通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-...通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-pair)等进行统计分析的结果表明:5种家蚕病毒的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成及ENc值差异较小,碱基组成对密码子使用模式影响较小;不同病毒选择不同的偏好性密码子,不同病毒的密码对偏好性程度不同,其中,家蚕类葡萄斑点病毒(Bombyx mori macula-like virus,BmMLV)密码对偏好性最强,家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cypovirus,BmCPV)和家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)密码对偏好性最弱。聚类分析表明BmCPV和家蚕浓核病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)的密码子使用模式相似,BmNPV和家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infec-tious flacherie virus,BmIFV)的密码子使用模式相似;BmMLV、BmNPV和BmDNV的密码对使用模式相似,BmIFV和BmCPV的密码对使用模式相似。5种病毒的偏好性密码子和偏好性密码对不同,显示不同病毒的密码子和密码对的进化路径不同,对宿主的适应策略不同。展开更多
【目的】泛素是一类进化上高度保守的、由76个氨基酸组成的多肽,是蛋白质泛素化修饰过程中所必需的底物分子,蛋白质泛素化修饰异常会影响宿主的生长和发育。家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)基因orf26是一...【目的】泛素是一类进化上高度保守的、由76个氨基酸组成的多肽,是蛋白质泛素化修饰过程中所必需的底物分子,蛋白质泛素化修饰异常会影响宿主的生长和发育。家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)基因orf26是一个编码病毒泛素的基因,其在病毒增殖中的具体功能尚不清楚。【方法】本研究利用同源重组的方法将氯霉素(chloramphenicol)基因(Cm)表达盒替换家蚕杆状病毒泛素基因序列3’端的50个碱基对序列,构建携带Cm表达盒的重组BmNPV病毒基因组(Bm-Bacmid^(Ub-KO)),利用转座原理将绿色荧光蛋白基因(green fluorescent protein,gfp)表达盒插入Bm-Bacmid^(Ub-KO)和野生型Bm-Bacmid^(WT)转座位点,构建重组质粒Bm-Bacmid^(Ub-KO-GFP)和Bm-Bacmid^(WT-GFP),以及异位互补型的质粒Bm-Bacmid^(GFP-Ub Rep)。这些重组病毒分别转染家蚕卵巢细胞(Bombyx mori ovarian cell,BmN)后,对转染后的细胞进行绿色荧光观察。【结果】泛素基因缺失后不影响感染性病毒粒子的产生,但与野生型相比,泛素缺失型重组病毒明显降低了感染的细胞中产生的绿色荧光数量。免疫印迹分析表明,泛素缺失后降低重组病毒结构蛋白GP64和VP39在细胞中的表达水平,显著降低病毒增殖效率。生物分析表明,泛素缺失的重组病毒能延缓家蚕半致死时间15 h。【结论】BmNPV泛素基因缺失不影响感染性病毒粒子的产生,但显著降低病毒增殖效率。本研究为阐明泛素在BmNPV增殖中的具体作用提供了实验依据。展开更多
病毒性软化病是一种严重影响蚕业生产的流行病，其病原为家蚕传染性软化病病毒（Bombyx mori infectiousflacherie virus，BmIFV）。本实验室在浙江省收集到具有软化病症状的家蚕幼虫，并分离纯化获得一株病毒。电镜观察到病毒粒子为直...病毒性软化病是一种严重影响蚕业生产的流行病，其病原为家蚕传染性软化病病毒（Bombyx mori infectiousflacherie virus，BmIFV）。本实验室在浙江省收集到具有软化病症状的家蚕幼虫，并分离纯化获得一株病毒。电镜观察到病毒粒子为直径26nm左右、无包涵体的球状颗粒。病毒添食四龄起蚕和五龄起蚕，分别在3～4d和5～7d出现明显症状和病变。纯化病毒SDS-PAGE条带与BmIFV蛋白相仿。病毒核酸鉴定为RNA，并可用套式RT-PCR扩增出特异性片段，测序发现片段序列和BmIFV日本坂城株的同源性为99．5％。由此可确定该病毒为BmIFV，这是我国首次分离到该病毒，暂命名为BmIFV-CHN001。展开更多
随着家蚕抗血液型脓病新品种‘华康’系列在全国的推广和应用,市面上出现了一些鱼龙混杂现象。针对这一问题,本研究用SLAF-seq(Specific-locus amplified fragment sequencing)技术对15个不同的家蚕品种(7个抗脓病品种和8个非抗脓病品种...随着家蚕抗血液型脓病新品种‘华康’系列在全国的推广和应用,市面上出现了一些鱼龙混杂现象。针对这一问题,本研究用SLAF-seq(Specific-locus amplified fragment sequencing)技术对15个不同的家蚕品种(7个抗脓病品种和8个非抗脓病品种)进行简化基因组测序,结果共获得所有检测品种的447 359个SNP位点,分析这些SNP标记在家蚕的28条染色体上的分布以及与抗脓病性能的相关性,得到第27群上的50个与抗BmNPV相关的SNP分子标记;经过PCR验证的结果与SLAF-seq测序结果一致,认为这些SNP可以作为鉴定和判别‘华康’系列品种的分子标记。展开更多
Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus is one of the major viral pathogens for the silkworm. The immune response of silkworm to the virus infection is obscure. A phosphotriesterase-related protein gene of silkworm...Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus is one of the major viral pathogens for the silkworm. The immune response of silkworm to the virus infection is obscure. A phosphotriesterase-related protein gene of silkworm, Bombyx mori (BmPTERP) was found in our previous microarry analysis of the midgut infected with the virus. In the present study, we cloned and analyzed the full-length cDNA of BmPTERP gene by means of rapid amplification of complementary DNA ends (RACE) and bioinformatic analysis for exploring its functions in interaction between the silkworm and the virus. The nucleotide sequence of the gene is 1349-bp and contains a 131 bp 5’UTR and a 165 bp 3’UTR. The 1053 bp open reading frame encodes a 350 amino acid protein. The deduced protein contains specific hits of phosphotriesterase-related proteins and belongs to the amidohydrolase superfamily. RTPCR analysis revealed that BmPTERP gene was expressed in all the tissues tested, including midgut, hemocyte, gonad, fat body and silk gland. Real-time quantitative polymerase chain reaction analysis indicated that the relative transcript of BmPTERP gene in the infected midgut was 19.32 fold lower than that in normal midgut at 72 hours post inoculation.展开更多
追踪研究蚕体内的抗家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus,BmNPV)基因与蛋白,了解家蚕抗BmNPV的机制,对减轻甚至解除血液型脓病、促进桑蚕产业发展具有重要意义。文章就家蚕抗BmNPV基因和蛋白的研究进展进行综述...追踪研究蚕体内的抗家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus,BmNPV)基因与蛋白,了解家蚕抗BmNPV的机制,对减轻甚至解除血液型脓病、促进桑蚕产业发展具有重要意义。文章就家蚕抗BmNPV基因和蛋白的研究进展进行综述,提出今后对家蚕抗BmNPV的研究策略应是运用多种技术同时从DNA、RNA、蛋白质水平上进行研究,鉴定家蚕抗BmNPV基因或蛋白及其与抗BmNPV的相关性;再采用RNA干涉、转基因技术对家蚕进行基因操作,改变其对BmNPV的抵抗能力,确认这些基因、蛋白的抗病毒功能。另外,使用免疫组化、免疫共沉淀,ELISA等技术探索基因—蛋白、蛋白—蛋白间的相互作用,找到基因或蛋白的上、下游作用因子,解释清楚家蚕抗BmNPV的详细机制,为最终解除家蚕脓病危害、促进蚕业发展提供参考资料。展开更多
家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus,BmCPV)是家蚕的重要病毒病原之一,往往给养蚕业生产造成极大危害。我们以前的研究运用基因芯片技术在感染质型多角体病毒的家蚕中肠中鉴定出一个差异表达的3-羟酰辅酶A...家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus,BmCPV)是家蚕的重要病毒病原之一,往往给养蚕业生产造成极大危害。我们以前的研究运用基因芯片技术在感染质型多角体病毒的家蚕中肠中鉴定出一个差异表达的3-羟酰辅酶A脱氢酶蛋白基因(Bombyx mori3-hydroxyacyl-CoA dehyrogenase protein gene-Bm3HAD)。本研究利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆了该基因,其全长cDNA序列为1168bp,包含一个83bp5'端非翻译区序列(5'-UTR)、一个930bp的开放阅读框(ORF)和一个155bp的3'端非翻译区序列(3'-UTR);基因结构分析发现该基因由5个外显子和4个内含子组成。RT-PCR结果显示该基因在家蚕中肠、脂肪体、血液、丝腺及生殖体中均有表达。荧光定量PCR结果表明该基因在BmCPV感染初期为上调表达,随着病毒感染的进展,该基因的表达水平逐渐降低,并转变为下调表达。研究结果为进一步研究BmCPV对家蚕致病的分子机制提供了有益的信息。展开更多
文摘通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-pair)等进行统计分析的结果表明:5种家蚕病毒的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成及ENc值差异较小,碱基组成对密码子使用模式影响较小;不同病毒选择不同的偏好性密码子,不同病毒的密码对偏好性程度不同,其中,家蚕类葡萄斑点病毒(Bombyx mori macula-like virus,BmMLV)密码对偏好性最强,家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cypovirus,BmCPV)和家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)密码对偏好性最弱。聚类分析表明BmCPV和家蚕浓核病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)的密码子使用模式相似,BmNPV和家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infec-tious flacherie virus,BmIFV)的密码子使用模式相似;BmMLV、BmNPV和BmDNV的密码对使用模式相似,BmIFV和BmCPV的密码对使用模式相似。5种病毒的偏好性密码子和偏好性密码对不同,显示不同病毒的密码子和密码对的进化路径不同,对宿主的适应策略不同。
文摘【目的】泛素是一类进化上高度保守的、由76个氨基酸组成的多肽,是蛋白质泛素化修饰过程中所必需的底物分子,蛋白质泛素化修饰异常会影响宿主的生长和发育。家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)基因orf26是一个编码病毒泛素的基因,其在病毒增殖中的具体功能尚不清楚。【方法】本研究利用同源重组的方法将氯霉素(chloramphenicol)基因(Cm)表达盒替换家蚕杆状病毒泛素基因序列3’端的50个碱基对序列,构建携带Cm表达盒的重组BmNPV病毒基因组(Bm-Bacmid^(Ub-KO)),利用转座原理将绿色荧光蛋白基因(green fluorescent protein,gfp)表达盒插入Bm-Bacmid^(Ub-KO)和野生型Bm-Bacmid^(WT)转座位点,构建重组质粒Bm-Bacmid^(Ub-KO-GFP)和Bm-Bacmid^(WT-GFP),以及异位互补型的质粒Bm-Bacmid^(GFP-Ub Rep)。这些重组病毒分别转染家蚕卵巢细胞(Bombyx mori ovarian cell,BmN)后,对转染后的细胞进行绿色荧光观察。【结果】泛素基因缺失后不影响感染性病毒粒子的产生,但与野生型相比,泛素缺失型重组病毒明显降低了感染的细胞中产生的绿色荧光数量。免疫印迹分析表明,泛素缺失后降低重组病毒结构蛋白GP64和VP39在细胞中的表达水平,显著降低病毒增殖效率。生物分析表明,泛素缺失的重组病毒能延缓家蚕半致死时间15 h。【结论】BmNPV泛素基因缺失不影响感染性病毒粒子的产生,但显著降低病毒增殖效率。本研究为阐明泛素在BmNPV增殖中的具体作用提供了实验依据。
文摘病毒性软化病是一种严重影响蚕业生产的流行病，其病原为家蚕传染性软化病病毒（Bombyx mori infectiousflacherie virus，BmIFV）。本实验室在浙江省收集到具有软化病症状的家蚕幼虫，并分离纯化获得一株病毒。电镜观察到病毒粒子为直径26nm左右、无包涵体的球状颗粒。病毒添食四龄起蚕和五龄起蚕，分别在3～4d和5～7d出现明显症状和病变。纯化病毒SDS-PAGE条带与BmIFV蛋白相仿。病毒核酸鉴定为RNA，并可用套式RT-PCR扩增出特异性片段，测序发现片段序列和BmIFV日本坂城株的同源性为99．5％。由此可确定该病毒为BmIFV，这是我国首次分离到该病毒，暂命名为BmIFV-CHN001。
文摘随着家蚕抗血液型脓病新品种‘华康’系列在全国的推广和应用,市面上出现了一些鱼龙混杂现象。针对这一问题,本研究用SLAF-seq(Specific-locus amplified fragment sequencing)技术对15个不同的家蚕品种(7个抗脓病品种和8个非抗脓病品种)进行简化基因组测序,结果共获得所有检测品种的447 359个SNP位点,分析这些SNP标记在家蚕的28条染色体上的分布以及与抗脓病性能的相关性,得到第27群上的50个与抗BmNPV相关的SNP分子标记;经过PCR验证的结果与SLAF-seq测序结果一致,认为这些SNP可以作为鉴定和判别‘华康’系列品种的分子标记。
文摘Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus is one of the major viral pathogens for the silkworm. The immune response of silkworm to the virus infection is obscure. A phosphotriesterase-related protein gene of silkworm, Bombyx mori (BmPTERP) was found in our previous microarry analysis of the midgut infected with the virus. In the present study, we cloned and analyzed the full-length cDNA of BmPTERP gene by means of rapid amplification of complementary DNA ends (RACE) and bioinformatic analysis for exploring its functions in interaction between the silkworm and the virus. The nucleotide sequence of the gene is 1349-bp and contains a 131 bp 5’UTR and a 165 bp 3’UTR. The 1053 bp open reading frame encodes a 350 amino acid protein. The deduced protein contains specific hits of phosphotriesterase-related proteins and belongs to the amidohydrolase superfamily. RTPCR analysis revealed that BmPTERP gene was expressed in all the tissues tested, including midgut, hemocyte, gonad, fat body and silk gland. Real-time quantitative polymerase chain reaction analysis indicated that the relative transcript of BmPTERP gene in the infected midgut was 19.32 fold lower than that in normal midgut at 72 hours post inoculation.
文摘追踪研究蚕体内的抗家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus,BmNPV)基因与蛋白,了解家蚕抗BmNPV的机制,对减轻甚至解除血液型脓病、促进桑蚕产业发展具有重要意义。文章就家蚕抗BmNPV基因和蛋白的研究进展进行综述,提出今后对家蚕抗BmNPV的研究策略应是运用多种技术同时从DNA、RNA、蛋白质水平上进行研究,鉴定家蚕抗BmNPV基因或蛋白及其与抗BmNPV的相关性;再采用RNA干涉、转基因技术对家蚕进行基因操作,改变其对BmNPV的抵抗能力,确认这些基因、蛋白的抗病毒功能。另外,使用免疫组化、免疫共沉淀,ELISA等技术探索基因—蛋白、蛋白—蛋白间的相互作用,找到基因或蛋白的上、下游作用因子,解释清楚家蚕抗BmNPV的详细机制,为最终解除家蚕脓病危害、促进蚕业发展提供参考资料。
文摘家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus,BmCPV)是家蚕的重要病毒病原之一,往往给养蚕业生产造成极大危害。我们以前的研究运用基因芯片技术在感染质型多角体病毒的家蚕中肠中鉴定出一个差异表达的3-羟酰辅酶A脱氢酶蛋白基因(Bombyx mori3-hydroxyacyl-CoA dehyrogenase protein gene-Bm3HAD)。本研究利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆了该基因,其全长cDNA序列为1168bp,包含一个83bp5'端非翻译区序列(5'-UTR)、一个930bp的开放阅读框(ORF)和一个155bp的3'端非翻译区序列(3'-UTR);基因结构分析发现该基因由5个外显子和4个内含子组成。RT-PCR结果显示该基因在家蚕中肠、脂肪体、血液、丝腺及生殖体中均有表达。荧光定量PCR结果表明该基因在BmCPV感染初期为上调表达,随着病毒感染的进展,该基因的表达水平逐渐降低,并转变为下调表达。研究结果为进一步研究BmCPV对家蚕致病的分子机制提供了有益的信息。
