肿瘤抗原MAGE-3CTL预测表位的计算机分子模拟研究 被引量：4

1

作者 贾正才 吴玉章 万瑛 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第10期937-939,共3页

目的　从理论上分析预测表位与HLA A2分子的结合情况及其为HLA A2限制性CTL表位的可能性。方法　应用计算机分子模拟的方法 ,建立MAGE 3 4个CTL预测表位的HLA A2结合三维结构和各多肽与HLA A2分子所形成复合物的三维结构。结果　 4个预... 目的　从理论上分析预测表位与HLA A2分子的结合情况及其为HLA A2限制性CTL表位的可能性。方法　应用计算机分子模拟的方法 ,建立MAGE 3 4个CTL预测表位的HLA A2结合三维结构和各多肽与HLA A2分子所形成复合物的三维结构。结果　 4个预测表位的三维结构完全符合HLA A2限制性CTL表位的结构要求 ,且都能与HLA A2分子结合。结论　 4个CTL预测表位为HLA 展开更多

关键词 肿瘤抗原 MAGE-3 CTL表位 计算机分子模拟

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肿瘤抗原MAGE3预测CTL表位的合成与鉴定 被引量：2

2

作者 贾正才 吴玉章 +1 位作者 王祥智 周伟 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第10期940-942,共3页

目的　合成并鉴定已预测出的 4个MAGE 3HLA A2限制性CTL表位多肽 ,为后续研究奠定基础。方法　采用固相合成法合成多肽 ,经RP HPLC纯化、纯度分析 ,用质谱进行定性鉴定。结果　 4个合成肽的纯度都在 95 %以上 ,经质谱分析 ,各肽的分子... 目的　合成并鉴定已预测出的 4个MAGE 3HLA A2限制性CTL表位多肽 ,为后续研究奠定基础。方法　采用固相合成法合成多肽 ,经RP HPLC纯化、纯度分析 ,用质谱进行定性鉴定。结果　 4个合成肽的纯度都在 95 %以上 ,经质谱分析 ,各肽的分子量测定值与理论值相符。结论　所得多肽为高纯度的目标肽 。 展开更多

关键词 MAGE-3 固相合成 鉴定 肿瘤抗原 CTL表位

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HLA-A*0201限制性CTL表位定量结构与活性研究 被引量：6

3

作者 梅虎 周原 +1 位作者 廖志华 李志良 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第9期949-952,共4页

采用VHSE氨基酸结构描述子表征HLA-A*0201限制性表位结构,以遗传算法和偏最小二乘相结合(GA-PLS)对102个训练集进行定量构效关系建模.剔除3个异常样本后,据候选模型交互检验及50个外部测试集预测结果,筛选得到最优偏最小二乘模型(A=2),... 采用VHSE氨基酸结构描述子表征HLA-A*0201限制性表位结构,以遗传算法和偏最小二乘相结合(GA-PLS)对102个训练集进行定量构效关系建模.剔除3个异常样本后,据候选模型交互检验及50个外部测试集预测结果,筛选得到最优偏最小二乘模型(A=2),其R2,Q2和Rp2red分别为0.755,0.621和0.680.构效研究显示:CTL表位活性主要与1,2,7,8,9位氨基酸残基疏水、1,2位立体及6位残基电性等性质密切相关. 展开更多

关键词 细胞毒T细胞 表位 定量构效关系 遗传算法 偏最小二乘

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HLA-A^＊0201限制性CTL表位肽的三维定量构效关系的研究 被引量：6

4

作者 林治华 胡勇 吴玉章 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第18期1835-1840,共6页

运用比较分子力场 (CoMFA)和比较分子相似性指数分析 (CoMSIA)方法研究了 5 0个HLA A 0 2 0 1限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系 ,另外 15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力 .结果表明采用CoMSIA得到的构效关系模型 (q2 ... 运用比较分子力场 (CoMFA)和比较分子相似性指数分析 (CoMSIA)方法研究了 5 0个HLA A 0 2 0 1限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系 ,另外 15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力 .结果表明采用CoMSIA得到的构效关系模型 (q2 =0 .62 8,r2 =0 .997,F =840 .419)要明显优于采用CoMFA得到的构效关系模型 .在CoMSIA计算中 ,当引入疏水场时 ,三维构效关系模型得到明显改善 ,通过该三维构效关系模型 ,可较精确地估算预测集中 15个CTL表位肽与HLA A 0 2 0 1间的亲和力 (r2pred=0 .743 ) .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽与HLA A 0 2 0 1间结合亲和力的影响 ,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础 . 展开更多

关键词 细胞毒性T淋巴细胞 肿瘤免疫学 HLA CTL表位肽 结构 亲和性 三维定量构效关系 比较分子力场 比较分子相似性指数分析

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人乳头瘤病毒16型E7抗原细胞毒性T细胞预测表位的分子模拟研究 被引量：1

5

作者 徐云升 郝飞 +2 位作者 耿淼 叶庆佾 钟白玉 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第9期545-547,共3页

对人乳头瘤病毒(HPV)16型E7抗原的预测表位从理论上分析其与HLA-A2分子结合的情况,推测成为HLA-A2限制性表位的可能性。通过计算机分子模拟,确立各表位及其与HLA-A2分子结合形成复合物的模拟结构。结果发现,各表位的三维结构符合HLA-A2... 对人乳头瘤病毒(HPV)16型E7抗原的预测表位从理论上分析其与HLA-A2分子结合的情况,推测成为HLA-A2限制性表位的可能性。通过计算机分子模拟,确立各表位及其与HLA-A2分子结合形成复合物的模拟结构。结果发现,各表位的三维结构符合HLA-A2限制性细胞毒性T细胞(CTL)表位的结构要求,能较好地与HLA-A2分子结合。根据分子模拟提供的理论支持,各预测表位均符合要求,提示可在后续实验中进行表位合成、筛选、鉴定和多肽疫苗的研制。 展开更多

关键词 人乳头瘤病毒 E7抗原 细胞毒性T细胞表位 分子模拟

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联合表位肽诱导HLA-A2^+人PBMC产生抗原特异性CTL及杀伤活性研究 被引量：2

6

作者 张秀敏 隋延仿 +5 位作者 司少艳 胡沛臻 黄杨 葛伟 李侠 马斌 《现代肿瘤医学》 CAS 2006年第8期913-916,共4页

目的:探讨MAGE-3,MAGE-n抗原表位体外联合诱导的CTL,并研究其特异性杀伤活性。方法:候选抗原表位以固相多肽合成技术合成,并用HPLC进行纯化,质谱法(MS)鉴定,以流式细胞仪筛选HLA-A2+人外周血PBMC,T2细胞负载抗原肽反复刺激活化诱导抗原... 目的:探讨MAGE-3,MAGE-n抗原表位体外联合诱导的CTL,并研究其特异性杀伤活性。方法:候选抗原表位以固相多肽合成技术合成,并用HPLC进行纯化,质谱法(MS)鉴定,以流式细胞仪筛选HLA-A2+人外周血PBMC,T2细胞负载抗原肽反复刺激活化诱导抗原特异性CTL,LDH检测其杀伤活性。结果:联合表位肽体外刺激人PBMC,能够较强地诱导抗原特异性CTL并产生特异性杀伤。结论:MAGE-3与MAGE-n的HLA-A2限制性CTL表位肽的联合应用能够产生较强的体外抗肿瘤免疫反应。 展开更多

关键词 肿瘤抗原 MAGE-3 MAGE-N 细胞毒性T淋巴细胞 表位

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妊娠期特异性beta1糖蛋白9 HLA-A3限制性细胞毒性T淋巴细胞表位的鉴定 被引量：2

7

作者 李璐 高艳锋 祁元明 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2011年第2期176-179,共4页

目的:鉴定来自食管癌细胞中特异性高表达的妊娠期特异性beta1糖蛋白9(PSG9)的HLA-A3限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位。方法:首先运用RT-PCR方法检测PSG9mRNA在食管癌细胞EC9706、EC-1及EC-109中的表达情况。然后通过Bimas和Syfpeithi... 目的:鉴定来自食管癌细胞中特异性高表达的妊娠期特异性beta1糖蛋白9(PSG9)的HLA-A3限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位。方法:首先运用RT-PCR方法检测PSG9mRNA在食管癌细胞EC9706、EC-1及EC-109中的表达情况。然后通过Bimas和Syfpeithi预测,再结合NetCTL1.2选取4条来源于PSG9的HLA-A3限制性的表位。候选表位P336的2位的氨基酸由异亮氨酸替换为亮氨酸,9位的氨基酸由酪氨酸替换为赖氨酸。候选表位P378的9位氨基酸由精氨酸替换为赖氨酸。候选表位通过标准的Fmoc化学法合成,通过结合力实验检测表位与T2A3细胞表面HLA-A3分子的结合力水平,通过细胞毒实验检测对EC-1细胞毒活性。结果:PSG9在肿瘤细胞EC9706、EC-1以及EC-109中都有表达。候选表位P107、P201和P336-2L9K与HLA-A3分子有弱结合力,P336、P378和P378-9K与HLA-A3分子有中等结合力。细胞毒实验结果显示P336-2L9K、P378和P378-9K对EC-1细胞均有一定的杀伤作用。结论:多肽P336-2L9K、P378和P378-9K能诱导体外抗肿瘤免疫反应,有可能成为PSG9阳性肿瘤细胞的共同CTL表位。 展开更多

关键词 妊娠期特异性betal糖蛋白9 细胞毒性T淋巴细胞 HLA-A3 表位

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KLIANNTRV是结核抗原Ag85A的HLA-A*0201限制性CTL表位 被引量：2

8

作者 陈燕 娄加陶 +5 位作者 吴传勇 周晔 陈波 蒋天舒 仲人前 邓安梅 《现代检验医学杂志》 CAS 2007年第5期1-3,共3页

目的鉴定结核杆菌抗原Ag85A的HLA-A*0201限制性CTL优势表位。方法采用数据库SYFPEITHI初步预测结核抗原Ag85A的HLA-A*0201限制性CTL表位;经流式细胞术分析抗原肽与HLA-A*0201的亲和力;经时间荧光分辨法检测患者外周血单个核细胞(PBMCs)... 目的鉴定结核杆菌抗原Ag85A的HLA-A*0201限制性CTL优势表位。方法采用数据库SYFPEITHI初步预测结核抗原Ag85A的HLA-A*0201限制性CTL表位;经流式细胞术分析抗原肽与HLA-A*0201的亲和力;经时间荧光分辨法检测患者外周血单个核细胞(PBMCs)对抗原肽的增殖反应;最后通过细胞毒实验逐步鉴定Ag85A的HLA-A*0201限制性CTL预测的表位。结果实验证明,预测的位于Ag85A氨基酸序列(242-250aa)的肽表位与HLA-A*0201具有较高的亲和力。结论筛选出的KLIANNTRV(242-250aa)是结核杆菌抗原Ag85A的HLA-A*0201限制性CTL优势表位。 展开更多

关键词 结核杆菌 AG85A CTL表位 预测 鉴定

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隐球菌抗原MP98的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位的预测及鉴定 被引量：2

9

作者 谷明莉 邓安梅 +5 位作者 周晔 陈燕 陈波 仲人前 温海 陈孙孝 《现代检验医学杂志》 CAS 2008年第2期1-4,共4页

目的鉴定隐球菌抗原MP98中的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位。方法应用数据库SYFPEITHI预测隐球菌MP98中可能存在的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位,经流式细胞术分析各抗原肽与HLA-A*0201的亲合力,经时间分辨荧光法检测外周血单个核细胞(PBM... 目的鉴定隐球菌抗原MP98中的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位。方法应用数据库SYFPEITHI预测隐球菌MP98中可能存在的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位,经流式细胞术分析各抗原肽与HLA-A*0201的亲合力,经时间分辨荧光法检测外周血单个核细胞(PBMCs)对各抗原肽产生的增殖反应,经细胞毒性实验研究各抗原肽诱导的特异性T细胞的细胞毒杀伤活性,逐步鉴定MP98的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位。结果位于MP98氨基酸序列肽5(436-444aa)与HLA-A*0201分子具有较高的亲合力,并都能刺激HLA-A*0201阳性个体者PBMC增殖,并诱导产生具有特异性杀伤活性的CTL。结论肽5GMFDGLSGV(436-444aa)是MP98上HLA-A*0201限制性CD8+CTL的优势表位,可作为隐球菌疫苗设计的候选表位。 展开更多

关键词 隐球菌 细胞毒性T细胞 抗原表位 疫苗

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MUC4HLA-A*0201限制性CTL表位的预测及结合力分析 被引量：1

10

作者 陈建敏 高文涛 +4 位作者 朱毅 徐泽宽 钱祝银 戴存才 苗毅 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期513-515,共3页

目的:寻找并鉴定MUC4HLA-A0201限制性细胞毒性T细胞(CTL)表位。方法:结合2种常用表位预测数据库(SYFPEITHI和ProPred-I)和工具,应用多种参数和方法进行综合分析,包括MHC结合力、蛋白酶体切割位点等综合预测方法。预测得到的抗原表位合... 目的:寻找并鉴定MUC4HLA-A0201限制性细胞毒性T细胞(CTL)表位。方法:结合2种常用表位预测数据库(SYFPEITHI和ProPred-I)和工具,应用多种参数和方法进行综合分析,包括MHC结合力、蛋白酶体切割位点等综合预测方法。预测得到的抗原表位合成相应抗原肽。用T2细胞株测定各肽与HLA-A0201分子的亲和力。结果:综合分析预测得到HLA-A0201的5个可能表位;合成抗原肽经纯化后纯度>95%;在5个候选表位肽中,LLLGVGTFV(1125-33)和LLGVGTFVV(1126-34)2个九肽与HLA-A0201的结合力较强。结论:多参数表位预测结果和结合力分析实验结果一致性较好,两者联合应用初步认为LLLGVGTFV(1125-33)和LLGVGTFVV(1126-34)2个九肽为MUC4HLA-A0201限制性CTL表位的可能性最大。 展开更多

关键词 MUC4 细胞毒性T淋巴细胞 表位 胰腺癌

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慢性乙型肝炎病毒感染者HBcAg特异性细胞毒性T细胞克隆的建立 被引量：1

11

作者 何长伦 王寿明 +2 位作者 郑纪山 张益红 唐雨德 《实用肝脏病杂志》 CAS 2010年第2期85-88,共4页

目的建立HLA-A*2402限制的HBcAg特异性CTL细胞克隆。方法取HLA-A*2402阳性的慢性HBV感染者的PBMC,用限制性表位肽(HBV core117-125,EYLVSFGVW)和重组HBcAg刺激,并以有限稀释法对活化的T细胞进行克隆化,用免疫荧光染色、流式细胞术以及... 目的建立HLA-A*2402限制的HBcAg特异性CTL细胞克隆。方法取HLA-A*2402阳性的慢性HBV感染者的PBMC,用限制性表位肽(HBV core117-125,EYLVSFGVW)和重组HBcAg刺激,并以有限稀释法对活化的T细胞进行克隆化,用免疫荧光染色、流式细胞术以及乳酸脱氢酶释放实验对所获克隆进行鉴定。结果PBMC经表位肽激活后,特异性细胞毒活性达到43.7%;从活化细胞获得11株T细胞克隆;除2株是CD4+T细胞克隆外,其余9株为CD8+T细胞克隆,其中2株为Tc1,3株为Tc2和4株为Tc0。9株CD8+T克隆在效/靶比例为2.5:1时均具有HBcAg特异性靶细胞溶解活性(33.9%～90.2%)。结论用HBVcore117-125能激活HLA-A*2402阳性的慢性HBV感染者外周血CD8+T细胞,随之建立的9株CD8+T克隆均具有HBcAg表位特异性细胞毒活性。 展开更多

关键词 慢性乙型肝炎 细胞毒T细胞 细胞克隆 表位

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LRRC15来源HLA-A2.1限制性CTL表位肽鉴定及其抗乳腺癌效应评价

12

作者 汤海潮 刘雯思 于兆进 《国际免疫学杂志》 CAS 2022年第5期441-448,共8页

目的鉴定富含亮氨酸重复蛋白15(leucine-rich repeat-containing protein-15,LRRC15)来源的优势细胞毒性T淋巴细胞(cytosolic T lymphocyte,CTL)表位肽,并验证其诱导CTL特异性抗乳腺癌免疫效应。方法收集中国医科大学附属第一医院乳腺... 目的鉴定富含亮氨酸重复蛋白15(leucine-rich repeat-containing protein-15,LRRC15)来源的优势细胞毒性T淋巴细胞(cytosolic T lymphocyte,CTL)表位肽,并验证其诱导CTL特异性抗乳腺癌免疫效应。方法收集中国医科大学附属第一医院乳腺癌外科自2010年1月至2010年7月经手术病理证实的乳腺癌组织及正常组织各30例。利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和免疫组化方法评估LRRC15在乳腺癌中表达情况。利用免疫表位数据库(Immune Epitope Database and Analysis Resource,IEDB)联合SYFPEITHI数据库预测LRRC15蛋白序列中HLA-A2.1限定性CTL表位肽。利用分子对接软件MOE、T2亲和力实验和荧光共聚焦技术确认候选CTL表位肽与HLA-A2.1分子亲和性。利用酶联免疫斑点实验(enzyme-linked immunospot assay,ELISPOT)以及流式细胞术检测CTL表位肽免疫活性。利用钙黄素和Dil标记乳腺癌细胞评价CTL表位肽诱导的杀伤效应。建立乳腺癌移植瘤模型进行免疫回输,在体内评估CTL表位肽诱导的抗肿瘤效应。结果相比于正常组织,LRRC15 mRNA在乳腺癌组织中表达水平明显增高,组间差异有统计学意义[(4.00±1.57)比(1.31±0.72),Z=14.85,P<0.05];LRRC15 mRNA表达与CD8+T细胞浸润呈显著正相关性(r=0.20,P<0.001)。LRRC15蛋白在乳腺癌组织中呈现高表达,可作为乳腺癌潜在靶点。在筛选得到的3条候选CTL表位肽中,L2与HLA-A2.1分子具有最高亲和力(FI=2.490)。与阴性肽组相比,L2能够明显提升CD8+T细胞亚群比例(27.70%比45.50%),L2负载的树突状细胞(dendritic cells,DCs)能够明显提升CD8+T细胞分泌干扰素(interferon,IFN)-γ的水平(50.20%比74.90%)。在最高效靶比时,L2诱导的效应细胞对乳腺癌细胞系MDA-MB-231的杀伤效应明显高于阴性肽对照组,组间差异有统计学意义[(19.30±2.20)%比(8.60±1.40)%,t=1.45,P<0.05],但对乳腺上皮细胞MCF-10A无杀伤效应(P>0.05)。L2负载DCs诱导的CTL细胞对2例乳腺癌� 展开更多

关键词 乳腺癌 毒性T淋巴细胞表位肽 富含亮氨酸重复蛋白15 肿瘤免疫治疗

原文传递

人肿瘤增殖细胞核抗原HLA—Ⅰ类分子限制性细胞毒性T淋巴细胞表位的多参数预测 被引量：1

13

作者 宋文哲 郑骏年 +6 位作者 郭萌 徐为 张宝福 刘俊杰 李望 刘斌 裴冬生 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期924-926,共3页

目的预测人增殖细胞核抗原（PCNA）的HLA—Ⅰ类分子限制性细胞毒T淋巴细胞（CTL）表位。方法使用基于矩阵法预测表位的BIMAS和SYFPEITHI数据库，以及基于蛋白体酶切割位点预测表位的PAProC数据库，对人肿瘤PCNA抗原的CTL表位综合评分。... 目的预测人增殖细胞核抗原（PCNA）的HLA—Ⅰ类分子限制性细胞毒T淋巴细胞（CTL）表位。方法使用基于矩阵法预测表位的BIMAS和SYFPEITHI数据库，以及基于蛋白体酶切割位点预测表位的PAProC数据库，对人肿瘤PCNA抗原的CTL表位综合评分。结果得到针对HLA-A0201的位于PCNA氨基酸序列228～236（SMSADVPLV，分值为447633．595）和22～30（LINEACWDI，分值为127966．779）位置的两个可能表位；针对HLA—A24的位于113～121（DYEMKLMDL，分值为563994．9）和143．151（EFARICRDL，分值为40540．7）的两个可能表位；针对HLA—A1101的位于72～80（LTSMSKILK，分值为1334．2680）和232～240（DVPLVVEYK，分值为736．9236）的两个可能表位。结论实验提供了肿瘤抗原表位的多参数预测方法，为应用PCNA肽表位制备肿瘤疫苗奠定了基础。 展开更多

关键词 增殖细胞核抗原 肿瘤疫苗 细胞毒T淋巴细胞 表位

原文传递

HPV16E711-20配体抗肿瘤免疫的作用 被引量：1

14

作者 徐云升 欧荣英 +3 位作者 张文淼 张学奇 李秉煦 蔡剑峰 《中国皮肤性病学杂志》 CAS 北大核心 2011年第3期171-173,共3页

目的比较HPV16型E7抗原CTL表位E711-20(YMLDLQPETT)与其修饰多肽配体APL(YLLDLQPE-VT)诱发特异CTL免疫应答的能力和抗肿瘤免疫治疗的作用。观察E711-20及其APL的小鼠TC-1细胞肿瘤免除率、存活时间与荷瘤小鼠的肿瘤体积变化,了解其预防... 目的比较HPV16型E7抗原CTL表位E711-20(YMLDLQPETT)与其修饰多肽配体APL(YLLDLQPE-VT)诱发特异CTL免疫应答的能力和抗肿瘤免疫治疗的作用。观察E711-20及其APL的小鼠TC-1细胞肿瘤免除率、存活时间与荷瘤小鼠的肿瘤体积变化,了解其预防和治疗效果。方法以E711-20及其修饰多肽配体(APL)免疫C57BL/6小鼠,测定免疫后小鼠脾淋巴细胞的增殖指数;用LDH释放试验检测免疫后小鼠脾淋巴细胞的CTL杀伤活性。结果脾细胞增殖实验中,3组增殖指数如下:IFA+APL组2.42±0.38,IFA+E711-20组1.68±0.32,IFA组1.07±0.22;CTL杀伤效应实验中,3组靶细胞溶破率(%)如下:IFA+APL组54.21±0.12,IFA+E711-20组62.33±0.46,IFA组0.88±0.07;IFA组肿瘤免除率为0,IFA+E711-20组肿瘤免除率为40%,IFA+APL组肿瘤免除率为80%;荷瘤小鼠中,对照组IFA肿瘤体积迅速增大,E711-20和APL组的肿瘤生长速度较慢。APL免疫诱导的小鼠脾淋巴细胞,其CTL杀伤活性和增殖能力强于E711-20;APL对TC-1肿瘤细胞的预防和治疗效果优于E711-20。结论 APL诱导特异性抗肿瘤免疫应答的能力和抗肿瘤效果优于E711-20,可能为针对HPV16E7抗原的肽疫苗分子设计提供理想的CTL表位。 展开更多

关键词 人类乳头瘤病毒 修饰多肽配体 T淋巴细胞 细胞毒性 表位

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应用独立成分分析方法预测CTL表位

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作者 董素梅 宋哲 +2 位作者 刘涛 朱鸣华 刘伟 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第18期1821-1828,共8页

基于独立成分分析方法分别采用3 z-scale和5 z-scale氨基酸结构描述符,建立了抗原肽与MHC分子(major histocompatibility complex,MHC)相互作用结合的定量构效关系模型.该两个模型训练集样本数是316,预测集样本数是786.结果表明:3z-scal... 基于独立成分分析方法分别采用3 z-scale和5 z-scale氨基酸结构描述符,建立了抗原肽与MHC分子(major histocompatibility complex,MHC)相互作用结合的定量构效关系模型.该两个模型训练集样本数是316,预测集样本数是786.结果表明:3z-scale模型的预测准确度和AUC值分别为70.3%,0.70;5 z-scale模型的预测准确度和AUC值分别为70.9%,0.79.本文建立CTL表位预测模型对进一步了解抗原肽与MHCI类分子相互作用机理具有一定的帮助. 展开更多

关键词 CTL表位 独立成分分析 氨基酸描述符 定量构效关系

原文传递

HLA-A^＊0201限制性CTL表位肽分子力场分析

16

作者 林治华 王槐亮 +3 位作者 李杰 龙海霞 万谨 王远强 《重庆工学院学报》 2007年第7期1-7,共7页

运用比较相似性指数分析(CoMISA)方法研究了203个HLA-A*0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外30个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力.得到构效关系模型结果q2=0.548,r2=0.963,F=553.4,SD=0.154.在CoMSIA计算中,当引... 运用比较相似性指数分析(CoMISA)方法研究了203个HLA-A*0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外30个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力.得到构效关系模型结果q2=0.548,r2=0.963,F=553.4,SD=0.154.在CoMSIA计算中,当引入疏水场时,三维构效关系模型能得到明显改善.通过该三维构效关系模型,可较精确地估算预测集中30个CTL表位肽与HLA-A*0201间的亲和力(r2pred=0.532,SD=0.454).通过分析分子场等值面图在空间的分布,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽H与A-A*0201间结合亲和力的影响,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造,并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础. 展开更多

关键词 细胞毒性T淋巴细胞(CTL) 表位 肽 CoMISA

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HIV-1准种变化与人类白细胞抗原限制性细胞毒性T淋巴细胞表位的相关性研究

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作者 黄广宇 毛青 +5 位作者 邓国宏 兰林 李俊刚 蒋黎 周吉军 王宇明 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期814-816,共3页

目的研究HIV-1准种变化与人类白细胞抗原(human leucocyte antigen,HLA)限制性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic Tlymphocyte,CTL)表位的相关性。方法从2对母婴传播HIV-1感染者血清内提取HIV-1核酸,进行逆转录-套式PCR(RT-nested PCR)扩增,... 目的研究HIV-1准种变化与人类白细胞抗原(human leucocyte antigen,HLA)限制性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic Tlymphocyte,CTL)表位的相关性。方法从2对母婴传播HIV-1感染者血清内提取HIV-1核酸,进行逆转录-套式PCR(RT-nested PCR)扩增,产物克隆后,挑选阳性克隆行CSGE分析,对优势和劣势准种进行克隆测序分析,对氨基酸序列中可能的CTL表位进行分析。结果第1对感染的母子:母亲YJ体内存在的CTL表位在其54d的女儿WYF体内都存在,而WYF体内存在1株突变准种,其CTL表位在YJ体内不存在;第2对感染的母子:母亲CM和其12个月的儿子ZDB体内HIV-1env准种无相同的CTL表位。结论HIV-1在改变宿主后,随着时间的延长,HIV-1突变准种所导致HLA限制性CTL表位发生改变的概率增大。 展开更多

关键词 HIV-1 准种 CTL 表位

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乳腺癌相关抗原ROR1 H-2Kd限制性CTL表位预测及初步鉴定

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作者 马天明 张娜 +3 位作者 郑维萍 陈黎 唐俐 苏新良 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期168-171,共4页

目的:预测并鉴定乳腺癌相关抗原受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(receptor tyrosine kinase like orphan receptor 1,ROR1)H-2Kd限制性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位,为研究以ROR1为靶点的乳腺癌免疫治疗奠定基础。方法... 目的:预测并鉴定乳腺癌相关抗原受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(receptor tyrosine kinase like orphan receptor 1,ROR1)H-2Kd限制性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位,为研究以ROR1为靶点的乳腺癌免疫治疗奠定基础。方法:采用生物信息学方法预测乳腺癌相关抗原ROR1 H-2Kd限制性CTL表位,选取预测软件中评分较高的抗原表位肽进行人工合成及纯化。肽结合试验检测抗原表位肽与H-2Kd分子的亲和力。选用亲和力较高的抗原表位肽体外刺激脾淋巴细胞,ELISA法检测细胞因子γ-干扰素(interferon-γ,IFN-γ)和白介素-12(interleukin-12,IL-12)的分泌。结果:预测的4条候选ROR1 CTL表位肽均具有较高的亲和力,其荧光指数(fluorescence index,FI)在30μg/ml时均大于1.5。ELISA结果显示表位肽ROR1(NYMFPSQGI)可在体外有效诱导IFN-γ和IL-12细胞因子的产生。结论:ROR1(NYMFPSQGI)为乳腺癌相关抗原ROR1H-2Kd限制性CTL表位,为研究以ROR1为靶点的乳腺癌免疫治疗奠定了基础。 展开更多

关键词 乳腺癌 ROR1 CTL表位 生物信息学方法

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HLA-A*0201限制性CTL表位肽的分子力场分析

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作者 王虎承 《重庆工商大学学报（自然科学版）》 2005年第2期143-147,193,共6页

运用比较分子力场(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)方法研究了50个HLA-A* 0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力。结果表明,采用CoMSIA得到的构效关系模型(q2 =0.608,r2 =0... 运用比较分子力场(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)方法研究了50个HLA-A* 0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力。结果表明,采用CoMSIA得到的构效关系模型(q2 =0.608,r2 =0.987,F=440.4,SD=0. 111)要明显优于采用CoMFA得到的构效关系模型。在CoMSIA计算中,当引入疏水场时,三维构效关系模型得到明显改善,通过该三维构效关系模型,可较精确地估算预测集中15个CTL表位肽与HLA-A* 0201间的亲和力(r2pred=0. 703,SD=0. 368)。通过分析分子场等势面图在空间的分布,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽与HLA-A* 0201间结合亲和力的影响,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础。 展开更多

关键词 CTL HLA 限制性 表位 场分析 COMSIA 关系模型 比较分子力场 COMFA 结合亲和力 指数分析 预测能力 检验模型 理论基础 分子设计 结构改造 构效 亲和性 相似性 703 等势面 分子场 特征对 肽分子 治疗性 九肽 三维 立体

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WT1蛋白CTL表位肽基因载体的构建与鉴定

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作者 彭霞 樊卫平 +3 位作者 张凯 苑晓娟 刘玲玲 王亮 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2013年第4期448-451,共4页

目的构建WT1(Wilms’tumor gene 1)蛋白CTL表位肽基因载体,并检测其在293T细胞中的转录。方法设计分别含WT1-126肽、WT1-235肽以及这两种肽的基因载体,并加入Th通用表位Pan-DR-Th(PADRE),应用蛋白酶体切割软件PAProC和NetChop优化各表... 目的构建WT1(Wilms’tumor gene 1)蛋白CTL表位肽基因载体,并检测其在293T细胞中的转录。方法设计分别含WT1-126肽、WT1-235肽以及这两种肽的基因载体,并加入Th通用表位Pan-DR-Th(PADRE),应用蛋白酶体切割软件PAProC和NetChop优化各表位和间隔序列,DNA疫苗在线预测工具DyNAVacS优化真核密码子后,人工合成核苷酸序列,分别插入pUC57载体,构建pUC57-WT1质粒,测序鉴定后,酶切回收各目的片段,亚克隆至真核表达载体pcDNA3.1(+)中,构建重组真核表达质粒,转染293T细胞,RT-PCR检测各目的基因在293T细胞中的转录。采用无内毒素质粒大量提取试剂盒提取各重组质粒,采用紫外分光光度计测定质粒的纯度和浓度。结果各重组真核表达质粒经双酶切及测序鉴定证实构建正确;重组质粒携带的目的基因可在293T细胞中成功转录;各重组质粒DNA的纯度均合格,浓度在864.6～883.9μg/ml之间。结论成功构建了WT1蛋白CTL表位肽基因载体,并能在真核细胞中正常转录,为下一步在小鼠体内探讨特异性不同的CTLs群发挥抗肿瘤作用的机制奠定了基础。 展开更多

关键词 WT1蛋白 细胞毒性T淋巴细胞 表位肽 DNA疫苗

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