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蓖麻GATA基因家族的鉴定和特征分析 被引量：13
1
作者 敖涛 廖晓佳 +1 位作者 徐伟 刘爱忠 《植物分类与资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期453-462,共10页
GATA因子在植物中广泛参与了光响应调控、叶绿素合成以及碳、氮代谢等与作物产量息息相关的生物学过程。本研究基于蓖麻基因组信息,鉴定了19个蓖麻GATA家族成员,根据基因结构、蛋白结构和系统进化分析将其分为4个亚家族。理化性质分析发... GATA因子在植物中广泛参与了光响应调控、叶绿素合成以及碳、氮代谢等与作物产量息息相关的生物学过程。本研究基于蓖麻基因组信息,鉴定了19个蓖麻GATA家族成员,根据基因结构、蛋白结构和系统进化分析将其分为4个亚家族。理化性质分析发现GATA蛋白具有亲水性。基因和蛋白结构分析发现,蓖麻与拟南芥的GATA成员在结构上非常保守。利用高通量RNA-seq测序数据分析蓖麻GATA基因在各个组织中的表达情况,发现GATA基因主要在根和叶中表达,在种子中表达较低。进一步通过半定量RT-PCR技术检测GATA基因在黑暗下的表达情况,结果显示有三个GATA基因在黑暗处理后表达下调,预示着蓖麻GATA基因参与了光响应调控过程。这些信息为蓖麻GATA基因家族的功能分析和提高蓖麻产量提供了理论基础。 展开更多
关键词 蓖麻 gata基因家族 基因表达 黑暗处理
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玉米GATA基因家族的全基因组鉴定及热胁迫下的表达分析 被引量：8
2
作者 王延召 周波 +5 位作者 韩小花 黄保 鲁晓民 程军玲 王淑凤 聂利红 《河南农业科学》 北大核心 2020年第11期19-25,共7页
利用生物信息学方法对玉米基因组中的GATA基因家族成员进行鉴定,并对其理化性质、染色体分布、系统进化、基因结构、保守基序进行分析,并分析其在热胁迫前后的表达水平变化,以期为玉米GATA基因功能研究奠定基础。结果表明,在玉米基因组... 利用生物信息学方法对玉米基因组中的GATA基因家族成员进行鉴定,并对其理化性质、染色体分布、系统进化、基因结构、保守基序进行分析,并分析其在热胁迫前后的表达水平变化,以期为玉米GATA基因功能研究奠定基础。结果表明,在玉米基因组中共鉴定到37个GATA基因,它们不均匀地分布在10条染色体上,均含有CX2CX18CX2C保守基序;进化树分析表明,玉米GATA基因家族可分为A、B、C、D 4组,分别包含21、10、4、2个基因,同一组内的基因具有相似的基因结构。热胁迫处理后,玉米GATA家族成员中表达上调的基因有9个,包含A组5个(Zm00001d010785、Zm00001d023539、Zm00001d041883、Zm00001d025953、Zm00001d031135),B组2个(Zm00001d011771、Zm00001d034751),C组2个(Zm00001d036494、Zm00001d014656);下调的基因有2个,均属于B组(Zm00001d016361和Zm00001d009193)。说明上调表达的这9个GATA基因在应答热胁迫过程中可能发挥重要作用。 展开更多
关键词 玉米 gata基因家族 全基因组鉴定 热胁迫 基因表达
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普通烟草GATA转录因子家族鉴定及基因表达分析 被引量：4
3
作者 杨玄松 谢雯榕 +5 位作者 顾钢 宋江雨 赵云飞 林晓路 谢小芳 张炳辉 《烟草科技》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期11-23,共13页
GATA转录因子在调控植物的生长发育和逆境胁迫应答等过程中具有重要作用。为了明确烟草中GATA基因的结构与功能,基于同源搜索和结构域鉴定的方法从普通烟草基因组中鉴定出57个GATA基因家族成员,分别命名为NtGATA1~NtGATA57。基因结构、... GATA转录因子在调控植物的生长发育和逆境胁迫应答等过程中具有重要作用。为了明确烟草中GATA基因的结构与功能,基于同源搜索和结构域鉴定的方法从普通烟草基因组中鉴定出57个GATA基因家族成员,分别命名为NtGATA1~NtGATA57。基因结构、保守结构域和系统进化的生物信息学分析表明:烟草GATA基因家族成员可分为4个亚族,且同一亚族成员核心结构域氨基酸序列组成非常保守,各基因成员的外显子数目在1~17之间。转录组数据分析表明:大多数NtGATA基因在烟叶衰老的不同时期均有表达,而且不同家族成员的表达模式存在差异;实时荧光定量PCR分析发现:10个NtGATA基因对冷、盐和干旱等非生物胁迫存在不同程度的响应。说明烟草GATA基因家族成员在烟叶成熟衰老及逆境响应过程中可能发挥了重要作用。 展开更多
关键词 烟草 gata基因家族 生物信息学 基因表达 逆境胁迫
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高粱GATA基因家族的全基因组鉴定及表达分析 被引量：6
4
作者 宋迎辉 朱灿灿 +5 位作者 代书桃 秦娜 王春义 张真 李君霞 平西栓 《山东农业科学》 北大核心 2022年第8期14-23,共10页
本研究利用生物信息学方法对高粱GATA基因家族成员进行全基因组鉴定和分析,以期为其基因功能研究奠定基础。结果表明,在高粱基因组中共鉴定到30个GATA基因,不均匀地分布在8条染色体上,2号和7号染色体无分布;26个基因含有CX_(2)CX_(18)CX... 本研究利用生物信息学方法对高粱GATA基因家族成员进行全基因组鉴定和分析,以期为其基因功能研究奠定基础。结果表明,在高粱基因组中共鉴定到30个GATA基因,不均匀地分布在8条染色体上,2号和7号染色体无分布;26个基因含有CX_(2)CX_(18)CX_(2)C保守基序,SbGATA3、SbGATA4、SbGATA18和SbGATA30含有CX_(2)CX_(20)CX_(2)C保守基序;进化树分析表明,高粱GATA基因家族可分为4组,分别包含15、9、4、2个基因,同一组内的成员保守锌指结构域蛋白序列一致性更高,基因结构和保守基序高度相似;高粱GATA蛋白与单子叶植物玉米和谷子的同源性大于双子叶植物拟南芥;顺式调控元件分析发现,SbGATA启动子序列中存在调控生长发育、激素信号传导和逆境胁迫响应元件,检测到光响应元件G-box、脱落酸响应元件ABRE、茉莉酸甲酯响应元件CGTCA-motif和厌氧诱导响应元件ARE数量最多,另外检测到低温响应元件LTR和干旱诱导性元件MBS。表达分析表明,SbGATA16、SbGATA9、SbGATA25和SbGATA20在多数组织中表达量均较高。模拟干旱处理高粱GATA基因转录组数据分析发现,SbGATA11和SbGATA26上调表达,说明这两个基因可能在干旱胁迫响应中发挥重要作用。 展开更多
关键词 高粱 gata基因家族 全基因组鉴定 系统发育 表达分析
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茶树GATA基因家族的全基因组鉴定及表达分析
5
作者 青亚林 侯炳豪 +3 位作者 张宇航 曾珊珊 高婷 叶乃兴 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第9期42-50,共9页
植物转录因子GATA与靶基因启动子上的WGATAR序列结合,改变下游靶基因的转录,从而调控植物的生长发育。对茶树GATA转录因子的生物学信息特征进行鉴定与分析,为后续茶树栽培育种等相关研究提供理论依据。利用生物信息学方法及实时荧光定量... 植物转录因子GATA与靶基因启动子上的WGATAR序列结合,改变下游靶基因的转录,从而调控植物的生长发育。对茶树GATA转录因子的生物学信息特征进行鉴定与分析,为后续茶树栽培育种等相关研究提供理论依据。利用生物信息学方法及实时荧光定量PCR技术,对茶树GATA家族基因进行全基因组鉴定与表达分析。结果表明,(1)鉴定出的35个茶树GATA基因分布于13条染色体上,亚细胞定位预测主要在细胞核上。(2)系统进化分析将茶树GATA基因家族成员分为4个亚族。(3)茶树GATA启动子顺式作用元件分析显示,茶树GATA启动子上有许多光响应、激素信号响应与环境胁迫响应相关的元件。(4)组织特异性分析显示,GATA基因在茶树不同组织中的表达模式有显著差异,多数基因在芽上具有较高的表达。(5)实时荧光定量PCR分析结果显示,在不同处理下,茶树GATA家族基因表达量总体呈下调趋势,其中CsGATA1表达量下调最显著。CsGATA对逆境胁迫响应敏感,说明CsGATA可能参与调控茶树不同生长发育过程,其中CsGATA1可能参与茶树生长发育及逆境胁迫响应的调控。 展开更多
关键词 茶树 gata基因家族 生物信息学 基因表达 全基因组鉴定
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高粱GATA转录因子家族的鉴定和表达模式分析 被引量：3
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作者 姚茂星 周光怡 +2 位作者 丁延庆 李魁印 任明见 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第10期3178-3187,共10页
GATA基因家族是真核生物中的一种转录因子,在动植物发育分化、生长增殖、分解凋亡以及植物响应环境变换等生物学过程中发挥着重要作用。本研究利用生物信息学手段对高粱(Sorghum)GATA基因家族进行了全基因组分析,鉴定得到31个GATA基因... GATA基因家族是真核生物中的一种转录因子,在动植物发育分化、生长增殖、分解凋亡以及植物响应环境变换等生物学过程中发挥着重要作用。本研究利用生物信息学手段对高粱(Sorghum)GATA基因家族进行了全基因组分析,鉴定得到31个GATA基因家族成员,定位在9条染色体上(第7号染色体除外);亚细胞定位预测表明这些基因主要位于细胞核上;系统进化分析可将高粱GATA成员分为3个亚家族,大部分相似功能的已知植物GATA成员被聚在同一分枝上;表达模式分析表明,21个高粱GATA家族成员在6个高粱组织中表达具有特异性。本研究鉴定并分析了高粱GATA转录因子的生物学信息特征,为分子水平上高粱GATA家族基因的功能研究提供了一定的理论基础。 展开更多
关键词 高粱 gata基因家族 转录因子 基因表达分析
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鸡GATA基因家族鉴定及生物信息学分析
7
作者 孟婕 王闯 +5 位作者 杨晴 张贝 李可强 张传生 耿立英 李祥龙 《河南农业科学》 北大核心 2021年第12期163-169,共7页
为了解鸡GATA(ChGATA)家族基因特性,利用生物信息学方法对ChGATA基因家族成员进行鉴定,分析其理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、进化关系、蛋白质结构及蛋白质互作关系。结果表明,共鉴定出6个ChGATA基因,不均匀地分布在5条染... 为了解鸡GATA(ChGATA)家族基因特性,利用生物信息学方法对ChGATA基因家族成员进行鉴定,分析其理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、进化关系、蛋白质结构及蛋白质互作关系。结果表明,共鉴定出6个ChGATA基因,不均匀地分布在5条染色体上。根据蛋白质保守结构域命名为ChGATA2—ChGATA6和ChTRPS1。理化性质分析结果显示,ChGATA均为无稳定的亲水蛋白质,且除ChTRPS1外均为碱性蛋白质。二级结构预测分析结果显示,ChGATA主要由无规则卷曲组成。保守结构域分析结果显示,ChGATA均包含ZnF;ATA结构域。系统进化分析结果显示,ChGATA基因家族可分为3个亚群,且同一亚群的基因结构相似、蛋白质三级结构相似、相互作用蛋白质较一致、亲缘关系较近。 展开更多
关键词 鸡 gata基因家族 进化分析 基因结构 蛋白质互作
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