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大豆EST-SSR标记开发及与Genomic-SSR的比较研究 被引量：35
1
作者 常玮 赵雪 +4 位作者 李侠 邱波 韩英鹏 縢伟丽 李文滨 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期149-156,共8页
对458 220条大豆EST序列进行SSR搜索,共检测出EST-SSR序列39 989条,经拼接得到无冗余EST-SSR序列8 190条,包括357种重复基元。其中二、三核苷酸重复基元类型居多,分别占无冗余EST总数的11.13%和16%,统计得到二核苷酸重复类型12种,三核... 对458 220条大豆EST序列进行SSR搜索,共检测出EST-SSR序列39 989条,经拼接得到无冗余EST-SSR序列8 190条,包括357种重复基元。其中二、三核苷酸重复基元类型居多,分别占无冗余EST总数的11.13%和16%,统计得到二核苷酸重复类型12种,三核苷酸重复类型60种。以含有简单重复序列的无冗余EST序列设计200对引物,其中148对引物有清晰且单一条带扩增产物,以30份大豆品种资源进行引物筛选,获得多态性引物31对。以21份大豆不同基因型的基因组DNA为模板选取30对显示多态性的大豆EST-SSR引物和30对大豆基因组SSR引物进行扩增,带型统计结果显示:大豆EST-SSR与基因组SSR在供试基因型间多态性指数均值分别为0.55和0.44,二者揭示的多态性水平差异不大。从而说明利用生物信息学方法基于大豆EST开发SSR标记是切实可行的,大豆EST-SSR可以用于大豆遗传多样性分析,是大豆DNA分子标记体系的一个重要补充。 展开更多
关键词 大豆 EST—SSR 生物信息 多态性
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生物信息学本科人才培养的调研与思考 被引量：18
2
作者 明文龙 李晟 +5 位作者 罗幸 徐军 谢建明 刘宏德 陆祖宏 孙啸 《生物信息学》 2018年第2期65-71,共7页
近年来,生物信息学已经逐步发展成为现代生物学和医学等领域的关键技术方法,社会对生物信息学专业人才的需求不断扩大,生物信息学的本科教育也受到了越来越多的关注和重视。为了探索更加合理的人才培养模式、完善课程设置和教学计划,本... 近年来,生物信息学已经逐步发展成为现代生物学和医学等领域的关键技术方法,社会对生物信息学专业人才的需求不断扩大,生物信息学的本科教育也受到了越来越多的关注和重视。为了探索更加合理的人才培养模式、完善课程设置和教学计划,本文以中美两国开设生物信息学本科专业的高校为对象,分别选取一些代表高校并进行深入调研,对比分析课程设置和人才培养现状。结果显示,生物信息学的跨学科性质在各高校中均得到一定体现,培养学生具有多元化的知识结构已经成为生物信息学人才培养的一项共识。同时,根据调研的结果,也对国内生物信息学本科教育提出一些启发与建议。 展开更多
关键词 生物信息学 生物信息学教育 复合型人才 专业建设 大学本科教育
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甘蔗ATP合酶基因的电子克隆及生物信息学分析 被引量：12
3
作者 张云鹤 曹翠岩 +2 位作者 邢慧清 黄赛楠 李玥莹 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期34-40,共7页
目的:运用电子克隆的方法获得甘蔗中的ATP合酶基因。方法:以小麦中一个ATP合酶基因为种子序列,对甘蔗的EST数据库进行搜索,应用相关软件进行聚类分析、拼接组装和延长。结果:获得一个ATP合酶基因SATPC1的cDNA序列全长,该序列长1 415bp,... 目的:运用电子克隆的方法获得甘蔗中的ATP合酶基因。方法:以小麦中一个ATP合酶基因为种子序列,对甘蔗的EST数据库进行搜索,应用相关软件进行聚类分析、拼接组装和延长。结果:获得一个ATP合酶基因SATPC1的cDNA序列全长,该序列长1 415bp,包含一个完整的1 077bp的ORF,编码358个氨基酸,且与水稻、玉米、高粱和葡萄等其他植物的ATP合酶具有高度的同源性。结论:电子克隆获得的cDNA序列为完整的甘蔗ATP合酶基因全长cDNA。 展开更多
关键词 甘蔗 ATP合酶 电子克隆 生物信息学
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IGF作用机理的研究进展及其与生物信息学的联系 被引量：5
4
作者 赵琳珊 张亿虹 +1 位作者 张彦华 闫玉清 《黑龙江医药》 CAS 2007年第1期22-24,共3页
类胰岛素生长因子(insulin-like growth factor,IGF)是一类多功能的细胞增殖调控因子,它在肿瘸细胞增殖、肌肉生长、胎儿发育等方面具有重要的调控作用。随着基因组计划的启动,生物信息学作为一门计算机处理生物数据的交叉学科发展起来... 类胰岛素生长因子(insulin-like growth factor,IGF)是一类多功能的细胞增殖调控因子,它在肿瘸细胞增殖、肌肉生长、胎儿发育等方面具有重要的调控作用。随着基因组计划的启动,生物信息学作为一门计算机处理生物数据的交叉学科发展起来了。本文介绍了类胰岛素生长因子的研究进展,以及与生物信息学的关系。 展开更多
关键词 类胰岛素生长因子 生物学作用 生物信息学
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医学院校生物信息学本科教学探索及思考 被引量：9
5
作者 梁猛 席珺 +2 位作者 王文锐 付应宵 唐宝定 《基础医学教育》 2018年第4期281-283,共3页
生物信息学(bioinformatics)作为一门新兴的交叉学科,对于现代生命科学和医学研究具有重大意义。文章对当前生物信息学教学现状以及蚌埠医学院教学实际情况作了一些介绍,同时提出了一些目前生物信息学教学中存在的问题。结合现阶段各个... 生物信息学(bioinformatics)作为一门新兴的交叉学科,对于现代生命科学和医学研究具有重大意义。文章对当前生物信息学教学现状以及蚌埠医学院教学实际情况作了一些介绍,同时提出了一些目前生物信息学教学中存在的问题。结合现阶段各个高校实施的大学生创新训练,将生物信息学高效地运用于医学本科生的教学及科研中。 展开更多
关键词 生物信息学 教学改革 本科教学
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扁桃AcSFB基因的克隆与原核表达分析 被引量：5
6
作者 郭长奎 罗淑萍 +1 位作者 李疆 高启明 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1215-1220,共6页
利用RT-PCR和RACE技术,从新疆栽培扁桃‘鹰嘴’花药中获得了一个全长的SFB(S-hap-lotype-specific F-boxgene)基因(GenBank登录号为FJ362525),命名为AcSFBd。该基因全长1125bp,编码374个氨基酸,在N末端含有一个大约50个氨基酸组成的F-bo... 利用RT-PCR和RACE技术,从新疆栽培扁桃‘鹰嘴’花药中获得了一个全长的SFB(S-hap-lotype-specific F-boxgene)基因(GenBank登录号为FJ362525),命名为AcSFBd。该基因全长1125bp,编码374个氨基酸,在N末端含有一个大约50个氨基酸组成的F-box基序,含有两个高变区(Hva和Hvb)和两个可变区(V1和V2)。生物信息学的方法成功预测了AcSFBd蛋白分子质量为43kD,为亲水性、非分泌型蛋白,在基质内起连接酶(EC6.-.-.-)的作用。成功构建了原核表达载体,并转化大肠杆菌BL21(DE3),SDS-PAGE检测结果显示表达了一个约60kD的蛋白。 展开更多
关键词 扁桃 基因 克隆 SFB基因 原核表达 生物信息学
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乙型肝炎、丙型肝炎病毒相关性肝癌基因差异表达的生物信息学分析 被引量：8
7
作者 秦健 李文静 +1 位作者 冯勇 陈朗 《武汉大学学报（医学版）》 CAS 2017年第4期604-609,共6页
目的:筛选乙型肝炎病毒(HBV)与丙型肝炎病毒(HCV)相关性肝癌的差异表达基因,探讨其基因功能富集的差异,促进对HBV、HCV相关性肝癌致病机理的了解。方法:从公共基因芯片数据库中下载数据集GSE44074,利用在线软件GEO2R筛选HBV相关性肝癌与... 目的:筛选乙型肝炎病毒(HBV)与丙型肝炎病毒(HCV)相关性肝癌的差异表达基因,探讨其基因功能富集的差异,促进对HBV、HCV相关性肝癌致病机理的了解。方法:从公共基因芯片数据库中下载数据集GSE44074,利用在线软件GEO2R筛选HBV相关性肝癌与HCV相关性肝癌间的差异表达基因,利用DAVID数据库、基因集富集分析(GSEA)方法等分析预测HBV、HCV相关性肝癌的基因功能富集的差异。结果:利用数据集GSE44074共筛选出34个差异表达基因(矫正后P<0.05)。HBV相关肝癌样本中高表达的基因与多细胞组织加工和生物学过程负向调控有关。HCV相关肝癌组中线粒体呼吸链、细胞器膜蛋白及线粒体膜功能等基因功能集存在显著上调。结论:HBV、HCV相关性肝癌样本间存在多个差异表达基因及差异基因功能富集。 展开更多
关键词 生物信息学 基因富集分析 乙肝病毒 丙肝病毒 肝癌
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新基因FAM92A1的生物信息学分析及功能预测 被引量：8
8
作者 佘高明 聂偲 +3 位作者 张同园 李聪 刘炜 阮绪芝 《郧阳医学院学报》 2008年第4期289-294,共6页
目的:运用生物信息学方法对新基因FAM92A1功能进行预测分析,为进一步深入研究FAM92A1功能奠定基础。方法:利用多种生物信息学分析软件,分析FAM92A1基因的表达谱、保守性及其编码蛋白的结构和定位等特征,根据结构预测其功能。结果:该基... 目的:运用生物信息学方法对新基因FAM92A1功能进行预测分析,为进一步深入研究FAM92A1功能奠定基础。方法:利用多种生物信息学分析软件,分析FAM92A1基因的表达谱、保守性及其编码蛋白的结构和定位等特征,根据结构预测其功能。结果:该基因表达广泛,高度保守,有多个选择性剪接变异体。编码蛋白属于DUF1208保守结构域家族,与猩猩、小鼠、大鼠、鸟、非洲爪蟾、斑马鱼和果蝇的相似性分别为91%、84%、82%、74%、67%、65%、26%。它含有一个卷曲螺旋结构和多个磷酸化位点,无信号肽及跨膜结构。亚细胞定位预测其定位于细胞核。结论:利用生物信息学方法可初步预测FAM92A1为一细胞核内具有调节作用的蛋白质,其在细胞增殖和分化的精确调控方面可能起着重要作用。 展开更多
关键词 FAM92A1 生物信息学 DUF1208结构域
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日本血吸虫SJCWL06基因编码蛋白结构与功能的生物信息分析 被引量：6
9
作者 曾少华 汪世平 +7 位作者 张加祥 吕志跃 周松华 刘雪琴 徐绍锐 姜孝新 彭先楚 李文凯 《国际医学寄生虫病杂志》 CAS 2006年第1期10-14,共5页
目的分析和预测日本血吸虫SJCWL06基因编码蛋白的结构与功能。方法利用国际互联网中生物信息网站如美国国家生物技术信息中心(NCBI)等的相关信息,分析与预测该编码蛋白一、二、三级结构与功能。结果该基因长861bp,有一个完整的327bp的... 目的分析和预测日本血吸虫SJCWL06基因编码蛋白的结构与功能。方法利用国际互联网中生物信息网站如美国国家生物技术信息中心(NCBI)等的相关信息,分析与预测该编码蛋白一、二、三级结构与功能。结果该基因长861bp,有一个完整的327bp的开放读框,编码109个氨基酸,其编码蛋白有一个信号肽,多个磷酸化位点和一个ABC-三磷酸腺苷酶的结构域,与蜜蜂(Apis mel-lifera)SMC3编码的mRNA基因序列同源性最高(84%)。结论SJCWL06基因编码蛋白具有进一步研究的潜在价值。 展开更多
关键词 日本血吸虫 生物信息学 基因 结构与功能 序列分析
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小麦CPP转录因子基因的电子克隆及生物信息学分析 被引量：7
10
作者 孟超敏 姬俊华 +1 位作者 李雪林 尚家 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期39-42,共4页
目的:运用电子克隆的方法获得小麦中的CPP转录因子基因。方法:以水稻的CPP转录因子作为探针,对小麦的EST数据库进行搜索,应用相关软件进行聚类分析、拼接组装和延长。结果:克隆出4个小麦CPP基因,分别命名为TaCPP1、TaCPP2、TaCPP3和TaCP... 目的:运用电子克隆的方法获得小麦中的CPP转录因子基因。方法:以水稻的CPP转录因子作为探针,对小麦的EST数据库进行搜索,应用相关软件进行聚类分析、拼接组装和延长。结果:克隆出4个小麦CPP基因,分别命名为TaCPP1、TaCPP2、TaCPP3和TaCPP4,序列长度分别为977bp、3 022bp、1 582bp和1 156bp,开放阅读框为975bp、2 298bp、720bp和750bp。4个CPP类型蛋白质都具有一个或两个CXC域,而且多数还拥有完整的CRC结构域。结论:4个小麦CPP基因与水稻CPP蛋白具有高度的同源性。研究结果为进一步实验克隆和研究其功能提供了理论基础。 展开更多
关键词 小麦 CPP基因 电子克隆 生物信息学
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最长公共子序列的快速算法及其并行实现 被引量：6
11
作者 刘维 陈崚 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2006年第6期1422-1424,1427,共4页
求生物序列的最长公共子串是生物信息学中最重要的问题之一,提出了该问题的一个快速算法,可对所有初始同字符对并行地寻找其后继同字符对,并记录下相应层次值。最后通过最大层次值回溯得到比对结果。此外,该算法采用了剪枝技术,对于明... 求生物序列的最长公共子串是生物信息学中最重要的问题之一,提出了该问题的一个快速算法,可对所有初始同字符对并行地寻找其后继同字符对,并记录下相应层次值。最后通过最大层次值回溯得到比对结果。此外,该算法采用了剪枝技术,对于明显不能得出最优比对的同字符将中止其后继的搜索。实验结果证明,本文算法比其他算法速度快、精确度高。 展开更多
关键词 生物信息学 最长公共子串 同字符对
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瘢痕疙瘩相关基因的生物信息学分析 被引量：7
12
作者 边曦 黄琛 +1 位作者 李博仑 秦泽莲 《中国微创外科杂志》 CSCD 2012年第5期444-449,467,共7页
目的比较瘢痕疙瘩与正常皮肤的基因表达差异,从分子水平探讨瘢痕疙瘩的发病机制,为临床治疗提供新思路。方法用PubMed数据库文献检索瘢痕疙瘩与正常皮肤的差异表达基因,对与瘢痕疙瘩相关的基因进行蛋白-蛋白相互作用网络、生物学通路、... 目的比较瘢痕疙瘩与正常皮肤的基因表达差异,从分子水平探讨瘢痕疙瘩的发病机制,为临床治疗提供新思路。方法用PubMed数据库文献检索瘢痕疙瘩与正常皮肤的差异表达基因,对与瘢痕疙瘩相关的基因进行蛋白-蛋白相互作用网络、生物学通路、基因本体(gene ontology,GO)和功能注释聚类的生物信息学分析。结果获得差异表达基因谱8个和文献922篇,筛选瘢痕疙瘩相关基因94个(71个上调,23个下调)。86个基因构成蛋白-蛋白相互作用网络,TGFB1、FN1、COL1A1、MMP9、VEGFA、TP53、IL6和MMP2为核心蛋白。瘢痕疙瘩相关基因参与信号转导、肿瘤形成等生物学通路,细胞凋亡、细胞运动等生物过程,形成细胞膜结构和细胞外基质、胶原等组分。结论 TGFB1、FN1、COL1A1、MMP9、VEGFA、TP53、IL6和MMP2等关键基因,TGF-β信号转导、细胞增殖和凋亡、肿瘤形成相关通路在瘢痕疙瘩的发生发展中可能起重要作用。 展开更多
关键词 文献挖掘 生物信息学 瘢痕疙瘩 皮肤
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东方田鼠血清免疫筛选日本血吸虫童虫cDNA文库及新基因分析 被引量：5
13
作者 袁忠英 沈玉娟 +6 位作者 曹建平 沈际佳 徐馀信 刁薇 胡媛 李小红 刘述先 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 2008年第4期255-259,共5页
目的获得日本血吸虫病新的候选疫苗分子。方法用对日本血吸虫具有天然抗性的东方田鼠血清免疫筛选日本血吸虫肝期童虫cDNA文库，阳性克隆转入E．coliBM25．8环化成质粒，抽提质粒DNA，EcoRⅠ和Hind Ⅲ双酶切，琼脂糖凝胶电泳鉴定，插入... 目的获得日本血吸虫病新的候选疫苗分子。方法用对日本血吸虫具有天然抗性的东方田鼠血清免疫筛选日本血吸虫肝期童虫cDNA文库，阳性克隆转入E．coliBM25．8环化成质粒，抽提质粒DNA，EcoRⅠ和Hind Ⅲ双酶切，琼脂糖凝胶电泳鉴定，插入片段进行核苷酸序列测序，并进行生物信息学分析。结果共获得12个不同的基因，插入片段长度为300～1100bp，其中2个具有完整的开放阅读框，为日本血吸虫新基因，命名为sj—sMf1和sj—sMf2，分别编码93个和61个氨基酸。前者含有cAMP磷酸化位点和酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点各1个，后者含有1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和2个蛋白激酶c磷酸化位点。结论用东方田鼠血清作为探针筛选到2个日本血吸虫新基因。 展开更多
关键词 日本血吸虫 东方田鼠 免疫筛选 童虫 CDNA文库 生物信息学
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基于生物信息学的ECSM2胞外区B细胞表位预测 被引量：6
14
作者 勾蓝图 杨金亮 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期156-160,共5页
目的预测内皮细胞特异分子-2(endothelial cell-specific molecule-2,ECSM2)胞外区B细胞表位。方法以ECSM2胞外区氨基酸序列为基础,应用公共的生物信息学工具,分析ECSM2的序列特异性、二级结构,以及极性、亲水性、柔韧性、表面可及性等... 目的预测内皮细胞特异分子-2(endothelial cell-specific molecule-2,ECSM2)胞外区B细胞表位。方法以ECSM2胞外区氨基酸序列为基础,应用公共的生物信息学工具,分析ECSM2的序列特异性、二级结构,以及极性、亲水性、柔韧性、表面可及性等参数,然后借助专业的B细胞表位预测工具预测潜在的B细胞表位,最后对获得的数据综合分析,评判ECSM2胞外区最有可能的B细胞表位。结果综合分析多种生物信息学工具获得的数据表明,ECSM2胞外区69-93位氨基酸区段包含了4个相互重叠的潜在表位,具有极大的B细胞表位可能性。结论应用生物信息学预测出的ECSM2胞外区B细胞表位,为直接利用该表位从抗体库或杂交瘤细胞库中筛选出血管内皮细胞靶向的特异抗体提供了理论依据。 展开更多
关键词 ECSM2 B细胞表位 生物信息学
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中枢神经系统脱髓鞘疾病患者外周血白细胞环状RNA表达谱的生物信息学分析 被引量：2
15
作者 宋爽 李彬 +1 位作者 郭若一 周毅 《脑与神经疾病杂志》 CAS 2023年第2期99-103,共5页
目的 通过对GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库中公共的数据集进行数据挖掘,找出中枢神经系统脱髓鞘疾病患者外周血白细胞中差异表达的环状RNA(circRNA),并从理论上预测其功能。方法从GEO数据库中检索中枢神经脱髓鞘患者白细胞的circRN... 目的 通过对GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库中公共的数据集进行数据挖掘,找出中枢神经系统脱髓鞘疾病患者外周血白细胞中差异表达的环状RNA(circRNA),并从理论上预测其功能。方法从GEO数据库中检索中枢神经脱髓鞘患者白细胞的circRNA表达数据集,应用DESeq2算法计算差异表达的circRNA,将不同数据集得到的差异表达circRNA进行比对,找出共同差异表达的circRNA。对差异表达的circRNA的母源基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,揭示其可能的功能。最后,在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠外周血白细胞中对小鼠同源的circRNA进行实时定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证其变化趋势。结果通过检索GEO数据库,筛选出2个多发性硬化(MS)外周血白细胞数据集,获得263个差异表达的circRNA。其中,hsa_circ_0040823、hsa_circ_0018992、hsa_circ_0000591和hsa_circ_0050334这4个circRNA在两个数据集中具有相同的变化趋势。GO分析以及KEGG分析提示circRNA的母源基因可能参与调控多种免疫过程。通过RT-qPCR在EAE小鼠外周血白细胞中验证了1/4个同源小鼠circRNA具有相同的变化趋势并差异有统计学意义。结论通过综合生物信息学分析,本研究筛选出了一组中枢神经系统脱髓鞘疾病患者白细胞中可能致病的circRNA,为未来自身免疫性中枢神经脱髓鞘疾病的研究提供circRNA候选分子。 展开更多
关键词 脱髓鞘疾病 多发性硬化 视神经脊髓炎 环状RNA 生物信息学
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弓形虫ROP31基因克隆及生物信息学分析 被引量：6
16
作者 周剑 何深一 +10 位作者 刘晓雨 王琳 吕刚 宋鹏霞 韩雅丽 郝珍 郭晶晶 朱曦 杜辖东 周琼 彭倩 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第5期462-467,共6页
目的构建弓形虫ROP31基因重组真核表达载体,对其编码的蛋白进行生物信息学分析。方法提取弓形虫RH株速殖子总RNA,采用PCR扩增ROP31基因,构建其真核表达载体pET30a-ROP31。通过生物信息学软件结合在线程序分析ROP31基因编码蛋白的理化性... 目的构建弓形虫ROP31基因重组真核表达载体,对其编码的蛋白进行生物信息学分析。方法提取弓形虫RH株速殖子总RNA,采用PCR扩增ROP31基因,构建其真核表达载体pET30a-ROP31。通过生物信息学软件结合在线程序分析ROP31基因编码蛋白的理化性质、抗原表位、空间结构等。结果 ROP31基因PCR扩增产物大小约1500bp,与预期一致,构建的重组质粒经双酶切鉴定表明目的基因插入正确。生物信息学分析ROP31基因编码蛋白有多个磷酸化修饰位点,具备多个跨膜区域;二级结构和空间结构分析ROP31蛋白与ROP家族优秀DNA疫苗ROP5、ROP17、ROP18在结构上相似;IEDB在线程序及DNA MAN软件分析ROP31蛋白具备比SAG1更为优秀的线性T、B细胞表位。结论成功构建重组真核表达载体pROP31,生物信息学分析其编码的ROP31蛋白具备优秀的细胞表位,这将为弓形虫ROP31DNA疫苗的研究提供理论依据。 展开更多
关键词 刚地弓形虫 ROP31蛋白 真核表达载体 生物信息学
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人线粒体转录延伸因子蛋白结构与功能的生物信息学分析 被引量：5
17
作者 杨勇琴 张晓娟 +3 位作者 孙美涛 张海洋 李雅 熊伟 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期474-480,共7页
[目的]基于生物信息学方法分析人线粒体转录延伸因子TEFM蛋白的结构和功能。[方法]检索Uniprot数据库中人线粒体转录终止因子TEFM蛋白的氨基酸序列,利用生物信息学方法对人TEFM的理化性质、物种间的蛋白质同源性、跨膜区、亲水性/疏水... [目的]基于生物信息学方法分析人线粒体转录延伸因子TEFM蛋白的结构和功能。[方法]检索Uniprot数据库中人线粒体转录终止因子TEFM蛋白的氨基酸序列,利用生物信息学方法对人TEFM的理化性质、物种间的蛋白质同源性、跨膜区、亲水性/疏水性、亚细胞定位、蛋白质二级结构、保守结构域、蛋白质三级结构、蛋白质相互作用进行预测与分析。[结果]人TEFM全长360个氨基酸,理论等电点9.39,属于TEFM蛋白超家族,不含跨膜区,属于亲水蛋白;人TEFM含有一个保守的螺旋-发夹-螺旋(HHH_3)结构域,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,三维建模空间结构与二级结构预测结果相符,进一步分析建模结果可靠。与人TEFM相互作用的蛋白质均为线粒体DNA转录因子或线粒体RNA聚合酶。[结论]人TEFM具有线粒体转录延伸因子蛋白超家族的典型结构,生物信息学分析结果对深入研究人TEFM在线粒体基因转录调控中的作用具有一定的理论指导意义。 展开更多
关键词 人 线粒体转录延伸因子 生物信息学 结构与功能
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蛋白质亚细胞定位预测中的序列编码技术 被引量：1
18
作者 王正华 张振慧 王勇献 《生物信息学》 2007年第2期82-85,89,共5页
蛋白质序列的编码是亚细胞定位预测问题中的关键技术之一。该文较为详细地介绍了目前已有的蛋白质序列编码算法;并指出了序列编码中存在的一些问题及可能的发展方向。
关键词 蛋白质序列编码 亚细胞定位
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一个新的玉米WRKY基因识别及其生物信息学分析 被引量：4
19
作者 胡守景 张治礼 《江西农业学报》 CAS 2008年第6期23-26,共4页
利用电子克隆技术从玉米EST库中发现了一个新的玉米WRKY基因ZmWRKY。生物信息学分析表明,该基因编码一个由302个氨基酸组成的、相对分子质量为32.5 kD的蛋白,具有一个由60个氨基酸组成的WRKY结构域（155～214）,定位于细胞核,具有转录... 利用电子克隆技术从玉米EST库中发现了一个新的玉米WRKY基因ZmWRKY。生物信息学分析表明,该基因编码一个由302个氨基酸组成的、相对分子质量为32.5 kD的蛋白,具有一个由60个氨基酸组成的WRKY结构域（155～214）,定位于细胞核,具有转录调控功能。序列分析表明,该蛋白与同科植物水稻OsWRKY76基因具有较高的同源性,推测其可能参与植物病害防御信号的传导过程,在植物生物胁迫防御中发挥作用。 展开更多
关键词 电子克隆 ZmWRKY 生物信息学 玉米
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脑膜炎大肠杆菌新基因cglE的克隆、表达及功能分析 被引量：5
20
作者 陈丽丹 曹虹 +3 位作者 黄胜和 杨军 周浩 贡树基 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期419-422,共4页
目的研究脑膜炎大肠杆菌新基因cglE在细菌穿透血脑屏障中的作用。方法1)PCR扩增cglE基因片段,克隆到原核表达载体pET22b,转化大肠埃希菌BL21(DE3),IPTG诱导表达并对目的蛋白进行纯化及初步鉴定。2)应用生物信息学方法对cglE表达产物进... 目的研究脑膜炎大肠杆菌新基因cglE在细菌穿透血脑屏障中的作用。方法1)PCR扩增cglE基因片段,克隆到原核表达载体pET22b,转化大肠埃希菌BL21(DE3),IPTG诱导表达并对目的蛋白进行纯化及初步鉴定。2)应用生物信息学方法对cglE表达产物进行一级和二级结构预测。结果经Western-blot验证原核表达的CglE蛋白,SDS-PAGE电泳显示其分子量大小约50 000 Da。生物信息学分析表明,该基因与编码二氢硫辛酰胺脱氢酶(Dihydrolipoamide Ddhydrogenase,DLDH)的基因有同源性,与脑膜炎大肠杆菌侵袭素IbeA在二级结构上有相似性。结论建立稳定的原核表达系统并成功表达cglE基因产物,cglE基因可能与能量代谢及细菌穿透血脑屏障有关。目的蛋白CglE的表达及初步鉴定可为研究其功能及脑膜炎大肠杆菌的感染组学奠定了良好的基础。 展开更多
关键词 脑膜炎 大肠杆菌 cglE IbeA蛋白表达 生物信息学
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