细胞类型鉴定是单细胞RNA测序的主要任务之一.针对整个问题,提出基于随机森林的细胞类型自动识别(automatic identification of cell type based on random forest,AICTRF)方法来识别单细胞测序数据中的细胞类型,该方法使用随机森林分...细胞类型鉴定是单细胞RNA测序的主要任务之一.针对整个问题,提出基于随机森林的细胞类型自动识别(automatic identification of cell type based on random forest,AICTRF)方法来识别单细胞测序数据中的细胞类型,该方法使用随机森林分类模型进行训练,根据训练的模型进而预测未知的细胞类型.在人类外周血单核细胞(PBMC)测序数据集上训练了随机森林分类模型,利用该模型预测了人类PBMC中B细胞的相关亚型细胞类型.实验结果表明,该方法可以帮助相关研究人员快速而有效地自动识别单细胞测序数据中的细胞类型.展开更多
目的探讨癌症患者外周血中调节性T细胞(regulatory T cells,Tregs)亚型即1型辅助性T细胞(type 1 helper T cell,Th1)样Treg细胞(T-bet^(+)Treg)、Th2样Treg细胞(GATA3^(+)Treg)、Th9样Treg细胞(Pu-1^(+)Treg)、Th17样Treg细胞(RORγ^(+)...目的探讨癌症患者外周血中调节性T细胞(regulatory T cells,Tregs)亚型即1型辅助性T细胞(type 1 helper T cell,Th1)样Treg细胞(T-bet^(+)Treg)、Th2样Treg细胞(GATA3^(+)Treg)、Th9样Treg细胞(Pu-1^(+)Treg)、Th17样Treg细胞(RORγ^(+)Treg)及滤泡型辅助性T细胞(follicular helper T cell,Tfh)样Treg细胞(CXCR5^(+)Treg)的表达情况及其对应的CD4^(+)T细胞子集:Th1、2型辅助性T细胞(type 2 helper T cell,Th2)、9型辅助性T细胞(type 9 helper T cell,Th9)、17型辅助性T细胞(type 17 helper T cell,Th17)、Tfh的表达。方法将23例癌症患者设为研究组,23例门诊健康体检者设为正常对照组,采用流式细胞术检测患者外周血中T-bet^(+)Treg、GATA3^(+)Treg、Pu-1^(+)Treg、RORγ^(+)Treg、CXCR5^(+)Treg数量以及CD4^(+)T细胞子集Th1、Th2、Th9、Th17、Tfh的数量变化情况,并将二者进行对比分析。结果与对照组比较,研究组患者外周血中Treg细胞的数量显著升高,其亚型T-bet^(+)Treg、GATA3^(+)Treg、RORγ^(+)Treg的数量明显增加(P<0.05),而Pu-1^(+)Treg、CXCR5^(+)Treg数量差异无统计学意义(P>0.05)。与对照组比较,研究组外周血体内的Th1细胞减少,Th2、Th9、Th17、Tfh数量增多(P<0.05)。结论患者的抗肿瘤免疫功能可能被数量增加的Treg细胞所抑制,主要增加的Treg细胞亚型为T-bet^(+)Treg、GATA3^(+)Treg、RORγ^(+)Treg,其中T-bet^(+)Treg细胞增加最为明显。展开更多
文摘细胞类型鉴定是单细胞RNA测序的主要任务之一.针对整个问题,提出基于随机森林的细胞类型自动识别(automatic identification of cell type based on random forest,AICTRF)方法来识别单细胞测序数据中的细胞类型,该方法使用随机森林分类模型进行训练,根据训练的模型进而预测未知的细胞类型.在人类外周血单核细胞(PBMC)测序数据集上训练了随机森林分类模型,利用该模型预测了人类PBMC中B细胞的相关亚型细胞类型.实验结果表明,该方法可以帮助相关研究人员快速而有效地自动识别单细胞测序数据中的细胞类型.
文摘目的探讨癌症患者外周血中调节性T细胞(regulatory T cells,Tregs)亚型即1型辅助性T细胞(type 1 helper T cell,Th1)样Treg细胞(T-bet^(+)Treg)、Th2样Treg细胞(GATA3^(+)Treg)、Th9样Treg细胞(Pu-1^(+)Treg)、Th17样Treg细胞(RORγ^(+)Treg)及滤泡型辅助性T细胞(follicular helper T cell,Tfh)样Treg细胞(CXCR5^(+)Treg)的表达情况及其对应的CD4^(+)T细胞子集:Th1、2型辅助性T细胞(type 2 helper T cell,Th2)、9型辅助性T细胞(type 9 helper T cell,Th9)、17型辅助性T细胞(type 17 helper T cell,Th17)、Tfh的表达。方法将23例癌症患者设为研究组,23例门诊健康体检者设为正常对照组,采用流式细胞术检测患者外周血中T-bet^(+)Treg、GATA3^(+)Treg、Pu-1^(+)Treg、RORγ^(+)Treg、CXCR5^(+)Treg数量以及CD4^(+)T细胞子集Th1、Th2、Th9、Th17、Tfh的数量变化情况,并将二者进行对比分析。结果与对照组比较,研究组患者外周血中Treg细胞的数量显著升高,其亚型T-bet^(+)Treg、GATA3^(+)Treg、RORγ^(+)Treg的数量明显增加(P<0.05),而Pu-1^(+)Treg、CXCR5^(+)Treg数量差异无统计学意义(P>0.05)。与对照组比较,研究组外周血体内的Th1细胞减少,Th2、Th9、Th17、Tfh数量增多(P<0.05)。结论患者的抗肿瘤免疫功能可能被数量增加的Treg细胞所抑制,主要增加的Treg细胞亚型为T-bet^(+)Treg、GATA3^(+)Treg、RORγ^(+)Treg,其中T-bet^(+)Treg细胞增加最为明显。
