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生物信息学技术分析lncRNA USP30-AS1与卵巢浆液性囊腺癌免疫细胞浸润的相关性
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作者 王海燕 黄守国 +2 位作者 蒙秋 张静 魏莉 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期834-840,共7页
目的 研究卵巢浆液性囊腺癌(OSC)中长链非编码RNA泛素特异性蛋白酶30-反义RNA 1(USP30-AS1)的表达及其与免疫浸润的关系,并确定其在OSC中的预后作用。方法 通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库检索了384名OSC患者的USP30-AS1表达和临床信息... 目的 研究卵巢浆液性囊腺癌(OSC)中长链非编码RNA泛素特异性蛋白酶30-反义RNA 1(USP30-AS1)的表达及其与免疫浸润的关系,并确定其在OSC中的预后作用。方法 通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库检索了384名OSC患者的USP30-AS1表达和临床信息。Wilcoxon秩和检验用于比较OSC和正常卵巢组织中USP30-AS1的表达。采用逻辑回归分析临床病理特征与USP30-AS1的关系,进行基因集富集分析(GSEA)和单样本基因集富集分析(ssGSEA)以研究富集途径和功能,并量化USP30-AS1的免疫细胞浸润程度。根据长链非编码RNA (lncRNA) USP30-AS1的表达情况,根据表达均值将样本分为高表达组和低表达组。采用对数秩检验、单变量和多变量比例风险回归模型(Cox)用于比较不同USP30-AS1表达组之间的预后差异,lncRNA USP30-AS1的表达对其他基因组的影响也据此分析。结果 USP30-AS1高表达与肿瘤国际妇产科协会(FIGO)分期显著相关。多变量生存分析表明,USP30-AS1表达水平是OSC独立预后标志物。GSEA数据显示USP30-AS1高表达可能激活程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)信号转导、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)通路、 B细胞受体信号通路、细胞凋亡、成纤维细胞生长因子受体(FGFR)信号通路,以及Janus激酶/信号转导子与转录激活子(JAK/STAT)信号通路。USP30-AS1表达与免疫细胞浸润呈负相关,包括B细胞、 CD4^(+)T细胞、树突状细胞、 CD8^(+)T细胞和中性粒细胞。结论 USP30-AS1有可能作为预测OSC预后的分子标志物。 展开更多
关键词 生物标志物 编码rna泛素特异性蛋白酶30-反义rna 1(USP30-AS1) 卵巢浆液性囊腺癌 预后
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