目的探究山东省潍坊市农村居民耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CR-ECL)耐药基因特征及核心基因组特征。方法收集2017年山东省潍坊市农村社区居民粪便标本,使用耐碳青霉烯类肠杆菌显色培养基筛选耐药菌株,通过激光解吸/电离飞行时间质谱仪(MALDI...目的探究山东省潍坊市农村居民耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CR-ECL)耐药基因特征及核心基因组特征。方法收集2017年山东省潍坊市农村社区居民粪便标本,使用耐碳青霉烯类肠杆菌显色培养基筛选耐药菌株,通过激光解吸/电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOFMS)分析获得CR-ECL阳性菌株,针对CR-ECL分离株,采用微量肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验获得CR-ECL耐药表型,开展全基因组测序(WGS)和分析、bla_(NDM)基因周围环境及菌株间系统进化分析。结果共获得并检测628份粪便标本,6份为CR-ECL阳性(检出率0.96%),均表现为多重耐药(MDR)表型。6株CR-ECL共有4个MLST分型(ST),均携带多种耐药基因(bla_(NDM-1)、bla_(NDM-5)等)和毒力基因(acrA、acrB、entB、fepC等),且bla_(NDM)基因周围遗传环境中均存在移动遗传元件ISAba125、TN3-IS3000、TN3及IS5。系统发育树显示,核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)与单核苷酸多态性(SNPs)结果具有一致性,cgMLST结果显示菌株2BC0101B与2BC0251B,2BG0561B与2BI0221B之间等位基因差异分别为2和1,SNPs结果显示上述2对菌同样各自聚成一簇,并发现美国国立生物技术信息中心数据库(National Center for Biotechnology Information,NCBI)中鸡粪样本的菌株居于进化树中心,且本地序列均可追溯到美国人源序列。结论山东省潍坊市农村社区居民中已检出多重耐药碳青霉烯类阴沟肠杆菌。展开更多
文摘目的探究山东省潍坊市农村居民耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CR-ECL)耐药基因特征及核心基因组特征。方法收集2017年山东省潍坊市农村社区居民粪便标本,使用耐碳青霉烯类肠杆菌显色培养基筛选耐药菌株,通过激光解吸/电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOFMS)分析获得CR-ECL阳性菌株,针对CR-ECL分离株,采用微量肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验获得CR-ECL耐药表型,开展全基因组测序(WGS)和分析、bla_(NDM)基因周围环境及菌株间系统进化分析。结果共获得并检测628份粪便标本,6份为CR-ECL阳性(检出率0.96%),均表现为多重耐药(MDR)表型。6株CR-ECL共有4个MLST分型(ST),均携带多种耐药基因(bla_(NDM-1)、bla_(NDM-5)等)和毒力基因(acrA、acrB、entB、fepC等),且bla_(NDM)基因周围遗传环境中均存在移动遗传元件ISAba125、TN3-IS3000、TN3及IS5。系统发育树显示,核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)与单核苷酸多态性(SNPs)结果具有一致性,cgMLST结果显示菌株2BC0101B与2BC0251B,2BG0561B与2BI0221B之间等位基因差异分别为2和1,SNPs结果显示上述2对菌同样各自聚成一簇,并发现美国国立生物技术信息中心数据库(National Center for Biotechnology Information,NCBI)中鸡粪样本的菌株居于进化树中心,且本地序列均可追溯到美国人源序列。结论山东省潍坊市农村社区居民中已检出多重耐药碳青霉烯类阴沟肠杆菌。
