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FARSB对泛肿瘤的预后和冷肿瘤微环境的分层作用:基于整合单细胞和大块组织的DNA测序 被引量：1
1
作者 张自然 谭家乐 +4 位作者 于子航 刘承栋 王剑 吴德华 白雪 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期667-679,共13页
目的研究一个潜在的冷肿瘤微环境标志物——FARSB基因在泛癌中对肿瘤微环境以及患者对免疫治疗的反应的影响。方法使用生物信息学方法研究FARSB在泛癌组织中的表达水平及突变情况。采用Kaplan-Meier和单因素Cox回归分析FARSB的预后意义... 目的研究一个潜在的冷肿瘤微环境标志物——FARSB基因在泛癌中对肿瘤微环境以及患者对免疫治疗的反应的影响。方法使用生物信息学方法研究FARSB在泛癌组织中的表达水平及突变情况。采用Kaplan-Meier和单因素Cox回归分析FARSB的预后意义。通过基因集富集和变异分析,研究受FARSB影响的信号转导途径。用TIMER2数据库和R软件包分析FARSB表达与免疫浸润的关系。分析队列GSE72056,GSE131907,GSE132465,GSE125449和PMID32561858的单细胞RNA测序数据,以验证FARSB对肿瘤微环境的影响。在3个接受免疫检查点抑制剂治疗的队列中(PMID32472114、GSE176307和Riaz2017)中,探讨FARSB对免疫治疗疗效的预测作用。结果FARSB在25种肿瘤组织中的表达明显高于正常组织,并且几乎在所有肿瘤类型中都与不良预后有关。FARSB的表达与多种DNA损伤修复途径密切相关,与肺腺癌组织中基因TP53的突变显著相关(P<0.0001,OR=2.25)。FARSB表征了典型的免疫沙漠型肿瘤微环境,且与趋化因子及趋化因子受体表达受抑制有关。大规模的单细胞RNA测序分析证实了FARSB的免疫抑制作用,并揭示了FARSB通过阻碍细胞间相互作用而潜在地塑造冷肿瘤微环境。在3个接受免疫检查点抑制剂治疗的队列中,FARSB对免疫治疗效果显示出良好的预测价值。结论本研究通过整合单细胞和大块组织RNA测序分析,提供了FARSB基因的泛癌图谱,阐明了其促进DNA损伤修复和构建免疫沙漠型肿瘤微环境的生物学功能。FARSB基因为免疫治疗效果差的人群和冷肿瘤微环境人群的分层提供了一个新的生物标记物。 展开更多
关键词 FARSB 免疫治疗 泛癌 DNA损伤修复 肿瘤微环境
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子宫内膜间质肉瘤HELQ和RAD51C蛋白的表达及其临床意义 被引量：2
2
作者 刘鹰 张瑜 田焱 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期936-941,共6页
目的观察正常子宫内膜和子宫内膜间质肉瘤(ESS)组织POLQ样蛋白解旋酶(HELQ)和RAD51C蛋白表达情况,并分析其与ESS患者临床特征的相关性。方法收集2013年1月~2016年12月在湖南省肿瘤医院接受手术治疗并确诊的ESS患者肿瘤组织(37例)及正常... 目的观察正常子宫内膜和子宫内膜间质肉瘤(ESS)组织POLQ样蛋白解旋酶(HELQ)和RAD51C蛋白表达情况,并分析其与ESS患者临床特征的相关性。方法收集2013年1月~2016年12月在湖南省肿瘤医院接受手术治疗并确诊的ESS患者肿瘤组织(37例)及正常内膜组织标本(14例),采用免疫组织化学染色法检测组织中HELQ和RAD51C蛋白表达,分析其与患者年龄、FIGO分期、肿瘤大小和淋巴结转移的相关性。结果免疫组织化学染色结果显示:ESS患者HELQ和RAD51C表达较正常组显著降低,并且HELQ和RAD51C表达呈正相关(P<0.05)。ESS中HELQ表达强度与肿瘤大小相关(P<0.05)。HELQ和RAD51C表达强度与患者年龄、FIGO分期和淋巴结转移无关(P>0.05)。结论提示HELQ与RAD51C参与的DNA同源重组修复可能与ESS的发生发展有关。 展开更多
关键词 子宫内膜间质肉瘤 HELQ RAD51C DNA损伤修复
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干扰survivin表达减少肿瘤细胞对紫外线诱导DNA损伤的修复作用
3
作者 沈杰 储冀汝 +1 位作者 贾元威 刘晓平 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2014年第5期497-502,共6页
目的:研究生存素(survivin)对紫外线(UV)诱导的肿瘤细胞DNA损伤修复作用及其机制。方法:本研究构建和包装survivin蛋白shRNA慢病毒载体;依据逐孔稀释法确定转染效率及滴度;以实时荧光定量法确定干扰效果;采用宿主细胞复活法(HCR)检测sur... 目的:研究生存素(survivin)对紫外线(UV)诱导的肿瘤细胞DNA损伤修复作用及其机制。方法:本研究构建和包装survivin蛋白shRNA慢病毒载体;依据逐孔稀释法确定转染效率及滴度;以实时荧光定量法确定干扰效果;采用宿主细胞复活法(HCR)检测survivin蛋白表达对细胞整体DNA损伤修复能力的影响。结果:干扰survivin的表达显著降低肺腺癌H1299细胞对UV诱导DNA损伤的修复能力。结论:Survivin在UV诱导DNA损伤的修复作用中扮演重要角色。本研究可以为以survivin为靶点的肿瘤治疗提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 SURVIVIN UV 肿瘤细胞 DNA损伤修复
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非人类灵长类恒河猴衰老与热量限制抗衰老研究进展 被引量：7
4
作者 阮清伟 俞卓伟 马永兴 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期6-11,共6页
非人类灵长类恒河猴是研究人类衰老和热量限制抗衰老的理想模型。与人类衰老一样,恒河猴由于增龄性神经内分泌、免疫、神经系统、心血管系统等衰老,出现相应的老年病。热量限制能有效地延缓恒河猴原发性衰老和继发性衰老。其机制可能是... 非人类灵长类恒河猴是研究人类衰老和热量限制抗衰老的理想模型。与人类衰老一样,恒河猴由于增龄性神经内分泌、免疫、神经系统、心血管系统等衰老,出现相应的老年病。热量限制能有效地延缓恒河猴原发性衰老和继发性衰老。其机制可能是调节代谢相关的信号通路,抑制氧化应激-炎性衰老-DNA损伤;同时激活DNA损伤修复。然而,不同的实验设计、饲养环境、饮食组成和遗传背景等可能对热量限制抗长生命周期恒河猴原发性衰老和继发性衰老作用存在不同的影响。优化实验设计,控制这些变量,缩短实验周期将更有利于明确CR抗衰老的作用及其机制。 展开更多
关键词 非人类灵长类恒河猴 热量限制 氧化应激 炎性衰老 DNA损伤和修复
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基于加权基因共表达网络分析阿尔茨海默病相关的核心基因 被引量：1
5
作者 薛继国 刘静 +3 位作者 耿淼 岳敬伟 贺浩宸 范皎 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1752-1762,共11页
目的采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探索阿尔茨海默病(AD)相关的差异基因模块及其枢纽基因,并对差异基因模块进行生物功能注释。方法从GEO数据库下载转录组测序数据,根据基因的相关性,当关联系数阈值设定为0.85时,参数β=8,以此构... 目的采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探索阿尔茨海默病(AD)相关的差异基因模块及其枢纽基因,并对差异基因模块进行生物功能注释。方法从GEO数据库下载转录组测序数据,根据基因的相关性,当关联系数阈值设定为0.85时,参数β=8,以此构建基因共表达网络;采用Pearson相关性检验计算模块基因与临床表型相关性,筛选出与AD显著相关的基因模块,根据模块内的连接性筛选枢纽基因;利用GO功能富集分析和KEGG通路分析对模块进行功能注释。进一步建立β-淀粉样蛋白(Aβ1-42)诱导SH-SY5Y细胞损伤模型,在模型组和对照组中检测枢纽基因的表达水平。结果根据基因表达的相关性,共构建了10个基因共表达模块,其中brown和turquoise模块与AD组显著相关(brown:r=0.66,P<0.001;turquoise:r=-0.68,P<0.001);结果显示48个基因在共表达网络中处于核心地位;通过生物注释功能发现,两模块中的基因主要富集在DNA损伤修复通路和代谢相关通路等生物学过程中。基因的差异表达分析显示,DNASE1、TEKT2、MTSS1L等基因在AD组中高表达,ACP2、LANCL2、GMPR2等基因在AD组中低表达;体外实验进一步验证了在Aβ1-42诱导的SH-SY5Y细胞损伤过程中DNASE1、TEKT2、MTSS1L表达上调(P<0.01),ACP2、LANCL2、GMPR2表达下调(P<0.01)。结论brown和turquoise模块与AD高度相关,并从模块中筛选出MTSS1L、GMPR2、ACP2、ACTG1、LANCL2等枢纽基因,可能通过调节DNA损伤和修复参与AD发病机制。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 加权基因共表达网络分析 枢纽基因 DNA损伤修复
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