【背景】粗糙脉孢菌LY03是从武平传统“红菌豆腐”中分离得到的主要发酵菌株。【目的】研究粗糙脉孢菌LY03菌株的基因组信息,揭示武平传统“红菌豆腐”发酵特性。【方法】采用形态学观察、ITS鉴定、重测序及框架图测序对所分离的LY03菌...【背景】粗糙脉孢菌LY03是从武平传统“红菌豆腐”中分离得到的主要发酵菌株。【目的】研究粗糙脉孢菌LY03菌株的基因组信息,揭示武平传统“红菌豆腐”发酵特性。【方法】采用形态学观察、ITS鉴定、重测序及框架图测序对所分离的LY03菌株进行鉴定和基因组信息解析。【结果】武平传统“红菌豆腐”中分离得到的主要发酵菌株LY03确定为粗糙脉孢菌,将其在中国普通微生物菌种保藏管理中心进行专利保藏,保藏号为CGMCC 3.19233。LY03菌株比对到参考基因组上的总Read数目为95.85%,测序对应深度的位点占全基因组76.13%;各变异类型在内含子区域均无变异,主要变异存在于基因组的外显子区域,具体变异数量为:单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNP)位点变异总数203128个、插入缺失(insertion/deletion,InDel)突变总和26859个、拷贝数变异(copy number variation,CNV)增加和减少的拷贝总数1039个、结构变异(structure variation,SV)注释的变异总数777个;LY03菌株基因组序列长度为30538737 bp、(G+C)mol%为52.24%、编码5550个基因、编码基因占比24.3%,参与了氨基酸代谢(amino acid metabolism)、碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)、能量产生与转化(energy production and conversion)等多种物质的代谢途径转化过程。【结论】对武平传统“红菌豆腐”主要发酵菌株的鉴定及基因组信息分析有利于揭示其产品发酵的特性及其发酵菌株遗传信息的本质,并为将来产品发酵性能的提高及推广提供理论依据。展开更多
对从我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白基因进行反转录-PCR,分别得到了1067 bp和938 bp 2个cDNA片段,对PCR所得片段进行序列测定并推导出相应的氨基酸序列。采用计算机软件分析了该毒株G基因的4个功能区中核苷酸和...对从我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白基因进行反转录-PCR,分别得到了1067 bp和938 bp 2个cDNA片段,对PCR所得片段进行序列测定并推导出相应的氨基酸序列。采用计算机软件分析了该毒株G基因的4个功能区中核苷酸和氨基酸的变异特点,在3个抗原位点上,与同一基因型中其他毒株相比,只有个别位点的变异。比较了该毒株和其他所选比较毒株之间的变异特点,G基因抗原区与CVS株的同源性可以达到98％,与ERA株的同源性达90％。讨论了G基因中与毒性相关的核苷酸和氨基酸的特点。展开更多
根据GenBank公布的B1毒株(AF375823.1)全基因组序列,使用软件Primer Premier 5.0进行引物设计及引用已发表引物,经过筛选,最终用于扩增鸭源新城疫病毒(NDV)全基因组序列的引物为15对,运用RT-PCR方法获取了7株鸭源NDV毒株结果表明7株鸭源...根据GenBank公布的B1毒株(AF375823.1)全基因组序列,使用软件Primer Premier 5.0进行引物设计及引用已发表引物,经过筛选,最终用于扩增鸭源新城疫病毒(NDV)全基因组序列的引物为15对,运用RT-PCR方法获取了7株鸭源NDV毒株结果表明7株鸭源NDV毒株GX16/2008、GX17/2009、GX18/2009、GX19/2009、GX20/2010、GX21/2010和GX22/2010的全基因组序列,并对其进行了比较分析。此7株病毒的全基因组序列均由15 186个碱基组成,GenBank登录号为JX193077-JX193083。F蛋白裂解位点的氨基酸序列表明所有的分离株都是无致病性的序列。7分离株中5株氨基酸顺序为112 G-K-Q-G-R-L117,2株为112 G-R-Q-G-R-L117,绘制的进化树分析表明其中5株属于NDVs基因Ⅰ型,2株属于基因Ⅱ型。它们在全基因组核苷酸和氨基酸水平上,发现与HM125898WDK/JX株相似性较接近,而与F48E8、Mukteswar等毒株的同源性较低。展开更多
文摘【背景】粗糙脉孢菌LY03是从武平传统“红菌豆腐”中分离得到的主要发酵菌株。【目的】研究粗糙脉孢菌LY03菌株的基因组信息,揭示武平传统“红菌豆腐”发酵特性。【方法】采用形态学观察、ITS鉴定、重测序及框架图测序对所分离的LY03菌株进行鉴定和基因组信息解析。【结果】武平传统“红菌豆腐”中分离得到的主要发酵菌株LY03确定为粗糙脉孢菌,将其在中国普通微生物菌种保藏管理中心进行专利保藏,保藏号为CGMCC 3.19233。LY03菌株比对到参考基因组上的总Read数目为95.85%,测序对应深度的位点占全基因组76.13%;各变异类型在内含子区域均无变异,主要变异存在于基因组的外显子区域,具体变异数量为:单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNP)位点变异总数203128个、插入缺失(insertion/deletion,InDel)突变总和26859个、拷贝数变异(copy number variation,CNV)增加和减少的拷贝总数1039个、结构变异(structure variation,SV)注释的变异总数777个;LY03菌株基因组序列长度为30538737 bp、(G+C)mol%为52.24%、编码5550个基因、编码基因占比24.3%,参与了氨基酸代谢(amino acid metabolism)、碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)、能量产生与转化(energy production and conversion)等多种物质的代谢途径转化过程。【结论】对武平传统“红菌豆腐”主要发酵菌株的鉴定及基因组信息分析有利于揭示其产品发酵的特性及其发酵菌株遗传信息的本质,并为将来产品发酵性能的提高及推广提供理论依据。
文摘对从我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白基因进行反转录-PCR,分别得到了1067 bp和938 bp 2个cDNA片段,对PCR所得片段进行序列测定并推导出相应的氨基酸序列。采用计算机软件分析了该毒株G基因的4个功能区中核苷酸和氨基酸的变异特点,在3个抗原位点上,与同一基因型中其他毒株相比,只有个别位点的变异。比较了该毒株和其他所选比较毒株之间的变异特点,G基因抗原区与CVS株的同源性可以达到98％,与ERA株的同源性达90％。讨论了G基因中与毒性相关的核苷酸和氨基酸的特点。
