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圈养不同性别林麝粪便菌群多样性研究 被引量：11
1
作者 赵贵军 竭航 +5 位作者 朱吉彬 郑程莉 曾德军 张承露 戚文华 封孝兰 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第7期1652-1658,I0001,共8页
【目的】采用16S rRNA高通量测序技术来揭露雄性和雌性林麝的粪便菌群的结构和组成。【方法】选取10只雌性和10只雄性林麝作为试验动物,采集其新鲜粪便,提取微生物总DNA,用细菌通用引物PCR扩增16S rRNA的V3~V4区,用Illumina MiSeq测序... 【目的】采用16S rRNA高通量测序技术来揭露雄性和雌性林麝的粪便菌群的结构和组成。【方法】选取10只雌性和10只雄性林麝作为试验动物,采集其新鲜粪便,提取微生物总DNA,用细菌通用引物PCR扩增16S rRNA的V3~V4区,用Illumina MiSeq测序平台对扩增产物进行高通量测序,用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。【结果】雄性样本、雌性样本分别平均为57 504±8187条、50 190±6963条有效序列。在α多样性分析中雌雄微生物丰富度和多样性在组间均无显著差异(P>0.05),但雄性微生物的丰富度、多样性高于雌性。门水平中,Firmicutes,Proteobacteria和Bacteroidetes为雌雄主要3个优势门类,其中Bacteroidetes在雌性所占比例较雄性高。科水平中Ruminococcaceae,Lachnospiraceae和*Clostridiales为雌雄主要3个优势科类,此外雌性含有更多的*Bacteroidales,雄性含有更多的Pseudomonadaceae和Enterobacteriaceae。主成分分析和以偏最小二乘回归的判别模型和菌群代谢功能聚类分析都反映出雌性和雄性存在差异,而且发现雄性的样本重复性好于雌性的重复性,但都存在一定的个体差异。【结论】雄性和雌性林麝粪便中细菌组成成分没有显著差异,但同类细菌在不同个体和分组上存在比例上的高低差异,雄性微生物组成包含更多的潜在致病菌例如Pseudomonadaceae,而雌性微生物包含更多有益菌*Bacteroidales,这可能反映出雄性和雌性对于疾病抵抗能力的不同。 展开更多
关键词 林麝 不同性别 粪便微生物 高通量测序 致病菌
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宁波三江口水域原核生物群落结构分析 被引量：9
2
作者 胡安谊 李姜维 +2 位作者 杨晓永 王弘杰 于昌平 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第7期2487-2495,共9页
首次应用16S rRNA基因-Illumina Miseq高通量测序技术对甬江流域宁波三江口区域的表层水体原核生物群落进行了分析,共获得215 504条高质量序列.多样性指数分析表明,该流域的水体原核生物群落具有较高的遗传多样性和丰富度.菌群分类分析... 首次应用16S rRNA基因-Illumina Miseq高通量测序技术对甬江流域宁波三江口区域的表层水体原核生物群落进行了分析,共获得215 504条高质量序列.多样性指数分析表明,该流域的水体原核生物群落具有较高的遗传多样性和丰富度.菌群分类分析发现,β-变形菌纲(β-Proteobacterium)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是主要的优势菌群,其相对丰度占总群落的78.88%.对比不同站位的原核生物群落,发现水文环境可能是影响三江口水域原核生物群落组成和结构的重要因素之一.与以往报道对比分析表明,甬江流域分布有多种污水和粪便污染指示菌,其中余姚江污染指示菌的丰度最高,说明其受污染的风险可能较高.病原菌BLASTN分析表明,在种和亚种水平上,分别检出76和18种潜在病原菌,占序列总量的2.19%和0.40%.本研究为系统认识甬江流域原核生物群落结构及生态功能提供了重要基础数据. 展开更多
关键词 甬江流域 原核生物群落 16S rRNA基因-Illumina Miseq测序 污染指示菌 潜在病原
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九龙江流域潜在病原菌污染分析 被引量：5
3
作者 侯丽媛 胡安谊 +1 位作者 马英 于昌平 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1742-1749,共8页
近年来,由于流域经济快速发展和城镇化进程加快等原因,九龙江水污染问题日趋严重.为全面认识九龙江流域病原菌的分布状况,应用16S rRNA基因-454焦磷酸测序技术测定九龙江支流西溪、北溪水体和沉积物中细菌16S rRNA基因V1~V3高变区,共获... 近年来,由于流域经济快速发展和城镇化进程加快等原因,九龙江水污染问题日趋严重.为全面认识九龙江流域病原菌的分布状况,应用16S rRNA基因-454焦磷酸测序技术测定九龙江支流西溪、北溪水体和沉积物中细菌16S rRNA基因V1~V3高变区,共获得204 216条高质量序列.通过与病原菌参考数据库对比分析发现,九龙江分布有68个潜在病原菌属,占序列总量的6.1%.其中梭菌属(Clostridium)、分支杆菌属(Mycobacterium)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)在所有样品中都有检出,且丰度最高,分别占病原菌属序列总量的54.5%、5.9%和5.6%.在种水平上,九龙江分布有48种病原菌,占序列总量的0.76%.其中Afipia felis、Mycobacterium asiaticum、Clostridium baratii、Brucella melitensis和Delftia tsuruhatensis是丰度最高的5种病原菌,分别占病原菌种序列总量的48.9%、20.3%、8%、2.7%和1.7%.统计分析表明,九龙江水体中分布的病原菌种类数(属或种)显著高于沉积物中,且西溪水体检出的病原菌种类(属或种)和丰度最高,说明九龙江水体,尤其是西溪水体受病原菌污染的风险较高.此外,相关分析表明,九龙江水体中病原菌的种类数(属或种)和丰度与营养盐(氮、磷)有着显著的正相关关系,说明九龙江水体中分布的病原菌与沿岸的人类活动,如养殖业、污水排放等密切相关.因此,为保证流域的公共卫生安全,需进一步加强污染源清理整顿工作,开展水环境病原菌的实时监测. 展开更多
关键词 九龙江流域 潜在病原菌 16S RRNA基因 454焦磷酸测序 生物信息分析
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入侵种真江蓠保护性细菌与条件致病菌的分离与鉴定
4
作者 侯明磊 任艺飞 +2 位作者 Luisa Düsedau Florian Weinberger 王高歌 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期78-85,共8页
为了解海水升温对入侵种真江蓠可培养附生细菌群落的影响,运用德国基尔Helmhotlz海洋研究中心的Benthocosm系统和传统的微生物培养方法,分离、鉴定了23和26℃条件下入侵种真江蓠表面的附生细菌,通过分析16S rRNA基因同源性来进行分离菌... 为了解海水升温对入侵种真江蓠可培养附生细菌群落的影响,运用德国基尔Helmhotlz海洋研究中心的Benthocosm系统和传统的微生物培养方法,分离、鉴定了23和26℃条件下入侵种真江蓠表面的附生细菌,通过分析16S rRNA基因同源性来进行分离菌株的鉴定,并通过侵染实验筛选出保护性细菌和条件致病菌。本研究共分离、纯化79株细菌,其中鉴定出的菌种有粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、墨西哥微小杆菌(Exiguobacterium mexicanum)、Mammaliicoccus sciuri、溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)、新喀里多尼亚弧菌(Vibrio neocaledonicus)和相模原弧菌(Vibrio sagamiensis),隶属于厚壁菌门和变形菌门。侵染实验结果显示,相模原弧菌是保护性细菌,粪肠球菌、溶藻弧菌和新喀里多尼亚弧菌是条件致病菌。本研究丰富了入侵海藻真江蓠表面附生细菌的知识体系,同时,筛选的保护性菌株为防控真江蓠白化病的爆发提供技术支撑。 展开更多
关键词 真江蓠 温度 表面附生细菌 保护性细菌 条件致病菌
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农村分散式污水处理设施潜在致病细菌分布特征 被引量：4
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作者 詹俊 李现瑾 +2 位作者 韩云平 徐素 郭雪松 《环境工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期3924-3933,共10页
污水是病原微生物传播的重要介质之一。目前我国大多数农村地区生活污水经生化处理后,极少进行消毒就直接排放至自然水体,这是否会造成农村地区污水中病原微生物的传播尚不明确。为此,以未开消毒设施的一体化污水净化槽为研究对象,在其... 污水是病原微生物传播的重要介质之一。目前我国大多数农村地区生活污水经生化处理后,极少进行消毒就直接排放至自然水体,这是否会造成农村地区污水中病原微生物的传播尚不明确。为此,以未开消毒设施的一体化污水净化槽为研究对象,在其稳定运行阶段,分析了不同处理单元、尤其是出水中细菌种群及潜在致病性细菌种类的特征。结果表明,与进水相比,净化槽各单元均包含一定量的潜在致病细菌,尤其是出水中,检出了20种潜在致病细菌,以Flavobacterium、Pseudomonas等为主。其中部分潜在致病菌随着污水处理流程其丰度呈现上升趋势。例如,Aeromonas、Klebsiella、Arcobacter和Bacteroides在进水中几乎未检出,其相对丰度分别为0%、0%、0.01%和0.21%,但其在出水中检出的相对丰度则为1.26%、0.70%、0.24%和2.63%。以上研究结果初步表明,在农村地区生活污水生物处理设施各工段中,均存在一定的潜在致病性微生物;尤其值得注意的是,在不进行消毒的状态下,出水中也包含多种潜在致病性微生物,其排放对周边环境及人体健康可能存在一定影响。本研究结果可为后续村镇小型污水处理设施的健康风险评估提供参考。 展开更多
关键词 农村地区 生活污水 一体化污水净化槽 潜在致病细菌 分布特征
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海拔对空气细菌及潜在致病菌分布影响:以日喀则地区为例
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作者 刘沛钦 高梦珂 +1 位作者 苏建强 李虎 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第9期5196-5203,共8页
空气微生物与人群健康息息相关,受环境因素及人类活动影响,已成为全球关注的热点.为探究不同海拔下空气细菌及潜在人类致病细菌的分布规律,揭示海拔对空气细菌潜在风险影响,采集了西藏日喀则不同海拔区域的空气及土壤,基于细菌16S rRNA... 空气微生物与人群健康息息相关,受环境因素及人类活动影响,已成为全球关注的热点.为探究不同海拔下空气细菌及潜在人类致病细菌的分布规律,揭示海拔对空气细菌潜在风险影响,采集了西藏日喀则不同海拔区域的空气及土壤,基于细菌16S rRNA基因对其中的细菌群落及空气中的潜在致病细菌进行解析.Adonis分析结果表明,不同海拔区域空气与土壤微生物群落(基于Bray-Curtis距离)均存在显著性差异;维恩图结果表明,土壤对空气细菌的贡献随着海拔上升而降低;空气细菌Chao1指数在较高海拔地区显著低于(P<0.05)较低海拔地区,且较低海拔区域间细菌群落相似性显著高于(P<0.05)较低海拔与较高海拔地区间的相似性,表明海拔一定程度上影响空气微生物群落组成,但空气流动可能减少细菌群落间的差异;Proteobacteria(变形菌门)在空气细菌群落中占比为84%~91%,是空气细菌中的优势菌群.LEfSe分析结果表明,不同海拔地区将富集不同的空气细菌,比如Flavobacterium属的占比为2.69%~38.19%,且在较低海拔地区显著高于较高海拔地区.通过与人类致病细菌数据库比对发现,日喀则地区空气中潜在致病菌占总细菌的比例为2.69%~38.19%,且较低海拔地区显著高于(P<0.05)较高海拔地区,证明日喀则地区空气微生物对人类健康存在一定的健康风险,需引起广泛关注.研究结果不仅为空气微生物分布特征研究提供了一定的基础,也为我国空气环境质量提升及疾病预防提供了一定的科学支撑. 展开更多
关键词 空气微生物 潜在致病细菌 海拔 分布规律 人群健康
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昆明越冬红嘴鸥粪便潜在病原细菌及耐药基因与毒力因子组成
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作者 陈秀 何江波 +6 位作者 任禛 曹艳茹 曹丽琰 魏云芳 王纪爱 孔璟 柴雁菁 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1898-1916,共19页
【背景】昆明越冬红嘴鸥数量庞大且常与人近距离接触,其粪便细菌对人们有无感染威胁一直是关注焦点之一。【目的】探究红嘴鸥粪便中存在的潜在病原细菌及耐药表型、耐药基因与毒力因子。【方法】纯培养法分离鉴定粪便中的细菌,并对其中... 【背景】昆明越冬红嘴鸥数量庞大且常与人近距离接触,其粪便细菌对人们有无感染威胁一直是关注焦点之一。【目的】探究红嘴鸥粪便中存在的潜在病原细菌及耐药表型、耐药基因与毒力因子。【方法】纯培养法分离鉴定粪便中的细菌,并对其中的部分病原细菌进行耐药表型分析;宏基因组测序检测红嘴鸥粪便样本中的潜在病原细菌以及耐药和毒力因子。【结果】纯培养分离发现红嘴鸥粪便中优势潜在病原细菌为粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、威隆气单胞菌(Aeromonas veronii)、福氏志贺菌(Shigella flexneri)等;免培养方法检测到更多潜在病原细菌种,优势种为大肠埃希菌(Escherichia coli)、阿尔伯蒂埃希菌(Escherichia albertii)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)等,但这些也是人和动物肠道常见菌种;红嘴鸥粪便和滇池水中部分纯培养潜在病原细菌耐药表型不严重,但免培养检测到丰富的耐药与毒力因子,关联分析发现其来源菌种广,并不局限于病原细菌种,不过相似度覆盖度高的耐药基因中并未见临床关注耐药基因;此外,红嘴鸥粪便和滇池水中许多病原细菌所在属耐药基因含量相关性高。【结论】红嘴鸥粪便中未分离检测到二类病原细菌,也未发现临床常见病原细菌种同时具有临床关注的耐药情况,推测其粪便菌群对免疫力正常人群无感染威胁。 展开更多
关键词 红嘴鸥 潜在病原细菌 耐药基因 毒力因子 宏基因组测序
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野生动物馆舍环境细菌多样性及潜在致病菌对消毒剂的敏感性
8
作者 仉伟 刘青 +6 位作者 朱云芸 赵学乾 滕丽好 王启峰 周继生 李伟 张成林 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第11期77-84,共8页
为了解野生动物馆舍环境中细菌的多样性及潜在致病菌对消毒剂的敏感性,本试验选取济南动物园大象馆、猛兽馆和金丝猴馆3种哺乳动物馆舍作为研究对象,分别于冬、夏两季采集馆舍中的环境样本,利用Illumina高通量测序技术,比较不同季节动... 为了解野生动物馆舍环境中细菌的多样性及潜在致病菌对消毒剂的敏感性,本试验选取济南动物园大象馆、猛兽馆和金丝猴馆3种哺乳动物馆舍作为研究对象,分别于冬、夏两季采集馆舍中的环境样本,利用Illumina高通量测序技术,比较不同季节动物馆舍环境中的细菌多样性,并分离环境中的潜在致病菌,采用微量肉汤稀释法测定潜在致病菌对过硫酸氢钾复合物粉、二氯异氰尿酸钠粉、过氧乙酸溶液和戊二醛癸甲溴铵溶液的敏感性。结果显示,野生动物馆舍环境中的细菌Alpha多样性指数存在明显的季节性差异,Richness、Shannon、Chao1和Equitability四种指数冬季极显著高于夏季(P<0.01),Dominance指数冬季显著高于夏季(P<0.05),Simpson指数冬季显著低于夏季(P<0.05)。在群落组成方面,馆舍环境中的细菌主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)4个门组成,约占97%。从3种哺乳动物馆舍分离到不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、埃希氏-志贺菌属(Escherichia/Shigella)和链球菌属(Streptococcus)共5个属40株潜在致病菌,本试验条件下4种消毒剂对潜在致病菌的最低抑菌浓度(MIC)值均不高于厂家推荐的环境消毒使用浓度。本试验初步摸清了野生动物馆舍的环境细菌分布特征,以及潜在致病菌对消毒剂的敏感性,为改善笼舍环境卫生以及规范野生动物饲养管理提供参考依据。 展开更多
关键词 野生动物馆舍 细菌多样性 潜在致病菌 消毒剂敏感性
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入境船舶压载水潜在致病菌组成及影响因素研究
9
作者 沈浩 陆笑澜 +2 位作者 韩阳春 张迪 吕宝一 《海洋环境科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期260-266,共7页
船舶压载水直接促进了地理性隔离海域之间的水体交换,可作为潜在致病菌迁移扩散的媒介。本文以采集到的25艘入境船舶的压载水样品为研究对象,采用高通量测序技术对潜在致病菌群落组成和影响因素进行了初步解析。结果表明:变形菌(Proteob... 船舶压载水直接促进了地理性隔离海域之间的水体交换,可作为潜在致病菌迁移扩散的媒介。本文以采集到的25艘入境船舶的压载水样品为研究对象,采用高通量测序技术对潜在致病菌群落组成和影响因素进行了初步解析。结果表明:变形菌(Proteobacteria)、拟杆菌(Bacteroidetes)和放线菌(Actinobacteria)为压载水中的优势菌门。船舶压载水中共检出36个潜在致病菌属和19个潜在致病菌种。痤疮丙酸杆菌(Cutibacterium acnes)、大肠埃希氏杆菌(Escherichia coli)和表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)为压载水中最普遍的潜在致病菌,检出率超过50%。置换和未置换压载水中潜在致病菌的种类数量和丰度并无显著差异。此外,压载水中的潜在致病菌与磷酸盐及大肠埃希氏杆菌呈显著正相关性,表明其可能与近岸的人类活动有关。综上所述,相关部门应当对船舶压载水加强管理,以降低潜在致病菌的入侵扩散风险。 展开更多
关键词 船舶压载水 潜在致病菌 高通量测序 群落结构 压载水置换
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患病九孔鲍苗中异养菌产胞外酶的分析
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作者 蔡俊鹏 陈小红 《渔业现代化》 北大核心 2009年第3期31-35,共5页
为探寻南方九孔鲍(Haliotis diversicolor supertexta)苗大规模掉板死亡病因,从鲍鱼场患病掉板九孔鲍苗中分离到28株异养菌,并对其分泌胞外酶的能力进行分析。结果表明,分离得到的异养菌中有46.4%能分泌(酪)蛋白酶,60.7%能分泌明胶酶,3.... 为探寻南方九孔鲍(Haliotis diversicolor supertexta)苗大规模掉板死亡病因,从鲍鱼场患病掉板九孔鲍苗中分离到28株异养菌,并对其分泌胞外酶的能力进行分析。结果表明,分离得到的异养菌中有46.4%能分泌(酪)蛋白酶,60.7%能分泌明胶酶,3.57%分泌卵磷脂酶,17.86%分泌溶血素,但均不能分泌脂肪酶和淀粉酶。推测胞外蛋白酶为鲍苗患病的主要致病因子之一。综合考虑每一种胞外酶的潜在致病作用,以及菌株分泌多种胞外酶的能力,初步确认有5株异养菌为鲍苗掉板的潜在致病菌。 展开更多
关键词 九孔鲍 胞外酶 异养菌 潜在致病菌
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