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基于转录组测序挖掘人工培养冬虫夏草僵虫颜色变化相关基因
1
作者 邓小书 谭发银 +4 位作者 卫秋阳 郭连安 贺元川 黄俊丽 陈仕江 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期17-26,共10页
为探讨人工培育冬虫夏草(Ophiocordyceps sinensis)颜色较野生冬虫夏草更黑的原因,以人工培养冬虫夏草僵虫和野生冬虫夏草僵虫为材料,利用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术进行转录组测序,通过DESeq筛选获得890个差异表达基因,其中上... 为探讨人工培育冬虫夏草(Ophiocordyceps sinensis)颜色较野生冬虫夏草更黑的原因,以人工培养冬虫夏草僵虫和野生冬虫夏草僵虫为材料,利用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术进行转录组测序,通过DESeq筛选获得890个差异表达基因,其中上调表达基因479个,下调表达基因411个。GO富集分析结果显示:在生物过程中,差异表达基因主要富集于细胞过程、代谢过程、单一生物过程、生物调节、生物过程调节、响应刺激等二级单元;在细胞组成中,差异表达基因主要富集于细胞、细胞器、膜、大分子复合物等二级单元;在分子功能中,差异表达基因主要富集于结合、催化活性、运输活性等二级单元。KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因主要富集于氨基酸代谢、折叠-分选-降解、翻译、糖代谢、脂代谢、转运和分解代谢等途径。筛选到49个与活性氧代谢、酚氧化酶类、氧化还原酶类、过氧化物酶类、黑化反应相关的差异表达基因,其中tyr1可能是冬虫夏草僵虫颜色变化的关键酶基因。 展开更多
关键词 冬虫夏草 僵虫 色素沉积 褐变
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人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化初探
2
作者 邓小书 卫秋阳 +3 位作者 贺元川 石萍 邢康康 陈仕江 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1339-1346,共8页
【目的】分析人工培殖冬虫夏草Ophiocordyceps sinensis颜色变化的成因,为提升人工培殖冬虫夏草商品规格等级奠定基础。【方法】以野生冬虫夏草僵虫、人工培殖冬虫夏草僵虫为试验材料,利用苏木精-伊红染色法(Hematoxylin-eosinstaining,... 【目的】分析人工培殖冬虫夏草Ophiocordyceps sinensis颜色变化的成因,为提升人工培殖冬虫夏草商品规格等级奠定基础。【方法】以野生冬虫夏草僵虫、人工培殖冬虫夏草僵虫为试验材料,利用苏木精-伊红染色法(Hematoxylin-eosinstaining,HE)结合光学显微镜观察组织细胞学变化,采用ELISA方法测定冬虫夏草僵虫的丙二醛(MDA)、过氧化氢(H2O2)含量以及多酚氧化酶(PPO)、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)、胰蛋白酶(TRY)、淀粉酶(AMY)、蔗糖酶(INV)、脂肪酶(LIP)、抗菌肽(ATT)酶活性变化。【结果】组织细胞学鉴定发现,与野生虫草僵虫(WT)相比,重庆室内培殖虫草僵虫(CQ)和饲喂胡萝卜虫草僵虫(H)的组织细胞及细胞密度均变大。人工培殖虫草活性氧代谢相关酶活性、免疫耐受力相关酶活性及MDA和H2O2含量变化具有显著差异。与野生虫草僵虫(WT)相比,重庆室内培殖虫草僵虫(CQ)和饲喂胡萝卜虫草僵虫(H)的PPO、SOD、POD酶活性增加,而CAT酶活性降低,其中SOD酶活力显著增加;H的活性氧代谢相关酶酶活性变化最显著,尤其是PPO与SOD酶活性分别增加37.19%、23.98%;CQ和H的MDA和H2O2含量显著降低;CQ和H的TRY、AMY、INV、LIP、ATT酶活性均增加,其中AMY与LIP酶活力显著增加。【结论】人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化与活性氧代谢、免疫耐受力代谢相关,为提高人工培殖冬虫夏草的商品规格等级提供了理论指导。 展开更多
关键词 冬虫夏草 僵虫 活性氧 免疫耐受力 色素沉积 褐变
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基于高通量测序的人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化转录组分析
3
作者 邓小书 卫秋阳 +4 位作者 谭发银 郭连安 王嘉 邢康康 陈仕江 《中国现代中药》 CAS 2023年第8期1635-1645,共11页
目的:探索人工培殖冬虫夏草Cordyceps sinensis(BerK.)Sacc.外观品质形成的分子基础。方法:以重庆和康定人工培殖冬虫夏草僵虫为材料,利用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术进行转录组测序分析,基于差异倍数(FC)和错误发现率(FDR)筛选... 目的:探索人工培殖冬虫夏草Cordyceps sinensis(BerK.)Sacc.外观品质形成的分子基础。方法:以重庆和康定人工培殖冬虫夏草僵虫为材料,利用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术进行转录组测序分析,基于差异倍数(FC)和错误发现率(FDR)筛选差异表达基因,具体筛选条件为|log2FC|>1、FDR<0.05。结果:共获得21942个转录本,利用DEGSeq筛选获得1575个差异表达基因,其中上调表达基因626个、下调表达基因949个;基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果显示,这些差异表达基因主要集中于氨基酸代谢、折叠-分选-降解、糖代谢、转运和分解代谢、辅酶因子和微生物代谢等途径;筛选到66个颜色变化差异表达基因,包含46个氧化还原酶活性相关基因、12个过氧化物酶体相关基因、3个单加氧酶活性调节相关基因、3个黑化反应相关基因、2个活性氧代谢相关基因,其中tyr1、TYR基因可能是冬虫夏草僵虫颜色变化的关键功能基因。结论:利用高通量测序技术和生物信息分析获得了人工培殖冬虫夏草僵虫转录组信息特征,为阐明人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化的调控机制研究提供参考。 展开更多
关键词 冬虫夏草 僵虫 高通量测序 转录组
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