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甜菜小G蛋白BvRab基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
1
作者
付荻
刘赫
+1 位作者
于冰
李海英
《中国糖料》
2024年第1期1-12,共12页
【目的】在全基因组范围内鉴定甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员,为研究甜菜小G蛋白BvRab基因家族功能奠定基础。【方法】本研究利用生物信息学手段对甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员进行筛选鉴定并进行理化性质、基因结构、蛋白保守基序、...
【目的】在全基因组范围内鉴定甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员,为研究甜菜小G蛋白BvRab基因家族功能奠定基础。【方法】本研究利用生物信息学手段对甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员进行筛选鉴定并进行理化性质、基因结构、蛋白保守基序、系统进化、染色体定位及共线性、启动子顺式作用元件和蛋白质互作预测分析。【结果】共鉴定到58个甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员。同一类型中的不同基因具有较为一致的外显子和内含子结构,家族成员共有5个蛋白保守基序;甜菜小G蛋白BvRab基因家族包含8个亚家族;家族成员不均匀地分布在甜菜的9条染色体上;BvRab基因家族成员与番茄、拟南芥中的小G蛋白Rab基因家族亲缘关系较近,与水稻中的小G蛋白Rab基因家族亲缘关系较远;BvRab基因家族成员启动子中含有多个激素应答元件和逆境应答元件;BvRab蛋白与参与植物生长发育及逆境应答相关的多种转录因子相互作用。【结论】本研究鉴定出58个BvRab基因家族成员,该基因家族成员可能在植物生长发育及逆境应答方面发挥重要作用。
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关键词
甜菜
小G蛋白
rab
基因
家族
生物信息学分析
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职称材料
Rab基因家族在MDA-MB-231乳腺癌细胞胞体和伪足中的差异表达
被引量:
2
2
作者
张万秋
田寅辉
朱一超
《南京医科大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第9期1192-1198,共7页
目的:以表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)刺激MDA-MB-231乳腺癌细胞胞体和伪足分离,在此基础上,鉴定Rab基因家族在胞体和伪足中的差异表达谱。方法:运用Boyden小室技术分离EGF刺激下MDA-MB-231乳腺癌细胞的胞体和伪足,并鉴定...
目的:以表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)刺激MDA-MB-231乳腺癌细胞胞体和伪足分离,在此基础上,鉴定Rab基因家族在胞体和伪足中的差异表达谱。方法:运用Boyden小室技术分离EGF刺激下MDA-MB-231乳腺癌细胞的胞体和伪足,并鉴定Rab基因家族在乳腺癌细胞胞体和伪足中的差异表达谱。结果:RAB1A等21个基因在胞体中高表达,RAB7A等16个基因在伪足中高表达,RAB3B等24个基因在胞体和伪足中的表达量大体相等。结论 :本研究建立的基于Boyden小室技术的实验方法可以有效分离乳腺癌细胞的胞体和伪足,在此基础上鉴定了一类在EGF趋化刺激下乳腺癌细胞伪足中富集的Rab基因,从而为进一步深入研究乳腺癌细胞伪足伸展的确切分子机制提供新的思路和研究方向。
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关键词
BOYDEN小室
MDA-MB-231乳腺癌细胞
rab
基因
家族
基因
表达
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职称材料
题名
甜菜小G蛋白BvRab基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
1
作者
付荻
刘赫
于冰
李海英
机构
黑龙江大学生命科学学院/农业微生物技术教育部工程研究中心/黑龙江省寒区植物基因与生物发酵重点实验室/黑龙江省普通高校分子生物学重点实验室
出处
《中国糖料》
2024年第1期1-12,共12页
基金
国家自然基金面上项目“转录因子BvGT-1调控乙二醛酶Ⅰ基因参与甜菜单体附加系耐盐的分子机制”(32072122)资助。
文摘
【目的】在全基因组范围内鉴定甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员,为研究甜菜小G蛋白BvRab基因家族功能奠定基础。【方法】本研究利用生物信息学手段对甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员进行筛选鉴定并进行理化性质、基因结构、蛋白保守基序、系统进化、染色体定位及共线性、启动子顺式作用元件和蛋白质互作预测分析。【结果】共鉴定到58个甜菜小G蛋白BvRab基因家族成员。同一类型中的不同基因具有较为一致的外显子和内含子结构,家族成员共有5个蛋白保守基序;甜菜小G蛋白BvRab基因家族包含8个亚家族;家族成员不均匀地分布在甜菜的9条染色体上;BvRab基因家族成员与番茄、拟南芥中的小G蛋白Rab基因家族亲缘关系较近,与水稻中的小G蛋白Rab基因家族亲缘关系较远;BvRab基因家族成员启动子中含有多个激素应答元件和逆境应答元件;BvRab蛋白与参与植物生长发育及逆境应答相关的多种转录因子相互作用。【结论】本研究鉴定出58个BvRab基因家族成员,该基因家族成员可能在植物生长发育及逆境应答方面发挥重要作用。
关键词
甜菜
小G蛋白
rab
基因
家族
生物信息学分析
Keywords
sugar beet
small GTP-binding proteins
rab
gene family
bioinformatics analysis
分类号
S566.3 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
Rab基因家族在MDA-MB-231乳腺癌细胞胞体和伪足中的差异表达
被引量:
2
2
作者
张万秋
田寅辉
朱一超
机构
泰州职业技术学院
南京医科大学生理学系
出处
《南京医科大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第9期1192-1198,共7页
基金
国家自然科学基金青年基金资助(81101999)
文摘
目的:以表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)刺激MDA-MB-231乳腺癌细胞胞体和伪足分离,在此基础上,鉴定Rab基因家族在胞体和伪足中的差异表达谱。方法:运用Boyden小室技术分离EGF刺激下MDA-MB-231乳腺癌细胞的胞体和伪足,并鉴定Rab基因家族在乳腺癌细胞胞体和伪足中的差异表达谱。结果:RAB1A等21个基因在胞体中高表达,RAB7A等16个基因在伪足中高表达,RAB3B等24个基因在胞体和伪足中的表达量大体相等。结论 :本研究建立的基于Boyden小室技术的实验方法可以有效分离乳腺癌细胞的胞体和伪足,在此基础上鉴定了一类在EGF趋化刺激下乳腺癌细胞伪足中富集的Rab基因,从而为进一步深入研究乳腺癌细胞伪足伸展的确切分子机制提供新的思路和研究方向。
关键词
BOYDEN小室
MDA-MB-231乳腺癌细胞
rab
基因
家族
基因
表达
Keywords
Boyden chamber
MDA-MB-231 breast cancer cell
rab
gene family
gene expression
分类号
R73-37 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
甜菜小G蛋白BvRab基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
付荻
刘赫
于冰
李海英
《中国糖料》
2024
0
下载PDF
职称材料
2
Rab基因家族在MDA-MB-231乳腺癌细胞胞体和伪足中的差异表达
张万秋
田寅辉
朱一超
《南京医科大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012
2
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职称材料
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引证文献
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