目的:得到冬凌草高通量转录组数据,为挖掘冬凌草二萜类生物合成途径关键基因,研究冬凌草ESTSSR分子标记提供数据来源。方法:利用Illumina Hi Seq 4000高通量测序技术,采用Trinity的方法从头组装、序列拼接和去冗余处理;基于BLAST完成Uni...目的:得到冬凌草高通量转录组数据,为挖掘冬凌草二萜类生物合成途径关键基因,研究冬凌草ESTSSR分子标记提供数据来源。方法:利用Illumina Hi Seq 4000高通量测序技术,采用Trinity的方法从头组装、序列拼接和去冗余处理;基于BLAST完成Unigene编码蛋白NR功能注释、GO分类、KEGG代谢通路注释和分类、功能基因挖掘,SSR分子标记挖掘。结果:获得冬凌草叶与茎两种不同组织共12 GB转录组数据,得到3 7961个Unigene基因,平均长度1063 bp;得到冬凌草叶和茎转录组有60条unigenes参与萜类化合物骨架合成、6条unigene参与各种萜类化合物合成,有26条unigene参与二萜化合物合成途径,叶与茎两种组织中有差异表达的基因4565个,其中在茎中表达较高的为1668个,在叶中表达较高的有2697个,与二萜类化合物合成相关的差异表达基因有15个。结论:本研究为冬凌草二萜化合物生物合成途径中关键基因的挖掘和分子育种提供了数据信息,为深入研究冬凌草中冬凌草甲素等有效成分的生物合成途径及其调控机制提供基础。展开更多
LXRα(Liver Xreceptorα)是一种氧甾醇核受体在免疫和脂类代谢等生物过程中发挥重要作用,为了进一步探究LXRα的生物学功能,本研究对LXRα和RXRA共同过表达的HepG2细胞进行了全基因组转录分析。在HepG2细胞中LXRα和RXRA共同过表达导致...LXRα(Liver Xreceptorα)是一种氧甾醇核受体在免疫和脂类代谢等生物过程中发挥重要作用,为了进一步探究LXRα的生物学功能,本研究对LXRα和RXRA共同过表达的HepG2细胞进行了全基因组转录分析。在HepG2细胞中LXRα和RXRA共同过表达导致451个基因发生差异表达(p<0.05)其中有213个基因表达上调,221个基因表达下调,通过GO(Gene ontology)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomics)通路基因富集分析发现这些基因参与调控化合物代谢、转录和免疫防御等生物过程。此外还发现在HepG2细胞中,LXRα和RXRA过表达也导致细胞死亡和凋亡相关基因的部分沉默或激活,证明LXRα也参与调控细胞死亡和凋亡。本研究首次在HepG2细胞中通过同时过表达LXRα和RXRA分析LXRα的靶基因及其所参与的生物过程和信号通路,为后续LXRα的功能发掘和相关疾病的药物开发和治疗提供了理论依据。展开更多
文摘LXRα(Liver Xreceptorα)是一种氧甾醇核受体在免疫和脂类代谢等生物过程中发挥重要作用,为了进一步探究LXRα的生物学功能,本研究对LXRα和RXRA共同过表达的HepG2细胞进行了全基因组转录分析。在HepG2细胞中LXRα和RXRA共同过表达导致451个基因发生差异表达(p<0.05)其中有213个基因表达上调,221个基因表达下调,通过GO(Gene ontology)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomics)通路基因富集分析发现这些基因参与调控化合物代谢、转录和免疫防御等生物过程。此外还发现在HepG2细胞中,LXRα和RXRA过表达也导致细胞死亡和凋亡相关基因的部分沉默或激活,证明LXRα也参与调控细胞死亡和凋亡。本研究首次在HepG2细胞中通过同时过表达LXRα和RXRA分析LXRα的靶基因及其所参与的生物过程和信号通路,为后续LXRα的功能发掘和相关疾病的药物开发和治疗提供了理论依据。
