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Ginsenoside Rg1 ameliorates oxidative stress and myocardial apoptosis in streptozotocin-induced diabetic rats 被引量:26
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作者 Hai-tao YU Juan ZHEN +2 位作者 Bo PANG Jin-ning GU Sui-sheng WU 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2015年第5期344-354,共11页
We evaluated the cardioprotective effects of ginsenoside Rg1 in a diabetic rat model induced with high-fat diet and intraperitoneal injection of streptozotocin. Ginsenoside Rg1 was injected intraperitoneal y for 12 we... We evaluated the cardioprotective effects of ginsenoside Rg1 in a diabetic rat model induced with high-fat diet and intraperitoneal injection of streptozotocin. Ginsenoside Rg1 was injected intraperitoneal y for 12 weeks. Myocardial injury indices and oxidative stress markers were determined. Changes in cardiac ultrastructure were evaluated with transmission electron microscopy. Myocardial apoptosis was assessed via terminal deoxynucleotidyl transferase (TDT)-mediated DNA nick-end labeling (TUNEL) and immunohistochemistry. Ginsenoside Rg1 was as-sociated with a significant dose-dependent reduction in serum levels of creatinine kinase MB and cardiac troponin I, and lessened ultrastructural disorders in diabetic myocardium, relative to the untreated diabetic model rats. Also, compared with the untreated diabetic rats, significant reductions in serum and myocardial levels of malondialdehyde were noted in the ginsenoside Rg1-treated groups, and increased levels of the antioxidants (superoxide dismutase, catalase, and glutathione peroxidase) were detected. TUNEL staining indicated reduced myocardial apoptosis in ginsenoside Rg1-treated rats, which may be associated with reduced levels of caspase-3 (CASP3) and increased levels of B-cell lymphoma-extra-large (Bcl-xL) in the diabetic myocardium. Ginsenoside Rg1 treatment of diabetic rats was associated with reduced oxidative stress and attenuated myocardial apoptosis, suggesting that ginsenoside Rg1 may be of potential preventative and therapeutic value for cardiovascular injury in diabetic patients. 展开更多
关键词 Ginsenoside Rg1 Diabetic cardiomyopathy Oxidative stress APOPTOSIS caspase-3 casp3
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CASP3与Cleaved-CASP3在肺癌中的表达及意义 被引量:19
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作者 黄健清 梁红玲 +3 位作者 张绪超 谢至 刘海鹰 黄青 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2012年第8期1247-1250,共4页
目的:探讨凋亡信号分子CASP3、C-CASP3在肺癌与癌旁中的表达差异及其与临床参数的关系意义。方法:制备非小细胞肺癌患者的癌与癌旁组织石蜡标本的组织芯片。采用免疫组织化学方法检测分析CASP3、C-CASP3凋亡分子在组织中的蛋白表达水平... 目的:探讨凋亡信号分子CASP3、C-CASP3在肺癌与癌旁中的表达差异及其与临床参数的关系意义。方法:制备非小细胞肺癌患者的癌与癌旁组织石蜡标本的组织芯片。采用免疫组织化学方法检测分析CASP3、C-CASP3凋亡分子在组织中的蛋白表达水平。结果:非配对的癌(n=139)与癌旁组织(n=25)中凋亡相关分子表达水平:非参数秩和检验结果提示CASP3、C-CASP3两组间比较发现在癌组织均有显著性差异的升高表达(P<0.01);双变量相关分析显示CASP3与C-CASP3之间相关性存在统计学显著性意义。凋亡分子表达与临床病理、生存因素之间的关系:C-CASP3在非鳞癌中表达高于鳞癌(P<0.05);KaplanMeir生存曲线法分析提示Ⅰ~Ⅱ期患者中CASP3表达水平与PFS存在负相关趋势(P=0.094)。结论:肺癌组织较癌旁组织凋亡分子表达均上调,CASP3可能成为可进行药物干预的分子标志物和靶点。C-CASP3在非鳞癌中表达高于鳞癌,在非鳞癌组织类型亚群患者中CASP3更可能作为潜在的干预靶点激活为C-CASP3而促进肿瘤细胞凋亡。CASP3可能是PFS的独立预后因子。 展开更多
关键词 肺肿瘤 凋亡 组织芯片 casp3
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基于网络药理学和分子对接技术探讨生脉注射液抗新型冠状病毒肺炎的作用机制 被引量:21
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作者 王梁凤 李慧婷 +6 位作者 王堯 柳小莉 陈青垚 徐杰 杨明 张小飞 王芳 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2977-2987,共11页
目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscap... 目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscape3.7.1构建活性成分-作用靶点网络图;在GeneCards及OMIM数据库中以"coronavirus pneumonia"为关键词搜索冠状病毒肺炎相关疾病靶点,与生脉注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点,将共同靶点导入STRING数据库获取数据后在Cytoscape 3.7.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用R语言进行GO(gene ontology)功能、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,预测其作用机制,并构建"成分-靶点-通路"网络图;通过DiscoveryStudio 2.5软件对关键靶点进行分子对接分析。结果生脉注射液筛选得到22个活性化合物,分别为邻苯二甲酸二辛酯、β-谷甾醇、当归酰基戈米辛O、戈米辛A、戈米辛R、五味子丙素、内南五味子酯乙、长南酸、南五味子内酯、香蒲木脂素B、新杜松烷酸A、新杜松烷酸B、新杜松烷酸C、新南五味子木脂宁、五味子内酯A、五味子内酯E、五味子酸、尿苷、薯蓣皂苷元、鸟嘌呤核苷、N-反式阿魏酰酪胺、豆甾醇。相应作用靶点224个,与COVID-19的共同靶点16个,分别为CASP3、CASP8、PTGS2、BCL2、BAX、PRKCA、PTGS1、PIK3CG、F10、NOS3、DPP4、NOS2、TLR9、ACE、ICAM1、PRKCE,关键靶点涉及CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3、ICAM1。GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目771个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目79个。KEGG通路富集分析筛选得到67条(P<0.05)信号通路,主要涉及糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、凋亡通路、P53信号通路、小细胞肺癌通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺。结论生脉注射� 展开更多
关键词 生脉注射液 新型冠状病毒肺炎 网络药理学 分子对接 KEGG通路富集分析 成分-靶点-通路 casp3 PTGS2 NOS2 NOS3 ICAM1 五味子内酯E 豆甾醇 N-反式阿魏酰酪胺 抗炎 免疫调节 抗休克 增加血氧饱和度
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青藤碱抗肝癌作用机制研究 被引量:14
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作者 王高峰 张强 张利娟 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期688-692,共5页
目的:探讨青藤碱对Hep G2人肝癌细胞株的增生和转移能力的多靶向作用机制。方法:运用噻唑蓝还原法(MTT)来检测青藤碱对Hep G2人肝癌细胞株的抗增殖作用,而同时运用Transwell法来检测药物对于细胞转移能力的作用变化;间接荧光标记法测定... 目的:探讨青藤碱对Hep G2人肝癌细胞株的增生和转移能力的多靶向作用机制。方法:运用噻唑蓝还原法(MTT)来检测青藤碱对Hep G2人肝癌细胞株的抗增殖作用,而同时运用Transwell法来检测药物对于细胞转移能力的作用变化;间接荧光标记法测定经过不同浓度的青藤碱作用后,细胞内活性氧水平的变化;利用酶抑制动力学方法,研究青藤碱对逆转录酶的抑制作用;再通过逆转录聚合酶链式反应和蛋白质印迹的实验来检测Hep G2细胞中凋亡蛋白水平的变化。结果:青藤碱对Hep G2人肝癌细胞株具有抗侵袭及转移的治疗作用。MTT检测结果显示青藤碱对于Hep G2人肝癌细胞抗增殖作用明显,半抑制浓度IC50为(15.35±2.43)μmol/L;而Transwell法的结果显示青藤碱对癌细胞有较好的抗转移能力;青藤碱是一种有效的逆转录酶抑制剂,IC50为(21.32±2.43)μmol/L;荧光标记法检测细胞内活性氧水平随青藤碱呈浓度依赖性升高;蛋白水平测定显示青藤碱上调Hep G2人肝癌细胞CASP3、CASP9、CAV1和下调SOX2的表达。结论:青藤碱可能是通过上调CASP3、CASP9、CAV1和下调SOX2的表达,进而抑制人肝癌细胞的增殖和转移,调节相关信号通路,最终在分子水平证明青藤碱对Hep G2人肝癌细胞的抑制作用。 展开更多
关键词 青藤碱 HEPG2人肝癌细胞 活性氧水平 逆转录酶 casp3 casp9 CAV1 SOX2
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基于网络药理学的脑震宁颗粒治疗脑外伤的机制分析 被引量:16
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作者 卢紫娟 刘海霞 +5 位作者 李昆 秦正国 秦雪梅 杜冠华 朱平 李震宇 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第15期3531-3540,共10页
目的借助网络药理学技术预测脑震宁颗粒主要成分的潜在作用靶点,探讨其治疗脑外伤多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法依据反向分子对接服务器(DRAR-CPI)和Coo LGe N数据库预测和筛选脑震宁颗粒主要成分的作用靶点;采用Cytoscape软件C... 目的借助网络药理学技术预测脑震宁颗粒主要成分的潜在作用靶点,探讨其治疗脑外伤多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法依据反向分子对接服务器(DRAR-CPI)和Coo LGe N数据库预测和筛选脑震宁颗粒主要成分的作用靶点;采用Cytoscape软件Clue GO插件对靶点进行GO富集分析,借助生物信息学注释数据库(DAVID)对获取的靶点信息进行KEGG通路注释分析;采用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点-通路-疾病网络。结果脑震宁颗粒的33个主要成分涉及丝裂原活化蛋白激酶-1(MAPK1)、胱天蛋白酶-3(CASP3)、糖原合成酶激酶-3β(GSK3B)等34个靶点,GO富集分析和KEGG通路注释分析提示脑震宁颗粒可作用于活性氧的生物合成、平滑肌细胞增殖等生物过程,以及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、MAPK通路、JAK/STAT、m TOR等信号转导通路;网络分析显示脑震宁颗粒的作用机制可能与调控氧化应激、抑制炎症反应和神经细胞凋亡、调节脑内硫化氢生成和纤溶酶原(PLG)活性、改善认知功能及脑外伤后抑郁等相关。结论揭示了脑震宁颗粒多成分、多靶点、多通路的作用机制,为进一步深入研究脑震宁颗粒药效物质基础及作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 脑震宁颗粒 网络药理学 脑震荡 脑外伤 作用机制 丝裂原活化蛋白激酶-1 胱天蛋白酶-3 糖原合成酶激酶-3Β
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CASP3基因一个新的功能性SNP rs72689236与川崎病相关性的Meta分析 被引量:14
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作者 彭茜 陈昌辉 +1 位作者 吴青 杨元 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期477-483,共7页
目的综合分析半胱氨酸蛋白酶3基因(CASP3)一个新的功能性单核苷酸多态位点(SNP)rs72689236与川崎病发生发展的相关性。方法国内外数据库中检索川崎病与CASP3基因相关性研究的文献,根据纳入与排除标准筛选文献,获取2012年11月以前公开发... 目的综合分析半胱氨酸蛋白酶3基因(CASP3)一个新的功能性单核苷酸多态位点(SNP)rs72689236与川崎病发生发展的相关性。方法国内外数据库中检索川崎病与CASP3基因相关性研究的文献,根据纳入与排除标准筛选文献,获取2012年11月以前公开发表的病例-对照研究与家系传递不平衡研究(TDT)的资料,结合作者的相关研究结果,评价质量后采用RevMan 5.1软件进行Meta分析。结果川崎病患者中rs72689236的A等位基因频率显著增高(P<0.001,OR=1.34,95%CI:1.24~1.46)。rs72689236风险等位基因A的携带者(AG+AA)相较于GG个体,患病风险增加约44%(P<0.001,OR=1.44,95%CI:1.27~1.65)。该SNP的风险等位基因A增加了川崎病并发冠状动脉损伤的风险(P=0.01,OR=1.51,95%CI:1.10~2.07),携带风险等位基因A的川崎病患者相比于非携带者,并发冠状动脉损伤的风险增加约59%(P=0.05,OR=1.59,95%CI:1.00~2.53)。未发现该SNP与川崎病患者静脉注射免疫球蛋白(IVIG)疗效相关联的证据。结论 CASP3基因功能性SNP rs72689236的A等位基因增加了川崎病的发生风险,该SNP的风险等位基因有可能作为川崎病并发冠状动脉损伤的易感遗传标记。目前还没有足够的证据提示该SNP对川崎病的重要治疗手段IVIG的疗效存在影响,需要更多的相关研究以进一步评价其应用于临床个体化治疗方案选择的可行性。 展开更多
关键词 川崎病 冠状动脉损伤 静脉注射免疫球蛋白 半胱氨酸蛋白酶3基因 META分析
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基于网络药理学探究百部止咳作用的机制及实验验证 被引量:11
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作者 刘畅 梁爽 +3 位作者 郭雨莹 姜焱 蒙艳丽 王伟明 《现代药物与临床》 CAS 2022年第3期493-502,共10页
目的 利用网络药理学探讨百部发挥止咳作用的活性成分、作用靶点及相关通路,探究百部止咳的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取并筛选百部主要活性成分及其对应的作用靶点,利用Uniprot蛋白质数据库将作用靶... 目的 利用网络药理学探讨百部发挥止咳作用的活性成分、作用靶点及相关通路,探究百部止咳的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取并筛选百部主要活性成分及其对应的作用靶点,利用Uniprot蛋白质数据库将作用靶点标准化,利用Cytoscape构建百部“成分–靶点”网络;利用GeneCards获取并筛选疾病“咳嗽”的作用靶点,利用VENNY获取交集靶点,将结果提交至String平台,获取蛋白质–蛋白质相互作用(PPI)网络;使用metascape进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并通过微生信平台将结果进行可视化,根据与咳嗽相关程度对通路进行筛选,利用Cytoscape构建百部“成分–靶点–通路”网络。利用RT-PCR法检测前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)、胱天蛋白酶3(CASP3)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)m RNA水平上的表达变化。结果 获取及筛选得到百部活性成分28个,作用靶点96个,咳嗽靶点1 170个,交集靶点39个;GO功能富集分析显示其与对雌二醇、类固醇激素、脂多糖、药物的反应及血管形态发生及血管发育等相关,KEGG通路富集分析显示其与T细胞受体信号通路、Nod样受体信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路、NF-κB信号通路等相关。RT-PCR结果表明百部对PTGS2、CASP3、MAPK14表达有明显的抑制作用。结论 百部可能通过抑制PTGS2、CASP3、MAPK14因子的表达发挥止咳作用,为探究百部止咳的作用机制提供了理论参考。 展开更多
关键词 百部 咳嗽 作用机制 网络药理学 前列腺素内过氧化物合成酶2 胱天蛋白酶3 丝裂原活化蛋白激酶14
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CASP3和CASP7基因多态性与噪声性听力损失易感性关系 被引量:7
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作者 齐明键 高鹤 +5 位作者 曹承建 邵玉仙 谭晓华 张进霞 吴茵茵 杨磊 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期905-911,共7页
目的探讨细胞凋亡通路相关基因CASP3和CASP7多态性与中国汉族人群噪声性听力损失(NIHL)易感性之间的关联。方法研究对象来自2014年杭州市1 549名噪声接触工人听力损失的横断面调查,采用1:1配对病例对照研究,病例组为电测听双耳高频平均... 目的探讨细胞凋亡通路相关基因CASP3和CASP7多态性与中国汉族人群噪声性听力损失(NIHL)易感性之间的关联。方法研究对象来自2014年杭州市1 549名噪声接触工人听力损失的横断面调查,采用1:1配对病例对照研究,病例组为电测听双耳高频平均听阈>25 d B(A)的工人,对照组为性别、年龄、接噪工龄、工作岗位与病例匹配且双耳所有频段听阈均≤25 d B(A)的工人,共272对。PCR-LDR法检测2个SNP位点的基因型。采用多因素条件logistic回归模型分析SNP位点与NIHL的关联,并以叉生分析计算基因-环境交互作用。结果χ~2检验分析发现,CASP3基因rs1049216等位基因(C、T)频率组间分布有统计学差异(OR=0.68,95%CI=0.50~0.93),而基因型频率组间差异无统计学意义(P>0.05);CASP7基因rs10787498等位基因及基因型频率组间分布均无统计学意义(P>0.05);多因素条件logistic回归显示,CASP3基因rs1049216中,与野生基因型CC相比,突变基因型(CT+TT)为NIHL的保护因素(调整OR=0.65,95%CI=0.43~0.97);叉生分析表明rs1049216位点与文化程度、睡眠时间存在交互作用(P≤0.001),NIHL的危险性降低(OR值变小)。结论 CASP3基因rs1049216位点可能与中国汉族人群NIHL易感性有关,且可能与文化程度、睡眠时间存在交互作用。 展开更多
关键词 casp3 casp7 噪声性听力损失 单核苷酸多态性
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β-谷甾醇对增生性瘢痕成纤维细胞作用机制的网络药理学分析 被引量:1
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作者 左俊 马少林 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第2期216-223,共8页
背景:目前针对增生性瘢痕有效的预防和治疗措施仍然有限。而大多数植物中草药不良反应小且来源丰富,为预防和治疗增生性瘢痕提供了新的思路和方法。目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨植物来源β-谷甾醇作用于增生性瘢痕成纤维细胞... 背景:目前针对增生性瘢痕有效的预防和治疗措施仍然有限。而大多数植物中草药不良反应小且来源丰富,为预防和治疗增生性瘢痕提供了新的思路和方法。目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨植物来源β-谷甾醇作用于增生性瘢痕成纤维细胞的潜在分子机制,并通过细胞学实验进行初步验证。方法:通过网络药理学方法,利用相关数据库及软件筛选β-谷甾醇的药物靶点,获取增生性瘢痕相关疾病靶点,取交集得到β-谷甾醇作用于增生性瘢痕的潜在作用(交集)靶点,使用Cytoscape软件和STRING数据库构建“药物-靶点-疾病”网络和蛋白质互作网络(PPI),同时筛选出PPI中核心作用靶点。通过DAVID数据库对交集靶点进行GO生物学功能和KEGG通路富集分析,结合文献分析进一步确立与交集靶点关系密切的信号通路及核心靶点基因,应用AutoDock软件对β-谷甾醇和核心靶点蛋白进行分子对接。采用体外细胞实验验证β-谷甾醇对人增生性瘢痕成纤维细胞增殖、凋亡、细胞周期分布和核心靶点基因mRNA表达的影响。结果与结论:①β-谷甾醇和增生性瘢痕的交集靶点共56个,PPI网络中筛选出10个核心靶点:酪氨酸激酶(SRC)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、载脂蛋白E(APOE)、雌激素受体1(ESR1)、固醇调节元件结合转录因子1(SREBF1)、过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)、C-反应蛋白(CRP)、细胞间黏附分子1(ICAM1)和过氧化氢酶(CAT)。②结合文献报道和KEGG通路、GO功能分析结果,进一步认定MAPK信号通路与交集靶点关系密切,确定MAPK3(即为ERK1-MAPK)、CASP3、P53和肿瘤坏死因子为其核心靶点。③分子对接结果提示β-谷甾醇与核心靶点蛋白结合良好。④细胞实验结果表明,100μmol/L的β-谷甾醇能抑制增生性瘢痕成纤维细胞增殖,降低线粒体膜电位、诱导细胞凋亡(P<0.01),使G1期细胞占� 展开更多
关键词 增生性瘢痕 成纤维细胞 Β-谷甾醇 细胞凋亡 MAPK3(ERK1-MAPK) 肿瘤坏死因子 casp3 P53 网络药理学 细胞周期
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基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪甲苷抗抑郁的作用机制 被引量:7
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作者 朱岳 黄东梅 +2 位作者 鞠营辉 王梦琳 吴睿 《现代药物与临床》 CAS 2022年第11期2465-2474,共10页
目的采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪甲苷抗抑郁的潜在作用机制。方法通过GEO、DrugBank、TTD、DisGeNet、GeneCards数据库获得抑郁症疾病靶点,检索PharmMapper和SwissTargetPrediction数据库获得黄芪甲苷的预测靶点。使用R软件V... 目的采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪甲苷抗抑郁的潜在作用机制。方法通过GEO、DrugBank、TTD、DisGeNet、GeneCards数据库获得抑郁症疾病靶点,检索PharmMapper和SwissTargetPrediction数据库获得黄芪甲苷的预测靶点。使用R软件Venn包获取黄芪甲苷与抑郁症的交集靶点基因,利用STRING网站与Cytoscape软件获得蛋白相互作用(PPI)网络,并通过R软件clusterprofile包对潜在作用靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;使用Autodock Vina 1.1.2软件进行分子对接。结果黄芪甲苷治疗抑郁症的相关靶点共107个,主要为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、表皮生长因子受体(EGFR)和胱天蛋白酶3(CASP3)。这些核心靶点作用于钙离子信号通路、MAPK信号通路、磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路以及神经活性配体–受体相互作用信号通路等发挥抗抑郁作用,分子对接显示黄芪甲苷能与核心靶点均能较好的结合。结论黄芪甲苷治疗抑郁症具有多靶点、多通路协同的特点,可通过改善细胞凋亡、促进神经再生、调节神经炎症以及调节单胺类神经递质传递发挥协调抗抑郁作用。 展开更多
关键词 黄芪甲苷 抑郁症 网络药理学 丝裂原活化蛋白激酶1 表皮生长因子受体 胱天蛋白酶3 磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B信号通路
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高三尖杉酯碱通过上调casp3和casp8表达发挥对骨肉瘤细胞系的抑制作用 被引量:4
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作者 钟厚成 朱宇凡 +1 位作者 杨敏 魏任雄 《生物骨科材料与临床研究》 CAS 2022年第4期8-15,共8页
目的探讨高三尖杉酯碱(HHT)对骨肉瘤细胞的抗肿瘤作用,并探讨其可能的作用靶点和机制。方法使用不同浓度的高三尖杉酯碱处理骨肉瘤细胞系(143b及U2-OS),通过CCK-8实验检测HHT对骨肉瘤细胞的抗肿瘤作用,集落形成实验检测骨肉瘤细胞的克... 目的探讨高三尖杉酯碱(HHT)对骨肉瘤细胞的抗肿瘤作用,并探讨其可能的作用靶点和机制。方法使用不同浓度的高三尖杉酯碱处理骨肉瘤细胞系(143b及U2-OS),通过CCK-8实验检测HHT对骨肉瘤细胞的抗肿瘤作用,集落形成实验检测骨肉瘤细胞的克隆能力,划痕实验检测骨肉瘤细胞的迁移能力,Transwell实验检测骨肉瘤细胞的侵袭能力,流式细胞学技术检测骨肉瘤细胞的凋亡率。并通过荧光定量PCR(qPCR)实验检测经过HHT处理后骨肉瘤细胞内基因表达情况的改变,并找出HHT作用于骨肉瘤细胞内可能的靶点和机制。结果CCK-8实验证实HHT对骨肉瘤细胞143b和U2-OS的增殖具有明显的抑制作用;集落形成实验、划痕实验、Transwell实验分别证实了HHT对骨肉瘤细胞143b和U2-OS的克隆能力、迁移能力、侵袭能力存在显著的抑制作用;流式细胞学技术证实了HHT能提高骨肉瘤细胞143b和U2-OS的凋亡率;RT-qPCR实验表明HHT可以显著上调casp3和casp8的表达,验证了HHT可能是通过调控casp3和casp8进而对骨肉瘤的增殖凋亡、侵袭及转移等发挥作用。结论casp3和casp8是HHT作用于骨肉瘤细胞的靶点,HHT通过上调casp3和casp8的表达来发挥对骨肉瘤细胞的抑制作用。 展开更多
关键词 高三尖杉酯碱 骨肉瘤 casp3 casp8 143b U2-OS
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针刺、神经生长因子对脑瘫幼鼠智力及脑海马细胞凋亡基因的影响 被引量:7
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作者 林世坚 祁岩超 柴铁劬 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2014年第1期33-36,共4页
目的:观察针刺和神经生长因子(NGF)对脑瘫模型幼鼠智力恢复以及脑海马组织BCL-2、BAX、Casp3基因mRNA表达的影响。方法:采用缺血缺氧(HIBD)的方法制备幼鼠脑瘫的模型,幼鼠出生后7d称重、实验分组、造模。实验分为5组:正常组、... 目的:观察针刺和神经生长因子(NGF)对脑瘫模型幼鼠智力恢复以及脑海马组织BCL-2、BAX、Casp3基因mRNA表达的影响。方法:采用缺血缺氧(HIBD)的方法制备幼鼠脑瘫的模型,幼鼠出生后7d称重、实验分组、造模。实验分为5组:正常组、假手术组、模型组、单纯针刺组、针刺+NGF组。术后3~15d按计划给予相应干预。术后18d取材,用荧光定量PCR(SYBRGreenI染料法)检测其脑海马组织BCL-2、BAX、Casp3基因mRNA表达:用TUNEL法检测其脑皮质神经细胞凋亡情况。结果:与模型组相比,单纯针刺组和针刺+NGF组幼鼠的脑细胞抗凋亡BCL-2基因mRNA表达A值均数更高;BAX、Casp3基因mRNA表达A值均数更低:脑皮质组织细胞凋亡指数均数更低,且针刺+NGF组凋亡指数比单纯针刺组更低。结论:在抗脑神经细胞凋亡方面.针刺对HIBD幼鼠都有明显的治疗作用,加用NGF后效果更好。 展开更多
关键词 脑性瘫痪 针刺 神经生长因子 BCL一2 BAX casp3
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基于WGCNA联合网络药理学探究防己地黄汤治疗类风湿关节炎的作用机制 被引量:3
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作者 王金 孟祥文 +3 位作者 陈丝梦 程芷洛 庆兆 贾晓益 《现代药物与临床》 CAS 2023年第4期776-787,共12页
目的 利用网络药理学和加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法探讨防己地黄汤治疗类风湿关节炎的分子机制。方法 利用TCMSP、SwissTargetPrediction、HERB数据平台及相关文献检索防己地黄汤的主要活性成分及其相关靶点,通过R软件limma包对... 目的 利用网络药理学和加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法探讨防己地黄汤治疗类风湿关节炎的分子机制。方法 利用TCMSP、SwissTargetPrediction、HERB数据平台及相关文献检索防己地黄汤的主要活性成分及其相关靶点,通过R软件limma包对GEO平台类风湿关节炎数据集GSE110169进行差异分析。基于WGCNA筛选与疾病相关的基因模块。利用R软件VennDiagram包进行交集靶点分析。通过Cytoscape的cytoHubba插件筛选核心靶点基因。采用Cytoscape软件进行“药物–活性成分–靶点–疾病”网络构建与分析。clusterProfiler包对交集靶点基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证;并运用CIBERSOTR进行核心靶点基因的免疫浸润分析。结果 共筛选出有效活性成分129个,相关靶点1 280个,基因芯片差异基因2 091个;筛选出3个与疾病相关的基因模块;获得药物与疾病共同靶点139个;KEGG通路分析显示,主要富集在T细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路等;筛选出汉黄芩素和槲皮素2个核心成分及肿瘤蛋白53(TP53)和胱氨酸蛋白酶3(CASP3)2个核心靶点基因。分子对接显示,核心成分与核心靶点之间均具有稳定的结合能力;免疫浸润分析表明,核心靶点基因与多数免疫细胞关系密切。结论 防己地黄汤可能从抗炎、调节免疫细胞功能等多方面发挥对类风湿关节炎的治疗作用。 展开更多
关键词 防己地黄汤 类风湿关节炎 加权基因共表达网络分析 网络药理学 汉黄芩素 槲皮素 肿瘤蛋白53 胱氨酸蛋白酶3
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基于网络药理学和分子对接的丹参酮ⅡA治疗糖尿病肾病的机制研究 被引量:6
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作者 陈正涛 杨燕 +2 位作者 梁清芝 唐诗韵 谢春光 《现代药物与临床》 CAS 2022年第11期2457-2464,共8页
目的 基于网络药理学和分子对接的方法研究丹参酮ⅡA治疗糖尿病肾病的分子的机制。方法 利用Swiss Target Prediction、TCMSP、PharmMapper、GeneCards平台预测丹参酮ⅡA的作用靶点,从OMIM、DrugBank、TTD、GeneCards数据库中筛选获得... 目的 基于网络药理学和分子对接的方法研究丹参酮ⅡA治疗糖尿病肾病的分子的机制。方法 利用Swiss Target Prediction、TCMSP、PharmMapper、GeneCards平台预测丹参酮ⅡA的作用靶点,从OMIM、DrugBank、TTD、GeneCards数据库中筛选获得糖尿病肾病的相关靶点。将得到的丹参酮ⅡA的作用靶点与疾病靶点取交集得到潜在靶点,构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过网络拓扑分析筛选核心靶点。采用Metascape平台分析对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用AutoDock Vina 1.1.2对丹参酮ⅡA和核心靶点之间进行分子对接验证。结果 共筛选出96个丹参酮ⅡA调控糖尿病肾病的潜在靶点,通过网络拓扑分析中的度(degree)值筛选出白蛋白(ALB)、蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子(VEGFA)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白p53(TP53)、丝裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)、胱天蛋白酶3(CASP3)8个核心靶点;GO富集分析筛选出活性氧代谢过程、细胞迁移的正向调节、氧化应激反应、细胞死亡的正向调节等20个生物学过程,KEGG富集筛选出流体剪切应力和动脉粥样硬化通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头转录因子(FoxO)信号通路、VEGF等20条通路。分子对接验证结果显示,核心靶点与丹参酮ⅡA之间均有良好的结合活性。结论 本研究表明丹参酮ⅡA可能通过多靶点、多通路调控糖尿病肾病。 展开更多
关键词 丹参酮ⅡA 糖尿病肾病 网络药理学 分子对接 白蛋白 蛋白激酶B1 白细胞介素6 血管内皮生长因子 肿瘤坏死因子 肿瘤蛋白p53 丝裂原激活蛋白激酶8 胱天蛋白酶3
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基于网络药理学及实验验证探究环丙沙星加重主动脉夹层的潜在致病机制
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作者 侣慧 王琪 马翔 《现代药物与临床》 CAS 2024年第7期1704-1716,共13页
目的 通过网络药理学及分子对接技术,筛选环丙沙星调控主动脉夹层发生发展的关键靶点基因,并通过动物及细胞实验进一步探究其潜在致病机制。方法 通过TargetPrediction、PharmMapper、GeneCards、CTD数据库分别筛选环丙沙星及主动脉夹... 目的 通过网络药理学及分子对接技术,筛选环丙沙星调控主动脉夹层发生发展的关键靶点基因,并通过动物及细胞实验进一步探究其潜在致病机制。方法 通过TargetPrediction、PharmMapper、GeneCards、CTD数据库分别筛选环丙沙星及主动脉夹层的相关靶点,二者取交集后得到环丙沙星调控主动脉夹层的潜在靶点;使用基因与蛋白质相互作用检索数据库(STRING)构建蛋白质相互作用(PPI)网络分析潜在靶点间的关联。通过对潜在靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体(GO)功能富集分析,构建“药物–靶点–通路–疾病”网络。利用Cytoscape软件及蛋白质复合物聚类算法(MCODE)等插件进一步筛选出关键靶点,通过AutoDock vina和PyMol软件把环丙沙星化学结构与筛选出的关键靶点进行分子对接及可视化呈现。最后结合动物模型构建、苏木精–伊红(HE)染色法、细胞增殖和毒性检测实验、体内外实时荧光定量反应(RT-qPCR)实验及蛋白质免疫印迹(Western blotting),检测小鼠主动脉组织及人主动脉平滑肌细胞(HASMCs)关键靶点基因表达。结果 本研究筛选出515个环丙沙星相关靶点,9 004个主动脉夹层相关靶点,并得到412个环丙沙星介导主动脉夹层的潜在靶点。KEGG通路富集分析结果显示,主要富集于血脂与动脉粥样硬化、白细胞介素(IL)-17信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。GO功能富集分析结果显示,细胞定位(CC)主要富集于膜筏、膜微区等;分子功能(MF)主要富集于受体结合、异生物跨膜转运蛋白活性等;生物学过程(BP)主要富集于对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等。STRING及Cytoscape分析构建PPI网络图及关键子模块,获得了15个关键靶点,分别为B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、转录因子AP-1(JUN)、CD44、胱天蛋白酶3(CASP3)、Toll样受体4(TLR4)、γ干扰素(IFNG)、肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋� 展开更多
关键词 环丙沙星 主动脉夹层 主动脉平滑肌细胞 网络药理学 分子对接技术 胱天蛋白酶3 基质金属蛋白酶9 白细胞介素-6 肿瘤坏死因子
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金钗石斛菲醌对人卵巢癌细胞增殖和转移的抑制作用 被引量:2
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作者 张晓文 程敏 +2 位作者 王学军 冀玉良 周春生 《中药药理与临床》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期72-75,19,共5页
目的:观察金钗石斛菲醌对人卵巢浆液性囊腺癌细胞系HO-8910PM的增生和转移能力的影响,检测其对卵巢癌增生和转移相关基因CASP3,CASP9,CAV-1和SOX2的分子水平表达,从而研究金钗石斛菲醌在细胞和分子水平对卵巢癌的治疗作用以及其相关分... 目的:观察金钗石斛菲醌对人卵巢浆液性囊腺癌细胞系HO-8910PM的增生和转移能力的影响,检测其对卵巢癌增生和转移相关基因CASP3,CASP9,CAV-1和SOX2的分子水平表达,从而研究金钗石斛菲醌在细胞和分子水平对卵巢癌的治疗作用以及其相关分子机制。方法:运用噻唑蓝还原法(MMT)方法来检测金钗石斛菲醌对人卵巢癌细胞HO-8910PM的抗增殖作用,而同时运用Transwell法来检测药物对于细胞的转移能力的作用变化。再通过逆转录聚合酶链式反应和蛋白质印迹的实验来检测HO-8910PM细胞中凋亡与转移相关基因的表达变化以及蛋白水平的变化。结果:实验结果证明金钗石斛菲醌对人卵巢癌细胞具有抗侵袭以及转移的治疗作用。MTT检测结果显示金钗石斛菲醌在3μmol/L和10μmol/L对于卵巢癌细胞的抑增殖作用显著,而transwell法的结果也表明了其在3μmol/L和10μmol/L对癌细胞的抗转移能力。其治疗效果与阳性顺铂10μmol/L治疗组在统计学意义上相近。而mRNA,蛋白水平测定,表明金钗石斛菲醌在3μmol/L对人卵巢癌细胞通过上调CASP3,CASP9,CAV1和下调SOX2的表达,从而调节相关信号通路,最终在分子水平证明金钗石斛菲醌对人卵巢癌细胞增殖和转移的抑制作用。结论:金钗石斛菲醌通过上调CASP3,CASP9,CAV1和下调SOX2的表达,进而抑制人卵巢癌细胞的增殖和转移。 展开更多
关键词 金钗石斛菲醌 人卵巢癌细胞 casp3 casp9 CAV1 SOX2
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网络药理学联合生物信息学及分子对接探索黄芪甲苷抗肝癌的作用机制
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作者 张晖汉 邓弘扬 徐小东 《现代药物与临床》 CAS 2023年第7期1615-1621,共7页
目的 利用网络药理学结合TCGA和GEO数据集以及分子对接系统性探索黄芪甲苷抗肝癌的分子机制。方法 通过CTD、OMIM及PharmMapper数据库预测黄芪甲苷靶点。计算TCGA和GEO数据集差异基因作为肝癌预测靶点并检索CTD和GeneCards数据库作为补... 目的 利用网络药理学结合TCGA和GEO数据集以及分子对接系统性探索黄芪甲苷抗肝癌的分子机制。方法 通过CTD、OMIM及PharmMapper数据库预测黄芪甲苷靶点。计算TCGA和GEO数据集差异基因作为肝癌预测靶点并检索CTD和GeneCards数据库作为补充。用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白相互作用(PPI)网络,并筛选核心靶点。“clusterProfiler”R包用来对靶点富集分析。运用AutoDuck和PyMOL软件进行分子对接。结果 共预测到201个黄芪甲苷抗肝癌靶点,主要与老化、氧化应激及脂质代谢有关,且京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路与肝癌密切相关。201个靶点中有9个关键靶点,分子对接发现白细胞介素-6(IL-6)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白蛋白(ALB)与黄芪甲苷有良好结合力。结论 黄芪甲苷通过多靶点和多通路实现抗肝癌作用。 展开更多
关键词 黄芪甲苷 肝癌 网络药理学 分子对接 白细胞介素-6 丝裂原活化蛋白激酶3 白蛋白
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MGMT和CASP3基因多态性与胶质瘤易感性的关联研究 被引量:4
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作者 黄冠又 张欣 +5 位作者 巫玉娟 曹楚南 蒲菊 明悦 杜永贵 甘鸿川 《贵州医药》 CAS 2017年第11期1138-1140,共3页
目的探讨MGMT和CASP3基因多态性与胶质瘤易感性的关系。方法采用病例对照研究,应用多重单碱基SNP分型技术(SNaPshot)对组织病理学确诊胶质瘤患者90例和90名健康对照人群进行基因分型,MGMT rs12917和CASP3rs4647601两种单核苷酸多态性进... 目的探讨MGMT和CASP3基因多态性与胶质瘤易感性的关系。方法采用病例对照研究,应用多重单碱基SNP分型技术(SNaPshot)对组织病理学确诊胶质瘤患者90例和90名健康对照人群进行基因分型,MGMT rs12917和CASP3rs4647601两种单核苷酸多态性进行检测及分析。结果 MGMT基因rs12917和CASP3基因rs4647601的基因型和等位基因频率在胶质瘤组和对照组中的分布差异均无统计学意义(P>0.05)。结论MGMT rs12917和CASP3rs4647601位点基因多态性与胶质瘤的易感性无显著关联。 展开更多
关键词 MGMT casp3 胶质瘤 单核苷酸 多态性 易感性
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基于GEO数据库分析前列腺癌生化复发相关基因及通路 被引量:2
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作者 陈志军 关翰 +2 位作者 汪盛 许斌 陈明 《中华男科学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期17-25,共9页
目的:本研究旨在发现影响前列腺癌根治性切除术后复发的潜在基因,为预测前列腺癌患者预后的方法提供新的可能。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)下载GSE25136微阵列数据集,包括39例复发性前列腺癌和40例非复发性前列腺癌样本。利用Limma... 目的:本研究旨在发现影响前列腺癌根治性切除术后复发的潜在基因,为预测前列腺癌患者预后的方法提供新的可能。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)下载GSE25136微阵列数据集,包括39例复发性前列腺癌和40例非复发性前列腺癌样本。利用Limma包识别差异表达基因,利用Pheatmap包进行表达层次聚类分析筛选差异表达基因。通过Cytoscape软件的ClueGO模块进行基因本体功能富集分析预测了差异化基因的潜在功能。利用String网站在Cytoscape软件中构建了差异基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并使用CytoHubba进行模块分析,以了解这些差异基因之间的相互作用,并找出蛋白网络的关键基因。采用免疫组化染色的方法在前列腺癌及正常前列腺组织中进行验证。结果:复发性前列腺癌与非复发性前列腺癌的样本相比,共发现上调的差异基因167个,下调的差异基因91个(P≤0.05)。分别选取了上调、下调中表达显著的前50个基因,主要涉及的GO富集途径有大脑边缘系统的发育、干扰素-γ介导的信号通路等。并发现CASP3和STAT1为蛋白网络的关键基因,免疫组织化学染色验证了这2个关键基因在前列腺癌及前列腺增生组织中的差异表达。结论:非复发性前列腺癌向复发性前列腺癌进展的过程显示出强大的基因特征。大脑边缘系统的发育和干扰素-γ介导的信号通路与复发性前列腺癌的发生发展密切相关。此外,基因CASP3和STAT1作为关键基因可能在复发性前列腺癌的诊断和治疗中发挥重要作用。 展开更多
关键词 前列腺癌 复发 差异表达基因 生物信息学 STAT1 casp3
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紫檀芪对视网膜色素上皮细胞的保护作用 被引量:1
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作者 徐湘粤 贾诗雨 +3 位作者 刘雅琪 金春来 徐弗为 金红兰 《延边大学医学学报》 CAS 2022年第3期162-165,共4页
[目的]探讨紫檀芪对视网膜色素上皮细胞损伤的保护作用机制.[方法]建立蓝光诱导负载N-亚视黄基-N-视黄基乙醇胺(A2E)的人视网膜色素上皮细胞(ARPE-19)光损伤模型.利用MTT比色法检测紫檀芪(0.625、1.250、2.500、5.000μmol/L)对ARPE-19... [目的]探讨紫檀芪对视网膜色素上皮细胞损伤的保护作用机制.[方法]建立蓝光诱导负载N-亚视黄基-N-视黄基乙醇胺(A2E)的人视网膜色素上皮细胞(ARPE-19)光损伤模型.利用MTT比色法检测紫檀芪(0.625、1.250、2.500、5.000μmol/L)对ARPE-19细胞的毒性;通过倒置显微镜观察紫檀芪对ARPE-19细胞损伤的影响;采用RT-qPCR法检测ARPE-19细胞凋亡相关基因CASP3和PARP1的表达水平.[结果]紫檀芪在5.000μmol/L浓度下对细胞无明显毒性,对蓝光负载A2E导致的ARPE-19细胞损伤及其CASP3和PARP1基因的表达具有显著的抑制作用(P<0.05,P<0.01).[结论]紫檀芪可通过抑制CASP3和PARP1基因的表达而发挥对ARPE-19细胞损伤的保护作用. 展开更多
关键词 人视网膜色素上皮细胞 紫檀芪 casp3 PARP1 凋亡
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