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带状疱疹后遗神经痛患者血清非标记定量蛋白质组学分析
1
作者 吕丹 栾静 贺永进 《山东医药》 CAS 2023年第11期58-61,共4页
目的采用非标记定量蛋白质组学技术检测带状疱疹后遗神经痛(PHN)患者血清差异表达的蛋白质,探讨PHN可能的发病机制。方法选择带状疱疹患者80例,经治疗后存在神经痛症状者40例(观察组)、不存在神经痛症状者40例(对照组)。收集两组治疗前... 目的采用非标记定量蛋白质组学技术检测带状疱疹后遗神经痛(PHN)患者血清差异表达的蛋白质,探讨PHN可能的发病机制。方法选择带状疱疹患者80例,经治疗后存在神经痛症状者40例(观察组)、不存在神经痛症状者40例(对照组)。收集两组治疗前的血液,采用非标定量法蛋白质组学技术分析血清中的差异蛋白。结果与对照组比较,观察组有4种蛋白质表达下调、7种蛋白质表达上调。进一步的差异蛋白分析结果显示,表达下调的4种蛋白质分别为纤维胶凝蛋白1(FCN1)、丝氨酸蛋白酶抑制剂家族D成员1(SERPIND1)、脱脂转化酶(LPA)和蛋白二硫化物异构酶A4(PDIA4),表达上调的7种蛋白质分别为Wnt诱导信号通道蛋白2(WISP2)、免疫球蛋白λ变量1-44(IGLV1-44)、免疫球蛋白重常数γ1(IGHG1)、载脂蛋白C3(APOC3)、半乳糖凝集素1(LGALS1)、中间α-球蛋白抑制因子H1(ITIH1)和C1Q肿瘤坏死因子相关蛋白3(C1QTNF3)。结论PHN患者血清FCN1、SERPIND1、LPA、PDIA4蛋白表达下调,WISP2、IGLV1-44、IGHG1、APOC3、LGALS1、ITIH1和C1QTNF3蛋白表达上调,上述差异表达蛋白可能参与了PHN的发病。 展开更多
关键词 非标记定量技术 蛋白质组学分析 纤维胶凝蛋白1 Wnt诱导信号通道蛋白2 神经痛 带状疱疹
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基于非标记定量技术的3种毛皮海狮蛋白组学分析研究
2
作者 罗珺 刘友林 +2 位作者 肖侑仙 赵诗文 王伟 《黑龙江动物繁殖》 2023年第4期7-14,共8页
试验旨在通过非标记定量技术对非澳毛皮海狮、南美毛皮海狮、智利毛皮海狮的胡须进行蛋白组学分析,探讨3种海狮间的亲缘关系。首先采集海狮胡须样品,提取总蛋白,再对蛋白进行浓度测定、电泳、酶解和肽段除盐等处理。得到的样品进行色谱... 试验旨在通过非标记定量技术对非澳毛皮海狮、南美毛皮海狮、智利毛皮海狮的胡须进行蛋白组学分析,探讨3种海狮间的亲缘关系。首先采集海狮胡须样品,提取总蛋白,再对蛋白进行浓度测定、电泳、酶解和肽段除盐等处理。得到的样品进行色谱与质谱分析、数据库检索、相关性分析与层次聚类分析、差异蛋白筛选与GO富集分析。结果表明:南美毛皮海狮N1与智利毛皮海狮Z1蛋白差异不明显、相关性强,自身表达量分布均匀;非澳毛皮海狮F1与这两种毛皮海狮间蛋白差异较为显著、相关性弱,自身表达量相对分布不均匀。说明非澳毛皮海狮和其他两种海狮亲缘关系较远,有相对明显的遗传差异,属于海狮科海狗属;而南美毛皮海狮与智利毛皮海狮的亲缘关系较近,可能为不同亚种。 展开更多
关键词 毛皮海狮 非标记定量技术 蛋白组学 亲缘关系 胡须
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糖尿病视网膜病变血浆差异蛋白分析 被引量：6
3
作者 李志琛 陈建斌 +5 位作者 张华北 梅伟群 毛宁 欧阳建 钱佳丽 刘颖 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期42-50,共9页
目的利用蛋白质组学技术寻找糖尿病视网膜病变(DR)患者血浆中的差异蛋白,为筛选DR相关血浆标志物提供依据。方法选取在解放军第903医院诊治的2型糖尿病(T2DM)患者14例,其中合并中度以上非增殖性DR(NPDR)或增殖性DR(PDR)者作为DR组(n=8)... 目的利用蛋白质组学技术寻找糖尿病视网膜病变(DR)患者血浆中的差异蛋白,为筛选DR相关血浆标志物提供依据。方法选取在解放军第903医院诊治的2型糖尿病(T2DM)患者14例,其中合并中度以上非增殖性DR(NPDR)或增殖性DR(PDR)者作为DR组(n=8),不合并DR者作为NDR组(n=6)。对患者的血浆标本利用蛋白质非标记(label-free)定量技术行液相串联质谱分析(LC-MS/MS),检测血浆中各个蛋白的表达丰度,筛选两组间的差异蛋白,对其进行生物信息学分析,包括基因本体(GO)和代谢通路(Pathway)注释,GO和Pathway富集分析、差异蛋白相互作用网络分析。结果以均数和中位数差异倍数≥2.5倍为标准,共筛选出DR与NDR患者血浆中的差异蛋白41个,其中上调者26个,下调者15个。GO分析显示,差异蛋白中结合功能蛋白占绝对优势,生物过程中单一组织过程占比最高,细胞组分中细胞和细胞部分占比最高。Pathway富集性分析显示,上调最显著的原肌球蛋白4(TPM4)与肌肉收缩调节有关,下调最显著的血小板膜蛋白V(GPV)在细胞外基质受体相互作用中起重要作用。蛋白相互作用网络分析显示,3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)与巯基氧化酶1(QSOX1)、免疫球蛋白kappa基因座(IGK@)、TPM4、载脂蛋白C2(APOC2)、免疫球蛋白重链可变区4-31(IGHV4-31)之间可能有相互作用;妊娠区带蛋白质(PZP)与金属蛋白酶组织抑制剂2(TIMP2)之间可能有相互作用。结论采用蛋白质非标记定量技术发现DR与NDR患者血浆存在多种差异表达蛋白,这些差异蛋白提供了DR候选血浆标志物,并可能成为DR早期防治的候选靶点。 展开更多
关键词 糖尿病性视网膜病变 蛋白质非标记定量技术 血浆蛋白质组学
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脂肪干细胞来源外泌体在组织损伤修复中的蛋白组学分析 被引量：4
4
作者 秦丹莹 张玉恒 +1 位作者 李学拥 杨雯娴 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2020年第13期2011-2019,共9页
背景:脂肪干细胞促进损伤修复的研究较多,但从脂肪干细胞来源外泌体角度出发、基于蛋白质组学及生物信息学技术对其进行研究尚属少见。目的:通过蛋白质组学及生物信息学技术,分析糖尿病下肢溃疡患者和健康成年人脂肪干细胞来源外泌体差... 背景:脂肪干细胞促进损伤修复的研究较多,但从脂肪干细胞来源外泌体角度出发、基于蛋白质组学及生物信息学技术对其进行研究尚属少见。目的:通过蛋白质组学及生物信息学技术,分析糖尿病下肢溃疡患者和健康成年人脂肪干细胞来源外泌体差异表达蛋白,以期筛选诊断及预后标志物。方法:试验组为2018年10月至2019年5月在空军军医大学第二附属医院整形烧伤科接受清创植皮的糖尿病下肢溃疡患者25例、对照组为同期接受吸脂术的健康成年人10名。制备脂肪干细胞、提取外泌体并进行鉴定,从两组中分别随机抽取3例进行蛋白组学研究:利用LFQ技术行蛋白质定量分析;使用clueGO(version2.5.4)对差异表达蛋白行GO和Pathway分析;对差异蛋白进行了蛋白-蛋白间相互作用分析(数据库String,版本11.0,R软件cluster Profiler package,FDR<0.25)。结果与结论:①共筛选出可定量差异表达蛋白231种,其中31种差异有显著性意义,试验组下调表达蛋白29种,上调表达蛋白2种;②差异蛋白与营养、代谢类疾病相关性高;差异表达蛋白所处的细胞位置集中在细胞外囊泡、血小板α颗粒;差异表达蛋白参与的生物学过程为凝血过程及脂质转运;差异蛋白的主要分子功能与酶抑制剂活性、肝素结合能力有关;③PPI和KEGG通路分析显示,试验组表达下调显著的ITGA2B、ITGB3蛋白与病程密切相关,有望成为应用干细胞治疗糖尿病性下肢溃疡的新靶点。 展开更多
关键词 脂肪干细胞 外泌体 蛋白质非标记定量技术 生物学信息学
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苹果植株应答连作障碍差异蛋白质组学分析 被引量：2
5
作者 倪伟 倪蔚茹 +4 位作者 赵静 王增辉 毛志泉 陈学森 沈向 《山东农业科学》 2017年第5期1-9,共9页
为明确不同苹果品种应对连作障碍时差异表达的蛋白,在蛋白表达水平上揭示苹果应答连作障碍的机制,本研究选择在重茬地中表现不同的两个苹果品种(抗重茬能力强的富士2001和抗重茬能力弱的首富1号)作为试材,利用重茬土进行盆栽试验,运用... 为明确不同苹果品种应对连作障碍时差异表达的蛋白,在蛋白表达水平上揭示苹果应答连作障碍的机制,本研究选择在重茬地中表现不同的两个苹果品种(抗重茬能力强的富士2001和抗重茬能力弱的首富1号)作为试材,利用重茬土进行盆栽试验,运用蛋白质非标记定量技术(label-free)鉴定两个苹果品种叶片中差异表达的蛋白,将差异蛋白与GO、COG等数据库进行比对,分析不同苹果品种差异蛋白的功能和分类。结果表明,两个苹果品种在重茬土栽植条件下主要鉴定得到43种差异或特异表达的蛋白,主要分为4类,包括光合作用相关蛋白(1种)、植物能量及物质代谢相关蛋白(17种)、植物防御和抗逆性相关蛋白(8种)、其他功能蛋白(17种),其中,植物能量及物质代谢、植物防御和抗逆性相关蛋白表达量具有较大差异。不同苹果品种在连作障碍反应相关蛋白的表达量方面存在差异,抗重茬能力强的品种蛋白表达量明显高于抗重茬能力弱的品种,推测参与防御反应的苹果过敏原蛋白和病程相关蛋白是苹果植株应对连作障碍的关键蛋白。抗重茬能力强的品种通过加强多种不同途径的代谢,增强植株对于连作障碍的抗逆性,减少连作障碍对植物的伤害。 展开更多
关键词 苹果 连作障碍 蛋白质非标记定量技术 蛋白质组学
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3种不同的HPV型别宫颈癌细胞株分泌蛋白非标记定量技术分析 被引量：1
6
作者 郝轶 袁建林 +2 位作者 肖悦 李卉 郭霞 《癌变．畸变．突变》 CAS CSCD 2018年第5期354-358,364,共6页
目的:分析3种不同HPV型别的宫颈癌细胞株Siha、Caski和C33的分泌蛋白表达及种类,寻找其共性分泌蛋白标志物,为临床早期发现及针对性干预提供依据。方法:采用非标记(label-free)定量技术分析3种不同宫颈癌SiHa、Caski和C33细胞株的分泌蛋... 目的:分析3种不同HPV型别的宫颈癌细胞株Siha、Caski和C33的分泌蛋白表达及种类,寻找其共性分泌蛋白标志物,为临床早期发现及针对性干预提供依据。方法:采用非标记(label-free)定量技术分析3种不同宫颈癌SiHa、Caski和C33细胞株的分泌蛋白,运用LC-MS/MS和Maxquant的非标记技术,筛选出宫颈癌分泌蛋白的种类及分类。结果:共鉴定肽段数21 609个,蛋白数2 895个。其中3种宫颈癌细胞株共性蛋白共729种,占29.2%;特异性蛋白Siha细胞株含128种,Caski细胞株含143种,C33细胞株含859种。对于结果中729种共性蛋白进行分析,有以下4类较为集中的类型:热休克蛋白类(HSPs)共14种;异质性核糖核蛋白类(HNRP)共8种;层黏连蛋白类(LN)共4种;阿尔多酮还原酶1类(AKR1)共2种。其中,溶酶体信号通路所占比例最大(39种)。结论:SiHa、Caski和C33细胞株的分泌蛋白中共有729种共性蛋白,其中4类集中的蛋白类型均先后在研究中证实对宫颈癌的进程和发展有影响,并且可能与溶酶体信号通路有关。可为筛选高危型HPV感染的宫颈癌患者的血清标志物提供依据。 展开更多
关键词 宫颈癌 宫颈癌细胞株 分泌蛋白 非标记定量技术分析
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非标记定量蛋白质谱分析颅内动脉瘤的特征性蛋白及其生物学功能 被引量：1
7
作者 李思辰 刘佩玺 +1 位作者 史源 朱巍 《中华神经外科杂志》 CSCD 北大核心 2017年第10期1062-1067,共6页
目的 从蛋白水平探索颅内动脉瘤（IA）的发展及破裂机制,寻找靶点蛋白.方法 选取3例2015年10月至2016年5月在复旦大学附属华山医院神经外科行动脉瘤夹闭患者的IA标本和3例同期接受经翼点入路手术患者的颞浅动脉（STA）标本.利用非标记... 目的 从蛋白水平探索颅内动脉瘤（IA）的发展及破裂机制,寻找靶点蛋白.方法 选取3例2015年10月至2016年5月在复旦大学附属华山医院神经外科行动脉瘤夹闭患者的IA标本和3例同期接受经翼点入路手术患者的颞浅动脉（STA）标本.利用非标记定量蛋白质谱技术对6例标本行蛋白组学分析,采用生物信息学筛选差异表达蛋白基因本体（GO）分析对差异表达蛋白进行生物学过程、细胞成分及分子功能分析.行蛋白互作网络分析,应用全基因组及代谢途径数据库（KEGG）对差异表达蛋白行通路分析.结果 共筛选出106种IA标本与STA标本差异表达蛋白,其中差异有统计学意义的共有20种,IA组中下调表达蛋白6种,上调表达蛋白14种.GO分析显示,IA组中差异表达的蛋白主要为促进生物合成的相关蛋白,IA与STA标本中最重要的细胞水平结构差异为膜结合细胞器.蛋白互作网络和KEGG通路分析显示,IA组表达上调最显著的THBS4蛋白在细胞外基质受体相互作用中起重要作用,下调表达最显著的PTGS1蛋白在血小板激活中起重要作用.结论 采用非标记定量蛋白质谱分析IA的特征性蛋白及其生物学功能显示,THBS蛋白可能在IA发生的过程中发挥重要作用,有望成为干预IA的新靶点. 展开更多
关键词 颅内动脉瘤 蛋白质非标记定量技术 蛋白质组学 计算生物学
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红鳍东方鲀卵巢与精巢的蛋白质组比较分析
8
作者 李鑫 胡子文 +3 位作者 王盛南 仇雪梅 刘鹰 王秀利 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期847-856,共10页
为研究红鳍东方鲀Takifugu rubripes性腺发生的相关机制,选择3龄体质量约2.0 kg的红鳍东方鲀成熟卵巢与精巢组织,利用非标记定量技术(Lable-free)对卵巢与精巢两种组织蛋白质组进行定性与定量分析,并运用GO、KEGG分析等方法对差异表达... 为研究红鳍东方鲀Takifugu rubripes性腺发生的相关机制,选择3龄体质量约2.0 kg的红鳍东方鲀成熟卵巢与精巢组织,利用非标记定量技术(Lable-free)对卵巢与精巢两种组织蛋白质组进行定性与定量分析,并运用GO、KEGG分析等方法对差异表达的蛋白进行富集分析。结果表明:非标记定量显示,在两组织间卵巢中特有的蛋白为150个,精巢中特有的蛋白为132个,有172个在卵巢中表达较高的蛋白及161个在精巢中表达较高的蛋白,在卵巢中存在与卵巢发育相关的高表达蛋白ELAVL2、RNA helicase、LSM4和FRUYP1,而在精巢中特异表达蛋白GSDF影响精巢发育;经GO分析发现,RNA结合(RNA binding)可能影响卵巢发育,两组织差异蛋白在膜组成部分(Integral component of membrane)具有最大差值;GO功能显著性富集分析得出,转移酶活性(Transferase activity)在两组织之间差异最显著;KEGG通路分析显示,核糖体通路(Ribosome)在两组织间差异蛋白最多,该通路也可能与性腺发育相关,通路中核糖体蛋白L10A被证实与一些物种性别发育相关,并发现吞噬体(Phagosome)、溶酶体(Lysosome)及鞘脂代谢通路(Sphingolipid signaling pathway)可能与精子成熟相关。研究表明,红鳍东方鲀卵巢与精巢蛋白质组差异较大,与卵巢发育相关的蛋白有ELAVL2和RNA helicase及核糖体通路等,与精巢发育相关的蛋白有GSDF及吞噬体通路等,本研究结果可为红鳍东方鲀性腺组织发育研究提供参考。 展开更多
关键词 红鳍东方鲀 卵巢 精巢 蛋白质组 非标记质谱定量技术
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