目的分析2020—2021年庄河市环境污水中甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)基因组特征,比较其与病例标本HAV基因组相似性。方法收集2021年庄河市7—12月18份污水处理厂进水口污水样本(环境污水),提取病毒RNA,逆转录后采用巢式PCR对VP1...目的分析2020—2021年庄河市环境污水中甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)基因组特征,比较其与病例标本HAV基因组相似性。方法收集2021年庄河市7—12月18份污水处理厂进水口污水样本(环境污水),提取病毒RNA,逆转录后采用巢式PCR对VP1-2A区进行扩增,测序拼接获得5条HAV核苷酸序列(321 bp)。使用生物信息学软件进行系统进化分析。结果2021年环境污水样本HAV均为ⅠA亚型,VP1-2A区核苷酸序列同源性为98.7%~100%。与2020年庄河市甲肝病例样本的核苷酸序列同源性为97.8%~100%,进化上分为2个分支。结论ⅠA亚型为庄河市环境污水HAV的优势基因型,与病例样本的基因组存在差异,也有部分毒株的基因组完全一致。通过比较环境污水中HAV核酸与病例样本核酸的相似性,可更好地了解HAV的循环,以便对甲肝的流行病学监测作出早期预警。展开更多
文摘目的分析2020—2021年庄河市环境污水中甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)基因组特征,比较其与病例标本HAV基因组相似性。方法收集2021年庄河市7—12月18份污水处理厂进水口污水样本(环境污水),提取病毒RNA,逆转录后采用巢式PCR对VP1-2A区进行扩增,测序拼接获得5条HAV核苷酸序列(321 bp)。使用生物信息学软件进行系统进化分析。结果2021年环境污水样本HAV均为ⅠA亚型,VP1-2A区核苷酸序列同源性为98.7%~100%。与2020年庄河市甲肝病例样本的核苷酸序列同源性为97.8%~100%,进化上分为2个分支。结论ⅠA亚型为庄河市环境污水HAV的优势基因型,与病例样本的基因组存在差异,也有部分毒株的基因组完全一致。通过比较环境污水中HAV核酸与病例样本核酸的相似性,可更好地了解HAV的循环,以便对甲肝的流行病学监测作出早期预警。