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基于转录组测序黑老虎角鲨烯合酶基因克隆和生物信息学分析 被引量：5
1
作者 王丽君 李艳青 +4 位作者 谢舒平 石雨荷 朱敏 童巧珍 段礼新 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期870-878,共9页
目的研究黑老虎[Kadsura coccinea(Lem.)A. C. Smith]转录组特征,克隆三萜生物合成上游途径的关键酶基因角鲨烯合酶(KcSQS),为黑老虎资源利用奠定基础。方法对黑老虎不同部位进行转录组测序分析,根据筛选出的KcSQS候选基因序列设计引物... 目的研究黑老虎[Kadsura coccinea(Lem.)A. C. Smith]转录组特征,克隆三萜生物合成上游途径的关键酶基因角鲨烯合酶(KcSQS),为黑老虎资源利用奠定基础。方法对黑老虎不同部位进行转录组测序分析,根据筛选出的KcSQS候选基因序列设计引物,利用PCR技术进行基因克隆,并借助生物学软件进行生物信息学分析。结果克隆得到一个KcSQS基因,包含全长1 227 bp的开放阅读框(ORF),编码408个氨基酸,预测其蛋白分子量为46.65 kD,定位于细胞质膜,含一段跨膜超螺旋结构。该基因在黑老虎叶片中表达量最高,与同科植物厚朴(Magnolia officinalis Rehd. et Wils.)角鲨烯合酶(MoSQS)蛋白序列相似性为76.77%,预测为角鲨烯合酶。结论该研究对黑老虎植物根、茎和叶进行转录组测序,成功克隆了角鲨烯合酶基因,并对其进行生物信息学分析,可为进一步研究黑老虎三萜类化合物的生物合成提供依据。 展开更多
关键词 黑老虎 角鲨烯合酶 转录组测序 基因克隆
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基于转录组测序对油茶角鲨烯合酶基因的克隆及分析 被引量：4
2
作者 周长富 姚小华 +2 位作者 林萍 王开良 常君 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期852-858,共7页
油茶是中国重要的木本油料树种,而角鲨烯在茶籽油中含量多少是茶油品质的重要指标,为提高油茶角鲨烯含量,以油茶种子转录组测序为基础,根据Unigene设计SQS基因RACE引物,克隆出基因全长共1 490bp,开放阅读框1 266 bp,编码422个氨基酸,将... 油茶是中国重要的木本油料树种,而角鲨烯在茶籽油中含量多少是茶油品质的重要指标,为提高油茶角鲨烯含量,以油茶种子转录组测序为基础,根据Unigene设计SQS基因RACE引物,克隆出基因全长共1 490bp,开放阅读框1 266 bp,编码422个氨基酸,将氨基酸序列与其他植物SQS进行比对,构建进化树,分析物种间进化关系,进行蛋白质的生物信息学分析,包括蛋白质结构特点、理化性质、氨基酸组成及稳定性分析;跨膜区域分析;信号肽识别位点;磷酸化位点;二级结构及功能;结构域分析。通过转录组测序和荧光实时定量分析了SQS基因在油茶种子发育各时期表达量变化规律,并提取各时期油脂,测定角鲨烯含量,发现两种基因表达量分析方法的结果有一致的变化趋势,且与各月份间角鲨烯含量有相同的变化规律。证明了转录组测序的有效性,并推测油茶角鲨烯合酶基因的表达量变化与角鲨烯含量的多少有直接关系,为后续从分子手段提高茶籽油中角鲨烯含量提供了理论基础。 展开更多
关键词 油茶 角鲨烯合酶 转录组测序 生物信息学分析 基因表达 角鲨烯含量
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茉莉酸甲酯对罗汉果SQS、CS和CAS基因表达的影响 被引量：3
3
作者 韦荣昌 覃芳 +3 位作者 唐美琼 闫志刚 韦莹 施力军 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第2期42-47,共6页
以人工授粉后50d的罗汉果果实为试材,喷施不同浓度的茉莉酸甲酯(Methyl Jasmonate,MeJA),诱导不同时间后取样并提取RNA,采用实时荧光定量PCR测定罗汉果甜苷V代谢途径3个关键酶(角鲨烯合酶:squalene synthase,SQS;葫芦二烯醇合酶:cucurbi... 以人工授粉后50d的罗汉果果实为试材,喷施不同浓度的茉莉酸甲酯(Methyl Jasmonate,MeJA),诱导不同时间后取样并提取RNA,采用实时荧光定量PCR测定罗汉果甜苷V代谢途径3个关键酶(角鲨烯合酶:squalene synthase,SQS;葫芦二烯醇合酶:cucurbitadienol synthase,CS;环阿乔醇合酶:cycloartenol synthase,CAS)基因的相对表达量,以期为掌握SQS、CS和CAS的表达规律,进而为提高罗汉果甜苷V的代谢提供参考依据。结果表明:MeJA对SQS和CS的表达均有促进作用,在200μmol·L^(-1)的MeJA诱导后12h和24h,SQS和CS的相对表达量最高,分别为处理前的11.12倍和9.82倍;MeJA能抑制CAS的表达,在100μmol·L^(-1)的MeJA处理后6h,CAS相对表达量降至最低,仅为对照的0.13倍。 展开更多
关键词 罗汉果 茉莉酸甲酯 角鲨烯合酶 葫芦二烯醇合酶 环阿乔醇合酶
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过表达三七PnSS基因对烟草萜类物质含量及生长发育的影响 被引量：1
4
作者 罗崇玉 张利娜 +6 位作者 姜茜 周璇 韩丽 梁燕 彭晟 李作森 杜云龙 《烟草科技》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期32-37,共6页
为明确PnSS基因在调节烟草萜类物质含量中的作用,构建了PnSS基因过表达载体,并通过叶盘法转化烟草品种巴斯玛14号,获得了PnSS基因过表达烟草植株,最后利用HS-SPME-GC/MS分析转化烟草叶片中的香味物质含量(质量分数)。结果表明:①PnSS的... 为明确PnSS基因在调节烟草萜类物质含量中的作用,构建了PnSS基因过表达载体,并通过叶盘法转化烟草品种巴斯玛14号,获得了PnSS基因过表达烟草植株,最后利用HS-SPME-GC/MS分析转化烟草叶片中的香味物质含量(质量分数)。结果表明:①PnSS的氨基酸序列与其在烟草中同源物NtSS具有81.9%的一致性,并含有角鲨烯和植烯合成酶结构域。②PnSS基因的过表达导致烟草植株变矮、叶片变小;与根和茎相比,叶片中PnSS基因表达量最高。③PnSS基因的过表达使烟叶中乙酸、糠醇、4,6-二甲基嘧啶、苯乙醛、3,5-二甲基苯甲醛、二烯烟碱、二氢猕猴桃内酯、2-甲基吡嗪、壬酸、异戊醛、2-甲基丁醛、西松烯和烟碱13种香味物质含量增加,2,3-二氢-3,5二羟基-6-甲基-4(H)-吡喃-4-酮、2,3-联吡啶、植醇、苯乙醇、新植二烯、苯甲醛和麦斯明7种香味物质含量降低。因此,过表达PnSS基因会抑制烟草植株的生长发育并改变烟叶中萜类物质等香味物质的含量。 展开更多
关键词 烟草 角鲨烯合酶 香味物质 PnSS
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口腔肿瘤干细胞样细胞中锌指蛋白750的潜在靶蛋白筛选
5
作者 姜博 于水 +3 位作者 杨一昆 徐聪 杨红莉 陈海英 《山东医药》 CAS 2023年第15期38-42,共5页
目的筛选锌指蛋白750(ZNF750)在口腔肿瘤干细胞样细胞(CSC-like cell)中的潜在靶蛋白。方法(1)CSC-like cell的富集:采用肿瘤球形成实验富集口腔鳞癌(OSCC)细胞系TCA-83及CAL-27细胞中CSC-like cell细胞。(2)CSC-like cell细胞中ZNF750... 目的筛选锌指蛋白750(ZNF750)在口腔肿瘤干细胞样细胞(CSC-like cell)中的潜在靶蛋白。方法(1)CSC-like cell的富集:采用肿瘤球形成实验富集口腔鳞癌(OSCC)细胞系TCA-83及CAL-27细胞中CSC-like cell细胞。(2)CSC-like cell细胞中ZNF750潜在靶蛋白筛选:将CSC-like cell分为oe-Con组(转导空载体慢病毒)及oeZNF750组(转导过表达ZNF750慢病毒),采用TMT标记定量蛋白质组学技术筛选两组差异表达蛋白,对差异表达蛋白进行生物信息学分析[GO、KEGG及IPR(结构域)分析],从差异表达蛋白中选择与ZNF750关系密切的候选蛋白[角鲨烯合酶(FDFT1)、与糖代谢相关的糖原合成酶(GYS1)、与核糖体相关的核糖体蛋白RPL15及40S核糖体蛋白RPS7以及具有结构分子活性的角蛋白6A、17(KRT6A、KRT17)]进行实时荧光定量PCR(qPCR)验证。从与ZNF750关系密切的候选蛋白中选择FDFT1(与类固醇生物合成有关兼具酶转运活性)作为兴趣蛋白,采用qPCR检测CSC-like cell、口腔鳞癌(OSCC)细胞、正常口腔上皮细胞中FDFT1 mRNA的相对表达量,蛋白质印迹法检测过表达或敲减ZNF750基因的CSC-like cell中FDFT1蛋白相对表达量。结果(1)转导过表达ZNF750基因的CSC-like cell细胞中差异表达蛋白的筛选结果:与oe-Con组相比,oe-ZNF750组中差异表达蛋白共26个,其中上调9个,下调17个。(2)差异表达蛋白生信分析结果及其中与ZNF750关系密切的差异表达蛋白验证结果:GO分析结果显示,差异表达蛋白主要位于细胞内和细胞内非膜结合细胞器,参与生物合成及生物大分子的合成过程;涉及的生物功能包含结构分子活性、糖原合成酶活性、糖脂转运及糖脂结合功能;KEGG信号通路分析结果显示,差异表达蛋白显著富集在类固醇生物合成及糖代谢过程中;IPR分析证明富集的结构域包含糖脂转移蛋白结构域。qPCR结果显示,ZNF750可降低FDFT1、GYS1、RPL15、RPS7、KRT6A、KRT17基因的表达(P均<0.05)。(3)CSC-like 展开更多
关键词 锌指蛋白750 角鲨烯合酶 胆固醇代谢 肿瘤干细胞 蛋白组学测序技术 同位素标记定量技术 口腔鳞癌
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蓝莓鲨烯合酶基因的克隆与表达分析
6
作者 陈新 徐丽 +7 位作者 张力思 魏海蓉 宗晓娟 王甲威 谭钺 朱东姿 洪坡 刘庆忠 《山东农业科学》 2019年第5期1-6,共6页
鲨烯合酶基因(SQS)在植物三萜类化合物合成途径中起着重要作用,是上游代谢通路中的关键基因。本研究采用RT-PCR技术从‘喜来’蓝莓根中克隆得到VcSQS基因,序列全长1489bp,序列分析结果表明,其含有1242bp的开放阅读框,编码413个氨基酸。... 鲨烯合酶基因(SQS)在植物三萜类化合物合成途径中起着重要作用,是上游代谢通路中的关键基因。本研究采用RT-PCR技术从‘喜来’蓝莓根中克隆得到VcSQS基因,序列全长1489bp,序列分析结果表明,其含有1242bp的开放阅读框,编码413个氨基酸。氨基酸同源序列分析表明,蓝莓与其它物种SQS蛋白氨基酸序列相似性很高,与山茶科的茶相似性最高,达90.58%,与葡萄相似性达87.92%。荧光定量试验结果表明,SQS基因在蓝莓叶中的表达量最高,芽中的最低。 展开更多
关键词 蓝莓 角鲨烯合酶基因 同源序列分析 荧光定量
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