为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP,本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料,从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP,并进行GO和Pathway注释。从对照(ck,c)和处理(salt-treated,s)中分别检测到SNPc(对照中的SNP)12 659个、SNPs...为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP,本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料,从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP,并进行GO和Pathway注释。从对照(ck,c)和处理(salt-treated,s)中分别检测到SNPc(对照中的SNP)12 659个、SNPs(处理材料的SNP)16 871个,其中对照特有SNP(SNPc-only)2 102个,盐胁迫后样品特有SNP(SNPs-only)4 547个。GO注释分析发现gene^(SNPc),gene^(SNPs),gene^(SNPc-onl)y在分子功能、细胞组分、生物进程富集的比例基本一致,而gene SNPs-only在每个分类中的基因比例都明显大于前三个。Pathway分析表明,gene^(SNPc),gene^(SNPs),gene^(SNPc-only),gene^(SNPs-only)显著富集的通路也不完全相同。以磷酸肌醇代谢途径和茉莉酸信号途径为重点,qRT-PCR(Quantitative Real Time PCR)验证通路中的差异表达基因,并初步分析这些基因上SNP的位置、酶切效应以及是否会导致氨基酸变异。展开更多
竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR,简称KASP)是一种基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)的新型基因分型技术,可从基因组水平对SNP和插入缺失多态性(insertion and deletion...竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR,简称KASP)是一种基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)的新型基因分型技术,可从基因组水平对SNP和插入缺失多态性(insertion and deletion,简称Indel)进行精准分型,被广泛应用于生命科学研究以及医学领域。KASP与其他分型技术相比,支持低、中、高通量SNP检测,具备成本低、特异性好、准确性高等优势,可通过分子检测手段对家畜功能基因进行准确分型,从而达到优良性状的定向改良育种目标。目前,KASP技术已在牛功能基因相关SNP检测、疾病分型等方面应用起来,本文对近年来KASP技术及其在牛SNP基因分型中的应用研究进展进行概述,以期为该技术在牛的产乳、产肉等性状的改良应用方面提供借鉴。展开更多
目的探讨SNP微列阵检测染色体异常与稽留流产的关系。方法基于SNP微列阵检测法,检测对象为2016年12月至2018年6月期间于九江学院附属医院妇产科就诊的稽留流产的患者。从中随机抽取60例作为实验组,行人工流产术获取流产绒毛组织。同时,...目的探讨SNP微列阵检测染色体异常与稽留流产的关系。方法基于SNP微列阵检测法,检测对象为2016年12月至2018年6月期间于九江学院附属医院妇产科就诊的稽留流产的患者。从中随机抽取60例作为实验组,行人工流产术获取流产绒毛组织。同时,随机选取60例因计划外妊娠于本院行人工流产术患者作为对照组。所有样本采用随机分层抽样方法,以年龄进行分层,每层抽取20个患者作为调查对象。对照组采用传统的绒毛细胞核型分析方法进行分析,实验组采用illumina Human Cyto SNP-12芯片对流产组织绒毛DNA进行SNP微阵列检测,检查稽留流产患者染色体异常及分型情况,并采用多因素分析方法分析其相关性。结果数据分析结果显示,实验组和对照组绒毛细胞培养差异无统计学意义,但实验组准确率明显高于对照组,两组对比差异具有统计学意义(P<0.05)。结论SNP微列阵检测技术,能够全面深入分析染色体异常与稽留流产的关系,从而为临床医学诊断和治疗等提供重要参考,在临床值得进一步应用和推广。展开更多
文摘为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP,本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料,从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP,并进行GO和Pathway注释。从对照(ck,c)和处理(salt-treated,s)中分别检测到SNPc(对照中的SNP)12 659个、SNPs(处理材料的SNP)16 871个,其中对照特有SNP(SNPc-only)2 102个,盐胁迫后样品特有SNP(SNPs-only)4 547个。GO注释分析发现gene^(SNPc),gene^(SNPs),gene^(SNPc-onl)y在分子功能、细胞组分、生物进程富集的比例基本一致,而gene SNPs-only在每个分类中的基因比例都明显大于前三个。Pathway分析表明,gene^(SNPc),gene^(SNPs),gene^(SNPc-only),gene^(SNPs-only)显著富集的通路也不完全相同。以磷酸肌醇代谢途径和茉莉酸信号途径为重点,qRT-PCR(Quantitative Real Time PCR)验证通路中的差异表达基因,并初步分析这些基因上SNP的位置、酶切效应以及是否会导致氨基酸变异。
文摘竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR,简称KASP)是一种基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)的新型基因分型技术,可从基因组水平对SNP和插入缺失多态性(insertion and deletion,简称Indel)进行精准分型,被广泛应用于生命科学研究以及医学领域。KASP与其他分型技术相比,支持低、中、高通量SNP检测,具备成本低、特异性好、准确性高等优势,可通过分子检测手段对家畜功能基因进行准确分型,从而达到优良性状的定向改良育种目标。目前,KASP技术已在牛功能基因相关SNP检测、疾病分型等方面应用起来,本文对近年来KASP技术及其在牛SNP基因分型中的应用研究进展进行概述,以期为该技术在牛的产乳、产肉等性状的改良应用方面提供借鉴。
文摘目的探讨SNP微列阵检测染色体异常与稽留流产的关系。方法基于SNP微列阵检测法,检测对象为2016年12月至2018年6月期间于九江学院附属医院妇产科就诊的稽留流产的患者。从中随机抽取60例作为实验组,行人工流产术获取流产绒毛组织。同时,随机选取60例因计划外妊娠于本院行人工流产术患者作为对照组。所有样本采用随机分层抽样方法,以年龄进行分层,每层抽取20个患者作为调查对象。对照组采用传统的绒毛细胞核型分析方法进行分析,实验组采用illumina Human Cyto SNP-12芯片对流产组织绒毛DNA进行SNP微阵列检测,检查稽留流产患者染色体异常及分型情况,并采用多因素分析方法分析其相关性。结果数据分析结果显示,实验组和对照组绒毛细胞培养差异无统计学意义,但实验组准确率明显高于对照组,两组对比差异具有统计学意义(P<0.05)。结论SNP微列阵检测技术,能够全面深入分析染色体异常与稽留流产的关系,从而为临床医学诊断和治疗等提供重要参考,在临床值得进一步应用和推广。
