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Beta多样性研究进展 被引量:107
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作者 陈圣宾 欧阳志云 +1 位作者 徐卫华 肖燚 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期323-335,共13页
Beta多样性度量时空尺度上物种组成的变化,是生物多样性的重要组成部分,与许多生态学和进化生物学问题密切相关,并且其信息可用于保护区选址和布局规划,因此在最近10年间成为生物多样性研究的热点问题之一。多年来,学者们利用各种度量... Beta多样性度量时空尺度上物种组成的变化,是生物多样性的重要组成部分,与许多生态学和进化生物学问题密切相关,并且其信息可用于保护区选址和布局规划,因此在最近10年间成为生物多样性研究的热点问题之一。多年来,学者们利用各种度量方式和分析方法,在不同地理区域,对许多生物类群beta多样性的时空格局和形成机制进行了大量研究。本文主要从beta多样性的度量方法、时空格局、形成机制及其在生物多样性保护中的应用等几个方面,总结了最近10多年来相关研究的进展。Whittaker(1960)最初提出beta多样性概念时就缺乏严格的定义,随着概念的不断演化,度量方法也同样呈现出多样化,而度量手段的多样化非常不利于不同研究之间的比较。目前应用最普遍的度量方法是采用相似性指数,如Jaccard和SΦrensen指数。最近几年,新的度量方法还在不断出现,其中一些方法非常值得注意。Beta多样性具有时空尺度和分类尺度依赖性,一般随分析粒度(grain)的增加而降低。虽然有些研究表明beta多样性随纬度增加而降低,但学者们并没有达成共识。山区和生物地理区的交界处beta多样性都比较高,因而需要在这些地区增加保护区的面积或者数量以囊括物种变化梯度。对时间尺度上beta多样性的研究表明,气候变化确实导致了物种组成在时间上的变化,并且物种在不同大陆和地区间的迁移导致了生物同质化。扩散过程和生态位过程共同决定了beta多样性,只是这两个过程的相对重要性依尺度、地理区域和物种类群的不同而有所差异。综上所述,我们认为未来beta多样性研究的热点问题是:(1)不同生物类群的进化历史和生物学特征对beta多样性的影响;(2)不同的时空尺度对beta多样性及其维持机制的影响;(3)人类活动对beta多样性的影响。 展开更多
关键词 beta多样性 扩散限制 生态位限制 时空格局
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北京东灵山辽东栎林植物物种多样性的多尺度分析 被引量:36
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作者 张育新 马克明 +2 位作者 祁建 冯云 张洁瑜 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期2179-2185,共7页
多尺度分析物种多样性格局能够为有效保护生物多样性提供重要信息。利用物种多样性的加法分配法则分析了样方-坡位-坡面等级尺度系统辽东栎林植物物种多样性(gamma多样性)的alpha多样性和beta多样性在各尺度上的分配关系。结果表明以物... 多尺度分析物种多样性格局能够为有效保护生物多样性提供重要信息。利用物种多样性的加法分配法则分析了样方-坡位-坡面等级尺度系统辽东栎林植物物种多样性(gamma多样性)的alpha多样性和beta多样性在各尺度上的分配关系。结果表明以物种丰富度为指标的区域物种多样性的最大贡献来自坡面尺度,表明坡面尺度是维持辽东栎林物种多样性的有效尺度;而对Simpson多样性和Shannon多样性的最大贡献则来自样方内,这决定于群落物种优势度和稀有度格局;各尺度间beta多样性组分随尺度的增大而增大可能是环境异质性和扩散作用的综合结果。各尺度间Shannon多样性对总体多样性的贡献大于Simpson多样性的贡献是偶见种在各尺度间分配的结果。物种多样性分配的加法法则为物种多样性格局的多尺度分析提供了理论框架,是检验物种多样性格局形成机制的有效方法。 展开更多
关键词 alpha多样性 beta多样性 gamma多样性 尺度 多样性加法分配
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A型流感病毒对小鼠肺部菌群及趋化因子CCL5和CXCL10的影响及麻杏石甘汤干预作用研究 被引量:21
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作者 王平 赵澄 +5 位作者 卢芳国 吴涛 张香港 魏科 李玲 田维毅 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第21期5523-5537,共15页
目的探索麻杏石甘汤(Maxing Shigan Decoction,MSD)通过影响小鼠肺部菌群及趋化因子CCL5和CXCL10表达而防治流感病毒感染的潜在机制。方法通过鼻腔接种法建立A型流感病毒感染小鼠模型,经ig给药或生理盐水3、7 d后,计算肺指数和肺指数抑... 目的探索麻杏石甘汤(Maxing Shigan Decoction,MSD)通过影响小鼠肺部菌群及趋化因子CCL5和CXCL10表达而防治流感病毒感染的潜在机制。方法通过鼻腔接种法建立A型流感病毒感染小鼠模型,经ig给药或生理盐水3、7 d后,计算肺指数和肺指数抑制率,HE染色检测肺组织病理变化,应用免疫组化、酶联免疫吸附试验(ELISA)、实时荧光定量PCR(RT-PCR)法检测肺组织中CCL5和CXCL10蛋白和mRNA表达变化,并取小鼠肺组织进行16S rRNA基因V3~V4可变区测序、物种注释及聚类,分析Alpha多样性和Beta多样性及组间差异物种,分析CCL5、CXCL10表达与肺部菌群变化的关系。结果给药3 d后,模型组肺指数明显高于对照组(P<0.01)和药物组(P<0.05、0.01),肺部炎性细胞浸润明显。麻杏石甘汤组肺部炎性细胞浸润明显减轻,肺指数抑制率与奥司他韦组相似,肺损伤的组织学定量评价指标(IQA)值较模型组明显降低(P<0.01)。模型组CCL5和CXCL10表达明显高于对照组(P<0.01),奥司他韦组和麻杏石甘汤组CCL5和CXCL10表达明显低于模型组(P<0.05、0.01)。16S rRNA基因测序结果显示,模型组拟杆菌属、埃希菌属、变形杆菌属相对丰度增加,粪球菌属相对丰度降低。奥司他韦和麻杏石甘汤能显著降低拟杆菌属、埃希菌属、变形杆菌属相对丰度,增加粪球菌属相对丰度;Alpha多样性分析结果显示各组ACE指数、Chao1指数、Shannon指数比较P>0.05,组间丰富度和多样性无差异。Beta多样性分析结果显示,给药3 d后,组间样品点无交集,组间肺菌群构成有差异。各组间有显著性差异物种。Spearman相关性分析显示,CCL5和CXCL10表达与埃希菌属、变形杆菌属、拟杆菌属丰度呈正相关,与粪球菌属丰度呈负相关。给药7 d后,各组间肺部菌群结构组成及CCL5、CXCL10表达无显著差异。结论麻杏石甘汤可能通过促进肺部有益菌生长改善肺部微生态环境及免疫微环境,对流感病毒 展开更多
关键词 A型流感病毒 麻杏石甘汤 肺部菌群 趋化因子 CCL5 CXCL10 鼻腔接种法 Alpha多样性 beta多样性 拟杆菌属 埃希菌属 变形杆菌属 粪球菌属 ACE指数 Chao1指数 Shannon指数 Spearman相关性分析
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百山祖自然保护区植物群落beta多样性 被引量:21
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作者 谭珊珊 叶珍林 +4 位作者 袁留斌 周荣飞 胡广 金孝锋 于明坚 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第21期6944-6956,共13页
采用植物群落学的典型样方法,研究了百山祖自然保护区森林植物群落beta多样性格局及其维持机制。通过对45个20 m×20 m标准样地的调查数据进行分析,运用Chao's群落距离指数衡量该植物群落beta多样性格局,并通过Mantel检验、基... 采用植物群落学的典型样方法,研究了百山祖自然保护区森林植物群落beta多样性格局及其维持机制。通过对45个20 m×20 m标准样地的调查数据进行分析,运用Chao's群落距离指数衡量该植物群落beta多样性格局,并通过Mantel检验、基于距离矩阵的偏RDA分析和方差分解等方法初步检验和衡量了各环境因子差异(包括群落郁闭度、海拔、坡度、坡向和坡位)和群落空间距离对该区域beta多样性格局的影响。结果显示,该区域内植物群落beta多样性随着群落间综合环境差异或群落空间距离的增加而增大,但环境差异和群落空间距离只能解释36%左右的beta多样性格局。检验的5个环境因子中,只有群落郁闭度和海拔对百山祖自然保护区植物群落beta多样性有显著影响,并且群落郁闭度对beta多样性的解释度(20.0%)略高于海拔对beta多样性的解释度(18.0%)。群落空间距离对百山祖自然保护区beta多样性的解释度最小(9.0%)。展现了百山祖自然保护区内植物群落beta多样性格局及其与群落环境和空间距离的关系,所获得的结果支持生境异质性和扩散限制联合对植物群落beta多样性起作用的假说。 展开更多
关键词 百山祖自然保护区 beta多样性 环境因子 空间距离 森林植物群落
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云南轿子雪山种子植物多样性分布格局 被引量:15
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作者 解应波 董洪进 +1 位作者 李新辉 杨涛 《森林工程》 2020年第6期1-8,共8页
为探讨轿子雪山区域种子植物海拔梯度的分布格局,采用物种丰富度Shannon指数来解析植物alpha多样性,Bray-curtis指数来解析植物beta多样性,采用距离矩阵多重回归方法和方差分解方法,阐述该范围内种子植物alpha多样性和beta多样性与环境... 为探讨轿子雪山区域种子植物海拔梯度的分布格局,采用物种丰富度Shannon指数来解析植物alpha多样性,Bray-curtis指数来解析植物beta多样性,采用距离矩阵多重回归方法和方差分解方法,阐述该范围内种子植物alpha多样性和beta多样性与环境因子(年平均降雨量、年平均温度、坡向、坡度、岩石和土壤)之间的关系。结果表明:①本区种子植物属和种的丰富度整体上随着海拔的升高呈现先增加后减小的单峰趋势,最大值出现在海拔3000 m左右,并且在3500 m和3900 m有2个小峰;②alpha多样性与土壤类型、岩石类型、年平均温度和年平均降雨量有显著的线性关系;其坡度、土壤与坡向的组合解释了轿子雪山种子植物alpha多样性85%的变异;③所有的环境因子与beta多样性之间都具有极显著的线性关系,岩石类型、年平均降雨量和年平均温度这3个因子尤为显著。其中,年均降水差异与岩石类型差异解释了轿子雪山种子植物beta多样性90%的变异。本研究得出轿子雪山的种子植物多样性主要是在气候、土壤和地形三重影响下形成的,因此环境因子作用过程对本区域群落的构成具有决定性的影响。 展开更多
关键词 轿子雪山 种子植物 alpha多样性 beta多样性 海拔梯度
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地理距离、海拔和气候差异对独龙江流域维管植物群落物种空间相异性的影响 被引量:14
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作者 蒙洋 邱月 +6 位作者 张亮 王翠玲 臧振华 张学耀 申国珍 闫彩凤 陈全胜 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1313-1320,共8页
物种相异性(species dissimilarity)主要反映了群落物种组成的时空变化,其与随机和确定性因素之间的关系能揭示群落构建及生物多样性形成和维持的机理。本文以独龙江流域植物群落为研究对象,以群落间Jaccard物种相异性指数为指标,分析... 物种相异性(species dissimilarity)主要反映了群落物种组成的时空变化,其与随机和确定性因素之间的关系能揭示群落构建及生物多样性形成和维持的机理。本文以独龙江流域植物群落为研究对象,以群落间Jaccard物种相异性指数为指标,分析它同地理距离、气候和海拔差异之间的关系及各类因子影响的权重。结果表明,群落间Jaccard物种相异性指数变化范围为0.42–1,且随自然对数转换的地理距离、海拔和气候差异(多年日平均温度,年平均降水量)的增大而呈显著的线性增加趋势;地理距离、气候差异和海拔差异可以解释独龙江流域群落物种相异性指数将近30%的变异。地理距离单独解释度为18.80%,气候差异和海拔差异分别可以解释3.47%和0.10%。研究结果表明,独龙江流域群落物种在空间上的更替是环境限制和扩散限制综合作用的结果。群落间物种相异性较大,且影响物种更替的因素中地理距离占有较大的权重,说明在对该地区进行生物多样性保护时,在综合考虑环境因素影响的基础上,还应充分考虑地形的阻隔作用和繁殖体扩散能力的大小。 展开更多
关键词 生物多样性 群落构建 扩散限制 环境筛选 beta多样性 物种更替
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典型农田退耕后土壤真菌与细菌群落的演替 被引量:12
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作者 张露琪 张志明 +1 位作者 张丽梅 王军涛 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期2715-2722,共8页
土壤真菌和细菌作为地下生态系统的重要组成部分,其群落的恢复状况是评价农田退耕还林生态效益的重要指标。以云南省维西县典型退耕还林农田为对象,利用高通量测序等方法比较了不同退耕年限的农田土壤中真菌和细菌群落随植被演替的变化... 土壤真菌和细菌作为地下生态系统的重要组成部分,其群落的恢复状况是评价农田退耕还林生态效益的重要指标。以云南省维西县典型退耕还林农田为对象,利用高通量测序等方法比较了不同退耕年限的农田土壤中真菌和细菌群落随植被演替的变化特征。结果发现,农田撂荒后土壤细菌多样性先显著降低后缓慢上升,真菌多样性变化不明显;地上部植被由草本经灌丛再向林地演替的过程中,土壤真菌的群落组成随植被变化呈现明显的改变,主要体现在粪壳菌纲(Sordariomycetes)所占比例的减少(由30%减至10%左右)和伞菌纲(Agaricomycetes)所占比例的增加(由5%以下增至20%以上);而细菌的群落组成无明显变化。聚类分析的结果显示,真菌的群落组成变化与植物群落的演替规律更为同步。不同演替阶段的退耕农田土壤真菌和细菌群落均明显区别于未经扰动的天然林,表明人为扰动对土壤微生物群落的影响可能在较长时间内持续存在。研究揭示了云南典型农田退耕后地下土壤真菌和细菌群落随植被演替的变化特征,为全面评价该地区退耕还林的生态效益提供了数据支撑。 展开更多
关键词 退耕还林 群落构建 beta多样性 生态恢复 撂荒地
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油茶根际土壤真菌群落组成及多样性分析 被引量:4
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作者 罗鑫 吴跃开 +2 位作者 张念念 许杰 杨再华 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期199-210,共12页
为明确贵州油茶(Camellia oleifera Abel.)根际土壤真菌组成及多样性,同时探究其根际土壤真菌与土壤环境因子的相关性,以来自贵州贵阳、天柱、玉屏、望谟、威宁、黎平和册亨共7个地区的油茶根际土壤微生物为研究对象,采用Illumina MiSe... 为明确贵州油茶(Camellia oleifera Abel.)根际土壤真菌组成及多样性,同时探究其根际土壤真菌与土壤环境因子的相关性,以来自贵州贵阳、天柱、玉屏、望谟、威宁、黎平和册亨共7个地区的油茶根际土壤微生物为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对真菌群落的组成结构进行分析,同时测定其土壤理化性质,并与根际土壤真菌群落进行相关性分析。结果表明,油茶根际土壤呈酸性,富含有机质和速效钾,但少氮低磷,且不同地区土壤理化性质差异显著。Alpha多样性分析表明,油茶根际土壤真菌具有丰富的多样性,其中,望谟地区多样性最高;册亨次之;而贵阳最低。Beta多样性分析则显示7个地区间油茶根际土壤真菌组成具有显著差异。7个地区土壤样品中共获得634个OTUs(operational taxonomic units),隶属于9门、32纲、73目、141科和213属。在门水平,玉屏地区根际土壤真菌的优势菌门为担子菌门(Basidiomycota),其余6个地区根际土壤真菌的优势菌门均为子囊菌门(Ascomycota)。在属水平,沙蜥属(Saitozyma)、Archaeorhizomyces、被孢霉属(Mortierella)等在不同地区间的分布与相对丰度存在显著差异。相关分析表明,土壤全钾、有效磷、速效钾和有机质含量是影响油茶根际土壤真菌群落组成的主要驱动因子。其中,青霉属(Penicillium)、Cladophialophora、Oidiodendron等部分土壤真菌与土壤环境因子呈显著正相关性;而具有致病特性的Ilyonectria和镰刀菌属(Fusarium)与土壤环境因子呈显著负相关。以上研究结果为开发有益的油茶根际真菌资源,以及通过调控土壤环境因子来预防油茶病害提供了科学依据。 展开更多
关键词 油茶 根际土壤真菌 Alpha多样性 beta多样性 冗余分析 相关分析
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小兴安岭阔叶红松林地表甲虫Beta多样性 被引量:8
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作者 高梅香 朱纪元 +3 位作者 倪娟平 李景科 林琳 吴东辉 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期457-463,共7页
Beta多样性用来衡量集群内物种组成的变异性,可以被分解为空间物种转换和物种集群镶嵌两个组分,是揭示群落构建机制的重要基础。目前开展了较多的地上生态系统beta多样性研究,然而地下生态系统beta多样性进展缓慢。以小兴安岭凉水和丰... Beta多样性用来衡量集群内物种组成的变异性,可以被分解为空间物种转换和物种集群镶嵌两个组分,是揭示群落构建机制的重要基础。目前开展了较多的地上生态系统beta多样性研究,然而地下生态系统beta多样性进展缓慢。以小兴安岭凉水和丰林自然保护区为研究地区,于2015年8、10月采用陷阱法对阔叶红松林进行调查,揭示地表甲虫(步甲科、隐翅虫科、葬甲科)的beta多样性。结果表明:(1)凉水共发现39种、856只地表甲虫,丰林共发现43种、1182只地表甲虫。8月凉水明显具有较高的全部甲虫(三个科的总和)物种多样性和丰富度,10月正好相反。(2)凉水和丰林之间地表甲虫beta多样性的差异仅发现于8月的步甲科和葬甲科之间。(3)凉水和丰林地表甲虫的beta多样性主要由空间物种转换组成,物种集群镶嵌对beta多样性的贡献很小,说明地表甲虫物种组成变异主要由本地物种之间较高的转换引起。研究表明小兴安岭阔叶红松林地表甲虫的beta多样性主要由空间物种转换组成,在揭示群落构建机制过程中,其内部物种交换和环境调控不容忽视。 展开更多
关键词 beta多样性 空间物种转换 物种集群镶嵌 地表甲虫 阔叶红松林 小兴安岭
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自育与非自育淡色库蚊体内菌群多样性比较 被引量:1
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作者 类晶晶 吕文祥 +5 位作者 王文倩 王海防 郭秀霞 程鹏 公茂庆 刘丽娟 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期52-58,73,共8页
目的了解自育与非自育淡色库蚊体内菌群组成与多样性差异,从而为探索淡色库蚊自育发生机制提供参考依据。方法收集25℃自育与非自育淡色库蚊成蚊,利用Illumina NovaSeq 6000测序平台对细菌16S核糖体RNA基因高变区进行测序。采用α多样... 目的了解自育与非自育淡色库蚊体内菌群组成与多样性差异,从而为探索淡色库蚊自育发生机制提供参考依据。方法收集25℃自育与非自育淡色库蚊成蚊,利用Illumina NovaSeq 6000测序平台对细菌16S核糖体RNA基因高变区进行测序。采用α多样性指数分析菌群丰富度和多样性,采用β多样性指数分析菌群结构差异,通过线性判别分析效应大小(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)鉴别组间在丰度上具有显著差异的菌群。结果自育与非自育淡色库蚊体内菌群隶属18个门、28个纲、70个目、113个科和170个属,优势菌门主要有变形菌门、拟杆菌门等。在属水平,沃尔巴克氏体菌属为共有优势菌属,在自育及非自育淡色库蚊中的相对丰度分别为(77.6±11.3)%和(47.5±8.5)%;粪杆菌属(0.4%±0.1%)、杜氏杆菌属(0.5%±0.0%)、马赛菌属(0.5%±0.1%)等为自育淡色库蚊特有菌属。α多样性分析显示,自育淡色库蚊体内菌群Chao1指数和ACE指数大于非自育淡色库蚊(P均>0.05),而Shannon指数(P>0.05)和Simpson指数(P<0.05)小于非自育淡色库蚊。LEfSe分析结果显示,共计48个分类单元在自育和非自育淡色库蚊间存在显著差异(P均<0.05)。结论自育与非自育淡色库蚊体内菌群多样性存在显著差异。 展开更多
关键词 淡色库蚊 自育 16S核糖体RNA 菌群构成 Alpha多样性 beta多样性
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西藏横断山区溪流细菌beta多样性组分对气候和水体环境的响应 被引量:7
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作者 李明家 吴凯媛 +4 位作者 孟凡凡 沈吉 刘勇勤 肖能文 王建军 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1570-1580,共11页
理解沿环境或空间梯度的群落组成变化(即beta多样性)一直是生态学和保护生物学的中心问题,且beta多样性的形成机制及其对环境的响应已成为当前生物多样性研究的热点问题。本文以西藏横断山区怒江和澜沧江两个流域入江溪流中的细菌为研... 理解沿环境或空间梯度的群落组成变化(即beta多样性)一直是生态学和保护生物学的中心问题,且beta多样性的形成机制及其对环境的响应已成为当前生物多样性研究的热点问题。本文以西藏横断山区怒江和澜沧江两个流域入江溪流中的细菌为研究对象,使用Baselga的beta多样性分解方法,基于Sφrensen相异性指数将细菌的beta多样性分解为周转(turnover)和嵌套(nestedness)两个组分,探究了细菌beta多样性及其分解组分随海拔距离的分布模式,并且衡量了环境、气候和空间因子的相对重要性。结果表明,两个流域中细菌的群落结构显著不同。两个流域的细菌总beta多样性和周转组分随海拔距离的增加而增加,周转组分占总beta多样性的比例较大。气候和环境因子是两个流域中细菌总beta多样性及周转过程的重要预测因子,并且所有的显著因子均为正相关,其中环境因子中相关性最高的为海拔距离(R^(2)=0.408,P<0.001),而气候因子中相关性最高的为年均温差(R^(2)=0.417,P<0.001)。方差分解结果暗示嵌套组分主要受空间扩散的影响;总beta多样性和周转组分在环境较恶劣的澜沧江主要受环境过滤的影响,而在环境较温和的怒江主要受空间扩散和环境过滤的共同影响。此外,较为恶劣的环境条件会增加细菌的总beta多样性和周转率,并且会形成更强的环境筛选作用去影响细菌群落的物种组成。我们的研究表明对西藏横断山区水体细菌多样性的保护需要从整个流域入手,而非少量的生物多样性热点地区。 展开更多
关键词 beta多样性 周转 嵌套 海拔梯度 气候 环境筛选
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林窗大小对青海云杉林灌草层维管植物物种多样性的影响
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作者 沙欢 梁咏亮 +5 位作者 彭妞 高锋 李静尧 魏文轩 庞丹波 陈林 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2382-2394,共13页
林窗普遍存在于森林生态系统中,是物种更新的重要空间场所,可改变森林空间结构和植物群落组成,对物种更新和森林演替具有重要意义。以贺兰山青海云杉林为研究对象,通过分析24对不同大小林窗及林内灌木层和草本层的物种多样性差异及分布... 林窗普遍存在于森林生态系统中,是物种更新的重要空间场所,可改变森林空间结构和植物群落组成,对物种更新和森林演替具有重要意义。以贺兰山青海云杉林为研究对象,通过分析24对不同大小林窗及林内灌木层和草本层的物种多样性差异及分布格局,阐明林窗大小对青海云杉林维管植物物种多样性的影响,揭示林窗和林内灌木-更新幼苗-草本共生物种的互作网络差异。结果表明:青海云杉林下灌木植物以置疑小檗、铺地柏、金露梅、小叶忍冬为主要优势种,更新层为青海云杉幼苗和杜松幼苗,薹草是草本层的优势种;林窗物种数高于林内,以大林窗的灌、草层科属种数最高;灌木层丰富度指数随林窗面积的增加而增大,多样性指数在中林窗(100~200m^(2))达到最高,优势度指数、均匀度指数随林窗面积的增加呈下降趋势;草本层丰富度指数、多样性指数、优势度指数、均匀度指数均随林窗面积的增加而增大并显著高于林内;Beta多样性随林窗面积的增加呈先降低后增加趋势,分解后的丰富度差异组分对灌木层、草本层贡献最大,且随林窗面积的增加呈上升趋势;林窗网络结构较林内的规模大、复杂且集中;不同大小林窗及林内多形成以草本与草本物种间互作的密切共生关系,中林窗的出现还可增加更新幼苗、灌木与草本物种间的互作共生;林窗对提高贺兰山青海云杉林灌草层维管植物多样性、促进物种共生起着积极作用,当林窗面积在100~200 m^(2)时可提高物种多样性和促进林下植被更新。 展开更多
关键词 林窗 Alpha多样性 beta多样性 共生指数 互作网络
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海拔高度与藏族人群肠道菌群的宏基因组学关联分析 被引量:6
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作者 梁田 马利锋 +8 位作者 张致英 刘丽军 刘芳 董文学 李靖 张寒 蒋雅琼 白骕 康龙丽 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2021年第2期36-43,共8页
为了探究海拔高度对人类肠道菌群的影响,选取海拔3650~4500 m地区的67名藏族人,对其肠道菌群进行16S rRNA基因V3~V4区测序.对测序数据进行物种组成、alpha多样性、beta多样性、Pearson相关性、LEfSe、微生物网络、基因功能预测和肠型等... 为了探究海拔高度对人类肠道菌群的影响,选取海拔3650~4500 m地区的67名藏族人,对其肠道菌群进行16S rRNA基因V3~V4区测序.对测序数据进行物种组成、alpha多样性、beta多样性、Pearson相关性、LEfSe、微生物网络、基因功能预测和肠型等生物信息学分析.研究结果表明:藏族人群肠道菌群的alpha多样性随海拔高度增加而降低,而beta多样性却与海拔高度的相关性较低,不同海拔高度人群的肠道菌群结构相似.LEfSe分析证明海拔3650 m藏族人群肠道菌群的biomarker为脱硫弧菌属;而海拔4000 m藏族人群肠道菌群的biomarker为梭菌属.Pearson相关性分析发现广古菌门、脱硫弧菌属、甲烷杆菌属、艰难杆菌属的丰度随着海拔高度的增加而显著下降.随着海拔高度的增加,藏族人群的肠道菌群微生物网络更加脆弱.总之,海拔高度是影响藏族人群肠道菌群alpha多样性的重要因素,不同海拔高度人群的肠道菌群差异显著. 展开更多
关键词 肠道菌群 海拔 alpha多样性 beta多样性 微生物网络
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草甸草原植物beta多样性高光谱遥感估算方法
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作者 杨星晨 雷少刚 +4 位作者 徐军 苏兆瑞 王维忠 宫传刚 赵义博 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1751-1761,共11页
目前,全球生物多样性的状态非常堪忧,因此,利用光谱技术估算生物多样性成为了生态学家和遥感学家共同关注的热点。目前关于植物alpha多样性的研究很多,而关于beta多样性的研究较少,仍存在一些问题值得去探索。为了探究利用遥感技术估算... 目前,全球生物多样性的状态非常堪忧,因此,利用光谱技术估算生物多样性成为了生态学家和遥感学家共同关注的热点。目前关于植物alpha多样性的研究很多,而关于beta多样性的研究较少,仍存在一些问题值得去探索。为了探究利用遥感技术估算植物beta多样性的最佳光谱指数以及最佳影像空间分辨率,以草甸草原为研究区,基于无人机高光谱遥感影像,从光谱距离、光谱角度、生物多样性概念三个方面计算了6种beta多样性估算指数(4种为我们构建的新指数,2种为已有的指数),并采用Mantel tests和相关系数筛选最佳的光谱指数。然后将筛选出来的指数应用于不同空间分辨率的影像,以期得到最佳观测尺度。另外,为了提高指数的估算能力,对比了一阶导数变换和Savitzky-Golay滤波两种光谱变换方法,以及相关系数法、连续投影法、竞争性自适应重加权法三种特征波段选择方法。结果表明,不论是采用亚尺度观测(像元大小<样方大小)还是等尺度观测(像元大小=样方大小),最佳的光谱指数均为光谱距离指数,且光谱距离指数在不同影像空间分辨率下均表现良好。在草原地区,当影像空间分辨率约为0.25 m时,该指数可以取得最佳的估算结果。经一阶导数变换并用相关系数法提取特征波段后构建的光谱距离指数与beta多样性拥有最强的相关性,今后可利用该指数构建估算模型或者直接表征beta多样性。该研究对于科学的选取光谱指数和影像空间分辨率去估算植物beta多样性具有一定的指导意义。 展开更多
关键词 beta多样性 高光谱遥感 光谱指数 观测尺度 光谱曲线
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广西柳州不同城市化梯度的繁殖鸟类多样性
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作者 李斌强 谭丽凤 +1 位作者 唐婷婷 崔庆江 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2023年第3期101-108,共8页
城市化是导致生物多样性快速丧失的主要因素之一,为了探讨不同城市化梯度对鸟类物种多样性和功能多样性的影响,于2021年4月至8月,采用样线法对广西柳州12个城市公园进行鸟类调查。结果显示:调查共记录鸟类11目37科79种;郊区公园的繁殖... 城市化是导致生物多样性快速丧失的主要因素之一,为了探讨不同城市化梯度对鸟类物种多样性和功能多样性的影响,于2021年4月至8月,采用样线法对广西柳州12个城市公园进行鸟类调查。结果显示:调查共记录鸟类11目37科79种;郊区公园的繁殖鸟类物种丰富度、香农威纳指数、均匀度指数和Chao1指数均大于城区公园;郊区公园的繁殖鸟类功能丰富度和功能分异指数均大于城区公园,相反的是,功能均匀度指数城区公园大于郊区公园;从不同的物种保护评价等级标准来看,郊区公园在珍稀濒危的繁殖鸟类物种保护中的作用高于城区公园。可得结论:城市化增加了鸟类物种组成的差异和功能均匀度,但减少了鸟类功能性状的差异,也降低了鸟类物种的丰富度和功能丰富度。因此,在规划城市鸟类多样性保护选择中,多维度的生物多样性度量指标可反映较为全面的生物多样性本底信息,优先保护和保留城市郊区的半自然生境或者公园绿地,可以使大多数城市鸟类受益。 展开更多
关键词 城市化 鸟类多样性 功能多样性 beta多样性 柳州
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小兴安岭凉水国家级自然保护区植物beta多样性及其影响因素 被引量:4
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作者 佘丹琦 张喜亭 +3 位作者 肖路 仲召亮 王慧梅 王文杰 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期12-23,共12页
自然保护区如何设置才能够最大程度保护生物多样性,是保护生物学的研究热点;阐明beta多样性特征、组分格局及其影响因素是保护生物学的重要基础。本研究选取小兴安岭凉水国家级自然保护区不同功能区(核心区、缓冲区、实验区)及毗邻地区... 自然保护区如何设置才能够最大程度保护生物多样性,是保护生物学的研究热点;阐明beta多样性特征、组分格局及其影响因素是保护生物学的重要基础。本研究选取小兴安岭凉水国家级自然保护区不同功能区(核心区、缓冲区、实验区)及毗邻地区(保护区外)共80块样方作为研究对象,调查每块样方的保护位置(经纬度、海拔、坡位、坡度、坡向)和群落结构(郁闭度、林龄、乔木树高、胸径、灌木树高、地径),并采集0-20 cm土壤样品,测定土壤理化性质(有机碳、全氮、pH值、电导率、含水量、容重)。将样方间的beta多样性分解为物种周转和物种多度差异两种组分,通过Mantel分析、冗余分析和方差分解分析解析非生物因子(地理地形、保护强度、土壤因子)和生物因子(群落结构)对beta多样性及其组分的影响。结果表明:(1)乔、灌、草3层中,物种周转组分对于beta多样性的贡献均占主导地位(65%-73%),物种多度差异贡献较小。(2)Mantel检验结果表明,乔、灌、草3层beta多样性及其组分与地理地形指标显著相关的因子最多;土壤因子只对乔木层和灌木层beta多样性及组分有影响,对草本层影响不大。其中坡位、坡度、乔木树高和保护强度均与保护区乔、灌、草3层beta多样性显著正相关(P<0.05)。(3)植物整体beta多样性受地理地形影响最大,但存在乔、灌、草差异。乔木层beta多样性受生物因子影响最大;灌木层的土壤因子解释力分别为地理地形和生物因子的2倍;而草本层主要受地理地形的影响,其解释力分别是土壤和生物因子的26倍和3倍。乔木胸径对植物beta多样性差异具有最大的解释作用。本研究结果表明,未来保护区设置需要根据保护植物的类型,选择适当的林分结构、土壤和地理地形等,以增强保护区植物多样性保护的效果。 展开更多
关键词 beta多样性 物种周转 多度差异 保护强度 东北森林带
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基于16S rDNA测序探索食管鳞状细胞癌患者肠道菌群特征
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作者 张玉双 孔令洋 +4 位作者 管佳畅 李建波 王一然 王瑜 李晶 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2023年第20期2496-2502,共7页
背景食管癌是我国的高发肿瘤之一,其发病与死亡人数均为世界平均水平的2倍以上。在我国大多数食管癌发现时已是中晚期,预后较差,所以迫切需要早期诊断及干预治疗,目前肠道菌群在食管癌诊断及治疗中的作用备受关注。目的探索食管鳞状细... 背景食管癌是我国的高发肿瘤之一,其发病与死亡人数均为世界平均水平的2倍以上。在我国大多数食管癌发现时已是中晚期,预后较差,所以迫切需要早期诊断及干预治疗,目前肠道菌群在食管癌诊断及治疗中的作用备受关注。目的探索食管鳞状细胞癌患者肠道菌群基本特征。方法纳入2022年4—8月就诊于河北医科大学第四医院未经任何抗肿瘤治疗的食管鳞状细胞癌患者35例作为食管癌组,健康志愿者35例作为对照组。收集两组人群粪便标本,应用16S rDNA技术检测肠道菌群,根据检测结果物种注释情况分析两组人群肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性〔主坐标分析(PCoA)〕及菌群物种差异性〔线性判别分析及影响因子(LEfSe)分析〕。结果两组人群肠道菌群Alpha多样性香农(Shannon)、辛普森(Simpson)、Chao1、ACE及Goods_coverage指数比较均无明显差异(P>0.05);而PCoA图显示两组样本整体上相距较远,群落结构存在差异(t=10.837,P<0.001)。两组人群肠道菌群T-test检验结果在属水平共有16类菌属的丰度存在明显差异,相对丰度较高的前8位菌属中,食管癌组栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、罗斯氏菌属(Roseburia)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)丰度低于对照组,乳杆菌属(Lactobacillus)、罗姆布茨菌属(Romboutsia)、瘤胃球菌属组(Ruminococcus_torques_group)、肠杆菌属(Intestinibacter)、土杆菌属(Turicibacter)丰度高于对照组(P<0.05)。LEfSe分析结果显示14种肠菌丰度存在差异,在属及种水平上与对照组相比,食管癌组Faeculibacterium及普拉梭菌(Faecalibacterium-prausnitzii)丰度降低,Romboutsia及Rombutsia-ilealis丰度升高(P<0.05)。结论食管鳞状细胞癌患者具有显著性差异肠菌,其中Faecalibacterium、Faecalibacterium-prausnitzii、Romboutsia及Rombutsia-ilealis可能是食管癌特异性改变物种,与食管癌发生密切相关。 展开更多
关键词 食管肿瘤 食管鳞状细胞癌 肠道菌群 16S rDNA测序 Alpha多样性 beta多样性 LEfSe分析
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人工养殖西伯利亚狍肠道微生物组成的雌雄差异 被引量:4
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作者 刘金月 刘德凯 +3 位作者 王璐瑶 李响 贾博文 刘艳华 《野生动物学报》 北大核心 2021年第2期428-436,共9页
肠道微生物是一个复杂的生态系统,与宿主的健康、疾病以及其他因素有着密切的关系。目前,关于肠道菌群结构和功能的研究较多,但是对西伯利亚狍肠道菌群的研究还未见报道。西伯利亚狍(Capreolus pygargus)属于反刍动物,有独特的消化特性... 肠道微生物是一个复杂的生态系统,与宿主的健康、疾病以及其他因素有着密切的关系。目前,关于肠道菌群结构和功能的研究较多,但是对西伯利亚狍肠道菌群的研究还未见报道。西伯利亚狍(Capreolus pygargus)属于反刍动物,有独特的消化特性和微生物群来帮助它们适应高纤维的食物。本研究利用高通量测序技术在Illumina MiSeq平台上对14只狍肠道微生物进行16S rRNA基因分析。结果表明:个体样本中门类组成的差异,雌性个体JY3和雄性个体JY9除Firmicutes,Bacteroidetes,Proteobacteria这3类菌群外,其他门类菌群所占比例都很低。在科水平上,雌性个体中Ruminococcaceae在JY7和JY13肠道内含量相对较少,Bacteroidaceae在JY7,JY10和JY13中含量较高。雄性个体中Ruminococcaceae在JY11和JY14肠道内含量较少,Prevotellaceae在JY4中含量较少。在属水平上,雌性个体特有的菌属为Roseburia,Alloprevotella,Lachnospiraceae_incertae_sedis和Coprococcus;雄性个体特有的菌属为Fusobacterium,Succiniclasticum,Streptococcus和Clostridium sensu stricto。Alpha多样性分析表明,Ace指数范围2128.93—772.98,Chao1指数范围2128.89—785.27,Shannon指数范围5.44—3.78,Simpson指数范围0.07—0.01。在不同物种分类水平上,雌雄狍肠道内的优势菌群有些不同。PCoA(principal co-ordinates analysis)分析显示,狍样本几乎混在一起,没有明显差异。 展开更多
关键词 肠道微生物 性别 Alpha多样性 beta多样性
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内蒙古地区手参根际土壤真菌群落组成及多样性
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作者 阿拉坦存布尔 曹乌吉斯古楞 +3 位作者 包金花 查苏娜 胡红霞 王秀兰 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第12期2754-2762,共9页
【目的】分析手参[Gymnadenia conopsea(L.)R.Br.]根际土壤真菌群落多样性及与土壤环境因子的相关性,为探究手参人工栽培、生态种植等资源保护及可持续利用提供参考。【方法】采用Illumina MiSeq高通量测序技术对内蒙古阿鲁科尔沁旗、... 【目的】分析手参[Gymnadenia conopsea(L.)R.Br.]根际土壤真菌群落多样性及与土壤环境因子的相关性,为探究手参人工栽培、生态种植等资源保护及可持续利用提供参考。【方法】采用Illumina MiSeq高通量测序技术对内蒙古阿鲁科尔沁旗、东乌株穆沁旗和翁牛特旗手参根际土壤真菌群落的多样性进行高通量测序和分析,并对植株根际土壤理化性质与相关性进行分析。【结果】手参根际土壤呈酸性,富含有机质和速效钾,但少氮低磷,且不同分布区土壤理化性质差异显著。从3个分布区土壤样品中共获得5125个OTUs,隶属于11门、31纲、65目、161科、158属。在门水平,3个分布区手参根际土壤真菌的优势菌门均为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota)。在属水平,毛舌菌属(Trichoglossum)、湿伞属(Hygrocybe)、被孢霉属(Mortierella)为手参根际土壤真菌的优势类群。Alpha多样性指数表明,3个分布区手参根际土壤真菌群落多样性和丰富度总体趋势表现为阿鲁科尔沁旗(A1)>东乌珠穆沁旗(D3)>翁牛特旗(W2);Beta多样性指数表明,3个分布区手参的根际土壤真群落组成存在一定差异。土壤全钾、全磷、全氮和水分含量可能是影响内蒙古地区的手参根际土壤真菌群落组成的关键因子。湿伞属(Hygrocybe)和锁瑚菌属(Clavulinopsis)与土壤环境关键因子呈显著正相关;而具有致病特性的肉座菌属(Hypocrea)和镰刀菌属(Fusarium)与土壤环境关键因子呈显著负相关。【结论】明确了内蒙古地区分布的手参生长的土壤条件及根际土壤真菌群落特征,在3个分布区中,阿鲁科尔沁旗手参根际土壤真菌群落多样性和丰富度最高。土壤理化性质对手参根际土壤真菌多样性影响较大,其他影响因素需进一步研究。 展开更多
关键词 手参 根际土壤真菌 Alpha多样性 beta多样性 冗余分析
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A taxonomic and phylogenetic perspective on plant community assembly along an elevational gradient in subtropical forests 被引量:4
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作者 Ran Zhang Zhaochen Zhang +8 位作者 Kankan Shang Mingshui Zhao Jiaxin Kong Xin Wang Yuzhuo Wang Houjuan Song Oukai Zhang Xuan Lv Jian Zhang 《Journal of Plant Ecology》 SCIE CSCD 2021年第4期702-716,共15页
Aims Biodiversity patterns along elevational gradients have been well documented.Yet,the variations of biodiversity patterns along elevations and their underlying mechanisms are still unclear.Integrating multiple face... Aims Biodiversity patterns along elevational gradients have been well documented.Yet,the variations of biodiversity patterns along elevations and their underlying mechanisms are still unclear.Integrating multiple facets of biodiversity provides novel insights into the mechanisms for driving community assembly.In this study,species abundance information was incorporated into taxonomic and phylogenetic diversity to reveal the ecological and evolutionary forces of plant community assembly along an elevational gradient in subtropical forests.Methods We selected 17 woody plant plots along an elevational gradient from 270 to 1470 m in eastern China’s subtropical forests.Both presence-based and abundance-based measures of angiosperm species were used to quantify taxonomic alpha diversity,phylogenetic alpha diversity,phylogenetic relatedness,as well as taxonomic and phylogenetic dissimilarity among these plots.And the relations between these measures and climatic and topographic variables were analyzed.Important Findings For both abundance-weighted and unweighted measures,we observed an overall increasing pattern for taxonomic alpha diversity along elevation,and distance-decay trends of taxonomic and phylogenetic similarity with increased elevational distances.However,there were disparity patterns of phylogenetic alpha diversity between abundance-weighted and unweighted measures.For phylogenetic structure,there was no significant trend along elevation.Both topographical and microclimatic variables were main drivers of diversity patterns and phylogenetic structure.Compared with unweighted measures,abundance-weighted measures were strongly related with the slope and stand basal area.Overall,our results prove that deterministic processes mediated by local species abundance imprint on plant community composition along the elevational gradient. 展开更多
关键词 community phylogenetics phylogenetic structure phylogenetic diversity beta diversity environmental gradient MICROCLIMATE phylogenetic niche conservatism
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