基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制 被引量：12

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作者 白东东 李新圃 +3 位作者 杨峰 罗金印 王旭荣 李宏胜 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第10期2866-2875,共10页

试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软... 试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软件构建化合物—靶点网络、蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点—通路网络,研究白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制。通过化合物的口服利用度和类药性筛选得出白头翁汤11个活性化合物,化合物—靶点网络结果显示,11个活性化合物含有63个相应靶点;白头翁汤作用于猪腹泻的PPI网络图包含45个靶点,主要靶点是雌激素受体1(estrogen receptor,ESR1)、CREB结合蛋白(CREB binding protein,CREBBP)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、雄激素受体(androgen receptor,AR)等,与猪腹泻靶点基因直接相关的靶点是拓扑异构酶Ⅱβ(DNA topoisomeraseⅡ,TOP2B)、ESR1、ESR2、糖皮质激素受体(glucocorticoid receptor,NR3C1)、AR和细胞核受体共激活剂2(nuclear receptor coactivator 2,NCOA2);白头翁汤—猪腹泻PPI网络图关键靶点GO富集条目为5个,其中生物过程、分子功能、细胞组成相关的条目分别有3、1、1个;白头翁汤作用于猪腹泻PPI网络图KEGG信号通路有1条。白头翁汤可能主要通过金鱼草素、掌叶防己碱、8-异戊烯基二氢茆酚-7-葡糖苷、延胡索乙素、足叶草脂素、黄麻苷和8-羟基松脂醇等调控TOP2B、ESR1、ESR2、NR3C1、AR和NCOA2等靶点,基因功能富集于磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、DNA模板转录、类固醇结合、细胞膜的组成部分,以及通过KEGG信号通路中神经活性的配体—受体相互作用信号通路来治疗猪腹泻。 展开更多

关键词 白头翁汤 猪腹泻 蛋白质-蛋白质互作网络(PPI) GO富集分析 kegg信号通路

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艾灸对慢性萎缩性胃炎大鼠外周血基因表达谱的影响 被引量：7

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作者 黄艳 吴凌翔 +9 位作者 马喆 顾沐恩 黄儒德 李璟 吴璐一 刘慧荣 马晓芃 张军峰 张建斌 吴焕淦 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2019年第8期1549-1562,共14页

目的探讨隔药饼灸对慢性萎缩性胃炎大鼠外周血基因表达谱的影响,为后续研究提供研究方向。方法将雄性Wistar大鼠随机分成正常组、模型组、隔药饼灸组、电针组和西药组,均采用MNNG诱导CAG大鼠模型,取穴中脘、气海,隔药饼灸每次每穴1壮,每... 目的探讨隔药饼灸对慢性萎缩性胃炎大鼠外周血基因表达谱的影响,为后续研究提供研究方向。方法将雄性Wistar大鼠随机分成正常组、模型组、隔药饼灸组、电针组和西药组,均采用MNNG诱导CAG大鼠模型,取穴中脘、气海,隔药饼灸每次每穴1壮,每日1次,共4周;电针频率100 Hz,强度1-3 mA,20 min,每日1次,共4周;西药采用叶酸悬浊液1.0 mL/100 g灌胃,每天1次,持续4周。采用Trizol法提取各组CAG大鼠的外周血总RNA,质控后建立文库,采用RNA-seq高通量测序,结合生物信息学的方法深入分析隔药饼灸逆转的差异表达基因。结果与正常组比较,CAG组大鼠外周血有1542个差异表达基因,涉及的通路主要有癌症、免疫疾病、能量代谢、消化系统、免疫系统通路。隔药饼灸干预CAG大鼠的外周血差异表达基因2956个,涉及的通路与分子相互作用、信号转导、癌症、免疫疾病、氨基酸代谢、能量代谢、脂质代谢、维生素代谢、核苷酸代谢、消化系统、免疫系统、神经内分泌系统等相关;电针干预CAG外周血的差异表达基因3136个,涉及的通路与癌症、免疫疾病、氨基酸代谢、能量代谢、脂质代谢、维生素代谢、核苷酸代谢、消化系统、免疫系统、神经内分泌系统等相关;西药干预CAG外周血差异表达基因1308个,涉及的通路与蛋白翻译、信号转导、癌症、免疫系统、消化系统等相关。经RT-qPCR验证,各组外周血Foxo3、Uba52、S100a1、Nod2的结果和RNA-seq测序结果一致。结论隔药饼灸、电针和西药干预CAG的外周血差异表达基因的数量不同,西药较针灸改变CAG的差异基因数目少。3种干预方法均能影响CAG大鼠外周血免疫相关、肿瘤相关的基因表达谱,隔药饼灸和电针干预的差异基因还涉及能量、氨基酸、脂质、维生素代谢。 展开更多

关键词 针灸疗法 慢性萎缩性胃炎 隔物灸 基因表达谱 kegg信号通路

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靶向Wnt1的miRNA与circRNA及其靶基因间相互作用的生物信息学分析 被引量：6

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作者 张遥 任秀智 +4 位作者 王延宙 马翔 左清利 韩金祥 鲁艳芹 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1094-1101,共8页

为对靶向Wnt1的7种mi RNAs进行circ RNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circ RNAs及靶基因间的相互作用,分别采用Starbase及mi RWALK软件,对文献报道的靶向Wnt1基因的let-7e、mi R-21、mi R-34a、mi R-122、mi R-148a、mi R-148b与mi R-... 为对靶向Wnt1的7种mi RNAs进行circ RNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circ RNAs及靶基因间的相互作用,分别采用Starbase及mi RWALK软件,对文献报道的靶向Wnt1基因的let-7e、mi R-21、mi R-34a、mi R-122、mi R-148a、mi R-148b与mi R-152等7种mi RNAs的circ RNAs和对应的靶基因进行生物信息学预测.利用Cytoscape 3.2.1对这7种mi RNAs和预测所得到的circ RNAs及对应的靶基因进行网络分析.并进一步对预测到的靶基因通过DAVID软件进行通路分析.Starbase软件对这7种不同mi RNAs所预测的靶circ RNAs的数量分别为58、15、41、20、28、28、28个.分别比较mi RWALK中7～9个以上软件共有的mi RNAs及其与靶基因的关系,发现CHD7基因是唯一一个在三种不同预测范围内与mi R-21、mi R-148a、mi R-148b和mi R-152等4种mi RNAs相对应的靶基因.CNOT6、NBEA、ZFYVE26与ZDHHC17是在两种不同预测范围内与至少4个mi RNAs相对应的靶基因.在7种mi RNAs所预测靶基因相关的KEGG信号通路中,7～9个软件以上共有的信号通路为Focal adhesion信号通路、MAPK信号通路、Notch信号通路与TGF-beta信号通路.在MAPK信号通路中DUSP1与MRPS35_hsa_circ_001042均分别是与mi R-21、mi R-148a、mi R-148b及mi R-152等4种mi RNAs相互作用的靶基因与circ RNA.本研究对靶向Wnt1的mi RNAs及其相互作用的circ RNAs、靶基因与信号通路等进行了网络分析与预测,为进一步分析它们之间的相互作用奠定了基础. 展开更多

关键词 WNT1 MI RNA circ RNA 相互作用 kegg信号通路

全文增补中

基于复杂网络的中药半枝莲系统生物学信息挖掘方法 被引量：6

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作者 胡晨骏 何菊 +4 位作者 谢佳东 房裴裴 丁有伟 胡孔法 冒宇清 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2018年第9期1506-1514,共9页

目的:半枝莲在中医临床上被广泛运用,挖掘其系统生物学信息具有重要意义。方法:本文整合半枝莲天然化合物和基因组学数据,运用Herb-Prince复杂网络算法挖掘半枝莲潜在关联基因、基因族和KEGG信号通路,并通过文献进行验证。结果:筛选出... 目的:半枝莲在中医临床上被广泛运用,挖掘其系统生物学信息具有重要意义。方法:本文整合半枝莲天然化合物和基因组学数据,运用Herb-Prince复杂网络算法挖掘半枝莲潜在关联基因、基因族和KEGG信号通路,并通过文献进行验证。结果:筛选出与半枝莲关联系数较高的Top 100基因、4个基因族和Top 10 KEGG信号通路。结论:相关结果与半枝莲临床和药理研究高度一致,为科研人员从分子水平研究半枝莲药理活性提供决策支持。 展开更多

关键词 复杂网络 半枝莲 系统生物学 基因组学 kegg信号通路

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基于转录组测序技术研究川芎嗪对急性脊髓损伤模型大鼠基因表达的影响 被引量：6

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作者 张毅 祁文 +1 位作者 吴迪 谢旻成 《中国药房》 CAS 北大核心 2020年第11期1327-1335,共9页

目的:探讨川芎嗪对急性脊髓损伤(SCI)模型大鼠基因表达的影响。方法:将雄性SD大鼠随机分为假手术组(A组,6只),模型组(B组,不同时间点各6只,共12只)和川芎嗪干预组(C组,不同时间点各6只,共12只)。B、C组大鼠参照改良Allen’s法复制急性SC... 目的:探讨川芎嗪对急性脊髓损伤(SCI)模型大鼠基因表达的影响。方法:将雄性SD大鼠随机分为假手术组(A组,6只),模型组(B组,不同时间点各6只,共12只)和川芎嗪干预组(C组,不同时间点各6只,共12只)。B、C组大鼠参照改良Allen’s法复制急性SCI模型。造模后,C组大鼠腹腔注射川芎嗪100 mg/kg,A、B组大鼠腹腔注射等容生理盐水,每日1次,持续7 d或14 d(分别记为B7 d、B14 d组和C7 d、C14 d组)。分别于造模前和造模后7、14 d对各组大鼠进行BBB评分,并行脊髓标本苏木精-伊红、尼氏染色观察;采用转录组测序技术分析A组与B组、B组与C组大鼠脊髓标本中的差异表达基因(DEGs),借助基因本体(GO)数据库和KEGG数据库进行GO和KEGG信号通路富集分析。结果:与A组比较,B组大鼠造模后7、14 d的BBB评分均显著降低(P<0.05),其脊髓组织中的神经细胞和尼氏体数量明显减少;与B组比较,C组大鼠上述时间点的BBB评分均显著升高(P<0.05),其脊髓组织中的神经细胞和尼氏体数量有所增多。A组和B7 d组、A组和B14 d组、B7 d组和C7 d组、B14 d组和C14 d组大鼠的DEGs分别有886、1404、70、66个,组间表达变化趋势相反的基因包括Ncmap、Prx、Gabrq、Gabrg2等。各组间DEGs富集的细胞部位、分子功能、生物学过程各有不同,主要涉及溶泡、溶酶体、质膜部分、同型蛋白结合、免疫应答、离子通道活性、免疫反应(A组和B组),基底外侧质膜、外脱氧核糖核酸酶活性、对干扰素γ的反应(B7 d组和C7 d组),以及细胞外区、受体调节活性、含酚化合物代谢过程(B14 d组和C14 d组)等;同时,DEGs富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用(A组和B组),细胞黏附分子、补体和凝血级联、Hedgehog信号通路(B7 d组和C7 d组),逆行内源性大麻素信号、神经活性配体-受体相互作用、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、γ-氨基丁酸(GABA)能突触(B14 d组和C14 d组)等信号 展开更多

关键词 川芎嗪 急性脊髓损伤 转录组测序技术 差异表达基因 基因本体 kegg信号通路 机制 大鼠

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系统性红斑狼疮患者中miR-410表达及其靶基因生物信息学分析 被引量：5

6

作者 张济 欧大明 +2 位作者 黄丽芳 欧阳琳 邹礼衡 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期884-888,共5页

目的:检测miR-410在系统性红斑狼疮患者(SLE)中的表达水平,运用生物信息学方法研究miR-410及其靶基因在SLE发生发展过程中的作用。方法:定量检测miR-410在SLE患者外周血单个核细胞中的表达水平,并通过miR-410序列分析,靶基因预测和Genec... 目的:检测miR-410在系统性红斑狼疮患者(SLE)中的表达水平,运用生物信息学方法研究miR-410及其靶基因在SLE发生发展过程中的作用。方法:定量检测miR-410在SLE患者外周血单个核细胞中的表达水平,并通过miR-410序列分析,靶基因预测和Genecards数据库分析,进一步对其靶基因进行GO富集和KEGG Pathway分析。结果:miR-410在SLE患者中表达显著降低,其核苷酸序列在多物种间呈高度保守性。受miR-410调控且与SLE疾病相关的潜在靶基因包括FASLG、CSF2、IFNAR2、MAPK1、PLCG2、IL4等。GO分析发现miR-410的靶基因参与细胞生长增殖、程序性死亡、细胞分化、免疫系统发育等多个生物过程。KEGG Pathway分析发现miR-410的靶基因显著富集在肿瘤途径信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路、胶质瘤信号通路、黑色素瘤信号通路、TGF-β和JAK-STAT信号通路等。结论:miR-410可能通过直接靶向作用其调控靶分子,影响SLE患者体内多条信号通路的网络调控,从而参与SLE疾病的发生和发展。 展开更多

关键词 miR-410 SLE 靶基因 GO富集 kegg信号通路

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胃萎缩性炎症恶变过程中基因表达谱的变化 被引量：5

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作者 丁西平 毛玉娣 +2 位作者 汪朝靓 周欢 程前 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第3期402-407,共6页

目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路... 目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路、基因编码蛋白之间相互关系进行分析。结果通过基因芯片检测,筛选出2 779个差异性表达的基因,并对变化最明显的前15个上调及前15个下调的基因进行总结,其中包括CPA2、HCAR3、BCL2A1、ITGAX等新发现的胃癌相关基因。此外,生物信息学分析显示了差异性表达基因所代表的生理意义,如炎症反应、细胞迁移、TNF信号通路、NF-kappa B信号通路、Toll样受体信号通路、趋化因子信号通路等。结论萎缩性胃炎恶变至胃癌过程中基因表达谱发生明显变化,并代表了相应的生理意义。 展开更多

关键词 炎症恶化 胃癌 萎缩性胃炎 基因表达谱 GO分析 kegg信号通路 PPI网络分析

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脑源性神经营养因子相互作用蛋白质间的相互作用网络及功能 被引量：5

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作者 胡春荣 杜欣娜 +3 位作者 李凤君 金艺华 张虎 马利峰 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2018年第7期1707-1709,共3页

目的探讨与脑源性神经营养因子(BDNF)相互作用蛋白质间的相互作用网络并分析其功能。方法利用在线蛋白质间相互作用的数据库PINA和SRING获得与BDNF相互作用的蛋白质,构建其相互作用的网络,并利用基因本体(GO)和KEGG分析这些蛋白质的功... 目的探讨与脑源性神经营养因子(BDNF)相互作用蛋白质间的相互作用网络并分析其功能。方法利用在线蛋白质间相互作用的数据库PINA和SRING获得与BDNF相互作用的蛋白质,构建其相互作用的网络,并利用基因本体(GO)和KEGG分析这些蛋白质的功能。结果 PINA和SRING数据库显示与BDNF相互作用的蛋白质有22个;GO分析显示这些蛋白主要具有神经营养因子和受体活性,主要参与神经元轴突生成、调节细胞增殖和凋亡;KEGG结果显示BDNF主要通过神经营养因子信号通路、MAPK信号通路及血管内皮生长因子(VEGF)信号通路发挥功能。结论 BDNF及其相互作用蛋白主要通过神经营养因子信号通路、MAPK信号通路及VEGF信号通路参与调节神经元增殖、凋亡及轴突生成。 展开更多

关键词 脑源性神经营养因子 SRING PINA kegg信号通路 GO分析

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基于网络药理学分析白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制

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作者 李雄婕 严作廷 曹随忠 《中兽医医药杂志》 CAS 2023年第5期51-56,共6页

利用网络药理学研究方法探究白头翁治疗奶牛乳腺炎的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。检索白头翁的所有化学成分及作用靶点,构建药物-疾病-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、靶点-通路气泡图,综合数据... 利用网络药理学研究方法探究白头翁治疗奶牛乳腺炎的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。检索白头翁的所有化学成分及作用靶点,构建药物-疾病-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、靶点-通路气泡图,综合数据信息分析得出白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制。结合数据结果推测,白头翁中以异鼠李素为主的各活性成分通过影响表皮生长因子受体(EGFR)、肝X受体(LXRs)、雌激素受体1(ESR1)、Toll样受体等关键基因靶点,对促分裂原活化蛋白激酶(MARK)信号通络、蛋白酪氨酸激酶(JAK)-转录活化因子(STAT)信号通路、磷酯酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)、核因子κB(NF-κB)信号轴等通路及T细胞膜糖蛋白分子CD4、细胞色素P450、一氧化氮合酶NOS2等基因进行靶点调控,从而发挥降低炎症反应、调节乳腺上皮细胞生长的作用,达到对乳腺炎的治疗效果。通过网络药理学研究方法探索白头翁活性成分、药物和疾病影响靶标及其映射关系,分析药物治疗疾病的影响通路,为奶牛乳腺炎的治疗提供参考。 展开更多

关键词 白头翁 奶牛乳腺炎 蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图 kegg信号通路

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核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)诱导的桑树差异表达基因及功能分析 被引量：3

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作者 殷培峰 郑必平 +2 位作者 曾其伟 何宁佳 谈建中 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期898-904,共7页

桑椹菌核病是影响桑椹产量和品质的主要病害,核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种新发现的疑似桑椹菌核病的病原真菌。以果桑品种大10为供试材料,利用数字基因表达谱技术,筛选核盘菌侵染相关的差异表达基因(DEGs)并分析其功能与代... 桑椹菌核病是影响桑椹产量和品质的主要病害,核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种新发现的疑似桑椹菌核病的病原真菌。以果桑品种大10为供试材料,利用数字基因表达谱技术,筛选核盘菌侵染相关的差异表达基因(DEGs)并分析其功能与代谢途径。在感染和未感染核盘菌的桑树幼果样品之间检测到了显著差异表达基因1 226个(上调表达基因1 088个,下调表达基因138个),其中包含33类172个抗性相关基因,35类112个转录因子基因。生物信息学分析发现,显著差异表达基因显著富集于4个细胞组分(胞外区、细胞壁、外部封装结构、质外体)、6种分子功能(抗氧化活性、酶催化活性、酶调节活性、核酸结合转录因子活性、营养物质代谢、翻译调控活性等)和6个代谢通路(亚油酸代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、植物-病原互作、苯丙氨酸代谢、芳香族氨基酸生物合成、糖类次生代谢产物生物合成)。选取可能与桑树对核盘菌感染应答相关的Fbox等5个基因作为目的基因,进行实时荧光定量PCR检测验证,检测数据与RNA-seq表达谱的分析结果基本一致。研究结果为阐释桑树应答核盘菌侵染的分子机制积累了基础数据。 展开更多

关键词 桑树 桑椹菌核病 核盘菌 数字表达谱 基因差异表达 功能注释 kegg信号通路 实时荧光定量PCR

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乳铁蛋白对炎症性肠炎大鼠肠道微生态的正向调节作用 被引量：3

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作者 赵晓 徐境含 +4 位作者 崔东影 徐珒昭 刘洋 滕国新 许晓曦 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第13期136-142,共7页

本研究采用葡聚糖硫酸钠(dextran sulphate sodium,DSS)刺激以构建SD大鼠炎症性肠炎(inflammatory bowel disease,IBD)模型,通过高通量测序分析乳铁蛋白(lactoferrin,LF)对大鼠结肠粪便肠道菌群α-多样性、物种差异性分布、KEGG信号通... 本研究采用葡聚糖硫酸钠(dextran sulphate sodium,DSS)刺激以构建SD大鼠炎症性肠炎(inflammatory bowel disease,IBD)模型,通过高通量测序分析乳铁蛋白(lactoferrin,LF)对大鼠结肠粪便肠道菌群α-多样性、物种差异性分布、KEGG信号通路相关操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)丰度的影响。结果表明,LF有助于缓解DSS刺激所引起的α-多样性降低和优势菌群——厚壁菌门(Firmicutes)与拟杆菌门(Bacteroidetes)的比例失调;与DSS组相比,高剂量LF提高了患IBD大鼠乳杆菌科(Lactobacillaceae)(12%vs.40%)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(17%vs.27%)等菌群的相对丰度,降低了拟杆菌科(Bacteroides)(28%vs.8%)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(13%vs.6%)等菌群的相对丰度。KEGG信号通路OTU丰度分析表明,LF的摄入降低了患IBD大鼠菌群中与癌症、感染性疾病等人类疾病、免疫系统和细胞及遗传相关信号通路的OTU丰度,并降低了这些疾病的发生风险。综上,LF的摄入对患IBD大鼠结肠微生态具有正向调节作用,可使其肠道菌群的组成更接近于健康大鼠,且有降低其他伴随性疾病风险的可能。 展开更多

关键词 乳铁蛋白 肠道菌群 炎症性肠炎 SD大鼠 kegg信号通路

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miRNA-146a在甲状腺癌细胞中的靶基因预测及相关通路分析 被引量：3

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作者 李芳 姜霞 +4 位作者 苏兴凯 刘擘 胡毅平 陈英 田延锋 《肿瘤学杂志》 CAS 2020年第8期689-694,共6页

[目的]利用生物信息学方法对miRNA-146a在甲状腺癌细胞BCPAP中的作用进行转录组测序,从分子水平研究miRNA-146a对甲状腺癌发病的作用机制,寻找潜在的治疗靶点。[方法]对甲状腺癌细胞BCPAP分别转录miRNA-146a的模拟物、空白模拟物和miRNA... [目的]利用生物信息学方法对miRNA-146a在甲状腺癌细胞BCPAP中的作用进行转录组测序,从分子水平研究miRNA-146a对甲状腺癌发病的作用机制,寻找潜在的治疗靶点。[方法]对甲状腺癌细胞BCPAP分别转录miRNA-146a的模拟物、空白模拟物和miRNA-146a的抑制物及空白抑制物,荧光定量PCR检测细胞miRNA-146a的表达;高通量测序检测差异miRNA;对检测结果的差异基因与miRTarBase、miRWalk2.0和TargetScan中miR-146a靶基因数据库共分析,预测miRNA-146a靶基因;用Cluster Profiles 3.0.5软件进行富集分析。[结果]转录组测序结果与miRTarBase、miRWalk2.0和TargetScan中miRNA-146a靶基因数据库共分析,提示miRNA-146a靶基因与CXCL8、CXCR4、IRAK1、PRKCE和LFNG等9个靶基因相关。GO功能注释预测靶基因集合富集在炎症反应、细胞运动及迁移的正调节、趋化性调节、G蛋白偶联受体结合、细胞因子活性及受体结合。KEGG信号通路富集结果提示与Toll样受体信号通路、Notch信号通路、Fc epsilon RI信号通路和趋化因子信号通路等相关。[结论] miRNA-146a在甲状腺癌组织中的表达可能是其分子诊断的有用生物标志物和潜在的靶点,可为甲状腺癌的临床诊断提供一定参考。 展开更多

关键词 甲状腺肿瘤 miRNA-146a 高通量测序 GO注释 kegg信号通路

原文传递

TMT筛查与生物信息学分析少精子症患者精子差异表达蛋白质 被引量：3

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作者 努尔比亚·阿力甫 马文静 +5 位作者 西尔艾力·买买提 张盼盼 蒋丹丹 童卓云 白生宾 阿地力江·伊明 《新疆医科大学学报》 CAS 2020年第4期419-424,共6页

目的采用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)技术筛选少精子症患者精子差异表达蛋白质,初步寻找少精子症的潜在生物学标志物,阐释相关的生物学过程及代谢通路,为少精子症的分子机制研究提供新的思路。方法随机选取少精子... 目的采用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)技术筛选少精子症患者精子差异表达蛋白质,初步寻找少精子症的潜在生物学标志物,阐释相关的生物学过程及代谢通路,为少精子症的分子机制研究提供新的思路。方法随机选取少精子症患者和正常人精子样本,各30例。应用TMT技术寻找并鉴定差异表达蛋白质,对差异蛋白进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路分析。结果共鉴定1050种差异表达蛋白质,其中561种蛋白质上调表达,489种蛋白质下调表达。GO功能富集分析发现上述差异表达蛋白质参与了终止翻译和核转录mRNA分解代谢过程等生物过程;且主要分布在部分胞质和胞质核糖体中;分子功能是核糖体结构成分和结构分子活性等。KEGG信号通路分析涉及代谢通路、核糖体信号通路、氧化磷酸化信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论差异表达蛋白质的生物信息学有助于少精子症发病机制研究,可作为其分子机制研究的参考和补充。 展开更多

关键词 少精子症 TMT技术 差异表达蛋白质 GO分析 kegg信号通路

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生物信息学分析鉴定肝细胞癌中的关键基因和信号通路 被引量：2

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作者 殷松娜 张翔 +1 位作者 杜娟 陈雅慧 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期4345-4352,共8页

肝细胞肝癌是死亡率较高的癌种之一。本研究旨在为HCC的发生发展机制研究提供更多数据支持,从而对HCC的基因治疗提供一定的理论基础。从GEO数据库检索下载肝癌患者芯片数据GSE62232,包括10个正常肝脏样本,81个HCC患者的肿瘤样本。用Limm... 肝细胞肝癌是死亡率较高的癌种之一。本研究旨在为HCC的发生发展机制研究提供更多数据支持,从而对HCC的基因治疗提供一定的理论基础。从GEO数据库检索下载肝癌患者芯片数据GSE62232,包括10个正常肝脏样本,81个HCC患者的肿瘤样本。用Limma包分析HCC肿瘤组织中与正常肝组织中差异表达基因。随后进行基因本体论(GO)和信号通路(KEGG)富集分析。Cytoscape的MCODE插件用于分析差异基因的蛋白质相互作用关系。并筛选出Hub基因并应用Kaplan-Meier分析其在肝癌患者中的总体存活率情况。筛选得到237个DEGs(82个上调基因和155个下调基因),主要富集在视黄醇代谢通路,P53信号通路和PPAR信号通路。从PPI网络中鉴定出2个关键子网络和29个Hub基因;并得到与肝癌患者预后不良相关的8个基因的生存曲线。本研究可为HCC的发生发展的机制研究和药物靶点提供新的研究方向。 展开更多

关键词 肝细胞癌(HCC) 差异基因 kegg信号通路 蛋白质-蛋白质相互作用 Hub基因

原文传递

老年原发性直肠癌组织中miRNA-143和miRNA-221的靶基因预测及相关生物信息学分析 被引量：2

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作者 李志祥 钱军 贾建光 《中华全科医学》 2018年第8期1257-1260,1317,共5页

目的探讨miRNA-143和miRNA-221在老年直肠癌中的诊断价值及临床意义。方法收集2015年9月—2016年12月蚌埠医学院第一附属医院老年直肠癌患者标本50例和健康人群标本30例,使用高通量测序技术、荧光定量PCR检测验证直肠癌及正常组织中miRN... 目的探讨miRNA-143和miRNA-221在老年直肠癌中的诊断价值及临床意义。方法收集2015年9月—2016年12月蚌埠医学院第一附属医院老年直肠癌患者标本50例和健康人群标本30例,使用高通量测序技术、荧光定量PCR检测验证直肠癌及正常组织中miRNA差异表达;Pearson检验对miRNA-143和miRNA-221进行相关性分析;miRBase数据库预测两者miRNA的靶基因;R 3.4.0软件绘制差异miRNA热图聚类图,miRNet数据库和cytoscape 3.5.1绘制miRNA与mRNA表达调控网络。结果对比正常组织,miRNA-143和miRNA-221在老年原发性直肠癌组织中均下调(P<0.001,P=0.009),两者表达水平呈正相关(r=0.517,P=0.003)。GO功能注释主要富集于MAPKK活性、干细胞发育、STAT蛋白酪氨酸磷酸化调控、蛋白质磷酸化氨基酸结合、酪氨酸磷酸化肽、调节脂质激酶活性、磷蛋白聚合、核转录mRNA聚A尾缩短等生物学过程和分子功能(P<0.01);KEGG信号通路富集主要涉及TP53基因调节细胞死亡基因转录、VEGF信号通路、IL-4信号通路、抑瘤素M信号通路(P<0.01)。调控网络表明miRNA-143和miRNA-221之间有少许靶基因重合,两者之间具有协同作用。结论miRNA-143和miRNA-221作为直肠癌抑癌因子,为临床老年直肠癌的诊断提供一定的临床意义。 展开更多

关键词 直肠癌 二代测序 GO注释 kegg信号通路 调控网络

原文传递

基于KEGG通路和蛋白相互作用网络筛选舒张性心力衰竭关键靶点基因 被引量：1

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作者 翁洁琼 原梦飞 +2 位作者 姚婷婷 张晶芳 沈晓旭 《中国循证心血管医学杂志》 2022年第9期1029-1033,1039,共6页

目的运用KEGG通路和蛋白相互作用网络筛选舒张性心力衰竭的靶点基因。方法以“Heart failure with preserved ejection fraction”为关键词在Genecard数据库中检索舒张性心力衰竭的靶点基因,并运用R语言相关数据包进行KEGG通路分析,获... 目的运用KEGG通路和蛋白相互作用网络筛选舒张性心力衰竭的靶点基因。方法以“Heart failure with preserved ejection fraction”为关键词在Genecard数据库中检索舒张性心力衰竭的靶点基因,并运用R语言相关数据包进行KEGG通路分析,获取舒张性心力衰竭的关键通路及关键基因,于STRING网站上传基因,建立关键基因的蛋白质相互作用网络,筛选出舒张性心力衰竭的核心靶点基因。结果检索到526个舒张性心力衰竭的基因,通过KEGG富集分析,得到425个基因富集于160条信号通路,主要有PI3K-Akt信号通路,JAK-STAT信号通路等,通过蛋白互作网络得到核心基因有VEGFA、AKT、IL-6等。结论本研究通过KEGG和蛋白质互作网络具体分析了舒张性心力衰竭的关键信号通路及核心基因,为进一步基础实验提供参考。 展开更多

关键词 kegg信号通路 蛋白相互作用网络 舒张性心力衰竭 靶点基因

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CLDN 3通过参与氧化磷酸化途径促进子宫内膜癌细胞增殖 被引量：2

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作者 张林静 李常虹 +2 位作者 胡月新 黄芩 韦焘 《中国计划生育和妇产科》 2020年第9期84-90,共7页

目的研究CLDN 3基因在子宫内膜癌发生发展中的生物学功能和潜在分子机制。方法通过临床数据库GEPIA查找并确定在子宫内膜癌组织中具有显著差异表达及其临床预后目的的基因;通过siRNA介导敲低目的基因的表达,利用细胞增殖实验和克隆形成... 目的研究CLDN 3基因在子宫内膜癌发生发展中的生物学功能和潜在分子机制。方法通过临床数据库GEPIA查找并确定在子宫内膜癌组织中具有显著差异表达及其临床预后目的的基因;通过siRNA介导敲低目的基因的表达,利用细胞增殖实验和克隆形成实验验证目的基因在子宫内膜癌发生发展中的作用;探索目的基因在子宫内膜癌中发挥功能的潜在分子机制,通过GEPIA数据库查看关键基因在子宫内膜癌中的表达特征;T-qPCR检测目的基因对信号通路关键基因的调控,细胞增殖实验验证关键基因在子宫内膜癌发生发展中的作用。结果GEPIA数据库显示CLDN 3在子宫内膜癌中显著高表达(P<0.05)且高表达预后差(P<0.05);细胞增殖实验发现,在敲低CLCN 3表达的子宫内膜癌细胞中,与对照组siCTL相比,细胞增殖速率显著减慢(P<0.05);克隆形成实验同样发现,在敲低CLDN 3表达的子宫内膜癌细胞中,与对照组siCTL相比,克隆形成速率显著减慢(P<0.05);GEPIA数据库显示氧化磷酸化关键基因NDUFA 2,NDUFB 9,COX 7 B,COX 6 B 1,NDUFA 13,COX 5 B,ATP 6 V 0 B均在子宫内膜癌中显著高表达(P<0.05);RT-qPCR实验显示在子宫内膜癌细胞中敲低CLDN 3的表达,氧化磷酸化关键基因的表达被降低(P<0.05);细胞增殖实验发现,在敲低氧化磷酸化关键基因表达的子宫内膜癌细胞中,与对照组siCTL相比,细胞增殖速率显著减慢(P<0.05)。KEGG信号通路预测CLDN 3可能参与氧化磷酸化途径。结论CLDN 3在子宫内膜癌中高表达,其可能通过正调控氧化磷酸化关键基因的高表达,从而促进子宫内膜癌的生长。 展开更多

关键词 子宫内膜癌 CLDN 3 kegg信号通路

原文传递

少弱精子症患者精子蛋白质组学的生物信息学研究 被引量：1

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作者 蒋丹丹 张盼盼 +5 位作者 段玲 童卓云 毛吾兰·买买提依明 马文静 西尔艾力·买买提 阿地力江·伊明 《中华男科学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期780-786,共7页

目的:采用TMT技术筛选少弱精子症患者精子差异蛋白,并通过生物信息学分析,旨在为少弱精子症的研究提供研究方向和理论依据。方法:收集并随机取30例少弱精子症患者和30例正常男性的精液标本,运用TMT技术蛋白质组学分析筛选出少弱精子症... 目的:采用TMT技术筛选少弱精子症患者精子差异蛋白,并通过生物信息学分析,旨在为少弱精子症的研究提供研究方向和理论依据。方法:收集并随机取30例少弱精子症患者和30例正常男性的精液标本,运用TMT技术蛋白质组学分析筛选出少弱精子症患者精子差异表达的蛋白质,并进行基因本体(GO)分析和KEGG信号通路生物信息学分析。结果:通过蛋白质组学技术获得差异蛋白1 199种,其中上调蛋白663种,下调蛋白536种。GO分析结果初步提示差异蛋白主要聚集在核糖体成分、核糖体功能方面。KEGG信号通路分析发现差异蛋白涉及244条信号通路。结论:少弱精子症患者精子差异蛋白涉及复杂的生物过程、分子功能和信号通路,并且蛋白质组学筛查与其生物信息学分析有助于少弱精子症发病机制的研究。 展开更多

关键词 少弱精子症 蛋白质组学 基因本体分析 kegg信号通路

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miR-27a在原发性痛风关节炎患者中的表达水平及生物信息学分析

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作者 苟海梅 陈莹 +3 位作者 徐磊 李九龙 郭晓兰 钟晓武 《检验医学与临床》 CAS 2022年第10期1297-1301,共5页

目的 检测miR-27a在原发性痛风性关节炎(PGA)患者的表达水平,运用生物信息学方法研究miR-27a及其靶基因在PGA发生、发展过程中的作用。方法 采用实时荧光定量PCR检测miR-27a在PGA患者外周血单个核细胞中的表达水平,应用UCSC基因组在线... 目的 检测miR-27a在原发性痛风性关节炎(PGA)患者的表达水平,运用生物信息学方法研究miR-27a及其靶基因在PGA发生、发展过程中的作用。方法 采用实时荧光定量PCR检测miR-27a在PGA患者外周血单个核细胞中的表达水平,应用UCSC基因组在线软件分析miR-27a在不同物种间的保守性,采用TargetScan、miRDB和RNA22数据库进行靶基因预测,并结合GeneCards数据库,对痛风相关的靶基因进行GO富集分析和KEGG信号通路分析。结果 miR-27a在PGA患者中表达明显降低,其核苷酸序列在多物种间呈高度保守性。受miR-27a调控,且与PGA疾病相关的潜在靶基因包括MAPK14、RFX3、ABCA1、HS2ST1、ENPEP和CACNA2D3等。GO富集分析发现,miR-27a的靶基因参与细胞代谢调节及对外界刺激的反应等多种生物学功能。KEGG信号通路分析发现,miR-27a的靶基因显著富集在MAPK信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、糖尿病通路和醛固酮控制的钠盐重吸收通路等。结论 miR-27a可能通过调控多个与痛风发病相关的靶基因,参与多条信号通路的调节,从而参与痛风炎症免疫反应机制。 展开更多

关键词 miR-27a 痛风 靶基因 GO富集 kegg信号通路

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miRNA-32启动子区域相互作用蛋白的分析

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作者 吴巍芸 《重庆医学》 CAS 2019年第10期1657-1660,共4页

目的检测及分析与微RNA-32(miRNA-32)基因上游启动子区域相互作用的蛋白。方法采用DNA pulldown技术联合质谱鉴定的方法检测miRNA-32启动子区域相互作用的蛋白,并用生物信息学方法对这些蛋白进行GO富集及KEGG通路分析。结果在大肠癌HCT-... 目的检测及分析与微RNA-32(miRNA-32)基因上游启动子区域相互作用的蛋白。方法采用DNA pulldown技术联合质谱鉴定的方法检测miRNA-32启动子区域相互作用的蛋白,并用生物信息学方法对这些蛋白进行GO富集及KEGG通路分析。结果在大肠癌HCT-116细胞中总共鉴定到191个与miRNA-32启动子区域特异性结合的蛋白。GO功能富集分析显示,这些蛋白涉及多种生物学功能,包括参与核酸代谢、基因转录、细胞周期、细胞生长和再生等过程。KEGG通路分析表明这些蛋白参与多条信号通路,包括间隙连接、细胞周期信号通路、MAPK信号通路等。结论与miRNA-32启动子区域有相互作用的蛋白具有多种生物学功能及参与多条信号通路。 展开更多

关键词 质谱分析法 启动子 DNA pulldown GO富集 kegg信号通路

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