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PDK1、IL12RB1和TCL1A基因多态性与西藏世居人群高原红细胞增多症易感性分析 被引量:2
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作者 陈辉 杨雪林 +6 位作者 张致英 张寒 马福才 渠敬锋 普赤 刘丽军 康龙丽 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2021年第8期791-797,共7页
目的西藏世居人群对高原缺氧环境引起高原红细胞增多症(HAPC)的适应机制尚未完全阐明。文中旨在通过对西藏世居人群中HAPC易感基因PDK1、IL12RB1和TCL1A的验证与分析,探讨HAPC易感基因变异谱系及其相互关系。方法选取2016年9月至2018年... 目的西藏世居人群对高原缺氧环境引起高原红细胞增多症(HAPC)的适应机制尚未完全阐明。文中旨在通过对西藏世居人群中HAPC易感基因PDK1、IL12RB1和TCL1A的验证与分析,探讨HAPC易感基因变异谱系及其相互关系。方法选取2016年9月至2018年9月西藏民族大学附属医院和西藏自治区第二人民医院567例就诊的HAPC患者为HAPC组。同时选取360例健康体检人员作为对照组。使用FastTarget测序技术对2组的PDK1、IL12RB1和TCL1A基因进行靶向测序。进行单核苷酸多态性(SNP)位点关联分析、连锁不平衡及单倍型分析。结果IL12RB1基因rs393548、rs436857和rs845380与HAPC有关(P<0.05)。总体样本水平,rs393548和rs436857在显性模型和加性模型分析均与HAPC易感性增加有关(P<0.05)。女性样本水平,HAPC保护因素是SNP rs845380,在隐性模型和加性模型分析均与HAPC保护性增加有关(P<0.05)。男性样本水平,rs393548只在显性模型中显示出对HAPC的危险因素(P<0.05)。IL12RB1基因的SNP位点间存在较高的连锁不平衡,形成了具有统计学意义的单倍型域,rs436857和rs393548(OR=1.41,95%CI=1.03~1.93,P=0.030),及rs393548和SNV00212(OR=1.70,95%CI=1.14~2.15,P=0.009)。单倍型A-A及A--是HAPC的危险因素(P<0.05)。结论IL12RB1基因的SNPsrs393548、rs436857和rs845380与西藏世居人群HAPC的发生有关,为后续探寻HAPC发病机制奠定了基础。 展开更多
关键词 高原红细胞增多症 西藏世居人群 pdk1 IL12RB1 TCL1A 基因多态性
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葱蝇PDK1基因的克隆及生物信息学分析 被引量:3
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作者 申力 郝友进 +1 位作者 罗钱春 陈斌 《重庆师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期30-36,135,共8页
3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1,PDK1)是磷脂酰肌醇3-激酶(Phosphatidylinositol-3kinase,PI3K)/蛋白激酶B(PKB/Akt)信号通路中一个关键的激酶。该通路在人(Homo sapiens)、黑腹果蝇(Drosoph... 3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1,PDK1)是磷脂酰肌醇3-激酶(Phosphatidylinositol-3kinase,PI3K)/蛋白激酶B(PKB/Akt)信号通路中一个关键的激酶。该通路在人(Homo sapiens)、黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)、秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)中是一条保守的通路,通过激活下游的因子对代谢、细胞分化、寿命等产生重要调节作用。本研究基于葱蝇(Delia antiqua)转录组数据通过生物信息学分析从其中鉴定出PDK1基因4条Unigene序列,并通过PCR技术克隆了PDK1基因的全长cDNA,命名为DaPDK1,其全长为3 215bp,开放阅读框长2 730bp,编码909个氨基酸。采用生物信息学的方法,推测该基因编码的蛋白质相对分子质量为100.3kD,等电点为8.53。该蛋白第87~109氨基酸是跨膜区,第284~627和744~833氨基酸是两个保守结构域STKc和PH。同源性分析表明DaPDK1蛋白与地中海实蝇(Ceratitis capitata)PDK1蛋白氨基酸序列相似性最高(一致率为53.1%,相似率为63.2%)。本研究结果有望为进一步研究葱蝇PI3K/Akt信号通路中PDK1基因的特性及功能奠定基础。 展开更多
关键词 葱蝇 pdk1基因 克隆 生物信息学分析
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破骨细胞敲除PDK1基因对PMMA颗粒诱导的小鼠颅骨骨溶解抑制作用的实验研究 被引量:1
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作者 张保德 宗少晖 《广西医科大学学报》 CAS 2021年第3期468-471,共4页
目的:研究破骨细胞敲除3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(PDK1)基因对聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)骨水泥颗粒诱导的小鼠颅骨骨溶解的抑制作用。方法:取12只C57BL/6小鼠及6只破骨细胞敲除PDK1基因鼠,构建骨吸收模型,随机分为3组,每组6只,分别为假手... 目的:研究破骨细胞敲除3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(PDK1)基因对聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)骨水泥颗粒诱导的小鼠颅骨骨溶解的抑制作用。方法:取12只C57BL/6小鼠及6只破骨细胞敲除PDK1基因鼠,构建骨吸收模型,随机分为3组,每组6只,分别为假手术(Sham)组、PMMA+C57BL/6组、PMMA+基因敲除(KO)组。10 d后取出颅骨,分别进行Micro-CT扫描,苏木精—伊红(HE)染色观察各组小鼠颅骨骨吸收溶解变化情况,抗酒石酸酸性磷酸酶(TRAP)染色观察各组小鼠颅骨正中矢状缝区域破骨细胞数量。结果:与Sham组相比,PMMA+C57BL/6组颅骨骨破坏溶解面积明显增加,破骨细胞数目明显增多(P<0.01);而PMMA+KO组较Sham组溶解面积不明显,破骨细胞数目无明显变化(P>0.05),较PMMA+C57BL/6组颅骨骨溶解面积和破骨细胞数目显著减少(P<0.01)。结论:破骨细胞敲除PDK1基因对PMMA骨水泥颗粒诱导的小鼠颅骨骨溶解有明显的抑制作用。 展开更多
关键词 破骨细胞 pdk1 PMMA颗粒 骨吸收 基因敲除
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3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1调控破骨细胞对骨质疏松小鼠骨密度的影响 被引量:1
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作者 周佺 张亚男 +5 位作者 白亦光 张琼 农海斌 刘明富 曾高峰 宗少晖 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第29期4680-4684,共5页
背景:对于3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1,PDK1)的学术研究,国内外主要集中在内分泌和肿瘤学等学科领域,而在骨科学中关于调控破骨细胞对骨质疏松的改善尚未有系统研究与报道。目的:探索PDK... 背景:对于3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1,PDK1)的学术研究,国内外主要集中在内分泌和肿瘤学等学科领域,而在骨科学中关于调控破骨细胞对骨质疏松的改善尚未有系统研究与报道。目的:探索PDK1调控破骨细胞对骨质疏松症发病的影响及分子机制,为临床防治骨质疏症提供新的药物靶点。方法:提取PDK1基因条件性敲除型小鼠(PDK1-cKO)及野生型C57小鼠全骨髓细胞并诱导分化为破骨细胞,将诱导的破骨细胞进行抗酒石酸酸性磷酸酶染色,观察两组破骨细胞的数量及形态变化,蛋白免疫印迹法检测PDK1基因敲除后调控破骨细胞分化相关蛋白的表达。构建两组小鼠卵巢切除模型,采用Micro-CT扫描、抗酒石酸酸性磷酸酶染色来观察PDK1基因敲除对骨质疏松症的影响。结果与结论:①抗酒石酸酸性磷酸酶染色结果:相比较于野生型组,PDK1-cKO组破骨细胞数量在第4,6天显著减少(P<0.05);②蛋白免疫印迹结果显示:PDK1-cKO组调控破骨细胞分化的关键蛋白AKT磷酸化水平下降(P<0.05);③Micro-CT扫描结果:PDK1-cKO组比野生型组骨质疏松情况明显减轻(P<0.05);④抗酒石酸酸性磷酸酶染色结果:PDK1-cKO组胫骨远端破骨细胞较野生型组明显减少(P<0.05);⑤结果显示:PDK1基因可通过调控破骨细胞分化、优化骨代谢平衡来改善骨质疏松症状,有作为治疗骨质疏松疾病药物靶点的可能。 展开更多
关键词 骨质疏松 破骨细胞 基因敲除 pdk1 小鼠 抗酒石酸酸性磷酸酶 骨重建
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东北林蛙PDK1基因的克隆及生物信息学分析
5
作者 巩珊珊 邵婕 +3 位作者 曲俐俐 柴龙会 张晶钰 肖向红 《野生动物学报》 北大核心 2017年第4期641-647,共7页
PDK1是PI3K/Akt信号通路中的一个重要的激酶。在哺乳动物中,PI3K/Akt信号通路是一条保守的通路,通过激活下游的因子对糖代谢、脂肪代谢以及蛋白质代谢,细胞的增殖、分化、凋亡等起调节控制作用。本研究基于东北林蛙转录组数据,从中鉴定... PDK1是PI3K/Akt信号通路中的一个重要的激酶。在哺乳动物中,PI3K/Akt信号通路是一条保守的通路,通过激活下游的因子对糖代谢、脂肪代谢以及蛋白质代谢,细胞的增殖、分化、凋亡等起调节控制作用。本研究基于东北林蛙转录组数据,从中鉴定出PDK1基因3条Unigene序列,并通过RACE法克隆了PDK1基因的全长cDNA,命名为rdPDK1,其全长为1 990 bp,开放阅读框长1 674 bp,编码557个氨基酸。进行生物信息学分析,推测该基因编码的蛋白质相对分子质量63.7 kD,等电点为7.21。该蛋白第82~344个和443~549个氨基酸是2段保守结构域STKc激酶域和PH调节结构域。同源性分析表明rdPDK1蛋白与HsPDK1蛋白氨基酸序列一致率为79%,相似率为100%;与MmPDK1蛋白氨基酸序列一致率为80%,相似率为100%。本研究结果有望为进一步研究东北林蛙PI3K/Akt信号通路中PDK1基因的特性及功能奠定基础。 展开更多
关键词 东北林蛙 pdk1基因 基因克隆 生物信息学分析
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达格列净保护PDK1基因敲除心衰小鼠表达谱系研究 被引量:1
6
作者 刘海浪 姜爱侠 +1 位作者 魏忠诚 徐海燕 《西部医学》 2023年第3期341-347,353,共8页
目的探讨钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)抑制剂达格列净(DAPA)对3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1(PDK1)基因敲除心力衰竭(HF)小鼠中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。方法将PDK1敲除HF小鼠分为对照组(KO组,n=10)和达格列净治疗组(KO+DAPA... 目的探讨钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)抑制剂达格列净(DAPA)对3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1(PDK1)基因敲除心力衰竭(HF)小鼠中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。方法将PDK1敲除HF小鼠分为对照组(KO组,n=10)和达格列净治疗组(KO+DAPA组,n=15);使用Arraystar小鼠lncRNA微阵列通过测序和筛选分析lncRNA表达谱;实时定量PCR验证差异表达的LncRNA;构建lncRNA-mRNA共表达网络。结果KO+DAPA组显著延长HF小鼠生存期;两组表达水平变化>1.5倍lncRNAs有2653个;生信分析表明lncRNAs参与能量代谢过程;差异表达大于3倍以上且人鼠同源的7个LncRNAs构建lncRNA-mRNA共表达网络提示uc.347和uc.321分别关联141个mRNA和108个mRNA;uc.347在心肌细胞中的过表达促进了ATP能量的产生。结论本研究揭示了达格列净影响PDK1基因敲除心衰小鼠lncRNA表达谱,差异表达的LncRNA可能参与能量代谢过程,从而改善心衰预后。 展开更多
关键词 SGLT2抑制剂 达格列净 LncRNA pdk1基因敲除 心力衰竭
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水曲柳FmPDK1基因克隆及表达模式分析
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作者 刘璋 赵兴堂 +2 位作者 于磊 詹亚光 张旭 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第16期5221-5228,共8页
3-磷酸肌苷依赖性蛋白激酶1(PDK1)是一种高度保守的真核细胞激酶,是许多AGC激酶亚家族成员的核心调控因子。通过其对AGC激酶的调控进而控制许多基本细胞过程。本研究克隆获得了水曲柳PDK1的基因序列全长,将其命名为Fm PDK1(已上传至NCB... 3-磷酸肌苷依赖性蛋白激酶1(PDK1)是一种高度保守的真核细胞激酶,是许多AGC激酶亚家族成员的核心调控因子。通过其对AGC激酶的调控进而控制许多基本细胞过程。本研究克隆获得了水曲柳PDK1的基因序列全长,将其命名为Fm PDK1(已上传至NCBI基因库,NCBI序列号:MG356659)。水曲柳Fm PDK1全长1470 bp,编码481个氨基酸;该基因内部有完整的open reading frame(ORF),存在螺旋-环-螺旋结构;亲水性不稳定蛋白;不存在信号肽,具有跨膜能力;亚细胞定位预测该蛋白最可能定位于细胞核内;水曲柳Fm PDK1与芝麻(Sesamum indicum XP_011094484.1)亲缘关系最近,同源性为83.9%;4℃低温处理下,Fm PDK1的表达量发生显著变化;100 mmol/L NaCl处理下,Fm PDK1的表达量也发生了变化但是并不显著,脱落酸(ABA)和赤霉素(GA)以及IAA(生长素)三种激素诱导下,Fm PDK1表达量均变化显著。水曲柳Fm PDK1对寒冷、盐等非生物胁迫以及激素信号做出了应答,有望为进一步研究水曲柳AGC激酶亚家族成员中PDK1基因的特性及功能提供科学依据。 展开更多
关键词 水曲柳 pdk1蛋白激酶 基因克隆 生物信息分析 表达模式分析
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