目的通过癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库,利用生物信息学方法构建与肝细胞癌患者生存预后相关的长链非编码RNA (LncRNA)筛选模型,建立肝细胞癌诊断和预后相关的LncRNA,为研究肝细胞癌的发生发展及预后提供新的研究思...目的通过癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库,利用生物信息学方法构建与肝细胞癌患者生存预后相关的长链非编码RNA (LncRNA)筛选模型,建立肝细胞癌诊断和预后相关的LncRNA,为研究肝细胞癌的发生发展及预后提供新的研究思路,有望成为新的治疗靶点。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库中下载424例肝细胞癌患者的RNA表达谱数据和相应的临床资料,其中包括374例肿瘤组织和50例正常对照。通过R语言的edgeR包,获取在正常组织和肝细胞癌组织中差异表达的LncRNA,并使用单因素Cox回归分析筛选出与预后相关的LncRNA。用lasso回归和多因素回归分析建立与肝细胞癌预后相关LncRNA模型,绘制受试者工作特征曲线,验证其模型的可靠性。结果在TCGA数据库中用单因素生存分析筛选出899个与生存预后相关的LncRNA,进一步用多因素Cox回归,筛选出5个与生存预后最显著相关的LncRNA,并构建肝细胞癌预后模型,其受试者工作特征曲线的曲线下面积表明该模型对肝细胞癌的三年和五年生存率的评估有很好地准确性,可能是肝细胞癌发生发展中的关键基因,为后期临床及动物实验提供研究方向和依据。结论研究确定了肝细胞癌中与生存预后显著相关的5个LncRNA,包括B3GALT5-AS,KC877982.1,MIR7-3JG,PGM5P3-AS1和TBX5-AS1(P<0.01)。其表达特征与患者的存活风险具有较高的关联性,联合检测这5个LncRNA能较准确地预测肝细胞癌患者的三年和五年生存率。展开更多
目的通过上调或者下调PVT1的表达,分析探究长链非编码RNA PVT1在非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖和迁移能力中的作用及机制,并在此基础上运用RNA-Seq分析PVT1的靶向基因,说明其作用机理。方法①通过TCGA数据库(The Cancer Genome Atlas)分...目的通过上调或者下调PVT1的表达,分析探究长链非编码RNA PVT1在非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖和迁移能力中的作用及机制,并在此基础上运用RNA-Seq分析PVT1的靶向基因,说明其作用机理。方法①通过TCGA数据库(The Cancer Genome Atlas)分析NSCLC细胞中PVT1的表达与NSCLC患者生存时间之间的关系;②探究PVT1上调或下调对NSCLC细胞增殖及迁移能力的影响;③运用RNA-seq技术探究PVT1的下游靶基因,然后运用siRNA沉默该基因,探究此基因对NSCLC细胞增殖和迁移能力。结果①PVT1的高表达与肺癌患者存活时间减少有显著关系(P<0.001);②PVT1高表达可以显著促进肺癌患者肿块体积的增大,并且与肿瘤分期和淋巴结转移程度密切相关(均P<0.05);③过表达PVT1可以促进NSCLC细胞的增殖及迁移;④用Si-RNA下调PVT1可以抑制NSCLC细胞的增殖及迁移;⑤PVT1下调会使LATS2的表达水平显著升高。结论 PVT1通过表观调控LATS2促进NSCLC细胞增殖和迁移能力。展开更多
文摘目的通过癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库,利用生物信息学方法构建与肝细胞癌患者生存预后相关的长链非编码RNA (LncRNA)筛选模型,建立肝细胞癌诊断和预后相关的LncRNA,为研究肝细胞癌的发生发展及预后提供新的研究思路,有望成为新的治疗靶点。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库中下载424例肝细胞癌患者的RNA表达谱数据和相应的临床资料,其中包括374例肿瘤组织和50例正常对照。通过R语言的edgeR包,获取在正常组织和肝细胞癌组织中差异表达的LncRNA,并使用单因素Cox回归分析筛选出与预后相关的LncRNA。用lasso回归和多因素回归分析建立与肝细胞癌预后相关LncRNA模型,绘制受试者工作特征曲线,验证其模型的可靠性。结果在TCGA数据库中用单因素生存分析筛选出899个与生存预后相关的LncRNA,进一步用多因素Cox回归,筛选出5个与生存预后最显著相关的LncRNA,并构建肝细胞癌预后模型,其受试者工作特征曲线的曲线下面积表明该模型对肝细胞癌的三年和五年生存率的评估有很好地准确性,可能是肝细胞癌发生发展中的关键基因,为后期临床及动物实验提供研究方向和依据。结论研究确定了肝细胞癌中与生存预后显著相关的5个LncRNA,包括B3GALT5-AS,KC877982.1,MIR7-3JG,PGM5P3-AS1和TBX5-AS1(P<0.01)。其表达特征与患者的存活风险具有较高的关联性,联合检测这5个LncRNA能较准确地预测肝细胞癌患者的三年和五年生存率。
