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题名老鹰茶主要基源植物的基因组大小及特征分析
被引量：1
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作者
哈登龙
石冠红
刘争
熊彪
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机构
河南鸡公山国家自然保护区管理局
贵州大学茶学院
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出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期1166-1174,共9页
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基金
国家自然科学基金(31900272)。
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文摘
老鹰茶是一种重要的民族特色类茶饮品和保健茶,在我国民间有着较长的饮用历史。用于制作老鹰茶的基源植物主要为5种樟科植物(毛豹皮樟、狭叶润楠、川黔润楠、红果黄肉楠和香叶子),其遗传学与分子生物学等方面的基础研究十分缺乏,导致老鹰茶树种质资源发掘与利用等工作支撑理论薄弱,制约了产业发展。本研究首次利用流式细胞术和K-mer频数分析2种方法对5种老鹰茶树的基因组大小及基本特征进行了分析。流式细胞术以番茄(929 Mb)和水稻(430 Mb)为对照标品;K-mer频数分析基于5个物种基因组DNA的Illumina测序数据(深度50×以上)进行。主要研究结果如下:(1)通过流式细胞术测定的毛豹皮樟基因组大小约为1150.56 Mb,狭叶润楠约为999.83 Mb,川黔润楠约为1471.99 Mb,红果黄肉楠约为1123.42 Mb,香叶子约为1350.06 Mb;(2)K-mer频数分析估测毛豹皮樟基因组大小为1025.91 Mb,杂合率为1.29%,重复率为49.98%;狭叶润楠基因组大小为1024.79 Mb,杂合率为1.41%,重复率为42.51%;川黔润楠基因组大小为1234.90 Mb,杂合率为1.23%,重复率为50.86%;红果黄肉楠基因组大小为1014.27 Mb,杂合率为1.32%,重复率为41.82%;香叶子基因组大小为1258.00 Mb,杂合率为0.74%,重复率为54.89%;(3)毛豹皮樟、狭叶润楠、川黔润楠和红果黄肉楠4种老鹰茶树属于高杂合基因组,香叶子属于微杂合基因组,而这5个物种的基因组重复度都属于中等。本研究的结果为后续的老鹰茶树单个物种基因组测序策略或泛基因组研究计划等工作提供了可参考的基础数据。
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关键词
老鹰茶树
基因组调查
流式细胞术
K-mer分析
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Keywords
hawk-tea trees
genome survey
flow cytometry
K-mer analysis
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分类号
S571.1
[农业科学—茶叶生产加工]
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