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桑树NBS-LRR类基因家族的全基因组鉴定及其调控microRNAs分析 被引量：5
1
作者 刘潮 褚洪龙 +3 位作者 韩利红 杨云锦 高永 唐利洲 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期544-553,共10页
利用生物信息学方法,全面分析了桑树NBS-LRR类基因家族组成、结构、进化、组织表达,并对该家族基因的调控microRNA(miRNA)进行了预测。共筛选到112个桑树NBS-LRR类基因,根据功能域主要分为NBS、CC-NBS、CC-NBS-LRR、NBS-LRR 4种类型。... 利用生物信息学方法,全面分析了桑树NBS-LRR类基因家族组成、结构、进化、组织表达,并对该家族基因的调控microRNA(miRNA)进行了预测。共筛选到112个桑树NBS-LRR类基因,根据功能域主要分为NBS、CC-NBS、CC-NBS-LRR、NBS-LRR 4种类型。内含子数和相位分析结果显示,基因结构类型多样。聚类分析结果显示不同聚类组间存在较多的类型交叉现象。该家族基因存在组织表达特异性。大部分桑树NBS-LRR类基因均具有被miRNAs调控的可能性,miR472b和miR482b在调控该家族基因表达中可能发挥了主要作用。桑树NBS-LRR家族基因结构和进化的复杂性决定了其功能的多样性,miRNA在控制该家族基因表达的适应性成本中发挥作用。 展开更多
关键词 桑树 nbs-lrr 生物信息学 MIRNA
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辣椒NBS-LRR类型抗病基因同源序列的克隆及分析 被引量：5
2
作者 赵敬 万红建 +1 位作者 杨悦俭 侯喜林 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第3期611-616,共6页
为研究辣椒NBS-LRR类抗病基因的结构和功能特点,运用前人根据NBS-LRR类抗病基因保守结构域(P-Loop和GLPL)设计的简并引物,以辣椒PBC631B的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得17个具有完整开放阅读框的辣椒抗病基因同源序列(CaRGA01～CaR... 为研究辣椒NBS-LRR类抗病基因的结构和功能特点,运用前人根据NBS-LRR类抗病基因保守结构域(P-Loop和GLPL)设计的简并引物,以辣椒PBC631B的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得17个具有完整开放阅读框的辣椒抗病基因同源序列(CaRGA01～CaRGA17)。多重序列比对显示这些序列都含有NBS-LRR类基因的6个保守结构域(P-loop、RNBS-A-nonTIR或RNBS-A-TIR、Kinase-2、RNBS-B、RNBS-C和GLPL)。与已知6个抗病基因(Gpa2、L6、M、N、Prf和RPM1)构建系统进化树,发现这17个序列被分为TIR-NBS-LRR和nonTIR-NBS-LRR2组,进一步划分为4个亚组(CaRGAⅠ～CaRGAⅣ)。其中,CaRGA01和CaRGA13分别与来自番茄Solanum lycop-ersicum抗细菌性斑点病基因Bs4和番茄Solanum sp.VFNT抗线虫基因Mi-1.4相似性最高,分别为90%和91%,推测这2个序列可能是相关抗病基因的一部分或与相关抗病基因属于同一家族。这些结果将为研究辣椒抗病相关基因提供理论依据。 展开更多
关键词 nbs-lrr 抗病基因同源序列 辣椒 克隆
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冬瓜抗病基因同源序列的克隆及分析 被引量：4
3
作者 刘文睿 江彪 +4 位作者 彭庆务 何晓明 林毓娥 梁肇均 谢大森 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1678-1683,共6页
以已知植物抗病基因的保守区域为基础设计简并引物,从冬瓜抗病材料B227基因组中分离NBS-LRR类抗病基因同源序列,共获得32条特异序列,其中17条具有完整开放阅读框。这17条序列的核苷酸同源性变化范围为56.4%~99.8%,氨基酸的同源性变化范... 以已知植物抗病基因的保守区域为基础设计简并引物,从冬瓜抗病材料B227基因组中分离NBS-LRR类抗病基因同源序列,共获得32条特异序列,其中17条具有完整开放阅读框。这17条序列的核苷酸同源性变化范围为56.4%~99.8%,氨基酸的同源性变化范围为46.2%~100.0%。序列相似性分析结果表明,这些冬瓜抗病基因同源序列均包含P-loop,Kinase-2和GLPL等保守结构域。与已知抗病基因构建系统进化树,将这17个序列分为2个亚组,均属于TIR-NBS-LRR类抗病基因。本研究将为抗病基因全长序列克隆、功能分析及定位等研究提供帮助。 展开更多
关键词 冬瓜 抗病基因同源序列 nbs-lrr 同源克隆
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菠菜NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及分析 被引量：3
4
作者 折红兵 范桂彦 +4 位作者 张合龙 王晓武 武剑 钱伟 徐兆生 《中国蔬菜》 北大核心 2017年第5期26-33,共8页
依据已知NBS-LRR类抗病基因的P-loop和GLPL两个保守结构域设计简并引物,对抗菠菜霜霉病商业杂交种RZ51-147、自交系12S3和12S4的基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,共获得23条具有完整开放阅读框且含有NBS结构的抗病基因同源序列(re... 依据已知NBS-LRR类抗病基因的P-loop和GLPL两个保守结构域设计简并引物,对抗菠菜霜霉病商业杂交种RZ51-147、自交系12S3和12S4的基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,共获得23条具有完整开放阅读框且含有NBS结构的抗病基因同源序列(resistancegeneanalogs,RGAs),编号为SP1~SP17、SP19~SP24,其在NCBI中的登录号为KX914865~KX914887。核苷酸比较分析结果表明,这23条RGAs大多与甜菜中推测的一些抗病蛋白基因或其他相关蛋白基因具有较高的同源性,其中SP1、SP2、SP5、SP6、SP10、SP11、SP12、SP13等8条序列均与甜菜RF45类抗病蛋白有着86%以上的同源性;SP3、SP4、SP8、SP9、SP24等5条序列与甜菜RPP13类抗病蛋白的同源性在85%以上,与向日葵抗霜霉病基因PI8相应区域的氨基酸序列相似性为32.20%~33.52%,且在进化树上聚为一类,推测其可能与抗霜霉病相关。同源进化分析结果表明,除SP7外,其余序列均为non-TIR-NBS-LRR类抗病基因,并与推导的氨基酸序列多重比较结果一致。 展开更多
关键词 菠菜 抗病基因同源序列 nbs-lrr 菠菜霜霉病
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果蔗NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：3
5
作者 贺尔奇 李向勇 +2 位作者 彭仕荣 张正学 付瑜华 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期352-358,共7页
为发掘果蔗抗病基因,促进果蔗抗病分子机制的研究,并为后续通过基因聚合分子育种提高果蔗品种的广谱抗性奠定基础,本研究根据已克隆的植物抗病基因保守结构域设计简并引物,采用RT-PCR方法对抗病果蔗品种黔糖5号的RNA进行扩增,共获得7条... 为发掘果蔗抗病基因,促进果蔗抗病分子机制的研究,并为后续通过基因聚合分子育种提高果蔗品种的广谱抗性奠定基础,本研究根据已克隆的植物抗病基因保守结构域设计简并引物,采用RT-PCR方法对抗病果蔗品种黔糖5号的RNA进行扩增,共获得7条果蔗富亮氨酸重复的核苷酸结合位点(nucleotide binding site-leucine rich repeat,NBS-LRR)类抗病基因同源序列。氨基酸序列比对分析结果表明,这7条果蔗NBS-LRR类抗病基因同源序列均具有NBS典型结构域,且彼此间在氨基酸水平上表现出丰富的多态性。与7个已克隆的典型植物抗病基因同源序列构建系统进化树,7条果蔗抗病基因同源序列与基因RPM1和RPS2的亲缘关系较近,需进一步进行基因全长克隆和功能验证来确定含有这些片段的基因功能。 展开更多
关键词 果蔗 抗病基因 富亮氨酸重复的核苷酸结合位点 抗病基因同源序列
原文传递
番茄SlNBRP1基因的克隆及抗病性的研究 被引量：1
6
作者 黄曼 于淑坤 +2 位作者 张琳 刘永胜 苗敏 《合肥工业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2020年第8期1131-1135,共5页
作物病害是农业生产的主要限制因子之一,利用植物抗病基因(R基因)培育抗性品种是防治植物病害最环保、有效、直接的手段。植物体内绝大多数R基因编码含有卷曲螺旋结构、核苷酸结合位点和富含亮氨酸重复序列(coiled-coil nucleotide-bind... 作物病害是农业生产的主要限制因子之一,利用植物抗病基因(R基因)培育抗性品种是防治植物病害最环保、有效、直接的手段。植物体内绝大多数R基因编码含有卷曲螺旋结构、核苷酸结合位点和富含亮氨酸重复序列(coiled-coil nucleotide-binding site and leucine-rich-repeat,CC-NBS-LRR)结构域的蛋白质。文章通过酵母双杂筛选鉴定得SlNBRP1基因,利用植物基因工程技术,构建植物过表达载体pBI121-35S::SlNBRP1;通过农杆菌介导法,将SlNBRP1基因导入野生型番茄基因组中,得到转基因植株。通过生物信息学分析SlNBRP1蛋白序列,发现含有高度保守的CC结构域和NBS结构域。采用Real-time聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分析转基因植株中SlNBRP1 mRNA的表达情况,结果显示SlNBRP1的表达量显著下调,表现出共抑制(co-suppression,CoR),即基因间相互作用引起的失活现象。番茄病原菌丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae pv.Tomato DC3000,Pst DC3000)侵染野生型和共抑制转基因植株发现,共抑制转基因植株抗病性下降且叶片菌量增加,表明SlNBRP1基因正调控植物对病原菌的免疫反应。该文为遗传育种改良作物抗病性增加了新的分子靶标。 展开更多
关键词 番茄 CC-nbs-lrr结构域 共抑制 Pst DC3000 抗病性
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