微量酶联杂交法定量检测HBV基因竞争PCR扩增产物 被引量：14

1

作者 缪晓辉 戚中田 孔宪涛 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期101-104,共4页

目的　建立一种简便、敏感、精确的微反应板酶联杂交技术 ,以鉴定HBV基因的竞争PCR扩增产物。方法　设计了两种捕获探针 ,能分别与竞争PCR扩增产物中的野生片段和突变片段杂交。捕获探针通过 3′ 端修饰的氨基与微量DNA结合板孔表面的NO... 目的　建立一种简便、敏感、精确的微反应板酶联杂交技术 ,以鉴定HBV基因的竞争PCR扩增产物。方法　设计了两种捕获探针 ,能分别与竞争PCR扩增产物中的野生片段和突变片段杂交。捕获探针通过 3′ 端修饰的氨基与微量DNA结合板孔表面的NOS基团化学结合而被“竖直”地包被在反应板上 ;将热变性后的产物加入两种捕获探针反应孔内 ,产物中带有生物素的野生或突变片段的一条单链与相应的捕获探针杂交 ;最后用链亲和素 碱性磷酸酶及底物检测杂交信号。结果　该方法检测PCR产物DNA的灵敏度为 80ng/ml,大于琼脂糖凝胶电泳染色鉴定法。获得野生片段和突变片段杂交信号值后 ,可根据公式计算扩增前野生模板的初始量。结论　本方法操作简单、灵敏度高、结果数据化、特异性强 ,适用于竞争PCR产物分析。 展开更多

关键词 酶联杂交 联合酶链反应 基因定量 乙型肝炎病毒

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家蝇溶菌酶2基因的克隆及其性质研究 被引量：10

2

作者 郑立 李娟 +1 位作者 郭亚伟 柳峰松 《四川动物》 CSCD 北大核心 2011年第5期705-710,F0002,共7页

溶菌酶(lysozyme)作为抗菌肽重要一员,在昆虫先天免疫系统中起着重要作用。本文通过家蝇EST序列筛选并结合RACE技术克隆了家蝇Musca domestica的lysozyme2基因(Md-lysozyme 2,MdL2)全长516bp的cDNA序列。MdL2包含429bp的开放阅读框,编码... 溶菌酶(lysozyme)作为抗菌肽重要一员,在昆虫先天免疫系统中起着重要作用。本文通过家蝇EST序列筛选并结合RACE技术克隆了家蝇Musca domestica的lysozyme2基因(Md-lysozyme 2,MdL2)全长516bp的cDNA序列。MdL2包含429bp的开放阅读框,编码142个氨基酸残基,推导的氨基酸序列N端包括20个氨基酸残基的信号肽,成熟肽由122个氨基酸残基组成,理论分子量为13.89kD,理论等电点为6.45,有8个半胱氨酸组成4对分子内二硫键。实时荧光定量PCR结果显示大肠杆菌和金黄色葡萄球菌分别刺激后,家蝇幼虫体内MdL2基因的表达模式发生了非常相似的变化。在刺激3～12h表达下调,12～24h出现一个短暂的恢复,在刺激24h后表达又开始下调。不同组织定量PCR结果表明MdL2表达量在肠和血细胞中较高,而在表皮和脂肪体中较低。MdL2成熟肽编码序列被克隆入pET-DsbA表达载体,并转化大肠杆菌后得到高效表达。 展开更多

关键词 家蝇 家蝇溶菌酶2 基因克隆 基因定量 重组表达

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乳山长牡蛎(Crassostrea gigas)的抗性基因表达和生存环境的季节差异 被引量：5

3

作者 魏钰恒 潘英 +4 位作者 刘圣 谭林涛 张国范 李莉 黄宝玉 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期601-608,共8页

长牡蛎(Crassostrea gigas)是我国重要的海水养殖贝类,近年其大规模死亡现象频繁发生。为了解长牡蛎的免疫基因在季节上的表达模式变化规律及死亡爆发高峰期的水环境情况,在其主养区山东乳山进行了相关研究。分别在2018年1、3、5—9月... 长牡蛎(Crassostrea gigas)是我国重要的海水养殖贝类,近年其大规模死亡现象频繁发生。为了解长牡蛎的免疫基因在季节上的表达模式变化规律及死亡爆发高峰期的水环境情况,在其主养区山东乳山进行了相关研究。分别在2018年1、3、5—9月对该地区牡蛎鳃样品做了免疫基因定量分析,在6、7、9月对养殖海域的环境因子(水温、盐度、pH、溶解氧)、各时间点水体里的浮游植物数量及各采样点牡蛎条件指数的变化进行了研究。结果显示,HSP70在7月份高表达,其余5个抗性相关基因在8月表达水平达到峰值。在测量的三个月中,7月水温最高,6月和9月水温略低于7月,这一结果和表达模式相关。研究表明近岸的藻类丰度更大。因此,温度是影响长牡蛎存活的各环境因子中的主要因素,温度显著影响到体内抗性基因的表达情况并且间接影响到夏季牡蛎的条件指数。 展开更多

关键词 长牡蛎(Crassostrea gigas) 季节变化 基因定量 养殖环境

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建立PCR-ELISA定量检测HBVDNA的技术 被引量：4

4

作者 缪晓辉 孔宪涛 戚中田 《肝脏》 2000年第4期216-218,共3页

目的　建立一种敏感、特异和精确的乙型肝炎病毒基因PCR及其产物酶联杂交定量分析技术。方法　制备了一种与野生扩增片段等长的PCR内参照 ;设计了一对HBV基因组S区基因扩增引物 ,上游引物的 5′ 端用生物素修饰 ,可同时扩增长为 319bp... 目的　建立一种敏感、特异和精确的乙型肝炎病毒基因PCR及其产物酶联杂交定量分析技术。方法　制备了一种与野生扩增片段等长的PCR内参照 ;设计了一对HBV基因组S区基因扩增引物 ,上游引物的 5′ 端用生物素修饰 ,可同时扩增长为 319bp的野生和内参照片段。两套捕获探针可分别与竞争PCR产物中的野生片段和突变片段杂交。在同一反应管内 ,加入已知量内参照及待测HBVDNA标本 ,进行PCR扩增 ,然后用酶联杂交法进行产物分析。根据Clementi等介绍的公式计算待测标本中的HBVDNA含量。结果　灵敏度达到 10 -3fmol/L。在该法中 ,由于有PCR过程中的特异引物及酶联杂交过程的特异探针两个环节的限制 ,因此具有很高的特异性。结论　竞争PCR及其产物酶联杂交定量法是一种相对精确、灵敏度很高和特异性较强的HBV基因全定量测定技术 ,优于外参照法及其它产物定量法。 展开更多

关键词 PCR-ELISA 诊断 乙型肝炎 HBV-DNA

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双内标PCR-ELISA定量检测技术的建立 被引量：4

5

作者 邱育淼 黄义德 张彦定 《第四军医大学学报》 CAS 北大核心 2007年第7期666-669,共4页

目的:建立双内标PCR-ELISA定量检测方法,并进行标定评价.方法:制备了两种与HIV-1野生扩增片段等长的PCR内参照HS和LS,设计了一对HIV-1基因组gag区基因扩增引物,下游引物的5′端用地高辛修饰,可同时扩增115bp左右的野生型和两种内参照片... 目的:建立双内标PCR-ELISA定量检测方法,并进行标定评价.方法:制备了两种与HIV-1野生扩增片段等长的PCR内参照HS和LS,设计了一对HIV-1基因组gag区基因扩增引物,下游引物的5′端用地高辛修饰,可同时扩增115bp左右的野生型和两种内参照片段.设计三套捕获探针,其5′端用生物素(Biotin)修饰,可分别与竞争PCR产物中的野生片段和两种突变型片段杂交.同一反应管内,加入已知量但不同浓度的两种内参照及待测HIV-1DNA标准品,它们将以相同的效率在同一个PCR管内被同时扩增并标记,酶联杂交法进行产物分析,结果用公式计算得出每单位体积待测标本中HIV-1的DNA含量.结果:公式计算出的HIV-1拷贝数与实验加入的HIV-1拷贝数这两组变量具有良好的线性关系,相关系数0.9998,批内变异系数9.48%,结果误差平均在12.58%,无非特异性扩增.结论:建立了双内标PCR-ELISA定量检测方法,该方法具有特异、灵敏、成本低等特点,利于在临床实验上推广. 展开更多

关键词 聚合酶链反应 酶联免疫吸附测定 基因定量 HIV-1

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深海生物原位实验与生态监测研究进展 被引量：3

6

作者 王勇 郑鹏飞 +5 位作者 贺丽生 李俊 陈俊 高兆明 李文莉 张艾群 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期543-553,共11页

深海在黑暗、高静水压、低温(黑烟囱等热液系统除外)和寡营养的极端环境下形成了特殊的生境。对深海生物/微生物的研究,不仅可以揭示各种深海生物的生理代谢特性和动态变化规律,而且有助于深海生物资源的开发利用,特别是深海微生物碳循... 深海在黑暗、高静水压、低温(黑烟囱等热液系统除外)和寡营养的极端环境下形成了特殊的生境。对深海生物/微生物的研究,不仅可以揭示各种深海生物的生理代谢特性和动态变化规律,而且有助于深海生物资源的开发利用,特别是深海微生物碳循环机制的相关研究可为全球实现碳中和目标提供新的路线图。研究深海生物的首要条件是获得大量保持原位特性的样本,然而传统深海采样手段的局限可能导致深海相关研究结果无法反映深海环境下真实的生命过程,亟需发展满足深海生物原位研究的采样方法和生态监测技术。本文对深海生物研究现状,相关科学问题和原位组学研究进展,以及原位生态监测装备研发和应用进行综述,并对深海原位生物实验室进行了展望。 展开更多

关键词 海洋生物学 新陈代谢 基因定量 核酸提取 分子检测 自动化装备

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血清HBeAg阴性HBV感染者病毒含量与基因突变的临床关系 被引量：3

7

作者 李玉生 吕其军 +3 位作者 李淑霞 田永刚 王剂红 史永军 《华西医学》 CAS 2003年第3期349-351,共3页

目的 :了解HBV感染者血清HBeAg阴转后HBVDNA含量与C基因启动子 (basalcorepromoter,BCP)和C基因 (pre-core/core ,preC/C)变异的关系。方法 :采用PCR微板核酸杂交方法检测 342例血清HBeAg阴性HBV感染者血清HBVDNA含量及BCP与preC/C基因... 目的 :了解HBV感染者血清HBeAg阴转后HBVDNA含量与C基因启动子 (basalcorepromoter,BCP)和C基因 (pre-core/core ,preC/C)变异的关系。方法 :采用PCR微板核酸杂交方法检测 342例血清HBeAg阴性HBV感染者血清HBVDNA含量及BCP与preC/C基因变异。结果 :在HBsAg/HbcAb/HbeAb和HBsAg/HbcAb感染模式中检测到HBVDNA阳性率为 2 2 8% (36 / 15 8)及 31 6 % (31/ 98)。两者无显著差异 (P >0 0 5 ) ;两种模式中HBVDNA阳性血清的BCP变异检出率分别为 ;6 3 9% (2 3/ 36 )、 5 1 6 % (16 / 31) ;preC/C变异检出率 77 8% (2 8/36 )、 5 8 1% (18/ 31) ;HBVDNA血清浓度平均为 4 9 2± 36 7pg/ml、 5 1 7± 31 5pg/ml,均无显著差异 (P >0 0 5 )。两种基因变异间无相关关系 (P >0 0 5 )。但BCP变异组HBVDNA (6 1 8± 34 1pg/ml)显著高于非变异组 (34 4±2 9 7pg/ml) ;preC/C变异组HBVDNA (5 5 7± 31 5pg/ml)显著高于非变异组 (38 7± 2 4 1pg/ml)。结论 :BCP基因变异与preC/C变异是随机存在于HBeAg转换中 。 展开更多

关键词 血清 HBEAG阴性 HBV感染 病毒 含量 基因突变

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莲种胚在温度胁迫下的逆境生理研究 被引量：2

8

作者 王公达 褚云霞 +2 位作者 徐政 张荻 章毅颖 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期2128-2137,共10页

为明确莲种胚对不同温度胁迫的耐受能力,探索莲种胚细胞在逆境胁迫下的生理响应规律,该研究以成熟莲子为材料,从形态学、抗性生理和抗氧化相关基因表达定量3个层面进行了研究。结果表明:(1)莲子对于高温与超低温具有较好的胁迫耐受能力,... 为明确莲种胚对不同温度胁迫的耐受能力,探索莲种胚细胞在逆境胁迫下的生理响应规律,该研究以成熟莲子为材料,从形态学、抗性生理和抗氧化相关基因表达定量3个层面进行了研究。结果表明:(1)莲子对于高温与超低温具有较好的胁迫耐受能力,经70℃高温与-196℃超低温处理后,其发芽率和种芽长相比对照组无显著变化;80℃及以上的高温处理会使莲种胚吸水萌发迟缓,发芽率降低50%及以上,种芽萌发变慢。(2)高温处理后,莲种胚细胞中抗氧化酶活性随吸水萌发过程呈上升趋势,非酶促抗氧化剂含量下降,细胞膜脂过氧化程度逐渐减轻,质膜完整性有所恢复。(3)高温处理下,莲种胚氧化应激相关基因(DHN Rab18、Cu/Zn SOD、Mn SOD、POD41、POD73、CAT1、GR、APX)积极参与胁迫响应,出现不同程度的上调表达,100℃处理组中DHN Rab18、Cu/Zn SOD、POD41、GR与APX上调表达幅度较大。综上结果认为,莲种胚具有良好的高温与低温胁迫耐受性,在不同温度胁迫下抗氧化系统与抗逆保护类蛋白对维持莲种胚的细胞活力可能发挥重要保护作用。 展开更多

关键词 莲种胚 高温 形态指标 逆境生理 基因定量

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低温短日照诱导五叶草莓成花诱导的机理研究 被引量：1

9

作者 向淅 王思悦 +2 位作者 蒲俊宏 唐雯璐 陈清 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第8期1661-1668,共8页

光周期和温度是影响植物成花诱导的两个主要因素。为研究短日照和低温共同处理对五叶草莓(Fragaria pentaphylla)成花诱导的影响,我们分析了CONSTANS(FpCO)、FLOWERING LOCUS T(FpFT)、LEAFY(FpLFY)、APETALA1(FpAP1)4种重要成花基因在... 光周期和温度是影响植物成花诱导的两个主要因素。为研究短日照和低温共同处理对五叶草莓(Fragaria pentaphylla)成花诱导的影响,我们分析了CONSTANS(FpCO)、FLOWERING LOCUS T(FpFT)、LEAFY(FpLFY)、APETALA1(FpAP1)4种重要成花基因在叶片、茎尖分生组织、果实不同发育阶段以及在低温(15℃)短日照(8 h·d^(-1))下诱导不同时间点的表达情况,同时,剥离处理不同时间点的茎尖进行花芽分化进程的石蜡切片观测。结果表明:FpFT1、FpLFY3、FpCO和FpAP1是草莓中的关键成花因子。FpCO基因于处理28 d后进入表达高峰,随后表达量大幅下降。FpFT1基因自42 d起整体表达量较高,之后虽呈现下降趋势,但维持较高表达水平;FpAP1与FpLFY3基因表达趋势相似,在第6周进入表达高峰,达到高峰后基因表达水平下降;五叶草莓在此条件下处理28 d后启动成花诱导,42 d已完成了由营养生长到生殖生长的转变过程。该结果与切片观察的形态分化过程一致。 展开更多

关键词 五叶草莓 成花基因 生物信息学分析 表达定量 石蜡组织切片

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基于PCR的基因定量方法及方法学评价 被引量：1

10

作者 樊飞 李丽 《分子诊断与治疗杂志》 2011年第2期115-119,共5页

基因定量检测已经成为研究遗传性疾病、感染性疾病以及某些易感基因引起的疾病的重要手段。在过去的几年中已相继出现了一些高效自动的技术方法。目前可用的基因定量方法大致可以分成3类:DNA印迹技术(Southern杂交),细胞遗传学方法和以... 基因定量检测已经成为研究遗传性疾病、感染性疾病以及某些易感基因引起的疾病的重要手段。在过去的几年中已相继出现了一些高效自动的技术方法。目前可用的基因定量方法大致可以分成3类:DNA印迹技术(Southern杂交),细胞遗传学方法和以PCR扩增为基础的基因定量方法。本文对基于PCR的基因定量方法作一综述,并进行方法学评价。 展开更多

关键词 基因定量 PCR 方法学评价

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外源反硝化菌投加对湖水细菌群落的影响 被引量：1

11

作者 杨康 王路逸 +2 位作者 吴泽宇 童蕾 冯亮 《安全与环境工程》 CAS 北大核心 2020年第6期81-87,共7页

反硝化细菌常用于污染水体的治理与修复。为探究好氧反硝化细菌的加入对水体中原位细菌群落的影响,以污染湖泊水环境为研究对象,在湖水中设置3根试验管并分别添加0g、2g、20g地衣芽孢杆菌菌粉,连续取4次水样后,利用基因定量和高通量测... 反硝化细菌常用于污染水体的治理与修复。为探究好氧反硝化细菌的加入对水体中原位细菌群落的影响,以污染湖泊水环境为研究对象,在湖水中设置3根试验管并分别添加0g、2g、20g地衣芽孢杆菌菌粉,连续取4次水样后,利用基因定量和高通量测序技术对湖泊水体细菌群落中的好氧反硝化基因拷贝数和细菌群落组成及代谢功能进行研究。结果表明:好氧反硝化基因napA的拷贝数变化显示,好氧反硝化细菌在湖泊浅层水体中的存活时间为4d左右;添加外源反硝化细菌会降低湖泊水体中原位细菌群落多样性,改变细菌群落结构,其中Gammaproteobacteria的相对丰度与外源反硝化细菌投加量呈正相关,与时间呈负相关,而Betaproteobacteria、Alphaproteobacteria、Acidimicrobiia、Actinobacteria的相对丰度均与外源反硝化细菌投加量呈负相关;投加外源反硝化细菌短时间内可以增强湖泊水体中细菌群落的反硝化能力,但随着时间的延长,原位微生物会恢复其竞争优势。 展开更多

关键词 湖泊污染 外源反硝化细菌 基因定量 群落组成 代谢功能预测

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昆虫RNA-Seq数据的分析流程 被引量：1

12

作者 刘金定 张赞 +1 位作者 黄水清 李飞 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期1458-1468,共11页

随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据... 随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据分析与基因组分析和传统的EST数据分析有所不同。本文通过介绍不同的测序平台、原始数据产生和低质量数据过滤的计算流程,对短序列比对、转录组拼接、功能注释、以及差异表达分析进行了研究和分析,最后对RNA-Seq在昆虫学研究中的应用进行了综述,并对RNA-Seq技术进行了总结和展望。 展开更多

关键词 高通量RNA测序 段序列比对 转录组拼接 基因功能注释 基因表达定量 基因差异表达

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