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题名昆虫RNA-Seq数据的分析流程
被引量：1
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作者
刘金定
张赞
黄水清
李飞
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机构
南京农业大学植物保护学院
南京农业大学信息科学技术学院
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出处
《应用昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期1458-1468,共11页
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基金
国家自然科学基金(31171843)
国家高技术研究发展计划("863"计划)(2012AA101505)
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文摘
随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据分析与基因组分析和传统的EST数据分析有所不同。本文通过介绍不同的测序平台、原始数据产生和低质量数据过滤的计算流程,对短序列比对、转录组拼接、功能注释、以及差异表达分析进行了研究和分析,最后对RNA-Seq在昆虫学研究中的应用进行了综述,并对RNA-Seq技术进行了总结和展望。
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关键词
高通量RNA测序
段序列比对
转录组拼接
基因功能注释
基因表达定量
基因差异表达
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Keywords
high-throughput RNA sequencing, short sequence alignment, transcriptome reconstruction, gene function annotation, gene expression quantification, gene differential expression
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分类号
Q963
[生物学—昆虫学]
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