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基于遗传算法的多序列比对算法研究 被引量:7
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作者 司徒浩臻 赵聚雪 许龙飞 《微计算机信息》 北大核心 2006年第06Z期284-286,共3页
本文使用遗传算法解决多序列比对问题,并进一步研究了各种遗传算子在比对过程中所起的作用,对算法进行了改进。最后实现了一个多序列比对程序,对实验结果进行分析。
关键词 生物信息学 生物序列 序列比对算法 遗传算法
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生物序列类专利侵权诉讼问题探讨
2
作者 胡辉 《专利代理》 2024年第2期42-49,共8页
通过分析涉及生物序列类的判决案例,探讨了生物序列类专利侵权诉讼中的等同侵权判定、生物序列同源性限定时的侵权分析和生物序列作为分子标记在鉴定微生物时的相关问题。生物序列类专利侵权诉讼中,关于等同特征,需立足于被诉侵权行为... 通过分析涉及生物序列类的判决案例,探讨了生物序列类专利侵权诉讼中的等同侵权判定、生物序列同源性限定时的侵权分析和生物序列作为分子标记在鉴定微生物时的相关问题。生物序列类专利侵权诉讼中,关于等同特征,需立足于被诉侵权行为发生时本领域普通技术人员的知识,综合考虑技术手段、功能、效果,具体来说,需综合考虑一级序列结构、空间构象、实现功能、效果的核心序列区域等。关于序列同源性的专利诉讼,确权阶段采用“同源性+功能+来源”等限定方式,在确权时有可能被允许;在专利侵权诉讼中,这种保护方式往往更有利。而在微生物相关的专利侵权诉讼中,权利要求保护范围与说明书及其附图的解释功能需要厘清。 展开更多
关键词 生物序列 等同原则 同源性
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生物软件在序列分析过程中的运用 被引量:4
3
作者 邵西群 巴恒星 +2 位作者 李志鹏 章秀婷 杨福合 《生物信息学》 2010年第4期321-324,329,共5页
介绍了组合使用BLAST、FASTA/BLASTScan3.2,或用多序列比对软件,从数据库中快速提取大数量目标序列,最后用MEGA4快捷编辑整理大数量序列的方法。还介绍了一种生成核酸序列与其氨基酸序列相似性百分率整合表格的方法。简述了对引物设计... 介绍了组合使用BLAST、FASTA/BLASTScan3.2,或用多序列比对软件,从数据库中快速提取大数量目标序列,最后用MEGA4快捷编辑整理大数量序列的方法。还介绍了一种生成核酸序列与其氨基酸序列相似性百分率整合表格的方法。简述了对引物设计的基本认识并介绍了多重引物兼容性筛选软件;对构建系统发育树的认识并引出分子进化树构建软件MEGA4的使用和PAUP 4.0常用建树命令模块。期望这些方法和软件的使用能解决生物序列分析过程的常见问题。 展开更多
关键词 生物序列 检索 分析 软件
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生物序列分析中的若干数学方法 被引量:2
4
作者 谢惠民 《高校应用数学学报(A辑)》 CSCD 北大核心 2005年第4期379-392,共14页
生物序列是由4种核苷酸组成的核酸序列和由20种氨基酸组成的蛋白质序列.论文介绍生物序列研究中的计数方法、组分分析方法、隐马尔可夫模型方法以及它们的某些应用.
关键词 生物序列 计数问题 组分分析方法 隐马尔可夫模型
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生物序列数据挖掘技术研究 被引量:3
5
作者 杨恒宇 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1212-1216,共5页
生物序列数据是生物信息数据中重要的一部分,研究生物序列解读其隐含的生物学意义是生物信息学研究的热点和难点。数据挖掘是当前分析大规模数据的有效工具之一,已广泛应用于分析生物序列数据,并取得了许多研究成果。文章综述了生物序... 生物序列数据是生物信息数据中重要的一部分,研究生物序列解读其隐含的生物学意义是生物信息学研究的热点和难点。数据挖掘是当前分析大规模数据的有效工具之一,已广泛应用于分析生物序列数据,并取得了许多研究成果。文章综述了生物序列数据挖掘的关键技术,包括序列比对算法、DNA序列模式挖掘、关联、分类、聚类分析、RNA二级结构预测、蛋白质序列分类和聚类分析,最后展望未来研究方向。 展开更多
关键词 生物序列 数据挖掘 生物信息学 序列比对
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基于CUDA的生物序列数据算术编码并行压缩 被引量:2
6
作者 许俊富 谢江 +3 位作者 顾永立 束俊辉 项超娟 张武 《计算机应用与软件》 CSCD 2016年第12期26-29,83,共5页
随着下一代生物序列测序技术的发展,大文件生物序列数据越来越常见。虽然压缩序列数据能减少数据存储空间,但是传统的数据压缩的方法很难快速完成大规模的序列压缩,因此如何缩短数据压缩时间是当前压缩技术研究的一个重要方向。采用CUD... 随着下一代生物序列测序技术的发展,大文件生物序列数据越来越常见。虽然压缩序列数据能减少数据存储空间,但是传统的数据压缩的方法很难快速完成大规模的序列压缩,因此如何缩短数据压缩时间是当前压缩技术研究的一个重要方向。采用CUDA技术实现算术编码,分析核苷酸生物序列数据特性,给出不同物种及数据库生物序列数据集中核苷酸的分布概率,提出并比较三种并行压缩方法,指出先验概率的并行压缩方法具有更好的压缩性能。实验结果表明,先验概率的并行压缩方法不仅具有较高的时间效率,而且也能保持较高的数据压缩率,能较好地解决大规模生物序列文件的高效快速压缩问题。 展开更多
关键词 算术编码 生物序列 数据压缩 CUDA
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BioSeg: 一个生物序列数据模型 被引量:1
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作者 朱扬勇 熊赟 《计算机科学与探索》 CSCD 2008年第1期77-96,共20页
生物序列数据的表达和存储是生物序列数据处理的关键。当前的数据库管理系统不能有效地支持生物序列数据类型和操作,人们不得不用文本数据类型或直接使用文本文件存储生物序列数据。这种状况造成了生物序列比对、模式发现等数据处理的... 生物序列数据的表达和存储是生物序列数据处理的关键。当前的数据库管理系统不能有效地支持生物序列数据类型和操作,人们不得不用文本数据类型或直接使用文本文件存储生物序列数据。这种状况造成了生物序列比对、模式发现等数据处理的低效率。研究了生物序列数据的特征,分析并归纳了用户对生物序列数据的查询需求,提出了一个新的生物序列数据模型BioSeg。BioSeg模型由描述部分和多维数组组成,描述部分表示生物序列注释和其他相关信息,多维数组表示具体序列(如DNA序列"ATCCCGTA")。BioSeg模型提供了实现生物序列数据查询的代数操作。相对于生物序列数据的文本存储方式,BioSeg模型提供的数据查询具有良好的效率和灵活性。 展开更多
关键词 生物序列 数据库管理系统 数据模型 生物信息学
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序列模式挖掘算法在生物序列的应用研究 被引量:2
8
作者 董萍 《长春师范学院学报(自然科学版)》 2008年第1期35-37,共3页
生物序列相对于传统序列来说具有自己的特征。不同的序列模式挖掘算法应用到生物序列中有不同的特点和效率。本文分析目前比较流行的五种模式挖掘算法的运行过程,当应用到生物序列中时,分析了各个算法的性能,从而可以得出哪种算法更适... 生物序列相对于传统序列来说具有自己的特征。不同的序列模式挖掘算法应用到生物序列中有不同的特点和效率。本文分析目前比较流行的五种模式挖掘算法的运行过程,当应用到生物序列中时,分析了各个算法的性能,从而可以得出哪种算法更适应于不同类型的生物序列频繁模式挖掘。 展开更多
关键词 模式挖掘 生物序列 频繁集
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GPU OpenFlow海量数据网络处理模型——GOMDI 被引量:1
9
作者 张伟 解争龙 +1 位作者 丁要军 张潇晓 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2014年第8期2243-2247,2272,共6页
OpenFlow的出现提高了现有网络的服务质量(QoS),但在处理海量数据时存在网络会话识别效率低、网络报文转发路径不佳等缺点。在OpenFlow的研究基础上,提出了海量网络数据处理(GOMDI)模型,通过将GPU并行计算、生物序列算法和机器学习方法... OpenFlow的出现提高了现有网络的服务质量(QoS),但在处理海量数据时存在网络会话识别效率低、网络报文转发路径不佳等缺点。在OpenFlow的研究基础上,提出了海量网络数据处理(GOMDI)模型,通过将GPU并行计算、生物序列算法和机器学习方法相融合,设计出GOMDI网络会话匹配算法和路径选择算法。实验结果表明,GOMDI网络会话匹配算法与CPU环境相比加速比提升了近300;路径选择算法中网络丢包率低于5%,网络延时小于20 ms。因此,GOMDI模型可有效地提升网络性能,满足大数据环境下实时处理海量信息的需求。 展开更多
关键词 OpenFlow GPU 生物序列 机器学习
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黑龙江东部区鸡西群、龙爪沟群时代与对比新认识 被引量:1
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作者 姚淑荣 李方健 +1 位作者 周艳霞 梁奉奎 《中国煤田地质》 2001年第1期4-7,34,共5页
研究了鸡西、龙爪沟两群生物组合序列,重新划分了两群 (组 )的时代,并对两群对比关系提出了新认识。
关键词 生物组合序列 时代 西鸡群 黑龙江 龙爪沟群
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基于密度感知模式的生物序列分类算法
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作者 胡耀炜 段磊 +1 位作者 李岭 韩超 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2018年第2期427-432,共6页
针对现有的基于模式的序列分类算法对于生物序列存在分类精度不理想、模型训练时间长的问题,提出密度感知模式,并设计了基于密度感知模式的生物序列分类算法——BSC。首先,在生物序列中挖掘具有"密度感知"的频繁序列模式;然后... 针对现有的基于模式的序列分类算法对于生物序列存在分类精度不理想、模型训练时间长的问题,提出密度感知模式,并设计了基于密度感知模式的生物序列分类算法——BSC。首先,在生物序列中挖掘具有"密度感知"的频繁序列模式;然后,对挖掘出的频繁序列模式进行筛选、排序制定成分类规则;最后,通过分类规则对没有分类的序列进行分类预测。在4组真实生物序列中进行实验,分析了BSC算法参数对结果的影响并提供了推荐参数设置;同时分类结果表明,相比其他四种基于模式的分类算法,BSC算法在实验数据集上的准确率至少提高了2.03个百分点。结果表明,BSC算法有较高的生物序列分类精度和执行效率。 展开更多
关键词 生物序列 序列分类 序列模式 密度感知模式 分类规则
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基于BioJava的生物序列分析软件的设计
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作者 唐四薪 李义兵 何红波 《河南科技大学学报(自然科学版)》 CAS 2005年第6期55-58,共4页
根据生物信息研究工作中对基因数据处理的实际需要,通过对生物大分子序列分析软件需具备的功能进行分析,并按照面向对象的方法,采用BioJava为开发工具,设计和开发了一个适用于生物序列分析的专用软件(SEQAnalysis),该软件具有独特的序... 根据生物信息研究工作中对基因数据处理的实际需要,通过对生物大分子序列分析软件需具备的功能进行分析,并按照面向对象的方法,采用BioJava为开发工具,设计和开发了一个适用于生物序列分析的专用软件(SEQAnalysis),该软件具有独特的序列信息量计算及统计功能,并能将序列分布转化为XML格式,实现了生物信息分析的自动化。 展开更多
关键词 生物大分子序列 基因 生物信息 序列分析
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基于OpenFlow网络数据处理模型的研究
13
作者 张伟 李卫斌 《计算机科学与探索》 CSCD 北大核心 2015年第11期1344-1350,共7页
随着计算机网络的不断发展以及人们对网络性能要求的不断提高,现有网络很难满足人们的需要。Open Flow的出现能够很好地解决现有网络的不足,但存在网络会话识别效率不高,网络报文转发路径选择不佳等问题。针对匹配算法和路径转发进行了... 随着计算机网络的不断发展以及人们对网络性能要求的不断提高,现有网络很难满足人们的需要。Open Flow的出现能够很好地解决现有网络的不足,但存在网络会话识别效率不高,网络报文转发路径选择不佳等问题。针对匹配算法和路径转发进行了研究,提出了GODP(GPU Open Flow data processing)模型。该模型通过融合GPU计算与生物序列算法和机器学习方法,提出了GPTWF网络会话匹配算法和网络会话转发算法,有效提升了匹配效率,优化了网络环境。实验表明网络会话匹配算法加速比提升近290,网络会话转发算法使得链路丢包率低于5%,延时小于20 ms,网络会话丢包率和延时分别平均下降62.71%和73.88%。 展开更多
关键词 OpenFlow技术 GODP模型 GPU计算 生物序列 机器学习
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WIPO的ST.26与ST.25标准比较研究
14
作者 官凤霞 孙丽伟 +3 位作者 扈林芳 熊熙然 胡婷 费一楠 《中国发明与专利》 2020年第8期31-38,共8页
根据WIPO标准委员会的要求,2022年1月1日起全球所有知识产权局接收的生物序列新申请均要符合ST.26标准,而当前中国生物序列数据标准是参考ST.25标准并结合中国实际工作情况制定,因此国际局的要求将引发中国现行数据标准以及配套信息化... 根据WIPO标准委员会的要求,2022年1月1日起全球所有知识产权局接收的生物序列新申请均要符合ST.26标准,而当前中国生物序列数据标准是参考ST.25标准并结合中国实际工作情况制定,因此国际局的要求将引发中国现行数据标准以及配套信息化系统的不适应、不兼容问题。本文通过对ST.26和ST.25标准在适用范围、数据格式、标准内容等方面的比较分析,进一步明确两个标准之间的差异,为中国生物序列数据标准修订和新一代智能审系统及其数据库设计提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 ST.26 ST.25 生物序列 核苷酸 氨基酸 标准
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基于ACO的多序列间最长公共子序列查询
15
作者 王虹胜 《现代计算机》 2018年第2期11-14,共4页
多序列间的最长公共子序列查询是典型的NP问题,传统的方法无法在较短的时间内计算出较优的解。以生物信息中的DNA序列和蛋白质序列为研究对象,采用蚁群优化算法求解最长公共子序列问题的近似解。实验结果表明采用蚁群优化算法实现多序... 多序列间的最长公共子序列查询是典型的NP问题,传统的方法无法在较短的时间内计算出较优的解。以生物信息中的DNA序列和蛋白质序列为研究对象,采用蚁群优化算法求解最长公共子序列问题的近似解。实验结果表明采用蚁群优化算法实现多序列间的最长子序列查询的有效性和实用性。 展开更多
关键词 最长公共子序列 蚁群优化算法 生物序列
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生物调序益智疗法治疗1665例孤独症儿童的疗效观察
16
作者 蒋燕清 李介珍 +3 位作者 许晓燕 陈小霞 陈飞龙 史积善 《中国医药指南》 2013年第34期46-47,共2页
目的应用生物调序益智疗法治疗孤独症儿童疗效观察。方法随机将我院2010年1月至2012年12月底收治的1665例孤独症分为治疗组和对照组,治疗组实施生物蛋白埋植、中药及康复训练治疗;对照组实施中药及康复训练治疗。结果治疗组有效率达70.3... 目的应用生物调序益智疗法治疗孤独症儿童疗效观察。方法随机将我院2010年1月至2012年12月底收治的1665例孤独症分为治疗组和对照组,治疗组实施生物蛋白埋植、中药及康复训练治疗;对照组实施中药及康复训练治疗。结果治疗组有效率达70.39%,显效率49.84%,无效率29.61%。对照组有效率31.7%,显效率15.85%,无效率68.3%,经χ2检验,P<0.05,治疗组有效率优于对照组。结论运用生物调序益智疗法治疗孤独症儿童,经济、时间短、疗效显著,值得推广。 展开更多
关键词 孤独症 生物调序 中药 康复训练 疗效
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BLAST调整和干预对生物序列检索质量和效率的影响
17
作者 李世超 梁韶 +1 位作者 贾星航 黄利 《中国发明与专利》 2021年第7期73-77,共5页
涉及生物序列的专利申请多种多样,很多无法通过常规检索方法获得合适的对比文件。在检索过程中,发现数据库的选择和干预检索对生物序列检索质量和效率具有较大影响,因此,本文通过对实际案例进行分析,讨论了合适数据库的选择以及干预检... 涉及生物序列的专利申请多种多样,很多无法通过常规检索方法获得合适的对比文件。在检索过程中,发现数据库的选择和干预检索对生物序列检索质量和效率具有较大影响,因此,本文通过对实际案例进行分析,讨论了合适数据库的选择以及干预检索的方式,以期为提高生物序列检索质量和效率提供帮助。 展开更多
关键词 生物序列 数据库调整 干预检索
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基于知识库的基因组数据整合分析
18
作者 杨文涛 石建涛 +3 位作者 陈明杰 徐海峰 王侃侃 张济 《生物信息学》 2011年第4期318-321,共4页
数据整合逐渐成为生物数据分析的重要方向。随着高通量技术的广泛应用,基因组序列数据大量产生,而如何充分、高效地整合这些序列数据成为了一个难题。本文从序列角度出发设计了一套新的数据整合方法:序列群富集分析(SequenceSet Enrichm... 数据整合逐渐成为生物数据分析的重要方向。随着高通量技术的广泛应用,基因组序列数据大量产生,而如何充分、高效地整合这些序列数据成为了一个难题。本文从序列角度出发设计了一套新的数据整合方法:序列群富集分析(SequenceSet Enrichment Analysis,SSEA),并用实验数据探讨了其潜在的应用价值,结果显示SSEA能更好的挖掘出序列数据中的复杂生物学信息。 展开更多
关键词 数据整合 生物序列 生物信息学 SSEA
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模体发现问题中OOPS模型的EM算法
19
作者 黄影 《科教导刊》 2015年第08X期20-21,共2页
生物序列模体发现是从生物序列集合找出具有特定功能子序列的问题,它是生物信息学中最重要问题之一。OOPS模型是一种简单常用的模体发现的序列模型,它表示每条序列中有一个模体出现。本文提出了一种适用于OOPS序列模型的EM算法,用于查... 生物序列模体发现是从生物序列集合找出具有特定功能子序列的问题,它是生物信息学中最重要问题之一。OOPS模型是一种简单常用的模体发现的序列模型,它表示每条序列中有一个模体出现。本文提出了一种适用于OOPS序列模型的EM算法,用于查找每条序列中所出现的模体。实验结果表示,所提出的算法的时间性能和识别准确率均好于经典的Project算法。 展开更多
关键词 模体发现 生物序列 EM算法
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一种新的生物序列模式挖掘算法
20
作者 常磊玲 朱春鹤 《电脑知识与技术》 2010年第7期5140-5142,共3页
针对传统模式挖掘方法挖掘生物序列会生成大量不必要的短而且无用的模式,导致效率降低,在多支持度思想的基础上提出了基于邻近频繁模式段的模式挖掘算法JBioPM。首先,产生邻近短频繁模式段,然后组合这些短频繁模式段,产生新的长频繁模... 针对传统模式挖掘方法挖掘生物序列会生成大量不必要的短而且无用的模式,导致效率降低,在多支持度思想的基础上提出了基于邻近频繁模式段的模式挖掘算法JBioPM。首先,产生邻近短频繁模式段,然后组合这些短频繁模式段,产生新的长频繁模式。通过实验分析,该方法在相似性很强的序列数据库中比BioPM算法效率高。通过对真实的蛋白质序列家族库的处理,证明该算法能有效处理生物序列数据。 展开更多
关键词 相邻频繁模式段 模式组合 生物序列 模式挖掘 数据挖掘 生物信息学
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