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类蛋白质分子形成紧密接触对的速率研究

A STUDY OF THE RATE OF INTRA-MOLECULAR CONTACT FORMATION IN PROTEIN-LIKE POLYMERS
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摘要 采用Kolinski等建立的类蛋白质分子的格点模型,通过计算类蛋白质分子的末端距分布函数P(r)来研究类蛋白质分子形成紧密接触对的速率k .发现不同的氨基酸序列,其分布函数P(r)不同.对于序列(H) x和(P) x,分布函数P(r)有二个峰值;而对于序列(HP) x,分布函数P(r)只有一个峰值.对于类蛋白质分子形成紧密接触对的速率k ,当链长N <11,随着N的增加而增加;当N >11,形成紧密接触对的速率k随着N的增加而减少,这个趋势与实验结果一致,并存在关系k~N-α(N >11) ,系数α与氨基酸序列有关.这些研究能够帮助我们加深对蛋白质结构形成的了解. The rate of intra-molecular contact formation in protein-like polymers was studied through calculating the probability distribution P( r) of the end-to-end distance of modecules using a (310) lattice model of Kolinski. It is found that the probability distribution P ( r) is different for various amino acid sequences. For the sequences of ( H) and (P), the probability distribution P ( r) has two peak vlues, however, for the sequence of ( HP), it has only one peak value. The rate of intra-molecular contact formation, k, increases with increasing chain length N when N < 11. However, the value of k decreases with chain length N when N > 11, and there exists a relation as follows: k similar to N-a where a is a parameter depends on the amino acid sequence of molecules. Our results also agree with the experimental ones, and this investigation can help us to understand the structure of globular proteins.
作者 成军 章林溪
出处 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第3期317-319,共3页 Acta Polymerica Sinica
基金 国家自然科学基金 (基金号 2 0 1740 3 6 2 0 2 740 40 ) 浙江省自然科学基金 (基金号R40 40 47)资助项目
关键词 蛋白质分子 紧密接触对 速率 氨基酸序列 分布函数 格点模型 结构形成 末端距 峰值 protein-like polymer rate of intra-molecular contact formation P( r)
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