基于环境DNA-宏条形码技术的水生生态系统入侵生物的早期监测与预警 被引量：34

1

作者 李晗溪 黄雪娜 +1 位作者 李世国 战爱斌 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期491-504,共14页

外来生物入侵是继生境破坏后造成生物多样性丧失的第二大威胁因素,已对入侵地的生态安全、经济和社会发展及人类健康等造成严重负面影响,成为21世纪五大全球性环境问题之一。作为水产养殖、航运和水生宠物交易大国,我国水生生态系统的... 外来生物入侵是继生境破坏后造成生物多样性丧失的第二大威胁因素,已对入侵地的生态安全、经济和社会发展及人类健康等造成严重负面影响,成为21世纪五大全球性环境问题之一。作为水产养殖、航运和水生宠物交易大国,我国水生生态系统的生物入侵问题尤为严重。研究表明,系统地构建并应用早期监测预警技术是防控水生生态系统生物入侵最有效的途径。和陆生生物相比,水生生物群落的物种繁多、群落结构复杂、生物形体微小且在入侵初期群体规模极小、隐匿于水下、可用于物种鉴定的外部形态缺乏,使得在水生生态系统中构建并应用早期监测和预警体系在技术层面更具挑战。随着高通量测序技术的快速发展,环境DNA-宏条形码技术成为构建水生生态系统入侵生物早期监测与预警技术的首选。本文主要综述了基于环境DNA-宏条形码技术的水生生态系统入侵生物的早期监测与预警技术方法;解析了环境DNA-宏条形码监测系统的应用现状、技术优势;着重探讨了影响监测结果准确性的I型和II型错误及其产生原因,并为避免两类错误提供了可行的优化/改进方案;最后对该方法在水生入侵生物监测中的应用前景进行了展望。 展开更多

关键词 生物入侵 dna-宏条形码 生物多样性 水生生态系统 早期监测与预警 Ⅰ型错误 Ⅱ型错误

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基于环境DNA宏条形码的洱海鱼类多样性研究 被引量：36

2

作者 舒璐 林佳艳 +3 位作者 徐源 曹特 封吉猛 彭作刚 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1080-1086,共7页

研究使用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测洱海鱼类多样性,探索适用于洱海鱼类多样性监测和保护的新方法。通过水样采集、过滤、eDNA提取、遗传标记扩增、测序与生物信息分析的环境DNA宏条形码标准化分析流程,从洱海16个采样点... 研究使用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测洱海鱼类多样性,探索适用于洱海鱼类多样性监测和保护的新方法。通过水样采集、过滤、eDNA提取、遗传标记扩增、测序与生物信息分析的环境DNA宏条形码标准化分析流程,从洱海16个采样点中获得可检测的9个采样点数据,共检测出17种鱼类,其中土著种5种、外来种12种;鲫(Carassius auratus)、鳙(Hypophthalmichthys nobilis)、麦穗鱼(Pseudorasbora parva)、泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和食蚊鱼(Gambusia affinis)为优势种。研究结果表明虽然环境DNA宏条形码无法完全替代传统的鱼类监测方法,但作为一种新兴的生物多样性监测手段,其可用于快速检测洱海鱼类多样性及其空间分布。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 无创采样 物种检测 鱼类多样性

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基于环境DNA宏条形码技术的秦淮河生物多样性研究 被引量：27

3

作者 王晨 陶孟 +4 位作者 李爱民 施鹏 杨江华 王志浩 张效伟 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期611-624,共14页

秦淮河是南京的母亲河,其生物多样性受城市化进程影响面临严重威胁,而物种资源调研是生物多样性保护的基础。环境DNA宏条形码技术较形态学监测是一种简单高效、灵敏度高的新型监测技术。为探究秦淮河浮游生物、底栖动物及鱼类的生物多样... 秦淮河是南京的母亲河,其生物多样性受城市化进程影响面临严重威胁,而物种资源调研是生物多样性保护的基础。环境DNA宏条形码技术较形态学监测是一种简单高效、灵敏度高的新型监测技术。为探究秦淮河浮游生物、底栖动物及鱼类的生物多样性,于2019年7月,采用环境DNA宏条形码技术对其进行了探究,并分析了秦淮河上下游间的差异及环境因子对其群落结构的影响。结果表明:秦淮河共监测到浮游动物13属22种407个操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),浮游植物85属60种4445个OTUs,底栖动物16属17种212个OTUs,鱼类53属44种1663个OTUs。其中浮游动物以游泳轮虫目(Ploima)和双甲目(Diplostraca)为主,共占浮游动物63.37%,浮游植物以隐藻门(Cryptomonas)和褐藻门(Ochrophyta)为主,共占浮游植物88.11%,底栖动物中节肢动物门(Arthropoda)占比最高,达91.67%,鱼类中鲤形目(Cypriniformes)占比最高,达69.99%。与秦淮河历史形态学监测数据相比,环境DNA宏条形码技术在物种丰度鉴定方面显著高于传统形态学鉴定的物种丰度。通过主坐标分析和PERMANOVA检验,发现秦淮河下游、上游南支和上游北支间有极显著差异(P<0.001)。其中浮游动物、浮游植物和底栖动物受分组影响更大,分组对鱼类的影响相对较小。下游α多样性较上游更为贫乏,上游南支(南京)α多样性较上游北支(句容)更丰富。浮游生物和底栖动物均表现出了明显的随距离增加而衰减的趋势。冗余分析表明,较低营养级的生物对环境因子的变化更为敏感,浮游生物和底栖动物的主要影响因子为总氮、总有机碳、总磷、氨氮、化学需氧量和溶解氧。鱼类的影响因子为溶解氧、总有机碳、总氮、总磷和化学需氧量。研究通过对秦淮河生物多样性的调研,可为秦淮河的生物多样性保护提供理论参考。 展开更多

关键词 秦淮河 环境dna宏条形码 生物多样性 环境因子

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长江中下游环境DNA宏条形码生物多样性检测技术初步研究 被引量：25

4

作者 徐念 熊美华 +2 位作者 邵科 阙延福 李键庸 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1187-1196,共10页

长江生物多样性在人为影响下面临严重威胁,物种监测是生物多样性保护的基础,为完善长江水生态监测体系,实现高效无损伤的物种监测,在长江中下游干流3个江段(新滩、安庆和芜湖)采集水样,建立长江水样环境DNA宏条形码物种检测体系并评估... 长江生物多样性在人为影响下面临严重威胁,物种监测是生物多样性保护的基础,为完善长江水生态监测体系,实现高效无损伤的物种监测,在长江中下游干流3个江段(新滩、安庆和芜湖)采集水样,建立长江水样环境DNA宏条形码物种检测体系并评估其有效性.结果表明:①长江中下游环境DNA宏条形码检测到32个物种,包括20种鱼类、1种水生哺乳动物(长江江豚)和11种陆生动物,其中鱼类物种包括鲤形目、鲇形目、鲈形目和鲱形目,其种数占鱼类总种数的比例分别为60%、25%、10%和5%.②长江中下游渔获物中资源量居首位的鲤形目在环境DNA调查中序列数最多,占鱼类总序列的96. 2%,其次为鲱形目(占比为3. 5%),鲇形目和鲈形目占比较低,分别为0. 2%和0. 1%,4个类目序列相对丰度与渔获物种资源量组成差异较大.③环境DNA调查次数约占传统渔获物调查次数的几十至几百分之一,采样时间不足努力量最少的渔获物调查的1%,检测到的鱼类种数为传统调查总数的31%~49%.④安庆采样点位于长江中下游长江江豚密度最高的江段,其环境DNA检出率和序列相对丰度在3个采样点中均最高.研究显示:长江水样环境DNA包含水陆复合生态系统的生物多样性信息,利用水样环境DNA宏条形码可检测不同类群的水生和陆生物种;对于鱼类物种检测,环境DNA宏条形码比传统调查方法效率更高,可对传统调查结果进行补充;环境DNA宏条形码生物多样性检测主要受分子标记体系和核酸序列数据库限制,获取全面的物种多样性和资源量信息需要对检测分析方法进行进一步完善. 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 生物多样性 长江中下游 鱼类种类组成 长江江豚

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DNA宏条形码及其在混合中草药物种鉴定中的应用 被引量：13

5

作者 刘志香 徐江 +2 位作者 孙伟 师玉华 陈士林 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期1-8,共8页

DNA宏条形码(DNA metabarcording)是利用高通量测序技术获得混合条形码扩增序列,通过生物信息学分析手段来鉴定混合样本中物种组成的方法,已广泛用于宏基因组学、动植物生物多样性等研究,并开始应用于传统草药的鉴定领域,为混合草药物... DNA宏条形码(DNA metabarcording)是利用高通量测序技术获得混合条形码扩增序列,通过生物信息学分析手段来鉴定混合样本中物种组成的方法,已广泛用于宏基因组学、动植物生物多样性等研究,并开始应用于传统草药的鉴定领域,为混合草药物种鉴定困难提供了有力的手段。该文主要总结了目前DNA宏条形码在混合中草药基原物种鉴定研究中的应用进展,重点比较分析了Sanger一代、二代以及三代高通量测序技术在混合中草药鉴定中的优劣性,并展望DNA宏条形码在混合中草药产品鉴定中的应用前景。 展开更多

关键词 dna宏条形码技术 混合中草药 基原物种鉴定

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DNA宏条形码技术在动植物法医鉴定中的应用进展 被引量：7

6

作者 李磊 蒋敬 陈云霞 《南京林业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期235-241,共7页

DNA宏条形码技术是随着2代高通量测序技术的发展而出现的一种物种鉴别技术。该技术结合了DNA条形码技术和高通量测序技术的优点,可以对混合样本中的多物种来源进行同步鉴定。本研究介绍DNA宏条形码技术的含义以及目前的应用需求,分析DN... DNA宏条形码技术是随着2代高通量测序技术的发展而出现的一种物种鉴别技术。该技术结合了DNA条形码技术和高通量测序技术的优点,可以对混合样本中的多物种来源进行同步鉴定。本研究介绍DNA宏条形码技术的含义以及目前的应用需求,分析DNA宏条形码技术在食品、药品监管、打击野生动植物犯罪、刑事案件侦查等司法实践中的应用现状,总结和讨论DNA宏条形码技术应用于动植物法医鉴定领域所面临的问题与挑战,对该技术的发展及应用前景进行展望。目前DNA宏条形码技术已被应用于生命科学的多个领域,但在动植物法医鉴定中的应用仍在起步阶段,虽然现在还面临着许多挑战,但随着测序技术与生物技术的发展,DNA宏条形码技术一定会在动植物法医鉴定领域实现常规化应用,为野生动植物相关犯罪活动的打击、食品药品安全性与合法性的监管提供技术支持。 展开更多

关键词 dna条形码 dna宏条形码 高通量测序 动植物物种鉴定

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DNA条形码在濒危动物鉴定中的应用及进展 被引量：4

7

作者 史梅梅 杨俊 +5 位作者 谢晓倩 王昱 唐昌杰 姚嘉悦 李应国 聂福平 《中国口岸科学技术》 2022年第3期39-47,共9页

DNA条形码技术作为一种有效的分子生物学技术,在物种的精确鉴定中发挥着重要作用。本文概述了近年来DNA条形码技术,特别是DNA宏条形码技术在濒危动物物种鉴定中的研究进展及应用,旨在为物种精确鉴定新技术、新方法的研究提供参考,以及... DNA条形码技术作为一种有效的分子生物学技术,在物种的精确鉴定中发挥着重要作用。本文概述了近年来DNA条形码技术,特别是DNA宏条形码技术在濒危动物物种鉴定中的研究进展及应用,旨在为物种精确鉴定新技术、新方法的研究提供参考,以及为海关、林业、公安等部门打击野生动物走私、非法贸易取证提供技术支持。 展开更多

关键词 濒危动物 dna条形码 dna宏条形码 高通量测序 物种鉴定

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环境DNA宏条形码在生物多样性研究与监测中的应用 被引量：6

8

作者 康子清 张银龙 +3 位作者 吴永波 谢冬 薛建辉 华建峰 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期299-310,共12页

环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)技术通过提取水体、土壤、空气中的环境DNA,使用引物PCR扩增与高通量测序,进行物种鉴定与生物多样性评估。作为一种新的监测技术,相比于传统监测技术更加快捷、准确以及对自然环境的破坏小,因此在... 环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)技术通过提取水体、土壤、空气中的环境DNA,使用引物PCR扩增与高通量测序,进行物种鉴定与生物多样性评估。作为一种新的监测技术,相比于传统监测技术更加快捷、准确以及对自然环境的破坏小,因此在一定程度上改变了我们调查地球生物多样性的方式。本文综述了环境DNA宏条形码技术的发展历程与操作流程;归纳了在水体、土壤、空气环境中的应用现状,并总结了其独特的间接生物多样性监测方法,同时讨论了优势及存在的问题,以期能为后续生物多样性研究与监测研究提供新的思路和启发。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 生物多样性 生物监测

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淡水鱼类环境DNA宏条形码引物的筛选及其在千岛湖的应用 被引量：1

9

作者 周严 童璐 +4 位作者 胡文静 李志力 郝雷 刘其根 胡忠军 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期187-199,共13页

基于环境DNA(eDNA)技术的鱼类多样性监测方法因具有灵敏度高、对目标生物无伤害以及成本低等特点,近年来在国内外得到了广泛应用。eDNA方法的有效性往往取决于宏条形码引物的选择,尽管目前已经有一些鱼类环境DNA宏条形码引物,但较少有... 基于环境DNA(eDNA)技术的鱼类多样性监测方法因具有灵敏度高、对目标生物无伤害以及成本低等特点,近年来在国内外得到了广泛应用。eDNA方法的有效性往往取决于宏条形码引物的选择,尽管目前已经有一些鱼类环境DNA宏条形码引物,但较少有研究综合评估这些引物的检出效果。本研究评估了来自COI、Cytb、12S rRNA和16S rRNA基因的29对鱼类e DNA宏条形码引物(包括本研究设计的2对和从国内外文献中引用的27对引物),首先基于计算机模拟PCR(in silico PCR)进行了初步分析,随后通过高通量测序对其中效果较好的17对引物开展了更进一步的验证,结果显示:计算机模拟PCR结果良好的引物在进行高通量测序时并非全部表现良好,表明引物的筛选不能仅仅依靠计算机模拟PCR;具有更长扩增片段长度的宏条形码引物并没有获得理想中更好的扩增效果,表现效果好的引物大多是扩增片段长度处于200~300 bp之间的引物;相对于COI和Cytb而言,12S rRNA引物与16S rRNA引物均具有良好的扩增效果,适宜作为鱼类环境DNA宏条形码而用于鱼类多样性研究;同时,鉴于当前的鱼类DNA条形码数据库尚不完备以及不同引物的特性不同,使用多对引物将大大增加物种的检出概率和e DNA研究的可信性。本研究展示了eDNA在评估生物多样性方面的潜力,有助于将来的鱼类eDNA研究,从而为鱼类多样性的保护提供参考。 展开更多

关键词 Edna dna宏条形码 生物多样性 计算机模拟PCR 引物 千岛湖

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草甸草原春季不同生境东北鼢鼠(Myospalax psilurus)的食性特征及差异研究 被引量：1

10

作者 韩婷婷 商正昊妮 +4 位作者 袁帅 陈凯 叶国辉 付和平 武晓东 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期3167-3175,共9页

研究东北鼢鼠(Myospalax psilurus)在牧草返青期不同生境的食性,不仅可以明确东北鼢鼠的食性选择及主要危害对象,还可为草地鼠害精准防控提供科学依据。本文采用DNA宏条形码技术,对呼伦贝尔陈巴尔虎旗(样地1)、新巴尔虎左旗(样地2)、海... 研究东北鼢鼠(Myospalax psilurus)在牧草返青期不同生境的食性,不仅可以明确东北鼢鼠的食性选择及主要危害对象,还可为草地鼠害精准防控提供科学依据。本文采用DNA宏条形码技术,对呼伦贝尔陈巴尔虎旗(样地1)、新巴尔虎左旗(样地2)、海拉尔(样地3)、鄂温克族自治旗(样地4)、牙克石(样地5)、额尔古纳(样地6)以及兴安盟科尔沁右翼前旗(样地7)的草原区进行东北鼢鼠种群的食性特征及差异研究。结果显示,东北鼢鼠取食植物共包含34科150属203种,取食药用植物主要包括地榆(Sanguisorba officinalis)、川芎(Ligusticum scapiforme)、叉分蓼(Koenigia davisiae)、披碱草(Elymus dahuricus)和旋果蚊子草(Filipendula ulmaria)。不同生境的东北鼢鼠种群食物结构存在显著差异(P<0.05)。新巴尔虎左旗的食物多样性显著低于其他生境,而丰富度显著高于其他生境(P<0.05)。植物的空间分布差异影响不同生境东北鼢鼠种群的食物组成。 展开更多

关键词 东北鼢鼠 不同生境 食物组成 dna宏条形码

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动物食性分析在生态学中的应用研究进展——基于DNA宏条形码技术 被引量：4

11

作者 严丽君 王普 +3 位作者 施启龙 刘佳 施云娥 池利昆 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期3007-3019,共13页

动物食性分析是动物营养生态学的重要研究手段,可用于解析动物与环境因素的关联性、捕食者与猎物之间的关系,以及动物物种多样性等科学问题。近年来,基于新一代测序技术的DNA宏条形码技术被广泛应用到生态学多个研究领域,极大地促进了... 动物食性分析是动物营养生态学的重要研究手段,可用于解析动物与环境因素的关联性、捕食者与猎物之间的关系,以及动物物种多样性等科学问题。近年来,基于新一代测序技术的DNA宏条形码技术被广泛应用到生态学多个研究领域,极大地促进了生命科学交叉学科的发展。其中,DNA宏条形码技术在动物食性分析中具有高分辨、高效率、低样本量等优势,具有重要的应用前景。综述了基于DNA宏条形码技术的动物食性分析在生态学中的应用研究进展,并进一步总结了DNA宏条形码技术原理和食性分析方法,着重探讨了基于DNA宏条形码技术的动物食性分析在珍稀濒危动物保护、生物多样性监测、农业害虫防治等生态学研究领域中的应用,并对DNA宏条形码技术在动物食性分析中存在的问题及应用前景进行小结与展望。 展开更多

关键词 dna宏条形码 高通量测序 食性分析 物种鉴定 生物多样性 生物防治

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DNA宏条形码(metabarcoding)技术在中成药鉴定中的研究进展 被引量：5

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作者 高玉珍 韦瑾 +1 位作者 刘振稳 周静 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期261-264,共4页

DNA宏条形码(metabarcoding)技术是一项传统DNA条形码与高通量测序技术相结合后衍生出的研究方法,该技术可快速、简便、有效地从多物种混合的生物样本中识别、还原其中的生物种类,目前在环境生物学研究中得到广泛运用。在市售中成药领域... DNA宏条形码(metabarcoding)技术是一项传统DNA条形码与高通量测序技术相结合后衍生出的研究方法,该技术可快速、简便、有效地从多物种混合的生物样本中识别、还原其中的生物种类,目前在环境生物学研究中得到广泛运用。在市售中成药领域,掺伪、质量不稳定等因素严重制约了相关产业的可持续发展。该文介绍了DNA宏条形码技术的相关背景及其在中成药鉴定中的初步应用情况,同时还简述了研究过程中可能存在的问题并对DNA宏条形码技术发展进行了展望。 展开更多

关键词 dna宏条形码 中成药 分子鉴定 物种

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东北虎豹国家公园植物DNA微条形码数据库 被引量：1

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作者 吴峰 温佩颖 +5 位作者 唐志珍 李青鉴 朱頔 王天明 葛剑平 王红芳 《北京师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期623-628,共6页

DNA宏条形码技术已成为环境DNA分析的常用手段,选择合适的引物并建立本地微条形码数据库,对于环境DNA结果的进一步探究十分重要.本文通过数字模拟PCR技术,对食草动物环境DNA研究中常用的3个微条形码进行比较,发现psbCL具有最高或略低于... DNA宏条形码技术已成为环境DNA分析的常用手段,选择合适的引物并建立本地微条形码数据库,对于环境DNA结果的进一步探究十分重要.本文通过数字模拟PCR技术,对食草动物环境DNA研究中常用的3个微条形码进行比较,发现psbCL具有最高或略低于最高的覆盖度和分辨率,在环境DNA分析中推荐优先使用.利用psbCL建立了东北虎豹国家公园本地微条形码库,同时利用psbCL扩增梅花鹿粪便中的进食物种,以比较本地微条形码库和公共数据库在物种鉴别能力方面的差异.结果表明,本地数据库在属和种水平均提高了鉴别能力.因此,本研究推荐环境DNA分析中建立本地微条形码库,以提高研究的精度,本研究所建立的东北虎豹国家公园植物DNA微条形码数据库也将为未来高精度的环境DNA分析提供基础. 展开更多

关键词 植物dna微条形码 环境dna dna宏条形码 条形码数据库 psbCL

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基于环境DNA宏条形码的汉江上游黄金峡段鱼类多样性研究 被引量：1

14

作者 丁洋 李艳艳 +3 位作者 赵进勇 彭文启 张晶 任锦豪 《北京大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期157-164,共8页

2020年,采用环境DNA宏条形码对汉江上游黄金峡鱼类多样性进行研究,并对比历史调查数据,构建汉江上游黄金峡段鱼类名录。从9个采样点中共检测出20种鱼类,占名录的45.45%;鲤鱼(Cyprinus_car-pio)、鲫鱼(Carassius_auratus)、圆吻鲴(Distoe... 2020年,采用环境DNA宏条形码对汉江上游黄金峡鱼类多样性进行研究,并对比历史调查数据,构建汉江上游黄金峡段鱼类名录。从9个采样点中共检测出20种鱼类,占名录的45.45%;鲤鱼(Cyprinus_car-pio)、鲫鱼(Carassius_auratus)、圆吻鲴(Distoechodon_tumirostris)和银鮈(Squalidus_argentatus)为优势种;黄金峡上、下游Shannon指数存在显著性差异(P<0.01,n=9),上游鱼类Shannon指数明显大于下游,黄金峡水利枢纽是造成鱼类多样性空间差异的主要原因。环境DNA检测出的鱼类组成与过去传统方法监测的结果相近。环境DNA宏条形码技术是一种新兴的生物监测手段,可以辅助传统鱼类监测方法,快速检测汉江上游鱼类多样性及其空间分布。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 鱼类多样性 汉江上游黄金峡段

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基于粪便DNA宏条形码的人工草地放牧绵羊采食组分研究

15

作者 郭艳萍 王月君 +3 位作者 彭思嘉 左淑贤 张英俊 罗海玲 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期3043-3051,共9页

准确获取食草动物食性数据有助于了解草地放牧家畜的营养状况,同时也对掌握草地植物群落的动态变化具有重要意义。本研究通过从滩羊粪便样本中提取DNA,利用ITS2条形码和粪便DNA宏条形码技术(fDNA metabarcoding),基于出现频率(Frequency... 准确获取食草动物食性数据有助于了解草地放牧家畜的营养状况,同时也对掌握草地植物群落的动态变化具有重要意义。本研究通过从滩羊粪便样本中提取DNA,利用ITS2条形码和粪便DNA宏条形码技术(fDNA metabarcoding),基于出现频率(Frequency of occurrence,FO)和相对序列丰度(Relative read abundance,RRA)两个指标快速分析获得粪便中的物种组成。分析获得的滩羊食物组成包含28个植物类群,主要有藜属(Chenopodium sp.)、苜蓿属(Medicago sp.)、蒿属(Artemisia sp.)等隶属于13科23属,其中27个鉴定到种水平,物种鉴定分辨率高达96%。藜属FO和RRA均最高,分别为100.0%和31.5%,其次为紫花苜蓿(Medicago sativa),分别为100.0%和26.9%。基于两种算法分析得到的食物比例具有差异性和一致性,其中紫花苜蓿是放牧滩羊的主要采食来源,但摄入比例需要校正。研究证明了基于ITS2片段的粪便DNA宏条形码技术在食草家畜快速准确食性分析中的可行性,为此类研究提供了有力借鉴。建议采用该技术时应完善潜在摄食植物DNA条形码数据库,准确分析目标家畜在特定区域内的采食种类。 展开更多

关键词 绵羊 食性 dna宏条形码 ITS2 物种鉴定

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基于DNA宏条形码技术的斑海豹食性分析

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作者 高祥刚 夏莹 +3 位作者 王震 邢衍阔 鹿志创 田甲申 《野生动物学报》 北大核心 2024年第3期498-503,共6页

野生动物食性研究是掌握动物生境需求的核心内容,对野生动物的保护和管理具有重要意义。在我国辽东湾斑海豹(Phoca largha)传统繁殖地和盘锦栖息地海域采集其粪便,选用12S rRNA作为分子标记进行粪便DNA扩增,利用高通量测序鉴定其食物组... 野生动物食性研究是掌握动物生境需求的核心内容,对野生动物的保护和管理具有重要意义。在我国辽东湾斑海豹(Phoca largha)传统繁殖地和盘锦栖息地海域采集其粪便,选用12S rRNA作为分子标记进行粪便DNA扩增,利用高通量测序鉴定其食物组成。结果发现:在斑海豹粪便中共鉴定出鱼类16种,隶属5目8科13属。食物组成的相对丰度显示:梭鱼(Liza haematocheilus)为绝对优势的饵料食物(40.72%),其次为鰕虎科(Gobiidae)种类(23.18%)。属水平不同采样群体的相对丰度显示:2021年、2023年辽东湾北部冰区和2023年盘锦辽河口栖息地排在前3位的种类分别是梭属(Liza)31.91%、矛尾鰕虎属(Chaeturichthys)14.06%和缟鰕虎属(Tri⁃dentiger)8.39%,梭属42.37%、复鰕虎属(Acanthogobius)14.06%和矛尾鰕虎属11.17%,及梭属47.93%、矛尾鰕虎属13.93%和绵鳚属(Zoarces)12.18%,分别合计占斑海豹3个群体食物组成相对丰度的54.36%、67.60%和74.04%。研究结果与辽东湾北部的渔业资源优势物种一致,表明斑海豹为广食性物种,其食物组成主要取决于栖息海域、季节及主要猎物种类的丰度。 展开更多

关键词 斑海豹 dna宏条形码 12S rRNA 食性分析 繁育期

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阿尔金山国家级自然保护区同域食肉目动物的食性组成和营养生态位分化

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作者 丛微 张溢 +6 位作者 黄太福 李佳 徐俊泉 张圣发 李欢 薛亚东 张于光 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期695-705,共11页

比较同域食肉目动物的食性能够揭示它们在资源利用上的差异和重叠程度,是了解物种间相互作用和生态系统稳定性的重要途径。本研究利用DNA宏条形码技术,对在阿尔金山国家级自然保护区内收集的338份食肉目动物粪便样品进行物种鉴定及食性... 比较同域食肉目动物的食性能够揭示它们在资源利用上的差异和重叠程度,是了解物种间相互作用和生态系统稳定性的重要途径。本研究利用DNA宏条形码技术,对在阿尔金山国家级自然保护区内收集的338份食肉目动物粪便样品进行物种鉴定及食性组成、相似性和营养生态位重叠分析。结果共鉴定出8种食肉目动物,分别为雪豹(Panthera uncia)、猞猁(Lynx lynx)、狼(Canis lupus)、豺(Cuon alpinus)、赤狐(Vulpes vulpes)、藏狐(V.ferrilata)、棕熊(Ursus arctos)和石貂(Martes foina)。共鉴定出11目22种猎物,其中鲸偶蹄目(36.59%)和兔形目(24.39%)在食肉目动物食谱中出现频率最高,岩羊(Psuedois nayaur)是鲸偶蹄目中相对出现频率最高的物种,灰尾兔(Lepus oiostolus)是兔形目中相对出现频率最高的物种。藏野驴(Equus kiang)是相对出现频率最高的猎物,占食肉目动物食谱的20.12%。在不同食肉目动物物种间,棕熊与狼食性重叠最高(Ojk=0.797),其次是雪豹与豺(Ojk=0.764),表明这些物种间存在明显的食物资源竞争;而藏狐和赤狐等物种间的食性重叠相对较低,表明这些物种间可能形成了营养生态位分化。本研究掌握了阿尔金山国家级自然保护区食肉目动物的食性组成及其营养生态位分化,有助于更好地理解不同物种间的竞争和共存关系,并为物种保护提供科学依据。 展开更多

关键词 营养生态位 种间竞争 物种鉴定 食性组成 dna宏条形码

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粪便显微分析和DNA宏条形码技术在野猪食性分析中的应用和比较 被引量：4

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作者 宫爽 张萍 +2 位作者 栾雪 包衡 姜广顺 《野生动物学报》 北大核心 2022年第3期645-653,共9页

有蹄类动物食性分析对基础生态学研究乃至大型濒危食肉动物保护与恢复有重要科学价值。食物组成定量化有很多方法,常用的方法有粪便显微分析和DNA宏条形码技术,但各有其优缺点。2014年12月—2016年3月,在珲春、汪清、黄泥河、天桥岭和穆... 有蹄类动物食性分析对基础生态学研究乃至大型濒危食肉动物保护与恢复有重要科学价值。食物组成定量化有很多方法,常用的方法有粪便显微分析和DNA宏条形码技术,但各有其优缺点。2014年12月—2016年3月,在珲春、汪清、黄泥河、天桥岭和穆棱5个地区收集了野猪(Sus scrofa)新鲜粪便样品,运用粪便显微分析和DNA宏条形码技术比较研究了冬季野猪食性。仅对比分析了野猪植物性食物,通过粪便显微分析获得的野猪食物组成包含32属植物,比例大于4%的主要食物有木贼属(Equisetum,(22.76±1.87)%)、松属(Pinus,(22.56±1.73)%)、薹草属(Carex,(25.41±2.09)%)和苔藓(Bryophyta,(4.95±1.02)%);通过DNA宏条形码技术分析获得的野猪食物组成包含60属植物,比例大于4%的主要食物有薹草属(30.02±5.95)%、唐菖蒲属(Gladiolus,(18.76±4.12)%)、胡桃属(Juglans,(6.63±3.84)%)、蚊子草属(Filipendula,(5.23±2.79)%)、榛属(Corylus,(4.23±1.60)%)和绣线菊属(Spiraea,(4.93±4.06)%)。通过分析野猪食物多样性,珲春、汪清和穆棱地区粪便显微分析显著高于DNA宏条形码技术分析得到的食物物种丰富度,黄泥河地区粪便显微分析显著低于DNA宏条形码技术分析得到的Shannon-Wiener指数和生态位宽度,珲春地区粪便显微分析显著高于DNA宏条形码技术分析得到的食物均匀度指数。粪便显微分析和DNA宏条形码技术分析得到的食物选择种类和比例具有一定的差异性和一致性,其中,DNA宏条形码技术可分析得到更多的草本类食物种类。因此,建议采用粪便显微分析法时应综合考量采食范围与采食情况,全面分析出采食种类和比例;采用DNA宏条形码技术时应尽量完善目标动物食源DNA条形码数据库,准确分析出目标动物在活动范围内采食种类。 展开更多

关键词 野猪 食性 粪便显微分析 dna宏条形码

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基于DNA宏条形码研究四川老君山国家级自然保护区6种同域共存小型哺乳动物的食性 被引量：3

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作者 彭步青 陶玲 +5 位作者 李靖 范荣辉 陈顺德 付长坤 王琼 唐刻意 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期72-85,共14页

揭示物种共存的发生和维持机制对于群落生态学理论的发展具有重要意义,同时也是生物多样性和保护生物学研究的热点之一。生态位分化是同域分布物种实现共存的重要原因之一。为了解同域分布的多种小型哺乳动物的共存机制,本研究采用DNA... 揭示物种共存的发生和维持机制对于群落生态学理论的发展具有重要意义,同时也是生物多样性和保护生物学研究的热点之一。生态位分化是同域分布物种实现共存的重要原因之一。为了解同域分布的多种小型哺乳动物的共存机制,本研究采用DNA宏条形码技术对四川老君山国家级自然保护区内的6种小型哺乳动物胃内容物进行分子食性分析,解析其夏季食物组成特征,并计算和比较种间食物的多样性、生态位宽度和重叠指数。结果表明:(1)鳞翅目(相对丰度:3.76%–42.33%)和双翅目(2.59%–62.63%)是6种小型哺乳动物的主要动物性食物,禾本目(0.02%–45.33%)和豆目(0.19%–38.95%)为其主要植物性食物。6种小型哺乳动物取食主要动植物性食物的相对丰度存在种间差异。(2)黄胸鼠(Rattus tanezumi)和淡灰黑齿鼩鼱(Blarinella griselda)的属水平动物性食物显著重叠(O_(jk)=0.63);其余物种间的营养生态位存在一定程度重叠,但在主要食物的构成和组成比例上存在明显差异;(3)6种小型哺乳动物的动物性食物α多样性存在明显种间差异,而植物性食物α多样性在6种小型哺乳动物之间差异不显著,其中社鼠(Niviventer confucianus)食物多样性最高,其动植物营养生态位宽度(8.2–11.1)均高于其余物种。以上结果表明6种小型哺乳动物的食物组成存在一定程度重叠,但在主要食物上出现分离,它们可能通过对主要食物摄食种类和比例的分化来减少竞争,实现长期共存。本研究为揭示四川老君山地区多种小型哺乳动物物种多样性的维持机制提供理论依据,也为该地区鼠形动物的生态管理提供参考。考虑到本研究在样本量和时间尺度上的局限性,未来基于营养生态位对多种小型哺乳动物进行同域共存机制研究时建议适当增加取样的时空跨度,更多的样本量能更好地反映种间关系。 展开更多

关键词 同域共存 食物组成 dna宏条形码 营养生态位

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两种分析方法在豹猫食物构成中的应用比较 被引量：3

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作者 滕扬 盖立新 +3 位作者 李建 房新民 杨南 鲍伟东 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期50-58,共9页

豹猫(Prionailurus bengalensis)作为北京地区的顶级食肉动物,对于维持食物网结构和生态系统稳定性起到重要的生态作用。对于捕食动物食物构成研究,较为简便的方法是粪样内容物检视法,而粪样残余物DNA鉴定技术具有更为准确细致的优势,... 豹猫(Prionailurus bengalensis)作为北京地区的顶级食肉动物,对于维持食物网结构和生态系统稳定性起到重要的生态作用。对于捕食动物食物构成研究,较为简便的方法是粪样内容物检视法,而粪样残余物DNA鉴定技术具有更为准确细致的优势,但也存在不足,探索不同方法的优势互补,将有助于提高技术应用成效。本研究利用DNA宏条形码技术与粪样内容物分析法,对采集自北京市4个自然保护区的71份豹猫粪样进行食物构成分析,比较两种分析方法的特点,了解豹猫的食物资源利用状况。结果显示,DNA宏条形码技术共鉴别出36种猎物,来自10目22科,4个保护区的豹猫食性具有显著差异,百花山、松山、云蒙山保护区的豹猫食物种类的出现比率均以小型哺乳类为主,其中对鼠类的捕食比例最高,对鸟类的捕食次之,而分布于云峰山保护区的豹猫对鸟类捕食比例最高,对鼠类的捕食次之。粪样内容物分析法鉴别出9类猎物,其中包括昆虫和植物两种DNA宏条形码技术未检出的食物,4个保护区的豹猫食物均以鼠类和鸟类为主,且最多检测出鼠类数量为3只、鸟类2只,次要食物则为植物和昆虫。两种方法均显示北社鼠(Niviventer confucianus)、中华姬鼠(Apodemus draco)、黑线姬鼠(A.agrarius)被取食的频率最高。本研究基于DNA宏条形码技术鉴定出动物性猎物种类较为齐全,粪样内容物分析法能够区分猎物个体数量,实现了在豹猫食性分析中的互补效应,同时,本研究发现了豹猫的食物组成特点,为后续深入开展捕食动物种间共存提供了基础信息。 展开更多

关键词 豹猫 非损伤性取样 dna宏条形码 粪样内容物分析法 食物组成

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