基因克隆技术 被引量：14

1

作者 周国岭 杨光圣 傅廷栋 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期584-592,共9页

综述了基因克隆常用技术包括图位克隆法、转座子或T DNA标签法、同源序列法、表达序列标签(EST)法和差异表达基因分离方法的原理、应用。

关键词 基因克隆 图位克隆 转座子标签 T-DNA标签 同源序列 EST 差异表达基因

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水稻BT型不育系与保持系线粒体DNA的酶切电泳带型 被引量：9

2

作者 杨金水 葛扣麟 Virginia Walbot 《上海农业学报》 CSCD 1992年第1期1-8,共8页

采用加长组合琼脂糖凝胶电泳,可以有效地分辨水稻BT型不育系(寒丰A)和保持系(寒丰B)线粒体DNA HindⅢ,BamH Ⅰ和Sal Ⅰ酶切片段的数目和分子量。寒丰不育系和保持系线粒体基因组DNA最小长度约300kb,无显著差异。用9个玉米和水稻线粒体... 采用加长组合琼脂糖凝胶电泳,可以有效地分辨水稻BT型不育系(寒丰A)和保持系(寒丰B)线粒体DNA HindⅢ,BamH Ⅰ和Sal Ⅰ酶切片段的数目和分子量。寒丰不育系和保持系线粒体基因组DNA最小长度约300kb,无显著差异。用9个玉米和水稻线粒体基因探针与酶切条带杂交发现,不育系与保持系线粒体DNA的相同大小酶切片段含有相似的顺序。两种mtDNA均存在rrn18S的重复顺序。不育系与保持系线粒体DNA HindⅢ,BamH Ⅰ和Sal Ⅰ酶切产生的相同片段分别为70％,64％和71％。 展开更多

关键词 水稻 线粒体基因组 酶切图谱

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水稻中大麦Mlo和玉米Hm1抗病基因同源序列的分析和定位 被引量：10

3

作者 刘卫东 王石平 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第10期875-879,共5页

大麦抗病基因Mlo和玉米抗病基因Hm1编码的产物不具有绝大多数植物抗病基因产物所含有的保守结构域。这两个抗病基因的作用机理也不符合基因对基因学说。从水稻中分离克隆了Mlo基因的同源序列OsMlo 1和玉米Hm1基因的同源序列DFR 1。利用... 大麦抗病基因Mlo和玉米抗病基因Hm1编码的产物不具有绝大多数植物抗病基因产物所含有的保守结构域。这两个抗病基因的作用机理也不符合基因对基因学说。从水稻中分离克隆了Mlo基因的同源序列OsMlo 1和玉米Hm1基因的同源序列DFR 1。利用水稻分子标记遗传连锁图 ,将OsMlo 1定位于水稻第六染色体的两个分子标记RZ6 6 7和RG4 2 4之间 ;OsMlo 1距离这两个分子标记分别为 2 0 .6和 6 .0cM(centi Morgan)。将DFR 1定位于水稻第一染色体两个分子标记R2 6 35和RG4 6 2之间 ;DFR 1距离这两个分子标记分别为 11.3和 2 3.9cM。参照已发表的水稻分子标记连锁图 ,发现OsMlo 1和DFR 1的染色体位点分别与两个已报道的水稻抗稻瘟病数量性状位点 (QTL)有较好的对应关系。结果提示 ,水稻中与大麦Mlo和玉米Hm1同源的基因可能也参于抗病反应的调控。 展开更多

关键词 水稻 大麦Mlo 玉米Hm 1 抗病基因 同源序列 定位

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油菜Nsa CMS候选恢复基因的来源及表达 被引量：6

4

作者 张洪 付丽 +5 位作者 李云昌 刘佳 梅德圣 彭鹏飞 陈玉峰 胡琼 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1212-1220,共9页

根据同源序列法克隆的Nsa CMS候选恢复基因PPR618的序列,采用PCR方法在Nsa CMS不育系、恢复系、原始体细胞杂交亲本以及其他甘蓝型油菜品种中共克隆出22个同源序列。序列分析表明,野芥亲本野油18、甘蓝型油菜亲本中双4号各含有2个同源序... 根据同源序列法克隆的Nsa CMS候选恢复基因PPR618的序列,采用PCR方法在Nsa CMS不育系、恢复系、原始体细胞杂交亲本以及其他甘蓝型油菜品种中共克隆出22个同源序列。序列分析表明,野芥亲本野油18、甘蓝型油菜亲本中双4号各含有2个同源序列,而NsaCMS4个恢复系则分别含有3、1、1、1个同源序列。恢复系中候选恢复基因的序列与野芥亲本野油18的同源序列的一致性在93%以上,其中恢1、恢3和恢4中至少有一个同源序列与野油18的第1个同源序列完全相同,恢2中的同源序列与野油18的第2个同源序列完全相同;但与甘蓝型油菜的同源序列一致性均低于80%,说明候选恢复基因来源于新疆野芥,而不是甘蓝型油菜。除了原来的PPR618外,获得了3个来源于恢复系的新候选恢复基因。候选恢复基因在序列上与萝卜和矮牵牛的恢复基因一致性较高。半定量RT-PCR分析表明,候选恢复基因在恢复系多个组织中都有表达,但在根、茎中表达量特别少。其表达量随着营养器官到生殖器官的发育逐渐升高,最高的是在1.5～2.5mm的花蕾中,即雄性败育关键时期。但不育系中的同源基因在茎中的表达量则相对高于其他组织。 展开更多

关键词 NSA CMS 恢复基因 同源序列 表达

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同源区段长度对In-Fusion技术连接效率的影响 被引量：5

5

作者 李慧仙 朱平 《中国医药生物技术》 2013年第4期241-246,共6页

目的在目的基因原载体（DNA 模板）与克隆载体相同的条件下，探讨了 PCR 扩增片段（含目的基因）的末端与载体间同源区段长度对 In-Fusion 连接效率的影响，并建立以In-Fusion 技术为基础的高通量克隆方法。方法以糖基水解酶 Lxyl-p1-2... 目的在目的基因原载体（DNA 模板）与克隆载体相同的条件下，探讨了 PCR 扩增片段（含目的基因）的末端与载体间同源区段长度对 In-Fusion 连接效率的影响，并建立以In-Fusion 技术为基础的高通量克隆方法。方法以糖基水解酶 Lxyl-p1-2（2.4 kb）基因突变库的构建为例，设计引物使目的基因的两端分别与线性化载体末端含有15~200 bp 重叠序列，并通过易错 PCR 方法获得含目的基因的 PCR 扩增片段，运用 In-Fusion 技术将 PCR 扩增片段定向克隆至表达载体 pPIC3.5K 中。结果对于长度大约为2.4 kb 的较大片段 DNA 的克隆， PCR 扩增片段的末端与载体间最适同源区段长度约为100 bp，此时连接效率最高，其阳性重组率高达90%左右，是常规酶切连接法的3倍。与后者相比，该技术将克隆周期由3~4 d 缩短为1~2 d。结论优化的同源区段长度可以显著提高 In-Fusion 技术对于2.4 kb 目的基因与载体的连接效率，该方法尤其适用于定向进化过程中基因突变库的构建。 展开更多

关键词 定向分子进化 In-Fusion技术 同源区段 高通量克隆

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芸薹属作物花粉发育相关基因MS1的生物信息学分析 被引量：3

6

作者 唐文武 吴秀兰 李桂花 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期2122-2128,共7页

【目的】利用生物信息学分析芸薹属作物MS1基因的结构功能,为作物杂种优势利用提供理论参考。【方法】以拟南芥花粉发育关键基因AtMS1为参考序列,通过BLAST比对获得同源基因序列,运用生物信息学方法对其编码氨基酸序列进行预测分析。【... 【目的】利用生物信息学分析芸薹属作物MS1基因的结构功能,为作物杂种优势利用提供理论参考。【方法】以拟南芥花粉发育关键基因AtMS1为参考序列,通过BLAST比对获得同源基因序列,运用生物信息学方法对其编码氨基酸序列进行预测分析。【结果】从甘蓝型油菜、白菜、甘蓝等芸薹属作物基因组中获得4条同源序列,与AtMS1基因的相似性在88.0%以上,均含有3个外显子,其CDS序列长度均为2004 bp,编码667个氨基酸。4个芸薹属作物MS1蛋白均含有1个植物同源结构域(Plant homeodomain,PHD),属于亲水性不稳定蛋白,定位于细胞核,磷酸化以丝氨酸(Ser)为主,以苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)为辅;二级结构均由α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲组成,其中α-螺旋所占比例最高,在40.00%以上,β-转角所占比例最低,仅为10.00%左右;其三级结构大致相同,均为球状的功能结构域。4个芸薹属作物MS1蛋白和AtMS1蛋白序列的相似性为95.69%。4个芸薹属作物MS1蛋白的PHD结构域序列高度保守,仅有3个位点氨基酸残基存在差异。19个不同植物的MS1同源蛋白聚为两大类,其中琴叶拟南芥、亚麻荠、萝卜的MS1蛋白与4个芸薹属作物MS1蛋白及拟南芥AtMS1蛋白聚为一类,均属于十字花科植物,即MS1蛋白的聚类结果与植物系统分类结果相吻合。【结论】芸薹属作物MS1基因属于PHD-finger基因家族,其序列高度保守,参与调控花粉发育成熟过程。 展开更多

关键词 芸薹属 MS1基因 生物信息学 花粉发育 同源序列

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烟草(云烟87)NBS-LRR类同源抗病基因克隆及分析 被引量：1

7

作者 童文杰 蔺忠龙 +3 位作者 郑元仙 何元胜 蔡永占 邓小鹏 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期2138-2144,共7页

【目的】克隆并分析烟草NBS-LRR类抗病基因的同源序列(RGAs),为采用同源克隆技术挖掘烟草抗病基因提供理论参考。【方法】从基于NBS-LRR类抗病基因保守序列设计的简并引物中筛选扩增效果较好的引物用于扩增烟草RGAs,采用DNAMAN 6.0翻译... 【目的】克隆并分析烟草NBS-LRR类抗病基因的同源序列(RGAs),为采用同源克隆技术挖掘烟草抗病基因提供理论参考。【方法】从基于NBS-LRR类抗病基因保守序列设计的简并引物中筛选扩增效果较好的引物用于扩增烟草RGAs,采用DNAMAN 6.0翻译成氨基酸序列,并与已知的其他植物抗病基因进行聚类分析。【结果】克隆获得6条与参比抗病基因具有高度同源性的烟草RGAs,大小在500 bp左右,但仅有4条RGAs具有连续的开放阅读框(ORF)及编码NBS功能结构域的核苷酸序列,命名为TRGA-87-1~TRGA-87-4。这4个烟草RGAs编码的氨基酸序列均含有NBS类抗病蛋白的多个典型保守基序,与已知的多种植物抗病基因编码的氨基酸序列均具有较高的相似性,其中,与烟草相关抗病基因编码的氨基酸序列相似性最高,为97.00%~100.00%,与其他植物的抗病基因编码氨基酸序列相似性为29.00%~53.00%,这些序列可分为3个亚类,其中TRGA-87-2与烟草N和亚麻L6聚为一类(TRGAⅠ),属于TIR-NBS-LRR类;TRGA-87-3和TRGA-87-4与水稻Xa-1和番茄Mi聚为一类(TRGAⅡ),属于non-TIR-NBS-LRR类,TRGA-87-1与拟南芥RPM1聚成一类(TRGAⅢ),属于non-TIR-NBS-LRR类。【结论】同源扩增技术可用于烟草中抗病基因的克隆、功能分析及定位等研究。 展开更多

关键词 烟草 NBS-LRR 抗病基因 同源序列 克隆

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NDM-1型金属β-内酰胺酶的生物信息学分析 被引量：1

8

作者 叶皓 周永君 +1 位作者 黄国娇 殷建华 《西南国防医药》 CAS 2012年第11期1161-1163,共3页

目的了解新德里金属β-内酰胺酶1(NDM-1)的氨基酸组成、理化性质、二三级结构和系统进化等,为进一步研究其作用机制和生物学功能奠定基础。方法利用Compute pI/MW、ProtParam、SOPMA等生物信息学方法,对NDM-1进行分析。结果 NDM-1的等... 目的了解新德里金属β-内酰胺酶1(NDM-1)的氨基酸组成、理化性质、二三级结构和系统进化等,为进一步研究其作用机制和生物学功能奠定基础。方法利用Compute pI/MW、ProtParam、SOPMA等生物信息学方法,对NDM-1进行分析。结果 NDM-1的等电点为5.07,疏水性GRAVY值为0.107;二级结构存在螺旋、折叠和转角等,没有信号肽和跨膜区域;三级结构由3个α-螺旋和4个β-折叠片组成;属于Family Lactamase_B(PF00753)蛋白质家族;其基因序列与海洋细菌(Erythrobacter litoralis)HTCC2594的β-内酰胺酶Ⅱ基因同源性最近。结论 NDM-1可能起源于环境,通过基因水平转移被传递给临床致病菌,并在抗生素的选择压力下,成为威胁人类健康的全球性问题。 展开更多

关键词 新德里金属β-内酰胺酶1 生物信息学 同源序列 结构预测

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黑龙江省水稻品种抗病基因同源序列多态性分析 被引量：1

9

作者 邹德堂 任月坤 +1 位作者 王敬国 刘化龙 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期1-7,共7页

根据60份水稻品种对45株稻瘟病菌株的抗性表现，结合RGA-PCR法对黑龙江省60份水稻种质资源进行抗病性分析。结果表明，不同品种间抗病频率变化较大，变幅为0~93.3%。以抗病基因同源序列多态性聚类，取遗传相似系数0.680时，可将供试品... 根据60份水稻品种对45株稻瘟病菌株的抗性表现，结合RGA-PCR法对黑龙江省60份水稻种质资源进行抗病性分析。结果表明，不同品种间抗病频率变化较大，变幅为0~93.3%。以抗病基因同源序列多态性聚类，取遗传相似系数0.680时，可将供试品种划分为三个类群。取遗传相似系数0.820时。类群Ⅰ可划分3个亚类，类群Ⅱ可划分为7个亚类，类群Ⅲ可划分为2个亚类。以单孢菌株接种的抗性表型聚类，取相似系数0.440时，可将60个品种划分为两个类群。综合利用抗病表型结合RGA分析可以更加全面地反映品种间的抗性遗传背景，为抗病亲本选育和水稻混合间栽控制稻瘟病研究提供理论依据。 展开更多

关键词 稻瘟病 抗病基因 同源序列

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非结核分枝杆菌MmpL家族同源性分析及拓扑结构预测 被引量：1

10

作者 孙妍 陈高瞻 +3 位作者 占卫红 雷航 王心倩 余晓丽 《武汉轻工大学学报》 2015年第4期16-20,共5页

以非结核分枝杆菌中的胞分枝杆菌、鸟分枝杆菌和耻垢分枝杆菌三个标准株为研究对象,对其Mmp L家族蛋白的同源序列进行相似性分析和功能预测。根据NCBI数据库中分枝杆菌Mmp L蛋白序列进行多重序列比对;用TMHMM Server 2.0在线软件对Mmp ... 以非结核分枝杆菌中的胞分枝杆菌、鸟分枝杆菌和耻垢分枝杆菌三个标准株为研究对象,对其Mmp L家族蛋白的同源序列进行相似性分析和功能预测。根据NCBI数据库中分枝杆菌Mmp L蛋白序列进行多重序列比对;用TMHMM Server 2.0在线软件对Mmp L同源序列进行拓扑结构预测;用Interproscan对Mmp L3同源序列进行保守序列和结构域分析。同源分析结果显示:与H37Rv Mmp L家族比较,胞分枝杆菌中没有发现Mmp L2、Mmp L6、Mmp L7、Mmp L8、Mmp L9、Mmp L12和Mmp L13的同源序列;鸟分枝杆菌没有发现Mmp L6、Mmp L7、Mmp L8、Mmp L9、Mmp L12和Mmp L13的同源序列;耻垢分枝杆菌没有发现Mmp L2、Mmp L7、Mmp L9、Mmp L10、Mmp L12和Mmp L13的同源序列,推测可能与菌种差异性有关;拓扑结构预测发现大部分同源序列跨膜次数与H37Rv的对应Mmp L蛋白保持一致,少数序列与H37Rv的对应Mmp L蛋白有较小偏差;保守序列分析发现:与H37Rv比较三个标准株的Mmp L3同源序列有两个膜转运蛋白结构域(MMPL domain),没有固醇敏感多肽区(SSD domain)说明该同源序列有膜转运功能,无SSD介导的胆固醇自我平衡调节、物质运输以及细胞信号转导等功能。研究结果为进一步阐明非结核分枝杆菌的毒力、致病机制和疾病趋势提供基础资料。 展开更多

关键词 非结核分枝杆菌 MMP L家族蛋白 同源序列 拓扑结构

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微阵列芯片法和多同源基因序列测序在非结核分枝杆菌菌种鉴定中的差异

11

作者 郭明日 李玉明 +1 位作者 李妍 孙海柏 《检验医学》 CAS 2023年第10期909-914,共6页

目的比较微阵列芯片法和多同源基因序列测序在非结核分枝杆菌(NTM)菌种鉴定中的差异,为NTM感染提供精准诊断依据。方法采用罗氏固体培养法复苏天津市海河医院2016—2019年保存的170株NTM菌株,分别采用微阵列芯片法和同源基因序列[16S r... 目的比较微阵列芯片法和多同源基因序列测序在非结核分枝杆菌(NTM)菌种鉴定中的差异,为NTM感染提供精准诊断依据。方法采用罗氏固体培养法复苏天津市海河医院2016—2019年保存的170株NTM菌株,分别采用微阵列芯片法和同源基因序列[16S rRNA、RNA聚合酶亚基B(rpoB)、热休克蛋白65(hsp65)]测序进行鉴定。以多同源序列测序分析结果为参考,分析微阵列芯片法菌种鉴定的准确性。比较2种方法样本周转时间(TAT)的差异。结果微阵列芯片法鉴定出8个NTM菌种,同源序列测序鉴定出14个。微阵列芯片法无法鉴定出缓慢生长群的猿分枝杆菌、慢生黄分枝杆菌、副瘰疬分枝杆菌和快速生长群的龟分枝杆菌、马德里分枝杆菌、母牛分枝杆菌等10个菌种,多同源序列测序可鉴定出全部的菌种。以多同源序列测序分析结果为参考,微阵列芯片法鉴定错误7株,鉴定到复合群的正确率为90.0%(153/170);16S rRNA、rpoB、hsp65单独和3个同源序列联合分析鉴定到复合群的正确率分别为93.5%、98.8%、99.4%和100.0%。对于微阵列芯片法无法区分的53株龟/脓肿分枝杆菌复合群(MABC),3个同源序列联合测序鉴定出6株龟分枝杆菌、25株MABC脓肿亚种、20株MABC马赛亚种和2株MABC bolletii亚种。微阵列芯片法单个样本鉴定TAT为8 h,170株NTM菌株全部鉴定需要2 d;多同源序列测序单个样本鉴定TAT为3 d,170株NTM菌株全部鉴定约需要5 d。结论微阵列芯片技术可快速鉴定临床常见分枝杆菌。多同源基因序列测序不仅可鉴定临床常见分枝杆菌,还可鉴定微阵列芯片法无法鉴定出的菌种和可能鉴定错误的菌种及其亚种,但所需时间较微阵列芯片法长。 展开更多

关键词 微阵列芯片法 同源基因序列 非结核分枝杆菌 脓肿分枝杆菌复合群 样本周转时间

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花生ASR基因的扩增和生物信息学分析 被引量：1

12

作者 刘强 李瑞 +3 位作者 王晶珊 乔利仙 赵春梅 隋炯明 《花生学报》 2011年第1期18-22,共5页

ASR基因（脱落酸、胁迫、成熟诱导基因）是近年来从植物中发现的一类基因,该基因参与植物对低温、干旱、渗透压、脱落酸的胁迫应答。目前在多个植物中克隆了ASR基因,研究以番茄ASR1基因的序列为探针,从花生EST数据库中筛选同源序列并进... ASR基因（脱落酸、胁迫、成熟诱导基因）是近年来从植物中发现的一类基因,该基因参与植物对低温、干旱、渗透压、脱落酸的胁迫应答。目前在多个植物中克隆了ASR基因,研究以番茄ASR1基因的序列为探针,从花生EST数据库中筛选同源序列并进行拼接。根据花生的EST拼接序列设计引物进行RT-PCR扩增,获得一条大小为641bp的条带。与其它物种的氨基酸序列进行比对,同源性为46.41%~69.38%。 展开更多

关键词 花生 ASR基因 逆境胁迫 同源序列

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感细菌性斑点病的番茄品种存在LescPtoF基因的同源序列

13

作者 赵廷昌 时涛 +1 位作者 李国庆 孙福在 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期77-79,共3页

根据已报道的番茄Pto基因家族成员之一LescPtoF基因的序列特征设计引物,通过PCR扩增从3个感病番茄品种中获得3个同源序列。Blast结果表明其中两个序列和报道基因完全一致,另外一个和报道基因的序列相似性为99%,表明感病番茄品种中也存有... 根据已报道的番茄Pto基因家族成员之一LescPtoF基因的序列特征设计引物,通过PCR扩增从3个感病番茄品种中获得3个同源序列。Blast结果表明其中两个序列和报道基因完全一致,另外一个和报道基因的序列相似性为99%,表明感病番茄品种中也存有LescPtoF基因的同源序列。 展开更多

关键词 番茄细菌性斑点病 LescPtoF基因 同源序列

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同源比较法克隆单抗CAb-1重链可变区基因

14

作者 杨向民 姚西英 +3 位作者 邢金良 张思河 冯媛 陈志南 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2005年第5期382-385,共4页

目的获得抗人大肠癌单抗CAb-1重链可变区VH的准确基因。方法结合生物信息学同源比较分析,利用高兼并的FR15′端处引物扩增的单抗CAb-1的VH基因,并与数据库中序列比对,在同源性最高的抗体序列的信号肽处二次设计引物,用RT-PCR法获得抗体... 目的获得抗人大肠癌单抗CAb-1重链可变区VH的准确基因。方法结合生物信息学同源比较分析,利用高兼并的FR15′端处引物扩增的单抗CAb-1的VH基因,并与数据库中序列比对,在同源性最高的抗体序列的信号肽处二次设计引物,用RT-PCR法获得抗体基因VH的准确序列。结果选定了与已知抗体VH高度同源的序列进行引物设计。凝胶电泳可见预期大小DNA条带。经测序表明,配对于信号肽处的扩增产物不仅与配对于抗体可变区FR1的结果一致,而且也纠正了配对于CAb-1的VH的FR1的兼并引物所引入的氨基酸突变。结论所优化设计的引物能够扩增完整的抗人大肠癌单抗CAb-1重链可变区基因,为小分子工程抗体改造奠定了基础。 展开更多

关键词 重链可变区 兼并引物 FR1区 同源序列 可变区基因 同源比较 单抗 比较法 RT-PCR法 抗体基因

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利用同源序列确定人GIPC2核心启动子和寻找可能的顺式作用元件

15

作者 程志凯 郑直 《基础医学与临床》 CSCD 2016年第5期688-693,共6页

目的利用同源序列确定人GIPC2核心启动子区和寻找可能存在的基因调控区域。方法 1)利用Vista比对不同物种GIPC2基因编码区和非编码区序列,得到GIPC2同源序列;2)分别构建插入人和大鼠GIPC2翻译起始位点ATG上游不同长度截短片段的重组质粒... 目的利用同源序列确定人GIPC2核心启动子区和寻找可能存在的基因调控区域。方法 1)利用Vista比对不同物种GIPC2基因编码区和非编码区序列,得到GIPC2同源序列;2)分别构建插入人和大鼠GIPC2翻译起始位点ATG上游不同长度截短片段的重组质粒,转染人HEK293T细胞和大鼠PC12细胞;3)根据报告基因荧光强度推断人和大鼠GIPC2的核心启动子区;4)将人GIPC2内含子区同源序列置于核心启动子前面,构建重组质粒,转染HEK293T,HT-29和PC12细胞,检测启动子活性。结果人GIPC2核心启动子区确定为+32至+190序列区域;人和大鼠GIPC2 ATG上游一段同源序列有抑制GIPC2启动子活性的功能;人和大鼠GIPC2第一个内含子内的同源序列有促进启动子活性的功能。结论利用同源序列方法确定了人GIPC2基因的核心启动子区,并且找到能抑制和促进GIPC2启动子活性的可能的顺式作用元件。 展开更多

关键词 GIPC2 核心启动子区 同源序列 基因表达调控

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野生大豆CDPK基因保守区的克隆及序列分析 被引量：6

16

作者 才华 朱延明 +2 位作者 李杰 柏锡 李勇 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第2期159-164,共6页

CDPK(Ca2+-dependent,calmodulinindependentproteinkinase)是植物钙信号传导过程中关键的蛋白激酶,在逆境胁迫信号传导过程中起到重要作用。研究基于同源序列候选基因的策略,根据已经公布的多个CDPK序列的比对结果,在保守性较高的区域... CDPK(Ca2+-dependent,calmodulinindependentproteinkinase)是植物钙信号传导过程中关键的蛋白激酶,在逆境胁迫信号传导过程中起到重要作用。研究基于同源序列候选基因的策略,根据已经公布的多个CDPK序列的比对结果,在保守性较高的区域,设计两对巢式简并引物,结合降落PCR和巢式PCR在野生大豆中克隆。对获得的序列片段进行序列分析,发现该序列具有激酶活性的功能区域和CDPK特有的EF手性结构区,并且与VrCDPK(U08140)序列达到94%的相似性,可以确定该片段是CDPK基因的保守序列。结果证明,野生大豆中也存在CDPK基因,并为通过RACE等方法获得野生大豆全长CDPK基因奠定了基础。 展开更多

关键词 野生大豆 渗透胁迫 CDPK保守区 基因克隆

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人乳头瘤病毒58型L1蛋白B细胞表位预测和分析 被引量：7

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作者 宋易玲 叶晓鲜 +4 位作者 毛珊珊 岑丹维 张婵琼 蒋朋飞 张丽芳 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第5期407-411,415,共6页

目的对人乳头瘤病毒58型(HPV58)主要结构蛋白(L1)的B细胞表位进行预测和分析。方法利用生物信息学软件EXPASY在线分析HPV58型L1蛋白的二级结构及生物学特性,包括跨膜趋势、表面可及性、抗原性、亲水性,溶性等,从而对其B细胞表位进行综... 目的对人乳头瘤病毒58型(HPV58)主要结构蛋白(L1)的B细胞表位进行预测和分析。方法利用生物信息学软件EXPASY在线分析HPV58型L1蛋白的二级结构及生物学特性,包括跨膜趋势、表面可及性、抗原性、亲水性,溶性等,从而对其B细胞表位进行综合分析和预测。结果通过亲水性参数,Zimmcrman极性,柔韧性参数,表面可及性及抗原性进行综合分析,预测人乳头瘤病毒58型L1蛋白的B细胞表位可能位于其N端的29-37,43,46-58,64-67,74,79-88,93,100-101,103-125,133-139,149,151-180,187-213,220-213,235,238-247,252-271,277-282,286-309,320-323,327-338,341-348,351,353-368,373-396,408,427,419-425,433-444,453-468,470,475-486,488-490,493-494,497-524肽段区域;进一步用Protien Plast在线同源匹配分析,79-88、190-216、373-396、453-468、497-524肽段区段为可能的B细胞表位。结论用多参数预测分析HPV58型L1蛋白可能的B细胞表位,为进一步研究高危型58型L1蛋白的生物学特性提供了理论基础。 展开更多

关键词 人乳头瘤病毒58型(HPV58) B细胞表位 L1蛋白 同源性匹配分析

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稻瘟病抗性基因在主要育种亲本中的分布研究 被引量：6

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作者 邢鹏 张幸 +5 位作者 李冬梅 钟光荣 李进 胡江博 卢代华 马炳田 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期505-512,共8页

稻瘟病是由稻瘟病菌引起的具有广泛性和毁灭性的水稻病害。目前通过抗病亲本杂交聚合培育持久广谱的稻瘟病抗性品种是水稻稻瘟病防治最经济环保的途径,而利用分子标记辅助选择技术对水稻育种亲本抗性基因分布的研究是分子辅助聚合育种... 稻瘟病是由稻瘟病菌引起的具有广泛性和毁灭性的水稻病害。目前通过抗病亲本杂交聚合培育持久广谱的稻瘟病抗性品种是水稻稻瘟病防治最经济环保的途径,而利用分子标记辅助选择技术对水稻育种亲本抗性基因分布的研究是分子辅助聚合育种的基础。本研究以36个育种亲本为实验材料,进行苗瘟和穗颈瘟鉴定,结合特异性分子标记Pid3、Pita、Pikm、Pib、Piz,研究这些育种亲本的稻瘟病抗性基因的分布情况。同时,对恢复系材料蜀恢498的抗稻瘟病基因Pita和Pikm扩增测序并进行同源序列比对分析,初步在分子水平分析抗病基因与抗病表型的关系。 展开更多

关键词 稻瘟病 抗稻瘟病基因 特异分子标记 同源序列分析

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辣椒LRR类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：4

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作者 马维 巩振辉 +1 位作者 李大伟 贾庆利 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2008年第1期143-148,共6页

【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列，为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9C端的LRR类保守结构域设计简并引物，对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因... 【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列，为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9C端的LRR类保守结构域设计简并引物，对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因同源序列的PCR扩增。【结果】得到27个抗病基因同源序列（RGAs），其在GenBank中的登录号为EF064260～EF064286。其中，21个RGAs与番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9有较高的相似性。感病材料的辣椒基因组中也存在抗疫病相关RGAs。【结论】上述21个RGAs可能与辣椒抗疫病作用有关，可为辣椒抗疫病相关基因的克隆提供依据。 展开更多

关键词 辣椒 LRR 抗病基因克隆 同源序列分析

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紫苏迷迭香酸合成酶基因片段克隆及表达 被引量：4

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作者 邬树伟 吕晓玲 +2 位作者 郝磊 魏曼 赵京 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第20期134-138,共5页

迷迭香酸合成酶(Rosmarinic acid synthase,RAS)是迷迭香酸生物合成途径中催化合成迷迭香酸重要前体物质2-氧-(4-香豆酰)-3-(4-羟基苯)乳酸的关键酶。利用同源序列扩增方法成功获得了紫苏RAS基因cDNA片段,命名为PerRAS-1,该片段长353 bp... 迷迭香酸合成酶(Rosmarinic acid synthase,RAS)是迷迭香酸生物合成途径中催化合成迷迭香酸重要前体物质2-氧-(4-香豆酰)-3-(4-羟基苯)乳酸的关键酶。利用同源序列扩增方法成功获得了紫苏RAS基因cDNA片段,命名为PerRAS-1,该片段长353 bp,编码117个氨基酸(GenBank登录号:JQ824060.1)。通过氨基酸序列比对分析,发现其氨基酸序列与香蜂草、彩叶草和丹参RAS基因片段的相似度分别高达86.44%,83.05%和83.05%。RAS系统进化树分析表明PerRAS-1与唇形科植物的RAS亲缘关系较近。荧光实时定量PCR对目的基因的表达谱分析表明,PerRAS-1基因在紫苏根、茎和叶中均有表达,且在根中表达量最高。紫外线(UV-B)照射和过氧化氢(H2O2)处理紫苏叶片在一定程度上下调PerRAS-1基因在叶中的转录水平;茉莉酸甲酯(MeJA)在一定程度上上调PerRAS-1基因在叶中的转录水平。 展开更多

关键词 紫苏 迷迭香酸合成酶 同源扩增 表达分析

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