黄藤2个NAC基因的分子特征及其SSR分子标记开发 被引量：3

1

作者 孙化雨 李利超 +3 位作者 赵韩生 杨意宏 王思宁 高志民 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第8期132-140,共9页

【目的】棕榈藤是重要的森林植物,纤鞭是其重要的攀援器官,也是重要的分类依据。研究黄藤NAC(NAM,ATAF和CUC)转录因子基因的分子特征并开发SSR分子标记,以期为棕榈藤的分子育种和辅助分类提供参考依据。【方法】以黄藤为材料,借助转录... 【目的】棕榈藤是重要的森林植物,纤鞭是其重要的攀援器官,也是重要的分类依据。研究黄藤NAC(NAM,ATAF和CUC)转录因子基因的分子特征并开发SSR分子标记,以期为棕榈藤的分子育种和辅助分类提供参考依据。【方法】以黄藤为材料,借助转录组数据,采用同源克隆的方法从黄藤中分离NAC基因,采用生物信息学方法进行基因结构、蛋白性质与结构分析和SSR位点预测,采用实时定量PCR技术分析基因的组织表达特性,利用PAGE电泳和测序技术分析SSR分子标记在不同棕榈藤样品中的通用性和多态性。【结果】从黄藤叶片中获得了2个NAC同源基因DjNAC3(Gen Bank登录号:KU556738)和DjNAC4(Gen Bank登录号:KX579750),二者的开放阅读框长度分别为729 bp和1 326 bp,对应的基因组序列为850 bp和1 441 bp,均包含2个外显子和1个内含子。DjNAC3和DjNAC4编码的蛋白分别为242 aa和441 aa。蛋白结构分析表明,DjNAC3和DjNAC4具有典型的NAC转录因子结构特征,属于NAC家族的CUC亚家族,但二者之间的相似系数仅为23.6%,表明它们在黄藤生长发育过程中可能具有不同的功能。DjNAC3和DjNAC4在不同组织中的表达模式存在明显差异,DjNAC3在发育成熟纤鞭中的表达丰度最高,叶片中的表达丰度最低,而DjNAC4则在发育成熟的钩刺中表达丰度最高,而发育初期的钩刺中最低。在DjNAC3和DjNAC4的基因组序列中分别包含1个SSR位点,其中前者的SSR位点位于内含子区域,为(TA)6,后者的SSR位点位于第1个外显子区域,为(GCA)5。根据DjNAC3和DjNAC4中SSR位点旁侧序列设计引物,以黄藤和另外20个不同棕榈藤样品的基因组DNA为模板进行扩增,PAGE电泳结果分析表明,引物具有较高的通用性,且扩增产物具有多态性。6个样品的测序结果证实,用DjNAC3设计引物的扩增产物测序获得的SSR位点序列存在着一定的差异,既包括SSR类型变异、重复次数变化等多态性,又有SSR位点� 展开更多

关键词 黄藤 NAC 基因表达 ssr开发

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基于草莓基因组序列高通量开发月季SSR标记 被引量：3

2

作者 李淑斌 周宁宁 +8 位作者 王其刚 陈敏 周青 蹇洪英 晏慧君 邱显钦 张颢 王书芳 唐开学 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第6期2681-2685,共5页

研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系,高通量开发月季SSR共显性标记。利用MISA软件对总长206.8Mb的草莓基因组序列进行扫描,共识别49 029个SSR位点,平均每4.2 kb包含1个SSR位点。利用primer3软件成功对21 288个SSR位点设计引物... 研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系,高通量开发月季SSR共显性标记。利用MISA软件对总长206.8Mb的草莓基因组序列进行扫描,共识别49 029个SSR位点,平均每4.2 kb包含1个SSR位点。利用primer3软件成功对21 288个SSR位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’(Rosa chinensis‘Old blush’)和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’(Rosa wichuriana‘Basye’s thornless’),随机选取300对SSR引物进行PCR扩增,40对引物获得清晰条带,扩增率为13.3%,发现其中8个可转移的SSR位点位于草莓基因组第六染色体63 959 bp的基因组区间。研究结果为月季和草莓间的比较基因组学研究提供了分子证据,为月季生物学研究提供宝贵的标记资源。 展开更多

关键词 草莓属 月季 基因组同线性 ssr开发

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转录组测序及其在药用植物上的应用 被引量：32

3

作者 赵振宇 王仕玉 +3 位作者 郭凤根 尹冬梅 朱旭海 杜玉霞 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期820-825,共6页

RNA-Seq是一种新崛起的转录组学研究方法,新一代测序技术(NGS)能够更快速、更准确地为人们提供更多的生物体转录信息,已被广泛应用于医学研究、生物学研究、药物研发和临床研究等领域。药用植物转录组是现今研究药用植物基因组最活跃的... RNA-Seq是一种新崛起的转录组学研究方法,新一代测序技术(NGS)能够更快速、更准确地为人们提供更多的生物体转录信息,已被广泛应用于医学研究、生物学研究、药物研发和临床研究等领域。药用植物转录组是现今研究药用植物基因组最活跃的领域之一,我们可从整体水平了解细胞中基因表达情况及其调控规律。对转录组的研究将有助于解决遗传育种和基因进化等诸多方面的问题。本综述简要介绍了转录组测序的原理,并从功能基因挖掘、SSR分子标记开发和代谢途径探索等3个方面综述了国内外近5年的转录组测序在药用植物上的应用进展,为药用植物的研究提供了更多基础数据。 展开更多

关键词 转录组测序 药用植物 功能基因挖掘 ssr分子标记开发 代谢途径探索

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三岛柴胡基因组Survey分析及SSR位点挖掘 被引量：8

4

作者 朱楚然 徐娇 +3 位作者 都明理 王丽红 隋春 魏建和 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第18期3960-3966,共7页

柴胡是我国传统中药材,主要用于治疗感冒及保肝护肝等。三岛柴胡是日本栽培品种,在我国和韩国等国家地区亦有种植。在大规模全基因组深度测序之前,需要进行低覆盖度的基因组Survey测序,以评价基因组的大小及复杂程度,确定适合该植物全... 柴胡是我国传统中药材,主要用于治疗感冒及保肝护肝等。三岛柴胡是日本栽培品种,在我国和韩国等国家地区亦有种植。在大规模全基因组深度测序之前,需要进行低覆盖度的基因组Survey测序,以评价基因组的大小及复杂程度,确定适合该植物全基因组测序研究策略。该研究采用二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2000)进行了三岛柴胡的Survey测序分析,并对所获得基因组序列进行了SSR分析,利用Primer 3设计SSR特异引物并随机选择33对引物以三岛柴胡DNA为模板,进行PCR扩增,对PCR体系以及最佳退火温度进行筛选。共获得了288.64 G基因组数据,估计基因组大小为2119.58Mb,测得基因组数据深度为138×,杂合率为1.84%,重复序列比例为83.89%,推测三岛柴胡基因组属于复杂基因组。采用K-mer=41初步组装,得到contig N50224 bp,总长896.97 Mb,scaffold N50313 bp,总长922.67 Mb。三岛柴胡基因组序列数据中,共检测到91377条SSR序列,分布于70809条独立基因。主要类型为二核苷酸重复,存在49680条,占比70.16%。在合成的33对引物中,有21对引物成功扩增出目标条带。研究结果为后续大规模基因组测序、开发鉴定柴胡种质和性状定位的SSR分子标记奠定了基础。 展开更多

关键词 三岛柴胡 基因组Survey分析 ssr标记开发

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基于转录组测序的核桃(Juglans regia L.)SSR标记开发 被引量：7

5

作者 覃阳 全绍文 +2 位作者 周丽 杨洁萍 牛建新 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第20期6736-6742,共7页

本研究通过高通量测序技术结合MISA软件分析核桃转录组中SSR的分布类型及特点。通过Primer 3设计得到426对SSR引物,以来源于新疆林业科学院的10份核桃种质对随机合成的10对引物进行多态性筛选,并对核桃转录组数据进行了SSR位点搜索和分... 本研究通过高通量测序技术结合MISA软件分析核桃转录组中SSR的分布类型及特点。通过Primer 3设计得到426对SSR引物,以来源于新疆林业科学院的10份核桃种质对随机合成的10对引物进行多态性筛选,并对核桃转录组数据进行了SSR位点搜索和分析,继而开发SSR标记。利用MISA软件在132 154条Unigenes共检测出63 400个SSR位点,分布于47 169条Unigene中,出现频率为47.97%,平均分布距离为2.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的55.73%,34.48%和8.63%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占二核苷酸重复的64.77%,三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主。10对引物进行多态性验证分析结果显示:8对有效扩增引物中,7对引物在10份不同核桃种质中表现出多态性。以上结果表明,核桃转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源。开发的大批量SSR标记可为核桃种质资源遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。 展开更多

关键词 核桃(Juglans regia L.) 转录组 ssr标记开发

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基于大球盖菇基因组的SSR分子标记开发及指纹数据库应用 被引量：2

6

作者 李雪松 孙达锋 +4 位作者 刘绍雄 张俊波 岳万松 李建英 华蓉 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期84-93,共10页

以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供... 以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供参考依据。结果表明:总计检索到6种SSR类型的2 124条序列,其中主要以三核苷酸类型为主,共计704,占SSR总数的33.15%;五、六碱基重复类型较多,但总和只占全部SSR数量的14.59%。由验证试验获得16对引物,其中引物DQGSSR020、DQGSSR031、DQGSSR077的多态性较高、特异性好、无杂峰、荧光亮度高、区分度好。同时,基于16对SSR引物进行大球盖菇DNA指纹编码构建,获得了13个大球盖菇菌株的32位数分子指纹数据库编码。 展开更多

关键词 大球盖菇 基因组 ssr分子标记开发

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基于滇黄精转录组序列的SSR标记开发及其在黄精属资源分析中的应用 被引量：3

7

作者 钱丽华 严建立 +3 位作者 吴晓疆 阮松林 尹舒雅 崔海瑞 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第5期1120-1131,共12页

本研究基于滇黄精转录组序列开发简单重复序列(SSR)标记并将其应用于黄精属资源分析。设计合成了45对SSR引物,经PCR扩增验证,选择其中20对SSR引物对75份黄精属资源进行分析。结果表明,共在46416个Unigene中检出含有二核苷酸~六核苷酸重... 本研究基于滇黄精转录组序列开发简单重复序列(SSR)标记并将其应用于黄精属资源分析。设计合成了45对SSR引物,经PCR扩增验证,选择其中20对SSR引物对75份黄精属资源进行分析。结果表明,共在46416个Unigene中检出含有二核苷酸~六核苷酸重复类型的SSR位点60238个,序列SSR发生频率为22.78%,平均分布距离约7.07 kb;SSR位点中的主导类型是二核苷酸和三核苷酸重复,分别占50.06%和34.89%。测试的45对SSR引物中有34对(75.56%)可扩增SSR条带。筛选的20对引物共扩增出153个条带,多态率为98.69%,每对引物扩增条带4.00~14.00个,平均7.65个,不同SSR标记的多态性信息含量为0.626~0.973,平均为0.870。75份材料的等位基因数和遗传相似系数分别为7.00~52.00个和0.531~0.941,平均值分别为24.65个和0.689,显示出丰富的遗传多样性。基于SSR标记分析的聚类图显示,在遗传相似系数0.666处可将供试材料分为4类,较好地反映了供试材料的分类归属。此外,还发现5份多花黄精材料具有特异性的SSR条带扩增或缺失,可作为不同多花黄精材料鉴定的重要分子依据。本研究开发的SSR标记多态性较高,能够有效揭示黄精属种质资源的遗传多样性,对于丰富黄精分子标记种类、构建遗传图谱、促进种质资源的评价与育种应用、开展特定性状的辅助选择等研究都具有重要的意义。 展开更多

关键词 黄精 转录组 ssr标记开发 资源分析

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基于热胁迫甜玉米雌穗发育差异表达基因的SSR标记开发 被引量：4

8

作者 李余良 胡建广 +4 位作者 夏磊 刘建华 韩福光 李高科 于永涛 《中国农学通报》 2015年第3期244-248,共5页

为了开发适用于甜玉米抗性遗传的SSR标记,通过对高通量测序基因表达谱技术获取的热胁迫下粤甜13号雌穗发育差异表达基因进行分析,应用生物信息学方法从玉米DNA数据库中开发SSR标记。结果表明,以玉米参考基因数据库获取的58个基因相应序... 为了开发适用于甜玉米抗性遗传的SSR标记,通过对高通量测序基因表达谱技术获取的热胁迫下粤甜13号雌穗发育差异表达基因进行分析,应用生物信息学方法从玉米DNA数据库中开发SSR标记。结果表明,以玉米参考基因数据库获取的58个基因相应序列中,发现53个基因序列存在252个SSR位点,SSR检出率为4.8%,从中开发了251对SSR引物。合成了其中100对SSR引物经PCR及电泳检测,12对引物能在3个甜玉米材料中检测出较好的多态性,占被检测引物的12.0%,扩增带型清晰、稳定性好,这些SSR引物可应用于今后甜玉米抗逆研究中。 展开更多

关键词 甜玉米 热胁迫 ssr标记开发 多态性

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基于转录组序列的岩白菜SSR位点特征与引物开发 被引量：2

9

作者 刁雨辰 李沛欣 +2 位作者 郭凤根 王仕玉 李娟 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第22期7428-7432,共5页

本研究对岩白菜转录组测序获得的94755条Unigene用MISA软件进行SSR位点挖掘和分析,共获得10237个SSR位点,SSR出现频率为10.80%,所有的SSR位点分布于9001条Unigene上,发生频率为9.50%;二核苷酸(72.31%)分布最多,其次是三核苷酸(22.29%),... 本研究对岩白菜转录组测序获得的94755条Unigene用MISA软件进行SSR位点挖掘和分析,共获得10237个SSR位点,SSR出现频率为10.80%,所有的SSR位点分布于9001条Unigene上,发生频率为9.50%;二核苷酸(72.31%)分布最多,其次是三核苷酸(22.29%),主导的重复基元类型是AG/CT。利用Primer 5.0进行引物设计,随机筛选100对引物进行验证,有60对可以扩增出与预期大小相符的条带,且多态性较好。结果表明基于岩白菜转录组序列开发SSR标记是可行的,这些SSR引物的开发有助于岩白菜的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。 展开更多

关键词 岩白菜(Bergenia purpurascens) 转录组 ssr位点特征 ssr引物开发

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马铃薯淀粉含量相关SSR分子标记的开发及候选基因的初步确定 被引量：2

10

作者 金兴红 于卓 +3 位作者 张霞 于肖夏 李佳奇 李景伟 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第8期2671-2676,共6页

淀粉含量是衡量马铃薯品质的重要性状之一,本试验以高淀粉四倍体马铃薯野生种‘YSP-4’与低淀粉四倍体马铃薯品系‘MIN-021’杂交获得的F2代分离群体为材料,基于BSA分析技术,开发了2个与马铃薯淀粉含量紧密连锁的SSR分子标记SSR-152和SS... 淀粉含量是衡量马铃薯品质的重要性状之一,本试验以高淀粉四倍体马铃薯野生种‘YSP-4’与低淀粉四倍体马铃薯品系‘MIN-021’杂交获得的F2代分离群体为材料,基于BSA分析技术,开发了2个与马铃薯淀粉含量紧密连锁的SSR分子标记SSR-152和SSR-174,并对其进行单标记分析验证。本研究对这2个标记片段进行了回收、纯化、测序及blastn序列比对发现,与基因XM_006348370.1的同源性分别为96.63%和98.04%,该基因可能与马铃薯淀粉合成相关基因Patatin和耐旱基因有关,通过调控糖的合成与代谢,进而影响淀粉含量的积累,初步确定为候选基因。这2个标记为马铃薯淀粉相关候选基因的筛选、克隆以及开展分子标记辅助育种等研究奠定了基础。 展开更多

关键词 马铃薯 淀粉含量 ssr标记开发 候选基因

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绣球藤叶片转录组分析及SSR引物开发

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作者 陶仕珍 田斌 +1 位作者 孙正海 张睿 《江苏农业科学》 2018年第18期43-46,共4页

转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有转录本的集合,转录组研究能够从整体水平上探讨基因功能及基因结构,揭示特定生物学过程的分子机制。利用Illumina测序平台对绣球藤叶片的转录组进行测序,共得到原始read... 转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有转录本的集合,转录组研究能够从整体水平上探讨基因功能及基因结构,揭示特定生物学过程的分子机制。利用Illumina测序平台对绣球藤叶片的转录组进行测序,共得到原始reads 92 042 086个;对其测序组装总共获得202 340个unigene,长度分布于201～19 415bp之间,平均长度为642 bp;数据库中的序列同源性比较表明,95 586个unigene与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性;绣球藤转录组中的unigene根据基因本体论(gene ontology,简称GO)功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类和38个亚类;将unigene与蛋白质直系同源数据库(cluster of orthologous groups,简称COG)数据库进行比对,根据其功能大致可分为26类; KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将unigene定位到5个代谢途径分支; KEGG通路分析显示,参与翻译的unigenes最多有550条,并得到10 255个简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点,能为今后对铁线莲属植物资源的研究和有效利用奠定基础。 展开更多

关键词 绣球藤 转录组 基因功能与结构 ssr引物开发 测序

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