三七植物GAPDH基因克隆及序列分析 被引量：27

1

作者 朱华 李珅 +1 位作者 赵瑞强 吴耀生 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1316-1319,共4页

采用改进的异硫氰酸胍法提取高质量三七总RNA,运用RT-PCR方法克隆了三七GAPDH基因的部分序列,长度为627 bp,编码209个氨基酸,为半定量RT-PCR以及Real-time RT-PCR等技术在三七植物研究中的应用提供了条件.氨基酸序列比对结果表明,该序... 采用改进的异硫氰酸胍法提取高质量三七总RNA,运用RT-PCR方法克隆了三七GAPDH基因的部分序列,长度为627 bp,编码209个氨基酸,为半定量RT-PCR以及Real-time RT-PCR等技术在三七植物研究中的应用提供了条件.氨基酸序列比对结果表明,该序列与拟南芥、烟草、人参的GAPDH氨基酸序列的同源性分别为91%、93%、95%;核苷酸序列的同源性分别为82%、84%、85%. 展开更多

关键词 三七 gapdh基因 克隆

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朱顶红实时荧光定量PCR中不同组织器官内参基因的筛选 被引量：26

2

作者 刘晓婷 王顺利 +3 位作者 薛璟祺 薛玉前 吕英民 张秀新 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期919-930,共12页

以朱顶红(Hippeastrum vittatum)不同组织器官为试验材料,通过实时荧光定量PCR技术检测肌动蛋白基因(ACT)、亲环蛋白基因(CYP)、转录延伸因子基因(EF-1α)、甘油醛–3–磷酸脱氢酶基因(GAPDH、GAPDH2)、α微管蛋白基因(TUA)和β微管蛋... 以朱顶红(Hippeastrum vittatum)不同组织器官为试验材料,通过实时荧光定量PCR技术检测肌动蛋白基因(ACT)、亲环蛋白基因(CYP)、转录延伸因子基因(EF-1α)、甘油醛–3–磷酸脱氢酶基因(GAPDH、GAPDH2)、α微管蛋白基因(TUA)和β微管蛋白基因(TUB)这7个常用的看家基因的表达水平,并利用ge Norm、Norm Finder和Best Keeper综合评价其表达稳定性。结果表明,EF-1α和GAPDH2的表达水平较高,而且相对稳定;其次为TUB、TUA和GAPDH。ge Norm和Norm Finder软件分析结果显示,在不同组织器官中CYP和GAPDH2的表达稳定性最高,其次是EF-1α;进一步分析表明,CYP的表达稳定性虽然较高,但是其表达丰度较低,故不适合作为内参基因。Best Keeper分析表明,EF-1α和GAPDH2在不同组织器官中的表达稳定性较好。综合分析表明,EF-1α和GAPDH2在所有样品中表达量较高,稳定性较好。以筛选出来的EF-1α、GAPDH2以及EF-1α+GAPDH2作为内参基因检测朱顶红花器官调控基因PI的表达水平,结果表明,以上述两个基因及其组合为内参基因得到的PI表达模式相同,而且在花器官中的表达高于茎盘和根,基本符合PI调控花模型的机理。因此,EF-1α、GAPDH2或EF-1α+GAPDH2可作为朱顶红的内参基因进行相关基因的表达调控研究。 展开更多

关键词 朱顶红 实时荧光定量PCR 内参基因 EF-1α gapdh2

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实时定量RT-PCR检测急性白血病患者骨髓细胞WT1基因表达 被引量：20

3

作者 顾伟英 陈子兴 +8 位作者 曹祥山 胡绍燕 朱江 王志林 严峰 王玮 岑建农 沈慧玲 钱军 《中华血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第12期728-731,共4页

目的探讨急性白血病 (AL)患者骨髓细胞WT1基因表达水平。方法建立实时定量RT PCR方法 ,检测了 10 8例AL患者和 2 3例非白血病患者骨髓细胞WT1基因及内参照 β 胆色原脱氢酶 (GAPDH)基因的表达水平。结果初诊与复发AL患者骨髓细胞WT1基... 目的探讨急性白血病 (AL)患者骨髓细胞WT1基因表达水平。方法建立实时定量RT PCR方法 ,检测了 10 8例AL患者和 2 3例非白血病患者骨髓细胞WT1基因及内参照 β 胆色原脱氢酶 (GAPDH)基因的表达水平。结果初诊与复发AL患者骨髓细胞WT1基因中位表达水平经GAPDH校正后分别为 75 .10和 89.5 6 ,明显高于完全缓解组和对照组 (分别为 2 .0 7和 1.5 1) ,对照组与完全缓解组之间及初诊与复发组之间无统计学差异 ;70例初诊AL中急性淋巴细胞白血病、M1、M2 、M3 亚型WT1基因表达水平明显高于M5,即粒系表达明显高于单核系 ,且WT1基因表达水平与白细胞计数、骨髓原始细胞比例、mdr1基因表达无相关性 ,但与染色体核型有关。对其中 2例患者动态检测WT1基因表达可提示白血病复发情况。结论WT1基因在AL患者骨髓细胞高表达 ,可作为白血病疗效评价及监测残留病灶的指标。 展开更多

关键词 WT1基因 骨髓细胞 患者 表达水平 AL 初诊 急性白血病 实时定量 gapdh 高表达

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刺五加GAPDH基因的克隆及序列分析 被引量：25

4

作者 邢朝斌 吴鹏 +2 位作者 陈龙 梁能松 何闪 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期155-158,共4页

目的对刺五加Eleutherococcus senticosus GAPDH基因进行克隆及序列分析,使其成为可用的内参照基因。方法采用改良的异硫氰酸胍法提取刺五加总RNA,运用RT-PCR法克隆GAPDH基因的部分序列,并以其为内参照基因进行半定量PCR。结果克隆了长... 目的对刺五加Eleutherococcus senticosus GAPDH基因进行克隆及序列分析,使其成为可用的内参照基因。方法采用改良的异硫氰酸胍法提取刺五加总RNA,运用RT-PCR法克隆GAPDH基因的部分序列,并以其为内参照基因进行半定量PCR。结果克隆了长度为627 bp的刺五加GAPDH基因,推测其编码209个氨基酸,与三七、人参、拟南芥的GAPDH氨基酸序列同源性分别为97%、93%、93%,核苷酸同源性分别为94%、86%、84%。其作为内参照基因的半定量PCR具有良好的扩增效果和重现性。结论首次分离并克隆了刺五加GAPDH cDNA,证实该序列可以作为基因表达分析的内参照基因,为刺五加苷生物合成中关键酶的表达分析及调控机制研究奠定基础。 展开更多

关键词 刺五加 gapdh基因 克隆 序列分析 内参照基因

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小麦GAPDH基因克隆及序列分析 被引量：15

5

作者 岳彩凤 康国章 +3 位作者 刘超 郭天财 朱云集 沈丙权 《中国农学通报》 CSCD 2008年第4期94-98,共5页

采用Trizol法提取高质量小麦总RNA,并运用RT-PCR方法克隆了小麦GAPDH(甘油醛三磷酸脱氢酶)基因的部分序列(EU022331),长度为604bp,核苷酸序列比对结果表明,该序列与大麦(M36650)、玉米(AY109397)、番茄(BT012693)GAPDH核苷酸序列的同源... 采用Trizol法提取高质量小麦总RNA,并运用RT-PCR方法克隆了小麦GAPDH(甘油醛三磷酸脱氢酶)基因的部分序列(EU022331),长度为604bp,核苷酸序列比对结果表明,该序列与大麦(M36650)、玉米(AY109397)、番茄(BT012693)GAPDH核苷酸序列的同源性分别为95%、86%和84%。GAPDH基因的克隆为在禾谷类作物研究的应用提供了一个较好的对照基因。 展开更多

关键词 小麦 gapdh基因 半定量PCR

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鸭GAPDH基因实时荧光定量PCR方法的建立 被引量：10

6

作者 杨发龙 岳华 +1 位作者 谢秀兰 贾文祥 《西南民族大学学报（自然科学版）》 CAS 2007年第1期92-95,共4页

本研究旨在建立鸭GAPDH基因的real-time PCR技术,为鸭功能基因mRNA水平的定量分析提供有用的方法学基础.根据GenBank中鸭GAPDH基因的序列设计引物,建立了基于SYBR Green I染料技术的real-time PCR方法.结果表明,所建立的方法具有快速、... 本研究旨在建立鸭GAPDH基因的real-time PCR技术,为鸭功能基因mRNA水平的定量分析提供有用的方法学基础.根据GenBank中鸭GAPDH基因的序列设计引物,建立了基于SYBR Green I染料技术的real-time PCR方法.结果表明,所建立的方法具有快速、高通量、线性范围广以及重复性强等特点.研究结果为鸭GAPDH作为内参基因用于鸭相关基因定量表达分析奠定了基础. 展开更多

关键词 鸭 gapdh基因 REAL-TIMEPCR 内参基因

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谷子3-磷酸甘油醛脱氢酶基因的克隆与结构分析 被引量：10

7

作者 崔润丽 王永芳 +4 位作者 智慧 李伟 李海权 黄占景 刁现民 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2009年第3期10-14,共5页

3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)在谷子盐旱胁迫早期高频率表达,为研究该基因在胁迫反应及其他代谢中的详细功能,本研究利用RACE技术克隆了谷子的GAPDH基因。该基因cDNA全长1 328 bp,包括1 008 bp的开放阅读框,共编码338个氨基酸,肽段的... 3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)在谷子盐旱胁迫早期高频率表达,为研究该基因在胁迫反应及其他代谢中的详细功能,本研究利用RACE技术克隆了谷子的GAPDH基因。该基因cDNA全长1 328 bp,包括1 008 bp的开放阅读框,共编码338个氨基酸,肽段的分子量为35 911.03 Da,极性氨基酸占29.12%。序列比较分析发现,谷子的GAPDH同玉米的同源序列表现了最高的相似性,同水稻和小麦同源序列的相似性次之,同双子叶植物的同源序列则相差较远。 展开更多

关键词 谷子 3-磷酸甘油醛脱氢酶(gapdh) 基因克隆

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北京市生菜链格孢根腐病病原菌鉴定 被引量：11

8

作者 石延霞 郭润婷 +1 位作者 张涛 李宝聚 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期658-662,共5页

为明确北京市生菜链格孢根腐病的病原菌种类,采用常规组织分离法分离获得病原菌,依据柯赫氏法则对病原菌进行致病力检测,并利用分子生物学技术结合形态学鉴定确定病原菌分类地位。结果显示,从生菜病样组织中分离到2种病原菌共18株,形态... 为明确北京市生菜链格孢根腐病的病原菌种类,采用常规组织分离法分离获得病原菌,依据柯赫氏法则对病原菌进行致病力检测,并利用分子生物学技术结合形态学鉴定确定病原菌分类地位。结果显示,从生菜病样组织中分离到2种病原菌共18株,形态学鉴定结果为芸薹链格孢Alternaria brassicae和万寿菊链格孢A.tagetica,分离比例分别为55.6%和44.4%,且二者均能单独侵染生菜根部,前者致病力较后者强,亦能复合侵染。对致病菌株进行GAPDH基因的PCR扩增和测序,并建立了基于GAPDH基因序列的系统发育树,聚类分析结果与形态学鉴定结果一致,因此证实北京市生菜链格孢根腐病是由芸薹链格孢和万寿菊链格孢复合侵染所致。 展开更多

关键词 生菜 gapdh基因 芸薹链格孢 万寿菊链格孢

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乳腺癌klk6基因表达的实时荧光定量法的建立及初步应用 被引量：10

9

作者 胡成进 沈茜 +1 位作者 陈英剑 闻新棉 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期610-612,共3页

目的建立人乳腺癌相关基因组织型激肽释放酶基因家族成员Kallikrein6(klk6)mRNA荧光定量逆转录聚合酶链反应(FQPCR)检测方法,以检测正常乳腺和乳腺癌组织中klk6基因表达水平。方法以GAPDH作参照,用SYBRGreenI荧光定量技术,建立检测klk6m... 目的建立人乳腺癌相关基因组织型激肽释放酶基因家族成员Kallikrein6(klk6)mRNA荧光定量逆转录聚合酶链反应(FQPCR)检测方法,以检测正常乳腺和乳腺癌组织中klk6基因表达水平。方法以GAPDH作参照,用SYBRGreenI荧光定量技术,建立检测klk6mRNA的FQPCR方法;并检测32份正常乳腺和乳腺癌组织标本的循环阈值(Ct),然后,通过REST软件分析klk6mRNA的表达水平。结果FQPCR方法对GAPDH和klk6mRNA的扩增效率分别为0.90和0.95,批内变异系数(CV)分别为1.0%～2.1%和0.8%～1.2%,批间CV分别为3.2%和3.9%。正常乳腺和乳腺癌组织的klk6对GAPDH的相对表达量分别为0.017±0.009和0.040±0.017。用REST软件分析,提示乳腺癌组织klk6表达水平上调。结论建立的klk6mRNAFQPCR检测方法简便,特异,重复性好,可信度高,可用于klk6基因表达水平与肿瘤相关性研究。 展开更多

关键词 实时荧光定量法 荧光定量逆转录聚合酶链反应 初步应用 变异系数(CV) 基因表达水平 乳腺癌组织 gapdh 乳腺癌相关基因 Q-PCR方法 PCR检测方法 mRNA 正常乳腺 荧光定量技术 软件分析 Green 癌组织标本 相关性研究 家族成员

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家兔GAPDH基因实时荧光定量RT-PCR方法的建立 被引量：9

10

作者 高博 杨晓农 +2 位作者 于学辉 罗薇 黄河 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第1期69-73,共5页

根据GenBank登录的家兔GAPDH基因保守区域CDS序列设计1对引物,通过反应体系及反应条件优化,成功建立了检测家兔GAPDH基因的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。结果表明,该方法检测GAPDH的最低拷贝数为32拷贝/μL,在较广的范围内（3.2... 根据GenBank登录的家兔GAPDH基因保守区域CDS序列设计1对引物,通过反应体系及反应条件优化,成功建立了检测家兔GAPDH基因的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。结果表明,该方法检测GAPDH的最低拷贝数为32拷贝/μL,在较广的范围内（3.2×10^1-3.2×10^7拷贝/μL）有良好的线性关系（r=0.999）;熔解曲线分析显示扩增产物的特异性单峰,其Tm为（87±0.2）℃;5个不同浓度标准品组内试验变异系数为1.67%4.73%,组间试验变异系数为2.66%8.74%。该方法具有快速、灵敏、高通量及可重复性强等优点,为GAPDH基因作为内参基因进行家兔功能基因与病原基因表达的定量分析提供了方法学基础。 展开更多

关键词 家兔 gapdh基因 实时荧光定量RT-PCR 内参基因

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莴笋链格孢叶斑病病原鉴定 被引量：10

11

作者 郭润婷 石延霞 +1 位作者 赵倩 李宝聚 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期418-422,共5页

莴笋（Lactuca sativa L.var.asparagina Baily）为菊科舌状花亚科莴苣属,又名茎用莴苣,属一年生或两年生草本植物,原产地中海沿岸,约在七世纪初经西亚传入我国,全国各地普遍栽培。2016年分别在河北省及内蒙古莴笋种植区发现一种叶斑病... 莴笋（Lactuca sativa L.var.asparagina Baily）为菊科舌状花亚科莴苣属,又名茎用莴苣,属一年生或两年生草本植物,原产地中海沿岸,约在七世纪初经西亚传入我国,全国各地普遍栽培。2016年分别在河北省及内蒙古莴笋种植区发现一种叶斑病,病斑呈圆形或近圆形、黑褐色、具同心轮纹,病斑扩展很快，最终导致叶片枯死脱落。 展开更多

关键词 叶斑病 病原鉴定 莴笋 链格孢 病斑扩展 地中海沿岸 茎用莴苣 草本植物

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脊尾白虾GAPDH基因的克隆及其内参基因稳定性分析 被引量：8

12

作者 薛蓓 张培 +5 位作者 李志辉 赵莲 赖晓芳 高焕 李健 阎斌伦 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1003-1012,共10页

为比较甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、18S rRNA和β-actin基因在脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)作内参基因的优劣,本研究采用同源克隆和RACE技术,克隆了脊尾白虾GAPDH基因全长cDNA序列(Gen... 为比较甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、18S rRNA和β-actin基因在脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)作内参基因的优劣,本研究采用同源克隆和RACE技术,克隆了脊尾白虾GAPDH基因全长cDNA序列(GenBank登录号:KX893516),通过实时荧光定量PCR(quantative real-time PCR,qPT-PCR)技术,检测3种基因在脊尾白虾不同组织及不同蜕壳后时间点的表达量变化,在此基础上进行内参稳定性分析。结果显示,脊尾白虾GAPDH基因全长1514 bp,开放读码框1002 bp,编码333个氨基酸,二级结构预测显示GAPDH蛋白具有一个高度保守的NAD^+结合功能域(NAD binding domain)和行使糖运输和代谢的催化功能域。分析qRT-PCR结果并结合ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3种软件的分析发现,在不同组织和不同蜕壳后时间点,3种内参基因的稳定性由高到低依次为18S r RNA、GAPDH、β-actin。因此,在脊尾白虾不同组织和不同蜕壳后时间点的定量分析中,选取单内参基因时,推荐使用18S rRNA为内参基因,双内参时推荐18S rRNA和GAPDH,而18S rRNA、β-actin和GAPDH在其他生理条件下作内参基因的稳定性还有待进一步研究。 展开更多

关键词 脊尾白虾 gapdh 内参基因 组织 蜕壳后时间点

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家蝇GAPDH基因的克隆、表达及作为内参的可靠性分析 被引量：6

13

作者 胡红元 任春丽 +4 位作者 尚小丽 陈明明 王宇 王涛 吴建伟 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2016年第3期250-256,共7页

目的探讨家蝇甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因在不同饲料饲养、不同发育期及不同组织的转录和表达情况,评价其作为家蝇功能基因研究内参的稳定性。方法运用PCR技术扩增GAPDH基因完整编码序列,生物信息学方法预测该基因及其编码蛋白功能... 目的探讨家蝇甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因在不同饲料饲养、不同发育期及不同组织的转录和表达情况,评价其作为家蝇功能基因研究内参的稳定性。方法运用PCR技术扩增GAPDH基因完整编码序列,生物信息学方法预测该基因及其编码蛋白功能。构建pET-28a(+)-GAPDH重组质粒,转化到大肠埃希菌Transetta(DE3)中进行诱导表达,纯化重组蛋白制备多克隆抗体。运用Real-time PCR和Western blot检测家蝇不同发育期、三龄幼虫不同组织和不同饲养物处理下GAPDH基因的表达情况。结果家蝇GAPDH基因ORF全长999bp,编码332个氨基酸,理论分子质量37.3ku,等电点为8.57,具有GAPDH家族的蛋白保守结构域;构建的重组质粒经PCR及测序鉴定正确;SDS-PAGE分析显示重组质粒在Transetta(DE3)中表达,纯化后的表达产物与目的蛋白大小相符,Western blot显示该蛋白可被相应血清识别;Real-time PCR分析GAPDH基因在不同饲料饲养3龄幼虫、不同发育期均保持较好的转录稳定性,同时,Western blot分析GAPDH分子在家蝇不同发育期及3龄幼虫不同组织中均有表达,且表达量无明显差别。结论 GAPDH基因在不同发育期、不同组织及不同饲养物饲养的家蝇表达稳定,可作为家蝇可靠性内参基因使用。 展开更多

关键词 家蝇 gapdh基因 克隆表达 内参基因

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中国美利奴羊(新疆型)皮肤组织GAPDH基因实时荧光定量PCR方法的建立 被引量：6

14

作者 田月珍 黄锡霞 +8 位作者 狄江 田可川 吴伟伟 徐新明 哈尼克孜 付雪峰 张艳花 马依拉 艾买提 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1938-1943,共6页

【目的】建立GAPDH内参基因实时荧光定量PCR方法,为进一步研究中国美利奴羊(新疆型)相关基因的定量表达奠定基础。【方法】采用中国美利奴羊(新疆型)皮肤组织为试材,根据Genebank中绵羊GAPDH基因序列,设计并合成一对引物,建立基于SYBR G... 【目的】建立GAPDH内参基因实时荧光定量PCR方法,为进一步研究中国美利奴羊(新疆型)相关基因的定量表达奠定基础。【方法】采用中国美利奴羊(新疆型)皮肤组织为试材,根据Genebank中绵羊GAPDH基因序列,设计并合成一对引物,建立基于SYBR Green I染料技术的Real-Time PCR检测体系,绘制出标准曲线并对其熔解曲线分析。【结果】以cDNA为模板建立的标准曲线循环阈值(Ct)与标准cDNA模板在一定浓度范围内呈良好的线性关系,GAPDH基因标准曲线中模板拷贝数(X)与Ct值的关系为Ct=一3.679 51g/X+35.648,相关系数R=0.999 8;试验重复性好,批内和批间变异系数(CV%)分别为0.22%～3.45%和1.30%～4.89%。【结论】所建立的方法具有快速、线性范围广、重复性强等特点,GAPDH可作为内参基因用于绵羊相关基因的定量表达研究。 展开更多

关键词 中国美利奴羊(新疆型) gapdh基因 RT—PCR 内参基因

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川赤芍实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证 被引量：2

15

作者 罗梦婷 曲别军长 +9 位作者 俸明康 曲别阿香 何斌 海来约布 李文兵 杨正明 李莹 阎新佳 刘圆 张绍山 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第21期5759-5766,共8页

川赤芍与芍药共同作为《中国药典》著名药材赤芍的基原植物,具有重要的药用价值,且在花卉市场的潜力巨大。筛选稳定可靠的内参基因是开展川赤芍分子研究的必要前提。该研究从川赤芍的转录组数据中选取Actin和GAPDH 2个内参基因作为候选... 川赤芍与芍药共同作为《中国药典》著名药材赤芍的基原植物,具有重要的药用价值,且在花卉市场的潜力巨大。筛选稳定可靠的内参基因是开展川赤芍分子研究的必要前提。该研究从川赤芍的转录组数据中选取Actin和GAPDH 2个内参基因作为候选基因,利用实时荧光定量技术(qRT-PCR)检测2个候选基因在川赤芍的不同组织(韧皮部、木质部、茎、叶、叶柄、子房)和不同生长时期(萌动期、开花期、休眠期)的表达水平,然后利用geNorm、NormFinder、BestKeeper、ΔCT和RefFinder综合分析2个内参基因表达的稳定性,结果表明Actin和GAPDH在川赤芍不同组织和不同生长时期中的表达模式均稳定。该研究进一步检测川赤芍转录组数据中8个基因(Pv-TPS01、Pv-TPS02、Pv-CYP01、Pv-CYP02、Pv-CYP03、Pv-BAHD01、Pv-UGT01、Pv-UGT02)在不同组织中的表达水平,结果表明,以Actin和GAPDH分别作为内参基因,8个基因在川赤芍不同组织部位的表达趋势均一致,验证了Actin和GAPDH作为川赤芍内参基因的可靠性。综上,该研究发现Actin和GAPDH可作为川赤芍不同组织和不同生长时期中基因表达水平研究的内参基因。 展开更多

关键词 川赤芍 实时荧光定量PCR 内参基因 ACTIN gapdh

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樟叶越桔甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因VdGAPDH1的cDNA克隆与序列分析 被引量：7

16

作者 熊宏 陈海涛 +3 位作者 宋健 赵平 刘小烛 丁勇 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期17-24,30,共9页

应用转录组测序分析和RT-PCR技术首次从樟叶越桔Vaccinium dunalianum中克隆了全长1 570 bp的甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因Vd GAPDH1,其完整的开放阅读框推测编码由337个氨基酸残基组成的Vd GAPDH1。Vd GAPDH1理论相对分子量为36.57 k D,等... 应用转录组测序分析和RT-PCR技术首次从樟叶越桔Vaccinium dunalianum中克隆了全长1 570 bp的甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因Vd GAPDH1,其完整的开放阅读框推测编码由337个氨基酸残基组成的Vd GAPDH1。Vd GAPDH1理论相对分子量为36.57 k D,等电点为7.06,负电荷残基(Asp+Glu)总数为42个,正电荷残基(Arg+Lys)总数为42个,不稳定系数为23.27,属稳定性蛋白质;其二级结构主要由随机卷曲、延伸链、α-螺旋和β-转角等构件组成。Vd GAPDH1为无信号肽、无跨膜结构的亲水性蛋白质,推测其为NAD+-GAPDH的新成员,与已知细胞质型GAPDH之间存在高度保守性。Vd GAPDH1包含2个保守超家族结构域Gp_dh_N和Gp_dh_C,Gp_dh_N为辅酶NAD+结合结构域,Gp_dh_C是行使糖运输和代谢的催化功能域。推测Vd GAPDH1基因产物在樟叶越桔细胞质中参与糖酵解过程。该研究为后期Vd GAPDH1基因的生理功能及其表达调控等研究奠定了基础。 展开更多

关键词 樟叶越桔 甘油醛-3-磷酸脱氢酶 基因克隆 糖酵解

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银杏GAPDH基因序列的初步克隆 被引量：6

17

作者 潘伟明 刘文 +2 位作者 杨妙贤 刘胜洪 梁红 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期196-198,共3页

3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是生物体内糖酵解作用中的一个关键酶,由于其在细胞中表达量相对恒定而在植物研究中常被作为内源参照基因。在提取高质量银杏叶片总RNA的基础上,运用RT-PCR法对银杏GAPDH基因的部分序列进行了克隆。研究结果表... 3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是生物体内糖酵解作用中的一个关键酶,由于其在细胞中表达量相对恒定而在植物研究中常被作为内源参照基因。在提取高质量银杏叶片总RNA的基础上,运用RT-PCR法对银杏GAPDH基因的部分序列进行了克隆。研究结果表明,使用SP提取法提取的银杏叶片组织总RNA质量高,28S RNA和18S RNA条带明亮清晰;用Oligo(dT)18为反转录引物,合成第一链,再利用GAPDH基因特异扩增引物进行PCR扩增,获得了银杏GAPDH基因的特异性cDNA片段,其长度大约为500bp。GAPDH基因的成功克隆为半定量RT-PCR以及Real-time RT-PCR等技术在银杏分子生物学研究中的应用提供了内标参照物。 展开更多

关键词 银杏 GA PDH基因 RT-PCR

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文心兰GAPDH基因片段的克隆及序列分析 被引量：4

18

作者 张国付 蒋素华 +3 位作者 崔波 袁秀云 田云芳 叶永忠 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期68-71,共4页

采用Trizol法提取文心兰花期花葶总RNA,并运用RT-PCR方法克隆了文心兰GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)基因的2个部分序列,长度均为875 bp,编码291个氨基酸残基.序列分析结果表明,与其它已登录物种的GAPDH基因相比,其核苷酸序列的同源性均在79... 采用Trizol法提取文心兰花期花葶总RNA,并运用RT-PCR方法克隆了文心兰GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)基因的2个部分序列,长度均为875 bp,编码291个氨基酸残基.序列分析结果表明,与其它已登录物种的GAPDH基因相比,其核苷酸序列的同源性均在79%以上,与蕙兰(JN177724.1)同源性高达到92%,氨基酸序列的同源性也在85%以上;且与单子叶植物的同源序列表现出较高的相似性.本研究已克隆出文心兰GAPDH基因的部分cDNA同源序列片段,分别命名为OnGA1和OnGA2,并在GenBank注册,登录号分别为JN981141和JN981142. 展开更多

关键词 文心兰 gapdh基因 克隆

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猪GAPDH基因实时荧光定量PCR方法的建立 被引量：3

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作者 韩建强 许文花 高斌 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期1282-1285,共4页

根据GenBank上猪GAPDH基因的序列设计并合成一对引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了Real-time PCR方法。以阳性重组质粒为标准品,建立了标准曲线,并进行了融解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有快速、高通量、线性范围广以及重复性强... 根据GenBank上猪GAPDH基因的序列设计并合成一对引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了Real-time PCR方法。以阳性重组质粒为标准品,建立了标准曲线,并进行了融解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有快速、高通量、线性范围广以及重复性强等特点。研究结果为GAPDH作为内参基因用于猪相关基因定量表达分析奠定了基础。 展开更多

关键词 猪 gapdh基因 REAL-TIME PCR 内参基因

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双色荧光定量PCR快速诊断唐氏综合征 被引量：3

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作者 罗红权 陈新敏 +2 位作者 梁家智 薛峰 丁显平 《检验医学》 CAS 北大核心 2009年第3期186-189,共4页

目的建立快速诊断唐氏综合征的荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)方法及其应用于产前诊断唐氏综合征的可能性。方法合成21号染色体单拷贝基因DSCR1特异的引物和TaqMan探针以及1对非21号常染色体单拷贝基因GAPDH特异的引物和TaqMan探针,其中... 目的建立快速诊断唐氏综合征的荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)方法及其应用于产前诊断唐氏综合征的可能性。方法合成21号染色体单拷贝基因DSCR1特异的引物和TaqMan探针以及1对非21号常染色体单拷贝基因GAPDH特异的引物和TaqMan探针,其中检测DSCR1基因的探针标记6-羧基荧光素(FAM),检测GAPDH基因的探针标记六氯(HEX)荧光素;提取患者和正常人外周血及胎儿羊水脱落细胞标本的DNA为模板,在同一PCR扩增管中同时进行2种基因的双色荧光定量聚合酶链反应(the double chromatogra-phy fluorescence quantitative polymerase chain reaction,DC-FQ-PCR),分别定量测定DSCR1基因和GAPDH基因的含量,并计算每个标本2种基因剂量的比值;采用该基因检测技术检测23例唐氏综合征患者、20名正常人和100例羊水,与染色体检查诊断结果对比,判断该技术在唐氏综合征基因诊断和产前诊断中的应用价值。结果在30μL FQ-PCR反应体系中,加入最少约0.05 ng基因组DNA能够稳定地获得扩增曲线;实验表明23例染色体检测为唐氏综合征患者的GAPDH与DSCR1的差值为0.65±0.17,以2-△CT方法计算DSCR1与GAPDH拷贝数的比值范围为1.77～1.39。而20例染色体检测为正常人的GAPDH与DSCR1的差值为0.06±0.18,计算DSCR1与GAPDH拷贝数的比值范围为1.18～0.92;2组间的差异有统计学意义。在100例羊水细胞的检测中,以DSCR1与GAPDH拷贝数的比值大于1.35为唐氏综合征的判定标准,发现2例为患儿,其余98例为正常,与染色体检查结果一致。结论双色荧光定量PCR检测唐氏综合征是一个可行的、快速的、准确的、高通量的、费用较为低廉的检测方法,该法在唐氏综合症的基因诊断和产前基因诊断具有广阔的应用前景。 展开更多

关键词 唐氏综合症 DSCR1基因 gapdh基因 双色荧光定量PCR

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