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16S rRNA高通量测序研究集雨窖水中微生物群落结构及多样性 被引量:88
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作者 杨浩 张国珍 +4 位作者 杨晓妮 武福平 赵炜 张洪伟 张翔 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第4期1704-1716,共13页
为探究集雨窖水中细菌多样性及功能与主要水质因子之间关系,应用16S rRNA基因-Illumina MiSeq高通量测序技术分析和比较了不同类型集雨水窖中窖水的微生物群落结构及多样性.通过提取4组样品基因组DNA,对16S rRNA V4区测序,共获得用于物... 为探究集雨窖水中细菌多样性及功能与主要水质因子之间关系,应用16S rRNA基因-Illumina MiSeq高通量测序技术分析和比较了不同类型集雨水窖中窖水的微生物群落结构及多样性.通过提取4组样品基因组DNA,对16S rRNA V4区测序,共获得用于物种分类的OTU 1 605条,涵盖了22门、42纲、71目、115科、146属的细菌.微生物多样性分析表明,窖水具有很高的细菌多样性,不同样品多样性存在差异,细菌优势菌群分布呈现出大量的稀有种和少数常见种的模式.菌群分类发现,拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线细菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和OD1是主要的细菌菌门,其相对丰度占群落的87.1%~94.8%;放线菌门的放线细菌纲(Actinobacteria)、酸微菌纲(Acidimicrobiia),拟杆菌门的噬纤维菌纲(Cytophagia)、黄杆菌纲(Flavobacteriia)、鞘脂杆菌纲(Sphingobacteriia),变形菌门中α-变形菌纲(α-Proteobacteria)、β-变形菌纲(β-Proteobacteria)、γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria),疣微菌门丰收神菌纲(Opitutae)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、Pedosphaerae,OD1的ZB2为纲层次上的优势菌;红细菌属(Rhodobacter)、脱氮单孢菌属(Dechloromonas)、黄杆菌属(Flavobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、丛毛单孢菌属(Comamonas)、假单孢菌属(Pseudomonas)、嗜氢菌属(Hydrogenophaga)等优势菌属大多数为具有脱氮除磷功能的反硝化菌和异养硝化-好氧反硝化菌;RDA分析表明,不同环境因子对微生物群落的影响有着明显的不同,即第Ⅱ簇内的菌属主要与反映窖水有机物含量的指标UV254、高锰酸盐指数、BOD5之间呈显著正相关关系,而第Ⅲ簇内的菌属主要与反映窖水氮、磷水平的指标TN、NO-2-N、NO-3-N、TP、NH+4-N显著正相关,体现了生态功能的簇内相似性及簇间差异性.研究结果加深了对窖水微生物群落结构和多样性的认识,为深入研究窖水细菌多样性及功能� 展开更多
关键词 典型集雨饮水地区 集雨窖水 ILLUMINA miseq高通量测序 细菌多样性 潜在致病菌
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池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 被引量:38
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作者 李存玉 徐永江 +4 位作者 柳学周 杨洪军 史宝 史学营 朱学武 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期245-255,共11页
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境及底质等的关系,采用Mi Seq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建牙鲆肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16S rRNA基因测序文库,分析不同样品中的菌群... 为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境及底质等的关系,采用Mi Seq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建牙鲆肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16S rRNA基因测序文库,分析不同样品中的菌群组成和生物多样性。结果表明:池塘养殖牙鲆肠道(B1)中以厚壁菌门(30.49%)、变形菌门(19.16%)和梭杆菌门(11.11%)为主,其中芽孢杆菌属(27.66%)占绝对优势,弧菌属(0.16%)丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道(B5)中以变形菌门(44.31%)、厚壁菌门(11.57%)和放线菌门(4.79%)为主,其中不动杆菌属(10.37%)丰度最大,弧菌属(4.05%)相对B1丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。 展开更多
关键词 牙鲆 肠道菌群结构 16S RRNA miseq高通量测序
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复合碳源填料反硝化脱氮及微生物群落特性 被引量:33
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作者 赵文莉 郝瑞霞 +1 位作者 王润众 杜鹏 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第10期3003-3009,共7页
为探讨低碳氮比污水厂尾水的深度脱氮技术,以碱处理玉米芯、零价铁和活性炭组成的复合碳源作为填料,考察反硝化生物脱氮滤柱的运行效果,并借助Miseq高通量测序技术对滤柱生物膜的微生物群落组成和结构进行解析.结果表明,复合碳源填料进... 为探讨低碳氮比污水厂尾水的深度脱氮技术,以碱处理玉米芯、零价铁和活性炭组成的复合碳源作为填料,考察反硝化生物脱氮滤柱的运行效果,并借助Miseq高通量测序技术对滤柱生物膜的微生物群落组成和结构进行解析.结果表明,复合碳源填料进行反硝化脱氮时,能有效的被微生物利用并获得较高的TN去除率.在温度为28℃左右,反硝化滤柱进水NO3--N浓度为20~30mg/L、HRT=7.7h时,TN去除率可达到95%以上,出水TOC在15mg/L左右;微生物在属水平进行聚类分析结果表明,生物膜中与反硝化作用有关的菌属和与纤维素降解有关的菌属分别占已知菌属的40.35%和29.04%.因此,污泥中反硝化作用菌属和纤维素降解有关的菌属的大量存在,为复合碳源填料高效反硝化作用提供了可能. 展开更多
关键词 复合碳源填料 反硝化脱氮 miseq高通量测序 微生物群落特性
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羊肚菌白霉病发生对土壤真菌群落结构的影响 被引量:21
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作者 陈诚 李强 +4 位作者 黄文丽 王剑 伏荣桃 罗曦 卢代华 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2652-2659,共8页
【目的】了解羊肚菌白霉病发生对土壤真菌群落结构的影响。【方法】采用Illumina Mi Seq高通量测序技术,对未栽培羊肚菌土壤、正常生长羊肚菌和染白霉病羊肚菌根际土真菌群落结构进行研究。【结果】9个样品共得到393 347条有效序列。未... 【目的】了解羊肚菌白霉病发生对土壤真菌群落结构的影响。【方法】采用Illumina Mi Seq高通量测序技术,对未栽培羊肚菌土壤、正常生长羊肚菌和染白霉病羊肚菌根际土真菌群落结构进行研究。【结果】9个样品共得到393 347条有效序列。未栽培羊肚菌土壤真菌多样性指数和丰度显著大于羊肚菌根际土,染病羊肚菌根际真菌丰度和多样性大于正常生长的羊肚菌,各样品的群落组成和优势类群有较大差异。【结论】羊肚菌栽培后真菌多样性降低,白霉病发生后根际真菌种类增多,土壤真菌群落结构发生变化,优势真菌类群也产生了较大变化。 展开更多
关键词 羊肚菌 白霉病 miseq高通量测序 真菌群落结构
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枯草芽胞杆菌菌肥对有机冬瓜根区土壤微生态的影响 被引量:21
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作者 王超 李刚 +5 位作者 黄思杰 张弛 田伟 田然 王磊 席运官 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期563-576,共14页
【背景】微生物肥料已广泛应用于我国有机作物的种植,其对有机种植土壤微生态的影响尚需科学评测。【目的】高通量测序技术可用于精确分析土壤微生物群落,从细菌、真菌群落结构和多样性的角度阐释枯草芽胞杆菌菌肥对有机农田根区土壤微... 【背景】微生物肥料已广泛应用于我国有机作物的种植,其对有机种植土壤微生态的影响尚需科学评测。【目的】高通量测序技术可用于精确分析土壤微生物群落,从细菌、真菌群落结构和多样性的角度阐释枯草芽胞杆菌菌肥对有机农田根区土壤微生物群落的影响。【方法】在有机农田轮作种植条件下,施用枯草芽胞杆菌菌肥后提取冬瓜根区土壤基因组DNA,通过PCR扩增建立文库,利用IlluminaMiSeq高通量测序技术,并结合相关生物信息学方法分析土壤细菌16SrRNA基因V3-V4区和真菌ITS1区的多样性指数及群落结构;测定根区土壤化学性质及酶活性,分析有机冬瓜果实品质,并作相关分析。【结果】从6个有机冬瓜根区土壤样本中获得14199个细菌操作分类单元(OTU)和3378个真菌OTU,细菌和真菌文库测序覆盖率分别在98%、99%以上。枯草芽胞杆菌菌肥会在一定程度上提高土壤细菌种群多样性而降低真菌种群多样性,丰富了细菌群落结构,但显著降低了真菌群落丰富度(P<0.05);并减少了根区土壤特有细菌和真菌物种。变形菌门、厚壁菌门和放线菌门是优势细菌,子囊菌门是优势真菌;枯草芽胞杆菌菌肥会提高绿弯菌门和子囊菌门的相对丰度,比例分别为46.23%、10.01%;降低变形菌门和担子菌门的相对丰度,比例分别为11.14%、74.72%。枯草芽胞杆菌菌肥显著降低了土壤pH,显著提高了有机冬瓜果实总氨基酸、可溶性固形物等营养成分含量(P<0.05)。【结论】施用枯草芽胞杆菌菌肥改变有机冬瓜根区土壤细菌和真菌的丰富度和多样性,降低了土壤pH,提高了有机冬瓜果实品质。 展开更多
关键词 枯草芽胞杆菌菌肥 冬瓜 根区土壤 ILLUMINA miseq高通量测序 细菌群落 真菌群落
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不同发酵时期大麦青贮品质和微生物多样性变化 被引量:20
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作者 刘蓓一 宦海琳 +3 位作者 顾洪如 许能祥 沈琴 丁成龙 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期653-660,共8页
本试验旨在阐明不同发酵时期大麦青贮发酵品质及细菌多样性的动态变化。试验分别在青贮第2d、青贮第14d、青贮第60d和有氧暴露第5d采样,对青贮饲料的发酵品质、营养成分等进行测定,并采用Miseq高通量测序技术分析细菌的多样性和组成。... 本试验旨在阐明不同发酵时期大麦青贮发酵品质及细菌多样性的动态变化。试验分别在青贮第2d、青贮第14d、青贮第60d和有氧暴露第5d采样,对青贮饲料的发酵品质、营养成分等进行测定,并采用Miseq高通量测序技术分析细菌的多样性和组成。结果表明,与青贮第2d相比,大麦青贮第60d的pH值显著下降(P<0.05),乳酸含量显著升高(P<0.05)。青贮第2d的细菌优势菌群是魏斯氏菌属(Weissella)和乳杆菌属(Lactobacillus),相对丰度分别为45.960%、30.680%。青贮第14d的细菌优势菌群为乳杆菌属(Lactobacillus),相对丰度为74.720%,其次是魏斯氏菌属(Weissella),相对丰度为13.170%。青贮第60d的细菌优势菌群为乳杆菌属(Lactobacillus),相对丰度为96.740%。有氧暴露第5d乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度为0.710%,有氧暴露后滋生了不动杆菌属(Acinetobacter)、沙雷氏菌属(Serratia)等有害菌。综上所述,青贮第2~60d大麦青贮的优势菌群是乳杆菌属,而有氧暴露后菌群结构发生了变化,不动杆菌属、沙雷氏菌属等有害菌的相对丰度增加。 展开更多
关键词 青贮品质 大麦青贮 miseq高通量测序 细菌菌群
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酸菜水中细菌多样性研究 被引量:19
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作者 折米娜 望诗琪 +3 位作者 赵慧君 郭壮 廖华 张振东 《中国调味品》 CAS 北大核心 2019年第1期26-31,共6页
以恩施地区酸菜水为研究对象,使用Miseq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)相结合的手段对样品中的微生物多样性和群落结构进行解析,同时利用纯培养的方法进行乳酸菌的分离鉴定。结果表明:酸菜水中的细菌... 以恩施地区酸菜水为研究对象,使用Miseq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)相结合的手段对样品中的微生物多样性和群落结构进行解析,同时利用纯培养的方法进行乳酸菌的分离鉴定。结果表明:酸菜水中的细菌种类较为丰富,其中隶属于硬壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌属(Lactobacillus)为优势属,其相对含量达76.25%。通过PCR-DGGE技术与纯培养方法发现,酸菜水中的优势乳酸菌为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)。 展开更多
关键词 酸菜水 miseq高通量测序 PCR-DGGE 微生物多样性
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黑果枸杞不同组织内生细菌群落多样性 被引量:19
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作者 顾美英 古丽尼沙·沙依木 +8 位作者 张志东 朱静 刘晓静 唐琦勇 欧提库尔·玛合水提 宋素琴 冯雷 唐光木 徐万里 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期152-166,共15页
【目的】黑果枸杞是我国荒漠区特有的药用盐生植物,本研究分析了黑果枸杞不同组织中内生细菌群落多样性特征及分布规律。【方法】应用Illumina MiSeq高通量测序技术对黑果枸杞内生细菌的16S rRNA V5-V7区域序列进行测定,并分析群落组成... 【目的】黑果枸杞是我国荒漠区特有的药用盐生植物,本研究分析了黑果枸杞不同组织中内生细菌群落多样性特征及分布规律。【方法】应用Illumina MiSeq高通量测序技术对黑果枸杞内生细菌的16S rRNA V5-V7区域序列进行测定,并分析群落组成、多样性及功能等生物学信息。【结果】黑果枸杞不同组织内生细菌群落多样性及功能均有较大的差异。花、叶、果、茎和根产生的OTUs分别是182、173、119、187和254,群落多样性表现为根>花>果、茎>叶。从门水平上看,变形菌门是优势菌门,在不同组织中均有分布,花、叶、果、茎和根中的相对丰度分别为87.66%、41.51%、81.76%、97.67%和61.85%。在属水平上显示内生细菌的分布表现出器官差异性。花部能够准确分类的优势菌属为沙雷氏菌属和不动杆菌属,相对丰度分别为11.57%和8.55%。叶部为红球菌属和慢生根瘤菌属,相对丰度分别为29.68%和5.53%。果实中为泛菌属、红球菌属和沙雷氏菌属,相对丰度分别为23.12%、5.52%和4.29%。茎部为沙雷氏菌属和假单胞菌属,相对丰度分别为12.03%和17.71%。根部为盐单胞菌属、Fodinicurvata和Lipingzhangella,相对丰度分别为24.18%、5.16%和4.86%。在不同组织中分布较广的盐单胞菌、沙雷氏菌、不动杆菌、红球菌、泛菌等菌属均具有较高耐盐性和促生、生防、降解有机污染物及抗氧化等功能。PICRUSt功能预测分析显示,黑果枸杞组织中内生细菌功能中涉及丰富的多糖、萜类和酮类、酶及维他命等次生代谢产物的生物合成。【结论】黑果枸杞内生细菌具有丰富的群落和功能多样性,拥有多种益生功能性状,也含有多个与人和植物体代谢相关的功能信息。不同组织优势菌属和功能信息各有不同,其中根部的内生细菌物种最丰富,花部和茎部参与各种代谢调控的细菌丰度最高。此外,不同组织中还含有大量未知种属的� 展开更多
关键词 黑果枸杞 不同组织 内生细菌 多样性 miseq高通量测序 功能预测
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基于MiSeq高通量测序技术对3个孝感凤窝酒曲细菌多样性的评价 被引量:18
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作者 沈馨 尚雪娇 +3 位作者 董蕴 王丹丹 张振东 郭壮 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期525-530,544,共7页
目的对凤窝酒曲细菌多样性进行研究。方法选取孝感地区3个凤窝酒曲作为研究对象,采用MiSeq高通量测序技术以16S rRNA为靶点,对其细菌菌群构成进行研究。结果 3个凤窝酒曲中发现9个优势核心属,其相对含量累计为78.15%,发现10个相对含量大... 目的对凤窝酒曲细菌多样性进行研究。方法选取孝感地区3个凤窝酒曲作为研究对象,采用MiSeq高通量测序技术以16S rRNA为靶点,对其细菌菌群构成进行研究。结果 3个凤窝酒曲中发现9个优势核心属,其相对含量累计为78.15%,发现10个相对含量大于1.0%的分类操作单元,累计相对含量为60.62%。结论 3个凤窝酒曲共有大量的核心细菌菌群。 展开更多
关键词 凤窝酒曲 miseq高通量测序 细菌 多样性
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不同土地利用方式对土壤细菌分子生态网络的影响 被引量:18
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作者 李冰 李玉双 +4 位作者 魏建兵 宋雪英 史荣久 侯永侠 刘厶瑶 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第3期1456-1465,共10页
利用16S rDNA基因Illumina MiSeq高通量测序技术结合分子生态网络方法,测定了4种利用类型土地中的细菌群落组成,并分别构建了可视化的细菌网络.结果表明,旱田和水田土壤细菌网络的平均路径长度与模块性较小,而节点数、连接数、平均连通... 利用16S rDNA基因Illumina MiSeq高通量测序技术结合分子生态网络方法,测定了4种利用类型土地中的细菌群落组成,并分别构建了可视化的细菌网络.结果表明,旱田和水田土壤细菌网络的平均路径长度与模块性较小,而节点数、连接数、平均连通度和聚类系数较高;4个细菌网络均以正相关关系占优,天然林地负相关比例较高;酸杆菌门、厚壁菌门和变形菌门中的部分菌群在土壤细菌网络中起着重要的连接作用;4个细菌网络的部分关键节点所属的菌群相对丰度较低(<1%),并非本研究区域的主体细菌;旱田土壤菌群主要受TP显著影响(P<0.05);水田土壤菌群主要受黏粒、粉粒和含水量显著影响(P<0.05);天然林地和城市绿地土壤菌群主要受C/N显著影响(P<0.05).以上研究结果表明,旱田土壤细菌网络规模更大,物种间关系更加复杂,不同利用类型土地中的细菌均以协同合作关系为主,天然林地土壤细菌之间存在更强的竞争作用.水田和旱田土壤细菌对外界环境因子的扰动更加敏感,响应迅速,群落结构更易发生变化;部分细菌在网络间存在角色转化现象,低丰度菌群在构建土壤细菌网络中具有重要作用. 展开更多
关键词 不同土地利用方式 土壤细菌群落 细菌分子生态网络 细菌相互作用 ILLUMINA miseq高通量测序
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基于变性梯度凝胶电泳和MiSeq高通量测序技术分析恩施地区腊肉的细菌多样性 被引量:17
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作者 董蕴 王玉荣 +3 位作者 王尧 廖华 赵慧君 郭壮 《肉类研究》 北大核心 2018年第10期37-42,共6页
以采集自湖北省恩施地区的5个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase?chain?reaction-denatured?gradient?gel?electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进... 以采集自湖北省恩施地区的5个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase?chain?reaction-denatured?gradient?gel?electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进行解析。PCR-DGGE结果表明,腊肉样品中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas);MiSeq高通量测序结果表明,腊肉中的细菌门主要为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其平均相对含量分别为54.05%和44.28%,细菌属主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、环丝菌属(Brochothrix)、科贝特氏菌属(Cobetia)和不动细菌属(Acinetobacter),其平均相对含量分别为40.18%、24.02%、9.37%、8.53%、4.71%和2.31%;在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,发现252个核心OTU,累计平均相对含量高达74.22%。由此可见,PCR-DGGE和MiSeq高通量测序的结果综合分析得出恩施地区腊肉中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)。 展开更多
关键词 腊肉 细菌 变性梯度凝胶电泳 miseq高通量测序
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Illumina MiSeq高通量测序分析不同品种桑树内生细菌多样性 被引量:16
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作者 吴燕燕 徐伟芳 +4 位作者 罗琴 王玲莉 刘祎杨 陈凯 谢洁 《蚕学通讯》 2018年第3期1-10,共10页
为了分析不同抗病性桑树品种内生细菌多样性,利用基于Illumina MiSeq的高通量测序技术,从桑椹菌核病不同抗性品种(抗性品种:长果桑与川桑7637;易感品种:新伦教与红果2号)中共获得有效序列92282条,将高于97%相似度的划分为一个操作分类单... 为了分析不同抗病性桑树品种内生细菌多样性,利用基于Illumina MiSeq的高通量测序技术,从桑椹菌核病不同抗性品种(抗性品种:长果桑与川桑7637;易感品种:新伦教与红果2号)中共获得有效序列92282条,将高于97%相似度的划分为一个操作分类单元(OTU),优化后得到5858个OTUs。内生细菌种群分析结果表明,变形菌门(Proteobacteria,36.10%)、厚壁菌门(Firmicutes,14.51%)、酸杆菌门(Acidobacteria,13.38%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,11.85%)以及放线菌门(Actinobacteria,6.35%)为各品种果桑的共有优势菌门,假单胞菌属(Pseudomonas,8.01%)为其共有优势菌属,但这些优势菌群在不同品种桑树中所占的比例均有差异。内生细菌多样性分析结果表明,抗性品种川桑7637的内生细菌多样性最高,长果桑次之,而易感品种新伦教与红果2号则相对较低。研究结果显示,桑树茎内具有丰富的内生细菌资源,抗性品种的内生细菌多样性高于易感品种。 展开更多
关键词 ILLUMINA miseq高通量测序 桑树 内生细菌 多样性
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棕榈科植物种子内生细菌群落多样性的高通量测序分析 被引量:16
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作者 刘媛 渠露露 +4 位作者 叶美迪 黄曹生 朱月丹 王俏然 李淑彬 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期554-565,共12页
【目的】探究棕榈科种子内生细菌群落组成及其随物种的差异。【方法】运用MiSeq高通量方法测定蒲葵、棕榈、加拿利海枣、山棕、软叶刺葵、短穗鱼尾葵及三药槟榔7种棕榈科种子内生细菌群落16S rRNA基因V3–V4区序列并进行生物信息学分析... 【目的】探究棕榈科种子内生细菌群落组成及其随物种的差异。【方法】运用MiSeq高通量方法测定蒲葵、棕榈、加拿利海枣、山棕、软叶刺葵、短穗鱼尾葵及三药槟榔7种棕榈科种子内生细菌群落16S rRNA基因V3–V4区序列并进行生物信息学分析。【结果】7种测试种子中获得的V3–V4区有效序列数在2341–40671条之间,聚成97–590个操作分类单元(OTU),Shannon指数计算为1.35–2.94,以加拿利海枣种子最高,山棕种子最低;种群归类结果显示不同种子中测得的各级细菌分类阶层总数及组成不同,总丰度以厚壁菌门的肠球菌属最高,同为厚壁菌门的芽孢杆菌属次之;属级水平上,第一优势细菌属分别为:蒲葵种子(芽孢杆菌属,45.8%),棕榈种子(肠球菌属,51.2%),山棕种子(肠球菌属,12.1%),短穗鱼尾葵种子(肠球菌属,32.6%),三药槟榔种子(肠球菌属,42.9%),软叶刺葵种子(肠球菌属,28.3%),加拿利海枣种子(糖多孢菌属,31.2%)。各种子中次优势细菌属分别为:蒲葵种子(乳球菌属),棕榈、山棕及三药槟榔种子(类芽孢杆菌属),加拿利海枣种子(戈登氏菌属),软叶刺葵和短穗鱼尾葵种子(鞘脂单胞菌属);PICRUST基因预测显示各种子均包含多个与人体器官及人类疾病相关的KEGG功能模块。此外,各种子中均产生了丰度较高的外源物质降解、萜和聚酮合成、多糖合成等有益功能信息。【结论】棕榈科植物种子内生细菌群落多样性较为丰富,群落组成随物种不同而异。各种子内生细菌群体中普遍含多个与人和动物体相关的种群和功能信息,也定殖多种具有益功能性状的细菌类群,值得进一步研究。 展开更多
关键词 棕榈科植物种子 内生细菌 多样性 miseq高通量测序
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羊肚菌菌基土壤微生物群落结构和多样性研究 被引量:15
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作者 张婷 黄香媛 +1 位作者 徐岩岩 李洁 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期38-43,57,共7页
为探讨羊肚菌(Morehella vulgaris)与菌基微生物及优势菌的关系,本试验以取自4个不同地区(河北承德为野生菌,河北平泉、河北滦平和湖北松滋为栽培菌)的羊肚菌菌基土壤为试验材料,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对羊肚菌菌基土壤微... 为探讨羊肚菌(Morehella vulgaris)与菌基微生物及优势菌的关系,本试验以取自4个不同地区(河北承德为野生菌,河北平泉、河北滦平和湖北松滋为栽培菌)的羊肚菌菌基土壤为试验材料,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对羊肚菌菌基土壤微生物群落结构和多样性进行研究。结果表明:羊肚菌菌基土壤微生物多样性丰富,不同地区、野生与栽培羊肚菌菌基微生物差异明显,但存在共有细菌和真菌菌群,其中共有细菌52纲561属;共有真菌26纲32属。共有细菌中优势菌属包括鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、马赛菌属(Massilia)、芽殖杆菌属(Gemmobacter)和土地杆菌属(Pedobacter)等,可能与羊肚菌生长有密切关系,需进一步研究。 展开更多
关键词 羊肚菌 菌基土壤 miseq高通量测序 微生物类群 优势菌
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石油烃类污染对青藏高原北麓河地区冻区土壤微生物多样性的影响 被引量:14
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作者 王宝山 温成成 +1 位作者 孙秦川 赵峰德 《环境工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期2917-2928,共12页
为了探究石油烃类污染对青藏高原冻土区土壤微生物多样性及群落结构的影响,以柴油、机油为典型的石油烃类污染物,原位人工模拟污染,利用MiSeq高通量测序技术分析和比较了4个土样在土壤微生物多样性及群落结构维度的差异性,并识别了具有... 为了探究石油烃类污染对青藏高原冻土区土壤微生物多样性及群落结构的影响,以柴油、机油为典型的石油烃类污染物,原位人工模拟污染,利用MiSeq高通量测序技术分析和比较了4个土样在土壤微生物多样性及群落结构维度的差异性,并识别了具有石油烃类污染物降解功能的菌群。结果表明:4个土样中可变区的遗传物质,在97%的相似度水平下产生有效的OTU 944个,获得土壤微生物群落25门、56纲、115目、213科、315属。石油烃类污染可改变原有土壤微生物多样性及群落结构,4个土样中细菌的多样性为机油污染土样(SLO)>上层5 cm处未污染土样(TS)>中层20 cm处未污染土样(MS)>柴油污染土样(SDO),SLO(机油污染土样)多样性最高,其次为未污染土样(TS、MS),SDO(柴油污染土样)多样性最低;未污染土样(TS、MS)在垂直方向群落结构差异较小,分布基本一致,SDO、SLO与未污染土样群落结构相比差异较大,SDO、SLO样本间差异同样明显;识别出具有石油烃类污染物降解功能的菌属包括Sulfuritalea属、红球菌属(Rhodococcus)、红游动菌属(Rhodoplanes)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、Alkanindiges属、诺卡氏菌属(Nocardioides)、放线菌属(Actinobacteria norank)等7种。研究结果揭示了石油烃类污染对高寒冻土区土壤微生物多样性及群落结构的影响,在石油烃类污染物的胁迫作用下产生出具有石油烃类污染物降解功能的优势菌群,为该地区进行原位石油烃类污染修复提供技术支持。 展开更多
关键词 青藏高原 冻土区 微生物多样性 石油污染 miseq高通量测序
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蒙古黄芪不同生育期黄酮类成分积累及其根际微生物多样性研究 被引量:14
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作者 李冰圳 李国斌 +2 位作者 苏优拉 孙淑英 陈贵林 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期828-837,共10页
该研究比较了内蒙古赤峰市翁牛特旗、锡林郭勒盟正蓝旗、包头市固阳县、山西省大同市浑源县和甘肃省定西市陇西县5个不同种源的蒙古黄芪不同生育期生长情况及黄酮类成分含量积累,并采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析不同生育期根际... 该研究比较了内蒙古赤峰市翁牛特旗、锡林郭勒盟正蓝旗、包头市固阳县、山西省大同市浑源县和甘肃省定西市陇西县5个不同种源的蒙古黄芪不同生育期生长情况及黄酮类成分含量积累,并采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析不同生育期根际土壤微生物多样性。结果显示:(1)随着生育期推进,固阳、浑源和赤峰种源的黄芪生长较快,根干重在9月份达到峰值,其他生物量指标种源间差异不大。(2)陇西和浑源种源的黄芪根中毛蕊异黄酮葡萄糖苷含量较高,并在9月份达到峰值,而其他成分(芒柄花苷、毛蕊异黄酮和芒柄花素)呈波动变化。(3)蒙古黄芪不同生育期内根际土壤微生物群落差异较大,其中根际细菌变化最为明显,9月份多样性更高,而真菌群落差异相对较小,不同种源间根际微生物群落组成相似。研究表明,蒙古黄芪毛蕊异黄酮葡萄糖苷含量随生育期显著上升,故最佳采收期不宜过早,而微生物群落结构的差异可能是蒙古黄芪获得生长优势和有效成分积累的重要因素之一。 展开更多
关键词 根际 蒙古黄芪 黄酮类化合物 微生物群落 Illumina miseq高通量测序
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南淝河表层沉积物细菌群落结构特征及驱动因素 被引量:13
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作者 杨长明 吴亚琼 +1 位作者 王育来 郭韵昊 《中国环境科学》 EI CAS CSSCI CSCD 北大核心 2018年第9期3552-3561,共10页
为了探讨南淝河不同河段沉积物细菌群落结构特征差异及其主要驱动因素,在对南淝河不同土地利用区域河段表层沉积物的主要理化指标(pH、CEC、TOC、DOC、氮分级形态)进行分析基础上,重点通过Mi Seq高通量测序技术对沉积物中细菌群落结构... 为了探讨南淝河不同河段沉积物细菌群落结构特征差异及其主要驱动因素,在对南淝河不同土地利用区域河段表层沉积物的主要理化指标(pH、CEC、TOC、DOC、氮分级形态)进行分析基础上,重点通过Mi Seq高通量测序技术对沉积物中细菌群落结构特征进行了分析,并利用冗余分析(RDA)方法探讨了导致群落结构差异的主要驱动因素.结果表明:沉积物中门水平下优势细菌种群为变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和拟杆菌门(Bacteroidetes);纲水平下除未分类外主要是厌氧绳菌纲(Anaerolineae)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、梭状芽胞杆菌纲(Clostridia)、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria),此外ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)主要在南淝河下游采样点被检测到,说明其在南淝河沉积物生态系统中并不是普遍存在的;属水平下大多为未分类序列,长绳菌属(Longilinea)和芽孢杆菌属(Bellilinea)有优势地位.南淝河不同河段所在流域土地利用方式不同会导致污染物类型、污染源强和沉积物理化指标的不同,进而影响沉积物细菌群落结构,中游城区和工业区段的细菌多样性整体上高于上、下游;RDA分析结果表明,表层沉积物的CEC、TOC、DOC、TP、WAEF-N和IEF-N是导致细菌群落结构特征差异的主要影响因子,其中变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门受TP影响较大,绿弯菌门则受弱酸浸取态氮(WAEF-N)影响较大. 展开更多
关键词 南淝河 表层沉积物 细菌群落结构 miseq高通量测序 冗余分析(RDA)
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微生物修复油污土壤过程中氮素的变化及菌群生态效应 被引量:13
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作者 叶茜琼 吴蔓莉 +2 位作者 陈凯丽 李炜 袁婧 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第2期728-734,共7页
对陕北地区石油污染土壤进行了微生物修复研究,利用气相色谱-质谱联用技术(gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS)测定土壤中烷烃和多环芳烃的含量变化,采用高通量测序技术研究微生物修复对油污土壤微生物群落多样性的影响,对修... 对陕北地区石油污染土壤进行了微生物修复研究,利用气相色谱-质谱联用技术(gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS)测定土壤中烷烃和多环芳烃的含量变化,采用高通量测序技术研究微生物修复对油污土壤微生物群落多样性的影响,对修复过程中土壤不同形态氮含量变化进行了分析测定.结果表明,经过18周的修复,土壤中烷烃含量由初始时的25 987.8mg·kg^(-1)降低为12 788.6 mg·kg^(-1),多环芳烃含量由初始时的5 322.9 mg·kg^(-1)降低为2 917.2mg·kg^(-1).高通量测序结果表明,经过微生物修复处理的土壤微生物群落结构发生了较大变化,一些可降解烃类的菌群如厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacterodetes)、迪茨氏菌属(Dietzia)、不动杆菌属(Acinetobacter)所占丰度增加.经过修复处理的土壤中总氮、氨氮含量呈降低趋势,硝态氮含量在修复前期呈降低趋势,修复后期基本保持不变.研究结果表明,微生物修复处理可去除土壤中的大部分烷烃和多环芳烃,烷烃和多环芳烃的降解效果与土壤中硝氮含量和烃降解菌所占丰度相关. 展开更多
关键词 石油污染土壤 微生物修复 GC—MS miseq高通量测序 不同形态氮
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清香型白酒酒醅发酵菌株分离鉴定及细菌群落结构分析 被引量:13
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作者 刘雪婷 王子媛 +3 位作者 刘继明 刘忠军 郭壮 侯强川 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第1期39-43,共5页
采用纯培养技术对清香型白酒酒醅中的乳酸菌和芽孢杆菌进行分离鉴定,同时通过Illumina MiSeq高通量测序技术解析清香型白酒酒醅细菌群落结构。结果表明,所有酒醅样品共分离得到13株乳酸菌,分别鉴定为乳酸片球菌(Pediococcus acidilactic... 采用纯培养技术对清香型白酒酒醅中的乳酸菌和芽孢杆菌进行分离鉴定,同时通过Illumina MiSeq高通量测序技术解析清香型白酒酒醅细菌群落结构。结果表明,所有酒醅样品共分离得到13株乳酸菌,分别鉴定为乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)4株、副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)3株、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)3株、粪肠球菌(Enterococcus faecium)2株以及希尔氏乳杆菌(Lactobacillus hilgardii)1株。从酒醅中分离得到的17株芽孢杆菌菌株分别鉴定为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)9株、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)2株、短小芽胞杆菌(Bacillus pumilus)2株、澳洲芽孢杆菌(Bacillus australimaris)2株、解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)1株以及蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)1株。Illumina MiSeq高通量测序技术结果显示,酒醅中优势菌门分别为厚壁菌门(Firmicutes)(97.96%)、放线菌门(Actinobacteria)(1.24%)和变形菌门(Proteobacteria)(0.76%);优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)(97.42%)、栖热嗜油菌属(Thermoleophilum)(1.22%)和假单胞菌属(Pseudomonas)(0.72%)。 展开更多
关键词 清香型白酒 miseq高通量测序 乳酸菌 芽孢杆菌
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不同品种苹果树内生细菌群落多样性及功能 被引量:12
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作者 古丽尼沙·沙依木 张志东 +6 位作者 杨波 章世奎 唐琦勇 宋素琴 朱静 郭春苗 顾美英 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期500-511,共12页
【背景】目前苹果树内生细菌的研究较多,但对不同品种苹果树内生细菌群落多样性分析比较的相关报道还较少。【目的】通过分析比较新疆本地和吉尔吉斯斯坦引进的8个不同品种苹果树内生细菌群落多样性的差异,可以充分挖掘其蕴含的丰富微... 【背景】目前苹果树内生细菌的研究较多,但对不同品种苹果树内生细菌群落多样性分析比较的相关报道还较少。【目的】通过分析比较新疆本地和吉尔吉斯斯坦引进的8个不同品种苹果树内生细菌群落多样性的差异,可以充分挖掘其蕴含的丰富微生物资源。【方法】采用MiSeq高通量测序技术分别测定不同品种苹果树内生细菌群落16S rRNA基因V3-V4区序列并进行生物信息学分析。【结果】不同品种苹果树中获得的V3-V4区有效序列数在61487-71583条之间,聚成24-92个操作分类单元(operationaltaxonomicunit,OTU),Shannon指数和Simpson指数分别在0.729-1.177和0.265-0.457之间,新疆本地品种的苹果树内生细菌种类和多样性高于吉尔吉斯斯坦品种。内生细菌种群分析结果表明,变形菌门和放线菌门的OTU总计分别覆盖了不同品种苹果树内生细菌的61.16%-97.08%,为苹果树的主要优势细菌门。优势细菌属数目、组成及其丰度随苹果品种的不同而有所差异。马赛菌属(Massilia)和节杆菌属(Arthrobacter)的总丰度最高,其丰度分别在6.06%-71.37%、1.29%-17.86%之间,且优势细菌属中存在具有一定促生抗逆或与降解环境有毒有害物质相关的有益功能性状的微生物类群。群落功能预测分析初步显示不同品种的苹果树内生细菌群落功能有所差异,新疆本地品种微生物群落的功能信息多于吉尔吉斯斯坦品种,主要体现在化能异养、需氧化能异养、尿素分解、砷酸盐解毒和异化砷还原等功能方面。此外,这8个品种苹果树内生菌中可能还存在大量的未知属,其范围在13.74%-69.60%之间。【结论】不同品种苹果树内生细菌群落多样性较为丰富,种群组成和功能存在较大差异,且潜在分类信息也给新的微生物资源挖掘和功能分析提供线索,值得进一步研究。 展开更多
关键词 不同品种苹果树 内生细菌 多样性 miseq高通量测序 功能预测
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