期刊文献+
共找到27篇文章
< 1 2 >
每页显示 20 50 100
基于高通量测序的石斑鱼循环水养殖生物滤池微生物群落分析 被引量:30
1
作者 黄志涛 宋协法 +4 位作者 李勋 万荣 董登攀 石蓉蓉 翟介明 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第S1期242-247,共6页
为了解循环水养殖系统生物过滤器内微生物群落结构,明确其内部微生物的多样性。该文采用Illumina-Mi Seq高通量测序技术对石斑鱼循环水养殖系统3级浸没式生物滤池内微生物群落结构及多样性进行分析。研究结果表明:3个浸没式生物滤池的... 为了解循环水养殖系统生物过滤器内微生物群落结构,明确其内部微生物的多样性。该文采用Illumina-Mi Seq高通量测序技术对石斑鱼循环水养殖系统3级浸没式生物滤池内微生物群落结构及多样性进行分析。研究结果表明:3个浸没式生物滤池的样品分别获得712,635,865个Operational Taxonomic Unit(OTU),共同包含的OTU为488个,其中3号滤池的微生物群落丰富度和多样性高于1号和2号生物滤池,且1号生物滤池和2号生物滤池内微生物群落结构相似度较高。在门的水平,3个滤池以变形菌门Proteobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes为优势菌;在属的水平,发现3个滤池中起硝化作用的细菌主要是亚硝化单胞菌Nitrosomonas和硝化螺菌Nitrospira。该试验为揭开生物滤池这个"黑匣子"提供数据基础,对研究海水循环水养殖生物滤池的构建及其脱氮效率具有重要的指导意义。 展开更多
关键词 养殖 微生物 污染 循环水养殖 浸没式生物滤池 微生物群落 高通量测序
下载PDF
萝卜泡菜细菌多样性的高通量测序分析 被引量:24
2
作者 朱琳 高凤 +5 位作者 曾椿淋 俞冰倩 徐琴 刘轶斐 李雪 魏巍 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2018年第2期225-231,共7页
本文基于Illumina平台的高通量测序,解析萝卜泡菜发酵液中亚硝酸盐浓度峰值期(第3 d)和回落期(第7 d)时细菌群落结构多样性。亚硝酸盐浓度峰值期和回落期样品中分别得到373和349个可操纵分类单元(OTU),分属于135和127个细菌属,且峰值期... 本文基于Illumina平台的高通量测序,解析萝卜泡菜发酵液中亚硝酸盐浓度峰值期(第3 d)和回落期(第7 d)时细菌群落结构多样性。亚硝酸盐浓度峰值期和回落期样品中分别得到373和349个可操纵分类单元(OTU),分属于135和127个细菌属,且峰值期细菌群落丰富度、多样性以及均匀度指数均高于回落期。峰值期发酵液样品中以变形菌门细菌(相对丰度72.1%)最为优势,以Erwinia(45.0%)、Aeromonas(7.4%)、Pseudomonas(6.6%)、Shigella(6.0%)和Delftia(5.1%)为主要优势菌属。厚壁菌门(18.9%)为第二优势菌门,Lactococcus(10.5%)为其中的主要优势属。回落期发酵液样品中以厚壁菌门(84.0%)最为优势,优势属包括明Leuconostoc(27.5%)、Lactococcus(19.9%)、Weissella(19.2%)和Pediococcus(16.3%)等。而变形菌门相对丰度降为10.5%。结果表明伴随着亚硝酸盐浓度变化,萝卜泡菜发酵过程中细菌群落结构多样性也发生演替,与发酵液中亚硝酸盐的形成和降解密切相关。 展开更多
关键词 萝卜泡菜 亚硝酸盐 高通量测序 细菌群落 可操纵分类单元
原文传递
反流性食管炎严重程度与食管黏膜菌群结构变化的关系初探 被引量:18
3
作者 余英 张杰 +2 位作者 高峰 陈雪 孙亚梅 《中国医药》 2019年第10期1519-1523,共5页
目的探讨反流性食管炎(RE)的严重程度与食管黏膜菌群结构变化的关系。方法选取2017年5-10月于首都医科大学附属北京安贞医院首次就诊的RE患者32例,经胃镜检查确诊为RE,根据RE洛杉矶分型分为轻度RE组(A和B级,21例)和重度RE组(C和D级,11例... 目的探讨反流性食管炎(RE)的严重程度与食管黏膜菌群结构变化的关系。方法选取2017年5-10月于首都医科大学附属北京安贞医院首次就诊的RE患者32例,经胃镜检查确诊为RE,根据RE洛杉矶分型分为轻度RE组(A和B级,21例)和重度RE组(C和D级,11例)。招募17名健康志愿者作为健康对照组。提取受试者食管下段黏膜样本细菌基因组DNA,采用16S r DNA基因扩增和Illumina测序技术将细菌归类。结果轻度RE组、重度RE组与健康对照组之间比较,γ-变形菌纲、普氏菌属、螺杆菌属和莫氏杆菌属丰度差异均有统计学意义[9. 0(8. 5,9. 7)%比9. 9(9. 0,11. 1)%比8. 7(8. 3,9. 2)%、0. 12(0. 06,0. 16)%比0. 13 (0. 09,0. 18)%比0. 20 (0. 14,0. 35)%、0. 04 (0. 02,0. 07)%比0. 02 (0. 02,0. 04)%比0. 10 (0. 03,0. 14)%、0 (0,0)%比0 (0,0)%比0. 002 (0,0. 019)%](P=0. 049、0. 001、0. 034、0. 013)。重度RE组胃食管反流病量表(GERDQ)评分较轻度RE组明显升高[8(8,11)分比4(2,8)分],差异有统计学意义(Z=-2. 876,P=0. 004)。Spearman相关性分析结果显示,RE患者GERDQ评分与厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、变形菌门均无明显相关性,相关系数分别为0. 213(P=0. 242),-0. 082(P=0. 657),0. 068(P=0. 712),0. 204(P=0. 262)。结论 RE患者食管下段黏膜菌群构成较健康受试者出现明显变化,这可能为RE的防治提供新的方向。 展开更多
关键词 反流性食管炎 食管黏膜菌群结构 高通量dna测序技术
下载PDF
水稻秸秆堆肥发酵粗制肥料中微生物多样性研究 被引量:15
4
作者 朱琳 曾椿淋 +3 位作者 高凤 施爱平 毛罕平 魏巍 《农业机械学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第7期228-234,共7页
研究基于Illumina平台的高通量测序技术,初步解析等量的、不同氮源添加(尿素和牛粪)的水稻秸秆经堆肥发酵后制得粗制肥料中细菌和真核微生物群落结构和多样性。添加尿素和牛粪发酵成的粗制肥料中分别得到897个和954个细菌可操纵分类单元... 研究基于Illumina平台的高通量测序技术,初步解析等量的、不同氮源添加(尿素和牛粪)的水稻秸秆经堆肥发酵后制得粗制肥料中细菌和真核微生物群落结构和多样性。添加尿素和牛粪发酵成的粗制肥料中分别得到897个和954个细菌可操纵分类单元(Operational taxonomic unit,OTU),以及508个和585个真核微生物OTU,且添加牛粪处理的细菌和真核微生物群落丰富度和多样性均高于添加尿素处理。添加尿素制得粗制肥料以放线菌门(Actinobacteria,71.9%)的Streptomyces(40.9%)和Cellulosimicrobium(22.2%)菌属为最优势的细菌类群,以真菌子囊菌门(Ascomycota,70.0%)的Pichia(46.1%)菌属为主要优势的真核微生物类群。添加牛粪制得粗制肥料以变形菌门(Proteobacteria,58.5%)的Pseudomonas(47.8%)菌属为最优势的细菌类群,以真菌子囊菌门(Ascomycota,42.5%)的Aspergillus(23.9%)菌属和接合菌门(Zygomycota,20.5%)的Mucor(9.4%)菌属为主要优势的真核微生物类群。研究结果表明,不同的氮源添加可导致水稻秸秆堆肥发酵制得粗制肥料中形成具有不同优势种群结构的细菌和真核微生物群落,并会导致腐熟各阶段发挥作用的微生物类群的差异。 展开更多
关键词 水稻秸秆 堆肥 细菌 真核微生物 高通量测序
下载PDF
分层型水库藻类垂向演替的水质与细菌种群调控 被引量:14
5
作者 闫苗苗 陈胜男 +4 位作者 黄廷林 贾竞宇 刘凯文 苗雨甜 宗容容 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第7期3285-3296,共12页
浮游藻类和细菌是水生食物网的重要组成部分,在水源水库生态系统物质循环和能量流动方面发挥关键作用,藻类的空间演替与水体细菌种群代谢和结构演变关系密切.因此,本文以李家河水库为研究对象,在分析水库水质指标基础上,采用高通量DNA... 浮游藻类和细菌是水生食物网的重要组成部分,在水源水库生态系统物质循环和能量流动方面发挥关键作用,藻类的空间演替与水体细菌种群代谢和结构演变关系密切.因此,本文以李家河水库为研究对象,在分析水库水质指标基础上,采用高通量DNA测序技术和Biolog技术,研究水库藻类暴发期,浮游藻类和细菌群落结构垂向演替特征及其与水质的偶联关系.结果表明,李家河水库在8月处于热分层期,水体pH、DO和NH+4-N随深度变化均逐渐降低(P<0.001).藻密度和Chla呈现同步变化趋势(P<0.001),表层最大分别为3 364.33×104 cells·L-1和7.03μg·L-1.藻类群落结构在水深0 m和3 m处以微囊藻为主,而在水深6 m处,小环藻取代微囊藻成为最优藻属,相对丰度达57.28%.Biolog结果表明,微囊藻的暴发对细菌代谢活性及其相对丰度产生较大影响,但细菌种群代谢活性多样性变化不显著.高通量测序共发现1 420个OTUs,隶属于10个细菌门类,其中放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)在不同水层均为最优门类,其相对丰度之和达50%以上;绿菌门(Chlorobi)和浮霉菌门(Planctomycetes)的相对丰度随着水深增加发生显著变化,均在6 m深度达到最大值,分别为10.29%和6.78%,且与水层藻密度呈显著负相关(P<0.05);厚壁菌门(Firmicutes)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)与藻密度呈显著正相关(P<0.05).热图(Heat map)指纹图谱表明,李家河水库的细菌群落结构垂向分布差异显著,且随着水深的增加,细菌群落分布更均匀并趋于多样性.冗余分析(RDA)表明,细菌和藻类的群落结构的垂向分布受不同水质指标调控且差异显著.对水源水库藻类暴发期藻类与细菌群落的偶联机制进行探究,为水源藻华消涨的分子微生态驱动机制研究提供科学依据. 展开更多
关键词 分层型水库 藻类 细菌种群代谢 高通量dna测序 种群垂向演替
原文传递
反流性食管炎治疗效果与食管下段菌群构成变化的关系研究 被引量:14
6
作者 余英 高峰 张杰 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第2期243-248,共6页
目的研究食管下段菌群变化与反流性食管炎患者治疗效果的关系。方法对反流性食管炎患者给予质子泵抑制剂规范治疗,在治疗前、后分别采集食管下段黏膜样本,根据治疗效果分为愈合组和愈合不良组,采用宏基因组学高通量DNA测序和生物信息学... 目的研究食管下段菌群变化与反流性食管炎患者治疗效果的关系。方法对反流性食管炎患者给予质子泵抑制剂规范治疗,在治疗前、后分别采集食管下段黏膜样本,根据治疗效果分为愈合组和愈合不良组,采用宏基因组学高通量DNA测序和生物信息学分析技术,比较治疗前、后食管下段黏膜菌群构成变化。结果对愈合组患者治疗前与治疗后食管下段黏膜菌群丰度进行比较发现:乳杆菌科、乳杆菌属、双歧杆菌属、螺杆菌属丰度差异有统计学意义[2.7%(1.5%~3.2%)vs 4.8%(3.0%~10.7%)、2.7%(1.5%~3.2%)vs 4.8%(3.0%~10.7%)、0.7%(0.6%~10.7%)vs 1.4%(1.0%~2.2%)、0.08%(0.04%~0.13%)vs 0.12%(0.08%~0.21%)](P=0.001、P=0.001、P=0.042、P=0.049)。同时对愈合组和愈合不良组治疗后食管下段黏膜菌群丰度进行比较发现:双歧杆菌属、螺杆菌属丰度差异有统计学意义[1.4%(1.0%~2.2%)vs 0.7%(0.4%~1.1%)、0.12%(0.08%~0.21%)vs 0.07%(0.03%~0.09%)](P=0.003、P=0.014)。结论质子泵抑制剂治疗反流性食管炎的治疗效果与食管下段黏膜菌群构成变化相关,愈合组有益菌丰度明显增高。 展开更多
关键词 反流性食管炎 高通量dna测序技术 菌群构成 治疗效果
下载PDF
分层型水库藻类季相演替的细菌种群驱动机制 被引量:9
7
作者 闫苗苗 张海涵 +6 位作者 黄廷林 宗容容 刘凯文 苗雨甜 杨尚业 黄鑫 王娜 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第1期221-233,共13页
浮游藻类和水体中的细菌是水生食物网的组成部分,在淡水生态系统的结构和功能中发挥着关键作用.然而,对于水库当中藻类和细菌群落如何互作及其对变化的环境条件的响应研究却较少.本文以李家河水库为研究对象,采用16S rDNA高通量测序技... 浮游藻类和水体中的细菌是水生食物网的组成部分,在淡水生态系统的结构和功能中发挥着关键作用.然而,对于水库当中藻类和细菌群落如何互作及其对变化的环境条件的响应研究却较少.本文以李家河水库为研究对象,采用16S rDNA高通量测序技术和共生网络分析方法,分析了藻类种群时空演替与细菌群落的生态互作关系.结果表明,在藻类群落结构中,硅藻和绿藻也为全年优势门类,且在8月,蓝藻取代硅藻成为第二大优势门类,平均相对丰度为30.13%.DNA测序分析表明,变形菌门、放线菌门和拟杆菌门为全年优势细菌,其中变形菌门在7月达到全年最大相对丰度71.68%.酸杆菌门和异常球菌-栖热菌门作为稀有类群,其相对丰度最大分别为10.20%和5.56%.共生网络分析表明,藻类与细菌之间的关系以正相关居多,表明二者之间的互作关系可能以互利共生为主.Methylotenera作为关键节点,与小球藻呈显著正相关.柵藻作为藻类群落中的关键节点,与甲基杆菌属、Solitalea和红育菌属等多种细菌显著负相关.RDA分析表明,藻类和细菌群落的演替受到水温、pH和电导率的显著调控,环境因子对藻类和细菌群落变异解释分别为93.1%和90%.本研究结果将为深水型水源水库生态系统中藻菌互作关系的微生态驱动机制提供科学依据. 展开更多
关键词 分层型水库 藻类 细菌群落 高通量dna测序 共生网络
原文传递
奥美拉唑治疗对反流性食管炎模型大鼠食管菌群构成的影响 被引量:6
8
作者 高峰 贾梦真 孙玥 《基础医学与临床》 2021年第3期370-375,共6页
目的探讨质子泵抑制剂(PPI)治疗对反流性食管炎大鼠食管菌群构成的影响。方法采用幽门部分结扎及前胃完全结扎手术建立反流性食管炎大鼠模型。SD大鼠随机分为假手术对照组、反流性食管炎对照组和质子泵抑制剂奥美拉唑治疗组;术后1周开... 目的探讨质子泵抑制剂(PPI)治疗对反流性食管炎大鼠食管菌群构成的影响。方法采用幽门部分结扎及前胃完全结扎手术建立反流性食管炎大鼠模型。SD大鼠随机分为假手术对照组、反流性食管炎对照组和质子泵抑制剂奥美拉唑治疗组;术后1周开始灌胃,灌胃2周后处死大鼠获取食管黏膜组织2块,1块用于细菌16S rDNA基因测序,另1块用于病理检查。结果每组6只大鼠入选研究,假手术对照组、反流性食管炎对照组和质子泵抑制剂治疗组食管黏膜的属水平菌群构成检测如下:消化链球菌属(Peptostre-ptococcus)丰度值分别为2.5%±0.5%、1.7%±0.7%和1.9%±0.5%;螺杆菌属(Heliobacter)丰度值分别为1.5%±0.1%、1.0%±0.5%和1.2%±0.3%;苏黎世杆菌属(Turicibacter)丰度值分别为1.0%±0.2%、0.5%±0.2%和1.0%±0.4%(P<0.05);反流性食管炎对照组的以上3组菌属丰度值明显低于假手术对照组(P<0.05)。反流性食管炎对照组和质子泵抑制剂治疗组病理分级(轻/中/重)分别为0/4/2和5/1/0(P<0.05)。结论反流性食管炎大鼠食管菌群构成发生改变,有益菌减少;灌服质子泵抑制剂奥美拉唑治疗后,食管黏膜损伤减轻,有益菌增加,菌群构成恢复正常。 展开更多
关键词 反流性食管炎 质子泵抑制剂 高通量dna测序技术 食管菌群
下载PDF
Usher综合征患者致病突变基因的研究 被引量:5
9
作者 代艾艾 刘铁城 +1 位作者 高旭辉 李淑贤 《解放军医学院学报》 CAS 2016年第7期779-783,共5页
目的研究1例Usher综合征患者的致病突变基因。方法选取解放军总医院院2015年4月眼科门诊1例临床诊断Usher综合征的39岁女性患者及其家系内所有成员(包括患者及非患者)为研究对象,提取其外周静脉血DNA,建立基因组DNA标本库,针对目前已知... 目的研究1例Usher综合征患者的致病突变基因。方法选取解放军总医院院2015年4月眼科门诊1例临床诊断Usher综合征的39岁女性患者及其家系内所有成员(包括患者及非患者)为研究对象,提取其外周静脉血DNA,建立基因组DNA标本库,针对目前已知的Usher综合征致病基因,对患者基因组DNA进行目标区域捕获高通量测序,锁定该患者致病基因,并进一步对该家系中的其他成员(包括患者及非患者)进行相关突变位点的验证,最终确定该患者的致病基因突变。结果该患者致病突变定位于10q22.1的CDH23基因,由c.6253+1G>A和c.287_288ins G两个位点组成的复合杂合突变致病。在患者家系中,与患者有血缘关系的成员均具有符合Usher综合征这一单基因遗传病规律的基因型,而与患者无血缘关系的家庭成员均无上述两处基因位点的突变。结论运用目标区域捕获高通量测序技术,可以在Usher综合征患者中实现致病基因的突变筛查,结合其他家庭成员的基因位点验证,可明确Usher综合征患者的具体致病基因突变。 展开更多
关键词 USHER综合征 单基因遗传病 CDH23基因 高通量测序 目标区域捕获测序 Sanger测序
下载PDF
施用生石灰对精养池塘浮游细菌群落结构和多样性的影响 被引量:5
10
作者 陶玲 李晓莉 +2 位作者 朱建强 李谷 李荣 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期399-406,共8页
为研究施用生石灰对池塘浮游细菌群落结构和多样性的影响,采用基于16S rRNA的高通量测序技术比较分析了施用生石灰前后精养池塘浮游细菌群落结构和多样性差异。研究结果显示,施用生石灰进行处理1d后,池塘优势浮游细菌在门和属水平上均... 为研究施用生石灰对池塘浮游细菌群落结构和多样性的影响,采用基于16S rRNA的高通量测序技术比较分析了施用生石灰前后精养池塘浮游细菌群落结构和多样性差异。研究结果显示,施用生石灰进行处理1d后,池塘优势浮游细菌在门和属水平上均与施用前相同,但相对丰度产生变化。在门水平上,蓝细菌门(Cyanobacteria)的相对丰度由53.80%显著降低至47.57%,拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度由7.00%显著降低至5.24%,变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度由19.72%显著降低至17.60%,而放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度由6.76%显著上升至13.47%,浮霉菌门(Planctomycetes)的相对丰度由8.24%显著上升至11.10%。另外,在属水平上,分枝杆菌属(Mycobacterium)的相对丰度由0.73%显著降低至0.49%,浮丝藻属(Planktothrix)的相对丰度由0.041%显著降低至0.0074%。施用生石灰后池塘浮游细菌群落的物种丰富度指数(ACE和Chao1)和Shannon多样性指数均显著提高,且Simpon指数显著降低(P<0.05)。研究结果可为施用生石灰管理池塘水质和进行疾病预防提供理论解释,并可为更加科学合理地利用生石灰管理池塘提供科学指导。 展开更多
关键词 池塘养殖 生石灰 高通量测序 浮游细菌 水质修复
下载PDF
香连片治疗反流性食管炎大鼠后食管黏膜菌群构成变化研究 被引量:4
11
作者 贾梦真 高峰 +2 位作者 孙玥 陈雪 张杰 《中国医药》 2019年第12期1842-1846,共5页
目的探讨香连片灌服对反流性食管炎(RE)大鼠食管黏膜菌群构成的影响.方法采用“幽门部分结扎及前胃完全结扎手术”建立大鼠RE模型;24只健康雄性SD大鼠用随机数字表法分为假手术组、蒸馏水组(RE对照组)、香连片组(RE观察组),每组8只.术后... 目的探讨香连片灌服对反流性食管炎(RE)大鼠食管黏膜菌群构成的影响.方法采用“幽门部分结扎及前胃完全结扎手术”建立大鼠RE模型;24只健康雄性SD大鼠用随机数字表法分为假手术组、蒸馏水组(RE对照组)、香连片组(RE观察组),每组8只.术后1周后香连片组每日灌服香连片蒸馏水溶液,假手术组、蒸馏水组每日给予相同容量蒸馏水灌胃,2周后获取2块食管下段黏膜组织,1块用于提取黏膜样本细菌基因组DNA,采用16S rDNA基因扩增和Illumina测序技术将细菌归类;1块进行苏木精-伊红染色和RE病理分级.比较各组食管黏膜菌群构成差别,比较各组食管黏膜病理学改变.结果每组6只完成研究,假手术组、蒸馏水组和香连片组食管下段黏膜属水平菌群构成:消化链球菌属丰度值分别为(2.5±0.5)%、(1.7±0.7)%和(2.5±0.3)%(P=0.040),螺杆菌属丰度值分别为(1.5±0.1)%、(0.9±0.4)%和(1.6±0.1)%(P=0.003);乳球菌属丰度值分别为(0.8±0.1)%、(0.4±0.2)%和(0.7±0.1)%(P=0.018).蒸馏水组RE病理分级轻度1例、中度3例、重度2例;香连片组轻度6例,无中度及重度;2组间比较差异有统计学意义(P=0.015).结论RE大鼠灌服香连片后食管下段黏膜菌群构成发生改变,有益菌比例增加,从而起到治疗作用,这可能为RE的治疗提供新的方向. 展开更多
关键词 反流性食管炎 香连片 高通量dna测序技术 食管黏膜菌群构成 疗效
下载PDF
两种配方废弃菌棒堆肥中微生物多样性研究 被引量:4
12
作者 代晓航 魏超 《农业机械学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第7期275-280,321,共7页
以废弃菌棒为主要原料,添加牛粪和草炭,进行堆肥发酵,取腐熟完成后的2种肥料样品DNA,采用16SrDNA V3+V4区和ITS2高通量测序方法,研究不同配方粗制肥料中微生物多样性和群落结构的差异。结果表明,“牛粪+菌棒”制得的有机肥生物多样性高... 以废弃菌棒为主要原料,添加牛粪和草炭,进行堆肥发酵,取腐熟完成后的2种肥料样品DNA,采用16SrDNA V3+V4区和ITS2高通量测序方法,研究不同配方粗制肥料中微生物多样性和群落结构的差异。结果表明,“牛粪+菌棒”制得的有机肥生物多样性高于“草炭+菌棒”,且真菌差异大于细菌;“牛粪+菌棒”有机肥相对“草炭+菌棒”有机肥具有10个优势细菌属和6个真菌属,“草炭+菌棒”有机肥相对“牛粪+菌棒”有机肥具有14个优势细菌属和4个真菌属。两种配方堆肥制得的有机肥微生物群落结构无显著性差异。研究发现了多种具有农业价值的功能菌,可为功能性微生物的开发利用提供科学依据。此外,也发现一些潜在危害因子,如黄曲霉和杂色曲霉亚种在“牛粪+菌棒”有机肥中丰度较高,产生的黄曲霉毒素、杂曲霉毒素易造成农作物污染。 展开更多
关键词 菌棒 有机肥 微生物 高通量测序
下载PDF
乳酸菌接种发酵对腌制雪菜挥发性风味的影响
13
作者 陈淑钧 刘亚楠 +2 位作者 翁佩芳 吴祖芳 刘连亮 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期310-324,共15页
以同型发酵的植物乳杆菌(Lp01)和异型发酵的发酵乳杆菌(Lf01)为腌制雪菜发酵菌株,通过16S rDNA测序和顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术分析不同乳酸菌接种发酵(Lp01单菌、Lf01单菌及Lp01复合Lf01)对雪菜细菌群落结构和挥发性风味... 以同型发酵的植物乳杆菌(Lp01)和异型发酵的发酵乳杆菌(Lf01)为腌制雪菜发酵菌株,通过16S rDNA测序和顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术分析不同乳酸菌接种发酵(Lp01单菌、Lf01单菌及Lp01复合Lf01)对雪菜细菌群落结构和挥发性风味物质的影响。结果表明:经Lp01复合Lf01接种组发酵启动快,在第5天pH值即下降到4.05,并且发酵成品感官综合得分显著高于其它组别,为85.40。不同乳酸菌接种对发酵雪菜细菌群落结构的影响显著,其中Lf01单菌接种组及其复合Lp01接种组在发酵1 d时大量繁殖乳酸菌,丰度显著高于其它组别,丰富了微生物多样性。此外,不同乳酸菌接种发酵虽然对雪菜成品的挥发性风味物质总量影响不显著,但在各种具体化合物含量上存在显著差异,其中Lf01单菌接种组及其复合Lp01接种组的酯类、醇类化合物含量高于Lp01单菌接种组和自然发酵组。相对气味活性值(ROAV)计算表明,2-甲基丁酸乙酯、β-紫罗酮、大马酮、2-甲氧基-3-仲丁基吡嗪和二甲基三硫是腌制蔬菜中的关键风味物质。Spearman相关性分析表明,优势菌属与多种关键风味物质呈正相关关系。结论:Lf01单菌接种及其复合Lp01接种在发酵前期能够改善细菌群落结构,且有多种关键风味物质与优势菌属呈相关性。 展开更多
关键词 雪菜 乳酸菌 细菌群落 高通量测序 气相色谱-质谱联用
下载PDF
稻-红螯螯虾共作模式下浮游生物的群落变化特征及其与虾生长之间的关系
14
作者 唐金玉 黄福勇 +2 位作者 戴杨鑫 楼宝 郭水荣 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期1537-1547,共11页
为探究稻渔综合种养模式下浮游生物的群落变化特征及其与养殖对象之间的关系,2022年6月-9月采用18S rRNA基因高通量测序技术调查了浙江省海宁市6处稻红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖水体中浮游生物的群落组成及多样性的变化,并结... 为探究稻渔综合种养模式下浮游生物的群落变化特征及其与养殖对象之间的关系,2022年6月-9月采用18S rRNA基因高通量测序技术调查了浙江省海宁市6处稻红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖水体中浮游生物的群落组成及多样性的变化,并结合Spearman相关性热图分析了优势种类和多样性指数与生长性状之间的关系。结果显示:红螯螯虾的体长、头胸甲宽、体重、增重率、特定生长率和肥满度在不同稻田间无显著差异,但体长、头胸甲宽和体重随着养殖时间的延长明显增加,特定生长率则显著下降。虾引入稻田后会相对改善水体中浮游生物的群落多样性,然而,随着养殖时间的延长,群落稳定性逐渐降低。隐藻(Cryptomonas)、衣藻(Chlamydomonas)、小球藻(Chlorella)和中剑水蚤(Mesocyclops)是共作期间常见的优势种类。浮游植物的优势种或主要种类(浮游生物中排名前50的种类)与浮游动物的变化趋势不同,前者的相对丰度逐渐增加,后者则逐渐降低。分析发现,季节变化是驱动稻虾共作模式下浮游生物群落演替的主要原因。此外,虾的摄食作用也会对群落变化产生一定影响。相关性分析显示,肥满度与小球藻生物量显著负相关,表明养殖水体的水质对虾的生长和健康状况具有重要影响,因此需平衡好水稻种植区和水产养殖区对营养水平需求不同的矛盾。 展开更多
关键词 浮游生物 稻渔综合种养 红螯螯虾 高通量测序 多样性
下载PDF
进展性IgA肾病合并COQ8B相关肾病1例患儿的临床及遗传学分析
15
作者 孙留玉 肖慧捷 +5 位作者 任雅丽 徐可 钟旭辉 张宏文 曾月桂 王芳 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2024年第10期1231-1237,共7页
目的探讨1例进展性IgA肾病合并COQ8B相关肾病患儿的遗传学病因。方法选取2021年3月2日于北京大学第一医院就诊的1例患儿为研究对象。回顾性分析患儿的临床资料,采集患儿及其父母和姐姐的外周血样,提取基因组DNA,对患儿进行全外显子组测... 目的探讨1例进展性IgA肾病合并COQ8B相关肾病患儿的遗传学病因。方法选取2021年3月2日于北京大学第一医院就诊的1例患儿为研究对象。回顾性分析患儿的临床资料,采集患儿及其父母和姐姐的外周血样,提取基因组DNA,对患儿进行全外显子组测序,对候选变异进行Sanger测序家系验证。本研究通过北京大学第一医院医学伦理委员会的审查(伦理号:2016[1029])。结果患儿为7岁男童,因蛋白尿8个月(7岁8月龄)行肾穿刺病理检查,诊断为轻至中度系膜增生性IgA肾病(M1E1S1T1C1),予激素、环磷酰胺、环孢素及血管紧张素转换酶抑制剂治疗后,尿蛋白部分缓解。病程3.9年(10岁11月龄)发现血肌酐从病初53.8 mol/L升至86.7 mol/L,大量蛋白尿,再次行肾穿刺病理检查示局灶增生性IgA肾病(M0E0S1T0C0)。基因检测结果显示患儿携带COQ8B基因c.737G>A(p.Ser246Asn)纯合错义变异,其父母与姐姐均检测到相同的杂合变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南,该变异判定为致病性(PS1+PM2_Supporting+PM3+PP3+PP4)。予以患儿大剂量辅酶Q10联合激素和/或吗替麦考酚酯治疗,病程7.3年(14岁4月龄)血肌酐升至286 mol/L,进展为慢性肾脏病G3b期。结论COQ8B基因c.737G>A(p.Ser246Asn)纯合变异可能为患儿肾功能下降的遗传学病因。当IgA肾病患儿临床表现不典型、疗效不佳甚至出现肾功能减退时,应考虑合并其他疾病的可能。 展开更多
关键词 IgA肾小球肾炎 COQ8B相关肾病 肾功能下降 高通量测序
原文传递
哺乳动物转录因子DNA结合谱 被引量:2
16
作者 谷光明 王进科 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期950-968,共19页
基因差异表达是生物发育和对刺激作出应答的分子基础,转录因子在这种基因差异表达中发挥着重要的调控作用。因此,要弄清楚转录因子调控基因差异表达的机理,就必须鉴定出它们全部的靶基因并构建其操纵的转录调控网络。对基因组DNA的序列... 基因差异表达是生物发育和对刺激作出应答的分子基础,转录因子在这种基因差异表达中发挥着重要的调控作用。因此,要弄清楚转录因子调控基因差异表达的机理,就必须鉴定出它们全部的靶基因并构建其操纵的转录调控网络。对基因组DNA的序列特异性结合是转录因子调控基因转录的关键环节,因此,要鉴定转录因子的靶基因,就必须从它们与DNA相互作用的分子水平,鉴定它们能够识别并结合的全部DNA序列,即转录因子DNA结合谱。近年来随着DNA微阵列芯片和高通量DNA测序技术的产生和快速发展,出现了建立转录因子体内及体外DNA结合谱的一系列革命性的新技术,对该领域的研究带来重大影响。这些新技术主要包括建立转录因子体内DNA结合谱的染色质免疫沉淀-芯片技术(ChIP-chip)和染色质免疫沉淀-测序技术(ChIP-Seq),以及建立转录因子体外DNA结合谱的双链DNA微阵列芯片技术(dsDNA microarray)、指数富集配体系统进化-系列分析基因表达技术(SELEX-SAGE)、结合-n-测序技术(Bind-n-Seq)、多重大规模并行SELEX技术(MMP-SELEX)、凝胶迁移实验-测序技术(EMSA-Seq)和高通量测序-荧光配体互作图谱分析技术(HiTS-FLIP)。文章将对这些新技术做一综述。 展开更多
关键词 哺乳动物转录因子 dna结合谱 dna微阵列芯片 高通量dna测序
下载PDF
高通量DNA测序数据的生物信息学方法 被引量:3
17
作者 詹晓娟 姚登举 朱怀球 《大数据》 2016年第2期76-87,共12页
高通量测序技术产生的DNA序列数据长度较短,而且数据量非常巨大。分析了高通量测序环境下大数据的挑战和机遇,总结并讨论了数据压缩、宏基因组数据序列拼接、宏基因组数据序列分析方面的算法和工具等研究成果。最后,展望了高通量测序下... 高通量测序技术产生的DNA序列数据长度较短,而且数据量非常巨大。分析了高通量测序环境下大数据的挑战和机遇,总结并讨论了数据压缩、宏基因组数据序列拼接、宏基因组数据序列分析方面的算法和工具等研究成果。最后,展望了高通量测序下DNA短读序列数据研究的发展趋势。 展开更多
关键词 高通量dna测序 生物信息学 短读序列数据压缩 短读序列数据拼接 短读序列数据分析
下载PDF
池塘养殖尾水经稻田生态工程净化后的浮游细菌群落特征 被引量:2
18
作者 陶玲 李晓丽 +1 位作者 朱建强 李谷 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2017年第1期71-77,共7页
为利用稻田生态工程对精养池塘尾水进行循环利用,采用Illumina Mi Seq第二代测序技术比较分析了稻田生态工程进出水中浮游细菌群落结构和多样性差异,以探讨稻田生态工程净化回用水中浮游细菌群落变化对池塘养殖的影响。结果显示,稻田生... 为利用稻田生态工程对精养池塘尾水进行循环利用,采用Illumina Mi Seq第二代测序技术比较分析了稻田生态工程进出水中浮游细菌群落结构和多样性差异,以探讨稻田生态工程净化回用水中浮游细菌群落变化对池塘养殖的影响。结果显示,稻田生态工程进出水中优势浮游细菌在门水平上的组成相同,均为蓝细菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。但优势门类的相对丰度发生变化,蓝细菌门的相对丰度由进水中的46.72%显著降低至表面流出水中的41.82%和渗流出水中的34.77%;而放线菌门的相对丰度由3.90%增加至表面流出水中的5.65%和渗流出水中的6.45%。属水平上优势浮游细菌组成也相同,但微囊藻属(Microcystis)的相对丰度由0.83%显著降低至渗流出水中的0.46%(P<0.05)。另外,稻田生态工程表面流出水中浮游细菌物种丰富度指数(Chao 1)显著提高,渗流出水中Shannon多样性指数显著提高,且Simpson指数显著降低(P<0.05)。 展开更多
关键词 池塘养殖 生态工程 稻田 浮游细菌 高通量测序
下载PDF
高通量DNA测序技术在抗体新药研发中的应用 被引量:1
19
作者 余馨 刘启刚 王明蓉 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期322-331,258,共10页
自2005年首次报道了一种基于微乳液PCR技术的高通量DNA测序技术(high-throughput DNA se-quencing technology)以来,高通量DNA测序平台已经发展为基因组和各种基因文库序列检测的强大工具。大容量的抗体基因库是目前获得抗体新药的基础... 自2005年首次报道了一种基于微乳液PCR技术的高通量DNA测序技术(high-throughput DNA se-quencing technology)以来,高通量DNA测序平台已经发展为基因组和各种基因文库序列检测的强大工具。大容量的抗体基因库是目前获得抗体新药的基础,高通量DNA测序技术为从海量的抗体基因库中快速发现功能抗体分子提供了可能。本文就近几年高通量DNA测序技术在抗体基因库的多样性分析,抗体CDR3区的高通量测序、频率分析、功能基因发现及各种展示技术与高通量DNA测序技术的对接应用等方面进行了综述,以期为抗体新药的研发提供一条新的技术路线。 展开更多
关键词 高通量dna测序技术 单链抗体库 抗体多样性 抗体CDR区 抗体新药
原文传递
一例UBE3A基因移码变异所致Angelman综合征的临床特征和遗传学分析 被引量:1
20
作者 高在芬 律玉强 +5 位作者 张开慧 高敏 马健 王东 盖中涛 刘毅 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第10期1120-1123,共4页
目的对1例临床表现为发育迟缓、癫痫的患儿进行临床和遗传学分析。方法对患儿进行临床和实验室检查,抽取患儿及其父母的外周血,应用高通量测序技术对患儿进行全外显子基因变异检测,并对疑似致病性变异进行患儿及其父母的Sanger测序验证... 目的对1例临床表现为发育迟缓、癫痫的患儿进行临床和遗传学分析。方法对患儿进行临床和实验室检查,抽取患儿及其父母的外周血,应用高通量测序技术对患儿进行全外显子基因变异检测,并对疑似致病性变异进行患儿及其父母的Sanger测序验证及生物信息学分析。结果基因检测结果显示患儿的UBE3A基因存在c.1470delA(p.V491Ffs*6)杂合变异,父母均未携带此杂合变异,为新生变异。结论UBE3A基因c.1470delA(p.V491Ffs*6)杂合变异为患儿的遗传学病因。 展开更多
关键词 ANGELMAN综合征 UBE3A基因 高通量测序技术 发育迟缓 癫痫
原文传递
上一页 1 2 下一页 到第
使用帮助 返回顶部