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青海省1999年脊髓灰质炎Ⅰ型野毒株的分子病毒学分析 被引量:29
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作者 侯晓辉 张礼璧 +3 位作者 方勇 张勇 赵生仓 祝双利 《中国计划免疫》 2000年第2期67-71,共5页
自中国脊髓灰质炎 (脊灰 )监测网络建立以来 ,有报告的脊灰暴发和流行主要由脊灰Ⅰ型野病毒引起。 1993年在新疆维吾尔自治区分离到 1株Ⅲ型野病毒 ,但未发现Ⅱ型野病毒。此外 ,1995年、1996年在云南省发现 2例Ⅰ型〔1〕、2例Ⅲ型境外... 自中国脊髓灰质炎 (脊灰 )监测网络建立以来 ,有报告的脊灰暴发和流行主要由脊灰Ⅰ型野病毒引起。 1993年在新疆维吾尔自治区分离到 1株Ⅲ型野病毒 ,但未发现Ⅱ型野病毒。此外 ,1995年、1996年在云南省发现 2例Ⅰ型〔1〕、2例Ⅲ型境外输入野毒病例〔2〕。 1994年 10月以来我国本土未发现脊灰野病毒。但是 ,1999年 10月从青海省循化撒拉族自治县分离到 2株脊灰Ⅰ型野病毒 ,1株来自 1位 16月龄的病例 ,另 1株来自该病例的接触者。应用基因测序法对该毒株做了VP1片段序列的测定 ,并与疫苗株SabinⅠ型参考株、国内曾经流行的脊灰Ⅰ型野病毒代表株、我国周边国家部分脊灰Ⅰ型野毒株的序列作了基因同源性比较 ,并由计算机用NeighborJoining和BootstrapTest方法分析处理 ,构建出它们之间的关系树 。 展开更多
关键词 脊髓灰质炎 Ⅰ型野病毒 基因测序 分子病毒学
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2004-2006年瑞金医院烧伤病房病原菌分布及分子流行病学分析 被引量:28
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作者 王文奎 韩立中 +1 位作者 杨莉 倪语星 《中华烧伤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期94-97,共4页
目的了解瑞金医院烧伤病房院内感染病原菌的分布、耐药性和流行情况。方法2004年1月-2006年12月,从瑞金医院烧伤住院患者创面分泌物、静脉导管、血液、尿液、大便等标本中分离获得甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)17株,铜绿假单胞... 目的了解瑞金医院烧伤病房院内感染病原菌的分布、耐药性和流行情况。方法2004年1月-2006年12月,从瑞金医院烧伤住院患者创面分泌物、静脉导管、血液、尿液、大便等标本中分离获得甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)17株,铜绿假单胞菌52株,鲍氏不动杆菌11株。分析3年间该烧伤病房病原菌的分布和药物敏感试验情况;采用随机扩增多态DNA(RAPD)对院内感染病原菌进行同源性分析。结果金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌和鲍氏不动杆菌是瑞金医院烧伤病房近年来的3种主要病原菌,金黄色葡萄球菌占首位,而3年间MRSA在金黄色葡萄球菌中的比例分别为77%(63/82)、85%(63/74)、75%(74/99)。3年中MRSA的主要耐药模式为阿米卡星/庆大霉素/红霉素/克林霉素/左氧氟沙星;铜绿假单胞菌的耐药模式为阿米卡星/庆大霉素/哌拉西林/头孢他啶/头孢哌酮/氨曲南/亚胺培南;鲍氏不动杆菌的耐药模式为阿米卡星/庆大霉素/哌拉西林/头孢他啶/亚胺培南/环丙沙星。3种细菌行RAPD同源性分析均为同一型别。结论笔者医院烧伤病房存在多种院内感染病原菌,细菌耐药情况严重,对这些细菌流行的控制应成为院内感染防治的重点。 展开更多
关键词 烧伤 细菌 交叉感染 序列同源性 流行病学 分子
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犬细小病毒分离株VP2基因的克隆与序列分析 被引量:23
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作者 杨玲 徐向明 +3 位作者 殷俊 宗卫峰 陈璐 李厚达 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 2002年第3期12-14,共3页
以犬细小病毒 (Canine parvovirus,CPV)扬州分离株病毒的 DNA为模板 ,根据基因库 CPV-d序列设计合成了VP2基因的 1对特异引物 ,进行聚合酶链式反应 ,扩增出约 1 .7kb的片段 ,按常规方法克隆进 p UC1 8载体 ,经 Eco R 和Sal 双酶切筛选... 以犬细小病毒 (Canine parvovirus,CPV)扬州分离株病毒的 DNA为模板 ,根据基因库 CPV-d序列设计合成了VP2基因的 1对特异引物 ,进行聚合酶链式反应 ,扩增出约 1 .7kb的片段 ,按常规方法克隆进 p UC1 8载体 ,经 Eco R 和Sal 双酶切筛选到阳性质粒 ,进一步对该片段进行序列分析。结果表明 :所扩增基因片段长度为 1 740 bp,与美国参考株 CPV-d (type 2 )、CPV-1 5 (type 2 a)、CPV-3 9(type 2 b)相比较 ,核苷酸同源性分别高达 99.5 %、99.7%、99.7%。 展开更多
关键词 细小病毒 分离株 VP2基因 克隆 序列分析
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一种中国发生的真菌传小麦花叶病毒RNA-13'末端核苷酸序列分析 被引量:22
4
作者 于嘉林 晏立英 +3 位作者 冯继东 李大伟 蔡祝南 刘仪 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1995年第3期248-254,共7页
以采自河南的真菌传小麦花叶病毒(FWMV-C)为材料,抽提病毒RNA,合成互补DNA(cDNA)。对杂交筛选所得cDNA克隆进行亚克隆及序列分析,结果表明,亚克隆pGSI含有一个长度为891个核苷酸的不完整开放阅读框... 以采自河南的真菌传小麦花叶病毒(FWMV-C)为材料,抽提病毒RNA,合成互补DNA(cDNA)。对杂交筛选所得cDNA克隆进行亚克隆及序列分析,结果表明,亚克隆pGSI含有一个长度为891个核苷酸的不完整开放阅读框架(ORF)和长度为258个核苷酸的3'末端非编码区(NTR),并带有Poly(A)尾序。此段序列与大麦黄花叶病毒(BaYMV)及法国报道的一种小麦梭条花叶病毒(WSSMV-F)的RNA-13'末端分别具有67.6%和69.9%的同源性。由所测序列编码区(1-891nt)可推导产生296个氢基酸,并与WSSMV-F及BaYMV外壳蛋白氨基酸序列分别具有75.9%和71%的同源性。此结果表明,FWMV-C为另外一种不同于WSSMV-F的大麦黄花叶病毒组(Baymovirus)病毒,所测基因组片段应为RNA-13'末端序列,其中可能包括了病毒全长外壳蛋白编码区域。 展开更多
关键词 真菌传小麦病毒 小麦花叶病毒 RNA 核苷酸
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复发性外阴阴道假丝酵母菌病患者反复发作期阴道分离菌株的同源性及耐药性分析 被引量:26
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作者 张展 白会会 +4 位作者 王风娟 李婷 宗晓楠 尚晨光 刘朝晖 《中华妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期177-182,共6页
目的检测复发性外阴阴道假丝酵母菌病(RVVC)患者反复发作期假丝酵母菌的核型同源性,了解假丝酵母菌菌株随临床进展对抗真菌药物的敏感性变化情况。方法2018年9月至2019年6月在首都医科大学附属北京妇产医院初次确诊的RVVC患者10例,收集... 目的检测复发性外阴阴道假丝酵母菌病(RVVC)患者反复发作期假丝酵母菌的核型同源性,了解假丝酵母菌菌株随临床进展对抗真菌药物的敏感性变化情况。方法2018年9月至2019年6月在首都医科大学附属北京妇产医院初次确诊的RVVC患者10例,收集其确诊RVVC时及在本院治疗后再发时的阴道分泌物,分离纯化并鉴定假丝酵母菌菌株,采用基因组DNA限制性内切酶分析方法(使用限制性内切酶BssHⅡ)联合脉冲场凝胶电泳方法检测分离自同一患者菌株的核型,同时检测临床分离的菌株对5种抗真菌药物(克霉唑、氟康唑、咪康唑、伊曲康唑及制霉菌素)的敏感性。结果(1)10例RVVC患者首诊及复发时分离的20株菌株均为白假丝酵母菌,其染色体DNA经内切酶BssHⅡ酶切后电泳图谱极其相似,来自同一患者的前后(首诊及复发时)分离菌株的电泳条带完全一致。(2)10例患者经药物治疗后复发时,临床分离的白假丝酵母菌菌株对除制霉菌素外的其他4种抗真菌药物的敏感性普遍下降,制霉菌素(首诊和复发:100%敏感、100%敏感)>克霉唑(首诊和复发:100%敏感、90%敏感)>氟康唑(首诊和复发:80%敏感、70%敏感)>伊曲康唑(首诊和复发:60%敏感、50%敏感)>咪康唑(首诊和复发:30%敏感、20%敏感)。结论(1)阴道内同一定植菌株的潜伏可能是RVVC反复发作的原因。(2)抗真菌药物对真菌存在选择性诱导耐药作用,同时真菌对抗真菌药物存在交叉耐药,RVVC患者反复发作时重复进行真菌培养及药物敏感性分析对正确选择敏感的抗真菌药物十分重要。 展开更多
关键词 念珠菌病 外阴阴道 复发 序列同源性 抗药性 真菌 电泳 凝胶 脉冲场
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MALDI-TOF MS用于肺炎克雷伯菌同源性分析的初步研究 被引量:22
6
作者 李东菊 朱元祺 梁冰 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2016年第5期528-532,537,共6页
目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)对肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KPN)同源性分析的能力。方法对2013年2-4月青岛大学... 目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)对肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KPN)同源性分析的能力。方法对2013年2-4月青岛大学附属医院重症监护病房(ICU)分离的7株KPN和其他科室分离的13株KPN进行溯源性回顾分析,采用方法为脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和MALDI-TOF MS。结果 PFGE和MLST结果一致,MALDI-TOF MS同源性分析中将20株菌株分为2类,Ⅰ类为来自ICU的7株菌,Ⅱ类为其他科室的13株菌,与前2种方法得到的结果基本一致。结论 MALDI-TOF MS技术能够准确鉴定肺炎克雷伯菌且可对其进行同源性分析,较其他同源性分析方法快捷、方便,可满足临床对院感工作的需求。 展开更多
关键词 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 序列同源性 肺炎克雷伯菌
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中国发现基因3型戊型肝炎病毒 被引量:17
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作者 陆一涵 郑英杰 +3 位作者 朱建福 王法弟 夏宁邵 姜庆五 《疾病控制杂志》 2007年第1期5-10,共6页
目的通过对中国华东地区分离出的2株基因3型戊型肝炎病毒株进行同源性分析,探讨其分子起源和传播问题。方法收集华东某地区13个养猪场的133份猪粪便标本,利用巢式RT—PCR技术扩增戊肝病毒基因组的开放读码区2(ORF2)和RNA依赖的RNA... 目的通过对中国华东地区分离出的2株基因3型戊型肝炎病毒株进行同源性分析,探讨其分子起源和传播问题。方法收集华东某地区13个养猪场的133份猪粪便标本,利用巢式RT—PCR技术扩增戊肝病毒基因组的开放读码区2(ORF2)和RNA依赖的RNA聚合酶区(RdRp,ORF1),并进行基因同源性分析。结果戊肝病毒RNA检出率为43.61%(58/133)。其中,在同一个养猪场检出的2份阳性标本与23条戊肝病毒基因3型全长序列在ORF2和ORF1区的同源性分别为77.10%~92.64%和77.49%~91.14%,被划分为基因3型。另外12个养猪场的56份阳性标本均为基因4型。同时发现,某些日本分离的基因3型病毒株比其他基因3型株更接近本次分离的病毒株。结论这是在中国大陆地区首次发现基因3型戊肝病毒。同时证明在一个较为局限的群体中基因3型和4型病毒可以共存。 展开更多
关键词 肝炎病毒 戊型 基因型 序列同源性 核酸
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中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型的分子流行病学特征分析 被引量:14
8
作者 姚学君 管书慧 +1 位作者 刘秀兰 姜仁杰 《中华疾病控制杂志》 CSCD 北大核心 2017年第11期1111-1114,1127,共5页
目的分析中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus group A type 10,CA10)流行毒株基因型分布概况和进化规律,为手足口病防控提供数据支撑。方法利用MEGA 6.0软件对GenBank核酸数据库收录的流行于中国大陆地区的CA10毒... 目的分析中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus group A type 10,CA10)流行毒株基因型分布概况和进化规律,为手足口病防控提供数据支撑。方法利用MEGA 6.0软件对GenBank核酸数据库收录的流行于中国大陆地区的CA10毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株彼此间的核苷酸和氨基酸同源性进行计算。结果纳入本研究的中国大陆地区CA10毒株共计218株,中国大陆地区CA10流行毒株的基因型以C型为主。与原型株CA10-Kowalik相比,中国大陆地区CA10毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为69.4%~73.9%和90.6%~93.6%;中国大陆地区CA10毒株内部的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.4%~100.0%和92.9%~100.0%。结论本研究提示应针对CA10毒株流行趋势和基因型分布情况,采取有效措施防控手足口病。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒感染 序列分析 流行病学 分子 序列同源性
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The point mutation of p53 gene exon7 in hepatocellular carcinoma from Anhui Province,a non HCC prevalent area in China 被引量:13
9
作者 LiuH WangY 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2002年第3期480-482,共3页
AIM: In hepatocellular carcinoma (HCC) prevalent areas of China, the point mutation of p53 exon7 is highly correlated with Hepatitis B virus(HBV) infection and aflatoxin B intake. While in non-HCC-prevalent areas of C... AIM: In hepatocellular carcinoma (HCC) prevalent areas of China, the point mutation of p53 exon7 is highly correlated with Hepatitis B virus(HBV) infection and aflatoxin B intake. While in non-HCC-prevalent areas of China, these factors are not so important in the etiology of HCC. Therefore, the point mutation of p53 exon7 may also be different than that in HCC-prevalent areas of China. The aim of this study is to investigate the status and carcinogenic role of the point mutation of p53 gene exon7 in hepatocellular carcinoma from Anhui Province, a non-HCC-prevalent area in China. METHODS: PCR PCR-SSCP and PCR-RFLP were applied to analyze the homozygous deletion and point mutation of p53 exon7 in HCC samples from Anhui, which were confirmed by DNA sequencing and Genbank comparison. RESULTS: In the 38 samples of hepatocellular carcinoma, no homozygous deletion of p53 exon7 was detected and point mutations of p53 exon7 were found in 4 cases, which were found to be heterozygous mutation of codon 249 with a mutation rate of 10.53%(4/38). The third base mutation(G-T) of p53 codon 249 was found by DNA sequencing and Genbank comparison. CONCLUSION: The incidence of point mutation of p53 codon 249 is lower in hepatocellular carcinoma and the heterozygous mutation of p53 exon7 found in these patients only indicate that they have genetic susceptibility to HCC. p53 codon 249 is a hotspot of p53 exon7 point mutation, suggesting that the point mutation of p53 exon 7 may not play a major role in the carcinogenesis of HCC in Anhui Province, a non-HCC-prevalent area in China. 展开更多
关键词 Genes p53 Base sequence Carcinoma Hepatocellular China DNA Neoplasm EXONS Humans Liver Neoplasms Molecular sequence Data Point Mutation Polymerase Chain Reaction Polymorphism Restriction Fragment Length Polymorphism Single-Stranded Conformational Research Support Non-U.S. Gov't sequence homology Nucleic Acid
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棉铃虫核型多角体病毒多角体蛋白基因的克隆和核苷酸序列分析 被引量:12
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作者 王根 张传溪 +2 位作者 贡成良 金伟 吴祥甫 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第1期83-87,共5页
棉铃虫核型多角体病毒多角体蛋白基因的克隆和核苷酸序列分析王根张传溪贡成良金伟吴祥甫(中国科学院上海生物化学研究所,上海200031)关键词棉铃虫,核型多角体病毒,多角体蛋白基因,核苷酸序列,同源性棉铃虫Hel... 棉铃虫核型多角体病毒多角体蛋白基因的克隆和核苷酸序列分析王根张传溪贡成良金伟吴祥甫(中国科学院上海生物化学研究所,上海200031)关键词棉铃虫,核型多角体病毒,多角体蛋白基因,核苷酸序列,同源性棉铃虫Helicoverpa(Heliothi... 展开更多
关键词 昆虫病毒 棉铃虫 核型多角体病毒 蛋白基因
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猪瘟病毒石门株基因组全长cDNA的克隆与序列分析 被引量:11
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作者 李国新 李娜 +5 位作者 仇华吉 朱庆虎 李艳 王明杰 李继昌 童光志 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期275-278,共4页
参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计合成了9对引物,通过RT-PCR从感染猪瘟病毒的猪全血中扩增得到了覆盖猪瘟病毒石门株基因组全长的9个cDNA片段,将所得片段分别克隆至pOK12载体和pMD18-T载体,经测序和拼接后,获得了猪瘟病毒石门株基因... 参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计合成了9对引物,通过RT-PCR从感染猪瘟病毒的猪全血中扩增得到了覆盖猪瘟病毒石门株基因组全长的9个cDNA片段,将所得片段分别克隆至pOK12载体和pMD18-T载体,经测序和拼接后,获得了猪瘟病毒石门株基因组全序列。序列分析表明,猪瘟病毒石门株基因组全长12297个碱基,含有一个大的开放阅读框架,编码1个由3898个氨基酸残基组成的聚合蛋白,其5'非编码区(5'UTR)和3'非编码区3'(UTR)分别由373和227个碱基组成,与已发表的2个猪瘟病毒石门株的全序列相比,核苷酸同源性分别为99.4%和99.6%,氨基酸同源性分别为99.4%和99.7%,在3'末端第12133位T碱基发生缺失。比较了27个猪瘟病毒全序列的3'UTR,结果提示12133位碱基T缺失区域可能是猪瘟病毒的高变异区。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 基因组序列 同源性分析 序列分析
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夏家店等古人骨DNA的提取、扩增及序列分析 被引量:11
12
作者 万诚 崔银秋 +3 位作者 段然慧 周慧 朱泓 李惟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期636-641,共6页
古DNA从距今 2 0 0 0~ 50 0 0年的古代人骨 (编号为 :M89,ⅢM11,ⅢM12和AM4 )中提取出来 ,利用聚合酶链式反应分别对线粒体DNA中MTND4 基因中 112 10~ 11414(2 0 5bp)以及RegionV中 8196~ 83 16(12 1bP)进行了扩增 ,并被测序 .实验... 古DNA从距今 2 0 0 0~ 50 0 0年的古代人骨 (编号为 :M89,ⅢM11,ⅢM12和AM4 )中提取出来 ,利用聚合酶链式反应分别对线粒体DNA中MTND4 基因中 112 10~ 11414(2 0 5bp)以及RegionV中 8196~ 83 16(12 1bP)进行了扩增 ,并被测序 .实验结果表明古代人骨中仍存在有大量的遗传信息 ,通过提取、扩增可以得到真实可靠的序列 .对序列进行比较发现 112 4 8,112 4 9,112 83及 112 93为易发生突变的位点 .结果经同源性分析后发现 ,ⅢM11和ⅢM12有很高同源性 ,而M89和AM4与ⅢM11和ⅢM12的同源性却比较低 .这对人类学、考古学及分子进化的研究有重要的辅助作用 . 展开更多
关键词 古人骨DNA 提取 测序 同源性 扩增
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问号钩端螺旋体lipL32/1-lipL41/1融合基因原核表达系统的构建及其应用 被引量:9
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作者 罗冬娇 严杰 +3 位作者 毛亚飞 李淑萍 罗依惠 李立伟 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 2005年第1期27-32,共6页
目的 :构建问号钩端螺旋体 (简称钩体 ) lip L 32 / 1- lip L 4 1/ 1融合基因及其原核表达系统 ,了解钩体野生株 lip L32和 lip L4 1基因携带和表达情况及钩体患者的血清抗体水平。方法 :采用连接引物 PCR构建 lip L32 / 1- li-p L4 1/ ... 目的 :构建问号钩端螺旋体 (简称钩体 ) lip L 32 / 1- lip L 4 1/ 1融合基因及其原核表达系统 ,了解钩体野生株 lip L32和 lip L4 1基因携带和表达情况及钩体患者的血清抗体水平。方法 :采用连接引物 PCR构建 lip L32 / 1- li-p L4 1/ 1融合基因 ,常规方法构建其原核表达系统。采用 SDS- PAGE检测目的重组蛋白 r L ip L32 / 1- r L ip L4 1/ 1表达情况。采用 Western blot鉴定 r Lip L32 / 1- r Lip L4 1/ 1的免疫原性。采用 PCR和 MAT分别检测 97株问号钩体野生株 lip L32和 lip L4 1基因及其表达情况。采用 EL ISA检测 2 2 8例钩体患者血清 lip L32和 lip L4 1基因产物的抗体。结果 :与报道的相关序列比较 ,lip L 32 / 1- lip L 4 1/ 1融合基因核苷酸和氨基酸序列相似性分别为 99.9%和99.8%。目的重组蛋白 r Lip L32 / 1- r Lip L4 1/ 1表达产量约为细菌总蛋白的 10 % ,主要以包涵体形式存在。r L ip L32 /1和 r Lip L4 1/ 1兔抗血清均能与 r L ip L32 / 1- r L ip L4 1/ 1结合。 97.9%和 87.6 %问号钩体野生株分别有 lip L32和 li-p L4 1基因。95 .9%和 84 .5 %问号钩体野生株分别与 r Lip L32 s和 r Lip L4 1s兔抗血清出现效价 ,为 1∶ 4~ 1∶ 12 8的MAT阳性结果。分别有 94 .7%~ 97.4 %和 78. 展开更多
关键词 钩端螺旋体 问号 lipL32基因 lipL41基因 序列同源性 核酸 序列同源性 氨基酸 基因表达 克隆 分子 lipL32/1-lipL41/1融合基因/免疫学
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查尔酮异构酶基因的克隆序列分析及在大肠杆菌中的表达 被引量:10
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作者 颜华 宋云 +3 位作者 李翊云 严瑞茗 李毅 陈章良 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 1997年第11期1030-1034,共5页
从矮牵牛(Petunia hybrida Vilm.)花瓣的cDNA中克隆了查尔酮异构酶(chalcone isomerase,CHI)的基因chi-a,进行了序列分析。结果表明,chi-a基因全长726 bp,编码241个氨基酸。并在大肠杆菌中表达了chi-a基因,对来源于不同植物种的CHI进行... 从矮牵牛(Petunia hybrida Vilm.)花瓣的cDNA中克隆了查尔酮异构酶(chalcone isomerase,CHI)的基因chi-a,进行了序列分析。结果表明,chi-a基因全长726 bp,编码241个氨基酸。并在大肠杆菌中表达了chi-a基因,对来源于不同植物种的CHI进行了同源性比较分析。 展开更多
关键词 矮牵牛 查尔酮异构酶 序列分析 基因克隆
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耐万古霉素肠球菌的基因检测 被引量:11
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作者 李茹 徐晓刚 +3 位作者 李敏 蒋晓飞 魏取好 吕元 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期430-434,共5页
目的 调查上海华山医院2007-2009年间VRE的分离率,并对耐药菌株的分子特性进行研究,为本地区VRE的预防和控制提供有价值的信息.方法 通过琼脂平板稀释法(ADSP)从临床鉴定的890株肠球菌中筛选VRE菌株,并通过微量肉汤稀释实验测其对万... 目的 调查上海华山医院2007-2009年间VRE的分离率,并对耐药菌株的分子特性进行研究,为本地区VRE的预防和控制提供有价值的信息.方法 通过琼脂平板稀释法(ADSP)从临床鉴定的890株肠球菌中筛选VRE菌株,并通过微量肉汤稀释实验测其对万古霉素及替考拉宁的MIC;采用PCR及测序方法检测万古霉素耐药基因以及可能毒力基因esp,hyl;运用MLST对VRE进行克隆分型并通过PFGE分型技术进行验证.结果 ADSP法及微量肉汤稀释实验共筛选出13株VRE菌株.其中6株VRE(2007-2008年)只对万古霉素耐药,但对于替考拉宁敏感(万古霉素MIC64~256μg/ml);耐药基因PCR产物测序结果提示这6株VRE均携带同一种可能导致万古霉素耐药的新型基因,该基因序列与已报道的耐药基因均不同;MLST及PFGE分型提示其属于不同型别.另外7株VRE(2009年1-7月)对万古霉素和替考拉宁的MIC结果分别为32~64μg/ml和16~32 μg/ml,耐药基因检测均为vanA.MLST分型结果提示13株VRE共分为4个不同的ST型,其中11株均属克隆复合型CC-17.13株VRE毒力基因esp和hyl的阳性率分别为69.2%和30.8%.结论 上海华山医院VRE克隆分型以CC17为主,同时发现上海华山医院存在一种可能导致万古霉素耐药的新型基因介导的VRE,该新基因的功能和定位尚待进一步研究. 展开更多
关键词 万古霉素抗药性 肠球菌属 序列同源性 细菌分型技术 电泳 凝胶 脉冲场
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凡纳滨对虾过敏原精氨酸激酶的质谱鉴定及其免疫交叉反应研究 被引量:12
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作者 孙一帆 黄建芳 +2 位作者 向军俭 王彩霞 陈成枫 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第1期170-173,共4页
目的:鉴定凡纳滨对虾分子质量40 k D过敏原,并分析其在有壳水产食物中的免疫交叉反应。方法:运用基质辅助激光解析串联飞行时间质谱仪(matrix assisted laser desorption ionization/time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF/TOF-MS... 目的:鉴定凡纳滨对虾分子质量40 k D过敏原,并分析其在有壳水产食物中的免疫交叉反应。方法:运用基质辅助激光解析串联飞行时间质谱仪(matrix assisted laser desorption ionization/time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF/TOF-MS)鉴定凡纳滨对虾40 k D过敏原组分;使用软件BLAST、Clustal X2、MEGA 5.0分析该蛋白氨基酸序列的种间同源性;制备抗凡纳滨对虾过敏原精氨酸激酶的多克隆抗体,并与17种常见有壳水生动物粗提液进行Western blotting,以分析该过敏原的免疫交叉反应。结果:凡纳滨对虾40 k D过敏原为精氨酸激酶(arginine kinase,AK);其氨基酸序列同源性分析显示AK在虾类(96%~100%)、蟹类(91%~93%)、贝类(49%~52%)、蟑螂(83%)中具有很高的同源性;Western blotting结果显示抗AK多抗与17种不同虾类、蟹类、贝类的AK均能发生反应。结论:精氨酸激酶在甲壳类动物、软体动物、甚至昆虫中具有高度保守性,且能引起强免疫交叉反应,是有壳水生动物中的一种泛过敏原。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 过敏原 精氨酸激酶 质谱 序列同源性 免疫交叉反应
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紫丁香查尔酮异构酶基因SoCHI的克隆及表达分析 被引量:12
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作者 王蕊 李彦慧 郑健 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期11-17,共7页
采用RACE技术从紫丁香(Syringa oblata Lindl.)花中克隆获得查尔酮异构酶基因(CHI)的cDNA全长序列,命名为SoCHI,其编码的蛋白质为SoCHI蛋白。序列分析结果表明:SoCHI基因的开放阅读框(ORF)长度为684bp,编码227个氨基酸残基,并且,该基因... 采用RACE技术从紫丁香(Syringa oblata Lindl.)花中克隆获得查尔酮异构酶基因(CHI)的cDNA全长序列,命名为SoCHI,其编码的蛋白质为SoCHI蛋白。序列分析结果表明:SoCHI基因的开放阅读框(ORF)长度为684bp,编码227个氨基酸残基,并且,该基因全部由外显子构成,无内含子。SoCHI蛋白理论相对分子质量24 988,理论等电点p I 5.53,不稳定系数为47.58,平均亲水指数为-0.096,并包含2个氢键结合位点、2个活性催化位点和7个底物结合位点;在该蛋白质的二级结构中,α-螺旋、延伸链和无规则卷曲分别占该蛋白质氨基酸残基总数的31.7%、20.3%和48.0%。同源性比对结果表明:紫丁香与其他9种植物CHI蛋白的同源性很高(均在76%以上),与同科[木犀科(Oleaceae)]植物桂花(Osmanthus fragrans Lour.)和油橄榄(Olea europaea Linn.)CHI蛋白的同源性更高(达88%)。实时荧光定量PCR扩增结果表明:SoCHI基因的相对表达量在紫丁香的嫩叶中最高,在成熟叶中次之;该基因的相对表达量在紫丁香花发育过程中先上升后下降,并在花蕾期达到最高。研究结果显示:SoCHI基因编码的氨基酸序列相对保守,且其表达与紫丁香花呈色关系密切。 展开更多
关键词 紫丁香 查尔酮异构酶基因 基因克隆 序列分析 同源性分析 表达特性
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鹅黑素皮质素受体-4基因的克隆与序列分析 被引量:9
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作者 张同燕 陈宏权 +2 位作者 梁忠 李艳和 甘小伟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期913-919,共7页
黑素皮质素受体-4(Melanocortin receptor-4,MC4R)是其黑素皮质素受体MCR(MC1-5R)家族成员之一,属G蛋白偶联受体。它可与瘦蛋白、神经肽、α-黑素细胞刺激素等一起调节动物体重和采食量。参考鸡MC4R基因序列设计引物,克隆并测序了鹅... 黑素皮质素受体-4(Melanocortin receptor-4,MC4R)是其黑素皮质素受体MCR(MC1-5R)家族成员之一,属G蛋白偶联受体。它可与瘦蛋白、神经肽、α-黑素细胞刺激素等一起调节动物体重和采食量。参考鸡MC4R基因序列设计引物,克隆并测序了鹅MC4R基因。结果表明,鹅MC4R基因编码区全长996 bp,其核苷酸序列与鸡的同源性为95.3%,与人、牛、猪等哺乳动物同源性在75%-79%;其氨基酸序列与鸡的同源性达到98.5%。构建哺乳类、鸟类和鱼类MC4R基因核苷酸进化树显示,鹅较早地与哺乳类动物分化开来。分析MC4R蛋白的氨基酸残基特性参数表明,MC4R的7次跨膜结构与MC4R的亲水性区域、电荷密度以及氨基酸残基位于表面概率的变化规律相一致。 展开更多
关键词 黑素皮质素受体-4 序列分析 同源性 氨基酸残基特性参数
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犬瘟热病毒Guizhou株血凝素基因的克隆及序列分析 被引量:8
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作者 朱军莉 余旭平 +5 位作者 张登祥 沈琴芳 徐在平 李永明 周碧君 吴彤 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期17-20,共4页
参照已发表的文献合成1对引物,以犬瘟热病毒Guizhou分离株感染Vero细胞收获病毒提取的RNA为模板,RT-PCR扩增获得血凝素蛋白基因(H)901~1661位大小为761bp的片段,并将PCR扩增产物进行克隆和测序。将Guizhou株与GenBank数据库中的31... 参照已发表的文献合成1对引物,以犬瘟热病毒Guizhou分离株感染Vero细胞收获病毒提取的RNA为模板,RT-PCR扩增获得血凝素蛋白基因(H)901~1661位大小为761bp的片段,并将PCR扩增产物进行克隆和测序。将Guizhou株与GenBank数据库中的31株CDV及国内NanjingOP株的H基因序列进行同源性和系统发生树分析,发现Guizhou株的H基因部分序列与疫苗毒株Convac和Onderstpoort的同源性最低,只有90%;与日本野毒株Tanu96、KDK-1、Hmanatsu、Yanaka、UENO的同源性较高,为96%~98%;且与国内从大熊猫和小熊猫分离的野毒株GP和LP的同源性也较高,为98%和96%。系统发生树分析显示,Guizhou株与国内野毒株GP和LP,及日本的5个野毒株应属同一类,其中和GP株基因型最近,推测这些毒株间有更近的共同祖先。因此怀疑该病毒较适应于野生动物,且在我国某些地区的野生动物中可能存在自然疫源性传播。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒 H基因 序列分析 同源性
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催青温度对家蚕二化性品种滞育激素受体基因表达的影响及基因的结构特征 被引量:11
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作者 王力刚 宋海韬 +4 位作者 黄勇 汪生鹏 唐顺明 赵巧玲 沈兴家 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期215-223,共9页
家蚕二化性品种的卵滞育与否受上代环境影响,25℃高温明催青将产滞育卵,而15℃低温暗催青将产非滞育卵。为探究催青温度调控二化性家蚕滞育的分子机制,对从家蚕卵巢细胞中克隆的家蚕滞育激素受体基因(Bmdhr)的5种cDNA进行生物信息学分析... 家蚕二化性品种的卵滞育与否受上代环境影响,25℃高温明催青将产滞育卵,而15℃低温暗催青将产非滞育卵。为探究催青温度调控二化性家蚕滞育的分子机制,对从家蚕卵巢细胞中克隆的家蚕滞育激素受体基因(Bmdhr)的5种cDNA进行生物信息学分析,结果表明Bmdhr基因的5种cDNA由相同的mRNA转录本通过不同的剪接方式而来,其中Bmdhr mR-NA-1与Bmdhr mRNA-2编码的氨基酸序列相同,Bmdhr mRNA-4编码的氨基酸序列与家蚕滞育激素BmDHR-1的序列相似度达99.2%。将家蚕二化性品种秋丰的蚕卵用蛾区半分法分成2组,分别以15℃暗催青和25℃明催青,利用实时荧光定量PCR分析催青温度对家蚕不同发育时期及蚕体组织中Bmdhr基因mRNA转录的影响。结果显示:Bmdhr mRNA-1主要在蛹期卵巢中表达,在对滞育激素最敏感的化蛹后4 d时,其转录水平急速上升至峰值,并且高温催青的转录水平高于低温催青;Bm-dhr mRNA-4主要在各发育时期的蚕体血液中表达,特别是在高温明催青条件下,其在蛹期血液中的转录水平是低温暗催青的7.7倍,说明BmDHR-4可能是决定家蚕二化性品种卵滞育与否的关键因子之一;Bmdhr mRNA-5在化蛹后2~3 d的卵巢中转录水平高,且低温催青的转录水平高于高温催青,化蛹后3 d其转录水平开始下降,至化蛹后4~5 d 2种催青处理间的转录水平无显著差异。研究结果为阐明家蚕滞育的分子机制积累了实验数据。 展开更多
关键词 家蚕 滞育激素受体 序列同源性 催青温度 基因表达 实时荧光定量PCR
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