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红天麻、乌天麻及其杂交天麻的PCR鉴别 被引量:27
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作者 李慧 钱润 +4 位作者 田娜 李仰华 蒋超 袁媛 黄璐琦 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第15期3666-3671,共6页
天麻作为我国名贵中药材,具有良好的药用价值。《中国植物志》中将天麻分为红天麻(原变型)Gastrodia elata f.elata、乌天麻G.elata f.glauca、绿天麻G.elata f.viridis、黄天麻G.elata f.flavid和松天麻G.elataf.alba等5个变型,其中红... 天麻作为我国名贵中药材,具有良好的药用价值。《中国植物志》中将天麻分为红天麻(原变型)Gastrodia elata f.elata、乌天麻G.elata f.glauca、绿天麻G.elata f.viridis、黄天麻G.elata f.flavid和松天麻G.elataf.alba等5个变型,其中红天麻与乌天麻的天麻素和多糖含量均较高,为栽培的优良品系。目前市场上流通的天麻商品多为红天麻、乌天麻或杂交天麻,但其传统性状鉴别特征并不明显,无法快速、准确区分。该研究旨在建立一种能够高效、准确鉴别红天麻、乌天麻及其杂交天麻的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法。根据天麻重测序结果,筛选获得特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)变异位点,并利用变异位点设计2对特异性引物W291-F/W291-R和H255-F/H255-R。分别采集红天麻、乌天麻及其杂交天麻样品,建立并优化PCR鉴别方法,并对其耐受性和适用性进行考察与验证。使用特异性引物H255-F/H255-R、退火温度为48℃、循环数为33时,红天麻与红乌杂交天麻在255 bp处出现单一明亮条带;使用特异性引物W291-F/W291-R、退火温度为51℃,循环数为31时,乌天麻与红乌杂交天麻在291 bp处出现单一明亮条带。建立的特异性PCR方法可准确鉴定红天麻、乌天麻及其杂交天麻。 展开更多
关键词 天麻 杂交 聚合酶链式反应 分子鉴定
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多聚酶链反应方法与杂交捕获Ⅱ代在人乳头瘤病毒感染检测及宫颈病变诊断中的应用价值 被引量:4
2
作者 徐华林 卞美璐 +6 位作者 陈庆云 张小燕 陶萍萍 欧华 刘军 陈颖 马莉 《中国实用妇科与产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期455-458,共4页
目的评价多聚酶链反应(PCR)基础上的人乳头瘤病毒(HPV)DNA检测方法与杂交捕获Ⅱ代(HC-Ⅱ)在宫颈HPV感染检测及宫颈病变诊断中的应用价值。方法选取2005年8月至2008年4月间于中日友好医院就诊的3个特定的机会性筛查人群,分别为310例、60... 目的评价多聚酶链反应(PCR)基础上的人乳头瘤病毒(HPV)DNA检测方法与杂交捕获Ⅱ代(HC-Ⅱ)在宫颈HPV感染检测及宫颈病变诊断中的应用价值。方法选取2005年8月至2008年4月间于中日友好医院就诊的3个特定的机会性筛查人群,分别为310例、600例和1012例,分别用三种PCR基础上的检测方法(简称PCR方法),即导流杂交基因芯片技术(HybriMax)、实时荧光定量PCR法(FQ-PCR)和流式荧光杂交法进行宫颈细胞标本HPVDNA检测。用HC-Ⅱ检测作为对照。比较PCR方法与HC-Ⅱ的检测结果符合率和Kappa指数(KI),以及对≥宫颈上皮内瘤变(CIN)Ⅱ病变的敏感度、特异度、阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)。结果 HybriMax、FQ-PCR、流式荧光杂交法和HC-Ⅱ检测HPVDNA结果的总符合率分别为92.3%、86.7%、86.1%,KI分别为0.796、0.722、0.721,一致性好。流式荧光杂交法与HC-Ⅱ比较,前者敏感度、特异度、PPV、NPV(88.8%、66.6%、54.2%和91.7%)均低于后者(93.1%、74.2%、60.1%和96.5%),差异均有统计学意义(P<0.05),另两种方法与HC-Ⅱ相似。结论三种PCR方法检测HPVDNA结果与HC-Ⅱ一致性好。对诊断≥CINⅡ宫颈病变的敏感度、特异度、PPV、NPV,HybriMax和FQ-PCR与HC-Ⅱ相似,而流式荧光杂交法逊于HC-Ⅱ。 展开更多
关键词 乳头状瘤病毒 杂交捕获Ⅱ代 多聚酶链反应 宫颈肿瘤
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旅行商问题的DNA可视化计算模型
3
作者 张彤彤 杨静 +2 位作者 殷志祥 蒋天怿 郑雅雯 《哈尔滨商业大学学报(自然科学版)》 CAS 2023年第6期694-701,共8页
基于“DNA折纸术”提出一个旅行商问题的解决方案,利用“DNA折纸术”折叠出固定大小的DNA纳米结构作为DNA折纸基底,利用分子信标表示旅行商问题中的城市(即顶点)和路径,将旅行商问题的路径映射为一个有向图,选择根节点最终将问题映射为... 基于“DNA折纸术”提出一个旅行商问题的解决方案,利用“DNA折纸术”折叠出固定大小的DNA纳米结构作为DNA折纸基底,利用分子信标表示旅行商问题中的城市(即顶点)和路径,将旅行商问题的路径映射为一个有向图,选择根节点最终将问题映射为有向树,并将有向树锚定在DNA折纸基底上,利用杂交链式反应反应出经过每个点且长度最短的DNA长链,即为该问题的最优解,同时用荧光标记的分子信标个数检测其路径长度,实现求解旅行商问题的可视化.通过实例模拟和仿真实验验证方法的有效性和可行性,分析给出该DNA可视化计算模型的复杂度. 展开更多
关键词 DNA折纸术 杂交链式反应 旅行商问题 分子信标 DNA计算
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人类GABARAPL1基因的染色体定位 被引量:1
4
作者 陈政 辛玉蓉 +2 位作者 蒋滢 王尉平 蒋菊香 《苏州医学院学报》 2001年第1期16-18,22,共4页
目的 确定人类GABAA 受体相关蛋白相似蛋白 1基因在染色体上的位置。方法 根据该基因cDNA的 3′非翻译区序列设计一对RH定位引物 ,以人 /鼠体细胞辐射杂种板Genebridge 4(GB4) panel试剂盒中的杂种细胞株基因组DNA为模板 ,进行PCR扩... 目的 确定人类GABAA 受体相关蛋白相似蛋白 1基因在染色体上的位置。方法 根据该基因cDNA的 3′非翻译区序列设计一对RH定位引物 ,以人 /鼠体细胞辐射杂种板Genebridge 4(GB4) panel试剂盒中的杂种细胞株基因组DNA为模板 ,进行PCR扩增 ,经琼脂糖凝胶电泳检测后 ,按Sanger网站的RH定位分析系统进行统计学分析。结果 PCR法在一些杂种细胞株中扩增出特异的目的片段 ,经测序验证了该序列的准确性。通过Sanger网站统计分析表明 ,该基因与 12号染色体上的AFM 0 2 6tb5 (D12S77) ,AFM32 0xb5 (D12S35 8) ,AFM 2 0 5xg3(D12S310 ) ,AFM2 17xa7(D12S99) ,AFM 2 34wb6 (D12S16 6 4)位标紧密连锁 ,且LOD值均大于 3。经该染色体区带的物理图、遗传图及细胞图谱整合分析 ,将该基因定位在染色体 12 p12 .3区带的D12S77和D12S35 8位标之间。 结论 放射杂交定位法是一种新颖便捷的基因定位方法 ,通过此法成功地进行了人类GABAA 受体相关蛋白相似蛋白 1基因的染色体定位。 展开更多
关键词 放射杂交作图 GABARAPL1基因 PCR 染色体位标
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Confirmation of Pearl Millet-Napiergrass Hybrids Using EST-Derived Simple Sequence Repeat (SSR) Markers
5
作者 Charlie D. Dowling Byron L. Burson +2 位作者 Jamie L. Foster Lee Tarpley Russell W. Jessup 《American Journal of Plant Sciences》 2013年第5期1004-1012,共9页
Prospects for deploying perennial grasses that are currently considered leading candidates for dedicated energy crops over large acreages are debatable because of several limitations, including vegetative propagation ... Prospects for deploying perennial grasses that are currently considered leading candidates for dedicated energy crops over large acreages are debatable because of several limitations, including vegetative propagation or small seed size, low biomass production during the first growing season, and incomplete assessments of crop invasiveness risk. Pearl Millet-Napiergrass hybrids (“PMN”;Pennisetum glaucum [L.] R. Br. × P. purpureum Schumach.), in contrast, are large-seeded, sterile feedstocks capable of high biomass production during establishment year. Novel methods are warranted for confirmation of PMN hybrids, as traditional morphological observations can be inconclusive and chromosome number determination using cytological methods is laborious and time consuming. Six putative PMN lines were produced in this study, and 10 progeny from each line were evaluated using morphological traits, seed fertility, flow cytometry, and expressed sequence tag-simple sequence repeat (EST-SSR) markers. All putative hybrid lines were sterile and failed to produce seed. The PMN hybrids could not be distinguished from either parent using flow cytometry due to highly similar nuclear genome DNA contents. A number of paternal napiergrass-specific EST-SSRs were identified for each PMN line, and four paternal-specific EST-SSRs conserved across all napiergrass accessions were selected to screen the putative PMN hybrids. These EST-SSRs confirmed that all F1 individuals analyzed were PMN hybrids. The use of paternal-specific markers therefore provides a valuable tool in the development of both “Seeded-yet-Sterile” biofuel PMN feedstocks and additional PMN cultivar-and parental species-specific markers. 展开更多
关键词 PENNISETUM glaucum PENNISETUM purpureum Bulked Segregant Analysis Marker-Assisted Selection Marker-Assisted Breeding EST-SSR Expressed SEQUENCE Tag Simple SEQUENCE Repeat Microsatellites Biofuel Biofuels PEARL MILLET × NAPIERGRASS PEARL MILLET NAPIERGRASS INTERSPECIFIC hybrid PCR Polymerase chain reaction Comparative Genomics
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人类GABARAPL2基因的染色体定位
6
作者 陈政 蒋滢 +2 位作者 王尉平 蒋菊香 辛玉蓉 《生物学杂志》 CAS CSCD 2001年第3期19-21,18,共4页
为了确定人类GABAA 受体相关蛋白相似蛋白 2基因在染色体上的位置 ,根据该基因cDNA的 3′非翻译区序列设计一对RH定位引物 ,以人 /鼠体细胞辐射杂种板Genebridge4(GB4) panel和G3 panel试剂盒中的杂种细胞株基因组DNA为模板 ,在一定的... 为了确定人类GABAA 受体相关蛋白相似蛋白 2基因在染色体上的位置 ,根据该基因cDNA的 3′非翻译区序列设计一对RH定位引物 ,以人 /鼠体细胞辐射杂种板Genebridge4(GB4) panel和G3 panel试剂盒中的杂种细胞株基因组DNA为模板 ,在一定的条件下进行PCR扩增 ,琼脂糖凝胶电泳结果分别输入Sanger和Stanford网站的RH定位分析系统进行统计学分析。结果PCR法在一些杂种细胞株中扩增出特异的目的片段 ,并经测序验证了其准确性。凝胶电泳结果在Sanger网站统计分析表明该基因与 16号染色体上的AFM 3 4 0 ye5 ,AFM 2 92xh5 ,AFM 3 2 0wf1,AFMa0 66xd5 ,AFM 2 49xc5位标紧密连锁 ;在Stanford网站统计分析表明该基因与 16号染色体上的SHGC— 14 5 7,SHGC— 5 3 4 15 ,SHGC— 6782 ,SHGC— 2 2 2 8,SHGC— 14 62 9位标紧密连锁 ,LOD值均大于 3。整合分析该染色体区带的物理图、遗传图及细胞图谱后 ,最终将基因定位在染色体 16q2 2 .3区带的D16s3 0 16和D16s5 15位标之间。结论放射杂交定位法是一种新颖便捷的基因定位的方法 ,通过此法成功地进行了人类GABAA 受体相关蛋白相似蛋白 2基因的定位。 展开更多
关键词 放射杂交作图 GABARAPL2基因 PCR 染色体位标 基因定位
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混合链图传播子修正下e^(+)e^(-)→W^(+)W^(-)反应截面的解析计算
7
作者 陈学文 张家伟 方祯云 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期96-103,共8页
在电弱统一标准模型(the electroweak stamdard model,SM)理论框架下,对光子γ和中间玻色子Z混合链图传播子的构架方式作了详细分析,通过对各圈图传播子重新归类和组合,得到了相应的混合链图传播子的级数表达式;再通过在壳重整化方案引... 在电弱统一标准模型(the electroweak stamdard model,SM)理论框架下,对光子γ和中间玻色子Z混合链图传播子的构架方式作了详细分析,通过对各圈图传播子重新归类和组合,得到了相应的混合链图传播子的级数表达式;再通过在壳重整化方案引入抵消项,获得相应的重整化混合链图传播子的严格解析结果.基于同样的处理,还获得了电子中微子重整化链图传播子的严格解析结果.进而,将此结果应用到粒子反应e^(+)e^(-)→W^(+)W^(-)中,获得了在重整化链图传播子修正下的e^(+)e^(-)→W^(+)W^(-)反应截面.通过具体数值计算发现,针对e^(+)e^(-)→W^(+)W^(-)反应过程,混合链图传播子修正下的反应截面对树图阶反应截面有压低效应.最后,讨论了在W^(+)W^(-)对产生能量阈值附近W玻色子质量对总截面的影响,并结合环形正负电子对撞机(the crcular electron positron couider,CEPC)实验,分别讨论了在CEPC上W^(+)W^(-)阈值附近和240 GeV对撞能区可产生的事例数. 展开更多
关键词 标准模型 混合链图传播子 辐射修正 反应截面
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反相斑点杂交快速检测结核分枝杆菌rpoB基因突变 被引量:11
8
作者 刘洋 王甦民 +6 位作者 郭艳玲 姜广路 刘宇红 付育红 毕志强 赵丽萍 李云絮 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期394-396,共3页
目的建立以聚合酶链反应(PCR)为基础的寡核甘酸探针反相斑点杂交方法快速检测对利福平耐药的结核菌相关的rpoB基因突变,并评价其临床应用价值。方法应用PCR反相斑点杂交方法对利福平耐药的62株结核菌和对其敏感的40株结核菌进行检测,所... 目的建立以聚合酶链反应(PCR)为基础的寡核甘酸探针反相斑点杂交方法快速检测对利福平耐药的结核菌相关的rpoB基因突变,并评价其临床应用价值。方法应用PCR反相斑点杂交方法对利福平耐药的62株结核菌和对其敏感的40株结核菌进行检测,所得结果与传统药敏试验结果以及102株结核菌的直接测序结果进行比较。结果62株对利福平耐药的菌株中,54株碱基突变被准确鉴定,灵敏度为87.1%(54/62),阳性预测值为100%;40株对利福平敏感的菌株均被准确鉴定,特异性为100%,阴性预测值为83.3%(40/48);准确度为92.2%(94/102)。与测序法结果符合率为99%。结论以PCR为基础的反相斑点杂交方法其敏感度和特异性均高,无假阳性结果,因此适用于大批量结核菌对利福平耐药性的初筛。 展开更多
关键词 RPOB基因突变 快速检测 结核分枝杆菌 反相斑点杂交 聚合酶链反应(PCR) 斑点杂交方法 利福平耐药 寡核甘酸探针 临床应用价值 结核菌 阳性预测值 阴性预测值 假阳性结果 直接测序 试验结果 碱基突变 特异性 灵敏度 准确度
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PCR-RFLP and AP-PCR of rbcL and ITS of rDNA Show That × Taxodiomeria peizhongii ( Taxodium × Cryptomeria) Is not an Intergeneric Hybrid 被引量:6
9
作者 Yan Ling Wei-Feng Lu Fan Lu Yu-Guo Wang Jia-Kuan Chen Wen-Ju Zhang 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2006年第4期468-472,共5页
Taxodiorneria peizhongii Z. J. Ye, J. J. Zhang et S. H. Pan was regarded as a new Intergenerlc hybrid between Taxodlum mucronatum Tenore (as the female donor) and Cryptomeria fortunei Hoolbrenk ex Otto et Dletr (as... Taxodiorneria peizhongii Z. J. Ye, J. J. Zhang et S. H. Pan was regarded as a new Intergenerlc hybrid between Taxodlum mucronatum Tenore (as the female donor) and Cryptomeria fortunei Hoolbrenk ex Otto et Dletr (as the male donor). To confirm the authenticity of the intergeneric hybrid, we analyzed the rbcL gene and the Internal transcribed spacer (ITS) of 26S-18S ribosomal RNA gene of the three species using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and arbitrarily primed PCR (AP-PCR), and ob- tained the following results:i) Taxodiomeria peizhongii had the same RFLP maps of the rbcL gene and the ITS as Taxodlum mucronatum, but was different from C. fortunei; II) a 311-bp PCR amplification product was obtained In C. fortunei by AP-PCR of ITS, but was not found in Taxodiomeria peizhongii. Our results have demonstrated that C. fortunei did not provide any genome for Taxodiomeria peizhongii, Implying that T. peizhongii Is not an Intergenerlc hybrid between the two species. 展开更多
关键词 Arbitrary Primed-Polymerase chain reaction (AP-PCR) intergeneric hybrid nuclear and chloroplast genome pater- nally inherited polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) × Taxodiomeria peizhongii.
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第二代杂交捕获法与多重荧光PCR在检测高危型人乳头瘤病毒中的应用比较 被引量:7
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作者 余剑敏 沈智君 《检验医学》 CAS 北大核心 2008年第5期484-487,共4页
目的探讨第2代杂交捕获法(HC2)和多重荧光聚合酶链反应(PCR)在女性生殖道高危型人乳头瘤病毒(HPV)中的检测性能。方法随机选择267例宫颈疾病患者,采集宫颈部位分泌物,运用美国食品药品监督管理局(FDA)认证的HC2和多重荧光PCR分别检测标... 目的探讨第2代杂交捕获法(HC2)和多重荧光聚合酶链反应(PCR)在女性生殖道高危型人乳头瘤病毒(HPV)中的检测性能。方法随机选择267例宫颈疾病患者,采集宫颈部位分泌物,运用美国食品药品监督管理局(FDA)认证的HC2和多重荧光PCR分别检测标本中的HPV,并将2种方法检测结果不一致的标本进行测序分析。结果HC2和多重荧光PCR检测高危型HPV的阳性率分别为33.33%和31.46%;HC2和多重荧光PCR对高危型HPV感染的诊断敏感性分别为85.88%和90.32%,特异性分别为91.21%和99.43%。结论与HC2相比,多重荧光PCR检测高危型HPV的敏感性和特异性均有提高。 展开更多
关键词 人乳头瘤病毒 高危型 宫颈癌 杂交捕获 多重荧光聚合酶链反应
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基于金纳米和杂交链式反应可视化检测植物病毒RNA 被引量:1
11
作者 李文慧 王舒婷 +3 位作者 马振男 杜江 王德富 牛颜冰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1036-1046,共11页
植物病毒病危害严重,严重制约着农业的可持续发展,可造成巨大的经济损失。监测植物健康和及早检测病毒病原对于减少疾病传播至关重要。为实现对植物病毒病的早期田间检测,本文将基于金纳米(AuNPs)的比色法与杂交链式反应(HCR)相结合,设... 植物病毒病危害严重,严重制约着农业的可持续发展,可造成巨大的经济损失。监测植物健康和及早检测病毒病原对于减少疾病传播至关重要。为实现对植物病毒病的早期田间检测,本文将基于金纳米(AuNPs)的比色法与杂交链式反应(HCR)相结合,设计了一种灵敏、特异与高效的植物病毒RNA可视化检测技术。以烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus,TMV)为模型,根据TMV特异性保守片段设计2个具有单链尾的发夹结构H1/H2,TMV可打开发夹结构,使之交替形成长的双直链DNA。HCR反应前后核酸的2种状态与AuNPs之间的结合差异性致使比色信号产生,从而实现对TMV的可视化检测。经过对Tris-HAc浓度、发夹结构浓度、HCR反应时间等进行优化,得到最佳检测条件。在最优条件下,进一步分析了该技术的灵敏性、特异性以及进行了真实样本检测。结果表明,AuNPs的吸光度比值(A 620/A 520)与0~10 nmol/L范围内的目标片段浓度存在线性关系,最低检出限可达412 pmol/L;在实际样本检测中,该技术能从众多病样中准确检出目标病毒,且AuNPs的吸光度比值与0~40ng/μL的TMV也存在良好的线性关系,线性方程为y=0.00827x+0.14606,R 2=0.96405,检出限为4.68 ng/μL,裸眼检出限也可达10 ng/μL。所建立的检测技术具有快速简易、成本低廉、特异性强和灵敏度高等优点,能实现对植物病毒RNA的早期快速可视化检测,具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 植物病毒RNA 杂交链式反应 金纳米 比色反应
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宫颈人乳头瘤病毒第二代杂交捕获法和实时荧光聚合酶链反应检测法的临床应用比较 被引量:5
12
作者 王立锋 《中国医药导报》 CAS 2011年第36期92-94,共3页
目的:比较第二代杂交捕获法(HCⅡ)与实时荧光聚合酶链反应技术(real-time PCR)在检测女性生殖道人乳头瘤病毒(HPV)高危亚型中的临床价值。方法:随机选取2011年1~6月我院妇产科行液基细胞薄层涂片技术进行低度鳞状上皮内病变(LSIL)检查... 目的:比较第二代杂交捕获法(HCⅡ)与实时荧光聚合酶链反应技术(real-time PCR)在检测女性生殖道人乳头瘤病毒(HPV)高危亚型中的临床价值。方法:随机选取2011年1~6月我院妇产科行液基细胞薄层涂片技术进行低度鳞状上皮内病变(LSIL)检查,检查结果为未明确诊断意义的不典型鳞状上皮细胞(ASCUS)患者100例,分别采用real-time PCR与HCⅡ检测HPV高危亚型,比较两者的检测结果。对检测HPV阳性的样本或HPV阴性但液基细胞薄层涂片技术(LCT)≥LSIL的妇女采用阴道镜下活组织病理学检查,以病理结果作为验证两种HPV检测的参考标准。结果:共取病理68例。病理结果证实该人群中子宫颈上皮内瘤变(CIN)Ⅲ级5例,CINⅡ级11例,CINⅠ级19例,慢性宫颈炎和鳞状上皮化生33例。该100例患者HCⅡ和real-time PCR检测高危型HPV的阳性率分别为63.0%和71.0%,二者总符合率为82.3%;HCⅡ检测手段对高危宫颈病变患者进行高危HPV筛查的灵敏性、特异性、准确性、阳性预测值、阴性预测值、阳性似然比和阴性似然比分别为79.3%、88.2%、91.2%、10.1%、99.7%、8.9和0.327;real-time PCR以上各指标分别为100.0%、92.5%、86.7%、8.6%、100.0%、8.7和0。结论:Real-time PCR与HCⅡ检测宫颈上皮内瘤变患者高危型HPV有较好的相关性;但real-time PCR检测高危型HPV具有更好的敏感性和特异性。 展开更多
关键词 人乳头瘤病毒 第二代杂交捕获法 实时荧光聚合酶链反应技术 宫颈上皮内瘤变
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IFAS中硝化细菌群落结构的演替与分析 被引量:5
13
作者 李超 田刚 《中国给水排水》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期48-52,共5页
为了揭示复合生物反应器(IFAS)中氨氧化菌(AOB)和亚硝酸盐氧化菌(NOB)群落结构的演替过程,利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和克隆测序等分子生物学技术对IFAS中AOB、NOB群落的演替进行了研究。DGGE结果表明,在反应器运... 为了揭示复合生物反应器(IFAS)中氨氧化菌(AOB)和亚硝酸盐氧化菌(NOB)群落结构的演替过程,利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和克隆测序等分子生物学技术对IFAS中AOB、NOB群落的演替进行了研究。DGGE结果表明,在反应器运行过程中,悬浮污泥和生物膜上的优势AOB和NOB种群均有较大区别,但是优势种群在系统中保持稳定,受水质波动影响较小。测序结果表明,悬浮污泥和生物膜中AOB的优势菌群分别为Nitrosospira sp.和Nitrosomonas sp.、β-Proteobacterium clone 4-70;NOB中的优势菌群分别为Nitrite-oxidizing bacterium MPN2、Pseudomonas sp.、Nitrospira sp.clone Nsp24和Nitrobacter sp.clone VAS9。 展开更多
关键词 复合反应器 氨氧化菌 亚硝酸盐氧化菌 PCR—DGGE
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基于Mn^(2+)增强的氧化石墨烯荧光开关和杂交链式反应信号放大的新型纳米传感器高灵敏检测作物转基因
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作者 褚秀玲 梅如波 +3 位作者 隋本会 李凯 张川 朱德颂 《分析试验室》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1660-1665,共6页
开发了一种新型纳米传感器,利用Mn^(2+)增强的石墨烯(GO)荧光开关(Mn^(2+)-GO-FS)结合杂交链式反应(HCR)进行信号放大,用于作物中Bt转基因的高灵敏检测。本传感器利用Mn^(2+)-GO-FS作为HCR发夹探针载体,在Mn^(2+)的辅助下快速吸附发夹探... 开发了一种新型纳米传感器,利用Mn^(2+)增强的石墨烯(GO)荧光开关(Mn^(2+)-GO-FS)结合杂交链式反应(HCR)进行信号放大,用于作物中Bt转基因的高灵敏检测。本传感器利用Mn^(2+)-GO-FS作为HCR发夹探针载体,在Mn^(2+)的辅助下快速吸附发夹探针,进而淬灭探针上标记的荧光基团(FAM),获得最低的背景信号。目标Bt转基因作为触发器,启动2种亚稳态发夹探针(H1和H2)之间的级联杂交事件,聚合成缺口长双螺旋结构(dsDNA),由于GO对dsDNA的吸附能力较弱,dsDNA脱离GO表面,产生更强的荧光。经HCR信号放大后的检测结果符合预期。最佳条件下,体系的荧光强度与Bt基因浓度在0.1 pmol/L~50 nmol/L范围内呈线性关系,检出限0.05 pmol/L。该传感器具有良好的选择性和检测实际样品的潜力。 展开更多
关键词 Mn^(2+) 氧化石墨烯荧光开关 杂交链式反应信号放大 高灵敏检测 Bt转基因
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酵母双杂交法对HBV表面抗原主蛋白候选结合蛋白的筛选 被引量:3
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作者 周飞 任建林 +6 位作者 卢雅丕 陈美娅 陈建民 刘明 施华秀 张波 董菁 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2008年第13期1378-1382,共5页
目的:自肝细胞cDNA文库中筛选与HBV主蛋白(SHBs)相互作用的蛋白基因,探讨主蛋白的生物学功能.方法:利用PCR扩增S主蛋白基因,定向克隆技术将靶基因克隆到pDEST32构建出S主蛋白的诱饵质粒;Westernblot方法验证转化诱饵质粒的酵母细胞表达S... 目的:自肝细胞cDNA文库中筛选与HBV主蛋白(SHBs)相互作用的蛋白基因,探讨主蛋白的生物学功能.方法:利用PCR扩增S主蛋白基因,定向克隆技术将靶基因克隆到pDEST32构建出S主蛋白的诱饵质粒;Westernblot方法验证转化诱饵质粒的酵母细胞表达SHBs;将诱饵质粒与人肝cDNA文库猎物质粒共同转化MaV203酵母细胞,在营养缺陷型培养基和X-gal上进行三重筛选阳性菌落,提取阳性酵母菌落的猎物质粒进行DNA测序;利用核苷酸数据库及生物信息学技术,对于筛选结果进行分析.结果:构建S主蛋白及肝文库酵母细胞表达载体,进行酵母双杂交系统筛选人肝细胞cDNA文库,筛选出既能在缺陷培养基也能在X-gal的检测下变成蓝色的真阳性菌落3个,分别为核糖体蛋白L3、微管蛋白α-1a和α-2巨球蛋白.结论:用酵母双杂交技术筛选出3个与SHBs相互作用的肝细胞结合蛋白编码基因,提示SHBs可能参与到肝细胞内部的多种生物学反应. 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 酵母双杂交技术 主蛋白 结合蛋白 聚合酶链式反应
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人端粒酶RNA突变体酵母三杂交诱饵质粒的构建 被引量:2
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作者 曹莹 王卫国 +4 位作者 李琳 张慧敏 王广发 庞建新 吴曙光 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期652-655,共4页
目的对人端粒酶RNA进行多位点的突变并构建该突变体的酵母三杂交诱饵质粒,且进行毒性检测。方法根据人端粒酶RNA(hTR)序列及突变位点设计引物,运用重叠延伸PCR法对hTR基因的第41位、第80位及第102位碱基进行T→A突变,将突变后的片段克隆... 目的对人端粒酶RNA进行多位点的突变并构建该突变体的酵母三杂交诱饵质粒,且进行毒性检测。方法根据人端粒酶RNA(hTR)序列及突变位点设计引物,运用重叠延伸PCR法对hTR基因的第41位、第80位及第102位碱基进行T→A突变,将突变后的片段克隆入PMD18T载体,经测序正确后再亚克隆到酵母三杂交诱饵质粒PRH3'中,PCR及酶切鉴定。鉴定成功的重组诱饵质粒转化到酵母细胞L40ura3/pHyblex/ZeoMS2进行毒性检测。结果经过测序验证,该基因预期位点突变成功且其他序列未发生随机突变,重组诱饵质粒构建成功,转化酵母菌之后对宿主无毒性。结论成功构建了hTR突变体的重组质粒PRH3'-hTRm,可作为酵母三杂交系统中的"诱饵"。 展开更多
关键词 人端粒酶RNA 酵母三杂交 重叠延伸PCR 定点突变 诱饵质粒
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第二代杂交捕获法和聚合酶链反应检测人乳头瘤病毒的比较
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作者 薛耀华 唐红平 +3 位作者 汪凡军 詹永玮 曾征宇 朱庆义 《实用医技杂志》 2003年第11期1215-1216,共2页
目的:比较两种常用的人乳头瘤病毒(HPV)的检测方法。方法:第二代杂交捕获法(HCⅡ)和聚合酶链反应(PCR)检测妇女宫颈分泌物中的高危型HPV。结果:103例宫颈病变患者中,PCR和HCⅡ检测HPV的阳性率分别为41.7%和39.9%。两种检验方法具有相... 目的:比较两种常用的人乳头瘤病毒(HPV)的检测方法。方法:第二代杂交捕获法(HCⅡ)和聚合酶链反应(PCR)检测妇女宫颈分泌物中的高危型HPV。结果:103例宫颈病变患者中,PCR和HCⅡ检测HPV的阳性率分别为41.7%和39.9%。两种检验方法具有相关性(P<0.05)。结论:PCR和HCⅡ具有较好的一致性。 展开更多
关键词 第二代杂交捕获法 聚合酶链反应 人乳头瘤病毒 宫颈分泌物 宫颈癌
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2个杂交籼稻和2个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及双重PCR技术的初步研究 被引量:2
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作者 陈树林 王海燕 +2 位作者 丁震乾 王秀娥 陈忠明 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期19-24,共6页
用460对水稻SSR引物对5个杂交籼稻及其双亲和16个粳稻品种(系)进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳,筛选出12对稳定性好、多态性高、杂带少的SSR引物作为核心引物,构建了国稻6号和两优培九的SSR指纹图谱。另外,还筛选出9对核心引物,构建... 用460对水稻SSR引物对5个杂交籼稻及其双亲和16个粳稻品种(系)进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳,筛选出12对稳定性好、多态性高、杂带少的SSR引物作为核心引物,构建了国稻6号和两优培九的SSR指纹图谱。另外,还筛选出9对核心引物,构建了粳稻品种盐稻8号和徐稻4号的分子指纹图谱。其中,筛选出国稻6号的特异性标记5个,两优培九的特异性标记3个,盐稻8号的特异性标记1个,徐稻4号的特异性标记2个。这些特异标记可用于种子纯度的快速鉴定。另外,挑选扩增条带稳定、特异性较好的引物组合,进行了双重PCR分析。 展开更多
关键词 杂交水稻 种子纯度 种子真实性 指纹图谱 双重聚合酶链式反应 种子鉴定
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多重PCR结合反向线点杂交方法检测七种性病病原体 被引量:1
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作者 王辉 孔繁荣 +6 位作者 周小勇 曾宪玉 王玮蓁 段逸群 曾志良 陈春梅 琳·吉尔伯特 《中华皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期810-813,共4页
目的建立多重PCR结合反向线点杂交技术同时检测淋球菌、沙眼衣原体、生殖支原体、人型支原体、微小脲原体、解脲脲原体和毛滴虫的方法。方法设计7对生物素标记的上述病原体特异性引物同时扩增病原体靶基因。扩增产物与预先标记在尼龙膜... 目的建立多重PCR结合反向线点杂交技术同时检测淋球菌、沙眼衣原体、生殖支原体、人型支原体、微小脲原体、解脲脲原体和毛滴虫的方法。方法设计7对生物素标记的上述病原体特异性引物同时扩增病原体靶基因。扩增产物与预先标记在尼龙膜上的特异性探针杂交、显影,判读结果。多重PCR结合反向线点杂交方法检测211个尿道、宫颈分泌物临床标本(男107例,女104例),并与传统单一引物PCR检测结果比较,评价反向线点杂交的敏感性和特异性。结果多重PCR结合反向线点杂交技术能敏感和特异地检测所有这7种病原体标准株,能敏感地检测病原体100拷贝的靶基因。在211个临床标本的检测中,2.8%(6/211)的标本使用多重PCR结合反向线点杂交技术检测为阳性,而单一引物PCR检测为阴性,再使用巢式PCR检测这6个标本,结果为阳性。结论多重PCR结合反向线点杂交技术能快速、敏感和特异地检测多种性病病原体。 展开更多
关键词 奈瑟球菌 淋病 衣原体 沙眼 支原体 生殖器 支原体 人型 脲原体属 解脲支原体 毛滴虫 阴道 双杂交系统技术 聚合酶链反应
原文传递
激活素受体相互作用蛋白4的基因克隆
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作者 王世瑶 柳忠辉 +4 位作者 牟大鹏 张红军 杨琼 常颖 台桂香 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期37-40,共4页
目的:克隆新的与激活素受体ⅡA(ActRⅡA)相互作用蛋白,即激活素受体相互作用蛋白4(ActRIP4)基因。方法:应用ActRIP2基因片段作为探针,从小鼠cDNA文库中钓取ActRIP4 cDNA;采用哺乳细胞双杂交进一步确定ActRIP4与ActRⅡA的相互作用;RT-PC... 目的:克隆新的与激活素受体ⅡA(ActRⅡA)相互作用蛋白,即激活素受体相互作用蛋白4(ActRIP4)基因。方法:应用ActRIP2基因片段作为探针,从小鼠cDNA文库中钓取ActRIP4 cDNA;采用哺乳细胞双杂交进一步确定ActRIP4与ActRⅡA的相互作用;RT-PCR检测ActRIP4 mRNA在组织中的表达情况。结果:克隆的ActRIP4基因全长691bp,ORF区编码118个氨基酸残基;ActRIP4与ActRⅡA具有特异性结合作用;天然的ActRIP4 mRNA在小鼠多种组织中表达。结论:ActRIP4属于ActRIP家族新成员,可以与ActRⅡA相互作用,可能在多种组织中介导激活素受体信号传导过程。 展开更多
关键词 激活素 受体相互作用蛋白 哺乳动物细胞双杂交 逆转录聚合酶链反应
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