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基于TCGA数据集分析mRNA在子宫内膜癌中差异表达及对预后影响
被引量:
3
1
作者
张洁
赵曼曼
周妍
《临床军医杂志》
CAS
2020年第1期59-62,共4页
目的基于TCGA数据集分析mRNA在子宫内膜癌中的差异表达,建立mRNA差异表达与子宫内膜癌预后的关联。方法提取TCGA数据库中子宫内膜癌样本的mRNA表达量及临床数据资料,采用edgeR算法比较正常组织与子宫内膜癌组织的mRNA表达量,通过mRNA差...
目的基于TCGA数据集分析mRNA在子宫内膜癌中的差异表达,建立mRNA差异表达与子宫内膜癌预后的关联。方法提取TCGA数据库中子宫内膜癌样本的mRNA表达量及临床数据资料,采用edgeR算法比较正常组织与子宫内膜癌组织的mRNA表达量,通过mRNA差异表达和临床存活时间作生存分析,寻找对子宫内膜癌预后产生影响的mRNA。结果正常组织与子宫内膜癌组织之间共发现4 429个差异表达mRNA,从中选取前1 000个差异表达mRNA进行GO富集分析、KEGG富集分析及蛋白互作网络分析,筛选出20例hub基因。通过生存分析发现,7个差异表达mRNA(ASPM、AURKA、BUB1、CDCA8、KIF2C、TOP2A、UBE2C)与子宫内膜癌患者存活时间相关(P <0. 05)。结论正常组织和子宫内膜癌组织之间的ASPM、AURKA、BUB1、CDCA8、KIF2C、TOP2A、UBE2C 7个差异表达mRNA与子宫内膜癌患者预后相关,对mRNA在子宫内膜癌领域的研究具有参考价值。
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关键词
子宫内膜癌
tcga
数据集
MRNA
下载PDF
职称材料
基于GTEx联合TCGA数据集筛选肝癌中mRNA研究
被引量:
1
2
作者
张燕明
韩涛
+1 位作者
郑振东
韩磊
《临床军医杂志》
CAS
2019年第12期1281-1283,共3页
目的探讨mRNA在肝癌及对照正常肝组织中的表达差异,并分析其与肝癌预后的关系。方法提取GTEx和TCGA数据库中肝癌样本的mRNA表达量及肝癌生存数据。通过WilcoxTest算法比较正常组织与肿瘤组织数据的mRNA表达量。联合差异mRNA与临床生存...
目的探讨mRNA在肝癌及对照正常肝组织中的表达差异,并分析其与肝癌预后的关系。方法提取GTEx和TCGA数据库中肝癌样本的mRNA表达量及肝癌生存数据。通过WilcoxTest算法比较正常组织与肿瘤组织数据的mRNA表达量。联合差异mRNA与临床生存时间作生存分析,寻找对肝癌预后产生影响的mRNA,并通过GO、KEGG富集分析其相关机制。结果共获取334个差异表达mRNA。通过生存分析发现,CFB、FCN3、CFHR2、COLEC10等110个差异mRNA与肝癌患者预后相关。GO、KEGG富集结果提示,humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等与肝癌患者生存时间相关。结论共获得110个与肝癌患者总生存相关的差异基因,其可能通过humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等功能集发挥生物学作用,对mRNA在肝癌领域的研究具有借鉴价值。
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关键词
肝癌
MRNA
GTEx数据集
tcga
数据集
预后
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职称材料
利用TCGA数据集分析PTPN5在肝癌中表达及其作用机制
3
作者
张燕明
韩涛
+3 位作者
张跃
李高
李婉君
郑振东
《临床军医杂志》
CAS
2020年第3期260-263,共4页
目的分析PTPN5在肝癌组织中表达及其可能的作用机制。方法从TCGA数据集中收集肝癌及癌旁组织中的基因表达数据,提取癌及癌旁组织PTPN5分子表达水平,分析表达差异。联合患者临床信息分析PTPN5与临床指标相关性。利用GSEA分析PTPN5可能的...
目的分析PTPN5在肝癌组织中表达及其可能的作用机制。方法从TCGA数据集中收集肝癌及癌旁组织中的基因表达数据,提取癌及癌旁组织PTPN5分子表达水平,分析表达差异。联合患者临床信息分析PTPN5与临床指标相关性。利用GSEA分析PTPN5可能的作用机制。结果癌组织PTPN5分子表达水平显著高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05)。PTPN5表达水平与患者5年存活期及有无微血管侵犯相关(P<0.05)。GSEA分析结果显示,PTPN5高表达的组织样本富集了细胞粘附因子、黏着斑激酶、MAPK、WNT信号传导通道等功能集团基因。结论在肝癌组织中,PTPN5特异性表达,可能通过细胞粘附因子、黏着斑激酶、MAPK、WNT信号传导通道等功能集团发挥作用,其可能成为预测肝癌患者存活期的一项指标。
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关键词
肝癌
PTPN5
tcga
数据集
下载PDF
职称材料
题名
基于TCGA数据集分析mRNA在子宫内膜癌中差异表达及对预后影响
被引量:
3
1
作者
张洁
赵曼曼
周妍
机构
沈阳市第四人民医院妇产科
北部战区总医院妇产科
出处
《临床军医杂志》
CAS
2020年第1期59-62,共4页
基金
辽宁省自然科学基金(20180551288)。
文摘
目的基于TCGA数据集分析mRNA在子宫内膜癌中的差异表达,建立mRNA差异表达与子宫内膜癌预后的关联。方法提取TCGA数据库中子宫内膜癌样本的mRNA表达量及临床数据资料,采用edgeR算法比较正常组织与子宫内膜癌组织的mRNA表达量,通过mRNA差异表达和临床存活时间作生存分析,寻找对子宫内膜癌预后产生影响的mRNA。结果正常组织与子宫内膜癌组织之间共发现4 429个差异表达mRNA,从中选取前1 000个差异表达mRNA进行GO富集分析、KEGG富集分析及蛋白互作网络分析,筛选出20例hub基因。通过生存分析发现,7个差异表达mRNA(ASPM、AURKA、BUB1、CDCA8、KIF2C、TOP2A、UBE2C)与子宫内膜癌患者存活时间相关(P <0. 05)。结论正常组织和子宫内膜癌组织之间的ASPM、AURKA、BUB1、CDCA8、KIF2C、TOP2A、UBE2C 7个差异表达mRNA与子宫内膜癌患者预后相关,对mRNA在子宫内膜癌领域的研究具有参考价值。
关键词
子宫内膜癌
tcga
数据集
MRNA
Keywords
Endometrial
cancer
tcga
data
set
mRNA
分类号
K737 [历史地理—历史学]
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职称材料
题名
基于GTEx联合TCGA数据集筛选肝癌中mRNA研究
被引量:
1
2
作者
张燕明
韩涛
郑振东
韩磊
机构
锦州医科大学北部战区总医院研究生培养基地
北部战区总医院肿瘤科
北部战区总医院肝胆外科
出处
《临床军医杂志》
CAS
2019年第12期1281-1283,共3页
基金
辽宁省自然科学基金计划重点项目(2018010153-301)
辽宁省自然基金指导计划(2019-ZD-1072)。
文摘
目的探讨mRNA在肝癌及对照正常肝组织中的表达差异,并分析其与肝癌预后的关系。方法提取GTEx和TCGA数据库中肝癌样本的mRNA表达量及肝癌生存数据。通过WilcoxTest算法比较正常组织与肿瘤组织数据的mRNA表达量。联合差异mRNA与临床生存时间作生存分析,寻找对肝癌预后产生影响的mRNA,并通过GO、KEGG富集分析其相关机制。结果共获取334个差异表达mRNA。通过生存分析发现,CFB、FCN3、CFHR2、COLEC10等110个差异mRNA与肝癌患者预后相关。GO、KEGG富集结果提示,humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等与肝癌患者生存时间相关。结论共获得110个与肝癌患者总生存相关的差异基因,其可能通过humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等功能集发挥生物学作用,对mRNA在肝癌领域的研究具有借鉴价值。
关键词
肝癌
MRNA
GTEx数据集
tcga
数据集
预后
Keywords
Liver
cancer
mRNA
GTEx
data
set
tcga
data
set
Prognosis
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
利用TCGA数据集分析PTPN5在肝癌中表达及其作用机制
3
作者
张燕明
韩涛
张跃
李高
李婉君
郑振东
机构
锦州医科大学北部战区总医院研究生培养基地
北部战区总医院肿瘤科
沈阳药科大学
出处
《临床军医杂志》
CAS
2020年第3期260-263,共4页
基金
国家自然科学基金青年基金(81702622)
辽宁省自然基金指导计划(2019-ZD-1072)。
文摘
目的分析PTPN5在肝癌组织中表达及其可能的作用机制。方法从TCGA数据集中收集肝癌及癌旁组织中的基因表达数据,提取癌及癌旁组织PTPN5分子表达水平,分析表达差异。联合患者临床信息分析PTPN5与临床指标相关性。利用GSEA分析PTPN5可能的作用机制。结果癌组织PTPN5分子表达水平显著高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05)。PTPN5表达水平与患者5年存活期及有无微血管侵犯相关(P<0.05)。GSEA分析结果显示,PTPN5高表达的组织样本富集了细胞粘附因子、黏着斑激酶、MAPK、WNT信号传导通道等功能集团基因。结论在肝癌组织中,PTPN5特异性表达,可能通过细胞粘附因子、黏着斑激酶、MAPK、WNT信号传导通道等功能集团发挥作用,其可能成为预测肝癌患者存活期的一项指标。
关键词
肝癌
PTPN5
tcga
数据集
Keywords
Liver
cancer
PTPN5
tcga
data
set
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于TCGA数据集分析mRNA在子宫内膜癌中差异表达及对预后影响
张洁
赵曼曼
周妍
《临床军医杂志》
CAS
2020
3
下载PDF
职称材料
2
基于GTEx联合TCGA数据集筛选肝癌中mRNA研究
张燕明
韩涛
郑振东
韩磊
《临床军医杂志》
CAS
2019
1
下载PDF
职称材料
3
利用TCGA数据集分析PTPN5在肝癌中表达及其作用机制
张燕明
韩涛
张跃
李高
李婉君
郑振东
《临床军医杂志》
CAS
2020
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
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