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利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性 被引量:74
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作者 陈红菊 岳永生 +2 位作者 樊新忠 张传生 杜立新 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第9期855-860,共6页
微卫星是近几年来应用较多的一种分子标记 ,可有效地进行基因鉴定与系谱分析 ,并可估算群体间的遗传距离。通过选用 5个微卫星标记 ,检测了山东省 5个地方鸡种 :日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡以及一个外来鸡种——... 微卫星是近几年来应用较多的一种分子标记 ,可有效地进行基因鉴定与系谱分析 ,并可估算群体间的遗传距离。通过选用 5个微卫星标记 ,检测了山东省 5个地方鸡种 :日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡以及一个外来鸡种———安卡黄鸡和一个外省地方鸡种———广西黄鸡共 7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率 ,以基因频率为基础分析了品种内的遗传变异和品种间的DA 遗传距离 ,并讨论了微卫星多态性在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面的意义。结果表明 :共检测到 4 0个等位基因 ,其中等位基因数最多的位点为ADL0 136 (10个 ) ;等位基因数最低的位点为ADL0 14 6 (5个 ) ;而且每个位点的等位基因分布并不均匀 ,都有一种或几种优势基因存在。在 7个品种中 ,杂合度最低的为寿光鸡 ,杂合度值为 0 332 7,因为此鸡种多年来一直由寿光市慈伦种鸡场进行纯繁保种 ,未与其他鸡种杂交 ,因此杂合度最小 ;其他鸡种杂合度也都低于 0 4 ,据分析可能是由于日照麻鸡、济宁百日鸡群体较小 ;莱芜黑鸡是正在选育的一个品种 ,个体间遗传关系也不远 ;安卡黄鸡和广西黄鸡自从引入嘉明公司后 ,群体近交现象普遍 ,因此各鸡种杂合度都偏低。由此可见 ,通过对杂合度的计算 ,微卫星可以较好地? 展开更多
关键词 微卫星 地方鸡 遗传多样性
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山东地方鸡种遗传距离与聚类分析方法比较研究 被引量:54
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作者 陈红菊 岳永生 +2 位作者 樊新忠 张传生 杜立新 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期33-36,共4页
选用5个多态性较好的微卫星标记,检测了山东省仅存的5个地方鸡种:寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡,以及一个外来鸡种———安卡黄鸡和一个外省地方鸡种———广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个... 选用5个多态性较好的微卫星标记,检测了山东省仅存的5个地方鸡种:寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡,以及一个外来鸡种———安卡黄鸡和一个外省地方鸡种———广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率,并以基因频率为基础计算了Nei氏标准遗传距离(Ds)和DA遗传距离,发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近,而鲁西斗鸡与其他6个鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别进行了NJ法和UPGMA法聚类,得到4个聚类图。结果表明:DA遗传距离的UPGMA聚类图比较可靠。 展开更多
关键词 山东 地方鸡种 遗传距离 聚类分析 的微卫星标记 遗传多样性
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12个中国地方鸡种群体遗传结构及遗传多样性分析 被引量:39
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作者 陈国宏 季从亮 +1 位作者 王敏强 Steffen Weigend 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期105-111,共7页
利用29对微卫星引物对我国的12个地方鸡种进行群体遗传结构及遗传多样性评估,结果表明:每个座位的等位基因数从2到23不等,所有的12个群体均显示较高水平的杂合度,固始鸡最低,为0.453 2,大骨鸡最高,为0.627 1。鸡种间存在较大的遗传分化,... 利用29对微卫星引物对我国的12个地方鸡种进行群体遗传结构及遗传多样性评估,结果表明:每个座位的等位基因数从2到23不等,所有的12个群体均显示较高水平的杂合度,固始鸡最低,为0.453 2,大骨鸡最高,为0.627 1。鸡种间存在较大的遗传分化,16.7%的遗传变异源于品种间的差异。基于Reynolds’遗传距离的邻近(NJ)聚类图显示,12个群体可以分为2个主要的类群:重体型的鸡种首先聚在一起,然后轻体型鸡种加入。struc-ture程序同时也被用于评价鸡种间的遗传关系,结果与NJ聚类法相似,重体型的鸡种首先与轻体型鸡种分成两类。 展开更多
关键词 地方鸡种 微卫星 遗传结构
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利用微卫星标记分析四川8个地方鸡品种遗传多样性 被引量:22
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作者 屠云洁 陈宽维 +2 位作者 沈见成 汤青萍 章双杰 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期724-728,共5页
通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了四川省8个地方鸡品种:峨嵋黑鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡、米易鸡、石棉草科鸡、凉山崖鹰鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡的遗传多样性.利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量... 通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了四川省8个地方鸡品种:峨嵋黑鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡、米易鸡、石棉草科鸡、凉山崖鹰鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡的遗传多样性.利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离.结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在8个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析.各鸡种的杂合度都较高,平均杂合度范围是0.629~0.681,最高的是泸宁鸡(0.681),最低的是旧院黑鸡(0.629).据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性.对DA遗传距离的计算表明:用UPGMA法进行聚类分析,结果8个鸡品种被聚为3类.Ⅰ类:峨嵋黑鸡、米易鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡聚为一类.米易鸡、泸宁鸡先聚在一起,然后又与峨嵋黑鸡在较近的距离聚在一起,然后再与旧院黑鸡聚在一起;Ⅱ类:石棉草科鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡聚为一类.兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡在较近的距离聚在一起,然后又与石棉草科鸡在较近的距离聚在一起;Ⅲ类:凉山崖鹰鸡独自聚为一类.这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的. 展开更多
关键词 微卫星 地方鸡 遗传多样性
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基于线粒体CO Ⅰ基因15个鸡种的DNA编码研究 被引量:21
5
作者 高玉时 唐修君 +4 位作者 屠云洁 陆俊贤 薛茂云 施祖灏 张小燕 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期587-594,共8页
【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶... 【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因部分序列。【结果】选择的这段COⅠ基因序列有38个突变位点,15个鸡种单倍型多样度平均为0.963,核苷酸多样度平均为0.00518,其中引进鸡种明显低于地方鸡种(除藏鸡外);15个鸡种品种间Kimura双参数遗传距离为0.056%—0.917%,种内遗传距离为0—0.346%,15个鸡种的DNA分类和形态学分类基本一致,引进鸡种与地方鸡种分歧较远。【结论】利用线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定,具有可行性和有效性。 展开更多
关键词 地方鸡群体 COⅠ基因 DNA条形码 品种鉴定
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地方鸡种保种核心群禽白血病净化研究 被引量:16
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作者 俞燕 徐步 +5 位作者 范建华 高明燕 韦玉勇 崔治中 赵鹏 孙淑红 《中国家禽》 北大核心 2019年第19期16-22,共7页
研究在2012~2016年间对原种场A、B、C和D4个地方鸡种保种核心群开展了禽白血病净化,通过新建净化鸡舍,采用严格净化技术方案,在强化饲养管理的基础上,经过2~3个世代净化,各品种鸡群取得了显著净化效果。A鸡种经过3个世代净化,25~27周龄... 研究在2012~2016年间对原种场A、B、C和D4个地方鸡种保种核心群开展了禽白血病净化,通过新建净化鸡舍,采用严格净化技术方案,在强化饲养管理的基础上,经过2~3个世代净化,各品种鸡群取得了显著净化效果。A鸡种经过3个世代净化,25~27周龄蛋清p27抗原阳性率由26.4%降至0.3%,36~40周龄血浆病毒分离阳性率由36.4%降至0.4%,种公鸡病毒分离阳性率连续2个世代均为零;B鸡种经过3个世代净化,6周龄血浆病毒分离阳性率由33.2%降至1.2%,36~40周龄蛋清p27抗原和血浆病毒分离阳性率均降至零;C鸡种经过2个世代净化,留种前血浆病毒分离阳性率由61.8%降至0.9%;D鸡种经过2个世代净化,留种前蛋清p27抗原阳性率由20.7%降至1.9%,血浆病毒分离阳性率降至0.2%。禽白血病净化对种鸡生产性能的影响,以A鸡种为例,经过3个世代净化,育雏期、育成期和产蛋期死亡率均逐级下降,净化第一世代效果最为显著;产蛋性能亦明显提高,43周龄总产蛋数平均增加了13个/只,66周龄总产蛋数平均增加了23个/只。研究为众多地方品种鸡群及原种场禽白血病净化起到了良好示范作用。 展开更多
关键词 地方鸡种 核心群 禽白血病 净化
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我国6个地方鸡品种线粒体COI基因遗传多样性分析 被引量:12
7
作者 屠云洁 高玉时 +3 位作者 周新民 张学余 王克华 唐修君 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期31-33,共3页
以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种... 以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 地方鸡品种 线粒体CO Ⅰ基因 遗传多样性
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3个地方鸡种线粒体DNA COⅠ基因条形码遗传多样性研究 被引量:13
8
作者 屠云洁 陈国宏 +3 位作者 高玉时 王克华 童海兵 张学余 《家畜生态学报》 2009年第1期16-19,共4页
以大骨鸡、安义瓦灰鸡和金湖乌凤鸡3个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠCOⅠ)基因序列,以揭示3个地方鸡种COⅠ基因的遗传多样性。结果表明,选择的这段COⅠ基因序列在... 以大骨鸡、安义瓦灰鸡和金湖乌凤鸡3个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠCOⅠ)基因序列,以揭示3个地方鸡种COⅠ基因的遗传多样性。结果表明,选择的这段COⅠ基因序列在3个地方鸡种中有3个突变位点,为4个单倍型。大骨鸡、瓦灰鸡和金湖鸟凤鸡品种内平均多态性分别为0.15%,0.3072%,0.3073%。3个地方品种单倍型多样度范围为0.2222—0.5030,平均为0.3954。瓦灰鸡遗传多样性相对较丰富,大骨鸡相对较贫乏。3个鸡种群体间的Kimura双参数遗传距离范围为0.060~0.077;瓦灰鸡群体内的遗传距离最大,为0.089。3个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨地方鸡种分类问题。 展开更多
关键词 地方鸡种 遗传多样性 COⅠ基因 DNA条形码
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江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析 被引量:11
9
作者 李慧芳 陈宽维 +3 位作者 汤青萍 沈见成 屠云洁 章双杰 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期664-667,共4页
选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了丝毛乌骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(P IC)、... 选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了丝毛乌骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(P IC)、群体间的N e i氏标准遗传距离(DS)和DA遗传距离。结果表明,30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析;在7个品种中,杂合度最低的是余干乌骨鸡,为0.615 5,杂合度最高的是崇仁麻鸡,为0.652 5,各地方鸡品种的杂合度都偏高,反映了群体的遗传多样性非常丰富;7个鸡品种间的DA、DS遗传距离远近关系一致,但DA距离均比DS距离大;用U PGM A法对DA和DS的聚类结果相同,7个鸡品种被聚为3类,余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类,崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类,丝毛乌骨鸡独自为一类。 展开更多
关键词 微卫星 地方鸡 遗传多样性
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利用微卫星标记分析云南6个地方鸡品种的遗传多样性 被引量:11
10
作者 李慧芳 陈宽维 +2 位作者 汤青萍 沈见成 章双杰 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2006年第1期33-37,共5页
通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了云南省武定鸡、茶花鸡、云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡、腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡共6个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA... 通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了云南省武定鸡、茶花鸡、云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡、腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡共6个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在6个鸡群体中的多态信息含量为高度多态,还有6个微卫星位点为中度多态,这些位点均可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析中;在6个品种中,武定鸡杂合度最低,为0.602 3,腾冲雪鸡杂合度最高,为0.668 9,杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算结果表明,体型较小的茶花鸡与其他大中型鸡品种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡和武定鸡聚为一类;腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡聚为一类;茶花鸡独自为一类,这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。 展开更多
关键词 微卫星 地方鸡 遗传多样性
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我国部分地方鸡种COⅠ基因多态性及其分子系统进化研究 被引量:10
11
作者 屠云洁 高玉时 +2 位作者 苏一军 王克华 童海兵 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期39-42,共4页
以我国7个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cyto-chrome coxidaseⅠ,COⅠ)基因序列,分析地方鸡种COⅠ多态性及其分子系统进化关系。研究结果表明,选择的这段COⅠ基因序列有24个突变位点,为13个单倍... 以我国7个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cyto-chrome coxidaseⅠ,COⅠ)基因序列,分析地方鸡种COⅠ多态性及其分子系统进化关系。研究结果表明,选择的这段COⅠ基因序列有24个突变位点,为13个单倍型,其中11个单倍型为各品种所特有,可以作为各品种鉴定的依据;各鸡种在不同位点突变频率不同,7个鸡种均有其特异位点,根据这些特异位点,可以对其进行品种鉴定。7个品种间Kimura双参数遗传距离为0.001 81~0.008 48。7个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以用于探讨地方鸡种分类问题。 展开更多
关键词 地方鸡种 多态性 CO I基因 系统进化
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利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性 被引量:7
12
作者 屠云洁 陈宽维 +2 位作者 汤青萍 沈见成 章双杰 《中国家禽》 北大核心 2004年第z1期118-121,共4页
通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了贵州省5个地方鸡品种:竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、乌蒙乌骨鸡的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:在5个品种中,... 通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了贵州省5个地方鸡品种:竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、乌蒙乌骨鸡的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:在5个品种中,杂合度最低的是高脚鸡,为0.501,杂合度最高的是竹乡鸡,为0.673,因此贵州各地方鸡品种的杂合度相差较大,据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:竹乡鸡、黔东南小香鸡和威宁鸡聚为一类,乌蒙乌骨鸡自聚为一类;高脚鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。 展开更多
关键词 微卫星 地方鸡 遗传多样性
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7个地方鸡品种间遗传分化和聚类分析 被引量:6
13
作者 张学余 陈国宏 +2 位作者 韩威 朱云芬 陆进红 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2008年第2期225-229,共5页
利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度(Hs)、总群体杂合度(H t)、遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm),并基于Reynolds遗传距离、Ne i遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种... 利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度(Hs)、总群体杂合度(H t)、遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm),并基于Reynolds遗传距离、Ne i遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种(仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡和萧山鸡)间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星标记的总群体杂合度和亚群体杂合度的平均值分别为0.642和0.551,平均遗传分化系数为0.142;7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为5.832 7;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为0.805 3;基于Reyonalds遗传距离运用NJ聚类法获得的7个鸡种间的聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。 展开更多
关键词 微卫星 地方鸡种 遗传分化 聚类分析
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基于线粒体COⅠ基因的2个新发现鸡种资源DNA编码研究 被引量:7
14
作者 唐修君 高玉时 +2 位作者 屠云洁 陆俊贤 张小燕 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第1期133-136,共4页
以中国2个新发现鸡种资源金湖乌凤鸡、安义瓦灰鸡及地方鸡种狼山鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因序列,揭示2个新发现资源COⅠ基因的遗传多样性及其与地方鸡种的遗... 以中国2个新发现鸡种资源金湖乌凤鸡、安义瓦灰鸡及地方鸡种狼山鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因序列,揭示2个新发现资源COⅠ基因的遗传多样性及其与地方鸡种的遗传关系。结果显示,选择的这段COⅠ基因序列在2个新发现资源和狼山鸡中有10个突变位点,为7个单倍型,其中有3个为特异性突变位点,5个特异性单倍型。金湖乌凤鸡、安义瓦灰鸡和狼山鸡群体内平均核苷酸多样度(Pi)分别为0.068%;0.051%和0.0369%,单倍型多样度(H)分别为0.4167、0.3030和0.9000。狼山鸡的遗传多样性大于2个新发现资源。3个地方鸡群体间的Kimura双参数遗传距离范围为-0.002~0.236;种间遗传距离小于种内遗传距离。结果表明,利用COⅠ这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定具有方便、快捷、经济、准确等优点,是可行和有效的。 展开更多
关键词 地方鸡群体 COⅠ基因 DNA条形码 品种鉴定
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中国地方鸡种遗传多样性和品种贡献率分析 被引量:3
15
作者 李慧芳 朱云芬 +2 位作者 韩威 束婧婷 陈宽维 《家畜生态学报》 2009年第5期10-15,共6页
利用16个微卫星标记,计算10个地方鸡品种群体位点多态信息含量(PIC)、F-统计量、DA遗传距离,用以评价品种遗传多样性。并基于DA遗传距离采用NJ法构建系统进化树,通过分析其对品种间遗传关系的重建,检验DA遗传距离度量方法的可靠性,用以... 利用16个微卫星标记,计算10个地方鸡品种群体位点多态信息含量(PIC)、F-统计量、DA遗传距离,用以评价品种遗传多样性。并基于DA遗传距离采用NJ法构建系统进化树,通过分析其对品种间遗传关系的重建,检验DA遗传距离度量方法的可靠性,用以计算现实多样性和品种贡献率。结果表明:16个微卫星座位均为中度或高度多态位点(PIC>0.25,PIC>0.50),10个地方鸡种群体总近交系数(Fit)为0.147,群体间基因分化系数(Fst)为0.134,群体内近交系数(Fis)为0.015,且3个指标均达到显著水平(P<0.05)。DA遗传距离较为准确地反映了10个地方鸡品种间的系统进化。基于DA遗传距离获得的10个地方鸡品种群体现实多样性为1.7 932,茶花鸡的品种贡献率最大(16.59%),其次为固始鸡(14.01%)、白耳鸡(11.44%)、狼山鸡(11.34%)、北京油鸡(11.30%)、大骨鸡(8.90%)、仙居鸡(7.03%)、藏鸡(6.28%)、鹿苑鸡(5.81%),萧山鸡的品种贡献率(5.00%)最低。研究结果可为更有效地保护我国地方鸡种资源遗传多样性提供理论基础。 展开更多
关键词 地方鸡种 遗传多样性 品种贡献率
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基于线粒体COⅠ基因狼山鸡和鹿苑鸡DNA条形编码分析 被引量:6
16
作者 薛茂云 高玉时 +3 位作者 屠云洁 唐修君 王克华 童海兵 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期26-29,共4页
以狼山鸡和鹿苑鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,探讨COⅠ基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡品种方面的可行性和有效性。结果表明:选择的这段COⅠ基因序列有15个突变位点,共9个单倍... 以狼山鸡和鹿苑鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,探讨COⅠ基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡品种方面的可行性和有效性。结果表明:选择的这段COⅠ基因序列有15个突变位点,共9个单倍型,其中狼山鸡有3个特异单倍型,鹿苑鸡有5个特异单倍型,这为寻找品种鉴定依据奠定了基础;平均单倍型多样度为0.835,平均核苷酸多样度为0.004 19,2个品种间核苷酸分歧度为0.003 89,表明2个地方鸡品种COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 地方鸡品种 鉴定 COⅠ基因 DNA条形码
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13个地方鸡品种6个微卫星座位遗传多样性分析 被引量:6
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作者 赵东伟 李春苗 +5 位作者 黎寿丰 卢建 赵振华 黄华云 王钱保 黄正洋 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS 北大核心 2017年第4期39-45,共7页
选择多态性较好的6个微卫星标记,检测徐海鸡、东乡绿壳鸡、文昌鸡、茶花鸡、寿光鸡、藏鸡、鹿苑鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡、怀乡鸡、边鸡、尤溪麻鸡和固始鸡13个地方鸡品种的遗传多样性。根据检测结果计算各等位基因频率、群体平均杂合... 选择多态性较好的6个微卫星标记,检测徐海鸡、东乡绿壳鸡、文昌鸡、茶花鸡、寿光鸡、藏鸡、鹿苑鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡、怀乡鸡、边鸡、尤溪麻鸡和固始鸡13个地方鸡品种的遗传多样性。根据检测结果计算各等位基因频率、群体平均杂合度(h)、多态信息含量(PIC)、群体间Nei氏标准遗传距离(DS)和遗传距离(DA)。结果表明:6个微卫星位点共有83个等位基因,且多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系分析;13个地方鸡品种杂合度均较高,大小为0.746 4~0.870 0;13个地方鸡品种的DA与DS遗传距离一致,但DA比DS距离大,利用UPGMA法对DA和DS的聚类结果相同,13个地方鸡品种被聚为2类,东乡绿壳鸡、茶花鸡、寿光鸡、怀乡鸡、淮南麻黄鸡、边鸡、文昌鸡、鹿苑鸡、北京油鸡和固始鸡聚为一类,徐海鸡、藏鸡和尤溪麻鸡聚为一类。这与鸡品种的分化与选育历史相一致,UPGMA聚类图能较正确地反映13个地方鸡品种之间的亲缘关系。 展开更多
关键词 地方鸡 微卫星 遗传多样性
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K亚群禽白血病病毒分离株全基因组测序及序列分析 被引量:5
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作者 俞燕 周生 +4 位作者 徐步 邵红霞 钱琨 叶建强 秦爱建 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1091-1098,共8页
K亚群禽白血病病毒(ALV-K)是近年来从地方品种鸡分离鉴定的新亚群ALV。本试验在对江苏某原种鸡场保存的琅琊鸡开展禽白血病净化过程中,分离并鉴定1株ALV-K,命名为JS13LY19。为探明其基因组来源及特征,对JS13LY19分离株前病毒DNA进行了... K亚群禽白血病病毒(ALV-K)是近年来从地方品种鸡分离鉴定的新亚群ALV。本试验在对江苏某原种鸡场保存的琅琊鸡开展禽白血病净化过程中,分离并鉴定1株ALV-K,命名为JS13LY19。为探明其基因组来源及特征,对JS13LY19分离株前病毒DNA进行了分段克隆和测序,获得全长基因组序列,并与各亚群ALV参考株进行比对分析。结果显示,JS13LY19分离株符合复制完整型C型反转录病毒特征,缺乏肿瘤基因。其gp85基因相较于其他亚群ALV,与ALV-K参考株遗传进化关系最为接近,与ALV-K原型株JS11C1一致性最高(99.2%);而gag、pol、gp37、LTR、UTR及JS13LY19与内源性ALV显示出更高的一致性(92.0%~99.4%);其LTR U3区比大部分外源性ALV LTR少了1个CAAT enhancer盒、PRE盒、CArG盒及Y盒。JS13LY19分离株极有可能是JS11C1与内源性ALV重组产生,且具有内源性ALV LTR及U3区转录调控元件的部分缺失,可能使JS13LY19转录能力下降而致病性降低。 展开更多
关键词 K亚群禽白血病病毒 序列分析 LTR 转录调控元件 地方品种鸡
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7个地方鸡种的分子评估 被引量:4
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作者 屠云洁 高玉时 +3 位作者 陈国宏 唐修君 王克华 张学余 《家禽科学》 2008年第9期6-10,共5页
成熟的基因扩增及测序技术,结合比较发达的网络与信息技术,给我们提供了以DNA为基础的系统分类方法。一种新的DNA分类方法——DNA条形编码(DNABar c oding)技术应运而生。本研究以线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,C... 成熟的基因扩增及测序技术,结合比较发达的网络与信息技术,给我们提供了以DNA为基础的系统分类方法。一种新的DNA分类方法——DNA条形编码(DNABar c oding)技术应运而生。本研究以线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因的特定序列作为DNA条形码,对我国7个地方鸡种进行分子评估。研究结果表明:选择的这段COⅠ基因序列有22个突变位点,为13个单倍型,其中11个单倍型为各品种所特有;6个鸡种有其特异位点,这些特异单倍型和特异位点作为DNA条形码可以对其进行分子评估,并可以作为辅助各品种鉴定的依据。7个品种间Kimura双参数遗传距离为0.017~0.389。7个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨地方鸡种分类问题。 展开更多
关键词 地方鸡种 分子评估 细胞色素C氧化酶亚基I
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地方鸡种与隐性白羽鸡遗传变异的AFLP指纹 被引量:2
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作者 高玉时 屠云洁 +3 位作者 钱勇 李慧芳 陈宽维 童海兵 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期274-278,共5页
利用6对AFLP引物组合对我国12个地方鸡种和引进鸡种隐性白羽鸡进行了遗传检测,统计了每个引物组合在各个品种中检测到的多态性条带和特异性条带,计算了13个鸡种的遗传相似系数和遗传距离,并据此构建了UPGMA聚类关系图,分析了所研究鸡种... 利用6对AFLP引物组合对我国12个地方鸡种和引进鸡种隐性白羽鸡进行了遗传检测,统计了每个引物组合在各个品种中检测到的多态性条带和特异性条带,计算了13个鸡种的遗传相似系数和遗传距离,并据此构建了UPGMA聚类关系图,分析了所研究鸡种的遗传关系。结果表明:6对AFLP引物组合在13个鸡种中共检测到290条多态性条带,平均每个引物组合产生48.3条多态性标记,同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带,其中寿光鸡和东乡黑鸡最多,为9条,旧院黑鸡、兴义矮脚鸡和隐性白羽鸡最少,为1条。13个鸡种聚为4类,其中隐性白羽鸡单独聚为一类,鸡种间的遗传相似系数及聚类结果与各个鸡种的地理分布、现实状况相吻合,从而表明AFLP指纹用于我国地方鸡种的遗传多态性分析、品种鉴定及品种间亲缘关系分析是可行的。 展开更多
关键词 地方鸡种 扩增片段长度多态性(AFLP)指纹分析 品种鉴定 亲缘关系
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