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大肠杆菌E．coli K-12转录因子结合位点的理论预测
1
作者
杨科利
李前忠
林昊
《生物信息学》
2007年第3期117-120,共4页
基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种检验方法对此算法进...
基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种检验方法对此算法进行检验,self-consistency检验总的预测成功率达到87.59%,cross-validation检验成功率达到85.48%。对基因间序列进行搜索,获得了多个可能的转录因子结合位点。
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关键词
转录因子结合位点(IFBS)
位置权重矩阵(PWM)
碱基保守性
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职称材料
预测酵母(Yeast)基因转录因子结合位点
被引量：
16
2
作者
杨科利
李前忠
林昊
《内蒙古大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期524-530,共7页
基于在转录因子结合位点各碱基出现的概率不相同,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守程度为参量,分别计算每种转录因子结合位点在每一位置的碱基保守指数Mi.通过构建每种转录因子结合位点位置权重矩阵(PWM),利用位置权重矩阵打分函...
基于在转录因子结合位点各碱基出现的概率不相同,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守程度为参量,分别计算每种转录因子结合位点在每一位置的碱基保守指数Mi.通过构建每种转录因子结合位点位置权重矩阵(PWM),利用位置权重矩阵打分函数对酵母四种转录因子结合位点进行预测.利用se lf-cons istency和cross-va lidation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率.结果显示四种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%,且同时获得多个试验未测定的转录因子结合位点,对实验有指导意义.
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关键词
转录因子结合位点
位置权重矩阵
碱基保守性指数
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职称材料
基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点
被引量：
3
3
作者
杨科利
许强
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2008年第2期115-120,共6页
基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validat...
基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81%,明显高于单碱基位置权重矩阵,同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52,优于现有预测方法.
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关键词
转录因子结合位点(TFBS)
位置权重矩阵(PWM)
碱基保守性
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职称材料
题名
大肠杆菌E．coli K-12转录因子结合位点的理论预测
1
作者
杨科利
李前忠
林昊
机构
内蒙古大学理工学院物理系
出处
《生物信息学》
2007年第3期117-120,共4页
基金
国家自然科学基金项目(No.30560039)
文摘
基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种检验方法对此算法进行检验,self-consistency检验总的预测成功率达到87.59%,cross-validation检验成功率达到85.48%。对基因间序列进行搜索,获得了多个可能的转录因子结合位点。
关键词
转录因子结合位点(IFBS)
位置权重矩阵(PWM)
碱基保守性
Keywords
transcription
factor
binding
sites
position
weight
matrices
site
conservation
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
预测酵母(Yeast)基因转录因子结合位点
被引量：
16
2
作者
杨科利
李前忠
林昊
机构
内蒙古大学理工学院物理系
出处
《内蒙古大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期524-530,共7页
基金
国家自然科学基金项目(No.30560039)
文摘
基于在转录因子结合位点各碱基出现的概率不相同,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守程度为参量,分别计算每种转录因子结合位点在每一位置的碱基保守指数Mi.通过构建每种转录因子结合位点位置权重矩阵(PWM),利用位置权重矩阵打分函数对酵母四种转录因子结合位点进行预测.利用se lf-cons istency和cross-va lidation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率.结果显示四种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%,且同时获得多个试验未测定的转录因子结合位点,对实验有指导意义.
关键词
转录因子结合位点
位置权重矩阵
碱基保守性指数
Keywords
transcription
factor
binding
sites
position
weight
matrices
（PWM）
sites
conservation
indexes
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点
被引量：
3
3
作者
杨科利
许强
机构
宝鸡文理学院物理系
出处
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2008年第2期115-120,共6页
基金
宝鸡文理学院硕士科研启动项目(ZK0791
ZK0792)
文摘
基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81%,明显高于单碱基位置权重矩阵,同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52,优于现有预测方法.
关键词
转录因子结合位点(TFBS)
位置权重矩阵(PWM)
碱基保守性
Keywords
transcription
factor
binding
sites（TFBS）
position
weight
matrices
（PWM）
site
conservation
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大肠杆菌E．coli K-12转录因子结合位点的理论预测
杨科利
李前忠
林昊
《生物信息学》
2007
0
下载PDF
职称材料
2
预测酵母(Yeast)基因转录因子结合位点
杨科利
李前忠
林昊
《内蒙古大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2006
16
下载PDF
职称材料
3
基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点
杨科利
许强
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2008
3
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职称材料
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