行的风疹基因型不同,发生了基因型的更替,近年我国风疹的流行是由1E基因型为主的风疹野病毒的多个传播链引起。 展开更多
关键词 风疹病毒 基因特征 基因型
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华东地区PMWS患病猪群PCV-2的检测及其基因特征 被引量:19
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作者 王先炜 姜平 +2 位作者 李玉峰 张书霞 许家荣 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期240-242,共3页
用 PCR方法 ,对江苏、上海、山东、江西、安徽和浙江等省市 6 5家猪场 99例断奶仔猪多系统衰弱综合征(PMWS)肺脏和淋巴结病料 ,进行了猪圆环病毒 - 2 (PCV- 2 )基因检测 ,发现其中 18家猪场 2 1例病料为 PCV- 2阳性。源自安徽和上海的 P... 用 PCR方法 ,对江苏、上海、山东、江西、安徽和浙江等省市 6 5家猪场 99例断奶仔猪多系统衰弱综合征(PMWS)肺脏和淋巴结病料 ,进行了猪圆环病毒 - 2 (PCV- 2 )基因检测 ,发现其中 18家猪场 2 1例病料为 PCV- 2阳性。源自安徽和上海的 PCV- 2分离株经基因序列分析显示 ,2个分离株部分 ORF2 与国外分离毒株同源性为 92 %~99%。安徽分离株 AHHF6与韩国分离株 KSY- 1同源性为 99% ,而上海分离株 SHHT1与加拿大分离株 Imp.114 7同源性为 98%。上述结果表明 ,我国 PMWS患病猪群广泛存在 PCV- 2 ,不同地区 PCV- 2存在一定基因差异 。 展开更多
关键词 华东地区 PMWS 患病猪群 PCV-2 基因 猪圆环病毒 PCR
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基于二维自适应异小波基小波变换的规则纹理缺陷检测 被引量:10
6
作者 刘泓 莫玉龙 《中国图象图形学报(A辑)》 CSCD 1999年第4期349-352,共4页
许多纹理具有规则的重复出现的纹理单元,如纺织纤维结构。为了处理有缺陷的纹理图象,提出了一种利用不同自适应小波基与纹理模式匹配的二维小波变换的新方法。与Daubechies的小波基不同,其行和列采用不同的自适应正交小波... 许多纹理具有规则的重复出现的纹理单元,如纺织纤维结构。为了处理有缺陷的纹理图象,提出了一种利用不同自适应小波基与纹理模式匹配的二维小波变换的新方法。与Daubechies的小波基不同,其行和列采用不同的自适应正交小波基,且用遗传算法得到。实验结果表明该方法能确定纹理缺陷的位置。 展开更多
关键词 小波变换 缺陷检测 遗传算法 纹理特征 图象
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无菌性脑膜炎暴发中Echo30病毒的基因特征及分子进化分析 被引量:19
7
作者 王海岩 徐爱强 +5 位作者 朱贞 李岩 纪峰 张勇 张丽 许文波 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第9期793-797,共5页
目的了解引起无菌性脑膜炎暴发的Echo30病毒的基因特征,分析其遗传变异规律及进化来源。方法对2003年济南章丘市无菌性脑膜炎暴发中分离到的Echo330病毒进行了VP1区全基因序列测定,与国内外报道的Echo30病毒VP1区序列进行同源性比较,并... 目的了解引起无菌性脑膜炎暴发的Echo30病毒的基因特征,分析其遗传变异规律及进化来源。方法对2003年济南章丘市无菌性脑膜炎暴发中分离到的Echo330病毒进行了VP1区全基因序列测定,与国内外报道的Echo30病毒VP1区序列进行同源性比较,并通过构建进化树分析其遗传进化规律。结果济南章丘市Echo30分离株VP1区核苷酸同源性在98.9%~99.5%之间,与同年山东省泰安市Echo30分离株同源性最高(98.5%~99.0%),与浙江、江苏两省的Echo30分离株同源性在98.2%~98.9%,而与1997年法国分离株(89.1%~89 7%)和2001年台湾省分离株(87.4%~87.6%)的同源性相差较大,与原型株Bastianni株同源性最低,在82.4%~82.8%。进化树分析显示,中国大陆近几年无菌性脑膜炎Echo30分离株独处一支,呈单源性发生关系。结论2003年,Echo30病毒在山东省部分地区发生了一定程度的传播,并导致了无菌性脑膜炎的局部流行,进化树分析表明,中国大陆Echo30分离株与国外早期的分离株相比,其抗原性不完全相同,已形成新的基因亚型。 展开更多
关键词 无菌性脑膜炎 Echo30病毒 基因特征 分子进化
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抗白粉病普通小麦-簇毛麦新种质的遗传学及生化鉴定 被引量:13
8
作者 尚立民 陈孝 +2 位作者 肖世和 徐惠君 施爱农 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第2期159-164,T001,共7页
普通小麦-簇毛麦抗白粉病新种质94G22-1和94-G33-1都对白粉病免疫。其体细胞染色体数为42,花粉母细胞减数分裂中期Ⅰ染色体构型为21个二价体。用感病小麦品种对其测交,F_1代全部对白粉病表现免疫,F_1代花粉母细胞减数分裂中期Ⅰ染色体... 普通小麦-簇毛麦抗白粉病新种质94G22-1和94-G33-1都对白粉病免疫。其体细胞染色体数为42,花粉母细胞减数分裂中期Ⅰ染色体构型为21个二价体。用感病小麦品种对其测交,F_1代全部对白粉病表现免疫,F_1代花粉母细胞减数分裂中期Ⅰ染色体构型为20个二价体加2个单价体。测交F_2抗感比符合3:1的预期分离比例。体细胞快速荧光原位杂交表明94G22-1、94G33-1都带有两条簇毛麦染色体;染色体C-分带证明这两条簇毛麦染色体是一对6V;重双端体分析确认6V代换的普通小麦染色体是6D。在谷草转氨酶(GOT)同工酶电泳图潜的GOT-2活性区,94G22-1、94G33-1显示了3条酶带,其中1条来自簇毛麦,由6V上的基因编码,亚基组成分析亦确证94G22-1、94G33-1是6D(6V)异代换系。 展开更多
关键词 族毛麦 代换系 遗传学 同功酶
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中国2005年流行麻疹野病毒H_(1a)基因亚型血凝素基因和氨基酸特征分析 被引量:19
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作者 许松涛 姬奕昕 +11 位作者 朱贞 关蓉晖 蒋小泓 张燕 刘中华 崔爱利 毛乃颖 梁勇 周淑洁 张杰 李崇山 许文波 《中国计划免疫》 2006年第1期13-18,共6页
目的研究2005年引起中国麻疹流行的麻疹野病毒H1a基因亚型血凝素蛋白(HA)核苷酸和氨基酸特征及变异程度。方法从各省疾病预防控制中心麻疹实验室送检的2005年麻疹野病毒中选取4个H1a基因亚型代表株,并选取2004年河北省流行的1个Hh基... 目的研究2005年引起中国麻疹流行的麻疹野病毒H1a基因亚型血凝素蛋白(HA)核苷酸和氨基酸特征及变异程度。方法从各省疾病预防控制中心麻疹实验室送检的2005年麻疹野病毒中选取4个H1a基因亚型代表株,并选取2004年河北省流行的1个Hh基因亚型代表株做对比分析。提取麻疹病毒核糖核酸(RNA),用逆转录一聚合酶链反应(RT—PCR)扩增出核蛋白(N)羧基末端(450nt)和HA蛋白编码区基因片段(1854nt),并对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,与GenBank收录的1993~1994年中国优势基因型代表株、中国疫苗株沪191(S191)和长47(C47)HA蛋白和核蛋白羧基末端构建基因亲缘性关系树,分析HA蛋白基因的核苷酸/氨基酸的同源性。结果5株分离株全部为H1基因型的H1a亚型。5株H1a亚型毒株的HA与中国疫苗株S191相比有94~96个核苷酸差异,28~30个氨基酸差异;与C47有94~98个核苷酸差异,28~30个氨基酸差异。5株Hh亚型HA第719位核苷酸由G—A,导致第240位的丝氨酸(S)突变成天门酰胺(N),致使HA蛋白的1个N型糖基化位点丢失。结论该研究表明,麻疹野病毒H1a亚型株的HA蛋白的核苷酸/氨基酸,与1993~1994年流行株相比未发生明显变异。但与S191和C4,相比有较大基因变异,丢失了个别中和抗原位点,但大部分中和抗原位点未发生变异。中国使用的疫苗对现流行的麻疹野病毒仍然具有保护作用,但初免成功后是否绝大部分人具有终身保护还有待进一步病毒学和流行病学论证。2005年麻疹流行与病毒本身的基因突变无明显关联,而是由易感人群的积累和人口流动导致广泛的传播所致。 展开更多
关键词 麻疹病毒 血凝素蛋白 基因特征 H1a基因亚型
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中国7株W135群脑膜炎奈瑟菌基因特征分析 被引量:16
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作者 田国忠 邵祝军 +4 位作者 李马超 徐丽 任红宇 高源 朱兵清 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期926-927,共2页
我国流行性脑脊髓膜炎(流脑)的暴发与流行主要由A群和C群引起,W135群脑膜炎奈瑟菌在本世纪初曾引起暴发与流行。目前我国仅从健康人群中分离到W135菌株。我们对健康人群分离的W135群菌株进行多位点序列基因型(MLST)、PorA基因亚型... 我国流行性脑脊髓膜炎(流脑)的暴发与流行主要由A群和C群引起,W135群脑膜炎奈瑟菌在本世纪初曾引起暴发与流行。目前我国仅从健康人群中分离到W135菌株。我们对健康人群分离的W135群菌株进行多位点序列基因型(MLST)、PorA基因亚型和多位点串联重复序列分析(MLVA)基因特征分析,并与致病性W135群菌株的基因特征进行比较,初步探讨我国W135群菌株是否具有致病性。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 W135群 基因特征
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吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析 被引量:16
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作者 郭影成 付守鹏 +1 位作者 高学勇 李旭东 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1483-1490,共8页
为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAS... 为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%~98.9%和97.7%~99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%~99.7%和96.7%~100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 ORF2基因 分子流行病学 遗传特性
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2010年山东省环境污水中脊髓灰质炎病毒的监测及其基因特征分析 被引量:13
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作者 张岩 季圣翔 +13 位作者 张晓丽 李岩 张勇 陶泽新 王海岩 祝双利 宋立志 冯艺 刘尧 纪峰 林小娟 冯蕾 吉田弘 徐爱强 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期337-341,共5页
本研究在山东省开展了脊髓灰质炎病毒(Poliovirus,PV)的外环境监测,从济南、临沂两地采集污水标本,浓缩处理后进行病毒分离,对分离到的PV采用中和试验进行血清定型,并对其VP1及3D区进行序列测定,分析其基因突变和重组情况。2010年,共... 本研究在山东省开展了脊髓灰质炎病毒(Poliovirus,PV)的外环境监测,从济南、临沂两地采集污水标本,浓缩处理后进行病毒分离,对分离到的PV采用中和试验进行血清定型,并对其VP1及3D区进行序列测定,分析其基因突变和重组情况。2010年,共采集污水标本32份,PV阳性10份,阳性率31.3%;分离到18株PV(PV1型3株,PV2型9株,PV3型6株),均为疫苗相关株,VP1完整编码区核苷酸变异数在0~4个之间,在3株PV2型病毒和4株PV3型病毒的基因组中发现重组;对VP1区影响神经毒力的减毒位点分析发现,PV1型病毒中有1株在nt 2 749发生突变(A→G),PV2型病毒中有1株在nt2 908发生A→G突变,3株在nt2 909发生U→C突变,6株PV3型病毒全部在nt2 493发生C→U突变。环境污水中可以分离到PV,其基因重组率和主要减毒位点的回复突变率较高,未发现脊灰野毒株和疫苗衍生株脊灰病毒(Vaccine-derived poliovirus,VDPV)。 展开更多
关键词 脊髓灰质炎病毒 VP1编码区 基因特征 环境监测
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一起儿童病毒性脑炎暴发肠道病毒ECHO6型分离株VP1基因特征分析 被引量:13
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作者 陈前进 曹春远 +4 位作者 吴水新 杨秀惠 罗招福 何云 廖亦红 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期523-526,共4页
目的对埃可病毒6型(ECHO6)福建龙岩分离株进行分子生物学分析,阐明ECHO6病毒福建龙岩分离株的分子生学特征及其与世界其它分离株的基因关系。方法采集暴发病例脑脊液标本,用RD细胞进行分离病毒,阳性分离物采用中和试验及PCR序列分析确... 目的对埃可病毒6型(ECHO6)福建龙岩分离株进行分子生物学分析,阐明ECHO6病毒福建龙岩分离株的分子生学特征及其与世界其它分离株的基因关系。方法采集暴发病例脑脊液标本,用RD细胞进行分离病毒,阳性分离物采用中和试验及PCR序列分析确定其血清型别;RT-PCR扩增VP1基因全长,测定序列进行同源性及亲缘进化树分析。结果 13例细胞培养阳性分离物经中和试验及序列分析结果均为ECHO6。随机选取4株病毒株进行VP1全基因序列分析显示:4个病毒株之间同源性>99%;与山东病毒株E6/SD/sewage/081226/2-2同源性高于其他参考株。在遗传进化树上,4株分离病毒株同属一个分支,为C2亚型。结论 ECHO6是引起本次福建省龙岩市长汀县儿童病毒性脑炎暴发的病原体,其基因型为C2亚型。 展开更多
关键词 病毒性脑炎 埃可病毒6型 序列分析 基因特征
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江苏首例甲型H1N1(2009)流感病毒分离及其血凝素分子遗传特征分析 被引量:13
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作者 祁贤 崔仑标 +16 位作者 李亮 汤奋扬 郭喜玲 焦永军 单军 吴斌 祖荣强 邓斐 付建光 秦圆方 王慎骄 霍翔 许可 朱凤才 史智扬 羊海涛 汪华 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期305-310,共6页
2009年6月12日,江苏确诊首例甲型H1N1(2009)病例。通过细胞和鸡胚分离系统,我们分离到一株具有较高血凝活性的病毒,命名为A/Jiangsu/1/2009。为了跟踪病毒的变异情况,我们开展了病毒的全基因组测序工作,在此基础上对其血凝素基因(Haemag... 2009年6月12日,江苏确诊首例甲型H1N1(2009)病例。通过细胞和鸡胚分离系统,我们分离到一株具有较高血凝活性的病毒,命名为A/Jiangsu/1/2009。为了跟踪病毒的变异情况,我们开展了病毒的全基因组测序工作,在此基础上对其血凝素基因(Haemagglutinin,HA)的遗传特性进行了详细研究。分离株HA蛋白不具有多碱基HA裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与参考株A/California/04/2009相比,分离株A/Jiangsu/1/2009HA蛋白的有4个氨基酸发生了突变,但都不在已知的抗原位点上。分离株有5个潜在糖基化位点,这与近年来古典猪H1N1和北美三源重配猪H1病毒完全一致,保留了古典猪H1的特点。与禽流感H1病毒相比,分离株HA蛋白受体结合位点上的E190D和G225D发生突变,这可能成为新甲型H1N1(2009)在人际间传播的一个重要分子基础。此外,其它受体结合位点上相关氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。本研究首次对早期流行的甲型H1N1(2009)流感病毒的HA蛋白的分子遗传特征进行了详细研究,对进一步监测病原变异具有重要指导意义。 展开更多
关键词 甲型流感病毒 H1N1 病毒分离 血凝素 分子特征 低致病性
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肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型分离株的VP1基因特征分析 被引量:13
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作者 张建华 江炳福 +2 位作者 程险峰 游贤惠 孟继鸿 《东南大学学报(医学版)》 CAS 2013年第2期173-179,共7页
目的:探讨苏皖地区手足口病(HFMD)患者肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)分离株的VP1基因特征。方法:采集南京市、马鞍山市2009至2010年HFMD患者临床标本进行病毒分离和RT-PCR鉴定;扩增并测定VP1基因序列;从GenBank中选取EV71... 目的:探讨苏皖地区手足口病(HFMD)患者肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)分离株的VP1基因特征。方法:采集南京市、马鞍山市2009至2010年HFMD患者临床标本进行病毒分离和RT-PCR鉴定;扩增并测定VP1基因序列;从GenBank中选取EV71和CA16不同基因型参考毒株,利用生物信息学软件进行同源性比对和系统进化树分析。结果:共分离到9株EV71和4株CA16,EV71分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.5%~99.8%和99%~100%;CA16分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性为96.2%~98.5%和99.3%~100%;系统进化树分析显示,9株EV71全部属于C4a基因亚型,而4株CA16则全部属于B1b基因亚型。结论:2009至2010年苏皖地区分离到的EV71和CA16毒株分别属于C4a和B1b基因亚型,与国内其他地区HFMD病原学及分子进化研究结果一致,有望成为疫苗候选株作进一步研究。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒71型 柯萨奇病毒A16型 VP1 基因特征
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急性弛缓性麻痹病例中Ⅱ型脊髓灰质炎疫苗病毒变异株基因特征分析 被引量:10
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作者 李崇山 张勇 +10 位作者 叶绪芳 王海岩 王东艳 祝双利 朱晖 安洪秋 李杰 严冬梅 许松涛 毛乃颖 许文波 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期103-109,共7页
研究Ⅱ型脊髓灰质炎(脊灰)疫苗变异株的基因特征,为我国使用口服脊灰减毒活疫苗/脊灰灭活疫苗使用策略,维持无脊灰状态和全球最终消灭脊灰提供科学依据。根据型内鉴定的检测结果,从2000-2001年AFP病例分离到的Ⅱ型脊灰疫苗变异株... 研究Ⅱ型脊髓灰质炎(脊灰)疫苗变异株的基因特征,为我国使用口服脊灰减毒活疫苗/脊灰灭活疫苗使用策略,维持无脊灰状态和全球最终消灭脊灰提供科学依据。根据型内鉴定的检测结果,从2000-2001年AFP病例分离到的Ⅱ型脊灰疫苗变异株中选取有聚集性的5株病毒进行全基因组序列测定(贵州省3株、山东省2株),并进行核苷酸、氨基酸同源性分析。贵州省3株病毒全基因组序列完全一致,但与SabinⅢ型病毒发生重组,重组区域在3A区(nt5343-5353);与疫苗株相比,Ⅱ型区域变异10个碱基,其中VP1区变异4个,与SabinⅡ型株核苷酸同源性为99.56%,氨基酸同源性99.34%;Ⅲ型区域变异9个碱基。山东省2株病毒全基因序列共享16个突变位点,没有发生重组,与SabinⅡ型株相比,VP1区分别变异7个和4个碱基,核苷酸同源性分别为99.22%和99.56%,氨基酸同源性分别为99.0%和99.67%。上述5株病毒在重要的减毒位点nt481、nt2909均发生突变。此研究中5株病毒分属于两个不同的传播链,但是共享nt481、nt2909、nt2992三个突变位点,这3个突变位点不在重组区域内,他们的共同作用可能是影响病毒传播力的重要因素,但目前尚无证据证明脊灰疫苗病毒型间重组会增加病毒的毒力及传播力。 展开更多
关键词 脊髓灰质炎疫苗变异株 基因特征 序列测定和分析
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基于线粒体COI基因的海蜇不同地理群体遗传特征 被引量:9
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作者 李玉龙 董婧 +4 位作者 王彬 李轶平 于旭光 付杰 王文波 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期2340-2347,共8页
对采自辽东湾和韩国江华岛的2个海蜇群体56个个体的线粒体COI基因序列进行扩增,并结合Gen Bank上其他15个海蜇样品的同源序列对其进行序列变异分析,研究海蜇群体的遗传特征和群体遗传结构状况.在所分析的71个个体中共检测到28个多态位点... 对采自辽东湾和韩国江华岛的2个海蜇群体56个个体的线粒体COI基因序列进行扩增,并结合Gen Bank上其他15个海蜇样品的同源序列对其进行序列变异分析,研究海蜇群体的遗传特征和群体遗传结构状况.在所分析的71个个体中共检测到28个多态位点,定义了32种单倍型.海蜇群体呈现出高的单倍型多样性(0.91±0.06~0.94±0.01)和中等或较低的核苷酸多样性[(0.60±0.34)%^(0.68±0.40)%].与其他几种大型水母相比,海蜇群体的遗传多样性水平较高.系统分析结果显示,海蜇群体间具有2个明显的单倍型谱系分支.比较海蜇不同群体间的遗传分化指数(F_(ST))和分子变异分析(AMOVA)发现,在本研究取样范围内不同海蜇群体间存在明显的遗传结构.不同海蜇群体存在复杂的遗传模式,海蜇独特的生活史特征、其分布海域的海流状况及人为因素如增殖放流等可能是造成海蜇这种复杂遗传模式的原因. 展开更多
关键词 海蜇 线粒体COI基因 遗传特征 遗传结构 生活史
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辽宁省2007~2012年流行风疹病毒基因特征分析 被引量:9
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作者 王艳 马艳 +11 位作者 徐晓婷 范雪松 林茜 隋丹 尹晔 吴凤彤 潘百灵 刘光远 王继健 韩悦 郭军巧 赵卓 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期589-595,共7页
为了解辽宁省2007~2012年流行性风疹病毒基因特征,本研究用Vero/Slam细胞从辽宁省2007~2012年风疹暴发和散发患者的咽拭子标本中分离到145株风疹病毒(Rubella,RV),应用逆转录一聚合酶链反应(RT~PCR)扩增RV分离株E1基因的945... 为了解辽宁省2007~2012年流行性风疹病毒基因特征,本研究用Vero/Slam细胞从辽宁省2007~2012年风疹暴发和散发患者的咽拭子标本中分离到145株风疹病毒(Rubella,RV),应用逆转录一聚合酶链反应(RT~PCR)扩增RV分离株E1基因的945个核苷酸片段,对扩增产物进行序列测定和分析。将辽宁省145株RV与世界卫生组织(WHO)RV13个基因型的32株参考株基于739个核苷酸片段的基因定型序列构建基因亲缘性关系树。结果提示,辽宁省2007-2012年145株RV分离株均属于1E基因型,核苷酸和氨基酸同源性为97.2%~100.0%和97.6%~100.0%。与2株wHO1E基因型参考株(Rvi/Dezhou.CHN/02,RVi/MYS/01)序列相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6%~99.2%和98.2%~100.0%.除RVi/Shenyang.Liaoning.CHN/13.n/13株病毒在E1基因的第246位发生了突变(Val246-Ala246);RVi/Shenyang.Liaoning.CHN/13.11/4和RVi/Liaoyang.Liaoning.CHN/26.11/2株病毒在E1基因的第262发生相同突变(Asp262-Asn262)外,其他毒株在N-型糖基化位、血凝抑制位点和中和位点等重要抗原位点均未发生变化,抗原性稳定。辽宁省所有1E基因型风疹病毒在E1蛋白的第338位氨基酸发生相同突变(Leu338-Phe338)。本研究证实1E基因型为辽宁省RV的优势基因型,近6年来辽宁省风疹疫情是由1E基因型RV的多个传播链引起。 展开更多
关键词 风疹病毒 基因特征 基因型
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埃可病毒11型山东株分子流行病学研究 被引量:9
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作者 樊庆莹 王海岩 +10 位作者 杨赫 冯艺 张岩 李岩 陶泽新 纪峰 宋立志 刘桂芳 刘尧 冯蕾 徐爱强 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期155-158,共4页
目的 分析埃可病毒11型(Echo11)山东分离株的分子流行病学特征.方法 对1994-2009年山东省急性弛缓性麻痹监测系统中采集到的粪便标本,采用RD、Hep-2和L20B 3种细胞进行病毒分离;对阳性分离物采用中和试验确定其血清型别;选取27株Echo1... 目的 分析埃可病毒11型(Echo11)山东分离株的分子流行病学特征.方法 对1994-2009年山东省急性弛缓性麻痹监测系统中采集到的粪便标本,采用RD、Hep-2和L20B 3种细胞进行病毒分离;对阳性分离物采用中和试验确定其血清型别;选取27株Echo11山东株病毒,测定VP1完整编码区序列,与国外其他病毒株进行同源性分析并构建VP1区全基因亲缘进化树,分析其进化来源及不同基因型的流行范围.结果 1994-2009年山东省急性弛缓性麻痹病例标本共分离出 915株已确定血清型的非脊髓灰质炎肠道病毒(NPEV),其中Echo11 79株,占8.6%.Echo11山东株VP1区全长共876个核苷酸,编码292个氨基酸;27株Echo11 VP1区山东株之间核苷酸同源性为76.4%~100.0%,氨基酸同源性为91.4%~100.0%;与原型Gregory株之间核苷酸同源性为77.7%~80.7%,氨基酸同源性为90.7%~94.8%.结论 山东省存在Echo11 A基因型和C基因型流行,并构成A1、A2和C1三个新基因亚型,且不同亚型内存在着多条传播链,A1亚型为近年山东省流行的基因亚型. 展开更多
关键词 埃可病毒11型 基因特征 分子流行病学
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中国六省份水痘-带状疱疹病毒糖蛋白M、L基因特征分析 被引量:9
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作者 牟君杰 齐梦缘 +7 位作者 李崇山 郑焕英 陈萌 周剑慧 何吉兰 许文波 许松涛 许晓光 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期419-423,共5页
目的 分析水痘-带状疱疹病毒(VZV)糖蛋白(g)M、L的基因特征。方法 依据国家科技重大专项中发热伴出疹症候群病毒性病原监测项目,以2007—2015年北京(1例)、上海(5例)、吉林(2例)、青海(1例)、广东(2例)、四川(1例)监... 目的 分析水痘-带状疱疹病毒(VZV)糖蛋白(g)M、L的基因特征。方法 依据国家科技重大专项中发热伴出疹症候群病毒性病原监测项目,以2007—2015年北京(1例)、上海(5例)、吉林(2例)、青海(1例)、广东(2例)、四川(1例)监测到的12例VZV疑似患者为研究对象,收集其疱疹液或咽拭子标本共12份。通过琼脂糖凝胶电泳鉴定标本VZV阳性情况,采用PCR扩增VZV阳性标本以及国产水痘减毒活疫苗v-Oka-BK和进口水痘减毒活疫苗Varilrix-1的gM、gL基因序列片段,进行核苷酸序列测定和分析。采用BioEdit、MEGA 5.0软件,比对VZV阳性标本与疫苗株(v-Oka-BK、varilrix-1)以及GenBank的国外野毒株(41株)、亲本株(p-Oka)、疫苗株(v-Oka、varilrix、varivax)的核苷酸序列。结果 12份标本均为VZV阳性。与疫苗株和亲本株相比,1份阳性标本gM基因在86686位点发生碱基突变,并导致氨基酸突变,5份阳性标本在87844位点发生碱基突变,有30株国外野毒株在87844位点上也存在相同变异;1份阳性标本gL基因在101245位点发生碱基突变,并导致氨基酸突变,6份阳性标本在101624、101625、101625位点上均发生了碱基缺失,国外野毒株在这3个位点均发生相同变异。与疫苗株相比,12份VZV阳性标本gM的核苷酸、氨基酸同源性分别为99.2%~100%和98.2%~100%,gL的分别为99.3%~100%和98.6%~100%;与41株国外野毒株相比,gM的核苷酸、氨基酸同源性分别为99.3%~100%和98.5%~100%,gL的分别为99.1%~100%和98.6%~100%。基因亲缘性关系树分析显示,基于gM有7份VZV阳性标本与疫苗株及亲本株在同一分支上;基于gL,有12份VZV阳性标本均与疫苗株及亲本株在同一分支。结论 12份VZV阳性标本gM、gL基因序列高度保守,抗原性稳定,存在减毒位点可能。 展开更多
关键词 糖蛋白类 水痘疫苗 基因特征 水痘.带状疱疹病毒
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