蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)全长转录组测序及分析 被引量：6

1

作者 尚骁尧 周玲芳 +1 位作者 尹芊芊 晁跃辉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期131-140,共10页

为了深入分析和探索豆科模式植物蒺藜苜蓿的mRNA完整结构,使用单分子长读数测序技术(single-molecule long-read sequencing technology,SMRT)对蒺藜苜蓿进行全长转录组测序及分析。共获得7 728 183个subread和509 014条全长非嵌合序列(... 为了深入分析和探索豆科模式植物蒺藜苜蓿的mRNA完整结构,使用单分子长读数测序技术(single-molecule long-read sequencing technology,SMRT)对蒺藜苜蓿进行全长转录组测序及分析。共获得7 728 183个subread和509 014条全长非嵌合序列(full-length non-chimeric read,FLNC),通过比对分析发现,94.36%的序列与93.01%的序列分别与蒺藜苜蓿R108与A17参考基因组匹配。总计存在8 406种可变性剪接,其中主要的剪接方式为内含子保留(intron retention,RI)。共发现23 926个基因,其中12 049个基因存在295 545条转录本,在这些转录本中至少存在一个poly(A)位点。此外,共鉴定出3 223条转录因子,6 595条长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和479条融合转录本。使用SMRT技术能够深入发掘蒺藜苜蓿转录数据,也为更好地利用蒺藜苜蓿基因组资源提供数据补充。 展开更多

关键词 蒺藜苜蓿 单分子全长读数测序 可变性剪接 融合转录本

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西葫芦cDNA全长转录组序列分析

2

作者 张中海 王美丽 +4 位作者 唐忠丽 薛诗怡 张安世 雷逢进 许小勇 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第24期8028-8035,共8页

为解析西葫芦中类胡萝卜素积累的分子机制,本研究利用PacBio单分子长读长测序技术(single-molecule long-read sequencing technology,SMRT)对富含类胡萝卜素的黄皮西葫芦(21pu05)叶、雌花、雄花、未授粉果实和授粉10 d果实等组织的混... 为解析西葫芦中类胡萝卜素积累的分子机制,本研究利用PacBio单分子长读长测序技术(single-molecule long-read sequencing technology,SMRT)对富含类胡萝卜素的黄皮西葫芦(21pu05)叶、雌花、雄花、未授粉果实和授粉10 d果实等组织的混合样品进行全长转录组测序分析。试验结果共获得循环一致序列(circular consensus read,CCS) 158 968条,其中全长非嵌合(full length reads non-chimeric,FLNC)序列113 284条。聚类分析获得高质量的一致序列28 383条,其中融合转录本有213个。进一步分析发现16 895个可变剪接基因位点,其中新基因位点1 734个,新转录本18 510个。序列结构预测鉴定出8 773个SSR位点、8 527个完整ORF序列,以及317个长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)。对16 508个新转录本进行了功能注释。以上研究结果为开展西葫芦类胡萝卜素合成相关基因的克隆及分子机制的解析提供参考。 展开更多

关键词 黄皮西葫芦 全长转录组 可变性剪接 融合转录本

原文传递

应用RT/PCR技术检测急性粒细胞白血病M2型AML1/ETO融合基因转录本的研究 被引量：2

3

作者 雷平冲 刘慧娟 瞿亚萍 《中国优生与遗传杂志》 2000年第2期18-20,共3页

目的 :探讨检测AML1 ETO融合转录本在t( 8;2 1)急性粒细胞白血病M 2型 [M 2 /t( 8;2 1]的临床诊断和预后判断中的意义。方法 :用半筑巢式逆转录聚合酶链反应 (RT/PCR)技术检测AML1/ETO融合基因转录本 ,应用Southernblot技术及限制性内... 目的 :探讨检测AML1 ETO融合转录本在t( 8;2 1)急性粒细胞白血病M 2型 [M 2 /t( 8;2 1]的临床诊断和预后判断中的意义。方法 :用半筑巢式逆转录聚合酶链反应 (RT/PCR)技术检测AML1/ETO融合基因转录本 ,应用Southernblot技术及限制性内切酶技术检测PCR产物的特异性。结果 :在 19例AML M 2中共检出 10例存在AML1/ETO融合基因转录本 ,阳性率为 5 2 .6 % ,2例MDS中 1例为阳性 ,其余病例包括 3例M4均为阴性 ,第一轮PCR的检测水平为 1/ 10 3 10 4 个细胞 ,第二轮PCR的敏感性达 1/ 10 4 10 5个细胞 ,说明该技术的敏感性很高。结论 :半筑巢式RT/PCR技术是一种快速、简便、灵敏、可靠的检测AML1/ETO融合转录本的方法 ,对M2 /t( 8;2 1) 展开更多

关键词 急性白血病 融合转录本 AML1/ETO PCR

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PolⅡ型启动子K14实现组织特异RNAi 被引量：3

4

作者 代蓉 沈思军 +3 位作者 万鹏程 石国庆 孟庆勇 刘守仁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期757-762,共6页

RNAi(RNA interference,RNAi)是继基因打靶技术后的一种高效的研究基因功能的方法。细胞学实验和小鼠模型的研究结果表明,PolⅡ型启动子可以实现组织特异的RNA干扰,从而为鉴定基因在特定组织中的功能及作用机理提供了一个强有力的研究... RNAi(RNA interference,RNAi)是继基因打靶技术后的一种高效的研究基因功能的方法。细胞学实验和小鼠模型的研究结果表明,PolⅡ型启动子可以实现组织特异的RNA干扰,从而为鉴定基因在特定组织中的功能及作用机理提供了一个强有力的研究方法。为了能将这种方法用于转基因绵羊生产,探讨基因与绵羊毛囊发育的关系及其作用机制等,文章利用PolⅡ型CMV启动子和毛囊组织特异表达的人角蛋白14(K14)基因的启动子驱动eGFP-shRNA融合转录本的生成,从而实现敲低目的基因的表达。体外基因表达沉默效率分析(pEGFP-C1-shRNA和psiCHECK-BMP4双质粒共转染Hela细胞)结果表明,6个干扰序列均能有效地抑制BMP4基因的表达,抑制效率达到60%以上;体内表达沉默分析(只转染pEGFP-K14-shRNA质粒转染小鼠皮肤细胞系JB6-C41)的实验结果与体外分析结果相似,除3#序列外,其余干扰序列对BMP4基因的抑制效率都在60%以上,其中5#序列的效率达到80%以上。siRNA诱导的目标基因沉默中mRNA和蛋白水平的下降显著正相关。结果表明,设计构建的由PolⅡ型启动子K14驱动eGFP-shRNA融合转录本的形成,从而实现RNAi的研究方法是可行的,利用这种方法可以实现在特定细胞中敲低目的基因的表达水平。为在大家畜特别是绵羊中应用RNAi的方法分析目的基因在毛囊发育、对不同类型毛囊生长发育的诱导和调节等作用机理的研究提供一个参考方法。 展开更多

关键词 组织特异 RNAI K14启动子 融合转录本 转基因家畜

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真核生物基因组转录诱导融合基因的研究进展 被引量：2

5

作者 吕聪颖 赵刚彬 吕贯廷 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1255-1259,共5页

真核生物的基因组由基因和基因间区组成.基因转录时,从转录起始点开始到该基因的转录终止点结束,形成独立的转录单元.然而有少量的文献表明,转录有时会通读基因间区,产生包含上游基因、基因间区和下游基因的融合基因转录本.融合转录本... 真核生物的基因组由基因和基因间区组成.基因转录时,从转录起始点开始到该基因的转录终止点结束,形成独立的转录单元.然而有少量的文献表明,转录有时会通读基因间区,产生包含上游基因、基因间区和下游基因的融合基因转录本.融合转录本经基因间剪接而成为有功能的成熟转录本.对真核生物转录诱导融合基因的基因间剪接方式、产生机制和意义进行了综述. 展开更多

关键词 基因间区 转录 融合转录本

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急性T细胞白血病细胞变异型sil-tal1融合转录本和基因组DNA断裂点

6

作者 赵晓曦 梁丽姬 +1 位作者 丁卫 李志刚 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2011年第1期174-179,共6页

本研究探究1例儿童急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)的变异型sil-tal1融合转录本的序列。将PCR扩增产物克隆入质粒载体并测序,针对变异部分序列设计引物,对基因组DNA进行PCR扩增及序列比对。结果表明,在cDNA水平发现4种不同的融合转录本,分... 本研究探究1例儿童急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)的变异型sil-tal1融合转录本的序列。将PCR扩增产物克隆入质粒载体并测序,针对变异部分序列设计引物,对基因组DNA进行PCR扩增及序列比对。结果表明,在cDNA水平发现4种不同的融合转录本,分别保留了sil基因的部分外显子或内含子序列,并存在插入和删除现象。经分析白血病细胞的基因组DNA序列,发现了一种新的sil-tal1重组,其sil基因的断裂点在DNA水平上与文献报道不同。结论:此例患儿白血病细胞的tal1基因发生了新型重组,并表达经典型的和至少3种变异型的融合转录本,此现象可能是由于白血病细胞转录剪接机制异常所致。 展开更多

关键词 tall基因 sil基因 融合转录本 急性T淋巴细胞白血病 基因组DNA断裂点

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猪LncRNA基因内L1转座子插入多态与生产和繁殖性状的关联分析

7

作者 顾浩 杜站宇 +4 位作者 王宵燕 王伟 陈才 高波 宋成义 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》 CAS 北大核心 2021年第3期55-60,共6页

LncRNA是长链非编码RNA,在表观遗传学中发挥着重要作用,对蛋白质编码基因的表达起着调节作用,LncRNA基因中存在长散在重复序列(LINE)的插入。通过生物信息学分析、PCR检测和生产性能关联分析等方法鉴定猪LncRNA基因(NONSUSG015048.1和NO... LncRNA是长链非编码RNA,在表观遗传学中发挥着重要作用,对蛋白质编码基因的表达起着调节作用,LncRNA基因中存在长散在重复序列(LINE)的插入。通过生物信息学分析、PCR检测和生产性能关联分析等方法鉴定猪LncRNA基因(NONSUSG015048.1和NONSUSG015549.1)中L1插入位点的多态性,探究L1插入LncRNA基因对猪生产和繁殖性能的影响。结果表明:大白猪NONSUSG015048.1基因中无L1插入个体的校正背膘厚度显著大于有插入个体;NONSUSG015549.1基因中无L1插入个体的产活仔数显著多于有插入个体。将L1参考序列与LncRNA转录本序列进行了比对,未发现插入的L1和LncRNA基因形成融合转录本。这说明LncRNA基因中L1插入多态可能与猪校正背膘厚和产活仔数有关联,为这2个分子标记在猪分子育种中的应用提供了参考。 展开更多

关键词 大白猪 长散在重复序列(LINE) LncRNA 多态性 融合转录本 关联分析

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急性髓细胞白血病M2型AML1-ETO融合转录本的检测

8

作者 雷平冲 杨爱德 刘慧娟 《河南职工医学院学报》 1999年第3期1-3,共3页

目的：探讨检测AML1－ETO融合转录本在t（8；21）急性髓细胞白血病M2型M2／t（8；21）的临床诊断和预后判断中的意义。方法：用G显带技术对初治M2患者作染色体核型分析，用半筑巢式逆转录聚合酶链反应（RT／PCR）技术检测AML1－ETO融合... 目的：探讨检测AML1－ETO融合转录本在t（8；21）急性髓细胞白血病M2型M2／t（8；21）的临床诊断和预后判断中的意义。方法：用G显带技术对初治M2患者作染色体核型分析，用半筑巢式逆转录聚合酶链反应（RT／PCR）技术检测AML1－ETO融合基因转录本。结果：14例初治M2中共检出9例存在AMLI-ETO融合基因转录本，阳性率为64．3％。细胞遗传学技术证实9例均有t（8；21）易位；5例为阴性，均无t（8；21）易位；4例伴t（8;21）易位患者在处于完全缓解后5～72月，RT／PCR结果仍持续阳性。结论：应用筑巢式RT／PCR技术近似半定量检测AMLI－ETO融合转录本，对M2／t（8；21）的诊断和预后判断具有重要临床价值。 展开更多

关键词 白血病 髓细胞 急性 融合转录本 AML1-ETO 聚合酶链反应

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E2A-PBX1融合基因阳性的儿童急性淋巴细胞白血病携带变异型融合转录本 被引量：2

9

作者 李志刚 赵玮 +1 位作者 吴敏媛 胡亚美 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2006年第3期516-520,共5页

为了研究儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)中E2A-PBX1融合基因的表达,采用位于E2A基因不同位置的上游引物与下游PBX1引物,检测了410例儿童ALL,包括362例B细胞ALL和48例T细胞ALL。结果发现:17例患儿携带E2A-PBX1融合基因,检出率4.1%,且全部为... 为了研究儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)中E2A-PBX1融合基因的表达,采用位于E2A基因不同位置的上游引物与下游PBX1引物,检测了410例儿童ALL,包括362例B细胞ALL和48例T细胞ALL。结果发现:17例患儿携带E2A-PBX1融合基因,检出率4.1%,且全部为B细胞ALL,而且所有阳性病例均表达一种变异型融合转录本,后者是由E2A基因的第13外显子(159bp)被差异剪切形成的。经BLASTn比对分析,这种转录本保持了原来的开放阅读框,但导致53个氨基酸残基的丢失。这53个氨基酸残基位于活化区2,会导致融合蛋白中部分环-螺旋结构以及全部七聚体亮氨酸重复序列的丢失。结论:携带E2A-PBX1融合基因的儿童ALL表达典型和变异型2种融合转录本,后者是由E2A基因第13外显子被差异剪切而形成的,它将导致融合蛋白中53个氨基酸残基及其所构成的部分环-螺旋结构以及全部七聚体亮氨酸重复序列的丢失。 展开更多

关键词 急性淋巴细胞白血病 E2A-PBX1融合基因 变异型融合转录本 活化区2

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HPV18融合转录本E1/CCAT1在宫颈癌筛查中的应用 被引量：2

10

作者 鲁伟 姚轶敏 李强 《浙江临床医学》 2021年第12期1698-1701,共4页

目的探讨融合转录本E1/CCAT1在人乳头瘤病毒(HPV)18感染的宫颈组织和上皮细胞中的表达及临床意义。方法选取2016年2月至2020年3月浙江省中医院收治的HPV18感染宫颈癌前病变及宫颈癌患者共62例和宫颈癌筛查者105例作为研究对象。收集所... 目的探讨融合转录本E1/CCAT1在人乳头瘤病毒(HPV)18感染的宫颈组织和上皮细胞中的表达及临床意义。方法选取2016年2月至2020年3月浙江省中医院收治的HPV18感染宫颈癌前病变及宫颈癌患者共62例和宫颈癌筛查者105例作为研究对象。收集所有患者经手术或活检获取的宫颈组织和筛查者宫颈脱落上皮细胞标本,培养Hda细胞。以非HPV18感染或因良性疾病切除的宫颈组织作为对照,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测HeLa细胞株及收集样本的融合转录本E1/CCAT1和C-MYC的表达。结果在HPV18阳性的部分宫颈组织标本和HeLa细胞株中均发现E1/CCAT1(E1_1489084/Chrom8_128,231,211)的表达。E1/CCAT1和C-MYC的相对表达量均随着宫颈分级程度加重而逐级升高,且E1/CCAT1在宫颈病变组织中的相对表达水平与C-MYC呈正相关(P<0.01,r=0.8862)。105例HPV18阳性的宫颈脱落上皮细胞中有10例检测出E1/CCAT1融合转录本,后续随访经阴道镜活检为低或高度上皮内瘤变患者。结论HPV18可能通过与宿主细胞转录融合形成E1/CCAT1转录本参与宫颈癌的病变过程,有望成为宫颈癌筛查的新标志物。 展开更多

关键词 人乳头瘤病毒18 宫颈癌 HPV整合位点 HPV与人的融合转录本

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实时定量RT—PCR方法检测初诊白血病患者常见分子标志物 被引量：4

11

作者 姚利 陈子兴 +4 位作者 岑建农 邱桥成 何军 鲍晓晶 袁晓妮 《中华血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期192-195,共4页

目的建立实时定量RT-PCR（RQ—RT—PCR）方法，检测初诊白血病患者骨髓细胞中的常见特征性分子生物学标志物的表达水平，评价其在疾病诊断和微量残留病（MRD）监测中的意义。方法设计TaqMan探针和引物，建立RQ-RT-PCR法对常见融合基因... 目的建立实时定量RT-PCR（RQ—RT—PCR）方法，检测初诊白血病患者骨髓细胞中的常见特征性分子生物学标志物的表达水平，评价其在疾病诊断和微量残留病（MRD）监测中的意义。方法设计TaqMan探针和引物，建立RQ-RT-PCR法对常见融合基因转录本（bcr-abl、AML-ETO、PML-RARer）和abl阳性模板进行扩增，检测202例初诊白血病患者的融合基因转录本含量。结果初诊白血病患者中的融合基因表达水平以绝对量表示，bcr—abl转录本b3a2或b2a2型拷贝数为47614．63，bcr-abl转录本ela2型拷贝数为98847．53，AML1-ETO转录本拷贝数为300029．51，PML-RARα转录本拷贝数为25506．28。以abl校正拷贝数（NCN）表示相对量，bcr-abl转录本b3a2或b2a2型为1．05、bcr-abl转录本ela2型为0．91、AML1-ETO转录本为5．33、PML-RARα转录本为0．55。结论以abl校正拷贝数计算融合基因表达水平，结果更准确、直观，优于绝对定量。同时，不同类型融合基因转录本在初诊白血病患者中表达水平不同。 展开更多

关键词 逆转录聚合酶链反应 实时定量 白血病 融合基因转录本

原文传递

应用实时定量PCR检测慢性粒细胞白血病bcr/abl^(p190)融合基因转录本 被引量：3

12

作者 林江 钱军 +4 位作者 陈子兴 薛永权 张永宁 费霞 江云伟 《中华血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期307-308,共2页

关键词 实时定量 PCR 检测 慢性粒细胞白血病 bcr/abl^P190 融合基因转录本

原文传递

实时定量逆转录PCR在白血病标志物检测中的应用 被引量：1

13

作者 姚利 陈子兴 +4 位作者 岑建农 何军 邱桥成 鲍晓晶 袁晓妮 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期212-214,共3页

目的 建立实时定量逆转录PCR（RQ-RT-PCR）检测各种急慢性白血病的特征性分子生物学标志物,评价其在疾病诊断和微小残留病（MRD）监测中的意义.方法 设计TaqMan探针和引物,建立RQ-RT-PCR法对各种融合基因转录本和ABL阳性模板进行扩增,... 目的 建立实时定量逆转录PCR（RQ-RT-PCR）检测各种急慢性白血病的特征性分子生物学标志物,评价其在疾病诊断和微小残留病（MRD）监测中的意义.方法 设计TaqMan探针和引物,建立RQ-RT-PCR法对各种融合基因转录本和ABL阳性模板进行扩增,并检测177份白血病标本的转录本含量,同时做细胞遗传学检查.结果 RQ-RT-PCR法最低可检测到10个拷贝/μl的阳性模板,但重复性较差,而（10^8～10^2）拷贝/μl的重复性良好,正常对照无扩增信号.与细胞遗传学相比,RQRT-PCR的敏感性和特异性更强,对白血病标志物的阳性检出率更高.对12例不同类型白血病患者的MRD随访监测表明：患者体内融合基因转录本的含量随病情进展逐渐升高,随病情好转逐渐下降,并且早于细胞遗传学预测疾病复发.结论 RQ-RT-PCR方法更敏感、可靠,与疾病的关系更密切,可用于白血病的诊断和MRD随访. 展开更多

关键词 实时定量RT-PCR 白血病 融合基因转录本

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CBFβ/MYH11融合基因转录本检测及其致白血病机制的研究 被引量：1

14

作者 徐世才 杨琳 +3 位作者 邹煦 冯敏 郝玉书 肖志坚 《中华血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期332-335,共4页

目的探讨CBFβ/MYH11融合基因转录本类型及其编码融合蛋白CBFβ/SMHHC致白血病的机制。方法用RTPCR联合序列分析检测CBFβ/MYH11融合基因。用pMCSFRluc作为报告质粒进行转录分析。用亚细胞蛋白组分Westernblot和双免疫荧光染色进行基因... 目的探讨CBFβ/MYH11融合基因转录本类型及其编码融合蛋白CBFβ/SMHHC致白血病的机制。方法用RTPCR联合序列分析检测CBFβ/MYH11融合基因。用pMCSFRluc作为报告质粒进行转录分析。用亚细胞蛋白组分Westernblot和双免疫荧光染色进行基因编码蛋白亚细胞定位分析。结果26例CBFβ/MYH11融合基因阳性患者中发现2种类型转录本,以A型为主(26例中24例,92%),其次为D型(8%)。CBFβ/SMHHC融合蛋白在CBF对MCSFR启动子转录激活过程中起抑制作用,且与CBFβ/SMHHC水平呈正相关;CBFα亚单位(AML1)为核蛋白,CBFβ/SMHHC融合蛋白与CBFβ亚单位一样为胞浆蛋白,CBFβ与AML1共表达时,大部分CBFβ仍定位于胞浆,少部分进入胞核,CBFβ/SMHHC与AML1共表达时,CBFβ/SMHHC则均进入胞核。结论①我国患者CBFβ/MYH11融合基因转录本类型分布与国外文献报道基本一致;②CBFβ/SMHHC显性负抑制CBF对其靶基因的转录调控活性机制之一是与野生型CBFβ竞争性结合AML1。 展开更多

关键词 CBFβ/MYH11 融合基因转录本 检测 白血病

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